View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14570_low_3 (Length: 388)

Name: NF14570_low_3
Description: NF14570
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14570_low_3
NF14570_low_3
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (1-388)||(1962848-1963235)
chr8 (4-388)||(2015197-2015581)
chr8 (12-386)||(2018588-2018962)
chr8 (1-174)||(2432951-2433124)
chr8 (12-330)||(2008191-2008509)
chr8 (12-330)||(2011806-2012124)
chr8 (12-313)||(1968523-1968824)
chr8 (44-153)||(2004843-2004952)
chr8 (49-153)||(1964747-1964851)
chr8 (190-330)||(2004989-2005129)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (39-386)||(5902029-5902376)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (269-330)||(18189870-18189931)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 380; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 1963235 - 1962848
Alignment:
Q  1 cactcaaacttattagcatcatcaccagatgttgttagtgtttggataatgggtccaacagcatacacaagaaggttttcacttccttcgtctgtcattg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1963235 cactcaaacttattagcatcatcaccagatgttgttagtgtttggataatgggtccaacagcatacacaagaaggttttcacttccttcatctgtcattg 1963136  T
Q  101 cttctataggacccttttcaatttccaggaagctattaattagaacaccatcaaaaagacggaatttttcaacacattggagaaagaacttgtaagattg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1963135 cttctataggacccttttcaatttccaggaagctattaataagaacaccatcaaaaagacggaatttttcaacacattggagaaagaacttgtaagattg 1963036  T
Q  201 acttgatctatcttgagctaggtcaagaaaatcccgaccatgaatcgggacacaacctggtatttgaataggctctggaagatctctgtactcacatgaa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1963035 acttgatctatcttgagctaggtcaagaaaatcccgaccatgaatcgggacacaacctggtatttgaataggctctggaagatctctgtactcacatgaa 1962936  T
Q  301 gtttccttatccaacttgagcaaatggaagtatgaagacaaagaggtgacagaagcagggtagtaaacataggacaacaagttgaatt 388  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1962935 gtttccttatccaacttgagcaaatggaagtatgaagacaaagaggtgacagaagcagggtagtaaacataggacaacaagttgaatt 1962848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 4 - 388
Target Start/End: Original strand, 2015197 - 2015581
Alignment:
Q  4 tcaaacttattagcatcatcaccagatgttgttagtgtttggataatgggtccaacagcatacacaagaaggttttcacttccttcgtctgtcattgctt 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2015197 tcaaacttattagcatcatcaccagatgttgttagtgtttggataatgggtccaacagcatacacaagaaggttttcacttccttcgtctgtcagtgctt 2015296  T
Q  104 ctataggacccttttcaatttccaggaagctattaattagaacaccatcaaaaagacggaatttttcaacacattggagaaagaacttgtaagattgact 203  Q
    |||||||||| ||||| ||||| | ||| |||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||| | ||||||||||||||    
T  2015297 ctataggaccgttttcgatttctatgaaactattaataagaataccatcaaaaagacgcaatttttcaacaccttggagtaagtatttgtaagattgact 2015396  T
Q  204 tgatctatcttgagctaggtcaagaaaatcccgaccatgaatcgggacacaacctggtatttgaataggctctggaagatctctgtactcacatgaagtt 303  Q
     ||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||| |||    
T  2015397 ggatctatcttgagctagctcaaaaagatcccgaccatgaatcggaacactacctggtatttgaataggcccaggaagatctctgtactcgcatgatgtt 2015496  T
Q  304 tccttatccaacttgagcaaatggaagtatgaagacaaagaggtgacagaagcagggtagtaaacataggacaacaagttgaatt 388  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||  |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2015497 tccttatctaacttgagcaaatagaagtatgaagacaaactggtggctgaagcagggtagtaaacataggacaacaagttgaatt 2015581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 12 - 386
Target Start/End: Original strand, 2018588 - 2018962
Alignment:
Q  12 attagcatcatcaccagatgttgttagtgtttggataatgggtccaacagcatacacaagaaggttttcacttccttcgtctgtcattgcttctatagga 111  Q
    |||| |||||||||| ||| | ||| | ||||||||||| |||||||||||||| |||  | ||||  ||||||  || ||||| | |||||||||||||    
T  2018588 attatcatcatcacccgatttggttggcgtttggataattggtccaacagcataaacatcagggttgccacttctgtcttctgtgagtgcttctatagga 2018687  T
Q  112 cccttttcaatttccaggaagctattaattagaacaccatcaaaaagacggaatttttcaacacattggagaaagaacttgtaagattgacttgatctat 211  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||  || ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2018688 cctttttcaatttctaggaagctattaataagaataccatcaaaaagacggaatttttcaacacgttcaagtaagaatttgtaagattgacttgatctat 2018787  T
Q  212 cttgagctaggtcaagaaaatcccgaccatgaatcgggacacaacctggtatttgaataggctctggaagatctctgtactcacatgaagtttccttatc 311  Q
    |||||||| |||||| || |||| |||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||| ||||||||||     
T  2018788 cttgagcttggtcaacaagatcctgaccatgaattggtacacagcctggtatttgaataggctctagaagatctttgtactgacatgatgtttccttatt 2018887  T
Q  312 caacttgagcaaatggaagtatgaagacaaagaggtgacagaagcagggtagtaaacataggacaacaagttgaa 386  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||| |||| |||  |||||||||||||||||| ||||||    
T  2018888 caacttgagcaaatagaagtatgaagacaaactggtgactgaagaaggaaagtaaacataggacaacatgttgaa 2018962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 2433124 - 2432951
Alignment:
Q  1 cactcaaacttattagcatcatcaccagatgttgttagtgtttggataatgggtccaacagcatacacaagaaggttttcacttccttcgtctgtcattg 100  Q
    ||||| ||| |||||||||||||  ||||  |||||| ||| ||||| ||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||| ||||||| ||    
T  2433124 cactccaacatattagcatcatcgtcagaacttgttattgtctggatgatgggtccaacaggatacacaagaggattttcacttccttcatctgtcagtg 2433025  T
Q  101 cttctataggacccttttcaatttccaggaagctattaattagaacaccatcaaaaagacggaatttttcaaca 174  Q
    ||| |||||||||| |||| ||||| | |||||||||||  ||||||||||||| || |||| |||||| ||||    
T  2433024 cttttataggacccctttccatttctaagaagctattaacaagaacaccatcaacaaaacggtattttttaaca 2432951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 12 - 330
Target Start/End: Original strand, 2008191 - 2008509
Alignment:
Q  12 attagcatcatcaccagatgttgttagtgtttggataatgggtccaacagcatacacaagaaggttttcacttccttcgtctgtcattgcttctatagga 111  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  ||||| |||||| |||||||||| ||||||  || |||| |||| ||| || ||| |||||||   || ||||    
T  2008191 attagcatcatcaccagattttgtttctgtttcgataataggtccaacaggatacactggagggttgtcacctccctcctctttcattgcacttagagga 2008290  T
Q  112 cccttttcaatttccaggaagctattaattagaacaccatcaaaaagacggaatttttcaacacattggagaaagaacttgtaagattgacttgatctat 211  Q
    ||| | || ||||| |||||||||||||  ||||||||||||  |  ||  ||   || |||| || |||| |||   ||||||| ||||||||||||||    
T  2008291 cccatctctatttctaggaagctattaacaagaacaccatcagcagaacttaaaagtttaacaaatgggaggaagtgtttgtaagcttgacttgatctat 2008390  T
Q  212 cttgagcta-ggtcaagaaaatcccgaccatgaatcgggacacaacctggtatttgaataggctctggaagatctctgtactcacatgaagtttccttat 310  Q
    ||||||||| | ||||| |||||||  ||||| |  || ||||||||||||||||  ||||||||| | | |||||| ||||||||||| ||||||| ||    
T  2008391 cttgagctatgctcaag-aaatccctgccatggagtggtacacaacctggtatttttataggctctagtatatctctatactcacatgatgtttcctcat 2008489  T
Q  311 ccaacttgagcaaatggaag 330  Q
    ||| |||  |||||| ||||    
T  2008490 ccagcttaggcaaatagaag 2008509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 12 - 330
Target Start/End: Original strand, 2011806 - 2012124
Alignment:
Q  12 attagcatcatcaccagatgttgttagtgtttggataatgggtccaacagcatacacaagaaggttttcacttccttcgtctgtcattgcttctatagga 111  Q
    ||||||||||||| ||||   ||||| ||| ||||| ||||||||||||| ||| |||  | ||||  |||||||||| ||||||| ||| | ||||||     
T  2011806 attagcatcatcaacagaacctgttactgtctggatgatgggtccaacaggatagacagaagggttgccacttccttcctctgtcaatgcatttataggt 2011905  T
Q  112 cccttttcaatttccaggaagctattaattagaacaccatcaaaaagacggaatttttcaacacattggagaaagaacttgtaagattgacttgatctat 211  Q
    ||| |||| ||||| | |||||||||||  ||||||||||||  || ||  ||  ||| ||||  ||| || ||| | ||||||| ||||||||||||||    
T  2011906 cccatttccatttctaagaagctattaacaagaacaccatcagcaaaacttaaacttttaacatgttgaaggaagtatttgtaagcttgacttgatctat 2012005  T
Q  212 cttgagcta-ggtcaagaaaatcccgaccatgaatcgggacacaacctggtatttgaataggctctggaagatctctgtactcacatgaagtttccttat 310  Q
    ||||| ||| ||||||| | |||||  ||||| |  || || || || |||| ||  ||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||| ||    
T  2012006 cttgaactatggtcaag-agatccctgccatggagtggtacgcagcccggtactttgataggctctgggagatctctgtactcacatgttgtttcctcat 2012104  T
Q  311 ccaacttgagcaaatggaag 330  Q
    |||||||  |||||| ||||    
T  2012105 ccaacttaggcaaatagaag 2012124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 12 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 1968824 - 1968523
Alignment:
Q  12 attagcatcatcaccagatgttgttagtgtttggataatgggtccaacagcatacacaagaaggttttcacttccttcgtctgtcattgcttctatagga 111  Q
    ||||||||||||||| ||  |||||  |||||||||||| |||||||||| ||||||  || |||| |||||||| || ||| |||||||   ||||||     
T  1968824 attagcatcatcacctgaacttgtttctgtttggataattggtccaacaggatacactggagggttgtcacttccctcctctttcattgcacttataggt 1968725  T
Q  112 cccttttcaatttccaggaagctattaattagaacaccatcaaaaagacggaatttttcaacacattggagaaagaacttgtaagattgacttgatctat 211  Q
    ||| | || | |||||||||||||||||  | ||||||||||  || ||  ||   || || |  | |||| |||   ||||||  ||||||||||||||    
T  1968724 cccatctccaattccaggaagctattaacaaaaacaccatcagcaaaacttaaaagtttaaaaagtgggaggaagtgtttgtaaacttgacttgatctat 1968625  T
Q  212 cttgagcta-ggtcaagaaaatcccgaccatgaatcgggacacaacctggtatttgaataggctctggaagatctctgtactcacatgaagtttccttat 310  Q
    ||||||||| | ||||| | |||||  ||||| || || ||||| ||||||||||  ||||||||||| | |||||| ||||||||||| ||||||| ||    
T  1968624 cttgagctacgctcaag-agatccctgccatggattggtacacagcctggtatttttataggctctggtatatctctatactcacatgatgtttcctcat 1968526  T
Q  311 cca 313  Q
    |||    
T  1968525 cca 1968523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 44 - 153
Target Start/End: Original strand, 2004843 - 2004952
Alignment:
Q  44 ggataatgggtccaacagcatacacaagaaggttttcacttccttcgtctgtcattgcttctataggacccttttcaatttccaggaagctattaattag 143  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||| ||| |||||||   |||||||||| | || ||||| |||||||||||||  ||    
T  2004843 ggatgatgggtccaacaggatacacaggagggttttcacttccttcatctttcattgcacttataggacccatctccatttctaggaagctattaacaag 2004942  T
Q  144 aacaccatca 153  Q
    ||||||||||    
T  2004943 aacaccatca 2004952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 49 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 1964851 - 1964747
Alignment:
Q  49 atgggtccaacagcatacacaagaaggttttcacttccttcgtctgtcattgcttctataggacccttttcaatttccaggaagctattaattagaacac 148  Q
    ||||||||||||| |||||||  | ||||  |||||||||| ||||||  ||||| |||||| ||| |||| ||||| | |||||||||||  |||||||    
T  1964851 atgggtccaacaggatacacagaagggttgccacttccttcctctgtcggtgcttttataggtcccatttccatttctaagaagctattaacaagaacac 1964752  T
Q  149 catca 153  Q
    |||||    
T  1964751 catca 1964747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 190 - 330
Target Start/End: Original strand, 2004989 - 2005129
Alignment:
Q  190 ttgtaagattgacttgatctatcttgagctagg-tcaagaaaatcccgaccatgaatcgggacacaacctggtatttgaataggctctggaagatctctg 288  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||| | || ||| || | ||||  ||||| || || ||||||||||||||||  |||||| |||| | |||||      
T  2004989 ttgtaagcttgacttgacctatcttgagttgggctcatgaga-tccctgccatggattggtacacaacctggtatttttataggcactggtatatctcca 2005087  T
Q  289 tactcacatgaagtttccttatccaacttgagcaaatggaag 330  Q
    ||||||||||| ||||| | |||||||||  |||||| ||||    
T  2005088 tactcacatgatgtttcttcatccaacttaggcaaatagaag 2005129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 144; Significance: 1e-75; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 39 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 5902376 - 5902029
Alignment:
Q  39 tgtttggataatgggtccaacagcatacacaagaaggttttcacttccttcgtctgtcattgcttctataggacccttttcaatttccaggaagctatta 138  Q
    |||||||||||||||||||| ||  ||||||  | ||||  |||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5902376 tgtttggataatgggtccaatagggtacacagcagggttaccacttccttcttctgtcagtgcttctataggacctttttcaatttccaggaagctatta 5902277  T
Q  139 attagaacaccatcaaaaagacggaatttttcaacacattggagaaagaacttgtaagattgacttgatctatcttgagctaggtcaagaaaatcccgac 238  Q
    || || |  ||||||| |  || |||| ||| || || |||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||| || |||  | ||||||||    
T  5902276 ataagtatgccatcaacagaacagaatcttttaatacgttggagtaagaatttgtaagattggctcgatctatcttgagcttgggcaacgagatcccgac 5902177  T
Q  239 catgaatcgggacacaacctggtatttgaataggctctggaagatctctgtactcacatgaagtttccttatccaacttgagcaaatggaagtatgaaga 338  Q
    || |||| || ||||||||||||  ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||  ||||    
T  5902176 cacgaattggtacacaacctggtgcttgaataggttctggcagatctctgtactcacatgatgtttccttatccaatttgagcaaatagaagtagaaaga 5902077  T
Q  339 caaagaggtgacagaagcagggtagtaaacataggacaacaagttgaa 386  Q
    ||||| |||| | | || |||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  5902076 caaagtggtggctgcaggagggaagtaaacataggacaacatgttgaa 5902029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 269 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 18189931 - 18189870
Alignment:
Q  269 taggctctggaagatctctgtactcacatgaagtttccttatccaacttgagcaaatggaag 330  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||  ||||||| |||||||||  |||||| ||||    
T  18189931 taggctctggtagatttctgtactcacatgttgtttcctcatccaacttaggcaaatagaag 18189870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University