View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14572_low_4 (Length: 692)

Name: NF14572_low_4
Description: NF14572
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14572_low_4
NF14572_low_4
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (14-673)||(38782228-38782890)
chr5 (208-674)||(38743344-38743810)
chr5 (212-673)||(38788601-38789062)
chr5 (14-119)||(38743909-38744015)
chr5 (63-147)||(38788446-38788530)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (207-671)||(30962764-30963227)
chr4 (60-119)||(30964920-30964978)
chr4 (207-545)||(30897238-30897576)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (219-632)||(2914550-2914967)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (267-545)||(5963481-5963760)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (279-547)||(29626886-29627154)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 573; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 573; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 673
Target Start/End: Original strand, 38782228 - 38782890
Alignment:
14 aatataagaaccaaagaacaaatctcagccgtgcaattacattgataat---tacaagttaccttccagaaaaatctaaaccgtctaaaatatcccaatc 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38782228 aatataagaaccaaagaacaaatctcagccgtgcaattacactgataataattacaagttaccttccagaaaaatctaaaccgtctaaaatatcccaatc 38782327  T
111 tcaaacaaatatacaatcgcctacactatataataacttacggtttgtgtactttatactnnnnnnnncgtttcataactctctctatatcttttggtag 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||    
38782328 tcaaacaaatatacaatcgcctacactatataataacttacggtttgtgtacttcatactaaaaaaaacgtttcataactctctctatatcttttggtag 38782427  T
211 attcttgatcttgtgcaaccatgcgtcctccagagaagagagtagattataaggtaggagataaagtagaagtatgcagcaaagatgaagggtttgtagg 310  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
38782428 attcttgatcttgtgcaatcatgcgtcctccagagaagagagtagattataaggtaggagataaagtagaagtatgcagcgaagatgaagggtttgtagg 38782527  T
311 ttcatactttgaagctacaattgtttcatgtcttgagagcggaaaatatgtgatccgttacaagaatcttcttaaagatgacgagtcggaacttcttatg 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38782528 ttcatactttgaagctacaattgtttcatgtcttgagagcggaaaatatgtgatccgttacaagaatcttcttaaagatgacgagtcggaacttcttatg 38782627  T
411 gaaacactttttccaaaagatcttcgtccattaccaccacgtgttcgtaatccttcgaggtttgaactcaatcagaaagttgatgtatttgataacgatg 510  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| || |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
38782628 gaaacactttttccaaaagatcttcgtccaataccaccacatgttcgtaatcctttgaagtttaaactcaatcaaaaagttgatgtatttgataacgatg 38782727  T
511 gttggtgggtagggaaaatcactagcgagaagatcttgatggaaaagagttactactatagtgtgtattttgactattgccatcaaactatttactaccc 610  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38782728 gttggtgggtaggtaaaatcgctagcgagaagatcttgatggaaaagagttgctactatagtgtgtattttgactattgccatcaaactatttactaccc 38782827  T
611 ttgtgatcagattagggttcatcaagaattggtttggggagactggatcttcgaggcataact 673  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38782828 ttgtgatcagattagggttcatcaagaattggtttggggagactggatcttcgaggcataact 38782890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 411; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 208 - 674
Target Start/End: Complemental strand, 38743810 - 38743344
Alignment:
208 tagattcttgatcttgtgcaaccatgcgtcctccagagaagagagtagattataaggtaggagataaagtagaagtatgcagcaaagatgaagggtttgt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
38743810 tagattcttgatcttgtgcaaccatgcgtccaccggtgaagagagttgattacaaggtaggagataaagtagaagtatgcagcaaagaagaagggtttgt 38743711  T
308 aggttcatactttgaagctacaattgtttcatgtcttgagagcggaaaatatgtgatccgttacaagaatcttcttaaagatgacgagtcggaacttctt 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
38743710 aggttcatactttgaagctacaattgtttcatgtctagagagtggaaaatatgtgatccgttacaagaatcttcttaaagatgacgaatcggaacttctt 38743611  T
408 atggaaacactttttccaaaagatcttcgtccattaccaccacgtgttcgtaatccttcgaggtttgaactcaatcagaaagttgatgtatttgataacg 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
38743610 atggaaacactttttccaaaagatcttcgtccattaccgccacgtgttcgtaatccttcgaggtttgaactcaatcagaaagttgacgtgtttgataacg 38743511  T
508 atggttggtgggtagggaaaatcactagcgagaagatcttgatggaaaagagttactactatagtgtgtattttgactattgccatcaaactatttacta 607  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38743510 atggttggtgggtagggaaaattgctagcgagaagatcttgatggaaaagagttactactatagtgtgtattttgactattgccatcaaactatttacta 38743411  T
608 cccttgtgatcagattagggttcatcaagaattggtttggggagactggatcttcgaggcataactt 674  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38743410 cccttgtgatcagattagggttcatcaagaattggtttggggagactggatcttcgaggcataactt 38743344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 386; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 212 - 673
Target Start/End: Original strand, 38788601 - 38789062
Alignment:
212 ttcttgatcttgtgcaaccatgcgtcctccagagaagagagtagattataaggtaggagataaagtagaagtatgcagcaaagatgaagggtttgtaggt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
38788601 ttcttgatcttgtgcaaccatgcgtccaccggtgaagagagttgattacaaggtaggagataaagttgaagtatgcagcaaagaagaagggtttgtaggt 38788700  T
312 tcatactttgaagctacaattgtttcatgtcttgagagcggaaaatatgtgatccgttacaagaatcttcttaaagatgacgagtcggaacttcttatgg 411  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
38788701 tcgtactttgaagctacaattgtttcatgtctagagagtggaaaatatgtgatccgttacaagaatcttcttaaagatgacgaatcggaacttcttatgg 38788800  T
412 aaacactttttccaaaagatcttcgtccattaccaccacgtgttcgtaatccttcgaggtttgaactcaatcagaaagttgatgtatttgataacgatgg 511  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
38788801 aaacactttttccaaaagatcttcgtccattaccgccacgtgttcataatccttggaggtttgaactcaatcagaaagttgatgtgtttgataacgatgg 38788900  T
512 ttggtgggtagggaaaatcactagcgagaagatcttgatggaaaagagttactactatagtgtgtattttgactattgccatcaaactatttactaccct 611  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38788901 ttggtgggtaggggaaatcgctagcgagaagatcttaatggaaaagagttactactatagtgtgtattttgactattgccatcaaactatttactaccct 38789000  T
612 tgtgatcagattagggttcatcaagaattggtttggggagactggatcttcgaggcataact 673  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
38789001 tgtgatcagattagggttcatcaagaattggtttggggagactggatctttgaggcataact 38789062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 14 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 38744015 - 38743909
Alignment:
14 aatataagaaccaaagaacaaatctcagccgtgcaattacattgataat-tacaagttaccttccagaaaaatctaaaccgtctaaaatatcccaatctc 112  Q
    ||||||| |||||||||  |||||||| |||| |||| ||| | | ||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||  ||||||    
38744015 aatataacaaccaaagagaaaatctcaaccgttcaatcacaataacaatgtacaagttaccttctaaaaaaatctaaaccgtctaaaatatctgaatctc 38743916  T
113 aaacaaa 119  Q
    |||||||    
38743915 aaacaaa 38743909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 63 - 147
Target Start/End: Original strand, 38788446 - 38788530
Alignment:
63 tacaagttaccttccagaaaaatctaaaccgtctaaaatatcccaatctcaaacaaatatacaatcgcctacactatataataac 147  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||  |||||||||||  ||||| |||||||||  | ||| ||||||||||||||||||    
38788446 tacaagttaccttctaaaaaaatctaaacaatctaaaatatctgaatctaaaacaaataccccatcacctacactatataataac 38788530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 269; Significance: 1e-150; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 207 - 671
Target Start/End: Complemental strand, 30963227 - 30962764
Alignment:
207 gtagattcttgatcttgtgcaaccatgcgtcctccagagaagagagtagattataaggtaggagataaagtagaagtatgcagcaaagatgaagggtttg 306  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||| |||  ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||    
30963227 gtagattcttgatctattgcaaccatgcgtccaccaatgaagagagtggattacaaggtaggagataaagtagaagtatgtagtaaagaagaagggtttg 30963128  T
307 taggttcatactttgaagctacaattgtttcatgtcttgagagcggaaaatatgtgatccgttacaagaatcttcttaaagatgacgagtcggaacttct 406  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||  |||||||    
30963127 taggttcatattttgaagccacaattgtttcatgccttgagagtggaaaatatgtgattcgttacaagaatcttcttaaagacgacgaatctcaacttct 30963028  T
407 tatggaaacactttttccaaaagatcttcgtccattaccaccacgtgttcgtaatccttcgaggtttgaactcaatcagaaagttgatgtatttgataac 506  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||  ||||||||||| |||||||| | |||| |||||||||| ||||||||||| ||| ||||     
30963027 tatggaaacacttttatcaaaagatcttcgtccatcacagccacgtgttcgaaatccttctaagtttcaactcaatcaaaaagttgatgttttttataaa 30962928  T
507 gatggttggtgggtagggaaaatcactagcgagaagatcttgatggaaaagagttactactatagtgtgtattttgactattgccatcaaactatttact 606  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| | |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||    
30962927 gatggttggtgggtagggaaaattgctagcgagaagatcctcatggaaaacaattactactatagtgtgtattttgactacacccatcaaactatttact 30962828  T
607 acccttgtgatcagattagggttcatcaagaattggtttggggagactggatcttcgaggcataa 671  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||| | ||| |||||||||| |||||||| |||||||||    
30962827 accc-tgtgatcaaattagggttcatcaaaagttgttttggggagagtggatcttggaggcataa 30962764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 60 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 30964978 - 30964920
Alignment:
60 aattacaagttaccttccagaaaaatctaaaccgtctaaaatatcccaatctcaaacaaa 119  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
30964978 aattacaagttaccttctagaaaactctaaaccgtctaaaatat-ccaatctcaaacaaa 30964920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 207 - 545
Target Start/End: Original strand, 30897238 - 30897576
Alignment:
207 gtagattcttgatcttgtgcaaccatgcgtcctccagagaagagagtagattataaggtaggagataaagtagaagtatgcagcaaagatgaagggtttg 306  Q
    ||||||||||||  |||| | ||||||||||| |||  || |||||| ||||| ||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||     
30897238 gtagattcttgacattgttccaccatgcgtccaccaatgaggagagtggattacaaaataggagataaagtagaagtatgcagtaaagaagaggggtttt 30897337  T
307 taggttcatactttgaagctacaattgtttcatgtcttgagagcggaaaatatgtgatccgttacaagaatcttcttaaagatgacgagtcggaacttct 406  Q
    | ||||| ||||   |||| | | |||||||| ||||  | |  ||| ||||  || | |  |||||||||||| |    || ||| |||| | || |||    
30897338 tcggttcgtactacaaagccagagttgtttcacgtctccaaaatggacaatacatggttcaatacaagaatcttttgcttgaggacaagtctggacctct 30897437  T
407 tatggaaacactttttccaaaagatcttcgtccattaccaccacgtgttcgtaatccttcgaggtttgaactcaatcagaaagttgatgtatttgataac 506  Q
    | | || ||  ||| |||| | || || ||||||  ||||||||||||||||||||||      ||| |||||||||||||||||||||  ||  ||||     
30897438 tgtagagaccatttatccatatgagctacgtccaacaccaccacgtgttcgtaatcctcatgaatttcaactcaatcagaaagttgatgctttccataat 30897537  T
507 gatggttggtgggtagggaaaatcactagcgagaagatc 545  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||    
30897538 gatggttggtgggtagggcaaatcaccagtgagaagatc 30897576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 102; Significance: 3e-50; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 219 - 632
Target Start/End: Original strand, 2914550 - 2914967
Alignment:
219 tcttgtgcaaccatgcgtcctccagagaagagagtagattataaggtaggagataaagtagaagtatgcagcaaagatgaagggtttgtaggttcatact 318  Q
    |||| ||||| ||||||||| |||   |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||| ||||    
2914550 tcttttgcaaacatgcgtccgccaacaaagagagtcgattacaaggtaggagacaaagtagaagtatgcagcaaagaagatgggctcgtaggttcttact 2914649  T
319 ttgaagctacaattgtttcatgtcttga---gagcggaaaatatgtgatccgttacaagaatcttcttaaagatgacgagtcggaacttcttatggaaac 415  Q
     |||||  ||||| ||| ||||||||||   ||| || ||||||  | | || |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| | ||| |     
2914650 atgaaggcacaatcgtt-catgtcttgatgagagagggaaatatacggttcgctacaagaaccttcttaaagatgatgagtctgaacttctcacggagat 2914748  T
416 actttttccaaaagatcttcgtccattaccaccacgtgttcgtaatccttcgaggtttgaactcaatcagaaagttgatgtatttgataacgatggttgg 515  Q
    |||||||| |||||||||| ||| | |||||||||| |||||||  ||||| | |||  ||||||| ||||||||| |||| ||||| |||||||| |||    
2914749 actttttctaaaagatctttgtctagtaccaccacgagttcgtaggccttctaagttcaaactcaaccagaaagtttatgtttttgacaacgatgggtgg 2914848  T
516 tgggtagggaaaatcactagcgagaagatcttgatggaaaagagttactactatagtgt--gtattttgactattgccatcaaactatttactacccttg 613  Q
    ||| ||||  ||||||||||||| |||||  | ||| |||||| ||| || |||| |||   ||||||  |||   | ||||||| | ||||||||| ||    
2914849 tggataggagaaatcactagcgacaagattctcatgcaaaagacttattattataatgttactattttccctacaccaatcaaaccacttactacccgtg 2914948  T
614 tgatcagattagggttcat 632  Q
    |||||| ||||||||||||    
2914949 tgatcaaattagggttcat 2914967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 73; Significance: 5e-33; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 267 - 545
Target Start/End: Complemental strand, 5963760 - 5963481
Alignment:
267 ggagataaagtagaagtatgcagcaaagatgaagggtttgtaggttcatactttgaagctacaattgtttcatgtctt-gagagcggaaaatatgtgatc 365  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    |  ||| ||||| || |     
5963760 ggagacaaagtggaagtatgcagcaaagaagaagggtttgtgggttcatactttgaagctacaattgtttcgtgtcttcttcaatggacaatatttggtt 5963661  T
366 cgttacaagaatcttcttaaagatgacgagtcggaacttcttatggaaacactttttccaaaagatcttcgtccattaccaccacgtgttcgtaatcctt 465  Q
    |||||||| || ||| |  |||||||  ||||   ||||||  | || ||  ||  |||| | || |||||||||||||| ||||||||||||| ||| |    
5963660 cgttacaaaaaccttttgcaagatgataagtctagacttctcttagagaccgttcatccatatgagcttcgtccattaccgccacgtgttcgtagtcc-t 5963562  T
466 cgag-gtttgaactcaatcagaaagttgatgtatttgataacgatggttggtgggtagggaaaatcactagcgagaagatc 545  Q
    || | |||| |||||||||| ||||||||||  ||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||    
5963561 cgtgagtttcaactcaatcaaaaagttgatgcttttgacaacgatggttggtggttagggcaaatcactagtgagaagatc 5963481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000002; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 279 - 547
Target Start/End: Original strand, 29626886 - 29627154
Alignment:
279 gaagtatgcagcaaagatgaagggtttgtaggttcatactttgaagctacaattgtttcatgtcttgagagcggaaaatatgtgatccgttacaagaatc 378  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||   || || |||||||| || | ||||||| |||| || ||||  ||| |||||||| | ||||||||||| |    
29626886 gaagtatgcatcaaagatgaagggttttggggctcgtactttgaggccaaaattgttgcatgcctcgagaatggagaatatgtggttcgttacaagaacc 29626985  T
379 ttcttaaagatgacgagtcggaacttcttatggaaacactttttccaaaagatcttcgtccattaccaccacgtgttcgtaatccttcgaggtttgaact 478  Q
    ||||| |  |||| || || | || |||   ||| ||||||||  |||| || ||||||||| ||||||||  ||| |  ||||||||   |||  ||||    
29626986 ttcttgagaatgatgaatctggacctctcgaggagacacttttatcaaaggaccttcgtccaataccaccatctgtccaaaatccttccgcgttccaact 29627085  T
479 caatcagaaagttgatgtatttgataacgatggttggtgggtagggaaaatcactagcgagaagatctt 547  Q
    ||| || || |||||||| ||    || ||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||    
29627086 caaccaaaaggttgatgttttctgcaatgatggatggtggttagggaaaatcactagcaagaaggtctt 29627154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University