View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14556_low_1 (Length: 671)

Name: NF14556_low_1
Description: NF14556
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14556_low_1
NF14556_low_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (19-652)||(26425218-26425850)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 573; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 573; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 652
Target Start/End: Complemental strand, 26425850 - 26425218
Alignment:
Q  19 gatttgatgcagttgcaagcagcttttttatcctcagatgttgatacagctgatgcaagagctttagctccagagcaacatgcagctggtggttgtccac 118  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26425850 gatttgatgcagttgcaagcagcctttttatcctcagatgttgatacagctgatgctagagctttagctccagagcaacatgcagctggtggttgtccac 26425751  T
Q  119 ttccactaaccaaatagctcacacaaggtttcaagtccttaatcacatcactgcatgaaattgcagcctctgaatttgaggcaacaaagatgagaagcac 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26425750 ttccactaaccaaatagctcacacaaggtttcaagtccttaatcacatcactgcatgaaattgcagcctctgaatttgaggcaacaaagatgagaagcac 26425651  T
Q  219 aagagcagaaaatgcaattaaagaagatttcatggctacttaatttatgaagatttcctgaatttgcattggttgtttttcatcatttataggagtttaa 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  26425650 aagagcagaaaatgcaattaaagaagatttcatggctacttaatttatcaagttttcctgaatctgcattggttatttttcatcatttataggagtttaa 26425551  T
Q  319 aaggaagctaaaatatgcaagtaaagtagnnnnnnnnattaggtgaatgtggtgtattgcaagaaagaagaagtatatcattttgatatcttttggattt 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26425550 aaggaagctaaaatatgcaagtaaagtag-tttttttattaggtgaatgtggtgtattgcaagaaagaagaagtatatcattttgatatcttttggattt 26425452  T
Q  419 tgtcaaaattcaaggttaggtggaagtagtgaagaaggggttattcattttcaacaagtaaaataagattgcaaattcatgcaaactattatttgctttc 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  26425451 tgtcaaaattcaaggttaggtggaagtagtgaagaagggtttattcattttcaacaagtaaaataagattgcaagttcatgcaaactattatttgctttc 26425352  T
Q  519 atattttttgtttctccaagaatttgatcacttaaccttctctaaagaaagaaaactataaagtgtactagaagtaaacatttagaggatctctaatatt 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26425351 atattttttgtttctccaagaatttgatcacttaaccttctctaaagaaagaaaactataaagtgtactagaagtaaacatttagaggatctctaatatt 26425252  T
Q  619 gaatactatgagattttgttaatttctttttatt 652  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26425251 gaatactatgagattttgttaatttctttttatt 26425218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University