View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1456_low_18 (Length: 250)

Name: NF1456_low_18
Description: NF1456
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1456_low_18
NF1456_low_18
[»] chr7 (26 HSPs)
chr7 (24-240)||(8081483-8081702)
chr7 (25-240)||(8832385-8832601)
chr7 (25-240)||(38595396-38595612)
chr7 (27-235)||(8082663-8082873)
chr7 (34-240)||(42974685-42974893)
chr7 (26-240)||(40303777-40303992)
chr7 (47-240)||(8833605-8833801)
chr7 (29-240)||(37107358-37107572)
chr7 (25-240)||(12621975-12622191)
chr7 (41-240)||(40304593-40304793)
chr7 (124-240)||(1065468-1065584)
chr7 (32-240)||(18798621-18798833)
chr7 (29-240)||(38592955-38593168)
chr7 (21-240)||(25270291-25270506)
chr7 (26-113)||(38875068-38875155)
chr7 (26-102)||(38198761-38198837)
chr7 (25-83)||(1065377-1065434)
chr7 (28-113)||(43830653-43830738)
chr7 (24-113)||(43831958-43832047)
chr7 (24-108)||(43309630-43309714)
chr7 (25-113)||(46043365-46043453)
chr7 (21-113)||(45959169-45959261)
chr7 (25-108)||(46044808-46044891)
chr7 (64-113)||(46330533-46330582)
chr7 (26-102)||(43084358-43084434)
chr7 (26-102)||(45957805-45957881)
[»] chr8 (30 HSPs)
chr8 (25-240)||(44893531-44893748)
chr8 (25-240)||(44894812-44895028)
chr8 (22-240)||(3865361-3865582)
chr8 (25-240)||(30133929-30134148)
chr8 (29-240)||(32243357-32243570)
chr8 (21-190)||(3866815-3866987)
chr8 (26-240)||(32244799-32245015)
chr8 (124-240)||(6243256-6243375)
chr8 (132-235)||(6244456-6244559)
chr8 (25-113)||(42816014-42816102)
chr8 (21-111)||(13324062-13324152)
chr8 (25-113)||(24451176-24451264)
chr8 (25-113)||(37707232-37707320)
chr8 (22-113)||(13322879-13322970)
chr8 (25-75)||(6247930-6247980)
chr8 (21-102)||(21136461-21136542)
chr8 (25-102)||(36062499-36062576)
chr8 (25-113)||(37705832-37705920)
chr8 (25-113)||(39338028-39338116)
chr8 (22-113)||(39308271-39308362)
chr8 (21-111)||(16472684-16472774)
chr8 (21-111)||(16477255-16477345)
chr8 (25-111)||(42817218-42817304)
chr8 (25-97)||(14840484-14840556)
chr8 (25-113)||(45021960-45022048)
chr8 (25-112)||(21575506-21575593)
chr8 (24-102)||(39336711-39336789)
chr8 (25-110)||(21135018-21135103)
chr8 (24-56)||(22959835-22959867)
chr8 (25-113)||(35368885-35368973)
[»] chr5 (24 HSPs)
chr5 (23-240)||(37811958-37812176)
chr5 (25-240)||(3407291-3407507)
chr5 (27-240)||(19333360-19333575)
chr5 (26-240)||(2263193-2263409)
chr5 (28-240)||(43211030-43211244)
chr5 (25-242)||(37813123-37813342)
chr5 (26-240)||(40272134-40272350)
chr5 (24-232)||(42258295-42258508)
chr5 (124-240)||(19332239-19332355)
chr5 (124-240)||(43209751-43209867)
chr5 (124-240)||(42645293-42645409)
chr5 (26-111)||(9168465-9168547)
chr5 (21-91)||(19332144-19332214)
chr5 (124-235)||(41617381-41617493)
chr5 (23-97)||(19193061-19193135)
chr5 (25-113)||(23318045-23318133)
chr5 (29-112)||(18951154-18951237)
chr5 (24-111)||(41140132-41140219)
chr5 (26-111)||(13921164-13921249)
chr5 (25-102)||(26866198-26866275)
chr5 (21-111)||(41138720-41138810)
chr5 (29-113)||(26864933-26865017)
chr5 (25-102)||(34526720-34526797)
chr5 (25-113)||(20898444-20898532)
[»] chr4 (20 HSPs)
chr4 (21-240)||(28162906-28163127)
chr4 (25-240)||(34512226-34512446)
chr4 (24-240)||(13508543-13508760)
chr4 (25-195)||(34513479-34513651)
chr4 (22-240)||(48738181-48738401)
chr4 (21-240)||(44451757-44451979)
chr4 (28-240)||(28164124-28164338)
chr4 (182-240)||(34513419-34513477)
chr4 (26-111)||(10322829-10322914)
chr4 (24-113)||(31318064-31318153)
chr4 (26-111)||(40171410-40171495)
chr4 (25-113)||(33688373-33688461)
chr4 (26-113)||(35061324-35061411)
chr4 (23-102)||(45046734-45046813)
chr4 (24-69)||(15157654-15157699)
chr4 (23-109)||(53572039-53572125)
chr4 (25-98)||(11669818-11669891)
chr4 (25-102)||(45045199-45045276)
chr4 (22-102)||(31470657-31470737)
chr4 (25-113)||(44209993-44210081)
[»] chr1 (31 HSPs)
chr1 (25-240)||(12251765-12251982)
chr1 (22-240)||(27551897-27552117)
chr1 (22-240)||(51841405-51841627)
chr1 (26-240)||(52010755-52010970)
chr1 (24-240)||(11396707-11396925)
chr1 (29-240)||(25352848-25353060)
chr1 (22-240)||(51839890-51840110)
chr1 (27-240)||(51339999-51340214)
chr1 (27-234)||(51338140-51338349)
chr1 (25-240)||(27550470-27550687)
chr1 (25-240)||(12896622-12896838)
chr1 (23-240)||(49768806-49769024)
chr1 (25-112)||(12898900-12898987)
chr1 (25-240)||(25351646-25351849)
chr1 (26-240)||(48218252-48218467)
chr1 (124-240)||(49767463-49767579)
chr1 (146-240)||(12897492-12897586)
chr1 (24-96)||(11397778-11397850)
chr1 (146-234)||(52881400-52881488)
chr1 (141-240)||(52882699-52882798)
chr1 (26-102)||(37987214-37987290)
chr1 (27-102)||(12368731-12368806)
chr1 (26-113)||(33709455-33709542)
chr1 (27-112)||(36368404-36368489)
chr1 (27-111)||(15054704-15054788)
chr1 (26-102)||(36248032-36248108)
chr1 (21-102)||(29232165-29232246)
chr1 (25-102)||(30981448-30981525)
chr1 (64-113)||(30982867-30982916)
chr1 (26-98)||(15053345-15053417)
chr1 (21-101)||(36249380-36249460)
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (26-235)||(21108472-21108683)
chr6 (26-240)||(5086823-5087039)
chr6 (21-240)||(289761-289981)
chr6 (26-240)||(3912937-3913152)
chr6 (125-240)||(288777-288892)
chr6 (143-216)||(3914846-3914919)
chr6 (26-113)||(3914987-3915074)
chr6 (21-113)||(15119350-15119442)
chr6 (25-113)||(22971591-22971679)
chr6 (25-113)||(23816719-23816807)
chr6 (27-108)||(288677-288758)
chr6 (25-113)||(7855398-7855486)
chr6 (21-102)||(7852242-7852323)
[»] chr3 (26 HSPs)
chr3 (26-240)||(25233263-25233480)
chr3 (29-240)||(52702062-52702277)
chr3 (26-240)||(8574980-8575197)
chr3 (25-240)||(33476558-33476775)
chr3 (26-240)||(52700838-52701054)
chr3 (43-240)||(44557004-44557203)
chr3 (27-240)||(41926949-41927164)
chr3 (29-240)||(8576305-8576521)
chr3 (26-240)||(31992050-31992265)
chr3 (24-240)||(44555592-44555810)
chr3 (124-240)||(25353359-25353475)
chr3 (25-240)||(41928240-41928455)
chr3 (26-240)||(33475148-33475363)
chr3 (29-213)||(31990752-31990938)
chr3 (28-102)||(19831134-19831208)
chr3 (25-102)||(117953-118030)
chr3 (30-113)||(116626-116709)
chr3 (23-113)||(37180074-37180164)
chr3 (22-102)||(3670725-3670805)
chr3 (26-113)||(45234415-45234501)
chr3 (33-91)||(25353494-25353552)
chr3 (26-108)||(44558081-44558163)
chr3 (25-113)||(32942686-32942774)
chr3 (130-216)||(19831017-19831104)
chr3 (24-102)||(27867773-27867851)
chr3 (23-113)||(41786584-41786674)
[»] chr2 (20 HSPs)
chr2 (25-240)||(9112077-9112294)
chr2 (21-240)||(30982792-30983013)
chr2 (39-240)||(30982311-30982514)
chr2 (24-212)||(3117645-3117835)
chr2 (26-235)||(3118913-3119124)
chr2 (21-210)||(32317884-32318072)
chr2 (26-240)||(9111246-9111462)
chr2 (27-240)||(32319346-32319562)
chr2 (124-240)||(32319923-32320039)
chr2 (25-113)||(21438994-21439082)
chr2 (22-108)||(3104686-3104772)
chr2 (27-113)||(33001371-33001457)
chr2 (21-102)||(23787314-23787395)
chr2 (22-112)||(42488178-42488268)
chr2 (27-113)||(43931840-43931926)
chr2 (26-112)||(43933244-43933330)
chr2 (25-111)||(44492579-44492665)
chr2 (21-102)||(1373258-1373339)
chr2 (21-102)||(20721741-20721822)
chr2 (26-102)||(44494020-44494096)
[»] scaffold0005 (2 HSPs)
scaffold0005 (24-240)||(282609-282827)
scaffold0005 (25-235)||(283644-283855)
[»] scaffold0026 (2 HSPs)
scaffold0026 (21-113)||(100854-100946)
scaffold0026 (25-97)||(100959-101031)
[»] scaffold0651 (1 HSPs)
scaffold0651 (24-113)||(5517-5606)
[»] scaffold0093 (1 HSPs)
scaffold0093 (25-102)||(49276-49353)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (26-113)||(239206-239293)
[»] scaffold0097 (1 HSPs)
scaffold0097 (21-102)||(25570-25651)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 143; Significance: 3e-75; HSPs: 26)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 24 - 240
Target Start/End: Original strand, 8081483 - 8081702
Alignment:
Q  24 tagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnc 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |         |    
T  8081483 tagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagcgagcttcaaacattggtccctattaaaattttattaaatttttcatccccaaagttttttttcc 8081582  T
Q  124 ---tgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctat 220  Q
       ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  8081583 gtttgtaagtttggtccttgccgtcaaactgtgctgactaggctaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgccat 8081682  T
Q  221 gtgataaatgacatcctatg 240  Q
    ||| ||||||||||| ||||    
T  8081683 gtggtaaatgacatcatatg 8081702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 25 - 240
Target Start/End: Original strand, 8832385 - 8832601
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct 124  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||          |    
T  8832385 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttctaaaattggtccctattaaaattttattaaatttttcatcccgaacgtttttttccgt 8832484  T
Q  125 --gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgt 222  Q
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8832485 ttgtaagtttggtccttgccgtcaaactgtgctgactaggctaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgccatgt 8832584  T
Q  223 gataaatgacatcctatg 240  Q
    | |||||| |||| ||||    
T  8832585 g-taaatggcatcatatg 8832601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 25 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 38595612 - 38595396
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct 124  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||          |    
T  38595612 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagtgagcttccaacattgatccctattaaaattatattaaatttttcatccccaacgttttttccgtt 38595513  T
Q  125 -gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtg 223  Q
     ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  38595512 tgtaagttcggtccttgccgtcaaactgtgctgactaggctaacggaatgctgaccaagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgtcatgtg 38595413  T
Q  224 ataaatgacatcctatg 240  Q
     ||||||||||| ||||    
T  38595412 gtaaatgacatcatatg 38595396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 27 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 8082873 - 8082663
Alignment:
Q  27 ggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct-- 124  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||          |      
T  8082873 ggttaattatgtttaagatccctacaaataagcgagctttcaacattggtccctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgtttttttccgttt 8082774  T
Q  125 gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtga 224  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||     
T  8082773 gtaagtttggtccttgccgtcaaactgtgctgattaggctaaaggaatgctgacccagacatgccacatggacattttaagtgacatggctgccatgtgg 8082674  T
Q  225 taaatgacatc 235  Q
    |||||||||||    
T  8082673 taaatgacatc 8082663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 34 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 42974893 - 42974685
Alignment:
Q  34 tatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct--gtaagtt 131  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||           |  |||||||    
T  42974893 tatgtttaagatccctacaaataagcgagcttctaacattggtccctattaaaattttattaaatttttcatccccaacctttttttccgtttgtaagtt 42974794  T
Q  132 tggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtgataaatga 231  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  42974793 tggtttttgccgtcaaacagtgctgactaggctaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgccatgtggtaaatga 42974694  T
Q  232 catcctatg 240  Q
    |||| ||||    
T  42974693 catcatatg 42974685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 26 - 240
Target Start/End: Original strand, 40303777 - 40303992
Alignment:
Q  26 gggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnctg 125  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||          |     
T  40303777 gggttaattatgtttaaggttcctacaaataagcaagcttccaacattggtccctatttaaattttattaaatttttcatccccaacgttttttccattt 40303876  T
Q  126 t-aagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtga 224  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||     
T  40303877 ttaagtttggtccttgccgtcaaactgtgcagactaggctaacagaatgctgacccaggcatgccacatggacatttcaagtggcatggctaccatgtgg 40303976  T
Q  225 taaatgacatcctatg 240  Q
    ||||||||||| ||||    
T  40303977 taaatgacatcatatg 40303992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 47 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 8833801 - 8833605
Alignment:
Q  47 cctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnc---tgtaagtttggtctttgccg 143  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||         |   ||||||||||||| |||||     
T  8833801 cctacaaatatgtgagcttccaacattgatccctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgttttttttccgtttgtaagtttggtccttgcca 8833702  T
Q  144 tcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtgataaatgacatcctatg 240  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||    
T  8833701 tcaaactgtgctaactaggctaacggaatgctgacccaggcatgccacatggacatttcaagtgacatggctgccatgtggtaaatgacatcatatg 8833605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 29 - 240
Target Start/End: Original strand, 37107358 - 37107572
Alignment:
Q  29 ttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnc---tg 125  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||  |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||         |   ||    
T  37107358 ttaattatgtttaaggtccctataaataagcgagtttttaacattggtccctatttaaattttattaaatttttcattcccaacgttttttttccgtttg 37107457  T
Q  126 taagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtgat 225  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||| |    
T  37107458 taagtttggtccttgccgtcaaactgtgttgactaggctaacagaatgctgactcagacatgccacgtggacatttcaagtgacatgactgttatgtggt 37107557  T
Q  226 aaatgacatcctatg 240  Q
    |||||||||| ||||    
T  37107558 aaatgacatcatatg 37107572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 25 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 12622191 - 12621975
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct 124  Q
    |||||||||||| |||||| |||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |          |    
T  12622191 agggttaattatctttaag-tccctataaataagcgagctttcaacattggtccctatttaaattttattaaatttttcatcctcaatgtttttttccgt 12622093  T
Q  125 --gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgt 222  Q
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||| ||||    
T  12622092 ttgtaagtttggtccttgccgtcaaactgtgctgactaggctaacaaaatgctgactcagacatgccacgtggacatttcaagtcacatgcctgccatgt 12621993  T
Q  223 gataaatgacatcctatg 240  Q
    | ||||||||||| ||||    
T  12621992 ggtaaatgacatcatatg 12621975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 41 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 40304793 - 40304593
Alignment:
Q  41 aaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct--gtaagtttggtctt 138  Q
    |||||||||||||||||| |  ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||          |  |||||||||||| |    
T  40304793 aaggtccctacaaataagtggccttccaacattggtccctatttaaattttattaaatttttcatccc-aacgtttttatccgtttgtaagtttggtcct 40304695  T
Q  139 tgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtgataaatgacatccta 238  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||| ||    
T  40304694 tgccgtcaaactgtgttgactaggctaacagaatgctgacccagaaatgtcacatggacatttcaagtgacatggctgccatgcggtaaatgacatcata 40304595  T
Q  239 tg 240  Q
    ||    
T  40304594 tg 40304593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 124 - 240
Target Start/End: Original strand, 1065468 - 1065584
Alignment:
Q  124 tgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtg 223  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1065468 tgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactaggctaacagaatgctgactcagacatgccacgtggacatttcaagtgacatggctgccatgtg 1065567  T
Q  224 ataaatgacatcctatg 240  Q
     ||||||||||| ||||    
T  1065568 gtaaatgacatcatatg 1065584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 32 - 240
Target Start/End: Original strand, 18798621 - 18798833
Alignment:
Q  32 attatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaac----gnnnnnnnnnctgta 127  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||               ||||    
T  18798621 attatgtttaaggtccctgcaaataagcaagcttccaacattggtctctatttaaattttattaaatttttcatccccaacattttttttttcatttgta 18798720  T
Q  128 agtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtgataa 227  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||| ||| ||| ||||| |||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| | |  ||||| |||    
T  18798721 agtttggtccttgccgttaaactgtgttgattaggctaacagaatgcggacccatacatgccacatgaacatttcaagtgacatgaccgtcatgtggtaa 18798820  T
Q  228 atgacatcctatg 240  Q
    |||||||| ||||    
T  18798821 atgacatcatatg 18798833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 29 - 240
Target Start/End: Original strand, 38592955 - 38593168
Alignment:
Q  29 ttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct--gt 126  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  || |||| || ||  ||||||||||||||| ||||||||| |||||          |  ||    
T  38592955 ttaattatgtttaaggtccctacaaataagtgagcttttaatattgatccctgctaaaattttattaaaattttcatcctcaacgtttttttccgtttgt 38593054  T
Q  127 aagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtgata 226  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||| | ||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||    
T  38593055 aagtttggtccttaccgtcaaactgtgctaattaggctaacagaatgctgaccaagacaagccacatggacatttcaagtgacatggctgtcatgtggta 38593154  T
Q  227 aatgacatcctatg 240  Q
    ||||||||| ||||    
T  38593155 aatgacatcatatg 38593168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 21 - 240
Target Start/End: Original strand, 25270291 - 25270506
Alignment:
Q  21 ttttagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaattttt-catccccaacgnnnnnn 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||       ||||||||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||| |||||||||||          
T  25270291 ttttagggttaattatgtttaaggtctttaca-------gagcttccaacattgatccttatttaaattttattaaattttttcatccccaacgttttta 25270383  T
Q  120 nnnct--gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgc 217  Q
        |  |||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||  ||||  |||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||     
T  25270384 tccgtttgtaagtttagttattgccgtcaaactgtgctgactaggttaacataatgctgatcaagacatgccgcatggacatttcaagtgacatggttgt 25270483  T
Q  218 tatgtgataaatgacatcctatg 240  Q
     ||||| ||||||||||| ||||    
T  25270484 catgtggtaaatgacatcatatg 25270506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 26 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 38875155 - 38875068
Alignment:
Q  26 gggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  38875155 gggttaattatgtttaaggtccctataaataagcgtgcttccaacattagtctctacttaaattttattaaatttttggtccccaacg 38875068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 26 - 102
Target Start/End: Original strand, 38198761 - 38198837
Alignment:
Q  26 gggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaattttt 102  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||| | | | |||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  38198761 gggttaattatgttttaggtccctataaataggcgtgtttccaacattagtccctatttaaattttattaaattttt 38198837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 25 - 83
Target Start/End: Original strand, 1065377 - 1065434
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctatt 83  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  1065377 agggttaattatgtttaaggtcc-tataaataagtgagctttcaacattggtctctatt 1065434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 28 - 113
Target Start/End: Original strand, 43830653 - 43830738
Alignment:
Q  28 gttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 113  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||| | | | || ||||||| ||| ||| | |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  43830653 gttaattatgtttaaggcccctataaataggtgcgttttcaacattagtccctacttaaattttattaaatttttgatccccaacg 43830738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 24 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 43832047 - 43831958
Alignment:
Q  24 tagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 113  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||| | | | || ||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  43832047 tagggttaattatgtttaaggtctctataaataggcgcgttttcaacattagtccctacttaaattttattaaattttttgtccccaacg 43831958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 24 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 43309714 - 43309630
Alignment:
Q  24 tagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccc 108  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| ||||| | | | || |||||||  |||||| | |||||||||||||||||| |||||    
T  43309714 tagggttaatcatgtttaaggtccctataaataggcgtgttttcaacattaatctctacttaaattttattaaatttttgatccc 43309630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 25 - 113
Target Start/End: Original strand, 46043365 - 46043453
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 113  Q
    |||||||||||||||| |||| |||| ||||| | | | |||||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  46043365 agggttaattatgttttaggttcctataaatatgcgcgtttccaacattagtccctacttaaattttattaaatttttggtccccaacg 46043453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 21 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 45959261 - 45959169
Alignment:
Q  21 ttttagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 113  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||| ||| ||||| |   | |||||||||| ||||||| | ||||||||||||| |||| ||| ||||||    
T  45959261 tttttgggttaattatgttttaggtctctataaataggttcgtttccaacattagtctctacttaaattttattaaaattttgatctccaacg 45959169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 25 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 46044891 - 46044808
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccc 108  Q
    |||||||||||||||| |||| | || ||||||| | | || ||||||| ||| ||| | |||||||||||||||||| |||||    
T  46044891 agggttaattatgttttaggttcttataaataagcgtgttttcaacattagtccctacttaaattttattaaatttttgatccc 46044808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 64 - 113
Target Start/End: Original strand, 46330533 - 46330582
Alignment:
Q  64 ttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 113  Q
    |||||||||| ||| ||| | |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  46330533 ttccaacattagtccctacttaaattttattaaattttttatccccaacg 46330582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 26 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 43084434 - 43084358
Alignment:
Q  26 gggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaattttt 102  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||| ||||| | | | |||||||||| ||  ||| | ||||||||||||||||||    
T  43084434 gggttaattatgttttaggtctctataaataggcgtgtttccaacattagttcctacttaaattttattaaattttt 43084358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 26 - 102
Target Start/End: Original strand, 45957805 - 45957881
Alignment:
Q  26 gggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaattttt 102  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||| | | | || ||||||| | | ||| | ||||||||||||||||||    
T  45957805 gggttaattatgttttaggtccctataaataggcgtgttttcaacattagcccctacttaaattttattaaattttt 45957881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 132; Significance: 1e-68; HSPs: 30)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 25 - 240
Target Start/End: Original strand, 44893531 - 44893748
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct 124  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||         ||    
T  44893531 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagcgagcttccaacattggtccatattaaaattttattaaatttttcatccctaacgtttttttccct 44893630  T
Q  125 --gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgt 222  Q
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  44893631 ttgtaagtttggtccttgccgtcaaactgtgctgactaggctaactgaatgctgacccagacatgccacatggacattttaagtgacatggctgccatgt 44893730  T
Q  223 gataaatgacatcctatg 240  Q
    | ||||| ||||| ||||    
T  44893731 ggtaaataacatcatatg 44893748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 25 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 44895028 - 44894812
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct 124  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||           |    
T  44895028 agggttaattatgtttaaggtcc-tacaaataaccgagcttccaacattggtccctattaaaattttattaaatttttcatccctaacatttttttccgt 44894930  T
Q  125 --gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgt 222  Q
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  44894929 ttgtaagtttggtccttgccgtcaaactgtgctgactaggctaacggaatgatgacccagacatgtcacatggacatttcaagtgacatggctgccatgt 44894830  T
Q  223 gataaatgacatcctatg 240  Q
    | ||||||||||| ||||    
T  44894829 ggtaaatgacatcatatg 44894812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 22 - 240
Target Start/End: Original strand, 3865361 - 3865582
Alignment:
Q  22 tttagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnn 121  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| |||||| ||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||            
T  3865361 tttagggttaattatgtttaaagttcctataaataagcgagctttcaacattggtcccaatttaaattttattaaatttttcatccccaacgtttttttt 3865460  T
Q  122 nc---tgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgct 218  Q
         ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  3865461 ctgtttgtaagtttggtccttgccgtcaaactgtgctgactaggctaacagaatgttgactcagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgcc 3865560  T
Q  219 atgtgataaatgacatcctatg 240  Q
    ||||| ||||||||||| ||||    
T  3865561 atgtgctaaatgacatcatatg 3865582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 25 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 30134148 - 30133929
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnc- 123  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||                
T  30134148 agggttaattatgtttaaggttcctacaaataagcgagctttcaacattgatctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacattttttttttc 30134049  T
Q  124 ---tgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctat 220  Q
       ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||    
T  30134048 gtttgtaagtttggtccttgctgtcaaactgtgctgactaggctaacggaatgccgactcagacatgccacattgacatttcaagtgacatgactgccat 30133949  T
Q  221 gtgataaatgacatcctatg 240  Q
    ||| ||||||||||| ||||    
T  30133948 gtggtaaatgacatcatatg 30133929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 29 - 240
Target Start/End: Original strand, 32243357 - 32243570
Alignment:
Q  29 ttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct--gt 126  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||          |  ||    
T  32243357 ttaattatgtttaaggtctctataaataagcgagctttcaacattggtccctatttaaattttattaaatttttcatccccaacgtttttttcggtttgt 32243456  T
Q  127 aagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtgata 226  Q
    ||||||| || |||||||||||||||| ||||||| | ||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||    
T  32243457 aagtttgatccttgccgtcaaactgtgttgactaggcgaacagaatgttgactcagacatgccacatggacatttcaagtgacatggttgccatgtggta 32243556  T
Q  227 aatgacatcctatg 240  Q
    ||||||||| ||||    
T  32243557 aatgacatcatatg 32243570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 3866987 - 3866815
Alignment:
Q  21 ttttagggttaattatgtttaaggtccctaca--aataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg-nnnn 117  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||| |  |||||| |||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||         
T  3866987 ttttagggttaattatatttaaagtccctatataaataagtgagctttcaacattggtccctatttaaattttattaaatttttcatccccaacgttttt 3866888  T
Q  118 nnnnnctgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgcca 190  Q
          ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||| |||| |||||||||||    
T  3866887 tccgtttgtaagtttggtccttgccgtcaaattgtgctgactaggctaacagaatgttgactcagacatgcca 3866815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 26 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 32245015 - 32244799
Alignment:
Q  26 gggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnctg 125  Q
    ||||||||||||||||| || | || ||||||  |||||||||| |||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||          |     
T  32245015 gggttaattatgtttaaagttcttataaataaacgagcttccaatattgatccctatttaaattttattaaatttttcatcctcaacgttttttttcgtt 32244916  T
Q  126 ta--agtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtg 223  Q
    ||  ||||||||| ||||||||||| |||||||||||| | ||| |   |||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  32244915 tacaagtttggtcattgccgtcaaattgtgctgactaggccaacagttagctgactcagacatgtcacattgacatttcaagtgacatggctgccatgtg 32244816  T
Q  224 ataaatgacatcctatg 240  Q
     ||||||||||| ||||    
T  32244815 gtaaatgacatcatatg 32244799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 124 - 240
Target Start/End: Original strand, 6243256 - 6243375
Alignment:
Q  124 tgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccag---acatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctat 220  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  6243256 tgtaaatttggtcattgccgtcaaactgtgctgactaggttaacagaatgctgatccagtcgacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgccat 6243355  T
Q  221 gtgataaatgacatcctatg 240  Q
    ||| ||||||||||| ||||    
T  6243356 gtggtaaatgacatcatatg 6243375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 132 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 6244559 - 6244456
Alignment:
Q  132 tggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtgataaatga 231  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||    
T  6244559 tggtccttgccgtcaaactgtgatgactaggctaacaaaatgttgacccagacatgccacatggacatttcaggtgacatggctgccatgtggtaaatga 6244460  T
Q  232 catc 235  Q
    ||||    
T  6244459 catc 6244456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 25 - 113
Target Start/End: Original strand, 42816014 - 42816102
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| | | |||||||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  42816014 agggttaattatgtttaaggtccctataaatacgcgtgcttccaacattagtccctacttaaattttattaaatttttggtccccaacg 42816102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 21 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 13324152 - 13324062
Alignment:
Q  21 ttttagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaa 111  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| | | | |||||||||| ||| ||| | |||||||||||||||||| ||||||||    
T  13324152 ttttagggttaattatgttttaggtccctataaataggcgcgtttccaacattagtccctacttaaattttattaaatttttgatccccaa 13324062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 25 - 113
Target Start/End: Original strand, 24451176 - 24451264
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 113  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||| ||||| | | | |||||||||| ||| ||| | |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  24451176 agggttaattatattttaggtccctataaataggcgtgtttccaacattagtccctacttaaattttattaaatttttgatccccaacg 24451264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 25 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 37707320 - 37707232
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 113  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||| | | | | |||||||||| ||| ||| | |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  37707320 agggttaattatgttttaggtccctataaacaggcgcgtttccaacattagtccctacttaaattttattaaatttttgatccccaacg 37707232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 22 - 113
Target Start/End: Original strand, 13322879 - 13322970
Alignment:
Q  22 tttagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 113  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |   | |||||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  13322879 tttagggttaattatgttttaggtccctataaataggcatgtttccaacattagtccctacttaaattttattaaatttttggtccccaacg 13322970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 25 - 75
Target Start/End: Complemental strand, 6247980 - 6247930
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattgg 75  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||    
T  6247980 agggttaattatgtttaaggtcccaacaaataagcgaacttccaacattgg 6247930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 21 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 21136542 - 21136461
Alignment:
Q  21 ttttagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaattttt 102  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||| | | | |||||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||    
T  21136542 ttttaggattaattatgttttaggtccctataaataggcgtgtttccaacattagtccctacttaaattttattaaattttt 21136461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 25 - 102
Target Start/End: Original strand, 36062499 - 36062576
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaattttt 102  Q
    |||||||||||||||| |||||| || ||||| | | | || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  36062499 agggttaattatgttttaggtccttataaataggcgcgttttcaacattagtctctatttaaattttattaaattttt 36062576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 25 - 113
Target Start/End: Original strand, 37705832 - 37705920
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 113  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||| | | | || ||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  37705832 agggttaattatgttttaggtccctataaataggcgcgttttcaacattagtccctacttaaattttattaaatttttggtccccaacg 37705920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 25 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 39338116 - 39338028
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 113  Q
    |||||||||||||||| || |||||| ||||| | | | |||||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  39338116 agggttaattatgttttagatccctataaataggcgtgtttccaacattagtccctacttaaattttattaaatttttggtccccaacg 39338028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 22 - 113
Target Start/End: Original strand, 39308271 - 39308362
Alignment:
Q  22 tttagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||   | | || |||| || ||| ||| | ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  39308271 tttagggttaattatgtttaaggtccctataaatagacgtgttttcaaccttagtccctacttaaattttattaaatttttggtccccaacg 39308362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 21 - 111
Target Start/End: Original strand, 16472684 - 16472774
Alignment:
Q  21 ttttagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaa 111  Q
    |||| ||||||||||| ||| ||||||||| ||||| | | | |||||||||| ||| ||| | |||||||||||||||||| | ||||||    
T  16472684 tttttgggttaattatattttaggtccctataaataggcgcgtttccaacattagtccctacttaaattttattaaatttttgacccccaa 16472774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 21 - 111
Target Start/End: Original strand, 16477255 - 16477345
Alignment:
Q  21 ttttagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaa 111  Q
    |||| ||||||||||| ||| ||||||||| ||||| | | | |||||||||| ||| ||| | |||||||||||||||||| | ||||||    
T  16477255 tttttgggttaattatattttaggtccctataaataggcgcgtttccaacattagtccctacttaaattttattaaatttttgacccccaa 16477345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 25 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 42817304 - 42817218
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| | | | |||||||||| ||| ||| | | ||||||| ||||||||  |||||||    
T  42817304 agggttaattatgtttaaggtccctataaataggcgtgtttccaacattagtccctacttatattttatgaaattttttgtccccaa 42817218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 25 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 14840556 - 14840484
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaa 97  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| | | | |||||||||| |||  || |||||||||| ||||    
T  14840556 agggttaattatgtttaaggtccttacaaataggcgcgtttccaacattagtccttactaaaattttaataaa 14840484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #25
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 25 - 113
Target Start/End: Original strand, 45021960 - 45022048
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 113  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||| | | |||||||| ||| ||| ||    ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  45021960 agggttaattatgtttcaggtccctataaatacgtgtgcttccaatattagtcccttcctaaattttattaaatttttggtccccaacg 45022048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #26
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 25 - 112
Target Start/End: Original strand, 21575506 - 21575593
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaac 112  Q
    |||||||||||||||| |||||| || |||||   | | |||||||||| ||  ||| | |||||||||||||||||| |||||||||    
T  21575506 agggttaattatgttttaggtccttataaatagacgcgtttccaacattagttcctacttaaattttattaaatttttgatccccaac 21575593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #27
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 24 - 102
Target Start/End: Original strand, 39336711 - 39336789
Alignment:
Q  24 tagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaattttt 102  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||| | |   |||||||||| | | ||| | ||||||||||||||||||    
T  39336711 tagggttaattatgttttaggtccctataaataggcgcatttccaacattagaccctacttaaattttattaaattttt 39336789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #28
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 25 - 110
Target Start/End: Original strand, 21135018 - 21135103
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatcccca 110  Q
    ||||||||||||||||  |||||||| ||||| | | | || ||||||| ||| | | | |||||||||||||||||| |||||||    
T  21135018 agggttaattatgtttttggtccctataaataggcgtgttttcaacattagtcccaacttaaattttattaaatttttgatcccca 21135103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #29
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 24 - 56
Target Start/End: Complemental strand, 22959867 - 22959835
Alignment:
Q  24 tagggttaattatgtttaaggtccctacaaata 56  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  22959867 tagggttaattatgtttaaggtccctataaata 22959835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #30
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 25 - 113
Target Start/End: Original strand, 35368885 - 35368973
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 113  Q
    |||||||||||||||| |||| |||| ||||| | | | || ||||||| ||  ||| | |||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  35368885 agggttaattatgttttaggttcctataaataggcgtgttttcaacattagtacctacttaaattttattaaattttttatctccaacg 35368973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 118; Significance: 3e-60; HSPs: 24)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 23 - 240
Target Start/End: Original strand, 37811958 - 37812176
Alignment:
Q  23 ttagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg--nnnnnnn 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||             
T  37811958 ttagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagcgagcttccaacattggtccctactaaaattttattaaatttttcatccccaacgtttttttcc 37812057  T
Q  121 nnctgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctat 220  Q
       ||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  37812058 gtttgtaagtttggtccttaccgtc-aactgtgctgactaggctaacagaatgctgagcaagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgtaat 37812156  T
Q  221 gtgataaatgacatcctatg 240  Q
    ||| ||||||||||| ||||    
T  37812157 gtggtaaatgacatcatatg 37812176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 25 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 3407507 - 3407291
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct 124  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||          |    
T  3407507 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagcgagctttcaacattggtccctactaaaattttattaaatttttcatccc-aacgtttttttccgt 3407409  T
Q  125 --gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgt 222  Q
      |||||||||||| || ||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  3407408 ttgtaagtttggtccttaccgtcaaactgtgttgactaggctaaaggaatgctgaccaagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgccatgt 3407309  T
Q  223 gataaatgacatcctatg 240  Q
    | ||||||||||| ||||    
T  3407308 ggtaaatgacatcatatg 3407291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 27 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 19333575 - 19333360
Alignment:
Q  27 ggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct-- 124  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||          |      
T  19333575 ggttaattatgtttaaggtccctacaaataagcgagctaccaacattgatccctattaaaattatattaaatttttcatcaccaacgtttttttccgttt 19333476  T
Q  125 gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtga 224  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |     
T  19333475 gtaagttcggtccttgccgtcaaactgtgctgactaggctaacagaatgctgactaagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgccatgcgg 19333376  T
Q  225 taaatgacatcctatg 240  Q
    ||||||||||| ||||    
T  19333375 taaatgacatcatatg 19333360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 26 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 2263409 - 2263193
Alignment:
Q  26 gggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct- 124  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||  | ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||| |||          |     
T  2263409 gggttaattatgtttaaggtcccttcaaataagcaaacttccaacattggtccctatttaaattttattaaatttctcatccccgacgtttttatccgtt 2263310  T
Q  125 -gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtg 223  Q
     |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |    
T  2263309 agtaagtttggtccttgccgtcaaactgtgctgactaggctaacataatgctgactcagacatgccacatggacatttctagtgacatggctgccatgag 2263210  T
Q  224 ataaatgacatcctatg 240  Q
     ||||||||||| ||||    
T  2263209 gtaaatgacatcatatg 2263193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 28 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 43211244 - 43211030
Alignment:
Q  28 gttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct--g 125  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||  |||||| || ||||||||||| | |||||||||||||| ||| ||||||||||          |  |    
T  43211244 gttaattatgtttaagcttcctacaaataagcaagcttctaatattggtctctacttaaattttattaaatattttatccccaacgtttttttccgtttg 43211145  T
Q  126 taagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtgat 225  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |    
T  43211144 taagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactaggctaacagaatgttgacccagacatgtcacatggatatttcaagtgacatggctgccatgtggt 43211045  T
Q  226 aaatgacatcctatg 240  Q
    |||||| ||| ||||    
T  43211044 aaatgatatcatatg 43211030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 25 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 37813342 - 37813123
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnc- 123  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||         |     
T  37813342 agggttaattatgtttaagatccttacaaataagcgagcttccaacattgtttcctattaaaattttattaaatttttcatccctaacgttttttttccg 37813243  T
Q  124 --tgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatg 221  Q
      || |||||  ||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  37813242 tttggaagttcagtccttgccgtcaaactgtgctgactaggctaacgaaatgctaaccaagacatgacacatggacatttcaagtgacatggttgccatg 37813143  T
Q  222 tgataaatgacatcctatgct 242  Q
    || |||| |||||| ||||||    
T  37813142 tggtaaa-gacatcatatgct 37813123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 26 - 240
Target Start/End: Original strand, 40272134 - 40272350
Alignment:
Q  26 gggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnctg 125  Q
    ||||||||||||||||| || | || ||||||  ||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||          |     
T  40272134 gggttaattatgtttaaagttcttataaataaatgagcttccaacattgatccctatttaaattttattaaatttttcatcctcaacgttttttttcgtt 40272233  T
Q  126 ta--agtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtg 223  Q
    ||  |||||| || ||||||||||| |||||||||||| |||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  40272234 tacaagtttgatccttgccgtcaaattgtgctgactaggctaacaaaatgctgactcagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgccatgtg 40272333  T
Q  224 ataaatgacatcctatg 240  Q
     ||||||||||| ||||    
T  40272334 gtaaatgacatcatatg 40272350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 24 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 42258508 - 42258295
Alignment:
Q  24 tagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnc 123  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||| |  || |||||||||||||||||||||||||||||||              
T  42258508 tagggttaattatgtttaaggttcctataaataagcgagcttccaacattggaccttactaaaattttattaaatttttcatccccaacgtttttttttt 42258409  T
Q  124 -----tgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgct 218  Q
         |||||||||  || || |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||      
T  42258408 ccgtttgtaagtttaatccttaccgtcaaactgtactgactaggctaacggaatgctgaccaagacatgccacatggacatttcaagtgacttggctgtc 42258309  T
Q  219 atgtgataaatgac 232  Q
    ||||| ||||||||    
T  42258308 atgtggtaaatgac 42258295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 124 - 240
Target Start/End: Original strand, 19332239 - 19332355
Alignment:
Q  124 tgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtg 223  Q
    ||||||||||||  || |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  19332239 tgtaagtttggttcttaccgtcaaactctgctgactaggctaacggaatgctgaccaagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgtcatgtg 19332338  T
Q  224 ataaatgacatcctatg 240  Q
    ||||| |||||| ||||    
T  19332339 ataaaagacatcatatg 19332355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 124 - 240
Target Start/End: Original strand, 43209751 - 43209867
Alignment:
Q  124 tgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtg 223  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||| ||||||| |||||  |||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  43209751 tgtaagtttgatccttgccgtcaaactgtgttgactaggctaacataatgttaacccagacatgtcacatggacatttcaagtgacatggctgtcatgtg 43209850  T
Q  224 ataaatgacatcctatg 240  Q
    |||||||||||| ||||    
T  43209851 ataaatgacatcatatg 43209867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 124 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 42645409 - 42645293
Alignment:
Q  124 tgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtg 223  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||| |||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||     
T  42645409 tgtaagtttggtccttgccgtcaaattgtgatgactaggctaacataatgctgacccatacatgccacatggacatttcaagtgacatgactgtcatgtc 42645310  T
Q  224 ataaatgacatcctatg 240  Q
     ||||||||||| ||||    
T  42645309 gtaaatgacatcatatg 42645293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 26 - 111
Target Start/End: Original strand, 9168465 - 9168547
Alignment:
Q  26 gggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaa 111  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||   |||||||||||||||||||    
T  9168465 gggttaattatgtttaaagtccctataaataagcgagcttccaacattggtccctatttaaatt---ttaaatttttcatccccaa 9168547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 21 - 91
Target Start/End: Original strand, 19332144 - 19332214
Alignment:
Q  21 ttttagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaatttt 91  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  19332144 ttttagggttaattatgtttaaggttcctacaaataagcgaacttccaacattggtccctactaaaatttt 19332214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 124 - 235
Target Start/End: Original strand, 41617381 - 41617493
Alignment:
Q  124 tgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggaca-tttcaagtgacatggctgctatgt 222  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| | |||||| ||||||||| |||||||||| |||| || |||  | || | ||||||||||||||||||  ||||    
T  41617381 tgtaagtttggtccttgccgtcaaattatgctgattagactaacagaatgctgactcagatataccatgtcgatattttcaagtgacatggctgtcatgt 41617480  T
Q  223 gataaatgacatc 235  Q
    |||||||||||||    
T  41617481 gataaatgacatc 41617493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 23 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 19193135 - 19193061
Alignment:
Q  23 ttagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaa 97  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||  || ||||||||||| |||||||    
T  19193135 ttagggttaattatgtttaaggatcctacaaataagcgagcttccaacattaatccctattaaaattatattaaa 19193061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 25 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 23318133 - 23318045
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 113  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||| | | | |||||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  23318133 agggttaattatgttttaggtccctataaataggcgtgtttccaacattagtccctacttaaattttattaaatttttggtccccaacg 23318045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 29 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 18951237 - 18951154
Alignment:
Q  29 ttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaac 112  Q
    |||||||||||| |||||| || ||||||| | | |||||||||| ||| ||| | |||||||||||||||||| |||||||||    
T  18951237 ttaattatgttttaggtccttataaataagcgtgtttccaacattagtccctacttaaattttattaaatttttgatccccaac 18951154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 24 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 41140219 - 41140132
Alignment:
Q  24 tagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaa 111  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||| | | | |||||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||  |||||||    
T  41140219 tagggttaattatgttttaggtccctataaataggcgcgtttccaacattagtccctacttaaattttattaaatttttggtccccaa 41140132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 26 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 13921249 - 13921164
Alignment:
Q  26 gggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaa 111  Q
    ||||||||||||||| |||||| || ||||| | | | |||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||  |||||||    
T  13921249 gggttaattatgttttaggtccttataaataggcgcgtttccaacattagtccctatttaaattttattaaatttttggtccccaa 13921164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 25 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 26866275 - 26866198
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaattttt 102  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||| | | | |||||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||    
T  26866275 agggttaattatgttttaggtccctataaataggcgtgtttccaacattagtccctacttaaattttattaaattttt 26866198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 21 - 111
Target Start/End: Original strand, 41138720 - 41138810
Alignment:
Q  21 ttttagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaa 111  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||| | | |  ||||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||  |||||||    
T  41138720 tttttgggttaattatgttttaggtccctataaataggcgcgtctccaacattagtccctacttaaattttattaaatttttggtccccaa 41138810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 29 - 113
Target Start/End: Original strand, 26864933 - 26865017
Alignment:
Q  29 ttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 113  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||| | | ||| |||||| ||| ||| | |||||||||| |||||||  |||||||||    
T  26864933 ttaattatgttttaggtccctataaataagcgcgtttctaacattagtccctacttaaattttattcaatttttggtccccaacg 26865017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 25 - 102
Target Start/End: Original strand, 34526720 - 34526797
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaattttt 102  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||| ||||| | | | ||||||||||  | |||| | ||||||||||||||||||    
T  34526720 agggttgattatgttttaggtccctataaataggcgtgtttccaacattaatttctacttaaattttattaaattttt 34526797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 25 - 113
Target Start/End: Original strand, 20898444 - 20898532
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || || | | | |||||||||| | | | | | ||||| ||||||||||||  |||||||||    
T  20898444 agggttaattatgtttaaggtccctataattaggtgtgtttccaacattagccccaacttaaattgtattaaatttttggtccccaacg 20898532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 116; Significance: 4e-59; HSPs: 20)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 21 - 240
Target Start/End: Original strand, 28162906 - 28163127
Alignment:
Q  21 ttttagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg--nnnnn 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||           
T  28162906 ttttagggttaattatgtttaaggtctctacaaataagcgagcttccaacattgatccctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgttttttt 28163005  T
Q  119 nnnnctgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgct 218  Q
         ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||      
T  28163006 ccgtttgtaagtttggtccttgccgtcaaattgtgctgactaggctaacagaatgttgacccagatataccacatggacatttcaagtgacatgactgtc 28163105  T
Q  219 atgtgataaatgacatcctatg 240  Q
    ||||| ||||||||||| ||||    
T  28163106 atgtggtaaatgacatcatatg 28163127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 25 - 240
Target Start/End: Original strand, 34512226 - 34512446
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct 124  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |          |    
T  34512226 agggttagttatgtttaaggtccctacaaataagcgagctttcaacattgttccctattaaaattttattaaatttttcatccccaatgttttttttttt 34512325  T
Q  125 -----gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgcta 219  Q
         |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  34512326 cgtttgtaagtttggtccttgccgtcaaactgtgctgactaggctaacggaatgctaacccagacatacgacatggacatttcaagtgacatggctgcca 34512425  T
Q  220 tgtgataaatgacatcctatg 240  Q
    |||| ||||||||||| ||||    
T  34512426 tgtggtaaatgacatcatatg 34512446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 24 - 240
Target Start/End: Original strand, 13508543 - 13508760
Alignment:
Q  24 tagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnc 123  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||              
T  13508543 tagggttaattatgtttaaggtcc-tacaaataagcgagctttcaacattggtccctactaaaatttaattaaatttttcatccccaacgttttcttccg 13508641  T
Q  124 t--gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatg 221  Q
    |  |||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  13508642 tttgtaagtttggtccttaccgtcaaactgtgctgactaggctaacggaatcttgaccaagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgccatg 13508741  T
Q  222 tgataaatgacatcctatg 240  Q
    || ||||||||||| ||||    
T  13508742 tggtaaatgacatcatatg 13508760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 25 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 34513651 - 34513479
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg--nnnnnnnnn 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||               
T  34513651 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagcgagcttccaacattggtccctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgtttttttccgt 34513552  T
Q  123 ctgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatgg 195  Q
     ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  34513551 ttgtaagtttggtccttgccgtcaaactgtgctgactaggctaacggaatgttgatccagacatgccacatgg 34513479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 22 - 240
Target Start/End: Original strand, 48738181 - 48738401
Alignment:
Q  22 tttagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnn 121  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||  || ||||||||||||||||||||| |||||||||            
T  48738181 tttagggttaatcatgtttaaggtccctacaaataagcgagctttcaacattgatccgtactaaaattttattaaatttttcttccccaacgtttttttc 48738280  T
Q  122 nctgt--aagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgcta 219  Q
      | |  |||||||||| || ||||| || |||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |    
T  48738281 cgtttgaaagtttggtccttaccgtccaattgtgctgactaggctaacggattgctgaccaagacatgccacatggacatttcaagtgacatagctgtca 48738380  T
Q  220 tgtgataaatgacatcctatg 240  Q
    |||| ||||||||||| ||||    
T  48738381 tgtggtaaatgacatcatatg 48738401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 21 - 240
Target Start/End: Original strand, 44451757 - 44451979
Alignment:
Q  21 ttttagggttaattatgtttaaggtccc-tacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnn 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||  ||| || ||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||           
T  44451757 ttttagggttaattatgtttaaggtcccctataaagaaacgagttttcaacattggttcctatttaaattttattaaatttttcatccccaacatttttt 44451856  T
Q  120 nnnct--gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgc 217  Q
        |  ||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  44451857 tctgtttgtaagtttgatccttgccgtcaaactgtgctgactaggctaacagaatgctaactcagacatgccacatgaacatttcaagtgacatggctgc 44451956  T
Q  218 tatgtgataaatgacatcctatg 240  Q
     ||||| ||||||||||| ||||    
T  44451957 catgtggtaaatgacatcatatg 44451979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 28 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 28164338 - 28164124
Alignment:
Q  28 gttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct--g 125  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||  ||||||  || ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |          |  |    
T  28164338 gttaattatgtttaacgtctctacaaataaacgagcttttaatattggtccctattaaaattttattaaattttttatccccaatgtttttttccgtttg 28164239  T
Q  126 taagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtgat 225  Q
    |||||||| ||||| | ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||||    
T  28164238 taagtttgatctttactgtcaaactgtgctgactaggctaacagaatgctgaccctgacatgccaaatggacatttcaagtgacatggctaacatgtgat 28164139  T
Q  226 aaatgacatcctatg 240  Q
    |||||||||| ||||    
T  28164138 aaatgacatcatatg 28164124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 182 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 34513477 - 34513419
Alignment:
Q  182 gacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtgataaatgacatcctatg 240  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| ||||    
T  34513477 gacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgccatttggtaaatgacatcatatg 34513419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 26 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 10322914 - 10322829
Alignment:
Q  26 gggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaa 111  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||| | ||| |||||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||  |||||||    
T  10322914 gggttaattatgttttaggtccctataaataggcgagtttccaacattagtccctacttaaattttattaaatttttggtccccaa 10322829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 24 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 31318153 - 31318064
Alignment:
Q  24 tagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 113  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||| | | | ||| |||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  31318153 tagggttaattatgttttaggtccctataaataggcgcgtttctaacattagtccctacttaaattttattaaatttttggtccccaacg 31318064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 26 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 40171495 - 40171410
Alignment:
Q  26 gggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaa 111  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||| | | | ||||||||||  |||||| | ||||||||||||||||||  |||||||    
T  40171495 gggttaattatgtttaaggtctctataaataggtgcgtttccaacattaatctctacttaaattttattaaattttttgtccccaa 40171410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 25 - 113
Target Start/End: Original strand, 33688373 - 33688461
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 113  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||| | | | |||||||||| ||  ||| | ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  33688373 agggttaattatgttttaggtccctataaataggtgcgtttccaacattagttcctacttaaattttattaaatttttggtccccaacg 33688461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 26 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 35061411 - 35061324
Alignment:
Q  26 gggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 113  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||| | | | || ||||||| ||| ||| | |||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  35061411 gggttaattatgttttaggtccctataaataggcgcgttttcaacattagtccctacttaaattttattaaatttttgatcccaaacg 35061324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 23 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 45046813 - 45046734
Alignment:
Q  23 ttagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaattttt 102  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||||   | | |||||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||    
T  45046813 ttagggttaattatctttaaggtccctataaatagacgcgtttccaacattagtccctacttaaattttattaaattttt 45046734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 24 - 69
Target Start/End: Original strand, 15157654 - 15157699
Alignment:
Q  24 tagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaa 69  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  15157654 tagggttaaatatgtttaaggtccctacaaatataagagcttccaa 15157699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 23 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 53572125 - 53572039
Alignment:
Q  23 ttagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatcccc 109  Q
    |||||||||||||| ||| |||| |||| ||||| | | | ||  |||||| ||||||| | |||||||||||||||||| ||||||    
T  53572125 ttagggttaattatattttaggttcctataaataggtgtgtttttaacattagtctctacttaaattttattaaatttttgatcccc 53572039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 25 - 98
Target Start/End: Original strand, 11669818 - 11669891
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaat 98  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||| ||| | | | | |||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||    
T  11669818 agggttaattgtgttttaggtccctataaaaaggcgcgtttccaacattagtccctatttaaattttattaaat 11669891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 25 - 102
Target Start/End: Original strand, 45045199 - 45045276
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaattttt 102  Q
    |||||||||||||||||| || |||| ||||| | |   |||||||||| ||| ||||| ||||||||||| ||||||    
T  45045199 agggttaattatgtttaaagttcctataaatatgcgcatttccaacattagtccctatttaaattttattatattttt 45045276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 22 - 102
Target Start/End: Original strand, 31470657 - 31470737
Alignment:
Q  22 tttagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaattttt 102  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| || ||||| |   | || ||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||    
T  31470657 tttagggttaattatgttttaggtccttataaataggcatgttttcaacattagtccctacttaaattttattaaattttt 31470737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 25 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 44210081 - 44209993
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 113  Q
    ||||||||| |||||| | ||||||| ||||| | | | ||  |||||| |||| || | |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  44210081 agggttaatcatgttttacgtccctataaataggcgcgtttttaacattagtctttacttaaattttattaaatttttgatccccaacg 44209993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 116; Significance: 4e-59; HSPs: 31)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 25 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 12251982 - 12251765
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct 124  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||          |    
T  12251982 agggttaattatgtttaaagtccctataaataagcgagcttccaacattggtccctatttaaattttattaaatttttcatccccaacgtttttttccgt 12251883  T
Q  125 --gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgt 222  Q
      |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  12251882 ttgtaagtttggtccttgccgtcaaattgtgctgactaggctaacagaatgttgactcagacatgccacgtggacatttcaagtgacatggctgccatgt 12251783  T
Q  223 gataaatgacatcctatg 240  Q
    | ||||||||||| ||||    
T  12251782 ggtaaatgacatcatatg 12251765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 22 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 27552117 - 27551897
Alignment:
Q  22 tttagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnn 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||  |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||            
T  27552117 tttagggttaattatgtttaaggtccctataaataagcgagcttttaacattggtccctatttaaattttattaaatttttcatccccaacgtttttttc 27552018  T
Q  122 nct--gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgcta 219  Q
      |  |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| ||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  27552017 cgtttgtaagtttggtccttgccgtcaaactgtgttgactaggctaacagaatgcagactcagacatgtcacgtggacatttcaagtgacatggctgcca 27551918  T
Q  220 tgtgataaatgacatcctatg 240  Q
    |||| ||||||||||| ||||    
T  27551917 tgtggtaaatgacatcatatg 27551897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 22 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 51841627 - 51841405
Alignment:
Q  22 tttagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnn 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| ||||||| ||| ||||| ||||||||| || ||||||||||||||              
T  51841627 tttagggttaattatgtttaaggtccttacaaataagcaagctttcaacatttgtcactatttaaattttataaattttttcatccccaatatttttttt 51841528  T
Q  122 nc----tgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgc 217  Q
     |    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  51841527 tccgtttgtaagtttggtccttgccgtcaaactgtgctgactaggctaacagaatgctgactcagacatgccacatggacatttcaagtgacatgactgt 51841428  T
Q  218 tatgtgataaatgacatcctatg 240  Q
    |||||| ||||||||||| ||||    
T  51841427 tatgtggtaaatgacatcatatg 51841405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 26 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 52010970 - 52010755
Alignment:
Q  26 gggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct- 124  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||           |     
T  52010970 gggttatttatgtttaaggtccctacaaataagcgagcttctaacattgctccctattaaaattttattaaatttttca-ccccaacatttttttccttt 52010872  T
Q  125 -gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtg 223  Q
     |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  52010871 tgtaagtttggtccttgccgtcaaactgtgctgattaggctaacagaatgttgacccagacatgccgcatggacatttcaagtgacatggttgccatgtg 52010772  T
Q  224 ataaatgacatcctatg 240  Q
     ||||||||||| ||||    
T  52010771 gtaaatgacatcatatg 52010755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 24 - 240
Target Start/End: Original strand, 11396707 - 11396925
Alignment:
Q  24 tagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnc 123  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||| || ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||              
T  11396707 tagggttaattatgtttaaagtccctacaaacaagcgagcttctaatattggtctctactaaaattttaataaatttttcatccccaacgttttttttca 11396806  T
Q  124 t--gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatg 221  Q
    |  |||||||||||| || |||||||| ||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  11396807 tttgtaagtttggtccttaccgtcaaattgtgctgcctaggctaacagaatgctgaccaagacatgctacatggacatttcaagtgacatggctgccatg 11396906  T
Q  222 tgataaatgacatcctatg 240  Q
     | ||||||||||| ||||    
T  11396907 cggtaaatgacatcatatg 11396925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 29 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 25353060 - 25352848
Alignment:
Q  29 ttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct--gt 126  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |          |  ||    
T  25353060 ttaattatgtttaaagtccctacaaataagcgagcttccaatattggtccctattaaaattttattaaatttttcatctccaatgtctttttccgtttgt 25352961  T
Q  127 aagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtgata 226  Q
    |||||||||| ||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||||| ||    
T  25352960 aagtttggtccttgccat-aaactgtgctgactaggctaacggaatgctgacccagatatgtcacatgaacatttcaagtgacatggctgtcatgtggta 25352862  T
Q  227 aatgacatcctatg 240  Q
    ||||||||| ||||    
T  25352861 aatgacatcatatg 25352848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 22 - 240
Target Start/End: Original strand, 51839890 - 51840110
Alignment:
Q  22 tttagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg--nnnnnn 119  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |            
T  51839890 tttaggattaattatgtttaaagtccctataaataagcgagcttccaacattggtccctatttaaattttattaaatttttcatccccaatgtttttttc 51839989  T
Q  120 nnnctgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgcta 219  Q
        |||||||||| || |||||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   |    
T  51839990 cgtttgtaagtttgatccttgccgtcaaactgtgttgactaggctaacaaaatgctgactcagacataccacatggacatttcaagtgacatggctctca 51840089  T
Q  220 tgtgataaatgacatcctatg 240  Q
    |||| ||||||| ||| ||||    
T  51840090 tgtggtaaatgatatcatatg 51840110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 27 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 51340214 - 51339999
Alignment:
Q  27 ggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct-- 124  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| || || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |          |      
T  51340214 ggttaattatgtttaaggtccttacatataagcgagttttcagcattggtccctatttaaattttattaaatttttcatccccaatgttttttttcgttt 51340115  T
Q  125 gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtga 224  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||     
T  51340114 gtaagcttggtccttgccgtcaaactgtgctgactaggctaacagaatgctgactcagatatgccacatggacatttcaaatgacatggctgtcatgtgg 51340015  T
Q  225 taaatgacatcctatg 240  Q
    ||||||||||| ||||    
T  51340014 taaatgacatcatatg 51339999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 27 - 234
Target Start/End: Original strand, 51338140 - 51338349
Alignment:
Q  27 ggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnc--t 124  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| |||| |            |    
T  51338140 ggttaattatatttaagatccctacaaataagcgagtttccaacattggttcctatttaaattttattaaatttttcatctccaatgttttttttcgatt 51338239  T
Q  125 gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtga 224  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||  |||||     
T  51338240 gtaagtctggtccttgccgtcaaactgtgctgactaggctaacagaatgctgactcagacatgtcacattgacatttcaagtgacatgactgtcatgtgg 51338339  T
Q  225 taaatgacat 234  Q
    ||||||||||    
T  51338340 taaatgacat 51338349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 25 - 240
Target Start/End: Original strand, 27550470 - 27550687
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct 124  Q
    |||||||||||||||||| || |||| ||||||| ||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||| ||||| |||           |    
T  27550470 agggttaattatgtttaaagtacctataaataagtgagcttccaacattgatccctatttaaattttattaaattttttatccctaacctttttttccat 27550569  T
Q  125 --gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgt 222  Q
      |||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||| ||||| ||||| |||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  27550570 ttgtaagtttggtccttgccgtcaaattgtgctcactaggctaacagaatgttgactcagacatgccatgtggacatttcaagtgacatggctgtcatgt 27550669  T
Q  223 gataaatgacatcctatg 240  Q
    | ||||||||||| ||||    
T  27550670 ggtaaatgacatcatatg 27550687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 25 - 240
Target Start/End: Original strand, 12896622 - 12896838
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatcccca-acgnnnnnnnnnc 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||  ||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||| | |                
T  12896622 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagcaagcttttaacattggtccttatttaaattttattaaatttttcatcccaacatttttatctgtt 12896721  T
Q  124 tgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtg 223  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||  ||  |||||    
T  12896722 tgtaagtttgatccttgccgtcaaactgtgctgactaggctaacataatgctgacccaaacaagccacatagacatttcaagtgacatgagtgtcatgtg 12896821  T
Q  224 ataaatgacatcctatg 240  Q
     ||||||||||| ||||    
T  12896822 gtaaatgacatcatatg 12896838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 23 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 49769024 - 49768806
Alignment:
Q  23 ttagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnn 122  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |  ||||||| ||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||             
T  49769024 ttagggttaattatgtttaaagtcc-tgtaaataagtgagcttctaacattggtccctatttaaattttattaaatttttcatcctcaacgtttttttcc 49768926  T
Q  123 ct--gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctat 220  Q
     |  |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||  ||||  ||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||  ||    
T  49768925 gtttgtaagtttggtccttgccgtcaaattgtgctgactaggttaacaaaatgctgactcagacatgtcacgtggacatttcaagtgacatgactgtcat 49768826  T
Q  221 gtgataaatgacatcctatg 240  Q
    ||| ||||||||||| ||||    
T  49768825 gtggtaaatgacatcatatg 49768806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 25 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 12898987 - 12898900
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaac 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  12898987 agggttaattatgtttaaggtccctataaataagcgagcttccaacattggttcctatttaaattttattaaatttttcatccccaac 12898900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 25 - 240
Target Start/End: Original strand, 25351646 - 25351849
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg--nnnnnnnnn 122  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||| |               
T  25351646 agggttaattatgtttaag-tccctacaaataaacgagcttccaacattggtccctattaaaattttattaaattttttattcccaatgtttttttccgt 25351744  T
Q  123 ctgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgt 222  Q
     ||||||||||||| |||             |||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  25351745 ttgtaagtttggtccttg-------------ctgactaggctaacggaatgcggaccctgacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgtcatgt 25351831  T
Q  223 gataaatgacatcctatg 240  Q
    | ||||||||||| ||||    
T  25351832 ggtaaatgacatcatatg 25351849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 26 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 48218467 - 48218252
Alignment:
Q  26 gggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct- 124  Q
    |||||||||| |||||| |||| | |||||||| ||||||||| ||||||||  |||| |||||||||||||||||| ||| | |||           |     
T  48218467 gggttaattaagtttaaagtcc-tgcaaataagcgagcttccagcattggtccttatttaaattttattaaattttttatctcgaacattttttgctgtt 48218369  T
Q  125 -gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtg 223  Q
     ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||   |||||    
T  48218368 ggtaagttaggtcattgccgtcaaactgtgctgactagactaacagaatgctgacttagacatgtcacattgacatttcaagtgacatgactctcatgtg 48218269  T
Q  224 ataaatgacatcctatg 240  Q
     ||||||||||| ||||    
T  48218268 gtaaatgacatcatatg 48218252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 124 - 240
Target Start/End: Original strand, 49767463 - 49767579
Alignment:
Q  124 tgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtg 223  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| |||| |||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||  |||||    
T  49767463 tgtaagtttggcctttgccgtcaaactgtgctgattaggctaacagaatgttgactcagacatgtcacgtggacatttcaagtgatatggctgtcatgtg 49767562  T
Q  224 ataaatgacatcctatg 240  Q
     ||||||||||| ||||    
T  49767563 gtaaatgacatcatatg 49767579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 146 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 12897586 - 12897492
Alignment:
Q  146 aaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtgataaatgacatcctatg 240  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||| ||||    
T  12897586 aaactgtgctgactagactaacagaatgttcacccagacatgtcacatggacatttcaagtgacatggttgccatgtggtaaatcacatcatatg 12897492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 24 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 11397850 - 11397778
Alignment:
Q  24 tagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaa 96  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||    
T  11397850 tagggttaattatgtttaaggtccctacaaatatgcgagcttccaacattggcccctattaaaattatattaa 11397778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 146 - 234
Target Start/End: Original strand, 52881400 - 52881488
Alignment:
Q  146 aaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtgataaatgacat 234  Q
    |||||||| ||| ||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||    
T  52881400 aaactgtgttgattaggctaacagaatgctgacctagacatgccacatagacatttcaagtgacatggctgtcatgtggtaaatgacat 52881488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 141 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 52882798 - 52882699
Alignment:
Q  141 ccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtgataaatgacatcctatg 240  Q
    ||||||||||| || ||||||  |||| |||| |||||  ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| ||||    
T  52882798 ccgtcaaactgcgccgactaggttaacagaatactgacttagacatgtcacattgacatttcaagtgacatggctgtcatgtggtaaatgacatcatatg 52882699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 26 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 37987290 - 37987214
Alignment:
Q  26 gggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaattttt 102  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||| | | | |||||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||    
T  37987290 gggttaattatgttttaggtccctataaataggcgcgtttccaacattagtccctacttaaattttattaaattttt 37987214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 12368806 - 12368731
Alignment:
Q  27 ggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaattttt 102  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||| | | | |||||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||    
T  12368806 ggttaattatgttttaggtccctataaataggcgcgtttccaacattagtccctacttaaattttattaaattttt 12368731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 26 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 33709542 - 33709455
Alignment:
Q  26 gggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 113  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||| | | | ||| || ||| ||| ||| | |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  33709542 gggttaattatgttttaggtccctataaataggcgtgtttctaatattagtccctacttaaattttattaaatttttgatccccaacg 33709455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 27 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 36368489 - 36368404
Alignment:
Q  27 ggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaac 112  Q
    |||||||||||||| |||||| || ||||| | | | ||||||| || ||| ||| | |||||||||||||||||| |||||||||    
T  36368489 ggttaattatgttttaggtccttataaataggcgcgtttccaaccttagtccctacttaaattttattaaatttttgatccccaac 36368404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 27 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 15054788 - 15054704
Alignment:
Q  27 ggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaa 111  Q
    |||||||||||||| | ||||||| ||||| | | | |||||||||| ||  ||| ||||||||||||||||||||  |||||||    
T  15054788 ggttaattatgttttaagtccctataaataggtgtgtttccaacattagtacctactaaaattttattaaatttttggtccccaa 15054704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 26 - 102
Target Start/End: Original strand, 36248032 - 36248108
Alignment:
Q  26 gggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaattttt 102  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||||   | | |||||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||    
T  36248032 gggttaattatgttttaggtccctataaatagacgcgtttccaacattagtccctacttaaattttattaaattttt 36248108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #27
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 21 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 29232246 - 29232165
Alignment:
Q  21 ttttagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaattttt 102  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||| | |   ||||||||||  || ||| | ||||||||||||||||||    
T  29232246 ttttcgggttaattatgttttaggtccctataaataggcgtatttccaacattaatccctacttaaattttattaaattttt 29232165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #28
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 25 - 102
Target Start/End: Original strand, 30981448 - 30981525
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaattttt 102  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | | ||| | | | |||||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||    
T  30981448 agggttaattatgttttaggtcccgatatataggcgcgtttccaacattagtccctacttaaattttattaaattttt 30981525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #29
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 64 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 30982916 - 30982867
Alignment:
Q  64 ttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 113  Q
    |||||||||| ||| ||| | |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  30982916 ttccaacattagtccctacttaaattttattaaattttttatccccaacg 30982867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #30
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 26 - 98
Target Start/End: Original strand, 15053345 - 15053417
Alignment:
Q  26 gggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaat 98  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||| | | | || ||||||| ||| ||| | ||||||||||||||    
T  15053345 gggttaattatgttttaggtccctataaataggcgcgttttcaacattagtccctacttaaattttattaaat 15053417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #31
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 21 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 36249460 - 36249380
Alignment:
Q  21 ttttagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttt 101  Q
    |||||||||||||||||||| | || |||| ||||| | | | || ||||||| ||| ||| | |||||||||||||||||    
T  36249460 ttttagggttaattatgttttaagttcctataaataggcgcgttttcaacattagtccctacttaaattttattaaatttt 36249380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 114; Significance: 6e-58; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 26 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 21108683 - 21108472
Alignment:
Q  26 gggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct- 124  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||           |     
T  21108683 gggttaattatgtttaaggttcctacaaataagcgagcttccaacattggtccctactaaaattttattaaatttttcatccccaacatttttttccgtt 21108584  T
Q  125 -gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtg 223  Q
     ||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  21108583 tgtaagtttggtctttaccgtcaagttgtgctgactaggctaacggaatgttgaccaagacatgtcacatggacatttcaagtgacatggctgccatgtg 21108484  T
Q  224 ataaatgacatc 235  Q
     |||||||||||    
T  21108483 gtaaatgacatc 21108472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 26 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 5087039 - 5086823
Alignment:
Q  26 gggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnc-- 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| || || |||||||||||||||||||||||||||||         |      
T  5087039 gggttaattatgtttaaggtccctataaataagcgagcttccaacattcgtc-ctttttaaattttattaaatttttcatccccaacgttttttttccgt 5086941  T
Q  124 -tgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgt 222  Q
     |||||||||| || ||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||| ||| |||| ||| |||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  5086940 ttgtaagtttgatccttgccgtcaaattgtgctgactaggctaacagaatgctgactcaggcatgacacgtggacatttcaagtgatatggctgccatgt 5086841  T
Q  223 gataaatgacatcctatg 240  Q
    | ||||||||||| ||||    
T  5086840 ggtaaatgacatcatatg 5086823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 21 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 289981 - 289761
Alignment:
Q  21 ttttagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnn 120  Q
    |||| |||||| ||||||||||||| | || ||||||| |||| |  |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||           
T  289981 tttttgggttagttatgtttaaggttc-tataaataagcgagcatttaacattggtccctatttaaattttattaaattttttatctccaacgttttttt 289883  T
Q  121 nnct--gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgct 218  Q
       |  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  289882 tcgtttgtaagtttggtccttgccgtcaaactgtgctgactaggctaacagaatgctgactcagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgtc 289783  T
Q  219 atgtgataaatgacatcctatg 240  Q
    ||||| ||||||||||| ||||    
T  289782 atgtggtaaatgacatcatatg 289761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 26 - 240
Target Start/End: Original strand, 3912937 - 3913152
Alignment:
Q  26 gggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct- 124  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| |   ||  || ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||          |     
T  3912937 gggttaattatgtttaagctccctacaaataagcggatttttaatattggtccctatttaaattttattaaatttttcatccc-aacgtttttatccgtt 3913035  T
Q  125 -gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtg 223  Q
     |||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  3913036 tgtaagtttggtccttgcggtcaaactgtgctaactaggctaacagaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgtcatgtg 3913135  T
Q  224 ataaatgacatcctatg 240  Q
     ||||||||||| ||||    
T  3913136 gtaaatgacatcatatg 3913152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 125 - 240
Target Start/End: Original strand, 288777 - 288892
Alignment:
Q  125 gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtga 224  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||     
T  288777 gtaagtttggtccttgccgtcaaactgtgctgactaggctaacagaatgctgactcagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgacatgtgg 288876  T
Q  225 taaatgacatcctatg 240  Q
    ||||||||||| ||||    
T  288877 taaatgacatcatatg 288892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 143 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 3914919 - 3914846
Alignment:
Q  143 gtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctg 216  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3914919 gtcaaactgtgctgactaggctaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctg 3914846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 26 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 3915074 - 3914987
Alignment:
Q  26 gggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||| |||| ||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3915074 gggttaattatgtttaaggtccctacaaataaacaagcttccatcattagtccctattttaattttattaaatttttcatccccaacg 3914987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 21 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 15119442 - 15119350
Alignment:
Q  21 ttttagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | | | |||||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  15119442 ttttagggttaattatgtttaaggtccctataaataggtgtgtttccaacattagtccctacttaaattttattaaatttttggtccccaacg 15119350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 25 - 113
Target Start/End: Original strand, 22971591 - 22971679
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 113  Q
    |||||||||||||||| || |||||| ||||| | | | |||||||||  ||| ||| | |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  22971591 agggttaattatgttttagatccctataaataggcgcgtttccaacatcagtccctacttaaattttattaaattttttatccccaacg 22971679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 25 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 23816807 - 23816719
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 113  Q
    |||||||||||||||| || |||||| ||||| | | | |||||||||  ||| ||| | |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  23816807 agggttaattatgttttagatccctataaataggcgcgtttccaacatcagtccctacttaaattttattaaattttttatccccaacg 23816719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 27 - 108
Target Start/End: Original strand, 288677 - 288758
Alignment:
Q  27 ggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccc 108  Q
    ||||||||| |||||| ||  |||  |||||| || |||||| |||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  288677 ggttaattaagtttaaagtttctatcaataagcgaacttccagcattagtccttattaaaattttattaaatttttcatccc 288758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 25 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 7855486 - 7855398
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 113  Q
    |||||||||||||||| | ||||||| ||||| | | | || ||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  7855486 agggttaattatgttttaagtccctataaataggcgtgttttcaacattagtccctacttaaattttattaaatttttggtccccaacg 7855398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 21 - 102
Target Start/End: Original strand, 7852242 - 7852323
Alignment:
Q  21 ttttagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaattttt 102  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||| | | | || |||||||  || ||| | ||||||||||||||||||    
T  7852242 tttttgggttaattatgttttaggtccctataaataggcgtgttttcaacattaatccctacttaaattttattaaattttt 7852323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 113; Significance: 2e-57; HSPs: 26)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 26 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 25233480 - 25233263
Alignment:
Q  26 gggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnc-- 123  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  | |||         |      
T  25233480 gggttacttatgtttaaggtccctacaaataagcgagcttccaacattggtccctatttaaattttattaaatttttcatcttcgacgttttttttccgt 25233381  T
Q  124 -tgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgt 222  Q
     ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  25233380 ttgtaagtttggtccttgccgtcaaactgtgctgacttggctaacagaatattgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgccatgt 25233281  T
Q  223 gataaatgacatcctatg 240  Q
    | ||||||||||| ||||    
T  25233280 gttaaatgacatcatatg 25233263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 29 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 52702277 - 52702062
Alignment:
Q  29 ttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnc----t 124  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||              |    
T  52702277 ttaattatgtttaaggtccctacaaataggtgagcttccaacattggtccctattaaaattatattaaatttttcatccccgacgttttttttttcattt 52702178  T
Q  125 gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtga 224  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||     
T  52702177 gtaagttcggtccttgccgtcaaactgtgctgactaggctaacagaatgctgaccaagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgtcatgtgg 52702078  T
Q  225 taaatgacatcctatg 240  Q
    ||||||||||| ||||    
T  52702077 taaatgacatcatatg 52702062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 26 - 240
Target Start/End: Original strand, 8574980 - 8575197
Alignment:
Q  26 gggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnc-- 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||         |      
T  8574980 gggttaattatgtttaaggtccctacaaataagtgagcttccaacattgatccatatttaaattttattaaatttttcatccccaacgttttttttccat 8575079  T
Q  124 -tgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgt 222  Q
     ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||  |||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  8575080 ttgtaagtttggtcattgccgttaaactgtgctgactaggctaacaaaatgctgacttagacatgcaacatggacatttcaagtgacatggctgtcatgt 8575179  T
Q  223 gataaatgacatcctatg 240  Q
    | ||||| ||||| ||||    
T  8575180 ggtaaataacatcatatg 8575197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 25 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 33476775 - 33476558
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct 124  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||          |    
T  33476775 agggttaattatgtttaaggtctctataaataagcgagctttcaatattggtccctatttaaattttattaaatttttcctccccaacgtttttttcggt 33476676  T
Q  125 --gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgt 222  Q
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  33476675 ttgtaagtttagtctttgccgtcaaactgtgctgactaggctaacagaatgttgactcagacatgccacatagacatttcaagtgacatggttgccatgt 33476576  T
Q  223 gataaatgacatcctatg 240  Q
    | ||||||||||| ||||    
T  33476575 ggtaaatgacatcatatg 33476558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 26 - 240
Target Start/End: Original strand, 52700838 - 52701054
Alignment:
Q  26 gggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct- 124  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||          |     
T  52700838 gggttaattatgtttaaggtccttacaaataagcgagcttccaacattgattcctactaaaattttattaaatttttcatccccaacgtttttttccgtt 52700937  T
Q  125 -gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtg 223  Q
     |||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||  |||||    
T  52700938 tgtaagtttggtccttaccgtcaaactgtgctgactaggctaacaaaatgctgaccaagacatgccacatagatatttcaagtgacatggctgtcatgtg 52701037  T
Q  224 ataaatgacatcctatg 240  Q
     ||||||||||| ||||    
T  52701038 gtaaatgacatcatatg 52701054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 43 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 44557203 - 44557004
Alignment:
Q  43 ggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct--gtaagtttggtctttg 140  Q
    |||||||| ||||||| ||||||  |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||          |  |||||||||||| |||    
T  44557203 ggtccctataaataagcgagcttttaacattggtccctatttaaattttattaaatttttcatccccaacgttttttttcgtttgtaagtttggtccttg 44557104  T
Q  141 ccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtgataaatgacatcctatg 240  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||    
T  44557103 ccgtcaaactgtgctgactaggctaacagaatgctgactcagacatgccacgtggacatttcaagtgacatggctgccatgtggtaaatgacatcatatg 44557004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 27 - 240
Target Start/End: Original strand, 41926949 - 41927164
Alignment:
Q  27 ggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaac--gnnnnnnnnnct 124  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||             |    
T  41926949 ggttaattatgtttaaggtccctataaataagcgagcttccaacattggtccctatttaaattttattaaatttttcacccccaacatttttttccgttt 41927048  T
Q  125 gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtga 224  Q
    |||||||||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||  |||||     
T  41927049 gtaagtttggtccttgccatcgaactgtgctgactaggctaacaaaatgctgactcagacatgccacatggacatttcaaatgacatgactgtcatgtgg 41927148  T
Q  225 taaatgacatcctatg 240  Q
    ||||||||||| ||||    
T  41927149 taaatgacatcatatg 41927164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 29 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 8576521 - 8576305
Alignment:
Q  29 ttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnctgt-- 126  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||          |||      
T  8576521 ttaattatgtttaaggtccgtacaaataagcaagcttccaacattagtccctatttaaattttattaaatttttcttccccaacgttttttcttttgttt 8576422  T
Q  127 --aagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactaga-ctaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtg 223  Q
      |||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | ||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8576421 gtaagtttggtccttgccgtcaaactatgctgactaaagctaacagaaagctgactcagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgccatgtg 8576322  T
Q  224 ataaatgacatcctatg 240  Q
     ||||||||||| ||||    
T  8576321 gtaaatgacatcatatg 8576305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 26 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 31992265 - 31992050
Alignment:
Q  26 gggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatcccca-acgnnnnnnnnnct 124  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||| | |            |    
T  31992265 gggttaattatgtttatggtccctacaaataagcgagctttcaacattgattcctatttaaattttattaaatttttcatcccaacatttttatccgttt 31992166  T
Q  125 gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtga 224  Q
    |||||||||||| |||| |||||| |||||||||||| ||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  31992165 gtaagtttggtccttgctgtcaaattgtgctgactaggctaacagagtgctgacccagacatgacacatggacatttcaagtgacatggctgccatgtgg 31992066  T
Q  225 taaatgacatcctatg 240  Q
    ||||||||||| ||||    
T  31992065 taaatgacatcatatg 31992050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 24 - 240
Target Start/End: Original strand, 44555592 - 44555810
Alignment:
Q  24 tagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnc 123  Q
    ||||||||||||| ||||| |||| || ||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||               
T  44555592 tagggttaattatatttaaagtccatataaataagtgggcttccaacattggtctctatttaaattttattaagtttttcatccccaacatttttttccg 44555691  T
Q  124 t--gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatg 221  Q
    |  |||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||| ||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||    
T  44555692 tttgtaagtttggtccttgccgtcaaattgtgctggctaggctaacagaatgctgactcagacatgccacgtggacatttcaagtgacatggctgtcatg 44555791  T
Q  222 tgataaatgacatcctatg 240  Q
    || ||||||||||| ||||    
T  44555792 tggtaaatgacatcatatg 44555810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 124 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 25353475 - 25353359
Alignment:
Q  124 tgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtg 223  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  25353475 tgtaagtttggtccttgccgtcaaactgtgctgactaggctaacagaatgctgactcagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgccatgtg 25353376  T
Q  224 ataaatgacatcctatg 240  Q
     ||||||||||| ||||    
T  25353375 gtaaatgacatcatatg 25353359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 25 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 41928455 - 41928240
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct 124  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||  |||||| ||||||  ||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||          |    
T  41928455 agggttaattatgtttaaggttccta--aataagcgagcttttaacattggtccttatttaaattttattaaatttttcatccccaacgttttttttcgt 41928358  T
Q  125 --gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgt 222  Q
      |||||||||||| |||| |||||| |||||||||||| |||||  |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||    
T  41928357 ttgtaagtttggtcattgctgtcaaattgtgctgactaggctaacataatattgactcagacatgccacatggacatttcaagtgatatggctgtcatgt 41928258  T
Q  223 gataaatgacatcctatg 240  Q
    | ||||||||||| ||||    
T  41928257 ggtaaatgacatcatatg 41928240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 26 - 240
Target Start/End: Original strand, 33475148 - 33475363
Alignment:
Q  26 gggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnctg 125  Q
    ||||||||||||||||| || | || ||||||  ||||||||||||||| || ||||| |||||| |||||||||||||||| |||||          |     
T  33475148 gggttaattatgtttaaagttcttataaataaacgagcttccaacattgatccctatttaaattt-attaaatttttcatcctcaacgtttttttccgtt 33475246  T
Q  126 ta--agtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtg 223  Q
    ||  ||| ||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||| |   |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  33475247 tacaagtctggtccttgccgtcaaattgtgttgactagactaacagttagctgactcagacatgccacattgacatttcaagtgacatggctgccatgtg 33475346  T
Q  224 ataaatgacatcctatg 240  Q
     ||||||||||| ||||    
T  33475347 gtaaatgacatcatatg 33475363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 29 - 213
Target Start/End: Original strand, 31990752 - 31990938
Alignment:
Q  29 ttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct--gt 126  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||  || ||  || ||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||| ||||||          |  ||    
T  31990752 ttaattatgtttcaggtccctacaaataagcaagtttttaatattggtctctatttaaattttaataaattttttatcaccaacgtttttttttgtttgt 31990851  T
Q  127 aagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatgg 213  Q
    |||||||||  |||||||||||||||| ||||||| ||| | |||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  31990852 aagtttggttcttgccgtcaaactgtggtgactaggctagcagaatgctgactcaaacatgccacatgaacatttcaagtgacatgg 31990938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 28 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 19831208 - 19831134
Alignment:
Q  28 gttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaattttt 102  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| | | |||||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||    
T  19831208 gttaattatgtttaaggtccctataaataagtgtgtttccaacattagtccctacttaaattttattaaattttt 19831134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 25 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 118030 - 117953
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaattttt 102  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||| | | | |||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||    
T  118030 agggttaattatgttttaggtccctataaataggcgtgtttccaacattagtctctacttaaattttattaaattttt 117953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 30 - 113
Target Start/End: Original strand, 116626 - 116709
Alignment:
Q  30 taattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 113  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||| | | |||||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  116626 taattatgttttaggtccctataaataagcgtgtttccaacattagtccctacttaaattttattaaatttttggtccccaacg 116709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 23 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 37180164 - 37180074
Alignment:
Q  23 ttagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 113  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||| ||||| | | | |||||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  37180164 ttagggttaattacgttttaggtccctataaataggcgtgtttccaacattagtccctacttaaattttattaaatttttggtccccaacg 37180074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 22 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 3670805 - 3670725
Alignment:
Q  22 tttagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaattttt 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||   | | ||||||||||| |||||| | ||||||||||| ||||||    
T  3670805 tttagggttaattatgtttaaggtccttataaatagacgtgtttccaacattgatctctacttaaattttattatattttt 3670725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 26 - 113
Target Start/End: Original strand, 45234415 - 45234501
Alignment:
Q  26 gggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 113  Q
    ||||||||||||||| |||||| || ||||| | | | |||||||||| ||| ||| | |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  45234415 gggttaattatgttttaggtcc-tataaataggtgcgtttccaacattagtccctacttaaattttattaaatttttgatccccaacg 45234501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 33 - 91
Target Start/End: Complemental strand, 25353552 - 25353494
Alignment:
Q  33 ttatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaatttt 91  Q
    ||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||| || ||||| |||||||    
T  25353552 ttatgtttaaggtccttataaataagcgagcttccaacattgatccctatttaaatttt 25353494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 26 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 44558163 - 44558081
Alignment:
Q  26 gggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccc 108  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||||   | | |||||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||| ||||    
T  44558163 gggttaattatgttttaggtccctataaatagacgcgtttccaacattagtccctacttaaattttattaaatttttcgtccc 44558081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 25 - 113
Target Start/End: Original strand, 32942686 - 32942774
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 113  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||| | |   | ||| |||||| ||| ||| | |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  32942686 agggttaattatgttttaggtccctataaagaggcatgtttctaacattagtccctacttaaattttattaaatttttgatccccaacg 32942774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 130 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 19831104 - 19831017
Alignment:
Q  130 tttggtctttgccgtcaaa-ctgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctg 216  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||| | |||||  |||||||||| |||  | |||||||||||||| ||||| || |||||||||||    
T  19831104 tttggtccttgccgtcaaaactgtgtttactaggttaacggaatgatgatgcggacatgccacatgggcattttaaatgacatggctg 19831017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 24 - 102
Target Start/End: Original strand, 27867773 - 27867851
Alignment:
Q  24 tagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaattttt 102  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||| | ||| || ||||||| ||   || | ||||||||||||||||||    
T  27867773 tagggttaattatgttttaggtccctataaataggcgagttttcaacattagttcatacttaaattttattaaattttt 27867851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 23 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 41786674 - 41786584
Alignment:
Q  23 ttagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 113  Q
    |||||||||||||||||| || |||||  ||||| |   | ||||||||||  || ||| | |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  41786674 ttagggttaattatgttttagatccctgtaaataggtttgtttccaacattattccctacttaaattttattaaatttttgatccccaacg 41786584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 112; Significance: 1e-56; HSPs: 20)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 25 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 9112294 - 9112077
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct 124  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||| ||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||          |    
T  9112294 agggttaattatgtttaaggtctctataaataagcgagctttcaacattggttcctatttaaattttattaaatttttcatccccaacgtttttttcggt 9112195  T
Q  125 --gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgt 222  Q
      |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  9112194 ttgtaagtttggtccttgccgtcaaactgtgttgactaggctaacagaatgctgactcagacatgccacgtggacatttcaagtgacatggttgccatgt 9112095  T
Q  223 gataaatgacatcctatg 240  Q
    ||||||||||||| ||||    
T  9112094 gataaatgacatcatatg 9112077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 21 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 30983013 - 30982792
Alignment:
Q  21 ttttagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnn 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |           
T  30983013 ttttagggttaattatgtttaaggtca-tacaaataagcgagcttccaacattggtccctactaaaattttattaaatttttcatcctcaatgttttttt 30982915  T
Q  121 nnct--gtaagttt-ggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgc 217  Q
       |  |||||||| |||| || |||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30982914 ccgtttgtaagttttggtccttcccgtcaaactgtgctgactaggttaacagaatgctgaccaagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgc 30982815  T
Q  218 tatgtgataaatgacatcctatg 240  Q
     ||||| ||||||||||| ||||    
T  30982814 catgtggtaaatgacatcatatg 30982792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 39 - 240
Target Start/End: Original strand, 30982311 - 30982514
Alignment:
Q  39 ttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct--gtaagtttggtc 136  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||          |  ||||||| |||     
T  30982311 ttaaggtccctacaaataagcgagcttccaacattggtccctaataaaattatattaaatttttcattcccaacgtttttttccgtttgtaagttcggta 30982410  T
Q  137 tttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtgataaatgacatcc 236  Q
     ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||     
T  30982411 cttgccgttaaactgtgctgactaggctaacggaatgttgaccaagacatgccacatagacatttcaagtgacatggctgccatgtggtaaatgacatca 30982510  T
Q  237 tatg 240  Q
    ||||    
T  30982511 tatg 30982514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 24 - 212
Target Start/End: Original strand, 3117645 - 3117835
Alignment:
Q  24 tagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnc 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||  ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||              
T  3117645 tagggttaattatgtttaaggtcccggcaaataagcaagctttcaacattgatccctatttaaattttattaaatttttcatccccaacgttttgttccg 3117744  T
Q  124 t--gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatg 212  Q
    |  |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3117745 tttgtaagtttggtccttgccgtcaaactgtgctgattaggctaacagaatgctgactcagacatgccacatggacatttcaagtgacatg 3117835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 26 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 3119124 - 3118913
Alignment:
Q  26 gggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct- 124  Q
    |||||||||||||||||||| | || ||||||| ||||||  |||||| | | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||           |     
T  3119124 gggttaattatgtttaaggttcttataaataagcgagcttttaacatttgaccctatttaaattttattaaatttttcatccccaacatttttttttgtt 3119025  T
Q  125 -gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtg 223  Q
     |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||  |||| ||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  3119024 tgtaagtttggtccttgccgtcaaactgtgttgactaggttaacagaatgctgacttagacatgtcacatggacatttcaagtgacatggctgccatgtg 3118925  T
Q  224 ataaatgacatc 235  Q
     |||||||||||    
T  3118924 gtaaatgacatc 3118913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 21 - 210
Target Start/End: Original strand, 32317884 - 32318072
Alignment:
Q  21 ttttagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnn 120  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| | || |           
T  32317884 ttttagggttaattaggtttaaagtccctataaataagcgagcttccaacattggttcctatttaaattttattaaatttttcatcgc-aatgttttttc 32317982  T
Q  121 nnctg-taagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgaca 210  Q
       || ||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32317983 cgttggtaagtttggtcct-gccgtcaaactgtgctgactaggctaacagaatgctgactcagacatgccacatggacatttcaagtgaca 32318072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 26 - 240
Target Start/End: Original strand, 9111246 - 9111462
Alignment:
Q  26 gggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnctg 125  Q
    ||||||||||||||||| || | || ||||||  ||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||           |    
T  9111246 gggttaattatgtttaaagttcttataaataaacgagcttccaacattgatccctatttaaattttattaaatttttcatcctcaacgttttttttttcg 9111345  T
Q  126 t----aagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatg 221  Q
    |    |||||  ||| ||||||||||| |||||||||||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  9111346 tttacaagtt--gtccttgccgtcaaattgtgctgactaagctaacagaatgctgactcagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgccatg 9111443  T
Q  222 tgataaatgacatcctatg 240  Q
    || ||||||||||| ||||    
T  9111444 tggtaaatgacatcatatg 9111462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 27 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 32319562 - 32319346
Alignment:
Q  27 ggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnc--- 123  Q
    ||||||||||| ||||||||| || ||||||| |||| |  |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||         |       
T  32319562 ggttaattatgcttaaggtccttataaataagcgagcatttaacattggtccctatttaaattttattaaatttttcatccccaacgtttttttttcagt 32319463  T
Q  124 -tgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgt 222  Q
     ||||||||||||| ||||||| |||||||  ||||||| |||||  ||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||    
T  32319462 ttgtaagtttggtccttgccgttaaactgtagtgactaggctaacaaaatgctgactcaggcatgccacatggatatttcaagtgacatggttgc-atgt 32319364  T
Q  223 gataaatgacatcctatg 240  Q
    | ||||||||||| ||||    
T  32319363 ggtaaatgacatcatatg 32319346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 124 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 32320039 - 32319923
Alignment:
Q  124 tgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtg 223  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||| |||||||||||| || |||||||||||| ||||||||| |||||    
T  32320039 tgtaagtttggttcttgccgtcaaactgtgttgactagactaacaaaatgctgactcagacatgccacgtgaacatttcaagtggcatggctgccatgtg 32319940  T
Q  224 ataaatgacatcctatg 240  Q
     ||||||||||| ||||    
T  32319939 gtaaatgacatcatatg 32319923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 25 - 113
Target Start/End: Original strand, 21438994 - 21439082
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 113  Q
    |||||||||||||||| || |||||| ||||| | | | |||||||||| |||| || | ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  21438994 agggttaattatgttttagatccctataaataggcgcgtttccaacattagtctatacttaaattttattaaatttttggtccccaacg 21439082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 22 - 108
Target Start/End: Original strand, 3104686 - 3104772
Alignment:
Q  22 tttagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccc 108  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||| | | |||||||||| ||   || | |||||||||||||||||| |||||    
T  3104686 tttaggtttaattatgttttaggtccctataaataagcgtgtttccaacattagttcatacttaaattttattaaattttttatccc 3104772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 27 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 33001457 - 33001371
Alignment:
Q  27 ggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 113  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |||||   | | |||||||||| ||| ||  | |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  33001457 ggttaattatgttttaggtccctataaatagacgtgtttccaacattagtccctgcttaaattttattaaatttttgatccccaacg 33001371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 21 - 102
Target Start/End: Original strand, 23787314 - 23787395
Alignment:
Q  21 ttttagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaattttt 102  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||| | | | |||||||||| ||| | | | ||||||||||||||||||    
T  23787314 tttttgggttaattatgttttaggtccctataaataggcgtgtttccaacattagtccccacttaaattttattaaattttt 23787395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 22 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 42488268 - 42488178
Alignment:
Q  22 tttagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaac 112  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||| | | | || ||||||| ||  ||| | ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  42488268 tttagagttaattatgttttaggtccctaaaaataggtgtgttttcaacattagttcctacttaaattttattaaatttttggtccccaac 42488178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 113
Target Start/End: Original strand, 43931840 - 43931926
Alignment:
Q  27 ggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 113  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |||||   | | || ||| ||| ||||||| | ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  43931840 ggttaattatgttttaggtccctataaatagcggtgttttcaatattagtctctacttaaattttattaaatttttggtccccaacg 43931926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 26 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 43933330 - 43933244
Alignment:
Q  26 gggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaac 112  Q
    ||||||||||| ||| |||||| || ||||| | | | || ||||||| ||||||| | ||||||||||||||| || |||||||||    
T  43933330 gggttaattattttttaggtccgtataaataggcgtgttttcaacattagtctctacttaaattttattaaattctttatccccaac 43933244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 25 - 111
Target Start/End: Original strand, 44492579 - 44492665
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaa 111  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||| | | | ||||||||||  ||  || | |||||||||||||||| | ||||||||    
T  44492579 agggttaattatgttttaggtccctataaataggcgcgtttccaacattaatccatacttaaattttattaaatttgtgatccccaa 44492665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 21 - 102
Target Start/End: Original strand, 1373258 - 1373339
Alignment:
Q  21 ttttagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaattttt 102  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||| |   | |||||||||| ||| |||   ||||||||||||||||||    
T  1373258 ttttagggttgattatgttttaggtccctataaataggcatgtttccaacattagtccctacataaattttattaaattttt 1373339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 21 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 20721822 - 20721741
Alignment:
Q  21 ttttagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaattttt 102  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||| | | | || ||||||| |||  || | ||||||||||||||||||    
T  20721822 tttttgggttaattatgttttaggtccctataaataggcgcgttttcaacattagtccatacttaaattttattaaattttt 20721741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 26 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 44494096 - 44494020
Alignment:
Q  26 gggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaattttt 102  Q
    ||||||||||||||| |||||| || ||||  | | | |||||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||    
T  44494096 gggttaattatgttttaggtccttataaattggcgtgtttccaacattagtccctacttaaattttattaaattttt 44494020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005 (Bit Score: 93; Significance: 2e-45; HSPs: 2)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 24 - 240
Target Start/End: Original strand, 282609 - 282827
Alignment:
Q  24 tagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg--nnnnnnnn 121  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||              
T  282609 tagggttaattatgtttaaagtccctataaataagcgagtttccaacattggtccctatttaaattttattaaatttttcatccccaacgtttttttccg 282708  T
Q  122 nctgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatg 221  Q
      ||||||||||||| || |||||||| |||| ||||||| ||||| ||||  |||| |||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  282709 tttgtaagtttggtccttaccgtcaaattgtgttgactaggctaacagaattttgactcagaaatgccatgtggacatttcaagtgacatggctgccatg 282808  T
Q  222 tgataaatgacatcctatg 240  Q
    || ||||||||||| ||||    
T  282809 tggtaaatgacatcatatg 282827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 25 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 283855 - 283644
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct 124  Q
    |||||||||||||||||| |||| || ||||||| ||||||  || ||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||          |    
T  283855 agggttaattatgtttaaagtccttataaataagcgagcttttaatattggtccctattttaattttattaaatttttcatccccaacgtttttttccgt 283756  T
Q  125 --gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgt 222  Q
      |||||||||||| |||| ||||||||||| ||||| | |||||  ||||||||| | |||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  283755 ttgtaagtttggtccttgctgtcaaactgtgttgactgg-ctaacaaaatgctgactctgacatgccatgtggacatttcaagtgacatggctgccatgt 283657  T
Q  223 gataaatgacatc 235  Q
    | |||||||||||    
T  283656 ggtaaatgacatc 283644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0026 (Bit Score: 73; Significance: 2e-33; HSPs: 2)
Name: scaffold0026
Description:

Target: scaffold0026; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 21 - 113
Target Start/End: Original strand, 100854 - 100946
Alignment:
Q  21 ttttagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 113  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  100854 ttttagggttaattatgtttaagatccctacaaataagagagcttccaatattggtccctatataaattttattaaatttttcatccccaacg 100946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0026; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 25 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 101031 - 100959
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaa 97  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||| |||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  101031 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagcaagtttctaacattggtccctatttaaattttattaaa 100959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0651 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0651
Description:

Target: scaffold0651; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 24 - 113
Target Start/End: Original strand, 5517 - 5606
Alignment:
Q  24 tagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 113  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||| | | | ||| |||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  5517 tagggttaattatgttttaggtccctataaataggcgcgtttctaacattagtccctacttaaattttattaaatttttggtccccaacg 5606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0093 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0093
Description:

Target: scaffold0093; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 25 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 49353 - 49276
Alignment:
Q  25 agggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaattttt 102  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||| | | | |||||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||    
T  49353 agggttaattatgttttaggtccctataaataggcgtgtttccaacattagtccctacttaaattttattaaattttt 49276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 26 - 113
Target Start/End: Original strand, 239206 - 239293
Alignment:
Q  26 gggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 113  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||| | | | |||||||||| ||| |||   |||||||||| |||||||  |||||||||    
T  239206 gggttaattatgttttaggtccctataaataggtgcgtttccaacattagtccctacctaaattttattcaatttttggtccccaacg 239293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0097 (Bit Score: 30; Significance: 0.00000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0097
Description:

Target: scaffold0097; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 21 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 25651 - 25570
Alignment:
Q  21 ttttagggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaattttt 102  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||| | | | || ||||||| |||  || | ||||||||||||||||||    
T  25651 tttttgggttaattatgttttaggtccctataaataggcgcgttttcaacattagtccatacttaaattttattaaattttt 25570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University