View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF14493_low_27 (Length: 329)
Name: NF14493_low_27
Description: NF14493
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF14493_low_27 |
 | |
|
| [»] scaffold0458 (2 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: scaffold0458 (Bit Score: 292; Significance: 1e-164; HSPs: 2)
Name: scaffold0458
Description:
Target: scaffold0458; HSP #1
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 1 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 4506 - 4198
Alignment:
| Q |
1 |
tgcacccacgttgatgtcgtctcgtagaaaatctttcgttttgtatttttgtgtctagtgattgctgggaaccaaccccaccctgccgttaacatgctat |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4506 |
tgcacccacgttgatgtcgtctcgtagaaaatctttcgttttgtatttttgtgtctagtgattgctgggaaccaaccccaccctgccgttaacatgctat |
4407 |
T |
|
| Q |
101 |
aattttatatttcatggctataaggtaagtcgtatattattccttaaaaagatgtaaacaaattaattaattaattaaatcccagggaatacatccactt |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4406 |
aattttatatttcatggctataaggtaagtcgtatattattccttaaaaagatgtaaaca----aatgaattaattaaatcccagggaatacatccactt |
4311 |
T |
|
| Q |
201 |
tagattgaacttgatgaatgtttcctcataaaattaaatatatcacaatatcatgttggttggtaggtacttggtgaatgcattcattcacgtacggtag |
300 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4310 |
tagattgaacttgatgaatgtttcctcataaaattaaatatatcacaatatcatgttggttggtaggtacttggtgaatgcattcattcacgtacggtag |
4211 |
T |
|
| Q |
301 |
ccacaatatcaac |
313 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |
|
|
| T |
4210 |
ccacaatatcaac |
4198 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0458; HSP #2
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 1 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 13824 - 13516
Alignment:
| Q |
1 |
tgcacccacgttgatgtcgtctcgtagaaaatctttcgttttgtatttttgtgtctagtgattgctgggaaccaaccccaccctgccgttaacatgctat |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13824 |
tgcacccacgttgatgtcgtctcgtagaaaatctttcgttttgtatttttgtgtctagtgattgctgggaaccaaccccaccctgccgttaacatgctat |
13725 |
T |
|
| Q |
101 |
aattttatatttcatggctataaggtaagtcgtatattattccttaaaaagatgtaaacaaattaattaattaattaaatcccagggaatacatccactt |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13724 |
aattttatatttcatggctataaggtaagtcgtatattattccttaaaaagatgtaaaca----aatgaattaattaaatcccagggaatacatccactt |
13629 |
T |
|
| Q |
201 |
tagattgaacttgatgaatgtttcctcataaaattaaatatatcacaatatcatgttggttggtaggtacttggtgaatgcattcattcacgtacggtag |
300 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13628 |
tagattgaacttgatgaatgtttcctcataaaattaaatatatcacaatatcatgttggttggtaggtacttggtgaatgcattcattcacgtacggtag |
13529 |
T |
|
| Q |
301 |
ccacaatatcaac |
313 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |
|
|
| T |
13528 |
ccacaatatcaac |
13516 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 292; Significance: 1e-164; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 1 - 313
Target Start/End: Original strand, 39449115 - 39449423
Alignment:
| Q |
1 |
tgcacccacgttgatgtcgtctcgtagaaaatctttcgttttgtatttttgtgtctagtgattgctgggaaccaaccccaccctgccgttaacatgctat |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39449115 |
tgcacccacgttgatgtcgtctcgtagaaaatctttcgttttgtatttttgtgtctagtgattgctgggaaccaaccccaccctgccgttaacatgctat |
39449214 |
T |
|
| Q |
101 |
aattttatatttcatggctataaggtaagtcgtatattattccttaaaaagatgtaaacaaattaattaattaattaaatcccagggaatacatccactt |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39449215 |
aattttatatttcatggctataaggtaagtcgtatattattccttaaaaagatgtaaaca----aatgaattaattaaatcccagggaatacatccactt |
39449310 |
T |
|
| Q |
201 |
tagattgaacttgatgaatgtttcctcataaaattaaatatatcacaatatcatgttggttggtaggtacttggtgaatgcattcattcacgtacggtag |
300 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39449311 |
tagattgaacttgatgaatgtttcctcataaaattaaatatatcacaatatcatgttggttggtaggtacttggtgaatgcattcattcacgtacggtag |
39449410 |
T |
|
| Q |
301 |
ccacaatatcaac |
313 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |
|
|
| T |
39449411 |
ccacaatatcaac |
39449423 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 1 - 313
Target Start/End: Original strand, 39459225 - 39459533
Alignment:
| Q |
1 |
tgcacccacgttgatgtcgtctcgtagaaaatctttcgttttgtatttttgtgtctagtgattgctgggaaccaaccccaccctgccgttaacatgctat |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39459225 |
tgcacccacgttgatgtcgtctcgtagaaaatctttcgttttgtatttttgtgtctagtgattgctgggaaccaaccccaccctgccgttaacatgctat |
39459324 |
T |
|
| Q |
101 |
aattttatatttcatggctataaggtaagtcgtatattattccttaaaaagatgtaaacaaattaattaattaattaaatcccagggaatacatccactt |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39459325 |
aattttatatttcatggctataaggtaagtcgtatattattccttaaaaagatgtaaaca----aatgaattaattaaatcccagggaatacatccactt |
39459420 |
T |
|
| Q |
201 |
tagattgaacttgatgaatgtttcctcataaaattaaatatatcacaatatcatgttggttggtaggtacttggtgaatgcattcattcacgtacggtag |
300 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39459421 |
tagattgaacttgatgaatgtttcctcataaaattaaatatatcacaatatcatgttggttggtaggtacttggtgaatgcattcattcacgtacggtag |
39459520 |
T |
|
| Q |
301 |
ccacaatatcaac |
313 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |
|
|
| T |
39459521 |
ccacaatatcaac |
39459533 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 1 - 313
Target Start/End: Original strand, 39469987 - 39470295
Alignment:
| Q |
1 |
tgcacccacgttgatgtcgtctcgtagaaaatctttcgttttgtatttttgtgtctagtgattgctgggaaccaaccccaccctgccgttaacatgctat |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39469987 |
tgcacccacgttgatgtcgtctcgtagaaaatctttcgttttgtatttttgtgtctagtgattgctgggaaccaacccctccctgccgttaacatgctat |
39470086 |
T |
|
| Q |
101 |
aattttatatttcatggctataaggtaagtcgtatattattccttaaaaagatgtaaacaaattaattaattaattaaatcccagggaatacatccactt |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39470087 |
aattttatatttcatggctataaggtaagtcgtatattattccttaaaaagatgtaaaca----aatgaattaattaaatcccagggaatacatccactt |
39470182 |
T |
|
| Q |
201 |
tagattgaacttgatgaatgtttcctcataaaattaaatatatcacaatatcatgttggttggtaggtacttggtgaatgcattcattcacgtacggtag |
300 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39470183 |
tagattgaacttgatgaatgtttcctcataaaattaaatatatcacaatatcatgttggttggtaggtacttggtgaatgcattcattcacgtacggtag |
39470282 |
T |
|
| Q |
301 |
ccacaatatcaac |
313 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |
|
|
| T |
39470283 |
ccacaatatcaac |
39470295 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University