View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14548_low_1 (Length: 753)

Name: NF14548_low_1
Description: NF14548
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14548_low_1
NF14548_low_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (13-753)||(10312454-10313197)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 712; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 712; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 753
Target Start/End: Complemental strand, 10313197 - 10312454
Alignment:
Q  13 catcatcataagaacagcagcataatgctttacctggtattgggacgagaagacggttcagggtgtagaagccacagacaaaaaccagcgtcctttgcat 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10313197 catcatcataagaacagcagcataatgctttacctggtattgggacgagaagacggttcagggtgcagaagccatagacaaaaaccagcgtcctttgcat 10313098  T
Q  113 tttgtgatagaaattttggcggtaagattctatgacgcatatcaaacatcacagttgaatgtgcttccaatgactcaatattgcacagcaactgtgagaa 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10313097 tttgtgatagaaattttggcggtaagattctatgacgcatatcaaacatcacagttgaatgtgcttccaatgactcaatattgcacagcaactgtgagaa 10312998  T
Q  213 gcatccactaaaatgttaacaaaataggttatgaataattatagggtgatgatctaaaaactgagaagcaactcaatagttaaaaatgatagcataatta 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10312997 gcatccactaaaatgttaacaaaataggttatgaataattatagggtgatgatctaaaaactgagaagcaactcaatagttaaaaatgatagcataatta 10312898  T
Q  313 atccaagaagttggaataaaacttgtaagtcaaaacatatatgtatcaatttcatttcctaaggttagattaaattgtgcataacagccctgtggttatt 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10312897 atccaagaagttggaataaaacttgtaagtcaaaacatatatgtatcaatttcatttcctaaggttagattaaattgtgcataacagccctgtggttatt 10312798  T
Q  413 ttaattagtgaaacttaacaaaatatttttggc----tatcgagaggaaattatgcaggataaaggtttatgaaagtaataaaaatgtgttaaaaatttg 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10312797 ttaattagtgaaacttaacaaaata-ttttggctatatatcgagaggaaattatgcaggataaaggtttatgaaagtaataaaaatgtgttaaaaatttg 10312699  T
Q  509 ctgacctcaaaaagaagaactccaaggctataaacatttgatgaaaatgtacaagcttcctcattgagcacttctggacaagaataccatttctcttcaa 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10312698 ctgacctcaaaaagaagaactccaaggctataaacatttgatgaaaatgtacaagcttcctcattgagcacttctggacaagaataccatttctcttcaa 10312599  T
Q  609 actcaattgtttcagaaataaactgtttttcttctgcaaaagcatgttgataactcgaatcgtcaagccacaacctttctttattaacccttgtttccat 708  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10312598 actcaattgtttcagaaataaactgtttttcttctgcaaaagcatgttgataactcgaatcgtcaagccacaacctttctttattaacccttgtttccat 10312499  T
Q  709 gtccatttttgtgtcacagccatgaatacagttgaagtgatgctg 753  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10312498 gtccatttttgtgtcacagccatgaatacagttgaagtgatgctg 10312454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University