View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14517_low_1 (Length: 759)

Name: NF14517_low_1
Description: NF14517
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14517_low_1
NF14517_low_1
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (13-741)||(11860475-11861203)
chr5 (13-739)||(11828342-11829071)
chr5 (199-741)||(12039240-12039785)
chr5 (453-741)||(11901791-11902082)
chr5 (471-737)||(11732124-11732393)
chr5 (199-421)||(11901516-11901738)
chr5 (13-186)||(12039819-12039992)
chr5 (13-181)||(11901309-11901477)
chr5 (231-349)||(11732539-11732657)
chr5 (119-185)||(11732724-11732790)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 465; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 465; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 741
Target Start/End: Complemental strand, 11861203 - 11860475
Alignment:
Q  13 catcatcaagcccaggatatagcggcatgtaagctaacttggggcaatattgaacattgagctttgaaatgcaactgaaatatggtctatcttctaccgg 112  Q
    |||||||||| || |||||||| |||||| |||||||||  || |||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| | | || |    
T  11861203 catcatcaagaccgggatatagtggcatggaagctaactgaggacaatattggatatttagctttgaaatgcaactgaaagatggtctatcattttcccg 11861104  T
Q  113 tattttattttcccaccaacctactagattaggacaatccgagatggtaagttccttcaaggatggaaagaatatcgatgtatcagcttgattgttcttt 212  Q
    ||| |  ||||||||||||| |  ||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||| | | ||||| ||  |||||||||| |    
T  11861103 tatgtctttttcccaccaactttttagattaggacaatctgagattgcaagttccttcaaggatggaaagaattttggtgtattagtgtgattgttctct 11861004  T
Q  213 gtaatgaattttaaagagtccaatctccgaagttggagaaccttgagaccaggaagctgatccattggtgggagaaattcgcaattgggacagtcgttca 312  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  11861003 gcaatgaatttcaaagagtccaatctccgaagttggagaaccttgagatgtggaagctgatccattggtgggagaaatttgcaattgggacagtcgttca 11860904  T
Q  313 aggtaaacttaacaaggaattgaagtgaagcgagccaattaaacaacatttggccatggtacccaacaactaatagcactttcagattctgatgtggctc 412  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  11860903 aggtaaatttaccaaggaattgaagtgaagcgagccaattagacaacatgtggccatggtacccgacaactaatagctctttcagattctgatgtggctc 11860804  T
Q  413 aagacaatccataaatttattatctatgacggcatcgctttcttcctcctcctcatgatcccatcttagagtcaagaactcgaggtgttgtttatttttc 512  Q
     |||||||| |||||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  11860803 gagacaatcgataaatttattatcaatgtcgacattgctttcttcctcctcgtcatgatcccatcttagagtcaagaactcgaggtgttgcttatttttc 11860704  T
Q  513 aaaaattcatctttggcagcttcctttgatggagagaacttgacttgttccagatgcgaaatttccaagcggcctctcagattattaagatctgtgagtg 612  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  11860703 aaaaaatcatctttagcagcttcctttgatggagagaacttgacttgttcaagatgagaaatttccaagtggcctctcagattgttaagatctgtgagtg 11860604  T
Q  613 atcttagtcctcccgttacttgtttcttgctggccacaaaaagtgacaatgtttgcaaggaagtgagcttacttatcccacttggcatgtgagttagatc 712  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  11860603 atcttagtcctcccgtgacttgtttcttgctggctacgaaaagtgacaatgtttgcaaagaagtaagcttatttatcccacttggcatttgagttagatc 11860504  T
Q  713 caagcatccctctaagtgaagatggttga 741  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  11860503 caagcatccctctaagtcaagatgattga 11860475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 739
Target Start/End: Complemental strand, 11829071 - 11828342
Alignment:
Q  13 catcatcaagcccaggatatagcggcatgtaagctaacttggggcaatattgaacattgagctttgaaatgcaactgaaatatggtctatcttctaccgg 112  Q
    |||||||||| || ||||| ||| ||||| ||||||| |  || || ||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |   ||      
T  11829071 catcatcaagaccgggatagagcagcatgcaagctaattgaggacagtattggatatttagctttgaaatgcaactgaaagatggtctatcattgtccca 11828972  T
Q  113 tattttattttcccaccaacctactagattaggacaatccgagatggtaagttccttcaaggatggaaagaatatcgatgtatcagcttgattgttcttt 212  Q
    ||| | ||||||||||||||||  ||| ||| ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  11828971 tatgtcattttcccaccaaccttttagtttaagacaatctgagattgttagttccttcaaggatggaaagaatataggtgtatcagcttgattgttcttt 11828872  T
Q  213 gtaatgaattttaaagagtccaatctccgaagttggagaaccttgagaccaggaagctgatccattggtgggagaaattcgcaattgggacagtcgttca 312  Q
    | ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  11828871 gcaataaatttcaaagagtccaatctccgaagttggagaaccttgagatgtggaagctcatccattggtgggagaaattcgcatttgggacagtcattca 11828772  T
Q  313 aggtaaacttaacaaggaattgaagtgaagcgagccaattaaacaacatttggccatggtacccaacaactaatagcactttcagattctgatgtggctc 412  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||  | || || | |||||| |||||||||||||||| ||||||  |||||||||     
T  11828771 aggtaaacttaacaaggcattgaagtgaagcgagccagttagacaatgtgtgaccgttgtacccgacaactaatagcacttgcagatttggatgtggctg 11828672  T
Q  413 aagacaatccataaatttattatctatgacggcatcgctttcttcctcctcctcat---gatcccatcttagagtcaagaactcgaggtgttgtttattt 509  Q
     |||||||| |   |||| || ||| |  || ||| ||||||||| ||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  11828671 gagacaatcaagcgatttcttgtctttctcgacattgctttcttcgtcctcctcatcgtgatcccatcttagagtcaagaactcaaggtgttgtttattt 11828572  T
Q  510 ttcaaaaattcatctttggcagcttcctttgatggagagaacttgacttgttccagatgcgaaatttccaagcggcctctcagattattaagatctgtga 609  Q
    |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||    
T  11828571 ttcaaaaaatcatctttagcagcttcttttgatggagagaacttgatttgttccagatgcataatttccaagtggcccctcagattgttaagatctgtga 11828472  T
Q  610 gtgatcttagtcctcccgttacttgtttcttgctggccacaaaaagtgacaatgtttgcaaggaagtgagcttacttatcccacttggcatgtgagttag 709  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  11828471 gtgatcttagtcctcccgtgacttgtttcttgctggctacgaaaagtgacaatgtttgcaaagaagtgagcttacttattccacttggcatttgagttag 11828372  T
Q  710 atccaagcatccctctaagtgaagatggtt 739  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  11828371 atccaagcatccatctaagtcaagatggtt 11828342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 199 - 741
Target Start/End: Complemental strand, 12039785 - 12039240
Alignment:
Q  199 cttgattgttctttgtaatgaattttaaagagtccaatctccgaagttggagaaccttgagaccaggaagctgatccattggtgggagaaattcgcaatt 298  Q
    |||||||||| |||| ||||||||| |  |||||||| || |||||||||||||||||||||   ||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||    
T  12039785 cttgattgttttttgcaatgaatttcagtgagtccaaccttcgaagttggagaaccttgagatgtggaagctcatccattggcgggagaaattcgcattt 12039686  T
Q  299 gggacagtcgttcaaggtaaacttaacaaggaattgaagtgaagcgagccaattaaacaacatttggccatggtacccaacaactaatagcactttcaga 398  Q
     || ||||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||| ||| ||| | | ||||  | || |||| |||||| ||||  |||| |||| |||||    
T  12039685 tgggcagtcattcaaggtaaacttaacaagacaatgaagtgaaccgaaccagtcagacaaggtgtgaccattgtaccccacaatgaataacactctcaga 12039586  T
Q  399 ttctgatgtggctcaagacaatccataaatttattatctatgacg--gcatcgctt-tcttcctcctcctcatgatcccatcttagagtcaagaactcga 495  Q
    |||  | ||||| ||| ||| || |   | || |  ||  ||||   || |  ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  12039585 ttcgaaggtggcacaatacagtcaagcgacttctcgtcgttgacattgctttccttctcctcctcctcctcatgatcccatcttagagtcaagaacccaa 12039486  T
Q  496 ggtgttgtttatttttcaaaaattcatctttggcagcttcctttgatggagagaacttgacttgttccagatgcgaaatttccaagcggcctctcagatt 595  Q
    ||| || ||| |||||||||||||||||||| |||  |||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||    
T  12039485 ggtattttttgtttttcaaaaattcatctttagcaatttccttggattgcgagaacttgacttgttccagatgcgaaatttccatgtgacctctcagttt 12039386  T
Q  596 attaagatctgtgagtgatcttagtcctcccgttacttgtttcttgctggccacaaaaagtgacaatgtttgcaaggaagtgagcttacttatcccactt 695  Q
     || ||||| ||||||  |||||||||||| || || | ||||||||| || ||||| |||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||    
T  12039385 gttgagatcggtgagttctcttagtcctcctgtaacgtatttcttgctagctacaaagagtgacaatgtttgtaaagaagtgagcttatttatcccactt 12039286  T
Q  696 ggcatgtgagttagatccaagcatccctctaagtgaagatggttga 741  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  12039285 ggcatttgagttagatccaagcatccctctaagtcaagatggttga 12039240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 174; E-Value: 3e-93
Query Start/End: Original strand, 453 - 741
Target Start/End: Original strand, 11901791 - 11902082
Alignment:
Q  453 tcttcctcctcctcatgatcccatcttagagtcaagaactcgaggtgttgtttatttttcaaaaattcatctttggcagcttcctttgatggagagaact 552  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||     
T  11901791 tcttcctcgtcatcatgatcccatcttagagtcaaaaactcaaggtgttgtttatttttcagaaattcatcttgagcagcttccttagatggagagaaca 11901890  T
Q  553 tgacttgttccagatgcgaaatttccaagcggcctctcagattattaagatctgtgagtgatcttagtcctcccg---ttacttgtttcttgctggccac 649  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||  |||||||||||| |   ||||||||||||||||||||||    
T  11901891 tgacttgttctagatgcgatatttccaaccggcctctcagattgttaagatccgtgagttctcttagtcctccagtgattacttgtttcttgctggccac 11901990  T
Q  650 aaaaagtgacaatgtttgcaaggaagtgagcttacttatcccacttggcatgtgagttagatccaagcatccctctaagtgaagatggttga 741  Q
    ||| |||||||||||||| || |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | || |||||||||||    
T  11901991 aaagagtgacaatgtttgtaaagaagtgagcttatttataccacttggcatgtgagttagatccaggcatccctcaatgtcaagatggttga 11902082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 471 - 737
Target Start/End: Complemental strand, 11732393 - 11732124
Alignment:
Q  471 tcccatcttagagtcaagaactcgaggtgttgtttatttttcaaaaattcatctttggcagcttcctttgatggagagaacttgacttgttccagatgcg 570  Q
    |||||||||||||||||   ||  | ||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||     
T  11732393 tcccatcttagagtcaaatgctgaatgtgttgtttatttttcacaaattcatctttagccgcttcgttggatggagagaacttgacttgctccagatgca 11732294  T
Q  571 aaatttccaagcggcctctcagattattaagatctgtgagtgatcttagtcctcccgttact---tgtttcttgctggccacaaaaagtgacaatgtttg 667  Q
    |||||||||    | |  | || || || |||| |||||||   ||||||||||| ||  |    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  11732293 aaatttccagtttgtccttgaggttgttgagatttgtgagttcccttagtcctccggtgtcagcatgtttcttgctggccacgaaaagtgacaatgtttg 11732194  T
Q  668 caaggaagtgagcttacttatcccacttggcatgtgagttagatccaagcatccctctaagtgaagatgg 737  Q
     ||||||||||| |||  ||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| | || |||||||    
T  11732193 taaggaagtgagtttatctatcccggttggcatgtgagttagatccaagcaaccctcaatgttaagatgg 11732124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 199 - 421
Target Start/End: Original strand, 11901516 - 11901738
Alignment:
Q  199 cttgattgttctttgtaatgaattttaaagagtccaatctccgaagttggagaaccttgagaccaggaagctgatccattggtgggagaaattcgcaatt 298  Q
    |||||||||| | || ||||||||| | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||   ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||    
T  11901516 cttgattgttttctgcaatgaatttcagagagtccagtctccgaatttggagaaccttgagatgtggaagctgatccattggggggagaaactcgcattt 11901615  T
Q  299 gggacagtcgttcaaggtaaacttaacaaggaattgaagtgaagcgagccaattaaacaacatttggccatggtacccaacaactaatagcactttcaga 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  | || |  |||  |||||| ||| ||||  | || | || |||||| ||||  |||||| || ||| |    
T  11901616 gggacagtcgttcaaggtaaacttaacaagacactggatggaatggagccagttagacaaggtgtgacgattgtaccccacaatgaatagcgctctcaaa 11901715  T
Q  399 ttctgatgtggctcaagacaatc 421  Q
    ||| |||||||||||||||||||    
T  11901716 ttcggatgtggctcaagacaatc 11901738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 13 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 12039992 - 12039819
Alignment:
Q  13 catcatcaagcccaggatatagcggcatgtaagctaacttggggcaatattgaacattgagctttgaaatgcaactgaaatatggtctatcttctaccgg 112  Q
    ||||||||||   ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||| |||||||||| |   ||      
T  12039992 catcatcaagattaggatatagtggcatgcaagctaacttggggcaatattggacatttagtttggaaatgcaactgaaagatggtctatcattatccca 12039893  T
Q  113 tattttattttcccaccaacctactagattaggacaatccgagatggtaagttccttcaaggatggaaagaata 186  Q
    ||| | | ||||||||||||    |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  12039892 tatctcagtttcccaccaactgtttagatttggacaatccgagattgtaagttccttcaaggatggaaaaaata 12039819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 13 - 181
Target Start/End: Original strand, 11901309 - 11901477
Alignment:
Q  13 catcatcaagcccaggatatagcggcatgtaagctaacttggggcaatattgaacattgagctttgaaatgcaactgaaatatggtctatcttctaccgg 112  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||| || || ||| |||| |  || || ||||||||||||||||||||||||||||| |   ||      
T  11901309 catcatcaagaccaggatatagaggcatgcaagctaatttaggacaacattggatgtttagttttgaaatgcaactgaaatatggtctatcattacccca 11901408  T
Q  113 tattttattttcccaccaacctactagattaggacaatccgagatggtaagttccttcaaggatggaaa 181  Q
     || | |||||||||||||| |   ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  11901409 aatctcattttcccaccaacttttcagattaggacaatccgaaattgtaagttccttcaaggatggaaa 11901477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 231 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 11732657 - 11732539
Alignment:
Q  231 tccaatctccgaagttggagaaccttgagaccaggaagctgatccattggtgggagaaattcgcaattgggacagtcgttcaaggtaaacttaacaagga 330  Q
    ||||| |||||||| |||||| ||||||||   ||||| ||||| ||||| || ||||||| ||| || ||||||||  ||||||||||||||||||||     
T  11732657 tccaacctccgaagatggagagccttgagatttggaaggtgatcgattggcggtagaaatttgcatttaggacagtcactcaaggtaaacttaacaaggc 11732558  T
Q  331 attgaagtgaagcgagcca 349  Q
    ||||||| ||| |||||||    
T  11732557 attgaagcgaatcgagcca 11732539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 119 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 11732790 - 11732724
Alignment:
Q  119 attttcccaccaacctactagattaggacaatccgagatggtaagttccttcaaggatggaaagaat 185  Q
    |||||||||||||| | | || |||||||||||||| || ||||| |||||||||| ||||||||||    
T  11732790 attttcccaccaactttcgagtttaggacaatccgaaattgtaagctccttcaaggctggaaagaat 11732724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University