View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF14495_low_1 (Length: 847)
Name: NF14495_low_1
Description: NF14495
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF14495_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 765; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 765; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 839
Target Start/End: Complemental strand, 39296724 - 39295904
Alignment:
| Q |
19 |
ctagcatcatgtgatccttttttccatctgatatgattccaaatgcatgccattctgataatggtgatggactaattctacctaataaacctgctttaac |
118 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39296724 |
ctagcatcatgtgatccttttttccatctgatatgattccaaatgcatgccattctgataatggtgatggacttattctacctaataaacctgctttaac |
39296625 |
T |
|
| Q |
119 |
accaccttcaaatttaataattgaagcatgatttgatggtgctgtgacactaacttgaacttttttaatacttaaccaaggaatcataatgagaattgtg |
218 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39296624 |
accaccttcaaatttaataattgaagcatgatttgatggtgctgtgacactaacttgtacttttttaatacttaaccaaggaatcataatgagaattgtg |
39296525 |
T |
|
| Q |
219 |
atagctaaagtgaaccaacattcttgtttcttaatcatctttgaaatggttatgtgataggtttttgaacgaggctcgtaacttacagttaaaagaatga |
318 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
39296524 |
atagctaaagtgaaccaacactcttgtttcttaatcatctttgaaatggttatgtgataggtttttgaactaggctcacaacttactgttaaaagaatga |
39296425 |
T |
|
| Q |
319 |
aaaaccatagaaggataagagctaaccaaccggcaaaacggtggattcgctcaaaaacattgtggtgaagatgacgaataagaggaaaagctgagagcga |
418 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39296424 |
aaaaccatagaaggataagagctaaccaaccggcaaaacggtggattcgctcaaaaacgttgtggtgaagatgacgaataaaaggaaaagctgagagcga |
39296325 |
T |
|
| Q |
419 |
agtgagtgtaaggagcgagagaatggcgaatgcaacgccgagaatctctggagaagtgttttcatcgttgtttttgatcgtgagaacaagagaataaact |
518 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||| |
|
|
| T |
39296324 |
agtgagtgtaaggagcgagagaatggcgaatgcaacgccgagaatctctggagaagtgttttcatcgttgtttgtgatcgtgagaacgagagaatatact |
39296225 |
T |
|
| Q |
519 |
agccatgctattgaagaaacaccgcagccactatgaattcctccaatacattgaaggaatgaagttattgctgttttgattctaagagaaacacaaggat |
618 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
39296224 |
agccatgctattgaagaaacaccgcagccactatgaattcctccaatacattgaaggaatgaagttattgctgttttgattctaagagaaacacaaggtt |
39296125 |
T |
|
| Q |
619 |
tccctatagttttgacaacaaaccagtaaagaagtcttaaaaccacctcgcttcgacatagtgttaaagctagaatgttaccaatggagaaaagtgtagc |
718 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39296124 |
tccctatagttttgacaacaaaccagtaaagaagtcttaaaaccacctcgcttcgacatagtgttaaagctaggatgttaccaatggagaaaagtgtagc |
39296025 |
T |
|
| Q |
719 |
tcttgatttaccatatggaaaatgccctaaaactgaaagagcaagtgctaacatattcaaggttatgcaaaccaagaacagtcctttgtacactgtgcaa |
818 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39296024 |
tcttgatttaccatatggaaaatgccctaaaactgaaagagcaagtgctaacatattcaaggttatgcaaaccaagaacagtcctttgtacactgtgcaa |
39295925 |
T |
|
| Q |
819 |
ccttgatccagcagaataatc |
839 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39295924 |
ccttgatccagcagaataatc |
39295904 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 633; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 838
Target Start/End: Complemental strand, 39289844 - 39289022
Alignment:
| Q |
19 |
ctagcatcatgtgatccttttttccatctgatatgattccaaatgcatgccattctgataatggtgatggactaattctacctaataaacctgctttaac |
118 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39289844 |
ctagcatcatgtgatccttttttccatctgatatgattccaaatgcatgccattctgataatggtgatggacttattctacctaataaacctgctttaac |
39289745 |
T |
|
| Q |
119 |
accaccttcaaatttaataattgaagcatgatttgatggtgctgtgacactaacttgaacttttttaatacttaaccaaggaatcataatgagaattgtg |
218 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39289744 |
accaccttcaaatttaataattgaagcatgatttgatggtgctgtgacactaacttgtacttttttaatacttaaccaaggaatcataatgagaattgtg |
39289645 |
T |
|
| Q |
219 |
atagctaaagtgaaccaacattcttgtttcttaatcatctttgaaatggttatgtgataggtttttgaacgaggctcgtaacttacagttaaaagaatga |
318 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||| || ||||||| ||| | |||||||| |
|
|
| T |
39289644 |
atagctaaagtgaaccaacattcttgtttcttaaccatctttaaaatggttaagtgataggtttttgaactaggttcataacttatagtaagaagaatga |
39289545 |
T |
|
| Q |
319 |
aaaaccatagaaggataagagctaaccaaccggcaaaacggtggattcgctcaaaaacattgtggtgaagatgacgaataagaggaaaagctgagagcga |
418 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||| ||||| |
|
|
| T |
39289544 |
ataaccatagaaggataagagctaaccaaccggaaaaacggtggattcgctcgaaaacattgtggtggagatgtcgaataactggaaaagctgcaagcga |
39289445 |
T |
|
| Q |
419 |
agtgagtgtaaggagcgagagaatggcgaatgcaacgccgagaatctctggagaag---tgttttcatcgttgtttttgatcgtgagaacaagagaataa |
515 |
Q |
| |
|
|| |||||||| ||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||| || ||| |||||| ||||||||||||| || ||||||||| |
|
|
| T |
39289444 |
agagagtgtaatgagtgagaggatggcgaatgcaacaccgagtatctccggagaagaattggttttgtcgttgcttttgatcgtgagtacgagagaataa |
39289345 |
T |
|
| Q |
516 |
actagccatgctattgaagaaacaccgcagccactatgaattcctccaatacattgaaggaatgaagttattgctgttttgattctaagagaaacacaag |
615 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39289344 |
actagccatgctatcgaagaaacgccgcagccactatgaattcctccaatacattgaagaaatgaagttattgctgttttgattctaagagaaacacaag |
39289245 |
T |
|
| Q |
616 |
gattccctatagttttgacaacaaaccagtaaagaagtcttaaaaccacctcgcttcgacatagtgttaaagctagaatgttaccaatggagaaaagtgt |
715 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39289244 |
gcttccctatagttttgacaacaaaccagtaaagaagtcttaaaaccgcctcacttcgacatagtgttaaagctagaatgttaccaatggagaaaagtgt |
39289145 |
T |
|
| Q |
716 |
agctcttgatttaccatatggaaaatgccctaaaactgaaagagcaagtgctaacatattcaaggttatgcaaaccaagaacagtcctttgtacactgtg |
815 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
39289144 |
agctcttgatttaccatatggaaaatgccctaaagctgaaagagcaagtgctaacatattcaaggttatgcaaaccaagaatagtcctttgtaaactgtg |
39289045 |
T |
|
| Q |
816 |
caaccttgatccagcagaataat |
838 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
39289044 |
aaaccttgatctagcagaataat |
39289022 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University