View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14579_high_2 (Length: 621)

Name: NF14579_high_2
Description: NF14579
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14579_high_2
NF14579_high_2
[»] scaffold0341 (2 HSPs)
scaffold0341 (133-598)||(552-1017)
scaffold0341 (133-598)||(8205-8670)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (133-598)||(6506527-6506992)
chr1 (1-198)||(47781837-47782034)
chr1 (263-582)||(6516855-6517168)
chr1 (133-563)||(6521743-6522161)
chr1 (263-587)||(6512451-6512769)
chr1 (1-222)||(47788051-47788272)
chr1 (14-156)||(47811376-47811518)
chr1 (122-222)||(47778050-47778150)
chr1 (106-198)||(6523718-6523810)
chr1 (133-210)||(6517215-6517292)
chr1 (11-60)||(47760265-47760314)
chr1 (382-423)||(47759914-47759955)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (133-174)||(722264-722305)


Alignment Details
Target: scaffold0341 (Bit Score: 442; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0341
Description:

Target: scaffold0341; HSP #1
Raw Score: 442; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 133 - 598
Target Start/End: Complemental strand, 1017 - 552
Alignment:
Q  133 aaaagaagcaattggatggtacgacgatgaaaaatgcatgttgcgttcctcacaccgttcaatatttggtatcaatgaaatgggacctgccatgattgca 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1017 aaaagaagcaattggatggtacgacgatgaaaaatgcatgttgcgttcctcacaccgtttaatatttggtatcaatgaaatgggacctgccatgattgca 918  T
Q  233 tggaatttgcagaacgcaacaaaggaagtcgaagatgaatttgataaagggctgaaaaatttgttgtataatttaaaaaatatagctgcatcgggggaaa 332  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  917 tggaatttgcagaacgcaacaaaggaagtcgaagatgaatttgataaagggctgaaaaatttgttgtataatttaaaaaatttagctgcatcgggggaaa 818  T
Q  333 gtgaccttaaatatgctgtaggaaatgatgtgattggtccaaataataatcaaaccatatttgctcttgttcaatgcacacctgatttgtctgaaacatt 432  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  817 gtgaccttaaatatgctgtaggaagtgatgtgattggtccaaataataatcaaaccatatttgctcttgttcaatgcacacctgatttgtctgaaacatt 718  T
Q  433 gtgtgatgaatgtttggataaatctatcaaagaaatcccaaattgttgtgacaatagaatgggtataggtggtagatttcttagacccagttgttatttg 532  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  717 gtgtgatgaatgtttggataaatctatcaaagaaatcccaaattgttgtgacaatagaataggtataggtggtagatttcttagacccagttgttatttg 618  T
Q  533 agatatgaaaccaattcacttttctatcaacaaacacaagattcaccttcatcatcgtcgtcatca 598  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  617 agatatgaaaccaattcacttttctatcaacaaactcaagattcaccttcatcatcgtcatcatca 552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0341; HSP #2
Raw Score: 442; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 133 - 598
Target Start/End: Complemental strand, 8670 - 8205
Alignment:
Q  133 aaaagaagcaattggatggtacgacgatgaaaaatgcatgttgcgttcctcacaccgttcaatatttggtatcaatgaaatgggacctgccatgattgca 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8670 aaaagaagcaattggatggtacgacgatgaaaaatgcatgttgcgttcctcacaccgtttaatatttggtatcaatgaaatgggacctgccatgattgca 8571  T
Q  233 tggaatttgcagaacgcaacaaaggaagtcgaagatgaatttgataaagggctgaaaaatttgttgtataatttaaaaaatatagctgcatcgggggaaa 332  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  8570 tggaatttgcagaacgcaacaaaggaagtcgaagatgaatttgataaagggctgaaaaatttgttgtataatttaaaaaatttagctgcatcgggggaaa 8471  T
Q  333 gtgaccttaaatatgctgtaggaaatgatgtgattggtccaaataataatcaaaccatatttgctcttgttcaatgcacacctgatttgtctgaaacatt 432  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8470 gtgaccttaaatatgctgtaggaagtgatgtgattggtccaaataataatcaaaccatatttgctcttgttcaatgcacacctgatttgtctgaaacatt 8371  T
Q  433 gtgtgatgaatgtttggataaatctatcaaagaaatcccaaattgttgtgacaatagaatgggtataggtggtagatttcttagacccagttgttatttg 532  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8370 gtgtgatgaatgtttggataaatctatcaaagaaatcccaaattgttgtgacaatagaataggtataggtggtagatttcttagacccagttgttatttg 8271  T
Q  533 agatatgaaaccaattcacttttctatcaacaaacacaagattcaccttcatcatcgtcgtcatca 598  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8270 agatatgaaaccaattcacttttctatcaacaaactcaagattcaccttcatcatcgtcatcatca 8205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 442; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 442; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 133 - 598
Target Start/End: Complemental strand, 6506992 - 6506527
Alignment:
Q  133 aaaagaagcaattggatggtacgacgatgaaaaatgcatgttgcgttcctcacaccgttcaatatttggtatcaatgaaatgggacctgccatgattgca 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6506992 aaaagaagcaattggatggtacgacgatgaaaaatgcatgttgcgttcctcacaccgtttaatatttggtatcaatgaaatgggacctgccatgattgca 6506893  T
Q  233 tggaatttgcagaacgcaacaaaggaagtcgaagatgaatttgataaagggctgaaaaatttgttgtataatttaaaaaatatagctgcatcgggggaaa 332  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  6506892 tggaatttgcagaacgcaacaaaggaagtcgaagatgaatttgataaagggctgaaaaatttgttgtataatttaaaaaatttagctgcatcgggggaaa 6506793  T
Q  333 gtgaccttaaatatgctgtaggaaatgatgtgattggtccaaataataatcaaaccatatttgctcttgttcaatgcacacctgatttgtctgaaacatt 432  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6506792 gtgaccttaaatatgctgtaggaagtgatgtgattggtccaaataataatcaaaccatatttgctcttgttcaatgcacacctgatttgtctgaaacatt 6506693  T
Q  433 gtgtgatgaatgtttggataaatctatcaaagaaatcccaaattgttgtgacaatagaatgggtataggtggtagatttcttagacccagttgttatttg 532  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6506692 gtgtgatgaatgtttggataaatctatcaaagaaatcccaaattgttgtgacaatagaataggtataggtggtagatttcttagacccagttgttatttg 6506593  T
Q  533 agatatgaaaccaattcacttttctatcaacaaacacaagattcaccttcatcatcgtcgtcatca 598  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  6506592 agatatgaaaccaattcacttttctatcaacaaactcaagattcaccttcatcatcgtcatcatca 6506527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 162; E-Value: 4e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 198
Target Start/End: Original strand, 47781837 - 47782034
Alignment:
Q  1 caacaccaactatggccaaaacaatgacaaagtaaacgtcattggaatatgtagaggagacattaatcctcaagactgtcgcaaatgcctaataggttcc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47781837 caacaccaactatggccaaaacaatgacaaagtaaacgtcattggaatatgtagaggagacattaatcctcaagactgtcgcaaatgcctaataggttcc 47781936  T
Q  101 aaattcaatctcacacaggcatgtccaaacaaaaaagaagcaattggatggtacgacgatgaaaaatgcatgttgcgttcctcacaccgttcaatatt 198  Q
    | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||  ||| ||||||| |||||    
T  47781937 agattcaatctcacacaagcatgtccaaacaaaaaagaagcaattggatggtacgaggatgagaaatgcatgttacgttattcagaccgttctatatt 47782034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 157; E-Value: 4e-83
Query Start/End: Original strand, 263 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 6517168 - 6516855
Alignment:
Q  263 gaagatgaatttgataaagggctgaaaaatttgttgtataatttaaaaaatatagctgcatcgggggaaagtgaccttaaatatgctgtaggaaatgatg 362  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  6517168 gaagatgaatttgataaagtgcggaaaaatttgttggataatttaagaaatagagctgcatcaggggacagtgaccttaaatatgctgtaggaagtgatg 6517069  T
Q  363 tgattggtccaaataataatcaaaccatatttgctcttgttcaatgcacacctgatttgtctgaaacattgtgtgatgaatgtttggataaatctatcaa 462  Q
     | ||||||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||| ||||||| | ||||||||||    
T  6517068 aggttggtccaaataataatcaaaccatatatggtctagctcaatgcacacctgatttgtttaaaacattttgtgatgattgtttggttcaatctatcaa 6516969  T
Q  463 agaaatcccaaattgttgtgacaatagaatgggtataggtggtagatttcttagacccagttgttatttgagatatgaaaccaattcacttttctatcaa 562  Q
     |||||| |||  |||||| |||| || |||       ||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||    
T  6516968 tgaaatcgcaatatgttgtaacaacaggatg------agtgctagagttgttagacccagttgttatttgagatatgaaaccgattcactcttttatcaa 6516875  T
Q  563 caaacacaagattcaccttc 582  Q
    | ||||||||||||||||||    
T  6516874 ccaacacaagattcaccttc 6516855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 133 - 563
Target Start/End: Original strand, 6521743 - 6522161
Alignment:
Q  133 aaaagaagcaattggatggtacgacgatgaaaaatgcatgttgcgttcctcacaccgttcaatatttggtatcaatgaaatgggacctgccatgattgca 232  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||     |||      
T  6521743 aaaagaagcaattggatggtacaacgatgaagaatgcatgttgcgttactcaaaccgttcaatatttggtctcaacgaaattggacctgcttattttgtt 6521842  T
Q  233 tggaatttgcagaacgcaacaaaggaagtcgaagatgaatttgataaagggctgaaaaatttgttgtataatttaaaaaatatagctgcatcgggggaaa 332  Q
    ||||||    | ||||||||||| || ||      ||| ||| | |||| | ||||   ||| ||| ||| ||||| ||||| ||||||||| ||||| |    
T  6521843 tggaatacaaacaacgcaacaaatgaggt------tgagtttaacaaagtggtgaatttttttttggatagtttaagaaatagagctgcatcaggggaca 6521936  T
Q  333 gtgaccttaaatatgctgtaggaaatgatgtgattggtccaaataataatcaaaccatatttgctcttgttcaatgcacacctgatttgtctgaaacatt 432  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| |||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  6521937 gtgaccttaaatatgctgtaggaagtgatgaggttggtccaagtaataaccaaaccatatatggtcttgttcaatgcacacctgatttgtctaaaacatt 6522036  T
Q  433 gtgtgatgaatgtttggataaatctatcaaagaaatcccaaattgttgtgacaatagaatgggtataggtggtagatttcttagacccagttgttatttg 532  Q
     |||||||| ||||||| | ||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||     ||| |||||| |||| || |||||||||||||| |||||    
T  6522037 atgtgatgattgtttggttcaatctatcaaagaaatttcaaattgttgtaacaata-----ggt-taggtgctagaattgttagacccagttgtaatttg 6522130  T
Q  533 agatatgaaaccaattcacttttctatcaac 563  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  6522131 agatatgaaaccaattcattcttctatcaac 6522161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 263 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 6512769 - 6512451
Alignment:
Q  263 gaagatgaatttgataaagggctgaaaaatttgttgtataatttaaaaaatatagctgcatcgggggaaagtgaccttaaatatgctgtaggaaatgatg 362  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||| ||| ||||||||| ||||| |||| |||| || || |||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  6512769 gaagatgaatttgataaagtactgaaaaatttattggataatttaagaaatagagcttcatcaggtgatagtgaccttaaatatgctgttggaagtgatg 6512670  T
Q  363 tgattggtccaaataataatcaaaccatatttgctcttgttcaatgcacacctgatttgtctgaaacattgtgtgatgaatgtttggataaatctatcaa 462  Q
     | |||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||| |||||||  |||||||||||    
T  6512669 aggttggtcaaaataataatcaaactatatatgctcttgttcaatgcacacctgatttgtctaaatcattgtgcgatgattgtttggtaaaatctatcaa 6512570  T
Q  463 agaaatcccaaattgttgtgacaatagaatgggtataggtggtagatttcttagacccagttgttatttgagatatgaaaccaattcacttttctatcaa 562  Q
    || ||||||||  |||||| |||| ||  ||      |||| |||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  6512569 agcaatcccaagatgttgtaacaacaggttg------ggtgctagaattgttagaccaagttgttatttgagatatgaaaccgattcactcttctatcaa 6512476  T
Q  563 caaacacaagattcaccttcatcat 587  Q
    ||||||| |||| |||| |||||||    
T  6512475 caaacaccagatccaccctcatcat 6512451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Original strand, 47788051 - 47788272
Alignment:
Q  1 caacaccaactatggccaaaacaatgacaaagtaaacgtcattggaatatgtagaggagacattaatcctcaagactgtcgcaaatgcctaataggttcc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  47788051 caacaccaactatggccaaaacaatgacacagtaaacgccattggaatatgtagaggagacattaatcctcaagattgtcgcaaatgcctaattggttcc 47788150  T
Q  101 aaattcaatctcacacaggcatgtccaaacaaaaaagaagcaattggatggtacgacgatgaaaaatgcatgttgcgttcctcacaccgttcaatatttg 200  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||  ||| ||||||||||| | |    
T  47788151 aaattcaatctaacacaagcatgtccaaacaaaaaagaagcaattggatggtacgaggatgagaaatgtatgttacgttattcagaccgttcaataatgg 47788250  T
Q  201 gtatcaatgaaatgggacctgc 222  Q
    || | || ||||| ||||||||    
T  47788251 gtctaaacgaaattggacctgc 47788272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 14 - 156
Target Start/End: Original strand, 47811376 - 47811518
Alignment:
Q  14 ggccaaaacaatgacaaagtaaacgtcattggaatatgtagaggagacattaatcctcaagactgtcgcaaatgcctaataggttccaaattcaatctca 113  Q
    ||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||  |  |||| |||| | |||| |    
T  47811376 ggccaaaacgaggacaaagtaaacctcattggaatatgtagaggagacattaatcctgaagattgtcgcaaatgtctcgttagttcaaaatcctatctaa 47811475  T
Q  114 cacaggcatgtccaaacaaaaaagaagcaattggatggtacga 156  Q
    || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47811476 cagaagcatgtccaaacaaaaaagaagcaattggatggtacga 47811518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 122 - 222
Target Start/End: Original strand, 47778050 - 47778150
Alignment:
Q  122 tgtccaaacaaaaaagaagcaattggatggtacgacgatgaaaaatgcatgttgcgttcctcacaccgttcaatatttggtatcaatgaaatgggacctg 221  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |  |||||||||| |||||||    
T  47778050 tgtccaaacaaaaaggaagcaattggttggtacgaggatgaaaaatgcatgttgcgttactcagaccgttcaatatttagcctcaatgaaattggacctg 47778149  T
Q  222 c 222  Q
    |    
T  47778150 c 47778150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 106 - 198
Target Start/End: Original strand, 6523718 - 6523810
Alignment:
Q  106 caatctcacacaggcatgtccaaacaaaaaagaagcaattggatggtacgacgatgaaaaatgcatgttgcgttcctcacaccgttcaatatt 198  Q
    |||||||||||||   ||||||||| |||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||  ||| ||||||| |||||    
T  6523718 caatctcacacagctttgtccaaaccaaaaagaagcaattggttggtatgaagatgaaaaatgcatgttgcgttattcagaccgttccatatt 6523810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 133 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 6517292 - 6517215
Alignment:
Q  133 aaaagaagcaattggatggtacgacgatgaaaaatgcatgttgcgttcctcacaccgttcaatatttggtatcaatga 210  Q
    |||| |||||||||| |||||||| ||||| | |||||||||||||| ||||  |||||||||||||||| || ||||    
T  6517292 aaaacaagcaattggttggtacgatgatgatagatgcatgttgcgttactcaagccgttcaatatttggtctctatga 6517215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 11 - 60
Target Start/End: Complemental strand, 47760314 - 47760265
Alignment:
Q  11 tatggccaaaacaatgacaaagtaaacgtcattggaatatgtagaggaga 60  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| | |||||||||||    
T  47760314 tatggccaaaacactgacaaagtaaacgccattggactctgtagaggaga 47760265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 382 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 47759955 - 47759914
Alignment:
Q  382 tcaaaccatatttgctcttgttcaatgcacacctgatttgtc 423  Q
    ||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||    
T  47759955 tcaaaccatatatggtcttgttcagtgcacacctgatttgtc 47759914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000009; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 133 - 174
Target Start/End: Original strand, 722264 - 722305
Alignment:
Q  133 aaaagaagcaattggatggtacgacgatgaaaaatgcatgtt 174  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  722264 aaaagaagcaattggattgtacgatgatgaaaaatgcatgtt 722305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University