View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14579_low_11 (Length: 426)

Name: NF14579_low_11
Description: NF14579
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14579_low_11
NF14579_low_11
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (5-408)||(1047075-1047478)
chr3 (5-406)||(1071888-1072289)
chr3 (5-407)||(1087549-1087951)
chr3 (68-408)||(1104165-1104505)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 360; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 360; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 408
Target Start/End: Original strand, 1047075 - 1047478
Alignment:
Q  5 ggagttggatttagtggagcgcctatggagattgttacatcaactgttgtagttgcaagatccgtgaacaattcaaatgaagtttattacacatatagtc 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  1047075 ggagttggatttagtggagcgcctatggagattgttacatcaactgttgttgttgcaagatctgtgaacaattcaaatgaggtttattactcatatagtc 1047174  T
Q  105 ttgtaaacaagagtaatgtttcaataacttatttgaaccaaacgcttagtcttcacgaacgcattatatggagtccagaggacaatacttggagtggtat 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1047175 ttgtaaacaagagtaatgtttcaataacttatttgaaccaaacgcttagtcttcacgaacgcattatatggagtccagaggacaatacttggagtggtat 1047274  T
Q  205 tgagtcagtaccaaaagataattgtgatgtctataatcattgtgggccttatggaaattgcatttataacccgtctccaatatgtcaatgtttagatggg 304  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  1047275 tgagtcagtaccaaaagatgattgtgatgtctataatcattgtggcccatatggaaattgcatttataacccgtctccaatttgtcaatgtttagatggg 1047374  T
Q  305 tttgagcctaaattgccacaaaattgggacgcatcaaattggacagaaggatgtgtgcgcaaaggcgaagaaacatggaattgtggtgtgaatgatggtt 404  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1047375 tttgagcctaaatcaccacaaaattgggacgcatcaaattggacacaaggatgtgtgcgcaaaggcgaagaaacatggaattgtggtgtgaatgatggtt 1047474  T
Q  405 ttgg 408  Q
    ||||    
T  1047475 ttgg 1047478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 5 - 406
Target Start/End: Original strand, 1071888 - 1072289
Alignment:
Q  5 ggagttggatttagtggagcgcctatggagattgttacatcaactgttgtagttgcaagatccgtgaacaattcaaatgaagtttattacacatatagtc 104  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||| |||| ||| | ||| | | |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  1071888 ggagttggatttagtggagcacctatggagattattacgtcaagtgttatagctacaacacctgtgatcaattcaaatgaagtttatttcacatatagtc 1071987  T
Q  105 ttgtaaacaagagtaatgtttcaataacttatttgaaccaaacgcttagtcttcacgaacgcattatatggagtccagaggacaatacttggagtggtat 204  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| | |||    
T  1071988 ttgtaaacaagagtatggtttcaataacttatttgaaccaaacgcttagtcttcatgaacgcgttatatggagtccagaggacaacacttggagcgatat 1072087  T
Q  205 tgagtcagtaccaaaagataattgtgatgtctataatcattgtgggccttatggaaattgcatttataacccgtctccaatatgtcaatgtttagatggg 304  Q
    | |||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  1072088 tcagtcagtaccaaaaaatgattgtgatgtctataatcgttgcggcccttatggaaattgcattcataacccgtctccaatttgccaatgtttagatggg 1072187  T
Q  305 tttgagcctaaattgccacaaaattgggacgcatcaaattggacagaaggatgtgtgcgcaaaggcgaagaaacatggaattgtggtgtgaatgatggtt 404  Q
    |||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  1072188 tttgagcctaaatcaccacaaaattggtacgcatcaaattggacacaaggatgtgtgcgcaaaggtgaagaaacatggaattgtggtgtgaatgatcgtt 1072287  T
Q  405 tt 406  Q
    ||    
T  1072288 tt 1072289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 5 - 407
Target Start/End: Original strand, 1087549 - 1087951
Alignment:
Q  5 ggagttggatttagtggagcgcctatggagattgttacatcaactgttgtagttgcaagatccgtgaacaattcaaatgaagtttattacacatatagtc 104  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||| ||||||| || |||  || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1087549 ggagttggatttagtggagcacctgtggagattgttacttcaattgttgtaattacaacgtcggtgaacaattcaaatgaagtttattacatatatagtc 1087648  T
Q  105 ttgtaaacaagagtaatgtttcaataacttatttgaaccaaacgcttagtcttcacgaacgcattatatggagtccagaggacaatacttggagtggtat 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| || ||||||  |||  |||| |||||| ||| |||||||||||| |||    
T  1087649 ttgtaaacaagagtaatgtttcaataacttatttgaaccaaacaactagtcatcgcgaacgtgttaattggattccagaagacgatacttggagtgttat 1087748  T
Q  205 tgagtcagtaccaaaagataattgtgatgtctataatcattgtgggccttatggaaattgcatttataacccgtctccaatatgtcaatgtttagatggg 304  Q
    ||||||  | ||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| || |||||  ||||||||| || |||||||||||||||    
T  1087749 tgagtcgttgccaaaagatgattgtgatgtctataatcgttgtggcccttatggaaattgcgttcataacgagtctccaatttgccaatgtttagatggg 1087848  T
Q  305 tttgagcctaaattgccacaaaattgggacgcatcaaattggacagaaggatgtgtgcgcaaaggcgaagaaacatggaattgtggtgtgaatgatggtt 404  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||   ||||  ||||| ||||||||| |||    
T  1087849 tttgagcctaaatcgccaaaaaattgggacgcatcaaattggacacaaggatgtgtgcgcaaaggtgacgaagattggagatgtggagtgaatgatagtt 1087948  T
Q  405 ttg 407  Q
    |||    
T  1087949 ttg 1087951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 68 - 408
Target Start/End: Original strand, 1104165 - 1104505
Alignment:
Q  68 gtgaacaattcaaatgaagtttattacacatatagtcttgtaaacaagagtaatgtttcaataacttatttgaaccaaacgcttagtcttcacgaacgca 167  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||      |   ||||||    
T  1104165 gtgaacaatacaaatgaagtttactacacatatagtcttgtaaacaagagtaatgtttcaataacttatttgaaccaaacacttgagaagcgtcaacgca 1104264  T
Q  168 ttatatggagtccagaggacaatacttggagtggtattgagtcagtaccaaaagataattgtgatgtctataatcattgtgggccttatggaaattgcat 267  Q
    ||| ||||| |||||| || |||  |||||| | |  ||||  |||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||| || ||    
T  1104265 ttacatggattccagaagataatgattggagggtttatgaggaagtaccaagagatgattgtgatgcctataatccttgtggaccttatggaaaatgtat 1104364  T
Q  268 ttataacccgtctccaatatgtcaatgtttagatgggtttgagcctaaattgccacaaaattgggacgcatcaaattggacagaaggatgtgtgcgcaaa 367  Q
    |  |||   ||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||  ||||||||| ||||||||||||| |||    
T  1104365 tcctaatgagtctccaatttgtcaatgtttagaagggtttgaacctaaatcgccacaaaattgggacacatttaattggacacaaggatgtgtgcgaaaa 1104464  T
Q  368 ggcgaagaaacatggaattgtggtgtgaatgatggttttgg 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1104465 ggcgaagaaacatggaattgtggtgtgaatgatggttttgg 1104505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University