View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14576_low_2 (Length: 720)

Name: NF14576_low_2
Description: NF14576
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14576_low_2
NF14576_low_2
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (19-705)||(749275-749975)
chr3 (19-705)||(674679-675376)
chr3 (25-598)||(2634006-2634581)
chr3 (259-518)||(9564214-9564474)
chr3 (150-388)||(2495705-2495948)
chr3 (272-488)||(2485414-2485631)
chr3 (197-537)||(2504152-2504487)
chr3 (150-321)||(7331830-7332004)
chr3 (235-308)||(2447037-2447109)
chr3 (343-399)||(2447116-2447172)
chr3 (269-387)||(2641519-2641633)
chr3 (19-86)||(2495531-2495597)
chr3 (269-331)||(2649064-2649126)
chr3 (569-598)||(2496063-2496092)
chr3 (108-149)||(7332018-7332059)
[»] scaffold0019 (2 HSPs)
scaffold0019 (82-586)||(2296-2810)
scaffold0019 (19-86)||(2203-2270)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 629; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 629; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 705
Target Start/End: Complemental strand, 749975 - 749275
Alignment:
Q  19 gaatgattaatgtgaaaatgaaagttttgaatattttggtattttatttgcgagggttttaaagttgtgaaaatgatattattgaattcttcttacacac 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  749975 gaatgattaatgtgaaaatgaaagttttgaatattttggtattttatttgcgagggttttaaagttgtgaaaatgatattattgaattcttcttacacac 749876  T
Q  119 acgtaacacattgtacaattcataacattgg-------------atatgattgatatagtgcctgagattgtagtgaattttgtttccacatgtgttgca 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  749875 acgtaacacattgtacaattcataacattggtgaaatgacgtggatatgattgatatagtgcctgagattgtagtgaattttgtttccacatgtgttgcc 749776  T
Q  206 ttatattgtctcaatattttaatttt-gcgtgcacctcaagcttcaaaatagacttataacttcatagttgaaatgtctctttttcaggttggtcgtgtt 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  749775 ttatattgtctcaatattttaatttttgtgtgcacctcaagcttcaaaatagacttataacttcgtagttgaaatgtctctttttcaggttggtcgtgtt 749676  T
Q  305 tgttcatttcaatagaagggtaattcactagctggcttaattgcttaggttcattttctggtctggagcgttgctgaagatggctgttaaaaaggattat 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  749675 tgttcatttcaatagaagggtaattcactagctggcttaattgcttaggttcattttctggtctggagcgttgctgaagatggctgttaaaaaggattat 749576  T
Q  405 agttttagggccgtggaattttaagttcattttgattatttattaagtagtaaaactagatggggtgaaaaaactataggttcttaatagacaggctaaa 504  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  749575 agttttagggccgtggaattttaagttcattttgattatttattatgtagtaaaactagatggggtgaaaaaactataggttcttaatagacaggctaaa 749476  T
Q  505 cttgtctctggttttattattatatgttgtttggaagaaaatacaatcttcaaagtctaatatatttgacttgtatgtttcactgtgttattctagtcta 604  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  749475 cttgtctctggttttattattatatgttgtttggaagaaaatacaatcttcaaagtctaatatatttgacttgtatgtttcactgtgttattctagtcta 749376  T
Q  605 atgtgttagtacatcaattgtaaaaaacttgtagttccagcacactgcaatgacaatttgaattcagacatatatacttgaatttttcggtacattctgt 704  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  749375 atgtgttagtacatcaattgtaacaaacttgtagttccagcacactgcaatgacaatttgaattcagacatatatacttgaatttttcggtacattctgt 749276  T
Q  705 g 705  Q
    |    
T  749275 g 749275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 615; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 705
Target Start/End: Complemental strand, 675376 - 674679
Alignment:
Q  19 gaatgattaatgtgaaaatgaaagttttgaatattttggtattttatttgcgagggttttaaagttgtgaaaatgatattattgaattcttcttacacac 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||    
T  675376 gaatgattaatgtgaaaatgaaagttttgaatattttggtattttatttgcgagggttttaaagttgtgaaaatgatattattgaattctt---acacac 675280  T
Q  119 acgtaacacattgtacaattcataacattgg-------------atatgattgatatagtgcctgagattgtagtgaattttgtttccacatgtgttgca 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  675279 acgtaacacattgtacaattcataacattggtgaaatgacgtggatatgattgatatagtgcctgagattgtagtgaattttgtttccacatgtgttgcc 675180  T
Q  206 ttatattgtctcaatattttaatttt-gcgtgcacctcaagcttcaaaatagacttataacttcatagttgaaatgtctctttttcaggttggtcgtgtt 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  675179 ttatattgtctcaatattttaatttttgtgtgcacctcaagcttcaaaatagacttataacttcgtagttgaaatgtctctttttcaggttggtcgtgtt 675080  T
Q  305 tgttcatttcaatagaagggtaattcactagctggcttaattgcttaggttcattttctggtctggagcgttgctgaagatggctgttaaaaaggattat 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  675079 tgttcatttcaatagaagggtaattcactagctggcttaattgcttaggttcattttctggtctggagcgttgctgaagatggctgttaaaaaggattat 674980  T
Q  405 agttttagggccgtggaattttaagttcattttgattatttattaagtagtaaaactagatggggtgaaaaaactataggttcttaatagacaggctaaa 504  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  674979 agttttagggccgtggaattttaagttcattttgattatttattatgtagtaaaactagatggggtgaaaaaactataggttcttaatagacaggctaaa 674880  T
Q  505 cttgtctctggttttattattatatgttgtttggaagaaaatacaatcttcaaagtctaatatatttgacttgtatgtttcactgtgttattctagtcta 604  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  674879 cttgtctctggttttattattatatgttgtttggaagaaaatacaatcttcaaagtctaatatatttgacttgtatgtttcactgtgttattctagtcta 674780  T
Q  605 atgtgttagtacatcaattgtaaaaaacttgtagttccagcacactgcaatgacaatttgaattcagacatatatacttgaatttttcggtacattctgt 704  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  674779 atgtgttagtacatcaattgtaacaaacttgtagttccagcacactgcaatgacaatttgaattcagacatatatacttgaatttttcggtacattctgt 674680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 25 - 598
Target Start/End: Original strand, 2634006 - 2634581
Alignment:
Q  25 ttaatgtgaaaatgaaagttttgaatattttggtattttatttgcgagggttttaaagttgtgaaaatgatattattgaattcttcttacacacacgtaa 124  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||  ||| |||      |   |||||||||||||||||||||   |||  ||||| |    
T  2634006 ttaatgtgaaaatgaaagttttgtatattt-ggtattttatttgcagggggttt------gcttaaatgatattattgaattctt---acatgcacgtca 2634095  T
Q  125 cacattgtacaattcataacattgg-------------atatgattgatatagtgcctgagattgtagtgaattttgtttccacatgtgttgcattatat 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||             |||| ||||||||| |  ||||||||||| |||| ||  |||||| ||||||||| |||||     
T  2634096 cacattgtacaattcataacattggtgaaatgacctgaatataattgatataatttctgagattgtattgaagttcatttccatatgtgttgccttataa 2634195  T
Q  212 tgtctcaatattttaattttgcgtgcacctcaagcttcaaaatagacttataacttcatagttgaaatgtctctttttcaggttggtcgtgtttgttcat 311  Q
    ||||||||||||||||||||   |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||| |    
T  2634196 tgtctcaatattttaatttttattgcacctcaagcctcaaaatagacttataacatcatagttcaaatgtctctttttcaggctggttgtgtttgttcgt 2634295  T
Q  312 ttcaatagaagggtaattcactagctggcttaattgcttaggttcattttctggtctggagcgttgctgaagatggctgttaaaaaggattatagtttta 411  Q
    |||||||||||||| |||| ||| |||||| |||||||| |||  || || |||||||||||| ||||||||||||| || ||||||| |  ||||||||    
T  2634296 ttcaatagaagggttattctctatctggctgaattgcttcggt--atcttgtggtctggagcggtgctgaagatggccgtgaaaaagggtagtagtttta 2634393  T
Q  412 gggccgtggaat-tttaagttcattttgattatttattaagtagtaaaactagatggggtgaaaaaactataggttcttaatagacaggctaaacttgtc 510  Q
    |||  |||||||    ||||||||||||||||||||||| |  ||||| || |||| ||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||| ||    
T  2634394 gggttgtggaatccccaagttcattttgattatttattatggtgtaaaccttgatgaggtgaaaaaactatatgttctaaatagataggctaaacttttc 2634493  T
Q  511 tctggttttattattatatgttgtttggaagaaaatacaatcttcaaagtctaatatatttgacttgtatgtttcactgtgttattct 598  Q
    || || | |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  2634494 tcgggctgtattataatatgttgtttgtaagaaaatacaatcttcaaagtgtaatatgtttgacttgcatgtttcaccgtgttattct 2634581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 173; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 259 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 9564474 - 9564214
Alignment:
Q  259 ttataacttcatagttgaaatgtctctttttcaggttggtcgtgtttgttcatttcaatagaagggtaattcactagctggcttaattgcttaggttcat 358  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9564474 ttataacgtcatagttgaaatgtctctttttcaggttggtcgtgtttgttcatttcattagaagggttattcactagctggctgaattgcttaggttcat 9564375  T
Q  359 tttctggtctggagcgttgctgaagatggctgttaaaaaggattatagttttagggccgtggaa-ttttaagttcattttgattatttattaagtagtaa 457  Q
    ||| ||||||||||  |||||||||||||| || |||||||||  ||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||| || |||||||    
T  9564374 tttgtggtctggagtattgctgaagatggcggtgaaaaaggatcgtagttttagggtcgtggaatttttaagtttattttgattatttactatgtagtaa 9564275  T
Q  458 aactagatggggtgaaaaaactataggttcttaatagacaggctaaacttgtctctggttt 518  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9564274 aactagatgaggtgaaaaaactatatgttctgtatagacaagctaaacttgtctctggttt 9564214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 150 - 388
Target Start/End: Original strand, 2495705 - 2495948
Alignment:
Q  150 atatgattgatatagtgcctgagattgtagtgaattttgtttccacatgtgt-----tgcattatattgtctcaatattttaattttgcgtgcacctcaa 244  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||  ||| ||  |||||| ||||||     ||| ||||| |||||||||||||| |||||   ||||||| ||    
T  2495705 atatgattgatatagtgtctgagattgtaaggaagttcatttccatatgtgtgtgtttgccttataatgtctcaatatttttattttaattgcacctgaa 2495804  T
Q  245 gcttcaaaatagacttataacttcatagttgaaatgtctctttttcaggttggtcgtgtttgttcatttcaatagaagggtaattcactagctggcttaa 344  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| | || || ||||||| ||    
T  2495805 gcctcaaaatagacttataacatcatagttgaaatgtctctttttcaggttggttgtgtttgttcctttcaatagaagggttactcgctggctggctgaa 2495904  T
Q  345 ttgcttaggttcattttctggtctggagcgttgctgaagatggc 388  Q
    || ||||||||  |||| ||||||||||| |  |||||||||||    
T  2495905 ttccttaggtttgttttgtggtctggagcttcactgaagatggc 2495948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 272 - 488
Target Start/End: Original strand, 2485414 - 2485631
Alignment:
Q  272 gttgaaatgtctctttttcaggttggtcgtgtttgttcatttcaatagaagggtaattcactagctggcttaattgcttaggttcattttctggtctgga 371  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||| ||||| | ||||||| |||| |  ||||||| | ||||||| ||||||||| |||||||||    
T  2485414 gttgaaatgtcactttttcaggttgattgtgtttgttcgtttcagttgaagggttattcgcaggctggctgagttgcttatgttcattttgtggtctgga 2485513  T
Q  372 gcgttgctgaagatggctgttaaaaaggattatagttttagggccgtggaatt-ttaagttcattttgattatttattaagtagtaaaactagatggggt 470  Q
    || |||||||||||||  || |||| || | |||||| ||| |  || |||||  |||||||| ||| ||||||| ||  | ||| |||||||||| | |    
T  2485514 gccttgctgaagatggtggtgaaaaggggtaatagttctagtgttgtcgaattcctaagttcagtttaattatttcttgtggagtcaaactagatgagat 2485613  T
Q  471 gaaaaaactataggttct 488  Q
    |||||||||||| |||||    
T  2485614 gaaaaaactatatgttct 2485631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 197 - 537
Target Start/End: Original strand, 2504152 - 2504487
Alignment:
Q  197 tgtgttgcattatattgtctcaatattttaattttgcgtgcacctcaagcttcaaaatagac-ttataacttcatagttgaaatgtctctttttcaggtt 295  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  |||||||| |||| |||||||| || ||||||| |  |||||||||||||||  |||||||||    
T  2504152 tgtgttgccttataatgtctcaatattttaattttaggtgcaccttaagcctcaaaatacactttataacatattagttgaaatgtctc--tttcaggtt 2504249  T
Q  296 ggtcgtgtttgttcatttcaatagaagggtaattcactagctggcttaattgcttaggttcattttctggtctggagcgttgctgaagatggctgttaaa 395  Q
    ||  |||||||||  ||||||||||||||| |||||| | | |    |||||||  ||||| |||| |||| |||||| |||||||||||||  | | ||    
T  2504250 ggctgtgtttgtttgtttcaatagaagggttattcacaatcag----aattgctcgggttctttttgtggtgtggagctttgctgaagatgg--ggtgaa 2504343  T
Q  396 aaggattatagttttagggccgtggaa--ttttaagttcattttgattatttattaagtagtaaaactagatggggtgaaaaaactataggttcttaata 493  Q
    |||| |  ||||| |||||   |  ||  | ||||||||  ||||||||||| ||  | ||| |||||||| | ||||||||| ||| | ||| | ||||    
T  2504344 aagggtagtagttatagggtaatttaacttcttaagttctgtttgattatttcttctgaagtcaaactagaggaggtgaaaaacctacatgttttaaata 2504443  T
Q  494 gacaggctaaacttgtctctggttttattattatatgttgtttg 537  Q
    || ||| ||||||||||||||  ||||||||| | |||||||||    
T  2504444 gataggataaacttgtctctgactttattattgtctgttgtttg 2504487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 150 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 7332004 - 7331830
Alignment:
Q  150 atatgattgatatagtgcctgagattgtagtgaattttgtttccacatgtgt--tgcattatattgtctcaatattttaattttgcgtgcacctcaagct 247  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||  |||||| ||||||  ||  ||||  |||||||||||| |||||||   ||||||| ||||     
T  7332004 atatgattgatatagtgtctgagattgtagtgaagttcctttccatatgtgtgttgtcttatgatgtctcaatattataattttaattgcaccttaagcc 7331905  T
Q  248 tcaaaatagact-tataacttcatagttgaaatgtctctttttcaggttggtcgtgtttgttcatttcaatagaa 321  Q
    || |||||  |  |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||  |||||||||||    
T  7331904 tcgaaatactccgtataacttaatagttggaatgtctctttttcaggttggctgtgtttgtttgtttcaatagaa 7331830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 235 - 308
Target Start/End: Original strand, 2447037 - 2447109
Alignment:
Q  235 tgcacctcaagcttcaaaatagacttataacttcatagttgaaatgtctctttttcaggttggtcgtgtttgtt 308  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||    
T  2447037 tgcacctgaagcctcaaaatagacttataacatcatagttgaaatgcctc-ttttcaggttggttgtgtttgtt 2447109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 343 - 399
Target Start/End: Original strand, 2447116 - 2447172
Alignment:
Q  343 aattgcttaggttcattttctggtctggagcgttgctgaagatggctgttaaaaagg 399  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||    
T  2447116 aattgcttaggttcattttatggtctggagctttgctgaagatggcggtgaaaaagg 2447172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 269 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 2641633 - 2641519
Alignment:
Q  269 atagttgaaatgtctctttttcaggttggtcgtgtttgttcatttcaatagaagggtaattcactagctggcttaattgcttaggttcattttctggtct 368  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||  ||||||| ||||||| |||||  | | |    |||||||| ||||| |||| ||||||    
T  2641633 atagttggaatgtctctttttcaggttggctgtgtttgtttgtttcaatggaagggttattcaaaatcag----aattgcttgggttctttttgtggtct 2641538  T
Q  369 ggagcgttgctgaagatgg 387  Q
    ||||| ||||| |||||||    
T  2641537 ggagctttgctaaagatgg 2641519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 19 - 86
Target Start/End: Original strand, 2495531 - 2495597
Alignment:
Q  19 gaatgattaatgtgaaaatgaaagttttgaatattttggtattttatttgcgagggttttaaagttgt 86  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |  |||||||||| || |||||||||||||    
T  2495531 gaatgattaatgtgaaaacgaaagttttgtatattttagacttttatttgc-agtgttttaaagttgt 2495597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 269 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 2649126 - 2649064
Alignment:
Q  269 atagttgaaatgtctctttttcaggttggtcgtgtttgttcatttcaatagaagggtaattca 331  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||  ||||||| ||||||| |||||    
T  2649126 atagttggaatgtctctttttcaggttggctgtgtttgtttgtttcaatggaagggttattca 2649064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 569 - 598
Target Start/End: Original strand, 2496063 - 2496092
Alignment:
Q  569 tttgacttgtatgtttcactgtgttattct 598  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2496063 tttgacttgtatgtttcactgtgttattct 2496092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 108 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 7332059 - 7332018
Alignment:
Q  108 ttcttacacacacgtaacacattgtacaattcataacattgg 149  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||    
T  7332059 ttcttacacacacgcaacacattgtacgattcataactttgg 7332018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 198; Significance: 1e-107; HSPs: 2)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 82 - 586
Target Start/End: Original strand, 2296 - 2810
Alignment:
Q  82 gttgtgaaaatgatattattgaattcttcttacacacacgtaacacattgtacaattcataacattgg-------------atatgattgatatagtgcc 168  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||   ||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||             |||| |||||| || || |    
T  2296 gttgtgtaaatgatattattgaattctt---acacacatgcaacacagtgtacaattcataacattggtaaaatgacctgaatataattgatttattgtc 2392  T
Q  169 tgagattgtagtgaattttgtttccacatgtgttgcattatattgtctcaatattttaattttgcgtgcacctcaagcttcaaaatagacttataacttc 268  Q
    | ||||| ||||||| ||  |||||| || |||||| ||| | ||||||||||||||||| ||   |||||||||| | |||||||||||||||||| ||    
T  2393 ttagattatagtgaagttcatttccatatatgttgccttacaatgtctcaatattttaatatttattgcacctcaatcctcaaaatagacttataacgtc 2492  T
Q  269 atagttgaaatgtctctttttcaggttggtcgtgtttgttcatttcaatagaagggtaattcactagctggcttaattgcttaggttcattttctggtct 368  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||   |||||    
T  2493 atagttgaaatgtctctttttcaggttggttgtgtttgttcgtttcaatagaagggttattctctagctggctgaattgcttaggttcatttgtgggtct 2592  T
Q  369 ggagcgttgctgaagatggctgttaaaaaggattatagttttagggccgtggaatt-ttaagttcattttgattatttattaagtagtaaaactagatgg 467  Q
    |||||||||||||| ||||| || ||||||| | ||||||||||||  ||||||||  |||||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||||     
T  2593 ggagcgttgctgaatatggcggtgaaaaagggtaatagttttagggttgtggaattcctaagttcattttgattatttattatggtgtaaaacttgatga 2692  T
Q  468 ggtgaaaaaactataggttcttaatagacaggctaaacttgtctctggttttattattatatgttgtttg--gaagaaaatacaatcttcaaagtctaat 565  Q
    ||||||||||||    ||||| |||||| |||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||  | | ||||||||||||||||||||||||    
T  2693 ggtgaaaaaact---tgttctgaatagataggctaaatttgtctctggctttattattaaatgttgtttgtaggaaaaaatacaatcttcaaagtctaat 2789  T
Q  566 atatttgacttgtatgtttca 586  Q
    || ||||| ||  ||||||||    
T  2790 atgtttgattttcatgtttca 2810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 19 - 86
Target Start/End: Original strand, 2203 - 2270
Alignment:
Q  19 gaatgattaatgtgaaaatgaaagttttgaatattttggtattttatttgcgagggttttaaagttgt 86  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  2203 gaatgattaatgtcaaaatgaaagttttgtatattttggtcttttatttgcaagggttttaaagttgt 2270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University