View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14554_low_11 (Length: 270)

Name: NF14554_low_11
Description: NF14554
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14554_low_11
NF14554_low_11
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (15-246)||(4619996-4620227)
chr8 (45-246)||(1846728-1846929)
chr8 (76-230)||(4787274-4787428)
chr8 (25-226)||(4297789-4297990)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (25-246)||(34691143-34691362)
chr2 (25-246)||(34713555-34713774)
chr2 (45-246)||(16232506-16232711)
chr2 (65-233)||(33861192-33861363)
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (45-246)||(3301066-3301267)
chr1 (42-243)||(45983463-45983664)
chr1 (42-226)||(38137628-38137812)
chr1 (45-246)||(7890792-7890993)
chr1 (44-246)||(43045329-43045531)
chr1 (44-246)||(43045782-43045984)
chr1 (44-246)||(43066423-43066625)
chr1 (44-246)||(43084210-43084412)
chr1 (44-246)||(45993240-45993442)
chr1 (52-247)||(51291959-51292153)
chr1 (44-227)||(7888546-7888729)
chr1 (44-246)||(40034448-40034648)
chr1 (45-230)||(43076553-43076737)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (44-246)||(4231802-4232004)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (45-226)||(16349475-16349656)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (51-246)||(7528838-7529033)
chr6 (48-246)||(7519467-7519665)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (112-174)||(39242152-39242214)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 224; Significance: 1e-123; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 15 - 246
Target Start/End: Original strand, 4619996 - 4620227
Alignment:
Q  15 tcagatccaatagtagtagaatcatatacgagaacagcacagtcagcttgggatgttccagtgatcatgttcttaatgaaatctctgtgtccgggggcat 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4619996 tcagatccaatagtagtagaatcatatacgagaacagcacagtcagcttgggatgttccggtgatcatgttcttaatgaaatctctgtgtccgggggcat 4620095  T
Q  115 caatgagagtgcagtagtacttggttgtctcaaacttggacagagaaatgtcgattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcaccca 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4620096 caatgagagtgcagtagtacttggttgtctcaaacttggacagagaaatgtcgattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcaccca 4620195  T
Q  215 agcatatttgaatgaacacatgttcatctcag 246  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4620196 agcatatttgaatgaacacatgtttatctcag 4620227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 45 - 246
Target Start/End: Original strand, 1846728 - 1846929
Alignment:
Q  45 agaacagcacagtcagcttgggatgttccagtgatcatgttcttaatgaaatctctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagtagtacttggttgtct 144  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  | | ||||||||||    
T  1846728 agaacggcacagtcagcttcggatgctccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagaggaagttggttgtct 1846827  T
Q  145 caaacttggacagagaaatgtcgattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatatttgaatgaacacatgttcatctc 244  Q
    |||||||  | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||| |||||    
T  1846828 caaacttccatagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcctgtttatctc 1846927  T
Q  245 ag 246  Q
    ||    
T  1846928 ag 1846929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 76 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 4787428 - 4787274
Alignment:
Q  76 tgatcatgttcttaatgaaatctctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagtagtacttggttgtctcaaacttggacagagaaatgtcgattgtgat 175  Q
    ||||||||||| ||||| | || ||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||      
T  4787428 tgatcatgttcctaatgtattccctgtgtccgggagcatcaatgacagtgcagttgtacttgtttgtctcaaacttggacatagaaatgtcaattgtggc 4787329  T
Q  176 acctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatatttgaatgaa 230  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4787328 acctctttcacgctcacccttgagtttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaa 4787274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 25 - 226
Target Start/End: Original strand, 4297789 - 4297990
Alignment:
Q  25 tagtagtagaatcatatacgagaacagcacagtcagcttgggatgttccagtgatcatgttcttaatgaaatctctgtgtccgggggcatcaatgagagt 124  Q
    ||||||| ||||||   ||||||||| |||||| |||| |||| | ||||||| |||||||||||||| | || || ||||||||||||||||||| | |    
T  4297789 tagtagtggaatcaatgacgagaacatcacagttagctagggacgctccagtggtcatgttcttaatgcattccctatgtccgggggcatcaatgacaat 4297888  T
Q  125 gcagtagtacttggttgtctcaaacttggacagagaaatgtcgattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatatttg 224  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||| | ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||    
T  4297889 gcagttgtacttgtttgtctcaaacttggacagagaaatgtcaattgtggcacctctttcatggtcagctttgagtttgtcaagtacccaagcatacttg 4297988  T
Q  225 aa 226  Q
    ||    
T  4297989 aa 4297990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 139; Significance: 8e-73; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 25 - 246
Target Start/End: Original strand, 34691143 - 34691362
Alignment:
Q  25 tagtagtagaatcatatacgagaacagcacagtcagcttgggatgttccagtgatcatgttcttaatgaaatctctgtgtccgggggcatcaatgagagt 124  Q
    ||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  34691143 tagtagtcgaatcaatgacgagaacagcacagtcagcttgggaggtcccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggagcatcaatgagagt 34691242  T
Q  125 gcagtagtacttggttgtctcaaacttggacagagaaatgtcgattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatatttg 224  Q
    | || |||||||||||||||||||||||  || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  34691243 gaagcagtacttggttgtctcaaacttg--catagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagcgttgagcttgtcaagcacccaagcatacttg 34691340  T
Q  225 aatgaacacatgttcatctcag 246  Q
    ||||||| | | ||||||||||    
T  34691341 aatgaacgcttcttcatctcag 34691362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 25 - 246
Target Start/End: Original strand, 34713555 - 34713774
Alignment:
Q  25 tagtagtagaatcatatacgagaacagcacagtcagcttgggatgttccagtgatcatgttcttaatgaaatctctgtgtccgggggcatcaatgagagt 124  Q
    ||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  34713555 tagtagtcgaatcaatgacgagaacagcacagtcagcttgggaggtcccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggagcatcaatgagagt 34713654  T
Q  125 gcagtagtacttggttgtctcaaacttggacagagaaatgtcgattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatatttg 224  Q
    | || |||||||||||||||||||||||  || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  34713655 gaagcagtacttggttgtctcaaacttg--catagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagcgttgagcttgtcaagcacccaagcatacttg 34713752  T
Q  225 aatgaacacatgttcatctcag 246  Q
    ||||||| | | ||||||||||    
T  34713753 aatgaacgcttcttcatctcag 34713774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 45 - 246
Target Start/End: Original strand, 16232506 - 16232711
Alignment:
Q  45 agaacagcacagtcagcttgggatgttccagtgatcatgttcttaa----tgaaatctctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagtagtacttggtt 140  Q
    ||||||||||||||||||| ||| || ||  |||||||||||||||    ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||    
T  16232506 agaacagcacagtcagcttcggaggtcccgatgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggtt 16232605  T
Q  141 gtctcaaacttggacagagaaatgtcgattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatatttgaatgaacacatgttca 240  Q
    |||||||||||| |||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||    
T  16232606 gtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcatcttca 16232705  T
Q  241 tctcag 246  Q
    ||||||    
T  16232706 tctcag 16232711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 65 - 233
Target Start/End: Original strand, 33861192 - 33861363
Alignment:
Q  65 ggatgttccagtgatcatgttcttaatgaaatctctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagtagtacttggttgtctcaaacttggacagagaaatg 164  Q
    |||||| ||| | ||||||||||||||  |||| |||||||| ||||||||||||| |||| |   ||||| | |||||||||| ||   || ||||| |    
T  33861192 ggatgtcccattaatcatgttcttaatataatccctgtgtccaggggcatcaatgacagtgtaccggtactggtttgtctcaaaattacgcatagaaacg 33861291  T
Q  165 tcgattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcaccca---agcatatttgaatgaacac 233  Q
    || || | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||   |||||| ||||||||||||    
T  33861292 tcaatggagatacctctttcacgctcagcctcgagcttgtcaagaacccaattagcatacttgaatgaacac 33861363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 138; Significance: 3e-72; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 45 - 246
Target Start/End: Original strand, 3301066 - 3301267
Alignment:
Q  45 agaacagcacagtcagcttgggatgttccagtgatcatgttcttaatgaaatctctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagtagtacttggttgtct 144  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||    
T  3301066 agaacagcacaatcagcttgggatgttccagtaatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgacagtgcagtagtacttagtagtct 3301165  T
Q  145 caaacttggacagagaaatgtcgattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatatttgaatgaacacatgttcatctc 244  Q
    |||||||  |||||| |||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||    
T  3301166 caaacttccacagagcaatgtcaattgtgatacctctttcacattcagccttgagcttgtcgagcacccaagcatacttgaatgaacgcttgttcatctc 3301265  T
Q  245 ag 246  Q
    ||    
T  3301266 ag 3301267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 42 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 45983664 - 45983463
Alignment:
Q  42 acgagaacagcacagtcagcttgggatgttccagtgatcatgttcttaatgaaatctctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagtagtacttggttg 141  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||    
T  45983664 acgagaacagcacagtcagcttgggacgttccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgacagtgcagttgtacttgtttg 45983565  T
Q  142 tctcaaacttggacagagaaatgtcgattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatatttgaatgaacacatgttcat 241  Q
    |||||||||| ||||| | |||||| ||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||    
T  45983564 tctcaaacttcgacagggtaatgtcaattgtaacacctctttcacgttcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcttgttcat 45983465  T
Q  242 ct 243  Q
    ||    
T  45983464 ct 45983463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 42 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 38137812 - 38137628
Alignment:
Q  42 acgagaacagcacagtcagcttgggatgttccagtgatcatgttcttaatgaaatctctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagtagtacttggttg 141  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || || || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  38137812 acgagaacagcacagtcagcttgggacgtcccggtaatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagtagtacttggtag 38137713  T
Q  142 tctcaaacttggacagagaaatgtcgattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatatttgaa 226  Q
    |||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  38137712 tctcaaactttgacagagaaatgtcaatagtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcgagcacccaagcatacttgaa 38137628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 134; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 45 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 7890993 - 7890792
Alignment:
Q  45 agaacagcacagtcagcttgggatgttccagtgatcatgttcttaatgaaatctctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagtagtacttggttgtct 144  Q
    ||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||  | | ||||||||||    
T  7890993 agaacagcacagtcagcttcggacgctccagtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccaggggcatcaatgagagtgcagcggaagttggttgtct 7890894  T
Q  145 caaacttggacagagaaatgtcgattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatatttgaatgaacacatgttcatctc 244  Q
    |||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  | ||||||||||    
T  7890893 caaacttccacagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaatgcctgttcatctc 7890794  T
Q  245 ag 246  Q
    ||    
T  7890793 ag 7890792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 44 - 246
Target Start/End: Original strand, 43045329 - 43045531
Alignment:
Q  44 gagaacagcacagtcagcttgggatgttccagtgatcatgttcttaatgaaatctctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagtagtacttggttgtc 143  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  43045329 gagaacggcacaatcagcttgggatgttccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcgatgacagtgcagtagtacttggttgtc 43045428  T
Q  144 tcaaacttggacagagaaatgtcgattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatatttgaatgaacacatgttcatct 243  Q
    ||||||||  | |||| |||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| | |||||||||    
T  43045429 tcaaacttccagagagcaatgtcaatggtgatacctctttcacgttcagccttgagcttgtcaaggacccaggcatacttgaatgaacgcttgttcatct 43045528  T
Q  244 cag 246  Q
    |||    
T  43045529 cag 43045531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 44 - 246
Target Start/End: Original strand, 43045782 - 43045984
Alignment:
Q  44 gagaacagcacagtcagcttgggatgttccagtgatcatgttcttaatgaaatctctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagtagtacttggttgtc 143  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  43045782 gagaacggcacaatcagcttgggatgttccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcgatgacagtgcagtagtacttggttgtc 43045881  T
Q  144 tcaaacttggacagagaaatgtcgattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatatttgaatgaacacatgttcatct 243  Q
    ||||||||  | |||| |||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| | |||||||||    
T  43045882 tcaaacttccagagagcaatgtcaatggtgatacctctttcacgttcagccttgagcttgtcaaggacccaggcatacttgaatgaacgcttgttcatct 43045981  T
Q  244 cag 246  Q
    |||    
T  43045982 cag 43045984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 44 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 43066625 - 43066423
Alignment:
Q  44 gagaacagcacagtcagcttgggatgttccagtgatcatgttcttaatgaaatctctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagtagtacttggttgtc 143  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  43066625 gagaacggcacaatcagcttgggatgttccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcgatgacagtgcagtagtacttggttgtc 43066526  T
Q  144 tcaaacttggacagagaaatgtcgattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatatttgaatgaacacatgttcatct 243  Q
    ||||||||  | |||| |||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| | |||||||||    
T  43066525 tcaaacttccagagagcaatgtcaatggtgatacctctttcacgttcagccttgagcttgtcaagaacccaggcatacttgaatgaacgcttgttcatct 43066426  T
Q  244 cag 246  Q
    |||    
T  43066425 cag 43066423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 44 - 246
Target Start/End: Original strand, 43084210 - 43084412
Alignment:
Q  44 gagaacagcacagtcagcttgggatgttccagtgatcatgttcttaatgaaatctctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagtagtacttggttgtc 143  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  43084210 gagaacggcacaatcagcttgggatgttccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcgatgacagtgcagtagtacttggttgtc 43084309  T
Q  144 tcaaacttggacagagaaatgtcgattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatatttgaatgaacacatgttcatct 243  Q
    ||||||||  | |||| |||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| | |||||||||    
T  43084310 tcaaacttccagagagcaatgtcaatggtgatacctctttcacgttcagccttgagcttgtcaaggacccaggcatacttgaatgaacgcttgttcatct 43084409  T
Q  244 cag 246  Q
    |||    
T  43084410 cag 43084412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 44 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 45993442 - 45993240
Alignment:
Q  44 gagaacagcacagtcagcttgggatgttccagtgatcatgttcttaatgaaatctctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagtagtacttggttgtc 143  Q
    |||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||  ||||||| |||||    
T  45993442 gagaacagcacaatcagcttgggacgtcccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccggaggcatcaatgacagtgcagctgtacttgtttgtc 45993343  T
Q  144 tcaaacttggacagagaaatgtcgattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatatttgaatgaacacatgttcatct 243  Q
    |||||||| |||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | || ||||||    
T  45993342 tcaaacttcgacaaagaactgtcaattgtgatacctctttcacgctcagtcttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcttgatcatct 45993243  T
Q  244 cag 246  Q
    |||    
T  45993242 cag 45993240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 52 - 247
Target Start/End: Original strand, 51291959 - 51292153
Alignment:
Q  52 cacagtcagcttgggatgttccagtgatcatgttcttaatgaaatctctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagtagtacttggttgtctcaaactt 151  Q
    |||||||||||||| | |  || | ||||||||||||||||||||  |  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||    
T  51291959 cacagtcagcttggaacggcccggcgatcatgttcttaatgaaattcccatgtccgggggcatcaatgagagtgcaatagtacttgattgt-tcaaactt 51292057  T
Q  152 ggacagagaaatgtcgattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatatttgaatgaacacatgttcatctcagt 247  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||    
T  51292058 ggatagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgaacttgtcaagcacccaagcatacgtgaatgaacgcatgttcatctcagt 51292153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 44 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 7888729 - 7888546
Alignment:
Q  44 gagaacagcacagtcagcttgggatgttccagtgatcatgttcttaatgaaatctctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagtagtacttggttgtc 143  Q
    |||||||||||| |||||||  || |  || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||    
T  7888729 gagaacagcacaatcagcttcagacgccccggtgatcatgttcttgatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagcagtagctggttgtc 7888630  T
Q  144 tcaaacttggacagagaaatgtcgattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatatttgaat 227  Q
    | ||||||  | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  7888629 tgaaacttccaaagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagtttgtcaagcacccaagcatacttgaat 7888546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 44 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 40034648 - 40034448
Alignment:
Q  44 gagaacagcacagtcagcttgggatgttccagtgatcatgttcttaatgaaatctctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagtagtacttggttgtc 143  Q
    ||||||||||||||||||| |||| || || || | ||||||||| |||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  40034648 gagaacagcacagtcagctagggacgtgccggttaacatgttcttgatgaaatct--gtgtccgggggcgtcaatgagagtgcagtggtatttggttgtc 40034551  T
Q  144 tcaaacttggacagagaaatgtcgattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatatttgaatgaacacatgttcatct 243  Q
    |||||||||||||  ||||| || ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| | | |||||||||    
T  40034550 tcaaacttggacatggaaatatcaattgtaacacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagtacccaagcatacttgaatgagcgcttgttcatct 40034451  T
Q  244 cag 246  Q
    |||    
T  40034450 cag 40034448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 45 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 43076737 - 43076553
Alignment:
Q  45 agaacagcacagtcagcttgggatgttccagtgatcatgttcttaatgaaatctctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagtagtacttggttgtct 144  Q
    |||| |||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||   ||||||| ||| ||||||||| |  |||| ||| ||| |||||||    
T  43076737 agaagagcacaatcagcttgggacgtcccagtgatcatgttcttaatgaaattcttgtgtcccgggacatcaatgacaacgcagcagttctttgttgtct 43076638  T
Q  145 caaacttggacagagaaatgtcgattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatatttgaatgaa 230  Q
    |||||||  | |||||||| || || || |||||||||||||| |||||| ||||||||||||| | ||| ||||| |||| ||||    
T  43076637 caaacttccagagagaaatctcaatggt-atacctctttcacgttcagccctgagcttgtcaaggatccaggcatacttgactgaa 43076553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 135; Significance: 2e-70; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 44 - 246
Target Start/End: Original strand, 4231802 - 4232004
Alignment:
Q  44 gagaacagcacagtcagcttgggatgttccagtgatcatgttcttaatgaaatctctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagtagtacttggttgtc 143  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||    
T  4231802 gagaacagcacaatcagcttgggatgtaccagtaatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccaggggcatcaatgacagtgcagtagtacttagtggtc 4231901  T
Q  144 tcaaacttggacagagaaatgtcgattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatatttgaatgaacacatgttcatct 243  Q
    ||||||||  |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| | |||||||||    
T  4231902 tcaaacttccacagagcaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagaacccaagcatacttaaatgaacgcttgttcatct 4232001  T
Q  244 cag 246  Q
    |||    
T  4232002 cag 4232004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 106; Significance: 4e-53; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 45 - 226
Target Start/End: Original strand, 16349475 - 16349656
Alignment:
Q  45 agaacagcacagtcagcttgggatgttccagtgatcatgttcttaatgaaatctctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagtagtacttggttgtct 144  Q
    |||| |||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||    
T  16349475 agaagagcacaatcagcttgggatgtcccagtaatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgatagtgcagcggtacttggttgtct 16349574  T
Q  145 caaacttggacagagaaatgtcgattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatatttgaa 226  Q
    |||| ||  ||| |||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||    
T  16349575 caaaattcaacatagaattgtcaattgtgatacctctttcgcgctcagccttgagtttgtcaagaacccacgcatacttgaa 16349656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 80; Significance: 1e-37; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 51 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 7529033 - 7528838
Alignment:
Q  51 gcacagtcagcttgggatgttccagtgatcatgttcttaatgaaatctctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagtagtacttggttgtctcaaact 150  Q
    ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |  |||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||| |    
T  7529033 gcacaatcagcctgggaggttccagtaatcatgttcttgatgaaatcacgatgtccgggagcatcaatgactgtgcagtagtacttggtggtctcaaatt 7528934  T
Q  151 tggacagagaaatgtcgattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatatttgaatgaacacatgttcatctcag 246  Q
    |  |||  | ||| ||||| || || |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||| |||||||||| | ||||||||||||    
T  7528933 tccacaaggcaatatcgatggtaattcctctttcacgctcagccttaagtttgtcaagaacccatgcatacttgaatgaacgcttgttcatctcag 7528838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 48 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 7519665 - 7519467
Alignment:
Q  48 acagcacagtcagcttgggatgttccagtgatcatgttcttaatgaaatctctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagtagtacttggttgtctcaa 147  Q
    |||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |  |||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||    
T  7519665 acagcacaatcagcctgggaggttccagtaatcatgttcttgatgaaatcacgatgtccgggagcatcaatgactgtgcagtagtacttggtggtctcaa 7519566  T
Q  148 acttggacagagaaatgtcgattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatatttgaatgaacacatgttcatctcag 246  Q
    | ||  ||| || ||| || || || || |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||| || | | ||||||||||||    
T  7519565 atttccacaaagcaatatcaatggtaattcctctttcacgctcagccttaagcttgtcaagaacccatgcgtacttgaaagacctcttgttcatctcag 7519467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 47; Significance: 7e-18; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 112 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 39242214 - 39242152
Alignment:
Q  112 catcaatgagagtgcagtagtacttggttgtctcaaacttggacagagaaatgtcgattgtga 174  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  39242214 catcaatgacagtgcagtagtactttgttgtctcaaacttggacagagcaatgtcaattgtga 39242152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University