View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14572_high_2 (Length: 748)

Name: NF14572_high_2
Description: NF14572
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14572_high_2
NF14572_high_2
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (22-729)||(30239356-30240062)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 607; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 607; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 729
Target Start/End: Complemental strand, 30240062 - 30239356
Alignment:
Q  22 aagtggaagataaagttctaatataacttactatatccatcgccattgccagtggatcgaagaatgtgataatattattatattcatcaataatgtcccc 121  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  30240062 aagtggaagataaagttctagtataacttactatatccatcgccattgccagtggattgaagaatgtgata---ttattatattcatcaataatgtcccc 30239966  T
Q  122 ttctatatcatagtagaaaacactcataggggttatgatcaccaccctacctgtaatccactgcgaattgggtgaatggggtttggaccacaaggttcca 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30239965 ttctatatcatagtagaaaacactcataggggttatgatcaccaccctacctgtaatccactgcgaattgggtgaatggggtttggaccacaaggttcca 30239866  T
Q  222 tccatcc--acaccaaaatgtcacaaactcatacctattggctccaatatttgaataataactactcttctggttcattctcttcacaagctccatttat 319  Q
    ||||  |  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30239865 tccacaccaaaaccaaaatgtcacaaactcatacctattggctccaatatttgaataataactactcttctggttcattctcttcacaggctccatttat 30239766  T
Q  320 ttctacactgcatttaatattctgctcaaatggtccatattgtgggatttttagtgctcatggaagtgctctgattctgaccannnnnnnaaccaagtcc 419  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||    
T  30239765 ttctacattgcatttaatattctgctcaaatggtccatattgtgggatttttagtgctcatggaagtgctctgattctgaccatttttttaaccaagtcc 30239666  T
Q  420 aaacaaaatgaaacattttcatcggtcagattannnnnnnatcttttcatgacaccgactgaatcaatccaaccctaccatccaattacttgggttgagt 519  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30239665 aaacaaaatgaaacattttcatcggtcagattatttttttatcttttcatgacaccgactgaatcaatccaaccctaccatccaattacttgggttgagt 30239566  T
Q  520 ttttataccacctatgaccaaactcaccgcatgatatataatatagtatatagtgctatgtcagtgtccaattcctttgtcattaacaattagcactaaa 619  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30239565 ttttataccacctatgaccaaactcaccgcatgatatataatatagtatatagtgctatgtcagtgtccaattcctttgtcattaacaattagcactaaa 30239466  T
Q  620 gtaggaaagaccaattttgtctatggtcccaactccaagcaccatccatcactcctatgatctgttttgtttctcattcgtatcctacaactaatattag 719  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30239465 gtaggaaagaccatttttgtctatggtcccaactccaagcaccatccatcactcctatgatctgttttgtttctcattcgtatcctacaactaatattag 30239366  T
Q  720 gtcaggtaac 729  Q
     |||||||||    
T  30239365 atcaggtaac 30239356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University