View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14586_low_1 (Length: 708)

Name: NF14586_low_1
Description: NF14586
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14586_low_1
NF14586_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (13-692)||(38659375-38660056)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 659; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 659; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 692
Target Start/End: Complemental strand, 38660056 - 38659375
Alignment:
Q  13 gaaatgaagtaagaaaatataaagagaataatagtgttaaaataggagagtgcttcattttaaatatagtttctactaaaaattaggaaaaat--gagat 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  38660056 gaaatgaagtaagaaaatataaagagaataatagtgttaaaataggagagtgcttcattttaaatatagtttctactaaaaattaggaaaaatatgagat 38659957  T
Q  111 acaaattaattggcttagtgagtgtcaagtgtaaaaacaactagatgaaaggaataaagtcacaaatagtaacctttagtttgaggaagttgaaagaaaa 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38659956 acaaattaattggcttagtgagtgtcaagtgtaaaaacaactagatgaaaggaataaagtcacaaatagtaacctttagtttgaggaagttgaaagaaaa 38659857  T
Q  211 accaaaggagattctactttctatgttcaagtgactaggagcactagtagactatagaacacacaagttgcaattgagttataaggtaatggaactggat 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38659856 accaaaggagattctactttctatgttcaagtgactaggagcactagtacactatagaacacacaagttgcaattgagttataaggtaatggaactggat 38659757  T
Q  311 ggaatggaatacatgcagaataagaaaggttgtgttactatatataataacaagttgtatagtggagaatgtggtaagtttttatatgaatattaccaaa 410  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38659756 ggaatgaaatacatgcagaataagaaaggttgtgttactatatataataacaagttgtatagtggagaatgtggtaagtttttatatgaatattaccaaa 38659657  T
Q  411 ttttataatgggtttagaagtgggaaccgacaaatatacctcatagacattgggttttcttttgaggttgtggagtctgcatttggcaattttgaaaaga 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38659656 ttttataatgggtttagaagtgggaaccgacaaatatacctcatagacattgggttttcttttgaggttgtggagtctgcatttggcaattttgaaaaga 38659557  T
Q  511 gcaaaacggaataaccacacaagtcaggctggttagtggactagcctatcatgttcttcccataactatataatatacttatctttttgttctgtctcta 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38659556 gcaaaacggaataaccacacaagtcaggctggttagtggactagcctatcatgttcttcccataactatataatatacttatctttttgttctgtctcta 38659457  T
Q  611 ctatagcaaatttgtaaaggataatatgttttaaggctacaagaataaaacaaaatcaagtattttttatatgtgttgataa 692  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  38659456 ctatagcaaatttgtaaaggataatatgttttaaggctacaagaataaaacaaaatgaagtattttttatatgtgttgataa 38659375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University