View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14545_low_1 (Length: 813)

Name: NF14545_low_1
Description: NF14545
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14545_low_1
NF14545_low_1
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (340-797)||(28495513-28495971)
chr8 (474-794)||(28508059-28508370)
chr8 (73-339)||(34578464-34578732)
chr8 (553-795)||(28492196-28492438)
chr8 (73-341)||(7934951-7935220)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (1-339)||(16248334-16248672)
chr2 (87-339)||(45623117-45623369)
chr2 (48-339)||(9809348-9809639)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-339)||(31888656-31888994)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (172-339)||(27128901-27129070)
chr7 (44-199)||(39939981-39940135)
chr7 (260-341)||(39939166-39939247)
chr7 (278-339)||(36325328-36325390)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (260-340)||(52623599-52623679)
chr3 (278-339)||(54725446-54725508)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (287-339)||(17019991-17020043)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 411; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 411; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 340 - 797
Target Start/End: Complemental strand, 28495971 - 28495513
Alignment:
Q  340 atactttatatattttacttcctcgtgacccacgtgtagtgcgggtggataaatgtcatttattaaccggtgaaataatggttcacatgataaa-ttgaa 438  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  28495971 atactttatatattttacttcctcgtgacccacgtgtagtgcgggtggataaatgtcatttattaaccgctgaaataatggttcacatgataaaattgaa 28495872  T
Q  439 ttacaaaaataactaaataggataaccttatccttttttagtatatttatagtaactttcatttcttccatagtagttaagttagcttgctccatcatca 538  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  28495871 ttacaaaaataactaaataggataaccttatcctttttgagtatatttatagtaactttcatttcttcaatagtagttaagttggcttgctccatcatca 28495772  T
Q  539 tggatacaattagagatgaagaaaggccacttcatatagtaatgtttccatggctagcctttggtcacatgattccatatcttgaattagccaaacttat 638  Q
    |||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  28495771 tggatacaatcagagatgaagaaaaggcacttcatatagtaatgtttccatggctagcctttggtcacatgattccatatcttgaactagccaagcttat 28495672  T
Q  639 agcacaaaagggtcaccaagtaagttatgtttctacaccaagaaacatacaacgcctccctaaactaccaccaaatgttgttcctctcatcaaatttgtg 738  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  28495671 agcacaaaagggtcaccaagtaagttatgtttctacaccaagaaacatacaacgcctccctaaactaccaccaaatgttgctcctctcatcaaatttgtg 28495572  T
Q  739 agccttccattgccaaaagttgataaccttcctgaaaatgcagaggctactacagatat 797  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28495571 agccttccattgccaaaagttgataaccttcctgaaaatgcagaggctactacagatat 28495513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 474 - 794
Target Start/End: Complemental strand, 28508370 - 28508059
Alignment:
Q  474 ttttagtatatttatagtaactttcatttcttccatagtagttaagttagcttgctccatcatcatggatacaattagagatgaagaaaggccacttcat 573  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||     ||||||| |||||   |||||| |||||||||||||||| | |||||||     
T  28508370 ttttagtatatttatagtaactt-catttcttccatagtcgctaa-----cttgctctatcat---ggataccattagagatgaagaaaaggcacttcac 28508280  T
Q  574 atagtaatgtttccatggctagcctttggtcacatgattccatatcttgaattagccaaacttatagcacaaaagggtcaccaagtaagttatgtttcta 673  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  28508279 atagtaatgtttccatggctagcctttggtcacatgattccatatcttgaactagccaagcttatagcacaaaagggtcacaaagttagttatgtttcta 28508180  T
Q  674 caccaagaaacatacaacgcctccctaaactaccaccaaatgttgttcctctcatcaaatttgtgagccttccattgccaaaagttgataaccttcctga 773  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28508179 caccaagaaacatacaacgcctccctaaactaccaccaaatgttgctcctctcatcaaatttgtaaaccttccattgccaaaagttgataaccttcctga 28508080  T
Q  774 aaatgcagaggctactacaga 794  Q
    ||| |||||||||||||||||    
T  28508079 aaacgcagaggctactacaga 28508059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 171; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 73 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 34578732 - 34578464
Alignment:
Q  73 tgtggctatggttcctatggaccctgttgaagaacacgagagaggattgagaaataaagcccacgaaaattgatggaaaa-atgaataggacaaactttt 171  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||| | ||||||    
T  34578732 tgtggctatagttcctatggaacctgttgaagaagaagagagaggattgagaaagaaagcccacgaaaattgaaggaaaatatgaataggatagactttt 34578633  T
Q  172 ctctctcctctaattttctcttccctct--gcgtctcaacctttagatcaatccaacagtccagaatttcacaagacacacaacaggacattaaaaggca 269  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||| || |||||||| ||    
T  34578632 ctctctcccttaattttctcttccctctttgtgtctcaacctttagatcaatccaacagtctagaattgcacaagacatacaacatgatattaaaag-ca 34578534  T
Q  270 gtaggggatcatatccctaagggtggtacaaagtggtatgccacctaagtatgtttacctatcaccactc 339  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  34578533 ggaggggatcatatccctaagggtggtacaaagtggtatgccacctaagtatgtatacctatcaccactc 34578464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 167; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 553 - 795
Target Start/End: Complemental strand, 28492438 - 28492196
Alignment:
Q  553 gatgaagaaaggccacttcatatagtaatgtttccatggctagcctttggtcacatgattccatatcttgaattagccaaacttatagcacaaaagggtc 652  Q
    |||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  28492438 gatgaagaaaaggcacttcacatagtaatgtttccatggctagcctttggtcacatgatcccataccttgaagtggccaaacttatagcacaaaagggtc 28492339  T
Q  653 accaagtaagttatgtttctacaccaagaaacatacaacgcctccctaaactaccaccaaatgttgttcctctcatcaaatttgtgagccttccattgcc 752  Q
    ||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  28492338 accaagttagctatgtttctaccccaagaaacatacaacgcctccctcaactaccaccaaacgttgctcctctcatcaaatttgtgagtcttccaatgcc 28492239  T
Q  753 aaaagttgataaccttcctgaaaatgcagaggctactacagat 795  Q
     ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  28492238 taaagttgataatcttccagaaaatgcagaggccactacagat 28492196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 149; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 73 - 341
Target Start/End: Original strand, 7934951 - 7935220
Alignment:
Q  73 tgtggctatggttcctatggaccctgttgaagaacacgagagaggattgagaaataaagcccacgaaaattgatggaaaa-atgaataggacaaactttt 171  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||| |||||| | ||||||    
T  7934951 tgtggatatggttcctatggaacctgttgaagaagaagagagaggattgagaaagaaagcccacgaaaattgaaggaaaatatgtataggatagactttt 7935050  T
Q  172 ctctctcctctaattttctcttccctc--tgcgtctcaacctttagatcaatccaacagtccagaatttcacaagacacacaacaggacattaaaaggca 269  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||| |||||| || ||||||| |||    
T  7935051 ctctctcccctaattttctcttccctctttgtgtctcaacctttagatcaatccaacagtctagaattgcacaacacatacaacatgatattaaaa-gca 7935149  T
Q  270 gtaggggatcatatccctaagggtggtacaaagtggtatgccacctaagtatgtttacctatcaccactcat 341  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| | |||||| |||||||||||||||||    
T  7935150 ggaggggatcatatccctaaggatggtacaaagtagtatgccacc-atgtatgtatacctatcaccactcat 7935220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 323; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 16248672 - 16248334
Alignment:
Q  1 tcaagggaagaaggcttgatatgcttctcaatgatttcagacattattttgtttgaagaccaagattatgtgtgtggctatggttcctatggaccctgtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  16248672 tcaagggaagaaggcttgatatgcttctcaatgatttcagacattattttgtttgaagaccaagattatgtgtgtggctatggttcctatggaacctgtt 16248573  T
Q  101 gaagaacacgagagaggattgagaaataaagcccacgaaaattgatggaaaaatgaataggacaaacttttctctctcctctaattttctcttccctctg 200  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16248572 gaagaagaagagagaggattgagaaataaagcccacgaaaattgaaggaaaaatgaataggacaaacttttctctctcctctaattttctcttccctctg 16248473  T
Q  201 cgtctcaacctttagatcaatccaacagtccagaatttcacaagacacacaacaggacattaaaaggcagtaggggatcatatccctaagggtggtacaa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16248472 cgtctcaacctttagatcaatccaacagtccagaatttcacaagacacacaacaggacattaaaaggcagtaggggatcatatccctaagggtggtacaa 16248373  T
Q  301 agtggtatgccacctaagtatgtttacctatcaccactc 339  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16248372 agtggtatgccacctaagtatgtttacctatcaccactc 16248334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 87 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 45623369 - 45623117
Alignment:
Q  87 ctatggaccctgttgaagaacacgagagaggattgagaaataaagcccacgaaaattgatggaaaa-atgaataggacaaacttttctctctcctctaat 185  Q
    ||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||| |||||||||| | |||||||||||||| |||||    
T  45623369 ctatggaacctgttgaagaagaagagagaggattgagaaagaaagcccacaaaaattgaaggaaaatatgaataggatagacttttctctctcccctaat 45623270  T
Q  186 tttctcttccctctgcgtctcaacctttagatcaatccaacagtccagaatttcacaagacacacaacaggacattaaaaggcagtaggggatcatatcc 285  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||   || |||||| ||||||||| |||||| || ||||||| |||| || |||||||||||    
T  45623269 tttctcttccctctgtgtctcaacctttagatcaatccaaagatctagaattgcacaagacatacaacatgatattaaaa-gcaggagaggatcatatcc 45623171  T
Q  286 ctaagggtggtacaaagtggtatgccacctaagtatgtttacctatcaccactc 339  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  45623170 ctaagggtggtacaaagtggtatgccacctaagtatgtatacctatcaccactc 45623117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 48 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 9809639 - 9809348
Alignment:
Q  48 tttgtttgaagaccaagattatgtgtgtggctatggttcctatggaccctgttgaagaacacgagagaggattgagaaataaagcccacgaaaattgatg 147  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||  | |||||| |||||||||| |||||||||| | || |||||||||||||| | || || |||||||||| |    
T  9809639 tttgtttgaagaccaagattatttgtg--gttatggtgcctatggacc-tgttgaagaagaagatagaggattgagaaagagagtccccgaaaattgaag 9809543  T
Q  148 gaaaaa--tgaataggacaaacttttctctctcctctaattttctcttccctc-tgcgtctcaacctttagatcaatccaacagtccagaatttcacaag 244  Q
    ||||||  ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||| || |||  ||||||  |||||    
T  9809542 gaaaaaaatgaataatacaaacttttctctctcctctaattttctcttccctcttgtgtctcaacctttagatgaatctaagagtttagaattgtacaag 9809443  T
Q  245 acacacaacaggacattaaaaggcagtaggggatcatatccctaagggtggtacaaa-gtggtatgccacctaagtatgtttacctatcaccactc 339  Q
    ||| ||||||     ||||||||||  |||||||||| | |||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||  |||||||| |||||    
T  9809442 acaaacaacattgttttaaaaggcatgaggggatcat-ttcctaagagtggtacaaaggtggtatgccacctaagcatgtccacctatcatcactc 9809348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 311; Significance: 1e-175; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 1 - 339
Target Start/End: Original strand, 31888656 - 31888994
Alignment:
Q  1 tcaagggaagaaggcttgatatgcttctcaatgatttcagacattattttgtttgaagaccaagattatgtgtgtggctatggttcctatggaccctgtt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31888656 tcaagggaagaaggcttgatatgcttctcaatgatttcagacattattttttttgaagaccaagattatgtgtgtggctatggttcctatggaacctgtt 31888755  T
Q  101 gaagaacacgagagaggattgagaaataaagcccacgaaaattgatggaaaaatgaataggacaaacttttctctctcctctaattttctcttccctctg 200  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31888756 gaagaagaagagagaggattgagaaataaagcccactaaaattgaaggaaaaatgaataggacaaacttttctctctcctctaattttctcttccctctg 31888855  T
Q  201 cgtctcaacctttagatcaatccaacagtccagaatttcacaagacacacaacaggacattaaaaggcagtaggggatcatatccctaagggtggtacaa 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  31888856 cgtctcaacctttagatcaatccaacagtccagaatttcacaagacacacaacaggacattaaaaggcagtaggggatcatatccctaagggtgttacaa 31888955  T
Q  301 agtggtatgccacctaagtatgtttacctatcaccactc 339  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31888956 agtggtatgccacctaagtatgtttacctatcaccactc 31888994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 87; Significance: 3e-41; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 172 - 339
Target Start/End: Original strand, 27128901 - 27129070
Alignment:
Q  172 ctctctcctctaattttctcttccctct--gcgtctcaacctttagatcaatccaacagtccagaatttcacaagacacacaacaggacattaaaaggca 269  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||  | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| | |  ||||  ||||  |  |    
T  27128901 ctctctcctctaattttctctttcctctttgtgtctcaacctttagatcaatccaacaatccagaattgcacaagacagatagtaggatgttaacggaaa 27129000  T
Q  270 gtaggggatcatatccctaagggtggtacaaagtggtatgccacctaagtatgtttacctatcaccactc 339  Q
    | ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  27129001 ggaggggatcacatccctaaggatggtacaaagtggtatgccacctaagtatgtatacctatcaccactc 27129070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 44 - 199
Target Start/End: Original strand, 39939981 - 39940135
Alignment:
Q  44 ttattttgtttgaagaccaagattatgtgtgtggctatggttcctatggaccctgttgaagaacacgagagaggattgagaaataaagcccacgaaaatt 143  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||  | |||||| |||||||| | |||||||||| | || |||||||||||||| | || || ||||||||    
T  39939981 ttattttgtttgaagaccaatattatttgtg--gttatggtgcctatggatc-tgttgaagaagaagatagaggattgagaaagagagtccgcgaaaatt 39940077  T
Q  144 gatggaaaa--atgaataggacaaacttttctctctcctctaattttctcttccctct 199  Q
    || ||||||  |||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  39940078 gaaggaaaaaaatgaataatacaaacttttatctctcctctaattttctcttccctct 39940135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 260 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 39939247 - 39939166
Alignment:
Q  260 ttaaaaggcagtaggggatcatatccctaagggtggtacaaag-tggtatgccacctaagtatgtttacctatcaccactcat 341  Q
    ||||||||||  |||||||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||    
T  39939247 ttaaaaggcacgaggggatcatttcc-taagagtggtacaaaggtggtatgccacctaagtatgtccacctatcatcactcat 39939166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 278 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 36325390 - 36325328
Alignment:
Q  278 tcatatccctaagggtggtacaaag-tggtatgccacctaagtatgtttacctatcaccactc 339  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||  |||||||| |||||    
T  36325390 tcatatccttaagggtggtacaaaggtggtatgccacctaaggatgtcaacctatcatcactc 36325328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000001; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 260 - 340
Target Start/End: Original strand, 52623599 - 52623679
Alignment:
Q  260 ttaaaaggcagtaggggatcatatccctaagggtggtacaaag-tggtatgccacctaagtatgtttacctatcaccactca 340  Q
    ||||||||||  |||||||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||  |||||||| ||||||    
T  52623599 ttaaaaggcaagaggggatcatttcc-taagagtggtacaaaggtggtatgccacctaagcatgtccacctatcatcactca 52623679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 278 - 339
Target Start/End: Original strand, 54725446 - 54725508
Alignment:
Q  278 tcatatccctaagggtggtacaaag-tggtatgccacctaagtatgtttacctatcaccactc 339  Q
    |||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||  |||||||| |||||    
T  54725446 tcatatccttaggggtggtacaaaggtggtatgccacctaaggatgtcaacctatcatcactc 54725508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000005; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 287 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 17020043 - 17019991
Alignment:
Q  287 taagggtggtacaaagtggtatgccacctaagtatgtttacctatcaccactc 339  Q
    |||| ||||||| ||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  17020043 taagagtggtaccaagtggtattccacctaagtgtgtatacctatcaccactc 17019991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University