View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14518_low_2 (Length: 598)

Name: NF14518_low_2
Description: NF14518
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14518_low_2
NF14518_low_2
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (6-579)||(20592087-20592661)
chr6 (390-579)||(19314340-19314529)
chr6 (390-539)||(569046-569195)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (2-579)||(22160502-22161080)
chr5 (440-523)||(32808596-32808679)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (2-579)||(817106-817665)
chr2 (209-579)||(31323728-31324098)
chr2 (83-160)||(31323600-31323677)
chr2 (167-271)||(17726655-17726759)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (1-579)||(34611263-34611840)
chr4 (304-582)||(30666303-30666579)
chr4 (1-282)||(30666025-30666307)
chr4 (397-444)||(35268371-35268418)
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (1-426)||(24181385-24181809)
chr1 (288-579)||(47065571-47065859)
chr1 (207-479)||(47056413-47056686)
chr1 (31-167)||(47056123-47056259)
chr1 (492-579)||(47056034-47056121)
chr1 (60-157)||(47065227-47065324)
chr1 (179-271)||(47065477-47065569)
chr1 (492-524)||(47065153-47065185)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (188-286)||(9187883-9187981)
chr3 (394-491)||(9188090-9188187)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (325-475)||(16064-16209)
chr8 (322-376)||(16330-16384)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 375; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 375; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 579
Target Start/End: Complemental strand, 20592661 - 20592087
Alignment:
Q  6 gccactttctaaatgctccatgtgatgaccattgaaacattgtgatccgcattcttaaatatataaagaatacgccgggtaaaggattactatatgaaaa 105  Q
    |||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||  |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  20592661 gccaatttctaaatgctccatgtgacgatcattggaacgctgtgatccgcattcttaagtatataaagaatgcgccgggtaaaggattattatatgaaaa 20592562  T
Q  106 caagggtaacacagaagttgtaggctattctgatgttgattgggcaggttcaccaacagatagaaggtccacctcagggtactgtgtcctcattggacgg 205  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  20592561 caagggtaacaccaaagttgtaggctattctgatactgattgggcaggttcaccagcagatagaaggtccacctcagggtattgtgtcctcattggatgg 20592462  T
Q  206 aatttgatctcatggcgaagtaagaaacaaaacattgttgcaaggtctagtgcagaagccgaatatcgtgttatggcagcagcaacttgtgaactcacat 305  Q
    ||||||||||||||| | || |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||| |    
T  20592461 aatttgatctcatggaggagcaagaaacagaacatagttgcaaggtctagtgcagaagccgaatatcgtgctatggcagcatcaacttgtgaattcacgt 20592362  T
Q  306 ggataagacaattactccaacaactcaaattaggagatgtcaaggcaatgaagctaatatgtgataaccaagatgcactacatat-gcttccaacccagt 404  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||  ||||||||||| |||||||| |||||    
T  20592361 ggctaaggcaattactccaacaactcaaattaggagatgtcaaggcaatgaagctaatatgtgacaatcaagcagcactacatatagcttccaatccagt 20592262  T
Q  405 tttccatgaaagaactaagcacatagagattgactgtcacattgtaagagataaggctctttcaggagaaatcattacagattttgttggttcaaatgat 504  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||    
T  20592261 tttccatgaaagaaccaagcacatagagatcgactatcactttgtgagagataaggttctttcaggagaaatcattacggattttgttggttcgaataat 20592162  T
Q  505 caattggctgacatatttactaaatcccttagaggtgctcaggtagaatctatttgtaacaagcttggtgcatat 579  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  | |  || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20592161 caattggctgacatatttactaagtcccttagaggaccacgtgttgaatctatttgtaacaagcttggtgcatat 20592087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 390 - 579
Target Start/End: Original strand, 19314340 - 19314529
Alignment:
Q  390 tgcttccaacccagttttccatgaaagaactaagcacatagagattgactgtcacattgtaagagataaggctctttcaggagaaatcattacagatttt 489  Q
    ||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||| ||  |||||||| ||||||| | || ||||||    
T  19314340 tgcttccaacccattttttcttgaaagaactaagcacatagagatcgactgtcactttgcaagagattagattctttcagaagaaatcgtaactgatttt 19314439  T
Q  490 gttggttcaaatgatcaattggctgacatatttactaaatcccttagaggtgctcaggtagaatctatttgtaacaagcttggtgcatat 579  Q
    |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||| |  |||||||||||  ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  19314440 gttggtacaaatgatcaattgtctggcatatttacgaggtcccttagaggacctcaggttgaatctatttgttacaagcttggtgcatat 19314529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 390 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 569195 - 569046
Alignment:
Q  390 tgcttccaacccagttttccatgaaagaactaagcacatagagattgactgtcacattgtaagagataaggctctttcaggagaaatcattacagatttt 489  Q
    ||||||||| ||||  |||||||| ||||| |||||| || ||||  |||  ||  |||||||||| |||| ||||||||||||||| || ||  |||||    
T  569195 tgcttccaatccagccttccatgagagaacgaagcacgtaaagatccactaccattttgtaagagacaaggttctttcaggagaaattataacgaatttt 569096  T
Q  490 gttggttcaaatgatcaattggctgacatatttactaaatcccttagagg 539  Q
    | |||| ||| ||||||| | ||||| |||||||| || || ||||||||    
T  569095 gatggtccaactgatcaactagctgatatatttaccaactctcttagagg 569046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 359; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 359; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 579
Target Start/End: Complemental strand, 22161080 - 22160502
Alignment:
Q  2 gttagccactttctaaatgctccatgtgatgaccattgaaacattgtgatccgcattcttaaatatataaagaatacgccgggtaaaggattactatatg 101  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||  | |||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||    
T  22161080 gttagccaatttctaaatgctccatgtgatgatcattggaacgctttgatccgcattcttaagtatataaagaatgtgccgggtaaaggattattatatg 22160981  T
Q  102 aaaacaagggtaacacagaagttgtaggctattctgatgttgattgggcaggttcaccaacagatagaaggtccacctcagggtactgtgtcctcattgg 201  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22160980 aaaacaagggtaacaccaaagttgtaggctattctgatgctgattaggcaggttcaccagcagatagaaggtccacctcagggtattgtgtcctcattgg 22160881  T
Q  202 acggaatttgatctcatggcgaagtaagaaacaaaacattgttgcaaggtctagtgcagaagccgaatatcgtgttatggcagcagcaacttgtgaactc 301  Q
    | ||||||||||||||||| | || |||||||| || || |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||    
T  22160880 agggaatttgatctcatggaggagcaagaaacagaatatagttgcaaggtctagtgtagaagccgaatatcgtgctatggcagtaacaacttgtgaactc 22160781  T
Q  302 acatggataagacaattactccaacaactcaaattaggagatgtcaaggcaatgaagctaatatgtgataaccaagatgcactacatat-gcttccaacc 400  Q
    || ||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||  ||||||||||| |||||||| |    
T  22160780 acgtggctaaggcaattactccaacaactcaaatttggagatgtcaaggcaatgaagctaatatgtgacaatcgagcagcactacatatagcttccaatc 22160681  T
Q  401 cagttttccatgaaagaactaagcacatagagattgactgtcacattgtaagagataaggctctttcaggagaaatcattacagattttgttggttcaaa 500  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  22160680 cagttttccatgaaagaaccaagcacatagagatcgactgtcactttgtaagagataaggttctttcaagagaaatcattacggattttgttggttcgaa 22160581  T
Q  501 tgatcaattggctgacatatttactaaatcccttagaggtgctcaggtagaatctatttgtaacaagcttggtgcatat 579  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  | |  || ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22160580 tgatcaattggctgacatatttactaagtccctcagaggaccacttgttgaatctatttgtaacaagcttggtgtatat 22160502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 440 - 523
Target Start/End: Complemental strand, 32808679 - 32808596
Alignment:
Q  440 gtcacattgtaagagataaggctctttcaggagaaatcattacagattttgttggttcaaatgatcaattggctgacatattta 523  Q
    ||||| ||||||||||||||| || || |||| ||||  | || |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  32808679 gtcactttgtaagagataaggttcgttaaggataaattgtaactgattttgttggttcaagtgatcaattggccgacatattta 32808596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 337; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 579
Target Start/End: Complemental strand, 817665 - 817106
Alignment:
Q  2 gttagccactttctaaatgctccatgtgatgaccattgaaacattgtgatccgcattcttaaatatataaagaatacgccgggtaaaggattactatatg 101  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||    
T  817665 gttagccaatttcttaatgctccatgtgatgatcattggaacgttgtgatccgcattcttaagtatataaagaatgcgcagggtaaaggattattatatg 817566  T
Q  102 aaaacaagggtaacacagaagttgtaggctattctgatgttgattgggcaggttcaccaacagatagaaggtccacctcagggtactgtgtcctcattgg 201  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  817565 aaaacaagggtaacaccaaagttgtaggctattctgatgctgattgggcaggttcaccagcagatagaaggtccacctcatggtattgtgtcctcattgg 817466  T
Q  202 acggaatttgatctcatggcgaagtaagaaacaaaacattgttgcaaggtctagtgcagaagccgaatatcgtgttatggcagcagcaacttgtgaactc 301  Q
    | |                   || |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  817465 agg-------------------agcaagaaacagaacatagttgcaaggtctagtgcagaagccgaatatcgtgctatggcagcagcaacttgtgaattc 817385  T
Q  302 acatggataagacaattactccaacaactcaaattaggagatgtcaaggcaatgaagctaatatgtgataaccaagatgcactacatat-gcttccaacc 400  Q
    || ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||  ||||||||||| |||| ||| |    
T  817384 acgtggctaaggcaattactccaacaactcaaattaggagatgtcaaggcaatgaagctaatatgtgacaatcaagcagcactacatatagctttcaatc 817285  T
Q  401 cagttttccatgaaagaactaagcacatagagattgactgtcacattgtaagagataaggctctttcaggagaaatcattacagattttgttggttcaaa 500  Q
     |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  817284 tagttttccatgaaagaaccaagcacatagagatcgactgccactttgtaagagataaggttctttcaggagaaatcattacagattttgttggttcgaa 817185  T
Q  501 tgatcaattggctgacatatttactaaatcccttagaggtgctcaggtagaatctatttgtaacaagcttggtgcatat 579  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  | || || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  817184 tgatcaattggctgacatatttactaagtcccttagaggaccacatgttgaatctatttgtaacaagcttggtgcatat 817106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 209 - 579
Target Start/End: Original strand, 31323728 - 31324098
Alignment:
Q  209 ttgatctcatggcgaagtaagaaacaaaacattgttgcaaggtctagtgcagaagccgaatatcgtgttatggcagcagcaacttgtgaactcacatgga 308  Q
    ||||| |||| ||| || ||||| ||| |||| ||| |||  || ||||||||| | || |||| || ||||| |||| || |||||||||| ||||||     
T  31323728 ttgatatcatcgcggagcaagaagcaatacatagtttcaacttcgagtgcagaatcagagtatcttgctatggtagcaacatcttgtgaacttacatggc 31323827  T
Q  309 taagacaattactccaa-------caactcaaattaggagatgtcaaggcaatgaagctaatatgtgataaccaagatgcactacatat-gcttccaacc 400  Q
    |||||||||||||| |        ||||| || ||| ||||| ||||||||||||| ||||| | ||||||||  | |||||| ||||| |||||||| |    
T  31323828 taagacaattactctaggctcttgcaactaaagttaagagatatcaaggcaatgaaactaatttctgataacctggctgcacttcatattgcttccaatc 31323927  T
Q  401 cagttttccatgaaagaactaagcacatagagattgactgtcacattgtaagagataaggctctttcaggagaaatcattacagattttgttggttcaaa 500  Q
    ||||  ||||||| ||||  ||| || |||| |||||||| ||| || ||||||| |||| |  |||| |||||||  | |  |||||| || ||||||     
T  31323928 cagtactccatgagagaaggaagaacgtagacattgactgccactttttaagagacaaggtttgttcacgagaaattgtaattgattttatttgttcaac 31324027  T
Q  501 tgatcaattggctgacatatttactaaatcccttagaggtgctcaggtagaatctatttgtaacaagcttggtgcatat 579  Q
    |         || || ||||||||||| || ||||||||  ||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  31324028 ta--------gccgatatatttactaagtctcttagaggatctcgggttgaacctatttgtaacaagcttggtgcatat 31324098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 83 - 160
Target Start/End: Original strand, 31323600 - 31323677
Alignment:
Q  83 ggtaaaggattactatatgaaaacaagggtaacacagaagttgtaggctattctgatgttgattgggcaggttcacca 160  Q
    |||| ||||||||| ||||||  || ||||||||| |||||||| ||| | | ||||| ||||||| |||||||||||    
T  31323600 ggtagaggattactttatgaaggcaggggtaacactgaagttgttggccactttgatgctgattggacaggttcacca 31323677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 167 - 271
Target Start/End: Original strand, 17726655 - 17726759
Alignment:
Q  167 agaaggtccacctcagggtactgtgtcctcattggacggaatttgatctcatggcgaagtaagaaacaaaacattgttgcaaggtctagtgcagaagccg 266  Q
    ||||||||||| || || || ||||| ||||||||| | |||||||| ||||||  ||||||||| |||||  | ||||| || || |||||||| || |    
T  17726655 agaaggtccacatctggatattgtgttctcattggaggcaatttgatttcatggaaaagtaagaagcaaaatgtcgttgctagatcaagtgcagaggcag 17726754  T
Q  267 aatat 271  Q
    |||||    
T  17726755 aatat 17726759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 287; Significance: 1e-161; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 1 - 579
Target Start/End: Original strand, 34611263 - 34611840
Alignment:
Q  1 ggttagccactttctaaatgctccatgtgatgaccattgaaacattgtgatc-cgcattcttaaatatataaagaatacgccgggtaaaggattactata 99  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || |     ||| ||||||||||| |||||||||| | | ||||||||||||||||| ||    
T  34611263 ggttagtcaatttctaaatgctccatgtgatgaccattggaagacc---atctcgcattcttaactatataaagagtgcaccgggtaaaggattacttta 34611359  T
Q  100 tgaaaacaagggtaacacagaagttgtaggctattctgatgttgattgggcaggttcaccaacagatagaaggtccacctcagggtactgtgtcctcatt 199  Q
    | ||||||| ||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||  ||||||||||||    
T  34611360 taaaaacaaaggtaacacccaagttgtgggctattctgatgctgattgggcaggttcaccagcagatagaaggtccacttaagggtgttgtgtcctcatt 34611459  T
Q  200 ggacggaatttgatctcatggcgaagtaagaaacaaaacattgttgcaaggtctagtgcagaagccgaatatcgtgttatggcagcagcaacttgtgaac 299  Q
    |||   ||||||||||||||||  || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||  | ||| | |||||||| ||||||||||||    
T  34611460 ggaaaaaatttgatctcatggcagagcaagaaacagaacatagttgcaaggtctagtgcagaagcagaaagttgtgatgtggcagcaacaacttgtgaac 34611559  T
Q  300 tcacatggataagacaattactccaacaactcaaattaggagatgtcaaggcaatgaagctaatatgtgataaccaagatgcactacata-tgcttccaa 398  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||| | ||| ||||||| |||||| |||| ||| |||||    
T  34611560 tcacatggctaagacaattactccaacaactcaaattaggagacgtcaaggtaatgaaactaatctctgacaaccaagctgcactgcatattgcctccaa 34611659  T
Q  399 cccagttttccatgaaagaactaagcacatagagattgactgtcacattgtaagagataaggctctttcaggagaaatcattacagattttgttggttca 498  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||| ||| || |||||| ||||||||    
T  34611660 cccggtttttcatgaaagaactaagcacatagagatcgactgtcactttgtaagagataaagttctttcaggagaaaccataactgattttattggttca 34611759  T
Q  499 aatgatcaattggctgacatatttactaaatcccttagaggtgctcaggtagaatctatttgtaacaagcttggtgcatat 579  Q
    || ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||  |||| || |||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  34611760 aacgatcaattggctgacatatttaccaagtcccttagaggacctcaagttgaatctatctgtaacaagtttggtgcatat 34611840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 304 - 582
Target Start/End: Original strand, 30666303 - 30666579
Alignment:
Q  304 atggataagacaattactccaacaactcaaattaggagatgtcaaggcaatgaagctaatatgtgataaccaagatgcactacatat-gcttccaaccca 402  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| | |||||||||| ||||||||||||    
T  30666303 atggctaagacaattactccaacatctcaaattaggagatgtcaaggcaatgaatctaatatgtgacaaccaagctacactacatatcgcttccaaccca 30666402  T
Q  403 gttttccatgaaagaactaagcacatagagattgactgtcacattgtaagagataaggctctttcaggagaaatcattacagattttgttggttcaaatg 502  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||  ||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  30666403 gttttccatgaaagaactaagcacatagagatcgactgtcactttgtaagagataaggtactttcagaagaaatcattatagatttagttggttcaaatg 30666502  T
Q  503 atcaattggctgacatatttactaaatcccttagaggtgctcaggtagaatctatttgtaacaagcttggtgcatataac 582  Q
    | ||| |||||||||   |||||||||||||||||||| |||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30666503 accaactggctgaca---ttactaaatcccttagaggtcctcgagttgaatctatttgtaacaagcttggtgcatataac 30666579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 282
Target Start/End: Original strand, 30666025 - 30666307
Alignment:
Q  1 ggttagccactttctaaatgctccatgtgatgaccattgaaacattgtgatccgcattcttaaatatataaagaatacgccgggtaaaggattactatat 100  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||| ||||||||||| ||||| |||||| | || |||||||||||| | |||    
T  30666025 ggttagccaatctctaaatgctccatgtgatgaccattggaacgctgtgattcgcattcttaagtatatgaagaatgcaccaggtaaaggattaatttat 30666124  T
Q  101 g-aaaacaagggtaacacagaagttgtaggctattctgatgttgattgggcaggttcaccaacagatagaaggtccacctcagggtactgtgtcctcatt 199  Q
    | |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| | |||| ||||| |||| ||||||||||||    
T  30666125 ggaaaacaagggtaacaccgaagctgtaggctattctgatgctgattgggcaggttcaccagcagatagtaagtccgcctcaaggtattgtgtcctcatt 30666224  T
Q  200 ggacggaatttgatctcatggcgaagtaagaaacaaaacattgttgcaaggtctagtgcagaagccgaatatcgtgttatggc 282  Q
    ||| | ||||||||||||||||| || |||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||    
T  30666225 ggaggtaatttgatctcatggcggagcaagaaacaaaacaaagttgcaaggtctagtgctgaagctgaatatcgtgctatggc 30666307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 397 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 35268418 - 35268371
Alignment:
Q  397 aacccagttttccatgaaagaactaagcacatagagattgactgtcac 444  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  35268418 aacccagtttttcatgaaagaacaaagcacttagagattgactgtcac 35268371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 227; Significance: 1e-125; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 1 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 24181809 - 24181385
Alignment:
Q  1 ggttagccactttctaaatgctccatgtgatgaccattgaaacattgtgatccgcattcttaaatatataaagaatacgccgggtaaaggattactatat 100  Q
    ||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || | | ||||||||||||||||    
T  24181809 ggttagccaatttcaaaatgcttcatgtgatgaccattggaacattgtgatccgcattcttaagtatataaagaatgcgtctgataaaggattactatat 24181710  T
Q  101 gaaaacaagggtaacacagaagttgtaggctattctgatgttgattgggcaggttcaccaacagatagaaggtccacctcagggtactgtgtcctcattg 200  Q
     |||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||   || ||||||| ||||||||||||   |||||||||||||    
T  24181709 aaaaacaagggtaacactgaagatgtgggctattctgatgctgattgggcaggttcacttgcaaatagaagatccacctcagggcgttgtgtcctcattg 24181610  T
Q  201 gacggaatttgatctcatggcgaagtaagaaacaaaacattgttgcaaggtctagtgcagaagccgaatatcgtgttatggcagcagcaacttgtgaact 300  Q
    |  | ||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||| ||| |||||||| | ||||| ||| |||||||  ||||| |||||||||    
T  24181609 ggggaaatttgatctcatggcggagcaagaaacagaacatagttgcaaggccta-tgcagaagtcaaatattgtgctatggcaatagcaaattgtgaact 24181511  T
Q  301 cacatggataagacaattactccaacaactcaaattaggagatgtcaaggcaatgaagctaatatgtgataaccaagatgcactacatat-gcttccaac 399  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||   ||||||||||| |||||||||    
T  24181510 cacatggctaagac-attactccaacaactcaaattaggagatgtcaaggcaatgaaactaatatgtgacaaccaaatagcactacatatcgcttccaac 24181412  T
Q  400 ccagttttccatgaaagaactaagcac 426  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||    
T  24181411 ccaattttccatgaaagaactaagcac 24181385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 288 - 579
Target Start/End: Original strand, 47065571 - 47065859
Alignment:
Q  288 caacttgtgaactcacatggataagacaattactccaacaactcaaattaggagatgtcaaggcaatgaagctaatatgtgataaccaag--atgcacta 385  Q
    |||||||||||||||  | | ||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||  |||||||||| || |||||||| || |||   ||||  ||    
T  47065571 caacttgtgaactcatgtagttaagacaattactccaacagctcgaattaggagacgtttaggcaatgaaacttatatgtgacaatcaaactatgctata 47065670  T
Q  386 catatgcttccaacccagttttccatgaaagaactaagcacatagagattgactgtcacattgtaagagataaggctctttcaggagaaatcattacaga 485  Q
    ||| ||  ||||||| ||| || ||||||||| |||||||||||||| |||| |||||| ||||| |||||| |||||||||| ||||||| || || ||    
T  47065671 cat-tgtatccaacctagtctttcatgaaagagctaagcacatagagcttgaatgtcactttgtacgagatatggctctttcaagagaaattataactga 47065769  T
Q  486 ttttgttggttcaaatgatcaattggctgacatatttactaaatcccttagaggtgctcaggtagaatctatttgtaacaagcttggtgcatat 579  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||||||  ||| ||| ||||  ||||  ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  47065770 ttttgttggttcaaattatcaattgcctgacata--taccaaacccct--gaggacctcaggttgaatctatttgtaacaaacttggtgcatat 47065859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 207 - 479
Target Start/End: Original strand, 47056413 - 47056686
Alignment:
Q  207 atttgatctcatggcgaagtaagaaacaaaacattgttgcaaggtctagtgcagaagccgaatatcgtgttatggcagcagcaacttgtgaactcacatg 306  Q
    |||||||||| |  || ||||||||| | ||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  47056413 atttgatctcgttacggagtaagaaatagaacatagttgaaaggtctagtgcagaagcagaatatcgtattatggcagcatcaacttgtgaactcacgtg 47056512  T
Q  307 gataagacaattactccaacaactcaaattaggagatgtcaaggcaatgaagctaatatgtgataaccaagatgcactaca-tatgcttccaacccagtt 405  Q
      |||||||| |||||| ||| || ||||||||||| ||||||| | |||| ||||||||||| ||| ||| | ||||||| | ||| ||||||| |||     
T  47056513 attaagacaaatactcctacagctaaaattaggagacgtcaaggtattgaaactaatatgtgacaacgaagctacactacattttgcatccaacctagtc 47056612  T
Q  406 ttccatgaaagaactaagcacatagagattgactgtcacattgtaagagataaggctctttcaggagaaatcat 479  Q
    || |||| |||||||||    |||||||| |||||  || ||||||| ||||| | | ||||||||||||||||    
T  47056613 tttcatgcaagaactaaatggatagagatggactgagactttgtaagggataatgttttttcaggagaaatcat 47056686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 31 - 167
Target Start/End: Original strand, 47056123 - 47056259
Alignment:
Q  31 tgaccattgaaacattgtgatccgcattcttaaatatataaagaatacgccgggtaaaggattactatatgaaaacaagggtaacacagaagttgtaggc 130  Q
    ||||||||| |||| | ||||  |||||||||| |||||||||| | |||||||||||  |||||| |||||||||||||||| |||| ||||||| |||    
T  47056123 tgaccattggaacactctgatttgcattcttaagtatataaagagtgcgccgggtaaaatattactttatgaaaacaagggtatcacacaagttgtgggc 47056222  T
Q  131 tattctgatgttgattgggcaggttcaccaacagata 167  Q
    |||||| ||   || ||||||||||||||| ||||||    
T  47056223 tattctaataccgactgggcaggttcaccatcagata 47056259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 492 - 579
Target Start/End: Complemental strand, 47056121 - 47056034
Alignment:
Q  492 tggttcaaatgatcaattggctgacatatttactaaatcccttagaggtgctcaggtagaatctatttgtaacaagcttggtgcatat 579  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||  || | |||||||||||  ||| ||| |||||||||| | |||||||||||||||||    
T  47056121 tggttcaaatgatcaatgggttgacatattagcttagtcccttagaggacctcgggttgaatctattttttacaagcttggtgcatat 47056034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 60 - 157
Target Start/End: Original strand, 47065227 - 47065324
Alignment:
Q  60 ttaaatatataaagaatacgccgggtaaaggattactatatgaaaacaagggtaacacagaagttgtaggctattctgatgttgattgggcaggttca 157  Q
    |||| |||||||||| | | ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||  | ||| | |  |||||||||| | ||||||||||||||    
T  47065227 ttaattatataaagattgcaccgggtaaaggattactttatgaaaactagggtaacaccaatgttttggcgtattctgatgctaattgggcaggttca 47065324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 179 - 271
Target Start/End: Original strand, 47065477 - 47065569
Alignment:
Q  179 tcagggtactgtgtcctcattggacggaatttgatctcatggcgaagtaagaaacaaaacattgttgcaaggtctagtgcagaagccgaatat 271  Q
    |||||||| |||||| | |||||| | |||| |||||||| ||| ||||||||| | ||  | ||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  47065477 tcagggtattgtgtcgttattggaggaaattagatctcattgcggagtaagaaatagaatgtagttacaaggtctagtgcagaagcagaatat 47065569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 492 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 47065185 - 47065153
Alignment:
Q  492 tggttcaaatgatcaattggctgacatatttac 524  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  47065185 tggttcaaatgatcaattggatgacatatttac 47065153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000004; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 188 - 286
Target Start/End: Original strand, 9187883 - 9187981
Alignment:
Q  188 tgtgtcctcattggacggaatttgatctcatggcgaagtaagaaacaaaacattgttgcaaggtctagtgcagaagccgaatatcgtgttatggcagca 286  Q
    ||||| || |||||| | ||| ||||||||||| |||| |||||||||||||  ||||||   |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  9187883 tgtgttcttattggaggaaatatgatctcatggagaagcaagaaacaaaacagggttgcactatctagtgcagaagctgaatatcgtgctatggcagca 9187981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 394 - 491
Target Start/End: Original strand, 9188090 - 9188187
Alignment:
Q  394 tccaacccagttttccatgaaagaactaagcacatagagattgactgtcacattgtaagagataaggctctttcaggagaaatcattacagattttgt 491  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||| || ||||||  |||||||   || | |||||| || |||||||  |||||||||||    
T  9188090 tccaatccagttttccatgaacgaaccaagcacatagagatagattgtcactatgtaagacccaaagttctttctggtgaaatcaccacagattttgt 9188187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000002; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 325 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 16209 - 16064
Alignment:
Q  325 acaactcaaattaggagatgtcaaggcaatgaagctaatatgtgataaccaagatgcactacatat-gcttccaacccagttttccatgaaagaactaag 423  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| | | |||||||||     |||||||| |||| |||||||||||  ||||||||||||| |    
T  16209 acaactcaaattaggagatctcaaggcaattaagctaattttttataaccaag-----ctacatattgctttcaacccagtttctcatgaaagaacta-g 16116  T
Q  424 cacatagagattgactgtcacattgtaagagataaggctctttcaggagaaa 475  Q
    | |||| ||||   |||  || |||| |||||||| | ||||||||||||||    
T  16115 ctcatatagatcatctgctactttgtgagagataaagttctttcaggagaaa 16064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 322 - 376
Target Start/End: Original strand, 16330 - 16384
Alignment:
Q  322 ccaacaactcaaattaggagatgtcaaggcaatgaagctaatatgtgataaccaa 376  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||  ||||| ||||| ||||| ||||||    
T  16330 ccaacaactcaaattaggagatgccaaggtgatgaaactaatttgtgacaaccaa 16384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University