View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14504_low_1 (Length: 777)

Name: NF14504_low_1
Description: NF14504
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14504_low_1
NF14504_low_1
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (31-761)||(1920117-1920849)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 576; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 576; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 761
Target Start/End: Original strand, 1920117 - 1920849
Alignment:
Q  31 tgatggttttgctagccaggaatcacaaactattgaaaatgttcctctcttgaaagggtataaaagtctaaaattctaaaaacaaaatttggaagtagat 130  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1920117 tgatggttttgctagccaggaatcacaaactattgaaaatgttcctctcttgaaaggttataaaagtctaaaattctaaaaacaaaatttggaagtagat 1920216  T
Q  131 gtagatggagacattattagtagaagacatgtacatgatagataactctcttgcctctcaattataagaaattcataattcattaatgtttaatcttact 230  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1920217 gtagatggagacattattagtagaagacatgtacatgatagataactctcttgcctctcaattataagaaattcataattcattaatgtttaatattact 1920316  T
Q  231 actctcgtaatagaaaaaagatatagttttacactaacatccaatagaaataaaatatttgatagctatacttaaaaag--ggttacaaaataggtgttc 328  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||    
T  1920317 actctcgtaatagaaaaaagatatagttttacactaacatccaatagaaataaa-tatttgatagctatacttaaaaagagggttacaaaataggtcttc 1920415  T
Q  329 atgtaaagacggtaagtttctattgaacgcccgttaaatgatgttgtaaaatatttataccgtcaatgtatcgatattaaactcgtctcctaatatcctg 428  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  1920416 atgtaaagaaggtaagtttctattgaacgtccgttaaacgatgttgtaaaatatttatactgtcaatatatcgatattaaactcttctcctaatatcctt 1920515  T
Q  429 cgtcaatgtaatcaaacaattgaaatgagattagtgaaatgagattaattcaaacacggggtcacttgccctcttttgtctccatcatctggaaattcct 528  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  1920516 cgtcaatgtaaccaaacaattgaaatgagattagtgaaatgagattaattcaaacacggggccacttgccctctttcgtctccaccatctggaaattcct 1920615  T
Q  529 cttcttcatctccattaaaattaaacatagccactatatctttatcctccctcttcggagaagaacaaatctactgattgaagaccgacgactcgaagtc 628  Q
    ||||||| |||||||||||||||||  | ||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1920616 cttcttcctctccattaaaattaaatgtggccactacatcctcatcctccctcttcggagaagaacgaatctactgattgaagaccgacgactcgaagtc 1920715  T
Q  629 atccacacacctctaagagagtttgtggatctcagatcctaacatattgcaattaagcaacttaacaaacaacatgtatttgga---cttcnnnnnnnna 725  Q
    |||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||        |    
T  1920716 atc--cacacctctaagagagattgtggatctcagatcctaacatattgcaattaagcaacttaacaaacaacatgtatttggacttcttctttttttta 1920813  T
Q  726 ttggtgggttttgttaatttttaatatttgttgaaa 761  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1920814 ttggtgggttttgttaatttttaatatttgttgaaa 1920849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University