View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1457-2-Insertion-24 (Length: 862)

Name: NF1457-2-Insertion-24
Description: NF1457-2
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1457-2-Insertion-24
NF1457-2-Insertion-24
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (8-862)||(17775993-17776850)
chr7 (8-856)||(17806692-17807542)
chr7 (15-631)||(17820694-17821310)
chr7 (772-854)||(17820466-17820548)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 736; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 736; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 17776850 - 17775993
Alignment:
Q  8 cataccgtcacccacgagcatcacatttgtctttttcttgccaatttctatgttctctttgtatgttccctttttcacatagataacataccttgtctta 107  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  17776850 cataccatcacccacaagcatcacatttgtctttttcttgccaatttcaatgttctctttgtatgttccctttttcacatatataacataccttgtctta 17776751  T
Q  108 ccattgtctggkgcagatgccacagcttgagccacagtcttgaacttgccgctgccgtcctgagccaccacaacattggcctttatgtcaccaactgaag 207  Q
    || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  17776750 ccgttgtctggtgcagatgctacagcttgagccacagtcttgaacttgccgctgccgtcctgagccaccacaacattggcctttatatccccaactgaag 17776651  T
Q  208 attccaaaagtcttcgatctttacttgtcacccaagagggaaagttgccattcaatttttcatcaatgaatccgtcgttagcctttggaggcaagacaga 307  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17776650 attccaaaagtcttcgatccttacttgtcacccaagagggaaagtcaccattcaatttttcatcaatgaatccgtcgttagcctttggaggcaagacaga 17776551  T
Q  308 aacaagcacggcaagagaagatctagctctggagatcaaatcctgaaggtcactctccataacaacccgagatgtaccttctaatccatccaagcaagtt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  17776550 aacaagcacggcaagagaagatctagctctggagatcaagtcatgaagatcactctccataacgacccgagatgaaccttctaatccatccaaacaagtt 17776451  T
Q  408 gcatggttagtgagcacactacttagccatgtgtgtgcatcatgctgtgagtcaatgttatttttggttagagtcaacaccgagtcccacactctatcca 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  17776450 gcatggttagtgagcacactacttagccatgtgtgtgcatcatgctgtgagtcaatgttatttttggttagagtcaacactgagtcccaaactctatcca 17776351  T
Q  508 tggacaaatccattaattcctcacagtcattcaaagcaatttcctctctagggctattaactcggcgtttgataacattagccgtgtccatggcctttcg 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  17776350 tggacaaatccattaattcctcacagtcattcaaagcaatttcctctctagggctattaactcggcgtttgatcacattagccgtgtccattgcctttcg 17776251  T
Q  608 tatgtgtgcggtggatttggttaacaacgatacgagtgtactcaatttgtggtctttggtattggacaa-gtagaaccttgaacaacttctgatacgtga 706  Q
     ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  17776250 aatgtgtgcggtggatttggttaataacgatacgagtgtactcaatttgtggtctttggtattggacaaggtagaaccttgaacaacttctgatacatga 17776151  T
Q  707 gttaagcatga-tttgtatcaagagcatgctcacatagattaggagctgaggagagattgaagaaggagataggtttatttagatgagaaataataaggg 805  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17776150 gttaagcatgattttgtatcaagagcatgctcacatagattaggagctgaggagagattgaagaaggagataggtttatttagatgagaaataataaggg 17776051  T
Q  806 ctgatgaacttatgatagcaactaaagagaggactaaccaaaatg-ttttggaatgga 862  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  17776050 ctgatgaacttatgatagcaactaaagagaggactaaccaaaatgtttttggaatgga 17775993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 856
Target Start/End: Complemental strand, 17807542 - 17806692
Alignment:
Q  8 cataccgtcacccacgagcatcacatttgtctttttcttgccaatttctatgttctctttgtatgttccctttttcacatagataacataccttgtctta 107  Q
    |||||||||||||| ||||||||| || ||||||    |  | |||||||  |||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||| | ||    
T  17807542 cataccgtcacccaagagcatcacgttcgtctttgaactagcgatttctacattctctttgtagattccctttttcacgtagataacataccttgccgta 17807443  T
Q  108 ccattgtctggkgcagatgccacagcttgagccacagtcttgaacttgccgctgccgtcctgagccaccacaacattggcctttatgtcaccaactgaag 207  Q
    || ||||  || |||||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||| || ||||| | ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  17807442 cctttgttaggtgcagatgcaacagcctcagcaacagtcttgaacttgccactcccgtctttagccaccacaacattggcctttacgtctccaactgaag 17807343  T
Q  208 attccaaaagtcttcgatctttacttgtcacccaagagggaaagttgccattcaatttttcatcaatgaatccgtcgttagcctttggaggcaagacaga 307  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||  ||||||||||||| |||||| | |||||||||| || || |     
T  17807342 actccaaaagccttcgatctttacttgttacccaagagggaaagtcaccattcaatgattcatcaatgaattcgtcgtgatcctttggaggtaaaacggc 17807243  T
Q  308 aacaagcacggcaagagaagatctagctctggagatcaaatcctgaaggtcactctccataacaacccgagatgtaccttctaatccatccaagcaagtt 407  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||| |  || || ||||||| |||| | ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  17807242 aacaagcacggctagagatgatctagctcttgctattaagtcctgaatgtcattttccataacagcccgagacgtaccttctaatccatccaaacaagtt 17807143  T
Q  408 gcatggttagtgagcacactacttagccatgtgtgtgcatcatgctgtgagtcaatgttatttttggttagagtcaacaccgagtcccacactctatcca 507  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || |||| ||| || ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||    
T  17807142 gcatggtttgtgagcacactacttagccaagtgtgtgcatcttgctgtgagtccatattatcttttgtgagagttaacactgagtcccaaactctttcca 17807043  T
Q  508 tggacaaatccattaattcctcacagtcattcaaagcaatttcctctctagggctattaactcggcgtttgataacattagccgtgtccatggcctttcg 607  Q
    ||||||| | ||||| ||  |||||| ||||||||||| |||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17807042 tggacaagttcattagtttttcacagacattcaaagcattttcttctctagggctgttaattcggcgtttgataacattagccgtgtccatggcctttcg 17806943  T
Q  608 tatgtgtgcggtggatttggttaacaacgatacgagtgtactcaatttgtggtctttggtattggacaa-gtagaaccttgaacaacttctgatacgtga 706  Q
     ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||  ||| || ||||||||||| || || | ||| |||    
T  17806942 aatgtgtgtggtggatttggttaacaacgatatgagtgtactcaatttgtggtcttttgtgttgtccaaggttgaaccttgaactacctcagctacatga 17806843  T
Q  707 gttaagcatga-tttgtatcaagagcatgctcacatagattaggagctgaggagagattgaagaaggagataggtttatttagatgagaaataataaggg 805  Q
    ||||||||||| ||||||||||  ||||| ||||| | |||||||||||||||||  | ||| | |||||| ||||| || |||||||||||||||||||    
T  17806842 gttaagcatgagtttgtatcaactgcatgttcacacacattaggagctgaggagaagtggaaaatggagatgggtttgttcagatgagaaataataaggg 17806743  T
Q  806 ctgatgaacttatgatagcaactaaagagaggactaaccaaaatgttttgg 856  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  17806742 ctgatgagcttatgatagcagctaaagagagaactaaccaaaatgttttgg 17806692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 15 - 631
Target Start/End: Complemental strand, 17821310 - 17820694
Alignment:
Q  15 tcacccacgagcatcacatttgtctttttcttgccaatttctatgttctctttgtatgttccctttttcacatagataacataccttgtcttaccattgt 114  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  17821310 tcaccaacgagcatcacatttgtttttttcgaaccaatttctacgttctctttgtatgttccctttttcacatagataacatactttgtcttaccgttgt 17821211  T
Q  115 ctggkgcagatgccacagcttgagccacagtcttgaacttgccgctgccgtcctgagccaccacaacattggcctttatgtcaccaactgaagattccaa 214  Q
    | || |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| || || |||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||| |  |  |||||    
T  17821210 caggtgcagatgccacagcctcagccacagtcttgaacttgccactcccatcctgagctacgacaacatttgcctttatgtccccaaccgcggtctccaa 17821111  T
Q  215 aagtcttcgatctttacttgtcacccaagagggaaagttgccattcaatttttcatcaatgaatccgtcgttagcctttggaggcaagacagaaacaagc 314  Q
    ||| || |||||||| ||||| ||||| || ||||| |  ||| ||||| ||||||||||||||  |||   | ||||| |||| || |||  || || |    
T  17821110 aagcctccgatctttgcttgtaacccacgatggaaattctccaatcaatgtttcatcaatgaattggtcacgatccttttgaggaaaaacaacaagaaac 17821011  T
Q  315 acggcaagagaagatctagctctggagatcaaatcctgaaggtcactctccataacaacccgagatgtaccttctaatccatccaagcaagttgcatggt 414  Q
    || || ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||| | |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17821010 acagctagagaagatctagctcttgatatcaagtcctgaaggtcattttccataacgacccgagatgaaccttctaatccatccaagcaagttgcatggt 17820911  T
Q  415 tagtgagcacactacttagccatgtgtgtgcatcatgctgtgagtcaatgttatttttggttagagtcaacaccgagtcccacactctatccatggacaa 514  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||  | |||| || |||||| | ||| | |||||||||    
T  17820910 tagtgagcacactgcttagccatgtatgtgcatcttgctgtgagtcaatattattttttgttagctttaacatcgtgtcccaaattctgttcatggacaa 17820811  T
Q  515 atccattaattcctcacagtcattcaaagcaatttcctctctagggctattaactcggcgtttgataacattagccgtgtccatggcctttcgtatgtgt 614  Q
     ||||||| ||  ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||| | || |||||||| || ||| | ||||||    
T  17820810 gtccattagttgttcacagtcactcaaagcaatttcttctctagggctgttaattcggcgtttgataacactggctgtgtccatagcattttgaatgtgt 17820711  T
Q  615 gcggtggatttggttaa 631  Q
    | |||||| || |||||    
T  17820710 gtggtggactttgttaa 17820694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 772 - 854
Target Start/End: Complemental strand, 17820548 - 17820466
Alignment:
Q  772 gagataggtttatttagatgagaaataataagggctgatgaacttatgatagcaactaaagagaggactaaccaaaatgtttt 854  Q
    ||||| ||||| || ||||||| |  ||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  17820548 gagattggtttcttgagatgagtagaaattagggctgatgagattatgatagcaactaaagagaggattaaccaaaatgtttt 17820466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University