View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF14500_low_8 (Length: 417)
Name: NF14500_low_8
Description: NF14500
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF14500_low_8 |
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| [»] scaffold0642 (1 HSPs) |
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| [»] scaffold0345 (1 HSPs) |
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| [»] scaffold0105 (1 HSPs) |
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| [»] scaffold0016 (1 HSPs) |
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|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 308; Significance: 1e-173; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 18 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 44497977 - 44497595
Alignment:
| Q |
18 |
aattagcttattccataaatttcctaaccgcttaaattgacatgactaaaaagtgagatgcatatataacattggtttgtaactctaatgatctaaatga |
117 |
Q |
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| T |
44497977 |
aattagcttattccataaatttcctaaccgcttaaattgacatgactaaaaagtgagatgcatatataacattggtttgtaactctaatgatctaaatga |
44497878 |
T |
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| Q |
118 |
gacgataaagaaacaaatcaaaaagaaaataatattttctttaatgtaatttaaaagaattaccgagaggggatatttgagtcaattgagcatagagaaa |
217 |
Q |
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| T |
44497877 |
gacgacaaagaaacaaatcaaaaagaaaataatattttctttaatgtaatttaaaagaattaccaagaggggatatttgagtcaattgagcatagagaaa |
44497778 |
T |
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| Q |
218 |
caaaggaggatactttaacatttaacttgatatggaatgaaccttatatgatccaaccgaagttagtttaaatcattgttatataatctatgataaatca |
317 |
Q |
| |
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| T |
44497777 |
caaaggaggatactttaacatttaacttgatatggaatgaaccttatatgatccaaccgaagttagtttaaatcattgttatataatctatgataaatca |
44497678 |
T |
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| Q |
318 |
aggaaaagtgacaacataatcattgttatataatcattgtttataacaaagaaaaagttagaagaaagttatgtagctgaaatagaataat |
408 |
Q |
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| T |
44497677 |
aggaagcttgaca--gaaaacaatattata-act-----tttataacaaagaaaaagttagaagaaagttatgtagctgaaatagaataat |
44497595 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 357 - 408
Target Start/End: Original strand, 24469613 - 24469664
Alignment:
| Q |
357 |
tttataacaaagaaaaagttagaagaaagttatgtagctgaaatagaataat |
408 |
Q |
| |
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| T |
24469613 |
tttataacaaagaaaaatttagaagaaacttatgtagctgaaatagaataat |
24469664 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 300; Significance: 1e-168; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 18 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 3380710 - 3380328
Alignment:
| Q |
18 |
aattagcttattccataaatttcctaaccgcttaaattgacatgactaaaaagtgagatgcatatataacattggtttgtaactctaatgatctaaatga |
117 |
Q |
| |
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| T |
3380710 |
aattagcttattccataaatttcctaaccgcttaaattgacatgactaaaaagtgagatgcatatataacattggtttgtaactctaatgatctaaatga |
3380611 |
T |
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| Q |
118 |
gacgataaagaaacaaatcaaaaagaaaataatattttctttaatgtaatttaaaagaattaccgagaggggatatttgagtcaattgagcatagagaaa |
217 |
Q |
| |
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||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
3380610 |
gacgacaaagaaacaaatcaaaaagaaaataatattttctttaatgtaatttaaaagaattaccaagaggggatatttgagtcaattgagcatagagaaa |
3380511 |
T |
|
| Q |
218 |
caaaggaggatactttaacatttaacttgatatggaatgaaccttatatgatccaaccgaagttagtttaaatcattgttatataatctatgataaatca |
317 |
Q |
| |
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|
| T |
3380510 |
caaaggaggatactttaacatttaacttgatatggaatgaaccttatatgatccaactgtagttagtttaaatcattgttatataatctatgataaatca |
3380411 |
T |
|
| Q |
318 |
aggaaaagtgacaacataatcattgttatataatcattgtttataacaaagaaaaagttagaagaaagttatgtagctgaaatagaataat |
408 |
Q |
| |
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|
| T |
3380410 |
aggaagcttgaca--gaaaacaatattata-act-----tttataacaaagaaaaagttagaagaaagttatgtagctgaaatagaataat |
3380328 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 376 - 408
Target Start/End: Original strand, 42715111 - 42715143
Alignment:
| Q |
376 |
tagaagaaagttatgtagctgaaatagaataat |
408 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
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| T |
42715111 |
tagaagaaagttatgtaactgaaatagaataat |
42715143 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0642 (Bit Score: 292; Significance: 1e-164; HSPs: 1)
Name: scaffold0642
Description:
Target: scaffold0642; HSP #1
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 18 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 6490 - 6108
Alignment:
| Q |
18 |
aattagcttattccataaatttcctaaccgcttaaattgacatgactaaaaagtgagatgcatatataacattggtttgtaactctaatgatctaaatga |
117 |
Q |
| |
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|
| T |
6490 |
aattagcttattccataaatttcctaaccgcttaaattgacatgactaaaaagtgagatgcatatataacattggtttgtaactctaatgatctaaatga |
6391 |
T |
|
| Q |
118 |
gacgataaagaaacaaatcaaaaagaaaataatattttctttaatgtaatttaaaagaattaccgagaggggatatttgagtcaattgagcatagagaaa |
217 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
6390 |
gacgacaaagaaacaaatcaaaaagaaaataatattttctttaatgtaattgaaaagaattaccaagaggggatatttgagtcaattgagcatagagaaa |
6291 |
T |
|
| Q |
218 |
caaaggaggatactttaacatttaacttgatatggaatgaaccttatatgatccaaccgaagttagtttaaatcattgttatataatctatgataaatca |
317 |
Q |
| |
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|
|
| T |
6290 |
caaaggaggatactttaacatttaacttgatatggaatgaaccttgtatgatctaactgaagttagtttaaatcattgttatataatctatgataaatca |
6191 |
T |
|
| Q |
318 |
aggaaaagtgacaacataatcattgttatataatcattgtttataacaaagaaaaagttagaagaaagttatgtagctgaaatagaataat |
408 |
Q |
| |
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||||| ||||| || || | ||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6190 |
aggaagcttgaca--gaaaacaatattata-act-----tttataacaaagaaaaagttagaagaaagttatgtagctgaaatagaataat |
6108 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0345 (Bit Score: 292; Significance: 1e-164; HSPs: 1)
Name: scaffold0345
Description:
Target: scaffold0345; HSP #1
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 18 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 16402 - 16020
Alignment:
| Q |
18 |
aattagcttattccataaatttcctaaccgcttaaattgacatgactaaaaagtgagatgcatatataacattggtttgtaactctaatgatctaaatga |
117 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16402 |
aattagcttattccataaatttcctaaccgcttaaattgacatgactaaaaagtgagatgcatatataacattggtttgtaactctaatgatctaaatga |
16303 |
T |
|
| Q |
118 |
gacgataaagaaacaaatcaaaaagaaaataatattttctttaatgtaatttaaaagaattaccgagaggggatatttgagtcaattgagcatagagaaa |
217 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16302 |
gacgacaaagaaacaaatcaaaaagaaaataatattttctttaatgtaattgaaaagaattaccaagaggggatatttgagtcaattgagcatagagaaa |
16203 |
T |
|
| Q |
218 |
caaaggaggatactttaacatttaacttgatatggaatgaaccttatatgatccaaccgaagttagtttaaatcattgttatataatctatgataaatca |
317 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
16202 |
caaaggaggatactttaacatttaacttgatatggaatgaaccttgtatgatctaactgaagttagtttaaatcattgttatataatctatgataaatca |
16103 |
T |
|
| Q |
318 |
aggaaaagtgacaacataatcattgttatataatcattgtttataacaaagaaaaagttagaagaaagttatgtagctgaaatagaataat |
408 |
Q |
| |
|
||||| ||||| || || | ||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16102 |
aggaagcttgaca--gaaaacaatattata-act-----tttataacaaagaaaaagttagaagaaagttatgtagctgaaatagaataat |
16020 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0105 (Bit Score: 292; Significance: 1e-164; HSPs: 1)
Name: scaffold0105
Description:
Target: scaffold0105; HSP #1
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 18 - 408
Target Start/End: Original strand, 22579 - 22961
Alignment:
| Q |
18 |
aattagcttattccataaatttcctaaccgcttaaattgacatgactaaaaagtgagatgcatatataacattggtttgtaactctaatgatctaaatga |
117 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
22579 |
aattagcttattccataaatttcctaaccgcttaaattgacatgactaaaaagtgagatgcatatataacattggtttgtaactctaatgatctaaatga |
22678 |
T |
|
| Q |
118 |
gacgataaagaaacaaatcaaaaagaaaataatattttctttaatgtaatttaaaagaattaccgagaggggatatttgagtcaattgagcatagagaaa |
217 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22679 |
gacgacaaagaaacaaatcaaaaagaaaataatattttctttaatgtaattgaaaagaattaccaagaggggatatttgagtcaattgagcatagagaaa |
22778 |
T |
|
| Q |
218 |
caaaggaggatactttaacatttaacttgatatggaatgaaccttatatgatccaaccgaagttagtttaaatcattgttatataatctatgataaatca |
317 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22779 |
caaaggaggatactttaacatttaacttgatatggaatgaaccttgtatgatctaactgaagttagtttaaatcattgttatataatctatgataaatca |
22878 |
T |
|
| Q |
318 |
aggaaaagtgacaacataatcattgttatataatcattgtttataacaaagaaaaagttagaagaaagttatgtagctgaaatagaataat |
408 |
Q |
| |
|
||||| ||||| || || | ||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22879 |
aggaagcttgaca--gaaaacaatattata-act-----tttataacaaagaaaaagttagaagaaagttatgtagctgaaatagaataat |
22961 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0016 (Bit Score: 277; Significance: 1e-155; HSPs: 1)
Name: scaffold0016
Description:
Target: scaffold0016; HSP #1
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 18 - 408
Target Start/End: Original strand, 51463 - 51848
Alignment:
| Q |
18 |
aattagcttattccataaatttcctaaccgcttaaattgacatgactaaaaagtgagatgcatata---taacattggtttgtaactctaatgatctaaa |
114 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
51463 |
aattagcttattccataaatttcctaaccacttaaattgacatgactaaaaagtgagatgcatatagtataacattggtttgcaactctaatgatctaaa |
51562 |
T |
|
| Q |
115 |
tgagacgataaagaaacaaatcaaaaagaaaataatattttctttaatgtaatttaaaagaattaccgagaggggatatttgagtcaattgagcatagag |
214 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
51563 |
tgagacgacaaagaaacaaatcaaaaagaaaataatattttctttaatgtaatttaaaagaattaccaagaggggatatttgagtcaattgagcatagag |
51662 |
T |
|
| Q |
215 |
aaacaaaggaggatactttaacatttaacttgatatggaatgaaccttatatgatccaaccgaagttagtttaaatcattgttatataatctatgataaa |
314 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
51663 |
aaacaaaggaggatactttaacatttaacttgatatggattgaaccttacatgatccaactgaagttagtttaaatcattgttatataatctatgataaa |
51762 |
T |
|
| Q |
315 |
tcaaggaaaagtgacaacataatcattgttatataatcattgtttataacaaagaaaaagttagaagaaagttatgtagctgaaatagaataat |
408 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||| || || | ||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
51763 |
tcaaggaagcttgaca--gaaaacaatattata-act-----tttataacaaagaaaaagttagaagaaagttatgtagctgaaatagaataat |
51848 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 48; Significance: 3e-18; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 247 - 310
Target Start/End: Original strand, 36930699 - 36930762
Alignment:
| Q |
247 |
atatggaatgaaccttatatgatccaaccgaagttagtttaaatcattgttatataatctatga |
310 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
36930699 |
atatggaatgaaccttacatgatccaattgaagttagtttaaatcattgttatataatcaatga |
36930762 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 357 - 408
Target Start/End: Original strand, 36930790 - 36930841
Alignment:
| Q |
357 |
tttataacaaagaaaaagttagaagaaagttatgtagctgaaatagaataat |
408 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |
|
|
| T |
36930790 |
tttataacaaagaaaaaattagaagaaagttatgtagatgaaatataataat |
36930841 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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