View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1456_low_35 (Length: 218)

Name: NF1456_low_35
Description: NF1456
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1456_low_35
NF1456_low_35
[»] chr7 (35 HSPs)
chr7 (4-191)||(7471375-7471562)
chr7 (4-188)||(38394693-38394877)
chr7 (32-211)||(20298050-20298229)
chr7 (12-191)||(28486280-28486459)
chr7 (4-212)||(24749294-24749502)
chr7 (23-191)||(21678785-21678953)
chr7 (9-188)||(7351048-7351227)
chr7 (4-188)||(1048686-1048870)
chr7 (4-188)||(36157-36341)
chr7 (4-188)||(7093858-7094042)
chr7 (4-188)||(22135510-22135694)
chr7 (4-188)||(40550537-40550721)
chr7 (4-188)||(44725282-44725466)
chr7 (10-211)||(13289873-13290074)
chr7 (24-125)||(4295401-4295502)
chr7 (4-188)||(31159099-31159270)
chr7 (16-191)||(6593884-6594059)
chr7 (16-191)||(18391522-18391697)
chr7 (13-191)||(47675488-47675666)
chr7 (28-191)||(48490059-48490222)
chr7 (133-212)||(9679494-9679573)
chr7 (19-125)||(24261891-24261997)
chr7 (18-107)||(16884358-16884447)
chr7 (121-205)||(4294097-4294181)
chr7 (16-211)||(24816744-24816933)
chr7 (19-125)||(12405750-12405856)
chr7 (10-188)||(26213433-26213610)
chr7 (19-125)||(5817753-5817859)
chr7 (16-125)||(6047203-6047312)
chr7 (34-107)||(6570647-6570720)
chr7 (19-125)||(18413071-18413177)
chr7 (37-98)||(3903917-3903978)
chr7 (19-125)||(21645438-21645544)
chr7 (38-98)||(3890878-3890938)
chr7 (30-90)||(49091125-49091185)
[»] chr3 (42 HSPs)
chr3 (14-211)||(53917048-53917245)
chr3 (4-211)||(3315359-3315566)
chr3 (9-199)||(42990981-42991171)
chr3 (9-211)||(28101382-28101584)
chr3 (4-188)||(456584-456768)
chr3 (4-188)||(6065190-6065374)
chr3 (4-188)||(43226754-43226938)
chr3 (4-211)||(43422844-43423049)
chr3 (4-188)||(10957720-10957904)
chr3 (4-188)||(18098568-18098752)
chr3 (9-188)||(11168783-11168962)
chr3 (4-188)||(4309907-4310091)
chr3 (4-188)||(5192327-5192511)
chr3 (9-188)||(5898091-5898270)
chr3 (16-191)||(37407331-37407506)
chr3 (16-191)||(5259673-5259848)
chr3 (32-188)||(23634150-23634306)
chr3 (16-191)||(10209843-10210018)
chr3 (16-191)||(23199489-23199664)
chr3 (10-211)||(7769238-7769439)
chr3 (16-205)||(27421327-27421516)
chr3 (16-191)||(4600070-4600245)
chr3 (16-191)||(9635474-9635649)
chr3 (16-191)||(10056887-10057062)
chr3 (16-191)||(10061331-10061506)
chr3 (16-191)||(10063553-10063728)
chr3 (16-191)||(10065775-10065950)
chr3 (28-123)||(1619936-1620031)
chr3 (16-191)||(6717155-6717330)
chr3 (16-191)||(10059109-10059284)
chr3 (16-191)||(22834359-22834534)
chr3 (16-191)||(29811511-29811686)
chr3 (16-112)||(53597915-53598011)
chr3 (24-191)||(7762921-7763088)
chr3 (18-107)||(32479771-32479860)
chr3 (30-154)||(25634581-25634704)
chr3 (18-107)||(8516525-8516614)
chr3 (36-112)||(32891752-32891828)
chr3 (32-125)||(15830658-15830751)
chr3 (16-125)||(23409748-23409857)
chr3 (58-211)||(15822016-15822169)
chr3 (18-125)||(3324114-3324222)
[»] chr5 (29 HSPs)
chr5 (4-211)||(27911130-27911337)
chr5 (4-188)||(658716-658900)
chr5 (4-188)||(10750396-10750580)
chr5 (4-188)||(15356246-15356430)
chr5 (4-188)||(23665744-23665928)
chr5 (12-196)||(25806167-25806351)
chr5 (4-185)||(34478819-34479000)
chr5 (44-212)||(18510787-18510955)
chr5 (4-188)||(31543431-31543615)
chr5 (4-188)||(6745766-6745950)
chr5 (4-188)||(18467382-18467566)
chr5 (16-191)||(29721017-29721192)
chr5 (16-191)||(9788572-9788747)
chr5 (31-191)||(20043709-20043869)
chr5 (16-200)||(26171409-26171593)
chr5 (16-191)||(16407977-16408152)
chr5 (16-167)||(40380758-40380909)
chr5 (16-191)||(16545079-16545257)
chr5 (36-191)||(534421-534576)
chr5 (19-125)||(33790728-33790834)
chr5 (19-125)||(27449235-27449341)
chr5 (140-191)||(31467289-31467340)
chr5 (36-191)||(42427782-42427937)
chr5 (19-125)||(37557192-37557298)
chr5 (19-125)||(43598145-43598251)
chr5 (19-125)||(43603637-43603743)
chr5 (19-125)||(43609129-43609235)
chr5 (18-107)||(31397559-31397648)
chr5 (36-191)||(13694492-13694647)
[»] scaffold0004 (1 HSPs)
scaffold0004 (4-211)||(80564-80771)
[»] chr1 (27 HSPs)
chr1 (12-211)||(31736850-31737049)
chr1 (4-191)||(6996282-6996469)
chr1 (4-188)||(28841120-28841304)
chr1 (4-188)||(51750735-51750919)
chr1 (4-188)||(16226866-16227050)
chr1 (4-188)||(51758232-51758416)
chr1 (4-185)||(27338533-27338714)
chr1 (4-205)||(50078174-50078375)
chr1 (4-188)||(20300829-20301013)
chr1 (4-188)||(28203096-28203280)
chr1 (4-188)||(47178060-47178244)
chr1 (4-212)||(28997628-28997836)
chr1 (4-212)||(29003344-29003552)
chr1 (4-211)||(25250655-25250862)
chr1 (11-187)||(16429653-16429829)
chr1 (4-191)||(31424428-31424603)
chr1 (9-185)||(8348465-8348641)
chr1 (16-191)||(31657846-31658021)
chr1 (11-206)||(3805517-3805712)
chr1 (16-191)||(50168701-50168875)
chr1 (24-211)||(13127109-13127296)
chr1 (16-191)||(28222772-28222947)
chr1 (16-170)||(3157305-3157459)
chr1 (19-107)||(41397670-41397758)
chr1 (16-123)||(16456360-16456467)
chr1 (19-107)||(19359406-19359494)
chr1 (18-125)||(47099385-47099492)
[»] chr4 (29 HSPs)
chr4 (14-211)||(22802111-22802308)
chr4 (4-211)||(14788807-14789014)
chr4 (4-187)||(47563507-47563690)
chr4 (12-191)||(36920892-36921071)
chr4 (4-188)||(22134014-22134198)
chr4 (4-188)||(22782134-22782318)
chr4 (4-188)||(11007965-11008149)
chr4 (4-188)||(16933545-16933729)
chr4 (4-188)||(22046112-22046296)
chr4 (4-191)||(16454055-16454242)
chr4 (13-188)||(12402493-12402668)
chr4 (10-171)||(18536918-18537079)
chr4 (4-188)||(9175869-9176053)
chr4 (4-188)||(12395257-12395440)
chr4 (4-188)||(12400219-12400402)
chr4 (16-191)||(52094713-52094888)
chr4 (4-112)||(36379036-36379144)
chr4 (16-191)||(5136734-5136909)
chr4 (16-191)||(5872457-5872632)
chr4 (16-191)||(12743279-12743454)
chr4 (16-191)||(8394060-8394235)
chr4 (16-191)||(7123350-7123525)
chr4 (33-191)||(10113639-10113797)
chr4 (16-125)||(3578154-3578263)
chr4 (19-125)||(9224972-9225078)
chr4 (40-204)||(5207001-5207165)
chr4 (45-125)||(4588623-4588703)
chr4 (13-125)||(26558348-26558460)
chr4 (19-125)||(16624573-16624679)
[»] scaffold0005 (1 HSPs)
scaffold0005 (4-211)||(50716-50923)
[»] chr6 (22 HSPs)
chr6 (9-191)||(15533996-15534178)
chr6 (9-212)||(3631316-3631519)
chr6 (4-188)||(33309587-33309771)
chr6 (4-188)||(26931960-26932144)
chr6 (4-159)||(3395094-3395249)
chr6 (9-188)||(26067792-26067971)
chr6 (9-188)||(17012766-17012944)
chr6 (24-187)||(5408424-5408587)
chr6 (24-187)||(5412749-5412912)
chr6 (10-211)||(25462839-25463040)
chr6 (16-205)||(12157961-12158150)
chr6 (10-171)||(12936663-12936824)
chr6 (16-191)||(16553318-16553493)
chr6 (16-191)||(16629874-16630049)
chr6 (11-171)||(26944229-26944389)
chr6 (16-187)||(16651578-16651749)
chr6 (16-191)||(34165526-34165701)
chr6 (11-112)||(30443998-30444099)
chr6 (65-171)||(12910987-12911093)
chr6 (19-125)||(33331014-33331120)
chr6 (19-107)||(14738140-14738228)
chr6 (133-191)||(16567745-16567803)
[»] scaffold1674 (1 HSPs)
scaffold1674 (12-211)||(826-1025)
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (4-188)||(18811461-18811645)
chr8 (4-188)||(27827738-27827922)
chr8 (14-212)||(41383416-41383614)
chr8 (4-188)||(43080355-43080539)
chr8 (9-188)||(15069325-15069504)
chr8 (16-191)||(34255857-34256032)
chr8 (4-186)||(21481249-21481431)
chr8 (10-211)||(31577668-31577868)
chr8 (16-191)||(4732300-4732475)
chr8 (16-191)||(5591527-5591702)
chr8 (25-112)||(17848300-17848387)
chr8 (19-125)||(10684832-10684938)
chr8 (19-125)||(35744803-35744909)
chr8 (19-125)||(18853731-18853837)
chr8 (19-84)||(26300792-26300857)
[»] scaffold0140 (1 HSPs)
scaffold0140 (4-188)||(22824-23008)
[»] chr2 (13 HSPs)
chr2 (4-188)||(35217367-35217551)
chr2 (4-188)||(36560538-36560722)
chr2 (4-188)||(19503733-19503917)
chr2 (16-211)||(6263528-6263723)
chr2 (4-188)||(21520091-21520275)
chr2 (4-188)||(22405327-22405511)
chr2 (10-112)||(34574631-34574733)
chr2 (19-125)||(19348690-19348796)
chr2 (16-171)||(28569839-28569994)
chr2 (19-125)||(25403063-25403169)
chr2 (19-125)||(23079035-23079141)
chr2 (152-206)||(31734258-31734312)
chr2 (19-125)||(10446008-10446114)
[»] scaffold1899 (1 HSPs)
scaffold1899 (4-188)||(322-506)
[»] scaffold0025 (1 HSPs)
scaffold0025 (4-188)||(72914-73098)
[»] scaffold0011 (1 HSPs)
scaffold0011 (4-188)||(34248-34432)
[»] scaffold0133 (1 HSPs)
scaffold0133 (9-188)||(26288-26466)
[»] scaffold0016 (1 HSPs)
scaffold0016 (16-191)||(115245-115420)
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (19-125)||(14877-14983)
[»] scaffold0355 (1 HSPs)
scaffold0355 (19-125)||(445-551)
[»] scaffold0028 (1 HSPs)
scaffold0028 (18-107)||(149522-149611)
[»] scaffold0188 (1 HSPs)
scaffold0188 (19-90)||(18512-18583)
[»] scaffold0842 (1 HSPs)
scaffold0842 (19-125)||(3760-3866)
[»] scaffold0219 (1 HSPs)
scaffold0219 (38-191)||(26767-26920)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 140; Significance: 2e-73; HSPs: 35)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 4 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 7471562 - 7471375
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| |||| |||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  7471562 agagaagtaacaaaggatacaaccgcggcatcgatgtggtcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaagtcctaaagcaac 7471463  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||| ||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7471462 aactttactcattcaagatggtaaagtaaaaggctatcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 7471375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Original strand, 38394693 - 38394877
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38394693 agagaagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 38394792  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
    |||| ||||  |||||||||||| |||  ||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||    
T  38394793 aactctactcattcaagatggtagagtcaaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatccttgatgacttggagaa 38394877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 124; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 32 - 211
Target Start/End: Original strand, 20298050 - 20298229
Alignment:
Q  32 catcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttcaagatggtaaagta 131  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||     
T  20298050 catcgatgtgggcaaagtcggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcgacaagtcctaaagcaacaactttactcattcaagatggtaaagtc 20298149  T
Q  132 taagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacatgaagttgcatcttgatgatg 211  Q
     ||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||| ||||    
T  20298150 aaaggccttcatggagctgcttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacattaagttgtgtcttgaggatg 20298229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 124; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 12 - 191
Target Start/End: Original strand, 28486280 - 28486459
Alignment:
Q  12 agcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttac 111  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  28486280 agcaacggaaacaaccgcggcatcgatgtggtcaaagttcgaatatttgtatatgacaaagtctttggctcatcggaaagtcctaaagcaacaactttac 28486379  T
Q  112 ttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    |  ||||||||||||||||  ||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28486380 tcattcaagatggtaaagtcaaaggctatcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 28486459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 4 - 212
Target Start/End: Original strand, 24749294 - 24749502
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| ||||||||| ||| |||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  24749294 agagaagtagcaaaagaaccaaccatggcatcgatgtgggcaaagttgaaatctttgtatatgacaaagtctttggctgatcggcaattcctaaagcaat 24749393  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacatgaagttgcatct 203  Q
    |||| ||||  |||| ||||||  |||  ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||    
T  24749394 aactctactcattcaggatggtggagtcaaaggccatcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacattgaggtgcatct 24749493  T
Q  204 tgatgatgt 212  Q
    ||| |||||    
T  24749494 tgaggatgt 24749502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 9e-60
Query Start/End: Original strand, 23 - 191
Target Start/End: Original strand, 21678785 - 21678953
Alignment:
Q  23 caaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttcaagat 122  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  21678785 caaccgcgacatcgatgtggtcaaagttcgaatctttgtattttacaaagtctttggctcatcggcagttcctaaagcaacaactttactcattcaagat 21678884  T
Q  123 ggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    |||||| || ||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21678885 ggtaaaataaaaggcaatcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 21678953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 9 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 7351227 - 7351048
Alignment:
Q  9 agtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactt 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  7351227 agtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactc 7351128  T
Q  109 tacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
    ||||  |||||||||||| |||  |||  | ||||||||| ||||  |||||||||||||||| | | ||| ||||||||    
T  7351127 tactcattcaagatggtagagtcaaaggtcatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatcctagatgacttggagaa 7351048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 1048870 - 1048686
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1048870 agagaagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatatgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggcgcatcggcaattcctaaagcaac 1048771  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
    |||| ||||  |||| ||||||| |||  ||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||    
T  1048770 aactctactcattcaggatggtagagtcaaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatccttgatgacttggagaa 1048686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 109; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Original strand, 36157 - 36341
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  36157 agagaagtagcaaaggaagctaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttagctcatcggcaattcctaaagcaac 36256  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
    |||| ||||  |||| ||||||  |||  ||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||    
T  36257 aactctactcattcaggatggtggagtcaaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatccttgatgacttggagaa 36341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 109; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 7094042 - 7093858
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  7094042 agagaagtagcaaaggaagcaaccgcgacatcgatgtgggcaaagttggagtctttgtatatgacaaagtctttggctcatcgacaattcctaaagcaac 7093943  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
    |||| ||||  |||| ||||||| |||  ||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||    
T  7093942 aactctactcattcaggatggtagagtcaaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatccttgatgacttggagaa 7093858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 109; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Original strand, 22135510 - 22135694
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22135510 agagaagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcaatatgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 22135609  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
    |||| ||||  |||| ||||||| |||  ||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| | | ||| ||||||||    
T  22135610 aactctactcattcaggatggtagagtcaaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatcctagatgacttggagaa 22135694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 109; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Original strand, 40550537 - 40550721
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40550537 agagaagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcaatatgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 40550636  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
    |||| ||||  |||| ||||||| |||  ||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| | | ||| ||||||||    
T  40550637 aactctactcattcaggatggtagagtcaaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatcctagatgacttggagaa 40550721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 109; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Original strand, 44725282 - 44725466
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  44725282 agagaagtagcaaaggaaccaaccgcggcatcgatttgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagtaac 44725381  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
    |||| ||||| |||| ||||||  |||  ||| || |||| |||| |||| ||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||    
T  44725382 aactctacttattcaggatggtggagtcaaaggccatcatagagcaacttatggagttcaacaaaatccttgatgacttggagaa 44725466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 10 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 13290074 - 13289873
Alignment:
Q  10 gtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaacttt 109  Q
    |||||||||||| |||||| | ||| ||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  13290074 gtagcaaaggaaccaaccgggacattgatgtggtcaaagttggagtcattgtatatgacaaagtctttggctcatcggtaattcctaaagcaacaactct 13289975  T
Q  110 acttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacatgaagttgcatcttgatga 209  Q
    |||  |||||||||||  |||  ||| || ||||||||| |||| |||||||||||||| || ||| ||| |||||||| ||| || |||||||||| ||    
T  13289974 actcattcaagatggtggagttaaaggccatcatggagcaacttatggagttcaacaaattccttgatgacttggagaatatggaggtgcatcttgacga 13289875  T
Q  210 tg 211  Q
    ||    
T  13289874 tg 13289873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 24 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 4295502 - 4295401
Alignment:
Q  24 aaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttcaagatg 123  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  4295502 aaccgcggcatcgatgtgggaaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaagtcctaaagcaacaactttactcattcaagatg 4295403  T
Q  124 gt 125  Q
    ||    
T  4295402 gt 4295401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 31159270 - 31159099
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31159270 agagaagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaa-------------gtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 31159184  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
    |||| ||||  |||| ||||||| |||  ||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| | | ||| ||||||||    
T  31159183 aactctactcattcaggatggtagagtcaaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatcctagatgacttggagaa 31159099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 72; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 16 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 6594059 - 6593884
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||  |    
T  6594059 aaggaaccaaccgcggcatcgatatggtctaagttggaatcgttgtatatgaccaagtcgttggctcataggcaattccttaagcaacaactctactcat 6593960  T
Q  116 tcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    ||||||||||  |||  |||||||| ||||||| | | | |||||||||||| ||| | |  ||||||||||||||    
T  6593959 tcaagatggtggagtcaaagaccgtgatggagcaattggcggagttcaacaagatcctcgacgatttggagaacat 6593884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 72; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 16 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 18391697 - 18391522
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||  |    
T  18391697 aaggaaccaaccgcggcatcgatatggtctaagttggaatcgttgtatatgaccaagtcgttggctcataggcaattccttaagcaacaactctactcat 18391598  T
Q  116 tcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    ||||||||||  |||  |||||||| ||||||| | | | |||||||||||| ||| | |  ||||||||||||||    
T  18391597 tcaagatggtggagtcaaagaccgtgatggagcaattggcggagttcaacaagatcctcgacgatttggagaacat 18391522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 67; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 13 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 47675666 - 47675488
Alignment:
Q  13 gcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttact 112  Q
    ||||||||| | |||||||| ||||||||| ||||||| || || ||||||||||| || |||||||||||| |||||||||| ||||||||||| || |    
T  47675666 gcaaaggaacctaccgcggcgtcgatgtggtcaaagtttgagtcattgtatatgaccaaatctttggctcataggcaattccttaagcaacaactctaat 47675567  T
Q  113 tcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
      |||||||||||  |||  ||||| || ||||||| | |   |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  47675566 cattcaagatggtggagtcaaagactgtgatggagcaattaacggagttcaacaaaatccttgatgatttggagaacat 47675488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 28 - 191
Target Start/End: Original strand, 48490059 - 48490222
Alignment:
Q  28 gcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttcaagatggtaa 127  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||  |||||||||||      
T  48490059 gcggcgtcgatgtggtcaaagttggagtcattgtatattacaaaatctttggctcataggcaattccttaagcaacaactctactcattcaagatggtgg 48490158  T
Q  128 agtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    |||  |||||||| |||||||   |   |||||||||||||||| ||  |||||||||||||||    
T  48490159 agtcaaagaccgtgatggagcatttaacggagttcaacaaaatccttaatgatttggagaacat 48490222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 60; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 133 - 212
Target Start/End: Original strand, 9679494 - 9679573
Alignment:
Q  133 aagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacatgaagttgcatcttgatgatgt 212  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||| |||||    
T  9679494 aagaccatcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacattgaggtgcatcttgaggatgt 9679573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 19 - 125
Target Start/End: Original strand, 24261891 - 24261997
Alignment:
Q  19 gaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttca 118  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||| ||||| || | ||||||||||| || |  ||||    
T  24261891 gaagctaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggagtcattgtatatgacgaaatctttggctcataggcaactcttgaagcaacaactctattcattca 24261990  T
Q  119 agatggt 125  Q
    |||||||    
T  24261991 agatggt 24261997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 54; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 18 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 16884447 - 16884358
Alignment:
Q  18 ggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaact 107  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||| ||||| || | |||||||||||    
T  16884447 ggaagctaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggagtcattgtatatgacgaaatctttggctcataggcaactcttgaagcaacaact 16884358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 121 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 4294181 - 4294097
Alignment:
Q  121 atggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacatgaagttgcatcttg 205  Q
    ||||||||||  ||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||    
T  4294181 atggtaaagtcaaaggccttcatggagctacttatggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacattgaggtgcatcttg 4294097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 16 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 24816933 - 24816744
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||| ||||      |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||  |    
T  24816933 aaggaaccaaccgcgacatcgatgcggtcaaagttggaatttttg------acaaagtctttggctcatctacaattcctaaagcaacaactctactcat 24816840  T
Q  116 tcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacatgaagttgcatcttgatgatg 211  Q
    ||||||||||  | |  |||  | ||||||||| ||||  |||||||||||||||  ||| ||| |||||||  || ||| |||||||||| ||||    
T  24816839 tcaagatggtggattcaaaggtcatcatggagcaacttacggagttcaacaaaattcttgatgacttggagatgattaaggtgcatcttgaagatg 24816744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 19 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 12405856 - 12405750
Alignment:
Q  19 gaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttca 118  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| || |||||||||||| ||||| || | ||||||||||| || |  ||||    
T  12405856 gaagctaccgcgacatcgatgtgggcgaagttggagtcattgtatatgacgaaatctttggctcataggcaactcttgaagcaacaactctattcattca 12405757  T
Q  119 agatggt 125  Q
    |||||||    
T  12405756 agatggt 12405750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #27
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 10 - 188
Target Start/End: Original strand, 26213433 - 26213610
Alignment:
Q  10 gtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaacttt 109  Q
    ||||| |||||| ||| || || ||| |||||| |||| ||||| || ||||||| ||| || ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |    
T  26213433 gtagcgaaggaaccaatcgtggaatcaatgtggtcaaatttggagtcattgtataggaccaaatctttggctcatttgcaattcctaaagcaacaactct 26213532  T
Q  110 acttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
    |||  |||||||||||  |||  ||| || ||||||||  ||||   ||||||||||||||| ||| ||| ||||||||    
T  26213533 actcattcaagatggtggagtcaaaggcc-tcatggagaaacttacagagttcaacaaaatctttgatgacttggagaa 26213610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #28
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 19 - 125
Target Start/End: Original strand, 5817753 - 5817859
Alignment:
Q  19 gaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttca 118  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| || ||| ||||| || || || | || |||||||| ||||  ||||    
T  5817753 gaagctaccgcggcatcgatgtgggctaagttggagtcattgtatatgacaaaatcgttgactcataggaaactcttgaaacaacaactctactcattca 5817852  T
Q  119 agatggt 125  Q
    |||||||    
T  5817853 agatggt 5817859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #29
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 125
Target Start/End: Original strand, 6047203 - 6047312
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| ||| ||||||||| ||| |  |||| ||||| || ||||||||||  || ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||  |    
T  6047203 aaggaaccaatcgcggcatcaatgcgatcaaatttggagtcgttgtatatgaacaaatctttggctcatacgcaattcctaaagcaacaactctactcat 6047302  T
Q  116 tcaagatggt 125  Q
    ||||||||||    
T  6047303 tcaagatggt 6047312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #30
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 34 - 107
Target Start/End: Original strand, 6570647 - 6570720
Alignment:
Q  34 tcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaact 107  Q
    ||||||||| |||||||| | || ||||||||||| || |||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  6570647 tcgatgtggtcaaagttgcagtcattgtatatgaccaaatctttggctcataggcaattccttaagcaacaact 6570720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #31
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 19 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 18413177 - 18413071
Alignment:
Q  19 gaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttca 118  Q
    ||||| ||||||||||||||||| || |||||||| || ||||| ||||| || |||||||||||| ||||| || | || |||||||| || |  ||||    
T  18413177 gaagctaccgcggcatcgatgtgagctaagttggagtcattgtacatgacgaaatctttggctcataggcaactcttgaaacaacaactctattcattca 18413078  T
Q  119 agatggt 125  Q
    |||||||    
T  18413077 agatggt 18413071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #32
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 37 - 98
Target Start/End: Complemental strand, 3903978 - 3903917
Alignment:
Q  37 atgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaa 98  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||| ||| | | |||||||||||    
T  3903978 atgtgggcaaagttggagtcattgtatatgaccaagtctttgactcctagacaattcctaaa 3903917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #33
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 21645544 - 21645438
Alignment:
Q  19 gaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttca 118  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||| |||||||| |  ||||| ||||| || ||||| ||||||  |||| || | || ||||||||||| |  ||||    
T  21645544 gaagctaccgcgacatcgatgtgggctaagttggagttattgtacatgacgaaatctttagctcataagcaactcttgaaacaacaactttattcattca 21645445  T
Q  119 agatggt 125  Q
    |||||||    
T  21645444 agatggt 21645438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #34
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 38 - 98
Target Start/End: Complemental strand, 3890938 - 3890878
Alignment:
Q  38 tgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaa 98  Q
    |||||||||||||| | |  ||||||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||||||    
T  3890938 tgtgggcaaagttgaagttattgtatatgaccaagcctttgactcataggcaattcctaaa 3890878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #35
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 30 - 90
Target Start/End: Complemental strand, 49091185 - 49091125
Alignment:
Q  30 ggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaa 90  Q
    ||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||| || || ||||||||| |||||    
T  49091185 ggcatcgatgtgggctaagttggagtcattgtacatgacgaaatcgttggctcataggcaa 49091125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 138; Significance: 3e-72; HSPs: 42)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 14 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 53917245 - 53917048
Alignment:
Q  14 caaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttactt 113  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||     
T  53917245 caaaggaaacaactgcggcatcgatgtggtcaaagttcgaatatttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaagtcctaaagcaacaactttactc 53917146  T
Q  114 cttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacatgaagttgcatcttgatgatg 211  Q
     || |||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||    
T  53917145 atttaagatggtaaagtcaaagaccatcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacattaagttgcgtcttgaggatg 53917048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 4 - 211
Target Start/End: Original strand, 3315359 - 3315566
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3315359 agagaagtagcaaaggaaccaaccgcgacatcgatgtgtgcaaagttggaatatttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 3315458  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacatgaagttgcatct 203  Q
    ||||||| |  |||||||||||| |||  ||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  || |||||||    
T  3315459 aactttattcattcaagatggtagagtcaaaggccatcacggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttagagaacattgaggtgcatct 3315558  T
Q  204 tgatgatg 211  Q
    ||| ||||    
T  3315559 tgaggatg 3315566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 9 - 199
Target Start/End: Original strand, 42990981 - 42991171
Alignment:
Q  9 agtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactt 108  Q
    |||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  42990981 agtagcaaaggaacgaaccgcgacatcgatgtgggcaaagttggaatctttatatatgacaaagtctttggctcatcggcaagtcctaaagcaacaactt 42991080  T
Q  109 tacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacatgaagttgc 199  Q
    ||||  ||||| ||||||||||  ||| || || ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  42991081 tactcattcaatatggtaaagtcaaaggccttcttggagctgcttgtggagttcaacaaaatcattgctgatttggagaacattaagttgc 42991171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 9 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 28101584 - 28101382
Alignment:
Q  9 agtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactt 108  Q
    ||||||||| ||| |||||||| |||| |||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||     
T  28101584 agtagcaaaagaaccaaccgcgacatcaatgtggtcaaagttcgaatatttgtatatgacaaagtctttggctcatcggtaattcctaaagtaacaactc 28101485  T
Q  109 tacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacatgaagttgcatcttgatg 208  Q
    ||||  ||||||||||||||||  ||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||| |    
T  28101484 tactcattcaagatggtaaagttaaaggccatcatggagctacttatggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacattgaggtgcatcttgagg 28101385  T
Q  209 atg 211  Q
    |||    
T  28101384 atg 28101382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 9e-60
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Original strand, 456584 - 456768
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  456584 agagaagtagcaaaggaagcaaccgcgacatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 456683  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
    |||| ||||  |||||||||||| |||  ||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| | | ||| ||||||||    
T  456684 aactctactcattcaagatggtagagtcaaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatcctagatgacttggagaa 456768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 6065374 - 6065190
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6065374 agagaagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatacgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 6065275  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
    |||| ||||  |||||||| ||| |||  ||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| | | ||| ||||||||    
T  6065274 aactctactcattcaagatcgtagagtcaaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatcctagatgacttggagaa 6065190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Original strand, 43226754 - 43226938
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43226754 agagaagtagcaaaggaacgaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 43226853  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
    |||| ||||  |||||||||||  |||  |||||| ||||||||| ||||  | |||||||||||||| ||| ||| ||||||||    
T  43226854 aactctactcattcaagatggtggagtcaaagaccatcatggagcaacttacgaagttcaacaaaatccttgatgacttggagaa 43226938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 109; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 4 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 43423049 - 43422844
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| |||||||||||   |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||    
T  43423049 agagaagtagcaaaggttacaaccgcgacatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaagtcccaaatcaac 43422950  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacatgaagttgcatct 203  Q
    |||||||||  ||   ||| |||||||  ||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||    
T  43422949 aactttactcatt--ggattgtaaagtcaaaggccatcatggagctacttgtcgagttcaacaaaatcattggtgatttgaagaacattgaggtgcatct 43422852  T
Q  204 tgatgatg 211  Q
    ||| ||||    
T  43422851 tgaggatg 43422844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 10957904 - 10957720
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10957904 agagaagtagcaaaggaaccaaccgtggcatcgatttgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 10957805  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
    |||| ||||  |||| ||||||| |||  ||| || ||||||||| ||||  | |||||||||||||| ||| ||| ||||||||    
T  10957804 aactctactcattcaggatggtagagtcaaaggccatcatggagcaacttacgaagttcaacaaaatccttgatgacttggagaa 10957720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 18098752 - 18098568
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  18098752 agagaagtagcaaaggaaccaaccgcggcatcaatgtgggcaaagatggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcataggcaattcctaaagcaac 18098653  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
    |||| ||||| |||| ||||||  |||  ||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||    
T  18098652 aactctacttattcaggatggttgagtcaaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatccttgatgacttggagaa 18098568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 9 - 188
Target Start/End: Original strand, 11168783 - 11168962
Alignment:
Q  9 agtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactt 108  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  11168783 agtagcagaggaagcaaccgcagcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaactactc 11168882  T
Q  109 tacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
    ||||  |||  ||||||| |||  ||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||    
T  11168883 tactcattctggatggtagagtcaaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatccttgatgacttggagaa 11168962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 4310091 - 4309907
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| |||||||||||||  |||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4310091 agagaagtagcaaaggaacgaaccgcggcatcaatatgggcaaagttgaaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 4309992  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
    |||| ||||  |||| ||||||  |||  |||||| ||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||    
T  4309991 aactctactcattcaggatggtggagtcaaagaccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatccttgatgacttggagaa 4309907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Original strand, 5192327 - 5192511
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5192327 agagaagtagcaaaggaagcaactgcgacatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcagcaattcctaaagcaac 5192426  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
     ||| ||||  |||| ||||||| |||  ||| || |||| |||| ||||  |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||    
T  5192427 gactctactcattcaggatggtagagtcaaaggccatcattgagcaacttacggagttcaacaaaatccttgatgacttggagaa 5192511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 9 - 188
Target Start/End: Original strand, 5898091 - 5898270
Alignment:
Q  9 agtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactt 108  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||     
T  5898091 agtagcaaaggaacgaaccgcgacatcgatatgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcttaaagcaacaactc 5898190  T
Q  109 tacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
    ||||  || ||||||||  |||  |||||| ||||||||| ||||  |||||||||||||||| | | ||| ||||||||    
T  5898191 tactcatttaagatggtggagtcgaagaccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatcctagatgacttggagaa 5898270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 84; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 16 - 191
Target Start/End: Original strand, 37407331 - 37407506
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||  |    
T  37407331 aaggaaccaaccgcggcatcaatgtggtcaaagttggagtcgttgtatatgaccaagtctttggctcataggcaattccttaagcaacaactctactcat 37407430  T
Q  116 tcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    ||||||||||  |||  |||||||| ||||||| | | | |||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||    
T  37407431 tcaagatggtggagttaaagaccgtgatggagcaattggcggagttcaacaaaatccttgatgatttggaaaacat 37407506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 16 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 5259848 - 5259673
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||  |    
T  5259848 aaggaaccaaccgcggcatctatgtggtcaaagttggagtcgttgtatatgaccaagtctttggctcataggcaattccttaagcaacaactctactcat 5259749  T
Q  116 tcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    ||||||||||  |||  |||||| | ||||||| | | |  ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  5259748 tcaagatggtggagtcaaagaccttgatggagcaattggcagagttcaacaaaatccttgatgatttggagaacat 5259673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 32 - 188
Target Start/End: Original strand, 23634150 - 23634306
Alignment:
Q  32 catcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttcaagatggtaaagta 131  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |  |||||||||||  |||     
T  23634150 catcgatgaggtcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaatttctaaagcaacaactctagtcattcaagatggtggagtc 23634249  T
Q  132 taagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
     ||| || ||||||||| | || | ||||||||||||||| ||| ||| ||||||||    
T  23634250 aaaggccatcatggagcaatttatagagttcaacaaaatccttgatgacttggagaa 23634306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 16 - 191
Target Start/End: Original strand, 10209843 - 10210018
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||  |    
T  10209843 aaggaaccaaccgcggcatcgatatggtctaagttggaatcattgtatatgaccaagtcgttggctcataggcaattccttaagcaacaactctactcat 10209942  T
Q  116 tcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    ||||||||||  |||  |||||||| ||||||| | | | |||||||||||| ||| |||  ||||||||||||||    
T  10209943 tcaagatggtggagtcaaagaccgtgatggagcaattggcggagttcaacaagatccttgacgatttggagaacat 10210018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 16 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 23199664 - 23199489
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| |||||||| ||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| || |  |    
T  23199664 aaggaaccaaccgcgacatcgatatggtcaaagttggaatcgttgtatatgaccaagtctttggctcataggcaattccttaagcaacaactctaatcat 23199565  T
Q  116 tcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    ||||||||||  |||  |||||| | ||||||| | | | |||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||    
T  23199564 tcaagatggtggagtcaaagaccatgatggagcaattggcggagttcaacaaaatccttgatgatttagagaacat 23199489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 10 - 211
Target Start/End: Original strand, 7769238 - 7769439
Alignment:
Q  10 gtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaacttt 109  Q
    |||| ||||||| |||  ||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  7769238 gtagaaaaggaaccaattgcgacatcgatgtggtcaaagttggagtctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagaaacaactct 7769337  T
Q  110 acttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacatgaagttgcatcttgatga 209  Q
    |||  |||||||||||  |||  ||| |  ||||||||| ||||  ||||||| | |||||| ||| |||  ||||||| ||  || |||||||||| ||    
T  7769338 actcattcaagatggtggagtcaaaggctatcatggagcaacttacggagttctaaaaaatccttgatgacgtggagaatattgaggtgcatcttgagga 7769437  T
Q  210 tg 211  Q
    ||    
T  7769438 tg 7769439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 16 - 205
Target Start/End: Original strand, 27421327 - 27421516
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| |||||||| ||| ||||||| |||||||||| || ||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |    
T  27421327 aaggaaccaaccgcgacattgatgtggtcaaagttggagtcgttgttattgacaaaatctttggctcatcggcaattcctaaaacaacaactttactcat 27421426  T
Q  116 tcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacatgaagttgcatcttg 205  Q
    ||||||||||| |||  |||  | ||||||||| ||||  |||||||||||| ||| ||| ||| |||||||| ||  || |||||||||    
T  27421427 tcaagatggtagagtcaaaggtcatcatggagcaacttacggagttcaacaagatccttgatgacttggagaatattgaggtgcatcttg 27421516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 16 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 4600245 - 4600070
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||  |    
T  4600245 aaggaaccaaccgcggcatcgatatggtctaagttggaatcgttgtatatgaccaagtcgttggctcataggcaattccttaagcaacaactctactcat 4600146  T
Q  116 tcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    ||||||||||  |||  |||||||| || |||| | | | |||||||||||| ||| | |  ||||||||||||||    
T  4600145 tcaagatggtggagtcaaagaccgtgatagagcaattggcggagttcaacaagatcctcgacgatttggagaacat 4600070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 16 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 9635649 - 9635474
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| ||||||||||||| | |||| ||||||||||  | ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| | ||||  |    
T  9635649 aaggaaccaaccgcggcatctacgtggtcaaagttggagccgttgtatatgaccaagtctttggctcataggcaattccttaagcaacaaatctactcat 9635550  T
Q  116 tcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    ||||||||||  | |  |||||||| ||||||| | | | | |||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  9635549 tcaagatggtgcattcaaagaccgtgatggagcaattggcgtagttcaacaaaatccttgatgatttggagaacat 9635474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 16 - 191
Target Start/End: Original strand, 10056887 - 10057062
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| |||| ||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||  |    
T  10056887 aaggaaccaactgcggcatcgatatggtctaagttggaatcgttgtatatgaccaagtcgttggctcataggcaattccttaagcaacaactctactcat 10056986  T
Q  116 tcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    ||||||||||  |||  |||||||| ||||||| | | | |||||||||||| ||| | |  ||||||||||||||    
T  10056987 tcaagatggtggagtcaaagaccgtgatggagcaattggcggagttcaacaagatcctcgacgatttggagaacat 10057062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 16 - 191
Target Start/End: Original strand, 10061331 - 10061506
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| |||| ||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||  |    
T  10061331 aaggaaccaactgcggcatcgatatggtctaagttggaatcgttgtatatgaccaagtcgttggctcataggcaattccttaagcaacaactctactcat 10061430  T
Q  116 tcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    ||||||||||  |||  |||||||| ||||||| | | | |||||||||||| ||| | |  ||||||||||||||    
T  10061431 tcaagatggtggagtcaaagaccgtgatggagcaattggcggagttcaacaagatcctcgacgatttggagaacat 10061506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 16 - 191
Target Start/End: Original strand, 10063553 - 10063728
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| |||| ||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||  |    
T  10063553 aaggaaccaactgcggcatcgatatggtctaagttggaatcgttgtatatgaccaagtcgttggctcataggcaattccttaagcaacaactctactcat 10063652  T
Q  116 tcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    ||||||||||  |||  |||||||| ||||||| | | | |||||||||||| ||| | |  ||||||||||||||    
T  10063653 tcaagatggtggagtcaaagaccgtgatggagcaattggcggagttcaacaagatcctcgacgatttggagaacat 10063728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 16 - 191
Target Start/End: Original strand, 10065775 - 10065950
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| |||| ||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||  |    
T  10065775 aaggaaccaactgcggcatcgatatggtctaagttggaatcgttgtatatgaccaagtcgttggctcataggcaattccttaagcaacaactctactcat 10065874  T
Q  116 tcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    ||||||||||  |||  |||||||| ||||||| | | | |||||||||||| ||| | |  ||||||||||||||    
T  10065875 tcaagatggtggagtcaaagaccgtgatggagcaattggcggagttcaacaagatcctcgacgatttggagaacat 10065950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 28 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 1620031 - 1619936
Alignment:
Q  28 gcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttcaagatg 123  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||  |||||||||    
T  1620031 gcggcatcgatgtggtcaaagttggagtctttgcatatgacaaagtctttggctcattggtaattcctaaagcaacaactctactcattcaagatg 1619936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 16 - 191
Target Start/End: Original strand, 6717155 - 6717330
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| | || ||||| |||| |||||| ||||  |    
T  6717155 aaggaaccaaccgcggcatcgatatggtctaagttggaatcgttgtatatgaccaagtcgttggctcatagacatttccttaagcgacaactctactcat 6717254  T
Q  116 tcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    ||||||||||  |||  |||||||| || |||| | | | |||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||    
T  6717255 tcaagatggtggagtcaaagaccgtgatagagcaattggcggagttcaacaagatccttgatgatttggagaacat 6717330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 16 - 191
Target Start/End: Original strand, 10059109 - 10059284
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| |||| ||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||  |    
T  10059109 aaggaaccaactgcggcatcgatatggtctaagttggaatcgttgtatatgaccaagtcgttggctcataggcaattccttaagcaacaactctactcat 10059208  T
Q  116 tcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    ||||||||||  | |  |||||||| ||||||| | | | |||||||||||| ||| | |  ||||||||||||||    
T  10059209 tcaagatggtggatttaaagaccgtgatggagcaattggcggagttcaacaagatcctcgacgatttggagaacat 10059284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 16 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 22834534 - 22834359
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||| || ||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| || |  |    
T  22834534 aaggaaccaaccgcggcgtcgatgtggtcaaagttggagtcattgtatatgatcaagtctttggctcataggcaattccttaagcaacaactctattcat 22834435  T
Q  116 tcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    ||||||||||  |||  |||||||| |  |||| | |   |||||||||||||||  ||| |||||||||||||||    
T  22834434 tcaagatggtggagttaaagaccgtgacagagcaattgacggagttcaacaaaattcttgatgatttggagaacat 22834359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 60; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 16 - 191
Target Start/End: Original strand, 29811511 - 29811686
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| | ||||| || || |||||| |||||||||| || |||||||| || | |||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| ||||  |    
T  29811511 aaggaacctaccgcagcgtccatgtggtcaaagttggagtcattgtatataaccaggtctttggctcataagcaattccttaagcaacaactctactcat 29811610  T
Q  116 tcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    ||||||||||  |||  |||||||| ||||||| | |   |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  29811611 tcaagatggtggagtcaaagaccgtgatggagcaattaacggagttcaacaaaatccttgatgatttggagaacat 29811686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #33
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 16 - 112
Target Start/End: Original strand, 53597915 - 53598011
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttact 112  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||| ||| | |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||| |||| ||||    
T  53597915 aaggaatcaaccgcggcatcgatgtggtcaaaattgaagtctttgtatatgacaaagtctttacctcatcggcaatttctaaagcaagaactctact 53598011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #34
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 24 - 191
Target Start/End: Original strand, 7762921 - 7763088
Alignment:
Q  24 aaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttcaagatg 123  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||| || || |||||||| |||||||||||||||  ||||||| | ||||||||||| || |  || ||||||    
T  7762921 aaccgcggaatcgatgtggtcaaagttggagtcattatatatgaccaagtctttggctcataagcaattctttaagcaacaactctattcatttaagatg 7763020  T
Q  124 gtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    ||  |||  |||||||| ||||||| | |   |||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||    
T  7763021 gtggagtcaaagaccgtgatggagcaattaacggagttcaacaaaatccttgatgattttgagaacat 7763088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #35
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 18 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 32479860 - 32479771
Alignment:
Q  18 ggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaact 107  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||| ||||| || | |||||||||||    
T  32479860 ggaagctaccgcagcatcgatgtgggcaaagttggagtcattgtatatgacgaaatctttggctcataggcaactcttgaagcaacaact 32479771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #36
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 30 - 154
Target Start/End: Original strand, 25634581 - 25634704
Alignment:
Q  30 ggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttcaagatggtaaag 129  Q
    |||||||| |||| ||||||| || ||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||| ||||  |||||||||||  ||    
T  25634581 ggcatcga-gtggtcaaagttagagtctttatatatgacaaagtctttgactcatcagcaattcctaaagccacaactctactcattcaagatggtggag 25634679  T
Q  130 tataagaccgtcatggagctacttg 154  Q
    |  ||| || ||||||||| |||||    
T  25634680 tcaaaggccatcatggagcaacttg 25634704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #37
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 18 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 8516614 - 8516525
Alignment:
Q  18 ggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaact 107  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| || || || |||||||| || |||||||||||| ||||| || | |||||||||||    
T  8516614 ggaagctaccgcggcatcgatgtgggcaaagttagagtcattatatatgacgaaatctttggctcataggcaactcttgaagcaacaact 8516525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #38
Raw Score: 45; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 36 - 112
Target Start/End: Original strand, 32891752 - 32891828
Alignment:
Q  36 gatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttact 112  Q
    ||||||| |||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||    
T  32891752 gatgtggtcaaagttggagtcattgtatatgaccaaatctttggctcataggcaattccttaagcaacaactctact 32891828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #39
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 32 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 15830751 - 15830658
Alignment:
Q  32 catcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttcaagatggt 125  Q
    |||||| |||| |||||||||| |  ||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||  || ||||||||    
T  15830751 catcgaggtggtcaaagttggagttattgtatatgactaagtctatggttcataggcaattcctaaagcaagaactttactcatttaagatggt 15830658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #40
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 23409857 - 23409748
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| | |||||||| ||||| ||| |||| || || || ||||||||||| || |||||||||||| ||||| |||| ||||||||||| ||||| |    
T  23409857 aaggaacctaccgcggcgtcgatatggtcaaattttgagtcattgtatatgaccaaatctttggctcataggcaactccttaagcaacaactctacttat 23409758  T
Q  116 tcaagatggt 125  Q
    | ||||||||    
T  23409757 ttaagatggt 23409748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #41
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 58 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 15822169 - 15822016
Alignment:
Q  58 ttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtgg 157  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||  | ||||||||||||||||||| ||||  || || |||||  |||  |||||| | |  |||| |||   |     
T  15822169 ttgtatatgactaagtctttagctcatatgtaattcctaaagcaacaactctactcgtttaaaatggtggagtcaaagaccttaacagagcaactaacga 15822070  T
Q  158 agttcaacaaaatcattggtgatttggagaacatgaagttgcatcttgatgatg 211  Q
    |||||||||||||| ||  |||||||||||||||  || |||||||||| ||||    
T  15822069 agttcaacaaaatccttaatgatttggagaacattgaggtgcatcttgaggatg 15822016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #42
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 18 - 125
Target Start/End: Original strand, 3324114 - 3324222
Alignment:
Q  18 ggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgac-aaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttctt 116  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||| | ||| ||| || ||||||||| ||||| || | || |||||||| || |  ||    
T  3324114 ggaagctaccgcggcgtcgatgtgggctaagttggagtcattgtacaagacgaaaatcgttggctcataggcaactcttgaaacaacaactctattcatt 3324213  T
Q  117 caagatggt 125  Q
    |||||||||    
T  3324214 caagatggt 3324222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 136; Significance: 4e-71; HSPs: 29)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 4 - 211
Target Start/End: Original strand, 27911130 - 27911337
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  27911130 agagaagtagcaaaggaatcaactgcggcatcgatgtggtcaaagttcgaatatttgtatatgacaaagtctttggctcatcggaaagtcctaaagcaac 27911229  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacatgaagttgcatct 203  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||  ||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  27911230 aactttactcattcaagatggtaaagtcaaaggctatcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacattaagttgcgtct 27911329  T
Q  204 tgatgatg 211  Q
    ||| ||||    
T  27911330 tgaggatg 27911337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Original strand, 658716 - 658900
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  658716 agagaagtagcaaaggaaccaaccgcgacatcgatgtggtcaaagttcgaatatttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaagtcctaaagcaac 658815  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||  ||| || ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  658816 aactttactcattcaagatggtaaagtcaaaggccatcatggacctacttgtagagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 658900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Original strand, 10750396 - 10750580
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10750396 agagaagtaggaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 10750495  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
    |||| ||||  |||| ||||||| |||  ||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| | | ||| ||||||||    
T  10750496 aactctactcattcaggatggtagagtcaaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatcctagatgacttggagaa 10750580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 15356430 - 15356246
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15356430 agagaagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatatgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 15356331  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
    |||| ||||  |||| ||||||| |||  ||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| | | ||| ||||||||    
T  15356330 aactctactcattcaggatggtagagtcaaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatcctagatgacttggagaa 15356246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Original strand, 23665744 - 23665928
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23665744 agagaagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatatgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 23665843  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
    |||| ||||  |||| ||||||| |||  ||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| | | ||| ||||||||    
T  23665844 aactctactcattcaggatggtagagtcaaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatcctagatgacttggagaa 23665928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 12 - 196
Target Start/End: Original strand, 25806167 - 25806351
Alignment:
Q  12 agcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttac 111  Q
    ||||| |||| ||||||| |||||||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||    
T  25806167 agcaatggaaacaaccgcagcatcgatgtggtcaaagttcgaatatttgtatattacaaagtctttggctcattggaaagtcctaaagcaacaactttac 25806266  T
Q  112 ttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacatgaagt 196  Q
    |  ||||||||||||||||  ||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  25806267 tcattcaagatggtaaagtcaaaggctatcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacattaagt 25806351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 4 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 34479000 - 34478819
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  34479000 agagaagtagcaaaggaagcaaccgcgacatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcgacaattcctaaagcaac 34478901  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttgga 185  Q
    |||| ||||  |||| ||||||| |||  ||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||| ||| |||||    
T  34478900 aactctactcattcaggatggtagagtcaaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatccttgatgacttgga 34478819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 109; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 44 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 18510955 - 18510787
Alignment:
Q  44 caaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcat 143  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||  ||| |  ||||    
T  18510955 caaagttcgaatatttgtatatgacaaagtctttggcttatcggcaagtcctaaagcaacaactttactcattcaagatggtaaagtcaaaggctatcat 18510856  T
Q  144 ggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacatgaagttgcatcttgatgatgt 212  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||    
T  18510855 ggagctacttgtgcagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacattaagttgcgtcttgaggatgt 18510787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Original strand, 31543431 - 31543615
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31543431 agagaagtagcaaaggaagcaaccgcgacatcgatgtgggcaaagttagaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 31543530  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
     ||| ||||  |||||||||| | |||  ||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| | | ||| ||||||||    
T  31543531 gactctactcattcaagatggaagagtcaaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatcctagatgacttggagaa 31543615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Original strand, 6745766 - 6745950
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| |||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6745766 agagaagtagcaaaggaacgaaccgcggcatcaatgtgggcaaagttgtaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 6745865  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
    |||| ||||  |||| ||||||  |||  ||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||    
T  6745866 aactctactcattcaggatggtggagtcaaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatccttgatgacttggagaa 6745950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Original strand, 18467382 - 18467566
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| |||||||||||||  ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18467382 agagaagtagcaaaggaacgaaccgcgacatcgatatgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 18467481  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
    |||| ||||  |||| ||||||  |||  |||||| ||||||||| | ||  |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||    
T  18467482 aactctactcattcaggatggtggagtcaaagaccatcatggagcaatttacggagttcaacaaaatccttgatgacttggagaa 18467566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 16 - 191
Target Start/End: Original strand, 29721017 - 29721192
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||  |    
T  29721017 aaggaaccaaccgcggcatcgatgtggtcaaagttggaatcgttgtatatgaccaagtctttggctcataggcaattccttaagcaacaactctactcat 29721116  T
Q  116 tcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    ||||||||||  |||  |||||||| ||||||| | | | |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  29721117 tcaagatggtggagtcaaagaccgtgatggagcaattggcggagttcaacaaaatccttgatgatttggagaacat 29721192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 92; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 16 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 9788747 - 9788572
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||  |    
T  9788747 aaggaaccaaccgcggcatcgatatggtcaaagttggaatcgttgtatatgaccaagtctttggctcataggcaattccttaagcaacaactctactcat 9788648  T
Q  116 tcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    ||||||||||  |||  |||||||| ||||||| | | | |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  9788647 tcaagatggtggagtcaaagaccgtgatggagcaattggcggagttcaacaaaatccttgatgatttggagaacat 9788572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 31 - 191
Target Start/End: Original strand, 20043709 - 20043869
Alignment:
Q  31 gcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttcaagatggtaaagt 130  Q
    |||||||||| | ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| | |||    
T  20043709 gcatcgatgtagtcaaagttcgaatatttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttactcattcaagatggcagagt 20043808  T
Q  131 ataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
      ||| || ||||||||| ||||||||||||||| | |||| ||| ||| |||||||||||    
T  20043809 caaaggccatcatggagcaacttgtggagttcaaaacaatccttgatgacttggagaacat 20043869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 16 - 200
Target Start/End: Original strand, 26171409 - 26171593
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| |||||| ||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||  |    
T  26171409 aaggaaccaaccgtggcatcgatatggtcaaagttggaatcgttgtatatgaccaagtctttggctcataggcaattccttaagcaacaactctactcat 26171508  T
Q  116 tcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacatgaagttgca 200  Q
    ||||||||||  |||  |||||||| ||||||| | | | |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||| ||||    
T  26171509 tcaagatggtggagtcaaagaccgtgatggagcaattggcggagttcaacaaaatccttgatgatttggagaacattaaggtgca 26171593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 16 - 191
Target Start/End: Original strand, 16407977 - 16408152
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| ||||||||| |||||| ||  ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||  |    
T  16407977 aaggaaccaaccgcggaatcgatatgatcaaagttggaatcgttgtatatgaccaagtctttggctcataggcaattccttaagcaacaactctactcat 16408076  T
Q  116 tcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    ||||||||||  |||| |||||||| ||||||| | | | |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  16408077 tcaagatggtggagtaaaagaccgtgatggagcaattggcggagttcaacaaaatccttgatgatttggagaacat 16408152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 16 - 167
Target Start/End: Original strand, 40380758 - 40380909
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| | |||||||| ||||||||||| ||||  |    
T  40380758 aaggaaccaaccgcggcatcgatatggtctaagttggaatcgttgtatatgaccaagtcgttggctcatagacaattccttaagcaacaactctactcat 40380857  T
Q  116 tcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaa 167  Q
    ||||||||||  |||  |||||||| ||||||| | | | ||||||||||||    
T  40380858 tcaagatggtggagtcaaagaccgtgatggagcaattggcggagttcaacaa 40380909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 16 - 191
Target Start/End: Original strand, 16545079 - 16545257
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaa---gtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttact 112  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||| ||   ||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||    
T  16545079 aaggaaccaaccgcggcatcgatatggtctaagttggaatcgttgtatatgaccaacaagtcgttggctcataggcaattccttaagcaacaactctact 16545178  T
Q  113 tcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
      |||||||||||  |||  |||||||| ||||||| | | | |||||||||||| ||| | |  ||||||||||||||    
T  16545179 cattcaagatggtggagtcaaagaccgtgatggagcaattggcggagttcaacaagatcctcgacgatttggagaacat 16545257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 60; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 36 - 191
Target Start/End: Original strand, 534421 - 534576
Alignment:
Q  36 gatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttcaagatggtaaagtataag 135  Q
    ||||||| |||||||||| || ||||||||||| |||||||||| | || |||||||||| ||||||||||| ||||  |||||||||||  |||  |||    
T  534421 gatgtggtcaaagttggagtcattgtatatgaccaagtctttggttgataggcaattccttaagcaacaactctactcattcaagatggtggagtcaaag 534520  T
Q  136 accgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    ||||| ||||||| | |   |||||||||||||||  ||| |||||||||||||||    
T  534521 accgtgatggagcaattaacggagttcaacaaaatacttgatgatttggagaacat 534576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 19 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 33790834 - 33790728
Alignment:
Q  19 gaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttca 118  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||| | ||| || | ||||||||||| ||||  ||||    
T  33790834 gaagctaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggagtcattgtatatgacgaaatctttggctcatagacaactcttgaagcaacaactctactcattca 33790735  T
Q  119 agatggt 125  Q
    |||||||    
T  33790734 agatggt 33790728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 19 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 27449341 - 27449235
Alignment:
Q  19 gaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttca 118  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||| ||||| || | ||||||||||| || |  ||||    
T  27449341 gaagctaccgcggcatcgatgtgggcgaagttggagtcattgtatatgacaaaatctttagctcataggcaactcttgaagcaacaactctattcattca 27449242  T
Q  119 agatggt 125  Q
    |||||||    
T  27449241 agatggt 27449235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 140 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 31467340 - 31467289
Alignment:
Q  140 tcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31467340 tcatggagctacttgtggagctcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 31467289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 36 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 42427937 - 42427782
Alignment:
Q  36 gatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttcaagatggtaaagtataag 135  Q
    ||||||| |||||||| | || ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| || |  |||||||||||  |||  |||    
T  42427937 gatgtggtcaaagttgtagtcattgtatatgaccaagtctttggctcataggcaattccttaagcaacaactctattcattcaagatggtggagtcaaag 42427838  T
Q  136 accgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    ||||| | ||| | | |    ||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||    
T  42427837 accgtgacggaacaattaacagagttcaacaaaatccttgatgattttgagaacat 42427782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #24
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 19 - 125
Target Start/End: Original strand, 37557192 - 37557298
Alignment:
Q  19 gaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttca 118  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| || |||||||||||| ||||| || | ||||||||||| || |  ||||    
T  37557192 gaagctaccgcgacatcgatgtgggcgaagttggagtcattgtatatgacgaaatctttggctcataggcaactcttgaagcaacaactctattcattca 37557291  T
Q  119 agatggt 125  Q
    |||||||    
T  37557292 agatggt 37557298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #25
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 19 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 43598251 - 43598145
Alignment:
Q  19 gaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttca 118  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| || ||||| |||||| ||||| || | ||||||||||| || |  ||||    
T  43598251 gaagctaccgcggcatcgatgtgggcgaagttggagtcattgtatatgacgaaatctttagctcatgggcaactcttgaagcaacaactctattcattca 43598152  T
Q  119 agatggt 125  Q
    |||||||    
T  43598151 agatggt 43598145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #26
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 19 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 43603743 - 43603637
Alignment:
Q  19 gaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttca 118  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| || ||||| |||||| ||||| || | ||||||||||| || |  ||||    
T  43603743 gaagctaccgcggcatcgatgtgggcgaagttggagtcattgtatatgacgaaatctttagctcatgggcaactcttgaagcaacaactctattcattca 43603644  T
Q  119 agatggt 125  Q
    |||||||    
T  43603643 agatggt 43603637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #27
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 19 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 43609235 - 43609129
Alignment:
Q  19 gaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttca 118  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| || ||||| |||||| ||||| || | ||||||||||| || |  ||||    
T  43609235 gaagctaccgcggcatcgatgtgggcgaagttggagtcattgtatatgacgaaatctttagctcatgggcaactcttgaagcaacaactctattcattca 43609136  T
Q  119 agatggt 125  Q
    |||||||    
T  43609135 agatggt 43609129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #28
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 18 - 107
Target Start/End: Original strand, 31397559 - 31397648
Alignment:
Q  18 ggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaact 107  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| || || ||||||||||| |||||||||||| ||||| || | |||||||||||    
T  31397559 ggaagctaccgcggcatcaatgtgggaaaagttggagtcattctatatgacaaaatctttggctcataggcaactcttgaagcaacaact 31397648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #29
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 36 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 13694647 - 13694492
Alignment:
Q  36 gatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttcaagatggtaaagtataag 135  Q
    ||||||| |||| ||||| || ||||||||||| || ||||||||||||  |||||||||| | |||||||| ||||| || ||||||||  |||  ||     
T  13694647 gatgtggtcaaatttggagtcgttgtatatgaccaaatctttggctcatatgcaattcctatatcaacaactctacttatttaagatggtggagtcaaat 13694548  T
Q  136 accgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
      | ||||||||| |||   |||||||||||||||| ||| ||| ||||| |||||    
T  13694547 gtcatcatggagcaactaacggagttcaacaaaatccttgatgagttggaaaacat 13694492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0004 (Bit Score: 132; Significance: 1e-68; HSPs: 1)
Name: scaffold0004
Description:

Target: scaffold0004; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 4 - 211
Target Start/End: Original strand, 80564 - 80771
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||    
T  80564 agagaagtagcaaaggaaacaaccgcgccatcgatgtggtcaaagttcgaatatttgtatatgacaaagtctttggctcaacggaaagtcctaaagcaac 80663  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacatgaagttgcatct 203  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||  ||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  80664 aactttactcattcaagatggtaaagtcaaaggctatcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacattaagttgcgtct 80763  T
Q  204 tgatgatg 211  Q
    ||| ||||    
T  80764 tgaggatg 80771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 132; Significance: 1e-68; HSPs: 27)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 12 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 31737049 - 31736850
Alignment:
Q  12 agcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttac 111  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  31737049 agcaaaggaacgaaccgcggcatcgatgtggtcaaagttcgaatatttgtatatgacaaagtctttggctcatcggaaagtcctaaagcaacaactttac 31736950  T
Q  112 ttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacatgaagttgcatcttgatgatg 211  Q
    |  ||||||||||||||||  ||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||    
T  31736949 tcattcaagatggtaaagtcaaaggctatcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacattaagttgcgtcttgaggatg 31736850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 4 - 191
Target Start/End: Original strand, 6996282 - 6996469
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| |||| |||||||  |||||||| ||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  6996282 agagaagtaacaaaggatccaaccgcgacatcgatgtggtcaaagttcgaatatttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaagtcctaaagcaac 6996381  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    |||||||||  || |||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6996382 aactttactcatttaagatggtaaagtcaaagaccatcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 6996469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Original strand, 28841120 - 28841304
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28841120 agagaagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 28841219  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
    |||| ||||  |||| ||||||| |||  ||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||    
T  28841220 aactctactcattcaggatggtagagtcaaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatccttgatgacttggagaa 28841304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Original strand, 51750735 - 51750919
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51750735 agagaagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 51750834  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
    |||| ||||  |||| ||||||| |||  ||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||    
T  51750835 aactctactcattcaggatggtagagtcaaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatccttgatgacttggagaa 51750919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Original strand, 16226866 - 16227050
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16226866 agagaagtaacaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 16226965  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
     ||| ||||  |||| ||||| | |||  ||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| | | ||| ||||||||    
T  16226966 gactctactcattcaggatggaagagtcaaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatcctagatgacttggagaa 16227050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Original strand, 51758232 - 51758416
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  51758232 agagaagtagcaaaggaagcaaccgcgacatcgatgtgggcaaaattggaatctttgtatacgacaaagtctttggctcatcgacaattcctaaagcaac 51758331  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
    |||| ||||  |||| ||||||| |||  ||| || ||||||||  ||||  |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||    
T  51758332 aactctactcattcaggatggtagagtcaaaggccatcatggagtaacttacggagttcaacaaaatccttgatgacttggagaa 51758416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 4 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 27338714 - 27338533
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| |||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  27338714 agagaagtagcaaaggaatgaatcgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttgactcattggcaattcctaaagcaac 27338615  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttgga 185  Q
    |||| ||||  |||| ||||||  |||  |||||| ||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||| ||| |||||    
T  27338614 aactctactcattcaggatggtggagtcaaagaccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatccttgatgacttgga 27338533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 4 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 50078375 - 50078174
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| |||||| |||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  50078375 agagaagtagcgaaggaaacaactgcggcatcaatgtggtcaaagtttgaatatttgtatatgacaaaatcttgggctcatcggcaagtcctaaagcaac 50078276  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacatgaagttgcatct 203  Q
    |||||||||  ||||||||  || |||  ||| || ||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||    
T  50078275 aactttactcattcaagattatagagtcaaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacattgaggtgcatct 50078176  T
Q  204 tg 205  Q
    ||    
T  50078175 tg 50078174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 97; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Original strand, 20300829 - 20301013
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| |||||||||||||  ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  20300829 agagaagtagcaaaggaacaaaccgtggcatcgatatgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcgtcaattcctaaagcaac 20300928  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
    |||| ||||  |||| ||||||| |||  ||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| |||  || ||||||||    
T  20300929 aactctactcattcaggatggtagagtcaaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatccttgaagacttggagaa 20301013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 97; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 28203280 - 28203096
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  28203280 agagaagtagcaaaggaaccaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtataagacaaagtctttgactcatcgacaattcctaaagcaac 28203181  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
    |||| ||||  |||||||||||  |||  ||  || ||||||||| |||   |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||    
T  28203180 aactctactcattcaagatggtggagtcaaaagccatcatggagcaactgacggagttcaacaaaatccttgatgacttggagaa 28203096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 97; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Original strand, 47178060 - 47178244
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  47178060 agagaagtagcaaaggaagcaatcgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtcattggctcatcggcaattcctaaaacaac 47178159  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
     ||| ||||  |||| ||||| | |||  ||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| | | ||| ||||||||    
T  47178160 gactctactcattcaggatggaagagtcaaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatcctagatgacttggagaa 47178244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 4 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 28997836 - 28997628
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| ||||||||||||  ||||| || |||| |||||| |||||||  ||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  28997836 agagaagtagcaaaggatacaaccacgacatcaatgtggtcaaagttcaaatatttgtatatgacaaaatctttgactcatcggcaagtcctaaagcaac 28997737  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacatgaagttgcatct 203  Q
    |||||||||  ||| ||||||||||||  ||| |  ||||| | || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||    
T  28997736 aactttactcattcgagatggtaaagtcaaaggctatcatgcaactgcttatggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacattgaggtgcatct 28997637  T
Q  204 tgatgatgt 212  Q
    || ||||||    
T  28997636 tgttgatgt 28997628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 4 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 29003552 - 29003344
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| ||||||||||||  ||||| || |||| |||||| |||||||  ||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  29003552 agagaagtagcaaaggatacaaccacgacatcaatgtggtcaaagttcaaatatttgtatatgacaaaatctttgactcatcggcaagtcctaaagcaac 29003453  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacatgaagttgcatct 203  Q
    |||||||||  ||| ||||||||||||  ||| |  ||||| | || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||    
T  29003452 aactttactcattcgagatggtaaagtcaaaggctatcatgcaactgcttatggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacattgaggtgcatct 29003353  T
Q  204 tgatgatgt 212  Q
    ||| |||||    
T  29003352 tgaggatgt 29003344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 92; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 4 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 25250862 - 25250655
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||  ||||||  ||| |||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  25250862 agagaagtagcaaaggaaacaaccgcggtatcgatgtggttaaagttcaaatatttgtatatggcaaagtctttggctcttcggtaattcctaaagcaac 25250763  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacatgaagttgcatct 203  Q
    |||| ||||  |||||||||||| |||  ||| || ||||||||  ||||  |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||| |||| ||    
T  25250762 aactctactcattcaagatggtagagtcaaaggccatcatggagaaacttacggagttcaacaaaatcattgatgatttggacaacattaagctgcacct 25250663  T
Q  204 tgatgatg 211  Q
    ||| ||||    
T  25250662 tgaggatg 25250655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 11 - 187
Target Start/End: Original strand, 16429653 - 16429829
Alignment:
Q  11 tagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaacttta 110  Q
    |||| |||||| | |||||||| |||||||||  ||||||  | | ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||    
T  16429653 tagcgaaggaatctaccgcggcgtcgatgtggttaaagttcaagtgtttgtatatgacaaagtctttggctcatcagaaattcctaaagtaacaacttta 16429752  T
Q  111 cttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggaga 187  Q
    ||  |||||||||||| |||  ||| || ||||||||| |||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||    
T  16429753 ctcattcaagatggtagagtcaaaggccatcatggagcaacttgtggagttcaacaaaacccttgatgatttggaga 16429829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 4 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 31424603 - 31424428
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| ||||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||  ||||| ||||||||||    
T  31424603 agagaagtagcaaaggaaccaaccacgacatagatgtgggcaaagttggaatctttgt------------ctttggctcatcaacaatttctaaagcaac 31424516  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    |  ||||||  |||||||||||| |||  ||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31424515 atatttactcattcaagatggtagagtcaaaggccatcatggatctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 31424428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 9 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 8348641 - 8348465
Alignment:
Q  9 agtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactt 108  Q
    |||||| ||| || |||||| ||| ||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||     
T  8348641 agtagcgaagaaaccaaccgtggcgtcgatgtggtcaaagttagagtctttgtatatgacaaagtctttgggacatcgacaattcctaaagcaacaactc 8348542  T
Q  109 tacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttgga 185  Q
    ||||  |||||||||||  |||  ||| || ||||| ||| ||||  |||||||||||||||| ||| ||| |||||    
T  8348541 tactcattcaagatggtggagtcaaaggccatcatgtagcaacttacggagttcaacaaaatctttgatgacttgga 8348465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 16 - 191
Target Start/End: Original strand, 31657846 - 31658021
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||| || ||||||||||| || ||||||||| || || ||||||| ||||||||||||||||  |    
T  31657846 aaggaaccaaccgcggcgtcgatgtggtcaaagttggagtcattgtatatgaccaaatctttggcttataggaaattccttaagcaacaactttactcat 31657945  T
Q  116 tcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    ||||||||||  |||  |||||||| |  |||| | |   |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  31657946 tcaagatggtggagtcaaagaccgtgacagagcaattaacggagttcaacaaaatccttgatgatttggagaacat 31658021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 11 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 3805712 - 3805517
Alignment:
Q  11 tagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaacttta 110  Q
    |||| |||||| |||||||| ||||||||||| ||| ||| || |  |||| |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  3805712 tagcgaaggaaccaaccgcgacatcgatgtggtcaacgttagagttgttgtttatgaccaaatctttggctcattggcaattcctaaagcaacaactgta 3805613  T
Q  111 cttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacatgaagttgcatcttga 206  Q
     |  |||||||||| | |||  ||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||  ||| ||| |||||||||||  || ||||||||||    
T  3805612 atcattcaagatggcagagtcaaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaattcttgatgacttggagaacattgaggtgcatcttga 3805517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 16 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 50168875 - 50168701
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| ||||| || | ||||| ||| |||||||||| |||| ||||||||| |||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||| || |  |    
T  50168875 aaggaaccaaccacgacgtcgatatggtcaaagttggagtctt-gtatatgaccaagtttttggctcataggcaattccttaagcaacaactctattcat 50168777  T
Q  116 tcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    ||||||||||  |||  |||||||| ||||||| | |  ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  50168776 tcaagatggtggagtcaaagaccgtgatggagcaattaatggagttcaacaaaatccttgatgatttggagaacat 50168701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 60; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 24 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 13127296 - 13127109
Alignment:
Q  24 aaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttcaagatg 123  Q
    ||||||| |||||||||   |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||| ||||||| ||||  ||||| |||    
T  13127296 aaccgcgacatcgatgtcttcaaagttggagtctttgtatatgacaaattctttggctcatcgacaattcttaaagaaacaactatactcattcaatatg 13127197  T
Q  124 gtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacatgaagttgcatcttgatgatg 211  Q
    |   |||  |||| | ||||| ||| |||| ||||||| ||||||||| ||| ||| |||||||| ||  || |||||||||| ||||    
T  13127196 gcggagtcaaagatcatcatgtagcaacttatggagtttaacaaaatccttgatgacttggagaatattgaggtgcatcttgaggatg 13127109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 60; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 16 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 28222947 - 28222772
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||  || ||||||||||| || |||||||||||| |||||||||| ||||||||||| || |  |    
T  28222947 aaggaaccaaccgcagcatcgatgtggtcaaagttggtgtcattgtatatgaccaaatctttggctcataggcaattccttaagcaacaactctattcat 28222848  T
Q  116 tcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    ||||||||||  |||  |||||||| |  |||| | |    ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  28222847 tcaagatggtggagtcaaagaccgtgacagagcaattgacagagttcaacaaaatccttgatgatttggagaacat 28222772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 16 - 170
Target Start/End: Original strand, 3157305 - 3157459
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| | |||||||| ||||||||| |||||||||| || || |||||||| ||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||| || |  |    
T  3157305 aaggaacctaccgcggcgtcgatgtggtcaaagttggagtcattctatatgaccaagtctttggctcatagacaattccttaagcaacaactctattcat 3157404  T
Q  116 tcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaat 170  Q
    ||||||||||  |||  |||||||| | ||||| | |   |||||||||||||||    
T  3157405 tcaagatggtggagtcaaagaccgtgacggagcaattgacggagttcaacaaaat 3157459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 19 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 41397758 - 41397670
Alignment:
Q  19 gaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaact 107  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| || |||||||||||| ||||| || | |||||||||||    
T  41397758 gaagctaccgcggcatcgatgtgggcgaagttggagtcattgtatatgacgaaatctttggctcataggcaactcttgaagcaacaact 41397670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 16 - 123
Target Start/End: Original strand, 16456360 - 16456467
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| |||| ||||| | ||||||  |||||||||| || ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||  |    
T  16456360 aaggaaccaactgcggcgttgatgtgatcaaagttggagtcattgtatatgaccaagactttggctcataggcaaatcctaaagcaacaactctactcat 16456459  T
Q  116 tcaagatg 123  Q
    ||||||||    
T  16456460 tcaagatg 16456467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 19 - 107
Target Start/End: Original strand, 19359406 - 19359494
Alignment:
Q  19 gaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaact 107  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||| | || ||||| ||||| || |||||||||||| ||||| || | || ||||||||    
T  19359406 gaagctaccgcggcatcgatgtgggctaagttgaagtcattgtacatgacgaaatctttggctcataggcaactcttgaaacaacaact 19359494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #27
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 18 - 125
Target Start/End: Original strand, 47099385 - 47099492
Alignment:
Q  18 ggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttc 117  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || || || ||||| || || ||||||||| ||||| || | || |||||||| || |  |||    
T  47099385 ggaagctaccgcggcatcgatgtgggctaagttggagtcattttacatgacgaaatcgttggctcataggcaactcgtgaaacaacaactctattcattc 47099484  T
Q  118 aagatggt 125  Q
    ||||||||    
T  47099485 aagatggt 47099492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 130; Significance: 2e-67; HSPs: 29)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 14 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 22802308 - 22802111
Alignment:
Q  14 caaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttactt 113  Q
    |||||||| |||||||| |||| |||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||     
T  22802308 caaaggaaacaaccgcgacatcaatgtggtcaaagttcgaatatttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaagtcctaaagcaacaactttactc 22802209  T
Q  114 cttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacatgaagttgcatcttgatgatg 211  Q
     ||||||||||||||||  |||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||    
T  22802208 attcaagatggtaaagtcaaaggtcgtcgtggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgattttgagaacattaagttgcatcttgaggatg 22802111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 4 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 14789014 - 14788807
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| ||||||||| ||  | |||||||||||||||||| ||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  14789014 agagaagtagcaaaagatactaccgcggcatcgatgtggtcaaagatcgaatatttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaagtcctaaagcaac 14788915  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacatgaagttgcatct 203  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||  ||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  14788914 aactttactcattcaagatggtaaagtcaaaggctatcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacattaagttgcgtct 14788815  T
Q  204 tgatgatg 211  Q
    ||| ||||    
T  14788814 tgaggatg 14788807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 4 - 187
Target Start/End: Original strand, 47563507 - 47563690
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| ||||||||||||  |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  47563507 agagaagtagcaaaggatacaaccgcgacatcgatgtgggaaaagttggaatctttgtatatgacaaagtcgttggctcatcgacaattcctaaagcaac 47563606  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggaga 187  Q
    |||||||||  |||||||||||||| |  ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47563607 aactttactcattcaagatggtaaatttaaaggccatcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggaga 47563690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 12 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 36921071 - 36920892
Alignment:
Q  12 agcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttac 111  Q
    |||||||||  ||| |||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||    
T  36921071 agcaaaggatccaatcgcggcatcgatgtggtcaaagtttgaatatttgtatatgacaaagtctttggctcattggcaagtcttaaagcaacaactttac 36920972  T
Q  112 ttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    |  ||||||||||||||||  ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36920971 tcattcaagatggtaaagtcaaaggccatcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 36920892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 9e-60
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 22134198 - 22134014
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22134198 agagaagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttttatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 22134099  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
    |||| ||||  |||| ||||||| |||  ||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||    
T  22134098 aactctactcattcaggatggtagagtcaaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatccttgatgacttggagaa 22134014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 22782318 - 22782134
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22782318 agagaagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcgacaattcctaaagcaac 22782219  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
    |||| ||||  |||| ||||||| |||  ||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| | | ||| ||||||||    
T  22782218 aactctactcattcaggatggtagagtcaaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatcctagatgacttggagaa 22782134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 11008149 - 11007965
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11008149 agagaagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggaaaagatggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 11008050  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
     | | ||||  |||| ||||||| |||  ||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||    
T  11008049 gaatctactcattcaggatggtagagtcaaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatccttgatgacttggagaa 11007965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 16933729 - 16933545
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  16933729 agagaagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaaacaac 16933630  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
     ||| ||||  |||| ||||| | |||  ||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| | | ||| ||||||||    
T  16933629 gactctactcattcaggatggaagagtcaaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatcctagatgacttggagaa 16933545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 22046296 - 22046112
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22046296 agagaagtagcaaagtaagcaacctcggcatcgatgtgggcaaatttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 22046197  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
     ||| ||||  |||| ||||||| |||  ||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||    
T  22046196 gactctactcattcaggatggtagagtcaaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatccttgatgacttggagaa 22046112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 4 - 191
Target Start/End: Original strand, 16454055 - 16454242
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| |||||||||| |  |||||||| ||||||||||| |||| || |||| |||||||| ||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  16454055 agagaagtagcaaagtatacaaccgcgacatcgatgtggtcaaattttgaatatttgtatacgacaaagactttggctcatcgacaagtcctaaagcaac 16454154  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||  ||| ||  ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16454155 aactttactaattcaagatggtaaagtcaaaggccaccatagagctaattgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 16454242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 12402668 - 12402493
Alignment:
Q  13 gcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttact 112  Q
    ||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  12402668 gcaaaggaaccaaccgtgacatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactctact 12402569  T
Q  113 tcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
      |||| ||||||  |||  ||| || ||||||||| ||||  ||||||||||||||||  || ||| ||||||||    
T  12402568 cattcaggatggtggagtcgaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatccgtgatgacttggagaa 12402493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 10 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 18537079 - 18536918
Alignment:
Q  10 gtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaacttt 109  Q
    ||||| |||||| ||| |||||||||||||||| ||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18537079 gtagcgaaggaaccaatcgcggcatcgatgtggtcaaagttcgtatatttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaacttt 18536980  T
Q  110 acttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatc 171  Q
    |||  |||||||||| | |||  ||| || ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||    
T  18536979 actcattcaagatggaagagtcgaaggccatcatggagcaacttgcggagttcaacagaatc 18536918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 9176053 - 9175869
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  9176053 agagaagtagcaaaggaagcaaccacgacatcgatgtgggaaaagtgggaatctttgtatatgacaaagtctttggctgatcggcaattcctaaagcaac 9175954  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
     ||| ||||  |||| ||||| | | |  ||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| | | ||| ||||||||    
T  9175953 gactctactcattcaggatggaagactcaaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatcctagatgacttggagaa 9175869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 12395440 - 12395257
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| ||||||||||||  |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12395440 agagaagtagcaaaggagccaaccgtgacatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtat-tgaaaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 12395342  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
    |||| ||||  |||| ||||||  | |  ||| || ||||||||| ||||  ||||||||||||||||  || ||| ||||||||    
T  12395341 aactctactcattcaggatggtggaatcgaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatccgtgatgacttggagaa 12395257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 12400402 - 12400219
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| ||||||||||||  |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12400402 agagaagtagcaaaggagccaaccgtgacatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtat-tgaaaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 12400304  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
    |||| ||||  |||| ||||||  | |  ||| || ||||||||| ||||  ||||||||||||||||  || ||| ||||||||    
T  12400303 aactctactcattcaggatggtggaatcgaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatccgtgatgacttggagaa 12400219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 16 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 52094888 - 52094713
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| | |||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||  |    
T  52094888 aaggaacctaccgcggcatcgatgtggtcaaagttggagtcattgtatatgaccaagtctttggctcataggcaattccttaagcaacaactctactcat 52094789  T
Q  116 tcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    ||||||||||  | |  |||||||| ||||||| | |   |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  52094788 tcaagatggtggattcaaagaccgtgatggagcaattgacggagttcaacaaaatccttgatgatttggagaacat 52094713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 4 - 112
Target Start/End: Original strand, 36379036 - 36379144
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| |||||| |||||| |||||| ||||||||||| | ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  36379036 agagaagtagcgaaggaaccaaccgtggcatcgatgtagtcaaagttcgaatatttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaagtcctaaagcaac 36379135  T
Q  104 aactttact 112  Q
    |||||||||    
T  36379136 aactttact 36379144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 72; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 16 - 191
Target Start/End: Original strand, 5136734 - 5136909
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||  |    
T  5136734 aaggaaccaaccgcggcatcgatatggtctaagttggaatcgttgtatatgaccaagtcgttggctcataggcaattccttaagcaacaactctactcat 5136833  T
Q  116 tcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    ||||||||||  |||  |||||||| ||||||| | | | |||||||||||| ||| | |  ||||||||||||||    
T  5136834 tcaagatggtggagtcaaagaccgtgatggagcaattggcggagttcaacaagatcctcgacgatttggagaacat 5136909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 72; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 16 - 191
Target Start/End: Original strand, 5872457 - 5872632
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| |||||||| | ||||||||| |||||||||| || ||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| | ||||  |    
T  5872457 aaggaaccaaccgcgccgtcgatgtggtcaaagttggagtcgttgcatatgaccaagtctttggctcataggcaattccttaagcaacaaatctactcat 5872556  T
Q  116 tcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    ||||||||||  |||  |||||| | ||||||| | |  ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  5872557 tcaagatggtggagtcaaagaccatgatggagcaattaatggagttcaacaaaatccttgatgatttggagaacat 5872632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 72; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 16 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 12743454 - 12743279
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| | |||||||| ||||||||| |||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||| || |||||||||| ||| ||||||| ||||  |    
T  12743454 aaggaacctaccgcggcgtcgatgtggtcaaagttgaaatcattgtatatgaccaagtctttggcttataggcaattccttaagaaacaactatactcat 12743355  T
Q  116 tcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    ||||||||||  |||  |||||||| ||||||| | |   |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  12743354 tcaagatggtggagtcaaagaccgtgatggagcaattaacggagttcaacaaaatctttgatgatttggagaacat 12743279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 16 - 191
Target Start/End: Original strand, 8394060 - 8394235
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| | |||||||| ||||||||||| ||||  |    
T  8394060 aaggaaccaaccgcggcatcgatatggtctaagttggaatcgttgtatatgaccaagtcgttggctcatagacaattcctcaagcaacaactctactcat 8394159  T
Q  116 tcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    ||||||||||  |||  |||||||| ||||||| | | | |||||||||||| ||| | |  ||||||||||||||    
T  8394160 tcaagatggtggagtcaaagaccgtgatggagcaattggcggagttcaacaagatcctcgacgatttggagaacat 8394235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 16 - 191
Target Start/End: Original strand, 7123350 - 7123525
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| ||| |||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| | |||||||| ||||||||||| ||||  |    
T  7123350 aaggaaccaaacgcggcatcgatatggtctaagttggaatcgttgtatatgaccaagtcgttggctcatagacaattccttaagcaacaactctactcat 7123449  T
Q  116 tcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    ||||||||||  |||  |||||||| ||||||| | | | |||||||||||| ||| | |  ||||||||||||||    
T  7123450 tcaagatggtggagtcaaagaccgtgatggagcaattggcggagttcaacaagatcctcgacgatttggagaacat 7123525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 33 - 191
Target Start/End: Original strand, 10113639 - 10113797
Alignment:
Q  33 atcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttcaagatggtaaagtat 132  Q
    |||||||||| |||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||| ||||  ||||||| |||  |||      
T  10113639 atcgatgtggtcaaagttggagtcattgtatatgactaagtctttggctcacaggcaattcctaaatcaacaactctactcattcaagacggtggagtca 10113738  T
Q  133 aagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    ||| || ||||||||| |||    ||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||    
T  10113739 aaggccatcatggagcgactaacagagttcaacaaaatccttgatgatttggaaaacat 10113797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 58; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 16 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 3578263 - 3578154
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||| |  ||||||||||||| ||||  |    
T  3578263 aaggaaccaaccgcgacatcgatgtggtcaaagttggagtctttatatatgacaaagtctttggatcatcgccaacttttaaagcaacaactctactcat 3578164  T
Q  116 tcaagatggt 125  Q
    ||||||||||    
T  3578163 tcaagatggt 3578154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 19 - 125
Target Start/End: Original strand, 9224972 - 9225078
Alignment:
Q  19 gaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttca 118  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| || |||||||||||| ||||| || | ||||||||||| || |  ||||    
T  9224972 gaagctaccgcggcatcgatgtgggcgaagttggagtcattgtatatgacgaaatctttggctcataggcaactcttgaagcaacaactctattcattca 9225071  T
Q  119 agatggt 125  Q
    |||||||    
T  9225072 agatggt 9225078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 40 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 5207165 - 5207001
Alignment:
Q  40 tgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccg 139  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||| |||||| | ||||  || ||||| || | ||  |||||||    
T  5207165 tgggcaaagttggagtctttgtatatgacaaagtctttggctcatagacaaatcctaaatcaacaaatctactcatttaagatagtgaggttaaagaccg 5207066  T
Q  140 tcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacatgaagttgcatctt 204  Q
    | ||||||| |||   |  ||||||||||||| ||  |||||| ||||||||  || ||||||||    
T  5207065 taatggagcaactaacgacgttcaacaaaatcctttatgatttagagaacattgaggtgcatctt 5207001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 45 - 125
Target Start/End: Original strand, 4588623 - 4588703
Alignment:
Q  45 aaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttcaagatggt 125  Q
    ||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||| |||||||||| ||||||||| | ||||  |||||||||||    
T  4588623 aaagttggagtcattgtatatgaccaaatctttggctcataggcaattccttaagcaacaattctactcattcaagatggt 4588703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 13 - 125
Target Start/End: Original strand, 26558348 - 26558460
Alignment:
Q  13 gcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttact 112  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||| ||| |||||||||| || ||||||||||| |  || |||||| ||  |||||| | |||||| ||||| ||||    
T  26558348 gcaaaggaaccaaccgcggcatggatatggtcaaagttggagtcgttgtatatgaccatatccttggcttatatgcaatttcgaaagcatcaactctact 26558447  T
Q  113 tcttcaagatggt 125  Q
      |||||||||||    
T  26558448 cattcaagatggt 26558460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 19 - 125
Target Start/End: Original strand, 16624573 - 16624679
Alignment:
Q  19 gaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttca 118  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||| || || ||||||||| || || || | || |||||||| || |  ||||    
T  16624573 gaagctaccgcggcatcgatgtgggctaagttggagtcattgtacatgacgaaatcgttggctcataggaaactcttgaaacaacaactctattcattca 16624672  T
Q  119 agatggt 125  Q
    |||||||    
T  16624673 agatggt 16624679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005 (Bit Score: 128; Significance: 2e-66; HSPs: 1)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 4 - 211
Target Start/End: Original strand, 50716 - 50923
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| ||||||||| ||  | |||||||||||||||||| ||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  50716 agagaagtagcaaaagatactaccgcggcatcgatgtggtcaaagatcgaatatttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaagtcctaaagcaac 50815  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacatgaagttgcatct 203  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||  ||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  50816 aactttactcattcaagatggtaaagtcaaaggctatcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacattaagttgcgtct 50915  T
Q  204 tgatgatg 211  Q
    ||| ||||    
T  50916 tgaggatg 50923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 123; Significance: 2e-63; HSPs: 22)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 9 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 15534178 - 15533996
Alignment:
Q  9 agtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactt 108  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  15534178 agtagcaaaggaaccaaccgcgacatcgatgtggtcaaagttcgaatatttgtatatgacaaagtctttggctcattggcaagtcctaaagcaacaactt 15534079  T
Q  109 tacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    ||||  |||||||||||| |||  || ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  15534078 tactcattcaagatggtagagtcaaaaaccatcatggagctacttgtggagttcgacaaaatcattggtgatttggagaacat 15533996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 9 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 3631519 - 3631316
Alignment:
Q  9 agtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactt 108  Q
    |||||| |||||| | ||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||| |||||    
T  3631519 agtagcgaaggaatccaccgcagcatcgatgtggccaaagttggaagctttgtatatgacaaagtctttgactcatcaacaattcctaaagcaataactt 3631420  T
Q  109 tacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacatgaagttgcatcttgatg 208  Q
    ||||  ||||||||||||||||  ||| || |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  || ||| |||||| |    
T  3631419 tactcattcaagatggtaaagtcaaaggccatcatggagctacttgtagagttcaataaaatcattggtgatttggagaacattgaggtgcgtcttgagg 3631320  T
Q  209 atgt 212  Q
    ||||    
T  3631319 atgt 3631316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Original strand, 33309587 - 33309771
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33309587 agagaagtagcaaaggaagcaaccgcagcatcgatatgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 33309686  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
    |||| ||||  |||| ||||||| |||  ||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| | | ||| ||||||||    
T  33309687 aactctactcattcaggatggtagagtcaaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatcctagatgacttggagaa 33309771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 26932144 - 26931960
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26932144 agagaagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgttgtgggcaaagttgaaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 26932045  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
     ||| ||||  |||||||||| | |||  ||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| | | ||| ||||||||    
T  26932044 gactctactcattcaagatggaagagtcaaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatcctagatgacttggagaa 26931960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 4 - 159
Target Start/End: Original strand, 3395094 - 3395249
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| ||| ||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  3395094 agagaagtggcaaaggaaccaaccgccgcatcgatgtgtgcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcattggcaattcctaaagcaac 3395193  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggag 159  Q
    |||||||||  |||||||||||| |||  ||| || ||| ||||||||| ||||||    
T  3395194 aactttactcattcaagatggtagagtcaaaggccatcacggagctactcgtggag 3395249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 9 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 26067971 - 26067792
Alignment:
Q  9 agtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactt 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||     
T  26067971 agtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcagcaattcctaaagcaacgactc 26067872  T
Q  109 tacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
    ||||  |||| ||||| | |||  ||| || |||| |||| ||||  ||||||||| |||||| | | ||| ||||||||    
T  26067871 tactcattcaggatggaagagtcaaaggccatcattgagcaacttacggagttcaaaaaaatcctagatgacttggagaa 26067792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 9 - 188
Target Start/End: Original strand, 17012766 - 17012944
Alignment:
Q  9 agtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactt 108  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  17012766 agtagcaaaggaaccaactgcgacatcgatgtggtcaaagttcgaatatttgtatatgataaagtctttggctcatcggcaattccaaaagcaacaactt 17012865  T
Q  109 tacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
    ||||  |||||||||||| |||  ||| || ||||||||  ||||| ||||||||| |||||| ||| ||| ||||||||    
T  17012866 tactcattcaagatggtagagtcaaaggccatcatggagaaacttgcggagttcaa-aaaatccttgatgacttggagaa 17012944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 84; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 24 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 5408587 - 5408424
Alignment:
Q  24 aaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttcaagatg 123  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||  |||||||||    
T  5408587 aaccgcgacatcgatgtggtcaaagttggagtcgttgtatatgacaaagtctttggctcataggcaattccttaagcaacaactctactcattcaagatg 5408488  T
Q  124 gtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggaga 187  Q
    ||  |||  |||||||| ||||||| | | | |||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  5408487 gtggagtcaaagaccgtgatggagcaattggcggagttcaacaaaatccttgatgatttggaga 5408424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 84; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 24 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 5412912 - 5412749
Alignment:
Q  24 aaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttcaagatg 123  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||  |||||||||    
T  5412912 aaccgcgacatcgatgtggtcaaagttggagtcgttgtatatgacaaagtctttggctcataggcaattccttaagcaacaactctactcattcaagatg 5412813  T
Q  124 gtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggaga 187  Q
    ||  |||  |||||||| ||||||| | | | |||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  5412812 gtggagtcaaagaccgtgatggagcaattggcggagttcaacaaaatccttgatgatttggaga 5412749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 10 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 25463040 - 25462839
Alignment:
Q  10 gtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaacttt 109  Q
    ||||| || ||| ||| |||||||||||||| |  ||||||  | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  25463040 gtagcgaaagaaccaaacgcggcatcgatgtagttaaagttatagtctttgtatatgacaaagtcttaggctcatcggcaattcctaaagcaacaactct 25462941  T
Q  110 acttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacatgaagttgcatcttgatga 209  Q
    |||  |||||||||||  |||  ||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||| ||| |||||||| ||  || |||||||||| ||    
T  25462940 actcattcaagatggtggagtcaaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatctttgatgacttggagaatattgaggtgcatcttgagga 25462841  T
Q  210 tg 211  Q
    ||    
T  25462840 tg 25462839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 16 - 205
Target Start/End: Original strand, 12157961 - 12158150
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||| ||||  |    
T  12157961 aaggaaccaaacgcgacatcgatgtggtcaaagttggagtcattgtatatgacaaagtctttggctcattggcaattcctaaagcaagcactctactcat 12158060  T
Q  116 tcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacatgaagttgcatcttg 205  Q
    ||||||||||  |||  ||||||  |||||||  ||||   ||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||  || |||||||||    
T  12158061 tcaagatggtggagtcaaagaccaccatggagaaacttacagagttcaacaagatccttgatgatttggagaacattgaggtgcatcttg 12158150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 10 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 12936824 - 12936663
Alignment:
Q  10 gtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaacttt 109  Q
    ||||| || ||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  12936824 gtagcgaaagaaccaaccgcgccatcgatgtggtcaaagttggagtctttgtatatgacaaaatctttggctcattggcaattcctaaagcaacaactct 12936725  T
Q  110 acttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatc 171  Q
    |||  || ||||||||  |||  ||| || ||||||||| ||||  |||||| |||||||||    
T  12936724 actcatttaagatggtggagttaaaggccatcatggagcaacttacggagtttaacaaaatc 12936663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 72; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 16 - 191
Target Start/End: Original strand, 16553318 - 16553493
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| | |||||||| ||||||||||| ||||  |    
T  16553318 aaggaaccaaccgcggcatcgatatggtctaagttggaatcgttgtatatgaccaagtcgttggctcatagacaattccttaagcaacaactctactcat 16553417  T
Q  116 tcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    ||||||||||  |||  |||||||| ||||||| | | | |||||||||||| ||| ||| ||| |||||||||||    
T  16553418 tcaagatggtggagtcaaagaccgtgatggagcaattggcggagttcaacaagatccttgatgacttggagaacat 16553493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 72; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 16 - 191
Target Start/End: Original strand, 16629874 - 16630049
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| | |||||||| ||||||||||| ||||  |    
T  16629874 aaggaaccaaccgcggcatcgatatggtctaagttggaatcgttgtatatgaccaagtcgttggctcatagacaattccttaagcaacaactctactcat 16629973  T
Q  116 tcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    ||||||||||  |||  |||||||| ||||||| | | | |||||||||||| ||| ||| ||| |||||||||||    
T  16629974 tcaagatggtggagtcaaagaccgtgatggagcaattggcggagttcaacaagatccttgatgacttggagaacat 16630049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 11 - 171
Target Start/End: Original strand, 26944229 - 26944389
Alignment:
Q  11 tagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaacttta 110  Q
    |||| |||||| |||||||| ||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||    
T  26944229 tagcgaaggaaccaaccgcgccatcgatgtggtcaaagttcgaatatttgtatatgacaaagtctttggcttatcgacaattcctaaagcgacaacttta 26944328  T
Q  111 cttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatc 171  Q
     |  |||||||||||| |||  ||| || |||| |||    ||||||||||||||| ||||    
T  26944329 ataattcaagatggtagagtcaaaggccatcatagagaactttgtggagttcaacagaatc 26944389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 16 - 187
Target Start/End: Original strand, 16651578 - 16651749
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| | |||||||| ||||||||||| ||||  |    
T  16651578 aaggaaccaaccgcggcatcgatatggtctaagttggaatcgttgtatatgaccaagtcgttggctcatagacaattccttaagcaacaactctactcat 16651677  T
Q  116 tcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggaga 187  Q
    ||||||||||  |||  |||||||| ||||||| | | | |||||||||||| ||| ||| ||| |||||||    
T  16651678 tcaagatggtggagtcaaagaccgtgatggagcaattggcggagttcaacaagatccttgatgacttggaga 16651749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 16 - 191
Target Start/End: Original strand, 34165526 - 34165701
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| |||| ||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||  |    
T  34165526 aaggaaccaactgcggcatcgatatggtctaagttggaatcgttgtatatgaccaagtcgttggctcataggcaattccttaagcaacaactctactcat 34165625  T
Q  116 tcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    ||||||||||  |||  |||||||| ||||||| | | | |||||||||||| ||| | |  ||||||||||||||    
T  34165626 tcaagatggtggagtcaaagaccgtgatggagcaattggcggagttcaacaagatcctcgacgatttggagaacat 34165701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 54; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 11 - 112
Target Start/End: Original strand, 30443998 - 30444099
Alignment:
Q  11 tagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaacttta 110  Q
    |||| |||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| ||||||| |||||| ||    
T  30443998 tagcgaaggaaccaaccacggcatcgatgtggtcaaagttggagtcgttgtatatgaccaagtctttggctcatagacaatttctaaagccacaactcta 30444097  T
Q  111 ct 112  Q
    ||    
T  30444098 ct 30444099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 65 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 12911093 - 12910987
Alignment:
Q  65 tgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaa 164  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||  |||  ||| || ||||||||| ||||  |||||| ||    
T  12911093 tgacaaagtctttggctcattgggaattcctaaagcaacaactctactcattcaagatggtggagttaaaggccatcatggagcaacttacggagtttaa 12910994  T
Q  165 caaaatc 171  Q
    |||||||    
T  12910993 caaaatc 12910987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 19 - 125
Target Start/End: Original strand, 33331014 - 33331120
Alignment:
Q  19 gaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttca 118  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||  || |||||||||||| ||||| || | ||||||||||| || |  ||||    
T  33331014 gaagctaccgcagcatcgatgtgggcaaagttggagtcattgtatatgatgaaatctttggctcataggcaactcttgaagcaacaactctattcattca 33331113  T
Q  119 agatggt 125  Q
    |||||||    
T  33331114 agatggt 33331120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 45; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 19 - 107
Target Start/End: Original strand, 14738140 - 14738228
Alignment:
Q  19 gaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaact 107  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||| |||||||| || ||||||||||| || |||||||||||| ||||| || | |||||||||||    
T  14738140 gaagctaccgcggcatcgatgttggcgaagttggagtcattgtatatgacgaaatctttggctcataggcaactcttgaagcaacaact 14738228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 133 - 191
Target Start/End: Original strand, 16567745 - 16567803
Alignment:
Q  133 aagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    |||||||| ||||||| | | | |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  16567745 aagaccgtgatggagcaattggcggagttcaacaaaatccttgatgatttggagaacat 16567803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1674 (Bit Score: 120; Significance: 1e-61; HSPs: 1)
Name: scaffold1674
Description:

Target: scaffold1674; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 12 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 1025 - 826
Alignment:
Q  12 agcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttac 111  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||| |||| || |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||    
T  1025 agcaaaggaaacaaccgcgtcatcgatgtggtcaaattttgaatttttgtatatgacaaagtctttggcttatcggaaagtcctaaagcaacaactttac 926  T
Q  112 ttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacatgaagttgcatcttgatgatg 211  Q
    |  ||||||||||||||||  ||| |  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||    
T  925 tcattcaagatggtaaagtcaaaggctatcatggtgctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacattaagttgcgtcttgaggatg 826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 117; Significance: 9e-60; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 9e-60
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Original strand, 18811461 - 18811645
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18811461 agagaagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagatggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 18811560  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
    |||| ||||  |||| ||||||| |||  ||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||    
T  18811561 aactctactcattcaggatggtagagtcaaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatccttgatgacttggagaa 18811645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 9e-60
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Original strand, 27827738 - 27827922
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27827738 agagaagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 27827837  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
     ||| ||||  |||| ||||||| |||  ||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||    
T  27827838 gactctactcattcaggatggtagagtcaaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatccttgatgacttggagaa 27827922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 14 - 212
Target Start/End: Original strand, 41383416 - 41383614
Alignment:
Q  14 caaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttactt 113  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||  ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||     
T  41383416 caaaggaaacaaccgcgacatcgatgtggtcaaagttcaaatatttgtatatgacaaagtctttgactcatcggcaagtcctaaagcaacaactttactc 41383515  T
Q  114 cttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacatgaagttgcatcttgatgatgt 212  Q
     ||  ||||||||||||  ||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||| |||||    
T  41383516 atttgagatggtaaagtcaaaggctatcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacattgaggtgcatcttgaggatgt 41383614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Original strand, 43080355 - 43080539
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  43080355 agagaagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaaacaac 43080454  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
     ||| ||||  |||| ||||| | |||  ||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| | | ||| ||||||||    
T  43080455 gactctactcattcaggatggaagagtcaaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatcctagatgacttggagaa 43080539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 9 - 188
Target Start/End: Original strand, 15069325 - 15069504
Alignment:
Q  9 agtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactt 108  Q
    ||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  15069325 agtagcaaatgaaccaactgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactc 15069424  T
Q  109 tacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
    ||||  |||| ||||||  |||  ||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||    
T  15069425 tactcattcaggatggtggagtcaaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatccttgatgacttggagaa 15069504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 84; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 16 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 34256032 - 34255857
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| |||||||  ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||  |    
T  34256032 aaggaaccaaccgcaacatcgatgtggtcaaagttggagtcgttgtatatgaccaagtctttggctcataggcaattccttaagcaacaactctactcat 34255933  T
Q  116 tcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    ||||||||||  |||  |||||||| ||||||| | | | |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  34255932 tcaagatggtggagtcaaagaccgtgatggagcaattggcggagttcaacaaaatccttgatgatttggagaacat 34255857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 4 - 186
Target Start/End: Original strand, 21481249 - 21481431
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| |||||| || ||| |||||||| |||| |||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||    
T  21481249 agagaagtagcgaatgaaccaaccgcgacatcaatgtggtcaaagttcgaatatttgtatatgacaaagtctttggctcatcgccaattcctaaagaaac 21481348  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggag 186  Q
    || ||||||  |||||||||||| |||  |||||| ||||||||   |||| ||||||||||| |||| ||| ||| ||||||    
T  21481349 aattttactcattcaagatggtagagtcaaagaccatcatggagaaccttgcggagttcaacagaatccttgatgacttggag 21481431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 10 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 31577868 - 31577668
Alignment:
Q  10 gtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaacttt 109  Q
    ||||| |||||| |||  ||| ||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  31577868 gtagcgaaggaaccaattgcgtcatcgatgtggtcaaagttggagtctgtgtatatgacaaagtctttggctcttcggcaattcctaaagcaacaactct 31577769  T
Q  110 acttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacatgaagttgcatcttgatga 209  Q
    || | |||||||||||  |||  | | || ||||||||| ||||  ||||||||||||||||  || ||| |||||||| ||  || |||||||||| ||    
T  31577768 ac-tattcaagatggtggagtcaatggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatccatgatgacttggagaatattgaggtgcatcttgagga 31577670  T
Q  210 tg 211  Q
    ||    
T  31577669 tg 31577668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 16 - 191
Target Start/End: Original strand, 4732300 - 4732475
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| | |||| ||| ||||||||| ||||||||||  | ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||  |    
T  4732300 aaggaacctaccgtggcgtcgatgtggtcaaagttggagacattgtatatgaccaagtctttggctcataggcaattccttaagcaacaactctactcat 4732399  T
Q  116 tcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    ||||||||||  |||  |||||||| ||||||| | |   |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  4732400 tcaagatggtggagtcaaagaccgtgatggagcaattaacggagttcaacaaaatccttgatgatttggagaacat 4732475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 16 - 191
Target Start/End: Original strand, 5591527 - 5591702
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||| || ||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| || |  |    
T  5591527 aaggaaccaaccgcggcgtcgatgtggtcaaagttggagtcattgtatatgatcaagtctttggctcataggcaattccttaagcaacaactctattcat 5591626  T
Q  116 tcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    ||||||||||  |||  |||||||| |  |||| | |   |||||||||||||||  ||| |||||||||||||||    
T  5591627 tcaagatggtggagttaaagaccgtgacagagcaattgacggagttcaacaaaattcttgatgatttggagaacat 5591702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 60; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 25 - 112
Target Start/End: Original strand, 17848300 - 17848387
Alignment:
Q  25 accgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttact 112  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  17848300 accgcggaatcgatgtggtcaaagttggagtctttgtatatgacaatctctttggctcatcggaaattcctaaagcaacaactctact 17848387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 19 - 125
Target Start/End: Original strand, 10684832 - 10684938
Alignment:
Q  19 gaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttca 118  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||| ||||| || | ||||||||||| || |  ||||    
T  10684832 gaagctaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggagtcattgtatatgacgaaatctttggctcataggcaactcttgaagcaacaactctattcattca 10684931  T
Q  119 agatggt 125  Q
    |||||||    
T  10684932 agatggt 10684938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 19 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 35744909 - 35744803
Alignment:
Q  19 gaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttca 118  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||| | ||| || | ||||||||||| ||||  ||||    
T  35744909 gaagctaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggagtcattgtatatgacgaaatctttggctcatagacaactcttgaagcaacaactctactcattca 35744810  T
Q  119 agatggt 125  Q
    |||||||    
T  35744809 agatggt 35744803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 19 - 125
Target Start/End: Original strand, 18853731 - 18853837
Alignment:
Q  19 gaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||| || |||||||||||| ||||| || | || |||||||| || |  ||||    
T  18853731 gaagcaaccgcggcatcgatgtgggctaaattggagtcattgtatatgacgaaatctttggctcataggcaactcttgaaacaacaactctattcattca 18853830  T
Q  119 agatggt 125  Q
    |||||||    
T  18853831 agatggt 18853837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 19 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 26300857 - 26300792
Alignment:
Q  19 gaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcat 84  Q
    ||||| ||||| |||| ||||||||| |||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||    
T  26300857 gaagctaccgcagcattgatgtgggctaagttggagtcattgtacatgacaaaatctttggctcat 26300792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0140 (Bit Score: 113; Significance: 2e-57; HSPs: 1)
Name: scaffold0140
Description:

Target: scaffold0140; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Original strand, 22824 - 23008
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22824 agagaagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatatgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 22923  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
    |||| ||||  |||| ||||||| |||  ||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| | | ||| ||||||||    
T  22924 aactctactcattcaggatggtagagtcaaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatcctagatgacttggagaa 23008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 113; Significance: 2e-57; HSPs: 13)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 35217551 - 35217367
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35217551 agagaagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttatatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 35217452  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
    |||| ||||  |||| ||||||| |||  ||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| | | ||| ||||||||    
T  35217451 aactctactcattcaggatggtagagtcaaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatcctagatgacttggagaa 35217367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 36560722 - 36560538
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36560722 agagaagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatatgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 36560623  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
    |||| ||||  |||| ||||||| |||  ||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| | | ||| ||||||||    
T  36560622 aactctactcattcaggatggtagagtcaaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatcctagatgacttggagaa 36560538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 19503917 - 19503733
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  19503917 agagaagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttgcctcatcggcaattcctaaagcaat 19503818  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
     ||| ||||  |||| |||| || |||  ||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||    
T  19503817 gactctactcattcaggatgatagagtcaaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatccttgatgacttggagaa 19503733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 16 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 6263723 - 6263528
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||||||   || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  6263723 aaggaaacaaccgcggcatcgatgtggtcaaagttcagatatttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaagtcctaaagcaacaactttactcat 6263624  T
Q  116 tcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacatgaagttgcatcttgatgatg 211  Q
    ||||||||||| |||  ||| || ||||||||| |||| |||||||||||||||   |||||||||||||||||||  || |||||||||| ||||    
T  6263623 tcaagatggtagagtcaaaggccatcatggagcaacttatggagttcaacaaaacagttggtgatttggagaacattgaggtgcatcttgaggatg 6263528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 21520275 - 21520091
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21520275 agagaagtagcaaaggaaccaaccgcagcatcgatgtggccaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 21520176  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
    |||| ||||  || | ||||||  |||  ||  || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||    
T  21520175 aactctactcatttaggatggtggagttaaatgccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatccttgatgacttggagaa 21520091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 22405511 - 22405327
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| |||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  22405511 agagaagtagcgaaggaaccaaccgcgacatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggcttatcagcaattcctaaagcaac 22405412  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
     | | ||||  |||||||||||  |||  ||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||| ||| || |||||    
T  22405411 gattctactcattcaagatggtggagtcaaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatccttgatgacttagagaa 22405327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 10 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 34574733 - 34574631
Alignment:
Q  10 gtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaacttt 109  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| || ||||||||| |    
T  34574733 gtagcaaaggaaccaaccgcggcatcgatgtggtcaaagttggagtctttgtatatgacaaagcctttggctcataggcaattccaaatgcaacaactct 34574634  T
Q  110 act 112  Q
    |||    
T  34574633 act 34574631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 19 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 19348796 - 19348690
Alignment:
Q  19 gaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttca 118  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||| | ||| || | ||||||||||| ||||  ||||    
T  19348796 gaagctaccgcgacatcgatgtgggcaaagttggagtcattgtatatgacgaaatctttggctcatagacaactcttgaagcaacaactctactcattca 19348697  T
Q  119 agatggt 125  Q
    |||||||    
T  19348696 agatggt 19348690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 16 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 28569994 - 28569839
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| ||||||||| |||||| ||  |||||||||| || | ||||||||| || ||||| |||||||| ||  ||||||| ||| |||||||||  |    
T  28569994 aaggaaccaaccgcggaatcgatatgatcaaagttggagtcgtggtatatgaccaaatctttagctcatcgacagatcctaaaacaaaaactttactcat 28569895  T
Q  116 tcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatc 171  Q
    ||||||||||| |||  ||| || ||||||| | ||||  ||||||||||||||||    
T  28569894 tcaagatggtagagtcaaaggccatcatggatcaacttacggagttcaacaaaatc 28569839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 19 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 25403169 - 25403063
Alignment:
Q  19 gaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttca 118  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||| || |||||||||||| ||||| || | || |||||||| || |  ||||    
T  25403169 gaagctaccgcggcatcgatgtgggctaagttggagtcattgtacatgacgaaatctttggctcataggcaactcttgaaacaacaactctattcattca 25403070  T
Q  119 agatggt 125  Q
    |||||||    
T  25403069 agatggt 25403063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 19 - 125
Target Start/End: Original strand, 23079035 - 23079141
Alignment:
Q  19 gaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttca 118  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||| || |||||||||||| ||||| || | || |||||||| || |  ||||    
T  23079035 gaagctactgcggcatcgatgtgggctaagttggagtcattgtacatgacgaaatctttggctcataggcaactcttgaaacaacaactctattcattca 23079134  T
Q  119 agatggt 125  Q
    |||||||    
T  23079135 agatggt 23079141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 152 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 31734312 - 31734258
Alignment:
Q  152 ttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacatgaagttgcatcttga 206  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||| ||||||    
T  31734312 ttgtggagttcaacaaaatcattgatgatttgaagaacattaagttgcgtcttga 31734258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 125
Target Start/End: Original strand, 10446008 - 10446114
Alignment:
Q  19 gaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttca 118  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||| ||||| || || ||||||||| || || || | || |||||||| || |  ||||    
T  10446008 gaagctaccgcggcgtcgatgtgggctaagttggagtcattgtacatgacgaaatcgttggctcataggaaactcttgaaacaacaactctattcattca 10446107  T
Q  119 agatggt 125  Q
    |||||||    
T  10446108 agatggt 10446114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1899 (Bit Score: 109; Significance: 5e-55; HSPs: 1)
Name: scaffold1899
Description:

Target: scaffold1899; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Original strand, 322 - 506
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  322 agagaagtagcaaaggaagcaaccgtggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagcctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 421  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
     ||| ||||  |||| ||||||| |||  ||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||    
T  422 gactctactcattcaggatggtagagtcaaaggccatcatggagcaacttacggagttcaacaaaatccttgatgacttggagaa 506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0025 (Bit Score: 93; Significance: 2e-45; HSPs: 1)
Name: scaffold0025
Description:

Target: scaffold0025; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 73098 - 72914
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| |||||||||||||  ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  73098 agagaagtagcaaaggaacgaactgcggcatctatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaaatctttgactcatcggcaattcctaaagcaac 72999  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
    |||| ||||  |||| ||||||  |||  |||||| ||||||||| ||||   ||||||||||||||| ||| ||| ||||||||    
T  72998 aactctactcattcaggatggtggagtcaaagaccatcatggagcaacttacagagttcaacaaaatccttgatgacttggagaa 72914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0011 (Bit Score: 93; Significance: 2e-45; HSPs: 1)
Name: scaffold0011
Description:

Target: scaffold0011; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 4 - 188
Target Start/End: Original strand, 34248 - 34432
Alignment:
Q  4 agaggagtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 103  Q
    |||| ||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34248 agagaagtagcaaaggaaacaacaacggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaac 34347  T
Q  104 aactttacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
    ||||  |||  |||| ||||||  |||  ||| || ||||||||| |||   |||||| ||||||||| ||| ||| ||||||||    
T  34348 aactccactcattcaggatggtggagtcaaaggccatcatggagcaactcacggagttaaacaaaatccttgatgacttggagaa 34432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0133 (Bit Score: 88; Significance: 2e-42; HSPs: 1)
Name: scaffold0133
Description:

Target: scaffold0133; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 9 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 26466 - 26288
Alignment:
Q  9 agtagcaaaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactt 108  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  26466 agtagcaaaggaaccaactgcgacatcgatgtggtcaaagttcgaatatttgtatatgataaagtctttggctcatcggcaattccaaaagcaacaactt 26367  T
Q  109 tacttcttcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaa 188  Q
    ||||  |||||||||||| |||  ||| || ||||||||  ||||| ||||||||| |||||| ||| ||| ||||||||    
T  26366 tactcattcaagatggtagagtcaaaggccatcatggagaaacttgcggagttcaa-aaaatccttgatgacttggagaa 26288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0016 (Bit Score: 68; Significance: 2e-30; HSPs: 1)
Name: scaffold0016
Description:

Target: scaffold0016; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 16 - 191
Target Start/End: Original strand, 115245 - 115420
Alignment:
Q  16 aaggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttct 115  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| | || ||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||| ||||  |    
T  115245 aaggaaccaaccgcggcatcgacgtggtcaaagttgtagtcattgtatatgaccaagtctttggctcatagacaattccttaagcaacaactctactcat 115344  T
Q  116 tcaagatggtaaagtataagaccgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
    ||||||||||  | |  |||||||| ||||||| | |    ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  115345 tcaagatggtggattcaaagaccgtgatggagcaattgacagagttcaacaaaatccttgatgatttggagaacat 115420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 55; Significance: 9e-23; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 19 - 125
Target Start/End: Original strand, 14877 - 14983
Alignment:
Q  19 gaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttca 118  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||| ||||| || | ||||||||||| || |  ||||    
T  14877 gaagctaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggagtcattgtatatgacgaaatctttggctcataggcaactcttgaagcaacaactctattcattca 14976  T
Q  119 agatggt 125  Q
    |||||||    
T  14977 agatggt 14983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0355 (Bit Score: 51; Significance: 2e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0355
Description:

Target: scaffold0355; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 19 - 125
Target Start/End: Original strand, 445 - 551
Alignment:
Q  19 gaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttca 118  Q
    ||||| || ||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||| ||||| || | |||||||||||||| |  ||||    
T  445 gaagctacagcgacatcgatgtgggcaaagttggagtcattgtatatgacgaaatctttggctcataggcaactcttgaagcaacaactttattcattca 544  T
Q  119 agatggt 125  Q
    |||||||    
T  545 agatggt 551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0028 (Bit Score: 50; Significance: 9e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0028
Description:

Target: scaffold0028; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 18 - 107
Target Start/End: Original strand, 149522 - 149611
Alignment:
Q  18 ggaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaact 107  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||| ||||| || | |||||||||||    
T  149522 ggaagctaccgcggcatcaatgtgggcaaagttggagtcattgtatatgacgaaatctttggctcataggcaactcttgaagcaacaact 149611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0188 (Bit Score: 40; Significance: 0.00000000000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0188
Description:

Target: scaffold0188; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 19 - 90
Target Start/End: Original strand, 18512 - 18583
Alignment:
Q  19 gaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaa 90  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||| || |||||||||||| |||||    
T  18512 gaagctaccgcggcatcgatgtgggctaagttggagtcattgtacatgacgaaatctttggctcataggcaa 18583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0842 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0842
Description:

Target: scaffold0842; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 125
Target Start/End: Original strand, 3760 - 3866
Alignment:
Q  19 gaagcaaccgcggcatcgatgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttca 118  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||| ||  ||||  ||||| ||||| || | || |||||||| || || ||||    
T  3760 gaagctaccacggcatcgatgtgggctaagttggagtcattgtacatgacgaaaactttcactcataggcaactcttgaaacaacaactctatttattca 3859  T
Q  119 agatggt 125  Q
    |||||||    
T  3860 agatggt 3866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0219 (Bit Score: 30; Significance: 0.00000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0219
Description:

Target: scaffold0219; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 38 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 26920 - 26767
Alignment:
Q  38 tgtgggcaaagttggaatctttgtatatgacaaagtctttggctcatcggcaattcctaaagcaacaactttacttcttcaagatggtaaagtataagac 137  Q
    ||||| |||||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||||   ||||||||||| | ||| || ||||  || ||||||||  |||  |||      
T  26920 tgtggtcaaagttggagtcgttgtatgtgacaaattctttggctcatacacaattcctaaaactacatctctactcgtttaagatggtggagtcaaaggt 26821  T
Q  138 cgtcatggagctacttgtggagttcaacaaaatcattggtgatttggagaacat 191  Q
     ||| |||||| |||  ||||||||||  ||||  ||| |||||||||||||||    
T  26820 tgtcttggagcaactaatggagttcaaacaaattcttgatgatttggagaacat 26767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University