View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF1456_low_7 (Length: 402)
Name: NF1456_low_7
Description: NF1456
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1456_low_7 |
 | |
|
| [»] scaffold0596 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 321; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 12742603 - 12742236
Alignment:
| Q |
17 |
catgacagcaccctgaaaccaccaaaaacctgcacagcaccaccagaaaagctcccaaaatgacagcagaacccgcgcaagataaaggaattgaacgtaa |
116 |
Q |
| |
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|
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| T |
12742603 |
catgacaacaccctgaaaccaccaaaaacctgcacagcaccaccagaaaagctcccaaaatgacagcagaacccgcgcaagataaaggaattgaacgtaa |
12742504 |
T |
|
| Q |
117 |
ggaatgttgaataactaaatatacttcgcaatcatattttcaatttataaacacagagcgaagtggaaagcacaatcattaaaggtcagcatcaatggac |
216 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12742503 |
ggaatgttgaataactaaatatacttcgcaatcatattttcaatttataaacacagagcgaagtggaaagcacaatcattaaaggtcagcatcaatggac |
12742404 |
T |
|
| Q |
217 |
atattggtgcgtttgnnnnnnnnntaaacatatgattttaaagtatcattcaatttattaacagcataatacatgatggtaaaatctatttaaatatcat |
316 |
Q |
| |
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||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12742403 |
atattggtgtgtttgaaaaaaaaatacacatatgattttaaagtatcaatcaatttattaacagcataatacatgatggtaaaatctatttaaatatcat |
12742304 |
T |
|
| Q |
317 |
caattcacttacaaacaaaccaaaaatgtaatggaataacaaagttagggaaaagttataggaacaac |
384 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
12742303 |
caattcacttacaaacaaaccaaaaatgtaatggaataacaaagttagggaaaagttacaggaacaac |
12742236 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 312; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 17 - 384
Target Start/End: Original strand, 18354514 - 18354880
Alignment:
| Q |
17 |
catgacagcaccctgaaaccaccaaaaacctgcacagcaccaccagaaaagctcccaaaatgacagcagaacccgcgcaagataaaggaattgaacgtaa |
116 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18354514 |
catgacagcaccctgaaaccaccaaaaacctgcacagcaccaccagaaaagctcccaaaatgacagcagaacccgcgcaagataaaggaattgaacgtaa |
18354613 |
T |
|
| Q |
117 |
ggaatgttgaataactaaatatacttcgcaatcatattttcaatttataaacacagagcgaagtggaaagcacaatcattaaaggtcagcatcaatggac |
216 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18354614 |
ggaatgttgaataactaaatatacttcgcaatcatattttcaatttataaacacagagcgaagtggaaagcacaatcattaaaggtcagcatcaatggac |
18354713 |
T |
|
| Q |
217 |
atattggtgcgtttgnnnnnnnnntaaacatatgattttaaagtatcattcaatttattaacagcataatacatgatggtaaaatctatttaaatatcat |
316 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18354714 |
atattggtgtgtttg-aaaaaaaatacacatatgattttaaagtatcaatcaatttattaagagcataatacatgatggtaaaatctatttaaatatcat |
18354812 |
T |
|
| Q |
317 |
caattcacttacaaacaaaccaaaaatgtaatggaataacaaagttagggaaaagttataggaacaac |
384 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |
|
|
| T |
18354813 |
caattcacttacaaacaaaccaaaaatgtaatggaataacaaagttagggaaaagctacaggaacaac |
18354880 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 17 - 384
Target Start/End: Original strand, 23348187 - 23348553
Alignment:
| Q |
17 |
catgacagcaccctgaaaccaccaaaaacctgcacagcaccaccagaaaagctcccaaaatgacagcagaacccgcgcaagataaaggaattgaacgtaa |
116 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23348187 |
catgacagcaccctgaaaccaccaaaaacctgcacagcaccaccagaaaagctcccaaaatgacagcagaacccgcgcaagataaaggaattgaacgtaa |
23348286 |
T |
|
| Q |
117 |
ggaatgttgaataactaaatatacttcgcaatcatattttcaatttataaacacagagcgaagtggaaagcacaatcattaaaggtcagcatcaatggac |
216 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
23348287 |
ggaatgttgaataactaaatatacttcgcaatcatatttttaatttataaacacagagcgaagtggaaagcacaatcattaaaggtcagcattaatggac |
23348386 |
T |
|
| Q |
217 |
atattggtgcgtttgnnnnnnnnntaaacatatgattttaaagtatcattcaatttattaacagcataatacatgatggtaaaatctatttaaatatcat |
316 |
Q |
| |
|
||||||||| |||| | ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23348387 |
atattggtgtgttt-aaaaaaaaaaacacacatgattttaaagtatcaatcaatttattaacagcataatacatgatggtaaaatctatttaaatatcat |
23348485 |
T |
|
| Q |
317 |
caattcacttacaaacaaaccaaaaatgtaatggaataacaaagttagggaaaagttataggaacaac |
384 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
23348486 |
caattcacttacaaacaaaccaaaaatgtaatggaataacaaagttagggaaaagttacaggaacaac |
23348553 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 69 - 384
Target Start/End: Original strand, 10328285 - 10328598
Alignment:
| Q |
69 |
tcccaaaatgacagcagaacccgcgcaagataaaggaattgaacgtaaggaatgttgaataactaaatatacttcgcaatcatattttcaatttataaac |
168 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10328285 |
tcccaaaatgacagcagaacccgcgcaagataaaggaattgaacgtaaggaatgttgaataactaaatatacttcgcaatcatattttcaatttataaac |
10328384 |
T |
|
| Q |
169 |
acagagcgaagtggaaagcacaatcattaaaggtcagcatcaatggacatattggtgcgtttgnnnnnnnnntaaacatatgattttaaagtatcattca |
268 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
10328385 |
acagagcgaagaggaaagcacaatcattaaaggtcaacatcaatggacatattggtgtgtttgaaaaaaaaat--acacatgattttaaagtatcaatca |
10328482 |
T |
|
| Q |
269 |
atttattaacagcataatacatgatggtaaaatctatttaaatatcatcaattcacttacaaacaaaccaaaaatgtaatggaataacaaagttagggaa |
368 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10328483 |
atttattaacagcataatacatgatggtaaaatctatttaaatatcatcaattcacttacaaacaaaccaaaaatgtaatggaataacaaagttagggaa |
10328582 |
T |
|
| Q |
369 |
aagttataggaacaac |
384 |
Q |
| |
|
||| || | ||||||| |
|
|
| T |
10328583 |
aagatacatgaacaac |
10328598 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 316; Significance: 1e-178; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 17 - 384
Target Start/End: Original strand, 43070589 - 43070955
Alignment:
| Q |
17 |
catgacagcaccctgaaaccaccaaaaacctgcacagcaccaccagaaaagctcccaaaatgacagcagaacccgcgcaagataaaggaattgaacgtaa |
116 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
43070589 |
catgacagcaccctgaaaccaccaaaaacctgcacagcaccaccagaaaagctcccaaaatgacagcagaacccgcgcaagataaaggaattgaacgtaa |
43070688 |
T |
|
| Q |
117 |
ggaatgttgaataactaaatatacttcgcaatcatattttcaatttataaacacagagcgaagtggaaagcacaatcattaaaggtcagcatcaatggac |
216 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
43070689 |
ggaatgttgaataactaaatatacttcgcaatcatattttcaatttataaacacagagcgaagtggaaagcacaatcattaaaggtcagcatcaatggac |
43070788 |
T |
|
| Q |
217 |
atattggtgcgtttgnnnnnnnnntaaacatatgattttaaagtatcattcaatttattaacagcataatacatgatggtaaaatctatttaaatatcat |
316 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
43070789 |
atattggtgtgtttg-aaaaaaaatacacatatgattttaaagtatcaatcaatttattaagagcataatacatgatggtaaaatctatttaaatatcat |
43070887 |
T |
|
| Q |
317 |
caattcacttacaaacaaaccaaaaatgtaatggaataacaaagttagggaaaagttataggaacaac |
384 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
43070888 |
caattcacttacaaacaaaccaaaaatgtaatggaataacaaagttagggaaaagttacaggaacaac |
43070955 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 310; Significance: 1e-174; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 17 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 9044717 - 9044350
Alignment:
| Q |
17 |
catgacagcaccctgaaaccaccaaaaacctgcacagcaccaccagaaaagctcccaaaatgacagcagaacccgcgcaagataaaggaattgaacgtaa |
116 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9044717 |
catgacagcaccctgaaaccaccaaaa-cctgcacagcaccaccagaaaagctcccaaaatgacagcagaacccgcgcaagataaaggaattgaacgtaa |
9044619 |
T |
|
| Q |
117 |
ggaatgttgaataactaaatatacttcgcaatcatattttcaatttataaacacagagcgaagtggaaagcacaatcattaaaggtcagcatcaatggac |
216 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9044618 |
ggaatgttgaataactaaatatacttcgcaatcatattttcaatttataaacacagagcgaagtggaaagcacaatcattaaaggtcagcatcaatggac |
9044519 |
T |
|
| Q |
217 |
atattggtgcgtttg-nnnnnnnnntaaacatatgattttaaagtatcattcaatttattaacagcataatacatgatggtaaaatctatttaaatatca |
315 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9044518 |
atattggtgtgtttgaaaaaaaaaatacacatatgattttaaagtatcaatcaatttattaacagcataatacatgatggtaaaatctatttaaatatca |
9044419 |
T |
|
| Q |
316 |
tcaattcacttacaaacaaaccaaaaatgtaatggaataacaaagttagggaaaagttataggaacaac |
384 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
9044418 |
tcaattcacttacaaacaaaccaaaaatgtaatggaataacaaagttagggaaaagttacaggaacaac |
9044350 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 17 - 384
Target Start/End: Original strand, 30441752 - 30442119
Alignment:
| Q |
17 |
catgacagcaccctgaaaccaccaaaaacctgcacagcaccaccagaaaagctcccaaaatgacagcagaacccgcgcaagataaaggaattgaacgtaa |
116 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
30441752 |
catgacagcaccctgaaaccaccaaaaacctgcacaacaccaccagaaaagctcccaaaatgacagcagaacccgcacaaaataaaggaattaaacgtaa |
30441851 |
T |
|
| Q |
117 |
ggaatgttgaataactaaatatacttcgcaatcatattttcaatttataaacacagagcgaagtggaaagcacaatcattaaaggtcagcatcaatggac |
216 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30441852 |
ggaatgttgaataactaaatatacttcgcaatcatattttcaatttataaacacagagcgaagtggaaagcacaatcattaaaggtcagcatcaatggac |
30441951 |
T |
|
| Q |
217 |
atattggtgcgtttgnnnnnnnnntaaacatatgattttaaagtatcattcaatttattaacagcataatacatgatggtaaaatctatttaaatatcat |
316 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30441952 |
atattggtgtgtttgaaaaaaaaataaacatatgattttaaagtatcaatcaatttattaacaacataatacatgatggtaaaatctatttaaatatcat |
30442051 |
T |
|
| Q |
317 |
caattcacttacaaacaaaccaaaaatgtaatggaataacaaagttagggaaaagttataggaacaac |
384 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
30442052 |
caattcacttacaaacaaaccaaaaatgtaatggaataacaaagttagggaaaagttacaggaacaac |
30442119 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 101 - 384
Target Start/End: Original strand, 7472775 - 7473058
Alignment:
| Q |
101 |
aaggaattgaacgtaaggaatgttgaataactaaatatacttcgcaatcatattttcaatttataaacacagagcgaagtggaaagcacaatcattaaag |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7472775 |
aaggaattgaacgtaaggaatgttgaataactaaatatacttcgcaatcatattttcaatttataaacacagagcgaagtggaaagcacaatcattaaag |
7472874 |
T |
|
| Q |
201 |
gtcagcatcaatggacatattggtgcgtttgnnnnnnnnntaaacatatgattttaaagtatcattcaatttattaacagcataatacatgatggtaaaa |
300 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7472875 |
gtcagcatcaatggacatattggtgtgtttgaaaaaaaaatacacatatgattttaaagtatcaatcaatttattaacagcataatacatgatggtaaaa |
7472974 |
T |
|
| Q |
301 |
tctatttaaatatcatcaattcacttacaaacaaaccaaaaatgtaatggaataacaaagttagggaaaagttataggaacaac |
384 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
7472975 |
tctatttaaatatcatcaattcacttacaaacaaaccaaaaatgtaatggaataacaaagttagggaaaagttacaggaacaac |
7473058 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 17 - 74
Target Start/End: Original strand, 7472715 - 7472772
Alignment:
| Q |
17 |
catgacagcaccctgaaaccaccaaaaacctgcacagcaccaccagaaaagctcccaa |
74 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7472715 |
catgacagcaccctgaaaccaccaaaaacctgcacagcaccaccagaaaagctcccaa |
7472772 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 282 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 40163996 - 40163917
Alignment:
| Q |
282 |
ataatacatgatggtaaaatctatttaaatatcatcaattcacttacaaacaaaccaaaaatgtaatggaataacaaagttag |
364 |
Q |
| |
|
||||||||| || ||||||||||| ||||||||| |||||| | ||||||||| ||| || |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40163996 |
ataatacataattgtaaaatctatgtaaatatca---attcacatccaaacaaactaaatatataatggaataacaaagttag |
40163917 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 261; Significance: 1e-145; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 69 - 384
Target Start/End: Original strand, 19881369 - 19881684
Alignment:
| Q |
69 |
tcccaaaatgacagcagaacccgcgcaagataaaggaattgaacgtaaggaatgttgaataactaaatatacttcgcaatcatattttcaatttataaac |
168 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
19881369 |
tcccaaaatgacagcagaacccgcgcaagataaaggaattgaacgtaagaaatgttgaataactaaatatacttcgcaatcatattttcaatttataaac |
19881468 |
T |
|
| Q |
169 |
acagagcgaagtggaaagcacaatcattaaaggtcagcatcaatggacatattggtgcgtttgnnnnnnnnntaaacatatgattttaaagtatcattca |
268 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
19881469 |
acagagcgaagaggaaagcacaatcattaaaggtcagcatcaatggacatattggtgtgtttgaaaaaaaaaaaaacacatgattttaaagtatcaatca |
19881568 |
T |
|
| Q |
269 |
atttattaacagcataatacatgatggtaaaatctatttaaatatcatcaattcacttacaaacaaaccaaaaatgtaatggaataacaaagttagggaa |
368 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
19881569 |
atttattaacagcataatacatgatggtaaaatctatttaaatatcatcaattcacttacaaacaaaccaaaaatgtaatggaataacaaagttagggaa |
19881668 |
T |
|
| Q |
369 |
aagttataggaacaac |
384 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||| |
|
|
| T |
19881669 |
aagttacaggaacaac |
19881684 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 69 - 384
Target Start/End: Original strand, 53972545 - 53972859
Alignment:
| Q |
69 |
tcccaaaatgacagcagaacccgcgcaagataaaggaattgaacgtaaggaatgttgaataactaaatatacttcgcaatcatattttcaatttataaac |
168 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
53972545 |
tcccaaaatgacagcagaacccgcgcaagataaatgaattgaacttaaggaatgttgaataactaaatatacttcgcaatcatattttcaatttataaac |
53972644 |
T |
|
| Q |
169 |
acagagcgaagtggaaagcacaatcattaaaggtcagcatcaatggacatattggtgcgtttgnnnnnnnnntaaacatatgattttaaagtatcattca |
268 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
53972645 |
acagagcgaagaggaaagcacaatcattaaaggtcagcatcaatggacatattggtgtgtttgaaaaaaaaa-atacacatgattttaaagtatcaatca |
53972743 |
T |
|
| Q |
269 |
atttattaacagcataatacatgatggtaaaatctatttaaatatcatcaattcacttacaaacaaaccaaaaatgtaatggaataacaaagttagggaa |
368 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
53972744 |
atttattaacagcataatacatgatggtaaaatctatttaaatatcatcaattcacttacaaacaaaccaaaaatgtaatggaataacaaagttagggaa |
53972843 |
T |
|
| Q |
369 |
aagttataggaacaac |
384 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||| |
|
|
| T |
53972844 |
aagttacaggaacaac |
53972859 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 248 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 37983092 - 37982956
Alignment:
| Q |
248 |
atgattttaaagtatcattcaatttattaacagcataatacatgatggtaaaatctatttaaatatcatcaattcacttacaaacaaaccaaaaatgtaa |
347 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37983092 |
atgattttaaagtatcaatcaatttattaacagcataatacatgatggtaaaatctatttaaatatcatcaattcacttacaaacaaaccaaaaatgtaa |
37982993 |
T |
|
| Q |
348 |
tggaataacaaagttagggaaaagttataggaacaac |
384 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
37982992 |
tggaataacaaagttagggaaaagttacaggaacaac |
37982956 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 17 - 94
Target Start/End: Original strand, 50829477 - 50829555
Alignment:
| Q |
17 |
catgacagcaccctgaaaccaccaaaaacctgcacagca-ccaccagaaaagctcccaaaatgacagcagaacccgcgc |
94 |
Q |
| |
|
||||| |||| || |||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||| |
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|
| T |
50829477 |
catgatagcagcccgaaaccaccaaaaacctgcacaacaaccaccagaaaagatcccaaaatgacagcgggacccgcgc |
50829555 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 17 - 94
Target Start/End: Complemental strand, 50846376 - 50846298
Alignment:
| Q |
17 |
catgacagcaccctgaaaccaccaaaaacctgcacagca-ccaccagaaaagctcccaaaatgacagcagaacccgcgc |
94 |
Q |
| |
|
||||| |||| || |||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||| |
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|
| T |
50846376 |
catgatagcagcccgaaaccaccaaaaacctgcacaacaaccaccagaaaagatcccaaaatgacagcgggacccgcgc |
50846298 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0596 (Bit Score: 242; Significance: 1e-134; HSPs: 1)
Name: scaffold0596
Description:
Target: scaffold0596; HSP #1
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 69 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 1515 - 1202
Alignment:
| Q |
69 |
tcccaaaatgacagcagaacccgcgcaagataaaggaattgaacgtaaggaatgttgaataactaaatatacttcgcaatcatattttcaatttataaac |
168 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1515 |
tcccaaaatgacagcagaaccatcgcaagataaaggaattgaacttaaggaatgttgaataactaaatatacttcgcaatcatattttcaatttataaac |
1416 |
T |
|
| Q |
169 |
acagagcgaagtggaaagcacaatcattaaaggtcagcatcaatggacatattggtgcgtttgnnnnnnnnntaaacatatgattttaaagtatcattca |
268 |
Q |
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| T |
1415 |
acagagcgaagaggaaagcacaatcattaaaggtcagcatcaatggacatattggtgtgtttgaaaaaaaaat--acacatgattttaaaatatcaatca |
1318 |
T |
|
| Q |
269 |
atttattaacagcataatacatgatggtaaaatctatttaaatatcatcaattcacttacaaacaaaccaaaaatgtaatggaataacaaagttagggaa |
368 |
Q |
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| T |
1317 |
atttattaacagcataatacatgatggtaaaatctatttaaatatcatcaattcacttacaaacaaaccaaaaatgtaatggaataacaaagttagggaa |
1218 |
T |
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| Q |
369 |
aagttataggaacaac |
384 |
Q |
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| T |
1217 |
aagttacaggaacaac |
1202 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 57; Significance: 1e-23; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 144 - 231
Target Start/End: Original strand, 33688074 - 33688159
Alignment:
| Q |
144 |
gcaatcatattttcaatttataaacacagagcgaagtggaaagcacaatcattaaaggtcagcatcaatggacatattggtgcgtttg |
231 |
Q |
| |
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| T |
33688074 |
gcaatcatattttcaatttataaacacat--cgaagaggaaagcacaatcattaaaggtcaacatcaatcgacatattggtgtgtttg |
33688159 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 49; Significance: 6e-19; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 61 - 153
Target Start/End: Original strand, 21674755 - 21674846
Alignment:
| Q |
61 |
agaaaagctcccaaaatgacagcagaacccgcgcaagataaaggaattgaacgtaaggaatgttgaataactaaatatacttcgcaatcatat |
153 |
Q |
| |
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| T |
21674755 |
agaaaagctcccaaaatgacagcagaacccgcgccagataaaggaatt-agggtaagaaatgttgaataaataaatcaacttggcaataatat |
21674846 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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