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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF14546_low_13 (Length: 338)
Name: NF14546_low_13
Description: NF14546
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF14546_low_13 |
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Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 301; Significance: 1e-169; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 12 - 320
Target Start/End: Original strand, 32104396 - 32104704
Alignment:
| Q |
12 |
agtgagatgaatgtataggatgaacattaaaccttaaaatgtaagttgtaattcaatcaatttgattaatcaagcatgtttacaatagaaagaacttaat |
111 |
Q |
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| T |
32104396 |
agtgatatgaatgtataggatgaacattaaaccttaaaatgtaagttgtaattcaatcaatttgattaatcaagcatatttacaatagaaagaacttaat |
32104495 |
T |
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| Q |
112 |
aaattataatatcttataaagaaataatattgattcaacttctaaaactacctgctcttggctttcaccaacaaagcacctgcataaccatcaagggaaa |
211 |
Q |
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| T |
32104496 |
aaattataatatcttataaagaaataatattgattcaacttctaaaactacctgctcttggctttcaccaacaaagcacctgcataaccatcaagggaaa |
32104595 |
T |
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| Q |
212 |
aagtgatacatatttatattattacaaattatggcatatttaaatcatagattataagcaaataaaccatttacattgaaccatatataaacttgactga |
311 |
Q |
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| T |
32104596 |
aagtgatacatatttatattattacaaattatggcatatttaaatcatagattataagcaaataaaccatttacattgaaccatatataaacttgactga |
32104695 |
T |
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| Q |
312 |
agagtgata |
320 |
Q |
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| T |
32104696 |
agagtgata |
32104704 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 11 - 299
Target Start/End: Original strand, 32087119 - 32087419
Alignment:
| Q |
11 |
gagtgagatgaatgtataggatgaacattaaaccttaaaatgtaagttgtaattcaatcaatttgattaatcaagcatgtttacaatagaaagaacttaa |
110 |
Q |
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| T |
32087119 |
gagtgatatgaatgtataagatgaacaataaaccttaaaatgtaagttctaaatcaatcaatttgattaatcaagcatgtttacaatagaaagaactcaa |
32087218 |
T |
|
| Q |
111 |
taaattataatatcttataaagaaataatattgattcaacttctaaaactacctgctcttggctttcaccaacaaagcacctgcataaccatcaagggaa |
210 |
Q |
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| T |
32087219 |
taacttgtaatatctcataaa-aaataatattgattcaacttctaaaattacctgctcttggctttcaccaacaaagcacctgcataaccatcaagggaa |
32087317 |
T |
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| Q |
211 |
aaagtgatacatatttatattatta-------------caaattatggcatatttaaatcatagattataagcaaataaaccatttacattgaaccatat |
297 |
Q |
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| T |
32087318 |
aaggtgatacacatttatatgattagtaagttaattggcaaattatggtatatttaaatcatagattataagcaaataaaccatttacatgaaaccatat |
32087417 |
T |
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| Q |
298 |
at |
299 |
Q |
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| T |
32087418 |
at |
32087419 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 7e-74
Query Start/End: Original strand, 12 - 299
Target Start/End: Original strand, 32074802 - 32075106
Alignment:
| Q |
12 |
agtgagatgaatgtataggatgaacattaaaccttaaaatgtaagttgtaattcaatcaatttgattaatcaagcatgtttacaatagaaagaacttaat |
111 |
Q |
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||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
32074802 |
agtgatatgaatgtataggatgaacaataaaccataaaatgttagttgtaaatcaatcaatttgattaat-aagcatgtttacaatagaaagaacttaat |
32074900 |
T |
|
| Q |
112 |
aaatta----taatatcttataaagaaataatatt-gattcaacttctaaaactacctgctcttggctttcaccaacaaagcacctgcataaccatcaag |
206 |
Q |
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| || | |||||||| | || ||| || ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
32074901 |
atataacttgtaatatctcaacaaaaaaaaaaatttgattcaacttctaaaattacctgctcttggctttcaccaacaaagcacctgcataaccatcaag |
32075000 |
T |
|
| Q |
207 |
ggaaaaagtgatacatatttatattatt-------------acaaattatggcatatttaaatcatagattataagcaaataaaccatttacattgaacc |
293 |
Q |
| |
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|||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
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| T |
32075001 |
ggaaaaggtgatacacatttatatggttagtaagttaattgacaaattatggcatatctaaataatagattataagcaaataaaccatttacatgaaacc |
32075100 |
T |
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| Q |
294 |
atatat |
299 |
Q |
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| T |
32075101 |
atatat |
32075106 |
T |
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