View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14537_low_6 (Length: 338)

Name: NF14537_low_6
Description: NF14537
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14537_low_6
NF14537_low_6
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (14-338)||(31056750-31057074)
chr7 (54-338)||(31101225-31101509)
chr7 (69-338)||(31182332-31182601)
chr7 (14-338)||(31138562-31138886)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 309; Significance: 1e-174; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 14 - 338
Target Start/End: Original strand, 31056750 - 31057074
Alignment:
Q  14 ccatcccccaagaaatgtgtacattaacaggtttacaattccttgatatttccttttgtaaattaaatggagcaattcctaaatccataggaaacttaac 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31056750 ccatcccccaagaaatgtgtacattaacaggtttacaattccttgatatttccttttgtaaattaaatggagcaattcctaaatccataggaaacttaac 31056849  T
Q  114 caacctatcatatcttattttaggaggcaacaattggtctggtggacctattcctcctgagattggtaaattaaacaatttattgcatcttgcaattcaa 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31056850 caacctatcatatcttattttaggaggcaacaattggtctggtggacctattcctcctgagattggtaaattaaacaatttattgcatcttgcaattcaa 31056949  T
Q  214 aaaagtaacctagtcggttccattccacaagaaattgggtttttgacaaatcttgcatatattgatttgtcaagaaactctctatctggtggtattcctg 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  31056950 aaaagtaacctagtcggttccattccacaagaaattgggtttttgacaaatcttgcatatattgatttgtcaaaaaactctctatctggtggtattcctg 31057049  T
Q  314 aaaccataggcaacatgagtaaatt 338  Q
    |||||||||| ||| |||| |||||    
T  31057050 aaaccatagggaacttgagcaaatt 31057074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 54 - 338
Target Start/End: Original strand, 31101225 - 31101509
Alignment:
Q  54 ccttgatatttccttttgtaaattaaatggagcaattcctaaatccataggaaacttaaccaacctatcatatcttattttaggaggcaacaattggtct 153  Q
    ||||||| ||| |||||||| | ||| ||||| ||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   ||||||||| |||||||  |||    
T  31101225 ccttgattttttcttttgtacactaagtggagaaattgataaatccataggaaatttaaccaacctatcatatctagatttaggaggtaacaatttttct 31101324  T
Q  154 ggtggacctattcctcctgagattggtaaattaaacaatttattgcatcttgcaattcaaaaaagtaacctagtcggttccattccacaagaaattgggt 253  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| ||||| || || |||  | |||| ||||||  | || ||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  31101325 ggtggtcccattcctcctgagattggaaaattgaagaaattaaggtatctagcaattacacaaggtagcctagttggttccattccacaagaaattggtt 31101424  T
Q  254 ttttgacaaatcttgcatatattgatttgtcaagaaactctctatctggtggtattcctgaaaccataggcaacatgagtaaatt 338  Q
    | |||||||| ||| | ||||||||||||||||  |||| ||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||| |||||    
T  31101425 tgttgacaaaccttacttatattgatttgtcaaacaactttctatctggtgttatccctgaaaccatagggaacatgagcaaatt 31101509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 69 - 338
Target Start/End: Original strand, 31182332 - 31182601
Alignment:
Q  69 ttgtaaattaaatggagcaattcctaaatccataggaaacttaaccaacctatcatatcttattttaggaggcaacaattggtctggtggacctattcct 168  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||  |||||   |||||||||||||||||    |||    |||||||||    
T  31182332 ttgtaaattaagtggagcaattcctaattccataggaaatttaaccaacctattgtatctagatttaggaggcaacaatttcgttggcactcctattcct 31182431  T
Q  169 cctgagattggtaaattaaacaatttattgcatcttgcaattcaaaaaagtaacctagtcggttccattccacaagaaattgggtttttgacaaatcttg 268  Q
    |||| |||||| ||||| ||||| |||| |  |||  ||||||||||| |||||||  | ||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||     
T  31182432 cctgtgattggaaaattgaacaaattatggtttctatcaattcaaaaatgtaaccttattggttctattccaaaagaaattgggtttttgacaaacctta 31182531  T
Q  269 catatattgatttgtcaagaaactctctatctggtggtattcctgaaaccataggcaacatgagtaaatt 338  Q
    | ||||||||||||||||  |||  ||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  31182532 cttatattgatttgtcaaacaaccttctttctggtgttatttctgaaaccataggcaacatgagtaaatt 31182601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 14 - 338
Target Start/End: Original strand, 31138562 - 31138886
Alignment:
Q  14 ccatcccccaagaaatgtgtacattaacaggtttacaattccttgatatttccttttgtaaattaaatggagcaattcctaaatccataggaaacttaac 113  Q
    ||||||| ||||||||||  ||||||| | ||||||||    ||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||| |    
T  31138562 ccatccctcaagaaatgttcacattaaaaagtttacaaaatattgatttttccttttgtaaactaagtggagcaattcctaattccataggaaatttatc 31138661  T
Q  114 caacctatcatatcttattttaggaggcaacaattggtctggtggacctattcctcctgagattggtaaattaaacaatttattgcatcttgcaattcaa 213  Q
    ||||||||  |||||   |||||||||||||||||    |||    |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| |  |||  ||||||||    
T  31138662 caacctattgtatctagatttaggaggcaacaatttcgttggcactcctattcctcctgagattggaaaattgaacaaattatggtttctatcaattcaa 31138761  T
Q  214 aaaagtaacctagtcggttccattccacaagaaattgggtttttgacaaatcttgcatatattgatttgtcaagaaactctctatctggtggtattcctg 313  Q
    ||| |||||||  | ||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||| |   ||||||||||||||  |||  ||| ||||||| ||||||||    
T  31138762 aaatgtaaccttattggttctattccaaaagaaattgggtttttgacaaaccttactcttattgatttgtcaaacaacattctttctggtgttattcctg 31138861  T
Q  314 aaaccataggcaacatgagtaaatt 338  Q
    |||||||||| |||||||| |||||    
T  31138862 aaaccatagggaacatgagcaaatt 31138886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University