View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14581_low_1 (Length: 1198)

Name: NF14581_low_1
Description: NF14581
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14581_low_1
NF14581_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-1194)||(37444459-37445637)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 1059; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 1059; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1194
Target Start/End: Complemental strand, 37445637 - 37444459
Alignment:
Q  1 tagaagaaattaagaaagttgagaagttgaaggctgttcattttccaatgtatatgctcatcattgggttttttaaggtatatattactgtactaactat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37445637 tagaagaaattaagaaagttgagaagttgaaggctgttcattttccaatgtatatgctcatcattgggttttttaaggtatatattactgtactaactat 37445538  T
Q  101 tacttctagtatataatatttgacttgtataatagtcaaattaattaagtatttctaaaaaccccacaatattcgaggttttttattatataataaaata 200  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37445537 tactactagtatataatatttgacttgtataatagtcaaattaattaagtgtttctaaaaatcccaaaatattcgaggttttttattatataataaaata 37445438  T
Q  201 tttgtctcatattacatgctgcgcatgcagattgaggctaaatatcctgcggatttggtagctaagttttattatgctaaacgaaaattggtgtgggaga 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37445437 tttgtctcatattacatgctgcgcatgcagattgaggctaaatatcctgcggatttggtagctaagttttattatgctaaacgaaaattggtgtgggaga 37445338  T
Q  301 tattgcgtgagtgcttaaaggaaaagattgaaatacattggcaaaacatttcagccattcgagctgttcttgaggataatttacctggtattcttgaaat 400  Q
    ||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  37445337 tattgcgtgatggtttaaaggaaaagattgaaatacattggcaaaacatttcagccattcgagctgttcttgaggataatttacccggtattcttgaaat 37445238  T
Q  401 tgaggtacttctttctttaataaatagtcnnnnnnnacactgtgataagctatgcagacacattcacattaagaaaactatgtatagatgttaattttca 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37445237 tgaggtacttctttctttaataaatagtctttttttacactgtgataagctatgcagacacattcacatcaagaaaactatgtatagatgttaattttca 37445138  T
Q  501 ttggatttgttttttacagctagacaaagttccatccttctttcgtgagatagaaccaaagcctggaaagcatactgtgtggaccttatctcaagacttc 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37445137 ttggatttgttttttacagctagacaaagttccatccttctttcgtgagatagaaccaaagcctggaaagcatactgtgtggaccttatctcaagacttc 37445038  T
Q  601 actcatggtcaagcttctaaataccggtatgtatttctttttaaccacattattacactttcatctttttacttttggatgaaaacacacaaatagattc 700  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37445037 actcatggtcaagcttccaaataccggtatgtatttctttttaaccacattattacactttcatctttttacttttggatgaaaacacacaaatagattc 37444938  T
Q  701 attcaatcatattcagcttgattgtatttatagttatagtacatacaatatatcattttgtcattgatggcaaatatttctttctactcaggaggcacta 800  Q
    |||||||||||||||||||||||               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37444937 attcaatcatattcagcttgatt---------------gtacatacaatatatcattttgtcattgatggcaaatatttctttctactcaggaggcacta 37444853  T
Q  801 tcttcaattccctccgggagctcttgaccaatactacgcaaagctcttgcaatgtgataatcgattgttggaattgagtcagagaccatttcctagttca 900  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37444852 tcttcaattccctccgggagctcttgaccaatactacgcaaagctcttgcaatgtgataatcgattgatggaattgagtcagagaccatttcctagttca 37444753  T
Q  901 catgctatttattttgattcacatttagatcagagaacaacacaacttaattttagtcattattcagaaacttcctcggttatggaccaacaaattcaac 1000  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  37444752 catgctatttattttgattcacatttagatcagaggacaacacaacttaattttagtcattattcagaaacctccttggttatggaccaacaaattcaac 37444653  T
Q  1001 aatttggcacattgcatctaatttcaaattataacaacccaacttcaggtagcaaaaatttccattagttatagtattccataataatacatgtgtgctc 1100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37444652 aatttggcacattgcctctaatttcaaattataacaacccaacttcaggtagcaaaaatttccattagttatagtattccataataatacatgtgtgctc 37444553  T
Q  1101 atcacaacaacattagcacttctaacataaaaaacatcatatgttatagatgagtcgatcaacaatcaaatgcttcaagatctgatgatgtcca 1194  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  37444552 atcacaacaacattagcacttctaacataaaaaacatcatatgttatagatgagtcgatcaacaatcaaatgcttcaagatccgatgatgtcca 37444459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University