View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14518_low_3 (Length: 416)

Name: NF14518_low_3
Description: NF14518
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14518_low_3
NF14518_low_3
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (1-414)||(6624301-6624714)
chr4 (6-414)||(6813461-6813869)
chr4 (2-414)||(6589909-6590321)
chr4 (8-414)||(6750536-6750942)
chr4 (1-414)||(6648737-6649150)
chr4 (2-414)||(6794127-6794539)
chr4 (2-414)||(6535524-6535936)
chr4 (2-414)||(6672338-6672750)
chr4 (1-414)||(6500220-6500633)
chr4 (1-414)||(6713493-6713906)
chr4 (8-414)||(6725619-6726025)
chr4 (66-415)||(6756212-6756561)
chr4 (34-414)||(6833892-6834269)
chr4 (32-414)||(6547775-6548148)
chr4 (29-143)||(8412601-8412715)
chr4 (187-393)||(8412731-8412937)
[»] scaffold0373 (1 HSPs)
scaffold0373 (2-414)||(11764-12177)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (149-195)||(3264525-3264571)
chr8 (147-211)||(7166647-7166711)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (47-93)||(18928737-18928783)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (155-213)||(5368318-5368376)
chr6 (155-213)||(5423611-5423669)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 374; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 374; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 6624714 - 6624301
Alignment:
Q  1 agatatcaagaatattgttaaacacgtgacccgtttgctagatcggacagaattattcgttgctgaacatccagtgggtgtagaatctcgtgtggaagct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  6624714 agatatcaagaatattgttaaacacgtgacccgtttgctagataggacagaattattcgttgctgaacatccagtgggtgtagaatctcgtgtggatgct 6624615  T
Q  101 gtgactaagctactcaacatccaaaactccgaagatgttttacttttaggaatatggggaatggggggtgtgggtaaaacaaccactgccaaagcgattt 200  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  6624614 gtgactaagctactcaatatccaaaactccgaagatgttttacttttaggaatatggggaatggggggtgtgggtaaaacaaccattgccaaagcgattt 6624515  T
Q  201 ataatcaaattgggagaaaattcgacggacggagctttcttttgaatataagagaattttgcgagacagatgccaatcatgtttctctgcaacaacaaat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6624514 ataatcaaattgggagaaaattcgatggacggagctttcttttgaatataagagaattttgcgagacagatgccaatcatgtttctctgcaacaacaaat 6624415  T
Q  301 actctgtgatgtttacaaaacaacggcattcaagatacgcgatatcgaatcagggacaaatatatttaaggaaagacttgcccagaatagggtccttatt 400  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  6624414 actttgtgatgtttacaaaacaacggcattcaagatacgcgatatcgaatcagggaaaaatatattgaaggaaagacttgcccagaatagggtacttctt 6624315  T
Q  401 gtgcttgatgatgt 414  Q
    ||||||||||||||    
T  6624314 gtgcttgatgatgt 6624301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 6 - 414
Target Start/End: Original strand, 6813461 - 6813869
Alignment:
Q  6 tcaagaatattgttaaacacgtgacccgtttgctagatcggacagaattattcgttgctgaacatccagtgggtgtagaatctcgtgtggaagctgtgac 105  Q
    |||||||||||||| |||| || ||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  6813461 tcaagaatattgttgaacatgtcacccgtttgttagataggacagagttattcgttgctgaacatccagtgggtgtagaatctcgcgtggaaactgtgac 6813560  T
Q  106 taagctactcaacatccaaaactccgaagatgttttacttttaggaatatggggaatggggggtgtgggtaaaacaaccactgccaaagcgatttataat 205  Q
    ||| ||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| |||||||||    
T  6813561 taaactactaaacatcgaaaactcagaagatgttttacttctagggatatggggaatggggggtatgggtaaaacaacccttgccaaagcaatttataat 6813660  T
Q  206 caaattgggagaaaattcgacggacggagctttcttttgaatataagagaattttgcgagacagatgccaatcatgtttctctgcaacaacaaatactct 305  Q
    ||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||| |||| || || ||| |||| ||||||||| | ||||| |||||||| || ||||||||||| |    
T  6813661 caaattgggagcaaatttgagggaaggagctttcttctgaacattagggaactttgggagacagatactaatcaagtttctctacagcaacaaatacttt 6813760  T
Q  306 gtgatgtttacaaaacaacggcattcaagatacgcgatatcgaatcagggacaaatatatttaaggaaagacttgcccagaatagggtccttattgtgct 405  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||| | ||| ||| |||||||    
T  6813761 gtgatgtttgcaaaacaacggcattcaagatacatgacatcgaatcagggaaaaatatattgaaggaaagactttcccagaagaaggtacttcttgtgct 6813860  T
Q  406 tgatgatgt 414  Q
    |||||||||    
T  6813861 tgatgatgt 6813869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 2 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 6590321 - 6589909
Alignment:
Q  2 gatatcaagaatattgttaaacacgtgacccgtttgctagatcggacagaattattcgttgctgaacatccagtgggtgtagaatctcgtgtggaagctg 101  Q
    |||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6590321 gatatcaagaatattgttgaacacatcacccgtttgttagataggacagagttattcgttgctgaacatccagtgggtgtagaatctcgtgtggaagctg 6590222  T
Q  102 tgactaagctactcaacatccaaaactccgaagatgttttacttttaggaatatggggaatggggggtgtgggtaaaacaaccactgccaaagcgattta 201  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||| |||| || |||||||||||||||||| |||| |||||||||  ||||||||| |||||    
T  6590221 tgactaagctactaaacatccaaaactcagatgatgttttaattttggggatatggggaatggggggtatggggaaaacaacccttgccaaagcaattta 6590122  T
Q  202 taatcaaattgggagaaaattcgacggacggagctttcttttgaatataagagaattttgcgagacagatgccaatcatgtttctctgcaacaacaaata 301  Q
    ||||||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||| ||||||||||||| || || ||||||||| | ||||| |||||||| || ||| | |||    
T  6590121 taatcaaattgggagcaaatttgagggaaggagctttcttctgaatataagagagttatgggagacagatactaatcaagtttctctacagcaaaagata 6590022  T
Q  302 ctctgtgatgtttacaaaacaacggcattcaagatacgcgatatcgaatcagggacaaatatatttaaggaaagacttgcccagaatagggtccttattg 401  Q
    ||   ||||||||||||||||  | ||||||||||||| ||| | |||||||| | |||||| || ||||||| |||| ||||||||||||| ||| |||    
T  6590021 cttgatgatgtttacaaaacattgacattcaagatacgtgatctagaatcaggcaaaaatatgttgaaggaaaaactttcccagaatagggttcttcttg 6589922  T
Q  402 tgcttgatgatgt 414  Q
    || ||||||||||    
T  6589921 tgtttgatgatgt 6589909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 8 - 414
Target Start/End: Original strand, 6750536 - 6750942
Alignment:
Q  8 aagaatattgttaaacacgtgacccgtttgctagatcggacagaattattcgttgctgaacatccagtgggtgtagaatctcgtgtggaagctgtgacta 107  Q
    |||||||||||| |||| || | ||||||| ||||| ||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  6750536 aagaatattgttgaacatgtcatccgtttgttagataggacagagttatttgttgctgaacatccggtgggtgtagaatctcgtgtggaagctgcgacta 6750635  T
Q  108 agctactcaacatccaaaactccgaagatgttttacttttaggaatatggggaatggggggtgtgggtaaaacaaccactgccaaagcgatttataatca 207  Q
    |||| || ||||||||||| || |||||||| ||  |  |||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||| ||||| ||| |    
T  6750636 agctccttaacatccaaaaatcagaagatgtgtttatgctagggatatggggaatggggggtacgggtaaaacaaccattgccaaagccatttacaatga 6750735  T
Q  208 aattgggagaaaattcgacggacggagctttcttttgaatataagagaattttgcgagacagatgccaatcatgtttctctgcaacaacaaatactctgt 307  Q
    ||||||||| ||||| || ||| ||||||| ||| || ||||||| |||||||| |||||| || | ||||| ||||| || || |||||| ||||||||    
T  6750736 aattgggagcaaatttgagggaaggagcttccttatggatataagggaattttgggagacacatactaatcaagtttcactacagcaacaagtactctgt 6750835  T
Q  308 gatgtttacaaaacaacggcattcaagatacgcgatatcgaatcagggacaaatatatttaaggaaagacttgcccagaatagggtccttattgtgcttg 407  Q
    |||||||||||||||||   |||||||||||| || || |||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  6750836 gatgtttacaaaacaacaaaattcaagatacgtgacatagaatcagggaaaaacatattgaagcaaagacttgcccagaatagggtacttcttgtgcttg 6750935  T
Q  408 atgatgt 414  Q
    |||||||    
T  6750936 atgatgt 6750942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 414
Target Start/End: Original strand, 6648737 - 6649150
Alignment:
Q  1 agatatcaagaatattgttaaacacgtgacccgtttgctagatcggacagaattattcgttgctgaacatccagtgggtgtagaatctcgtgtggaagct 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||  | |||| |||||||||| ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  6648737 agatatcaagaatattgttgaacatatcacccatttgctagataggacagagttatttgttgccgaacatccagtgggtgtacaacctcgtgtggaagct 6648836  T
Q  101 gtgactaagctactcaacatccaaaactccgaagatgttttacttttaggaatatggggaatggggggtgtgggtaaaacaaccactgccaaagcgattt 200  Q
    |  ||||||||||| ||||||||| | || |||||||||| |||| | || || ||||||||||||||    || ||||| |||| ||||||||| ||||    
T  6648837 gcaactaagctactaaacatccaatattcagaagatgtttcacttcttgggatctggggaatggggggaactggaaaaactaccattgccaaagccattt 6648936  T
Q  201 ataatcaaattgggagaaaattcgacggacggagctttcttttgaatataagagaattttgcgagacagatgccaatcatgtttctctgcaacaacaaat 300  Q
    |||||||||||||||  ||||| || ||  ||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| ||   ||||  |||||||| ||||||||| |    
T  6648937 ataatcaaattgggaacaaatttgaggggaggagcttccttctgaatataagagaattttgggagacaaatattaatctagtttctctacaacaacaact 6649036  T
Q  301 actctgtgatgtttacaaaacaacggcattcaagatacgcgatatcgaatcagggacaaatatatttaaggaaagacttgcccagaatagggtccttatt 400  Q
     || ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| || || |||||||||| ||||| ||| || ||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  6649037 tctttgtgatgtttacaaaactacgacattcaagatacgtgacatagaatcagggaaaaatacattgaaagaaagactttcccagaatagggtacttatt 6649136  T
Q  401 gtgcttgatgatgt 414  Q
    ||||||||||||||    
T  6649137 gtgcttgatgatgt 6649150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 173; E-Value: 7e-93
Query Start/End: Original strand, 2 - 414
Target Start/End: Original strand, 6794127 - 6794539
Alignment:
Q  2 gatatcaagaatattgttaaacacgtgacccgtttgctagatcggacagaattattcgttgctgaacatccagtgggtgtagaatctcgtgtggaagctg 101  Q
    |||||||||||||||||| |||| || ||| ||||||| | | ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  6794127 gatatcaagaatattgttgaacatgtcaccggtttgcttggtaggacagagttatttgttgctgaacatccagtgggtttagaatctcgtgtggaagttg 6794226  T
Q  102 tgactaagctactcaacatccaaaactccgaagatgttttacttttaggaatatggggaatggggggtgtgggtaaaacaaccactgccaaagcgattta 201  Q
     ||||||||| || |||||| ||||||| |||||||| ||| || |||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||  ||| ||||| ||| |    
T  6794227 cgactaagctgctaaacatcaaaaactcagaagatgtattaattctagggatatggggaatggggggtatgggaaaaacaacccttgctaaagccattca 6794326  T
Q  202 taatcaaattgggagaaaattcgacggacggagctttcttttgaatataagagaattttgcgagacagatgccaatcatgtttctctgcaacaacaaata 301  Q
    ||||||||||||||| ||||| || ||| ||||||| |||||||| || || ||| |||| || |||||| | ||||| |||||||| || ||||| |||    
T  6794327 taatcaaattgggagcaaatttgagggaaggagcttccttttgaacattagggaagtttgggacacagatactaatcaagtttctctacagcaacagata 6794426  T
Q  302 ctctgtgatgtttacaaaacaacggcattcaagatacgcgatatcgaatcagggacaaatatatttaaggaaagacttgcccagaatagggtccttattg 401  Q
    ||   ||||||||||||| ||  | ||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||| | ||| |||    
T  6794427 cttcatgatgtttacaaagcactgacattcaaaatacgtgatatagaatcagggaaaaatatattgaaggaaagacttgcccagaaaaggatacttcttg 6794526  T
Q  402 tgcttgatgatgt 414  Q
    |||||||||||||    
T  6794527 tgcttgatgatgt 6794539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 2 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 6535936 - 6535524
Alignment:
Q  2 gatatcaagaatattgttaaacacgtgacccgtttgctagatcggacagaattattcgttgctgaacatccagtgggtgtagaatctcgtgtggaagctg 101  Q
    |||||||||||| ||||| |||| || || |||||||||||| ||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||  | |||||||||||| ||||||    
T  6535936 gatatcaagaatgttgttgaacatgttactcgtttgctagataggaaagagttatttgttgctgaacatccagtgggaattgaatctcgtgtgcaagctg 6535837  T
Q  102 tgactaagctactcaacatccaaaactccgaagatgttttacttttaggaatatggggaatggggggtgtgggtaaaacaaccactgccaaagcgattta 201  Q
      ||||||||| | |||||||||||| | |||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||| | || |||||||||| ||||||||| |||||    
T  6535836 caactaagctattaaacatccaaaacgcagaagatgtcttacttctagggatatggggaatggggggtataggcaaaacaaccattgccaaagccattta 6535737  T
Q  202 taatcaaattgggagaaaattcgacggacggagctttcttttgaatataagagaattttgcgagacagatgccaatcatgtttctctgcaacaacaaata 301  Q
    |||| ||||||| || || || || |||  |||||| ||| |||||||||| |||||||| ||||||| | | ||||| ||||| || || |||||| ||    
T  6535736 taatgaaattggtagcaagtttgatggaaagagcttccttctgaatataagggaattttgggagacaggtactaatcaagtttcactacagcaacaagta 6535637  T
Q  302 ctctgtgatgtttacaaaacaacggcattcaagatacgcgatatcgaatcagggacaaatatatttaaggaaagacttgcccagaatagggtccttattg 401  Q
    || ||||||||||||||||||||  ||||||||||||| || || |||||||||| ||||||||| ||| |||||||| ||||||| |||||  || |||    
T  6535636 ctttgtgatgtttacaaaacaacttcattcaagatacgtgacattgaatcagggaaaaatatattgaagcaaagactttcccagaaaagggtattttttg 6535537  T
Q  402 tgcttgatgatgt 414  Q
    | |||||||||||    
T  6535536 tacttgatgatgt 6535524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 2 - 414
Target Start/End: Original strand, 6672338 - 6672750
Alignment:
Q  2 gatatcaagaatattgttaaacacgtgacccgtttgctagatcggacagaattattcgttgctgaacatccagtgggtgtagaatctcgtgtggaagctg 101  Q
    |||||||||||||||||| |||  || |||||||| ||||||  |||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||     
T  6672338 gatatcaagaatattgttgaacgtgtcacccgtttcctagataagacagagttattcgttactgaacatccggtgggtgtagaatcttgtgtggaagctt 6672437  T
Q  102 tgactaagctactcaacatccaaaactccgaagatgttttacttttaggaatatggggaatggggggtgtgggtaaaacaaccactgccaaagcgattta 201  Q
      ||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||| || |||| || ||||||||| |||||    
T  6672438 ccactaagctacttaacatccagaattcagaagatgttttacttctagggatatggggaatggggggtatgggcaagacaaacattgccaaagccattta 6672537  T
Q  202 taatcaaattgggagaaaattcgacggacggagctttcttttgaatataagagaattttgcgagacagatgccaatcatgtttctctgcaacaacaaata 301  Q
     |||||||||||||| ||||| || ||| ||||||| ||| ||| |||||| |||||||| ||||||  |   ||||  |||||||| || |||||  ||    
T  6672538 caatcaaattgggagcaaatttgagggaaggagcttccttctgattataagggaattttgggagacatgtattaatctagtttctctacagcaacaggta 6672637  T
Q  302 ctctgtgatgtttacaaaacaacggcattcaagatacgcgatatcgaatcagggacaaatatatttaaggaaagacttgcccagaatagggtccttattg 401  Q
    || |||||||| |||||||||||| ||||||||||||| || || |||||| ||| ||||||| | |||||||||||||||||||  | ||| ||| |||    
T  6672638 ctttgtgatgtctacaaaacaacgacattcaagatacgtgacatagaatcaaggaaaaatatactgaaggaaagacttgcccagagcaaggtacttcttg 6672737  T
Q  402 tgcttgatgatgt 414  Q
    |||||||||||||    
T  6672738 tgcttgatgatgt 6672750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 6500633 - 6500220
Alignment:
Q  1 agatatcaagaatattgttaaacacgtgacccgtttgctagatcggacagaattattcgttgctgaacatccagtgggtgtagaatctcgtgtggaagct 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6500633 agatatcaagaatattgttcaacgcgtcacccgtttgctagataggacagagttatttgttgctgaacatccagtgggtttagaatctcgtgtggaagct 6500534  T
Q  101 gtgactaagctactcaacatccaaaactccgaagatgttttacttttaggaatatggggaatggggggtgtgggtaaaacaaccactgccaaagcgattt 200  Q
    | ||||||||| || |||||  ||||| |  ||||||| ||| || |||| ||||||||||||||||||  ||| || ||||||| ||||||||| ||||    
T  6500533 gcgactaagctgctaaacataaaaaacacaaaagatgtcttaattctagggatatggggaatggggggtacgggcaagacaaccattgccaaagccattt 6500434  T
Q  201 ataatcaaattgggagaaaattcgacggacggagctttcttttgaatataagagaattttgcgagacagatgccaatcatgtttctctgcaacaacaaat 300  Q
    ||||||||||||||||  |||| || ||  ||||||| ||| |||||||||| || ||||| || |||||| | ||||| ||||| || || ||| |  |    
T  6500433 ataatcaaattgggagcgaatttgagggtaggagcttccttctgaatataagggagttttgggaaacagatactaatcaagtttcactacagcaaaaggt 6500334  T
Q  301 actctgtgatgtttacaaaacaacggcattcaagatacgcgatatcgaatcagggacaaatatatttaaggaaagacttgcccagaatagggtccttatt 400  Q
     || ||||||||||||||||||||   |||||||||||| || || |||||||||| ||| ||||| | | |||||||| | ||||| | ||| ||| ||    
T  6500333 gctttgtgatgtttacaaaacaacaaaattcaagatacgtgacatagaatcagggaaaaacatattgaggcaaagactttctcagaaaaaggtacttttt 6500234  T
Q  401 gtgcttgatgatgt 414  Q
    ||||||||||||||    
T  6500233 gtgcttgatgatgt 6500220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 414
Target Start/End: Original strand, 6713493 - 6713906
Alignment:
Q  1 agatatcaagaatattgttaaacacgtgacccgtttgctagatcggacagaattattcgttgctgaacatccagtgggtgtagaatctcgtgtggaagct 100  Q
    ||||||||||||||| ||| |||| || |||||||||||||||  |||||| ||||| |||| |||| ||||||| |||||   |||||| ||||||| |    
T  6713493 agatatcaagaatatagttgaacatgtcacccgtttgctagataagacagacttatttgttgttgaatatccagtcggtgtcagatctcgagtggaagat 6713592  T
Q  101 gtgactaagctactcaacatccaaaactccgaagatgttttacttttaggaatatggggaatggggggtgtgggtaaaacaaccactgccaaagcgattt 200  Q
    ||||||||  |||| || |||||||| ||  | ||||||||||||||||| || ||||||||||||||  |||| |||||||||  ||||||||| ||||    
T  6713593 gtgactaatttactaaatatccaaaattcaaatgatgttttacttttagggatctggggaatggggggcttgggcaaaacaacccttgccaaagccattt 6713692  T
Q  201 ataatcaaattgggagaaaattcgacggacggagctttcttttgaatataagagaattttgcgagacagatgccaatcatgtttctctgcaacaacaaat 300  Q
    ||||||||||||| |  ||||| || ||| ||||||||||| | || || || ||| |||| ||||||||| | ||||| |||||||| || ||||||||    
T  6713693 ataatcaaattggtatcaaatttgagggaaggagctttcttctaaacattagggaagtttgggagacagatactaatcaagtttctctacagcaacaaat 6713792  T
Q  301 actctgtgatgtttacaaaacaacggcattcaagatacgcgatatcgaatcagggacaaatatatttaaggaaagacttgcccagaatagggtccttatt 400  Q
    ||| |||||||||||||||||||| | | |||||||||  || || |||||||||| |||| |||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||| ||    
T  6713793 actttgtgatgtttacaaaacaacagaactcaagatacttgacattgaatcagggaaaaatttattgaaggaaagacttgctcagaaaagggtacttctt 6713892  T
Q  401 gtgcttgatgatgt 414  Q
    ||||||||||||||    
T  6713893 gtgcttgatgatgt 6713906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 151; E-Value: 9e-80
Query Start/End: Original strand, 8 - 414
Target Start/End: Original strand, 6725619 - 6726025
Alignment:
Q  8 aagaatattgttaaacacgtgacccgtttgctagatcggacagaattattcgttgctgaacatccagtgggtgtagaatctcgtgtggaagctgtgacta 107  Q
    |||||||||||| || | || || |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||  ||||||| ||||||  ||||    
T  6725619 aagaatattgttgaatatgtcactcgtttgctggataggacagagttattcgttgctgaacatccagtaggagtagaacatcgtgtgcaagctgcaacta 6725718  T
Q  108 agctactcaacatccaaaactccgaagatgttttacttttaggaatatggggaatggggggtgtgggtaaaacaaccactgccaaagcgatttataatca 207  Q
    ||||| | ||||||||||| || ||||||||||||||| |||| || ||||| |||||||||  |||||||||||||  ||||||||| |||||||||||    
T  6725719 agctattgaacatccaaaaatcagaagatgttttacttctagggatttggggtatggggggtacgggtaaaacaacccttgccaaagccatttataatca 6725818  T
Q  208 aattgggagaaaattcgacggacggagctttcttttgaatataagagaattttgcgagacagatgccaatcatgtttctctgcaacaacaaatactctgt 307  Q
    |||||| || ||||| || ||| |||||||| || | ||||| || |||||||| |||||| || ||||||  |||||||| || ||| |  |||| |||    
T  6725819 aattggtagcaaatttgagggaaggagctttgttctaaatatcagggaattttgggagacaaataccaatctagtttctctacagcaaaaggtactttgt 6725918  T
Q  308 gatgtttacaaaacaacggcattcaagatacgcgatatcgaatcagggacaaatatatttaaggaaagacttgcccagaatagggtccttattgtgcttg 407  Q
    |||||||||||||||    ||||||||||||| || || |||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||| ||| || ||| ||||||| |    
T  6725919 gatgtttacaaaacattaacattcaagatacgtgacatagaatcagggaaaaatatattgaaggaaagactttcccagactagtgtacttcttgtgctag 6726018  T
Q  408 atgatgt 414  Q
    |||||||    
T  6726019 atgatgt 6726025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 66 - 415
Target Start/End: Original strand, 6756212 - 6756561
Alignment:
Q  66 aacatccagtgggtgtagaatctcgtgtggaagctgtgactaagctactcaacatccaaaactccgaagatgttttacttttaggaatatggggaatggg 165  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |||||||  ||||  ||  | ||||||||||| || || | | |  | ||  | || ||||||||||||||    
T  6756212 aacatccagtgggtgtagaatctcgagtagaagctgcaactactctcttaaacatccaaaaatcagatgttataattctgctggggatatggggaatggg 6756311  T
Q  166 gggtgtgggtaaaacaaccactgccaaagcgatttataatcaaattgggagaaaattcgacggacggagctttcttttgaatataagagaattttgcgag 265  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||| || ||| ||||||| ||| ||||||||||||| ||||| |||    
T  6756312 gggtatgggtaaaacaaccattgccaaagccatttataatgaaattggaagaaaatttgagggaaggagcttccttctgaatataagagagttttgggag 6756411  T
Q  266 acagatgccaatcatgtttctctgcaacaacaaatactctgtgatgtttacaaaacaacggcattcaagatacgcgatatcgaatcagggacaaatatat 365  Q
    |||||| | ||||| ||||| || ||||||||  ||||||| |||| |||| |||||||| ||||||||||||| || || |||||||||| ||||||||    
T  6756412 acagatactaatcaagtttcactacaacaacaggtactctgcgatgcttacgaaacaacgacattcaagatacgtgacatagaatcagggaaaaatatat 6756511  T
Q  366 ttaaggaaagacttgcccagaatagggtccttattgtgcttgatgatgtc 415  Q
    | ||| ||||||| |||||||||||||| ||| | |||||||||||||||    
T  6756512 tgaagcaaagactggcccagaatagggtacttctagtgcttgatgatgtc 6756561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 131; E-Value: 8e-68
Query Start/End: Original strand, 34 - 414
Target Start/End: Original strand, 6833892 - 6834269
Alignment:
Q  34 tttgctagatcggacagaattattcgttgctgaacatccagtgggtgtagaatctcgtgtggaagctgtgactaagctactcaacatccaaaactccgaa 133  Q
    |||||| ||| ||||| | ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||| ||||||| | |||||  |||| ||   |    
T  6833892 tttgcttgataggacaaagttatttgttgctgaacatccagtgggtttagaatctcgtgtggacactgtgattaagctattaaacataaaaaaatc---a 6833988  T
Q  134 gatgttttacttttaggaatatggggaatggggggtgtgggtaaaacaaccactgccaaagcgatttataatcaaattgggagaaaattcgacggacgga 233  Q
    |||||||||||| | || ||||||||||||||||||   ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || |||  ||    
T  6833989 gatgttttacttcttgggatatggggaatggggggtacaggtaaaacaaccattgccaaagccatttataatcaaattgggagcaaatttgagggaatga 6834088  T
Q  234 gctttcttttgaatataagagaattttgcgagacagatgccaatcatgtttctctgcaacaacaaatactctgtgatgtttacaaaacaacggcattcaa 333  Q
    |||| ||||||  | || | ||||| || |||||| || | ||||  ||||| ||||| |||||  |||| ||||||||||||||||||||  ||| |||    
T  6834089 gcttccttttgggtgtacgggaattctgggagacacatactaatctagtttcactgcagcaacaggtactttgtgatgtttacaaaacaacaacatccaa 6834188  T
Q  334 gatacgcgatatcgaatcagggacaaatatatttaaggaaagacttgcccagaatagggtccttattgtgcttgatgatgt 414  Q
    |||||  || ||||||||||||| || |||||| ||| |||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||||||||    
T  6834189 gatacatgacatcgaatcagggaaaattatattgaagcaaagacttgctcagaaaagggtgctttttgtgcttgatgatgt 6834269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 32 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 6548148 - 6547775
Alignment:
Q  32 cgtttgctagatcggacagaattattcgttgctgaacatccagtgggtgtagaatctcgtgtggaagctgtgactaagctactcaacatccaaaactccg 131  Q
    |||||||||||| ||||| | ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||  || |||||| | || |||||||| || |    
T  6548148 cgtttgctagataggacacagttatttgttgccgaacatccagtgggagtagaatctcgtgtgcaagctgcaaccaagctattaaagatccaaaagtcag 6548049  T
Q  132 aagatgttttacttttaggaatatggggaatggggggtgtgggtaaaacaaccactgccaaagcgatttataatcaaattgggagaaaattcgacggacg 231  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||          ||||||||||  |||||| | ||||||||| ||||||| || || || ||||||      
T  6548048 aagatgttttacttttagggatatggggaatgggc---------aaaacaaccatagccaaatccatttataatgaaattggtagcaagtttgacggaaa 6547958  T
Q  232 gagctttcttttgaatataagagaattttgcgagacagatgccaatcatgtttctctgcaacaacaaatactctgtgatgtttacaaaacaacggcattc 331  Q
    |||||| ||| |||||||||| |||||||| ||||||| | | ||||| ||||| || || |||||| |||| ||||||||||||||||||||  |||||    
T  6547957 gagcttccttctgaatataagggaattttgggagacaggtactaatcaagtttcactacagcaacaagtactttgtgatgtttacaaaacaacttcattc 6547858  T
Q  332 aagatacgcgatatcgaatcagggacaaatatatttaaggaaagacttgcccagaatagggtccttattgtgcttgatgatgt 414  Q
    |||||||| || || |||||||||| ||||| ||| |||||||||||  || | ||||| || ||| | ||||||||||||||    
T  6547857 aagatacgtgacattgaatcagggaaaaatacattaaaggaaagactctccgataatagagtgcttttagtgcttgatgatgt 6547775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 29 - 143
Target Start/End: Original strand, 8412601 - 8412715
Alignment:
Q  29 acccgtttgctagatcggacagaattattcgttgctgaacatccagtgggtgtagaatctcgtgtggaagctgtgactaagctactcaacatccaaaact 128  Q
    ||||||||||||||| | ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  || |||||||| ||||||| ||||| ||||| |    
T  8412601 acccgtttgctagatagcacagagttatttgttgctgaacatccagtcggtgtagaatctcgtgtaaaatctgtgactgagctactaaacatgcaaaatt 8412700  T
Q  129 ccgaagatgttttac 143  Q
    | |||||||||||||    
T  8412701 cagaagatgttttac 8412715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 187 - 393
Target Start/End: Original strand, 8412731 - 8412937
Alignment:
Q  187 tgccaaagcgatttataatcaaattgggagaaaattcgacggacggagctttcttttgaatataagagaattttgcgagacagatgccaatcatgtttct 286  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || |||  | ||||  || | |||||||| |||||||| |||| | || | ||||  ||||||    
T  8412731 tgccaaagccatttataatcaaattggtagaaaatttgagggaaagtgcttcgttctaaatataagggaattttgggagaaaaatactaatctagtttct 8412830  T
Q  287 ctgcaacaacaaatactctgtgatgtttacaaaacaacggcattcaagatacgcgatatcgaatcagggacaaatatatttaaggaaagacttgcccaga 386  Q
    || || ||||   |||| |||||| |||||||||||  | ||| ||||||||  || || | |||||||| || |||| | |||||||||||||||||||    
T  8412831 ctacagcaactggtactttgtgatttttacaaaacattgacatacaagatacatgacatagtatcagggaaaagtatactgaaggaaagacttgcccaga 8412930  T
Q  387 atagggt 393  Q
     ||||||    
T  8412931 ctagggt 8412937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0373 (Bit Score: 158; Significance: 6e-84; HSPs: 1)
Name: scaffold0373
Description:

Target: scaffold0373; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 6e-84
Query Start/End: Original strand, 2 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 12177 - 11764
Alignment:
Q  2 gatatcaagaatattgttaaacacgtgacccgtttgctagatcggacagaattattcgttgctgaacatccagtgggtgtagaatctcgtgtggaagctg 101  Q
    |||||||||||||||||| |||| || ||| ||||||| | | ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  12177 gatatcaagaatattgttgaacatgtcaccggtttgcttggtaggacagagttatttgttgctgaacatccagtgggtttagaatctcgtgtggaagttg 12078  T
Q  102 tgactaagctactcaacatccaaaactccgaagatgttttacttttaggaatatggggaatggggggtgtgggtaaaacaaccactgccaaagcgattta 201  Q
     ||||||||| || |||||| ||||||| |||||||| ||| || |||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||  ||| ||||| ||| |    
T  12077 cgactaagctgctaaacatcaaaaactcagaagatgtattaattctagggatatggggaatggggggtatgggaaaaacaacccttgctaaagccattca 11978  T
Q  202 taatcaaattgggagaaaattcgacggacggagctttcttttgaatataagagaa-ttttgcgagacagatgccaatcatgtttctctgcaacaacaaat 300  Q
    ||||||||||||||| ||||| || ||| ||||||| |||||||| || || ||| ||| | || |||||| | ||||| |||| | | || ||||| ||    
T  11977 taatcaaattgggagcaaatttgagggaaggagcttccttttgaacattagggaagtttggggacacagatactaatcaagtttgtgtacagcaacagat 11878  T
Q  301 actctgtgatgtttacaaaacaacggcattcaagatacgcgatatcgaatcagggacaaatatatttaaggaaagacttgcccagaatagggtccttatt 400  Q
    |||   ||||||||||||| ||  | ||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||| | ||| ||    
T  11877 acttcatgatgtttacaaagcactgacattcaaaatacgtgatatagaatcagggaaaaatatattgaaggaaagacttgcccagaaaaggatacttctt 11778  T
Q  401 gtgcttgatgatgt 414  Q
    ||||||||||||||    
T  11777 gtgcttgatgatgt 11764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 149 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 3264571 - 3264525
Alignment:
Q  149 ggaatatggggaatggggggtgtgggtaaaacaaccactgccaaagc 195  Q
    ||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||| ||||||||    
T  3264571 ggaatatggggaatgggtgggttgggtaaaacaaccacagccaaagc 3264525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 147 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 7166711 - 7166647
Alignment:
Q  147 taggaatatggggaatggggggtgtgggtaaaacaaccactgccaaagcgatttataatcaaatt 211  Q
    |||| ||||||||||||||  |   ||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||    
T  7166711 tagggatatggggaatgggcaggtcgggtaaaacaaccacagccaaagccatctataatcaaatt 7166647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 47 - 93
Target Start/End: Original strand, 18928737 - 18928783
Alignment:
Q  47 acagaattattcgttgctgaacatccagtgggtgtagaatctcgtgt 93  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||    
T  18928737 acagaattattcgttgcagaccatccagtgggggtagattctcgtgt 18928783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 155 - 213
Target Start/End: Original strand, 5368318 - 5368376
Alignment:
Q  155 tggggaatggggggtgtgggtaaaacaaccactgccaaagcgatttataatcaaattgg 213  Q
    ||||| |||||||| || ||||||||||||| ||||||||| ||||| ||| |||||||    
T  5368318 tggggtatggggggagttggtaaaacaaccattgccaaagctatttacaataaaattgg 5368376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 155 - 213
Target Start/End: Original strand, 5423611 - 5423669
Alignment:
Q  155 tggggaatggggggtgtgggtaaaacaaccactgccaaagcgatttataatcaaattgg 213  Q
    ||||| |||||||| || ||||||||||||| ||||||||| ||||| ||| |||||||    
T  5423611 tggggtatggggggagttggtaaaacaaccattgccaaagctatttacaataaaattgg 5423669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University