View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14586_low_5 (Length: 513)

Name: NF14586_low_5
Description: NF14586
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14586_low_5
NF14586_low_5
[»] chr5 (17 HSPs)
chr5 (13-494)||(9305519-9306000)
chr5 (20-494)||(9352048-9352518)
chr5 (63-494)||(9301901-9302326)
chr5 (63-494)||(9367149-9367572)
chr5 (20-494)||(9332320-9332805)
chr5 (63-494)||(9288550-9288961)
chr5 (58-258)||(9293287-9293487)
chr5 (63-256)||(9297896-9298089)
chr5 (63-256)||(9373067-9373260)
chr5 (325-494)||(9293079-9293247)
chr5 (315-494)||(9297686-9297867)
chr5 (98-494)||(9309552-9309948)
chr5 (390-494)||(9373374-9373478)
chr5 (98-495)||(9355958-9356357)
chr5 (98-380)||(9348588-9348870)
chr5 (430-494)||(9348910-9348974)
chr5 (20-56)||(9367095-9367131)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 441; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 441; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 9306000 - 9305519
Alignment:
Q  13 agcatagggaggcaagctaattgatgactaatgaggttttctaactgaaaacatgccagctatattcatcatgaacctcatactcatttcaatatcataa 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9306000 agcatagggaggcaagctaattgatgactaatgaggttttctaactgaaaacatgccagctatattcatcatgaacctcaaactcatttcaatatcataa 9305901  T
Q  113 gcatcttgcagaatatcacatgcagtatcattaataaattcacaatgttggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaagggaaattcatgtaggcc 212  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9305900 gcatcttgcaaaatatcacatgcagtatcattaataaattcacaatgttggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaagggaaattcatgtaggcc 9305801  T
Q  213 ccacatgctctacaccatcactaacaagtgctgtatattttattaaaaatcattatcatatgaatttaataattatccaccaatcaatatgatgaataca 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9305800 ccacatgctctacaccatcactaacaagtgctgtatattttattaaaaatcattatcatatgaatttaataattatccaccaatcaatatgatgaataca 9305701  T
Q  313 tcttatataaatagagtcaagaccttggtaacataacacaaacatttagctttacaattatcttagaagnnnnnnngaacaaacaacaaattaaagagaa 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       | ||||||||||||||||||||||    
T  9305700 tcttatataaatagagtcaagaccttggtaacataacacaaacatttagctttacaattatcttagaagaaaaaaagtacaaacaacaaattaaagagaa 9305601  T
Q  413 atatggcaagcaacaattaccatgttcgctcaaacagttttccttctcaatcacatccaaactccacaagaatagaacaaga 494  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9305600 atatggcaagcaacaattaccatgttcgctcaaacagttttccttctcaatctcatcctaactccacaagaatagaacaaga 9305519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 20 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 9352518 - 9352048
Alignment:
Q  20 ggaggcaagctaattgatgactaatgaggttttctaactgaaaacatgccagctatattcatcatgaacctcatactcatttcaatatcataagcatctt 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9352518 ggaggcaagctaattgatgactaatgaggttttctaactgaaaacatgccagctatattcatcatgaacctcaaactcatttcaatatcataagcatctt 9352419  T
Q  120 gcagaatatcacatgcagtatcattaataaattcacaatgttggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaagggaaattcatgtaggccccacatg 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||| |||||  || ||||| |||| |||||||    
T  9352418 gcagaatatcacatgcagtatcattcacatattcacaatgttgggaaaacatgtaacaagcttaccatatttaaagg--aaatcatgcaggcaccacatg 9352321  T
Q  220 ctctacaccatcactaacaagtgctgtatattttattaaaaatcattatcatatgaatttaataattatccaccaatcaatatgatgaatacatcttata 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||    
T  9352320 ctctacaccatcactaacaagtgctgtttattttatt-aatttcattatcatatgaatttaataattatcaaccaatcaatatgacgaatacctcttata 9352222  T
Q  320 taaatagag--tcaagaccttggtaacataacacaaacatttagctttacaattatcttagaagnnnnnnngaacaaacaacaaattaaagagaaatatg 417  Q
    |||||||||  |||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||   |||||||||         |||| ||||||||||||||| |||||||    
T  9352221 taaatagagattcaagaacttggtaacatcacacaaacattgagctttaca---atcttagaaaagaaaaataacacacaacaaattaaagacaaatatg 9352125  T
Q  418 gcaagcaacaattaccatgttcgctcaaacagttttccttctcaatcacatccaaactccacaagaatagaacaaga 494  Q
    |||| || ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9352124 gcaaacaccaagtatcatgttcgctcaaacagttttccttctcaatcacatcccaactccacaagaatagaacaaga 9352048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 63 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 9302326 - 9301901
Alignment:
Q  63 acatgccagctatattcatcatgaacctcatactcatttcaatatcataagcatcttgcagaatatcacatgcagtatcattaataaattcacaatgttg 162  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | | |||||||||||||    
T  9302326 acatgccagctatattcatcatgcacctcaaactcatttcaatatcataagcatcttgcagaatatcacatgcaatatcattcacatattcacaatgttg 9302227  T
Q  163 gactaacatgtaacaagcttaccatattcaaagggaaattcatgtaggccccacatgctctacaccatcactaacaagtgctgtatattttattaaaaat 262  Q
         ||||  ||||||||||||||||| |||||||||| | || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||   |    
T  9302226 -----acatcaaacaagcttaccatatttaaagggaaatcc-tgcaggcaccacatgctctacaccatcactaacaagtgctgcatattttattaatt-t 9302134  T
Q  263 cattatcatatgaatttaataattatccaccaatcaatatgatgaatacatcttatataaata--gagtcaagaccttggtaacataacacaaacattta 360  Q
    |||||| |||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| |||||||| | ||    
T  9302133 cattattatatcaatttaacaattatcaaccaatcaatatgatgaatacctcttatataaatagggagtcaagaacttggtaacatcacacaaacttcta 9302034  T
Q  361 gctttacaattatcttagaagnnnnnnngaacaaacaacaaatt-aaagag----aaatatggcaagcaacaattaccatgttcgctcaaacagttttcc 455  Q
    ||||| ||| |||||||||||        || ||| |||||||| ||||||     || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9302033 gcttttcaactatcttagaagaa------aaaaaagaacaaattaaaagagcagttaagatggcaagcaacaattaccatgttcgctcaaacagttttcc 9301940  T
Q  456 ttctcaatcacatccaaactccacaagaatagaacaaga 494  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||| ||| ||||    
T  9301939 ttctcaatctcatccaaactccactagaattgaaaaaga 9301901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 63 - 494
Target Start/End: Original strand, 9367149 - 9367572
Alignment:
Q  63 acatgccagctatattcatcatgaacctcatactcatttcaatatcataagcatcttgcagaatatcacatgcagtatcattaataaattcacaatgttg 162  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||| |||||||| ||||||||        |||||| || |||||||  ||||||| | | |||||||||||||    
T  9367149 acatgccagctatattcatcgtgcacctcaaactcattttaatatcat--------tgcagattaacacatgctatatcattcaaatattcacaatgttg 9367240  T
Q  163 gactaacatgtaacaagcttaccatattcaaagggaaattcatgtaggccccacatgctctacaccatcactaacaagtgctgtatattttattaaaaat 262  Q
    |   ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||| |||||||||||||||||||||  |||||||||  ||||||||||||   |    
T  9367241 ggaaaacatctaacaagcttaccatattcaaaggggaat-catgcaggcaccacatgctctacaccatcaccgacaagtgcttcatattttattaatt-t 9367338  T
Q  263 cattatcatatgaatttaataattatccaccaatcaatatgatgaatacatcttatataaatagag--tcaagaccttggtaacataacacaaacattta 360  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||| ||||||||||| |||||||| |  |    
T  9367339 cattatcatatgaatttaataattctcaaccaatcaatatgatgaatacctcttatataaatagagagtcaagaacttggtaacatcacacaaacttaga 9367438  T
Q  361 gctttacaattatcttagaagnnnnnnngaacaaacaacaaattaaagagaaatatggcaagcaacaattaccatgttcgctcaaacagttttccttctc 460  Q
    |||||| ||||||||||||||       |||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9367439 gctttataattatcttagaagaaaaaaagaacaaactataatttaaagagaaatatggcaagcaacaattaccatgttcgctcaaacagttttccttctc 9367538  T
Q  461 aatcacatccaaactccacaagaatagaacaaga 494  Q
    |||| ||||| ||  || ||||| ||||||||||    
T  9367539 aatctcatcctaatacctcaagattagaacaaga 9367572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 20 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 9332805 - 9332320
Alignment:
Q  20 ggaggcaagctaattgatgactaatgaggttttctaactg-----------aaaacatgccagctatattcatcatgaacctcatactcatttcaatatc 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||           || ||||||||||||||||||||||| | |||| | |||||| ||||||    
T  9332805 ggaggcaagctaattgatgactaatgaggttttctgattgccaacactaggaagacatgccagctatattcatcatgcatctcaaattcattttaatatc 9332706  T
Q  109 ataagcatcttgcagaatatcacatgcagtatcattaataaattcacaatgttggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaagggaaattcatgta 208  Q
    ||| |||||||||| |||| |||||||  || |||| | | |||||||||| |||   ||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||| |||  |    
T  9332705 ata-gcatcttgcataataccacatgcgataccattcacatattcacaatgctgggaaaacatctaacaaggttactatattcaaaaggaaat-cataca 9332608  T
Q  209 ggccccacatgctctacaccatcactaacaagtgctgtatattttattaaaa-atcattatcatatgaatttaataattatccaccaatcaatatgatga 307  Q
    ||| |||||||||||| |||||||  ||||||| ||| ||||||||| ||   || || || ||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||    
T  9332607 ggcaccacatgctctaaaccatcatcaacaagtactgcatattttatcaacttattat-attatatgaattaaataattatcaaccaatcaatatgacga 9332509  T
Q  308 atacatcttatataaatagag--tcaagaccttggtaacataacacaaacatttagctttacaattatcttagaagnnnnnnngaacaaacaacaaatta 405  Q
    |||| ||||||||||||||||  |||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||         |||| ||| |||||||    
T  9332508 atacctcttatataaatagagcatcaagaacttggtaacatcacacaaacattgagctttacaattatcttagaaaagaaaaataacacacagcaaatta 9332409  T
Q  406 aagagaaatatggcaagcaacaattaccatgttcgctcaaacagttttccttctcaatcacatccaaactccacaagaatagaacaaga 494  Q
    |||| ||||||||||| || ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9332408 aagaaaaatatggcaaacaccaagtatcatgttcgctcaaacagttttccttctcaatcacatcccaactccacaagaatagaacaaga 9332320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 63 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 9288961 - 9288550
Alignment:
Q  63 acatgccagctatattcatcatgaacctcatactcatttcaatat-cataagcatcttgcagaatatcacatgcagtatcattaataaattcacaatgtt 161  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  9288961 acatgccagctatattcatcatgcatctcaaactcatttcaatattcata-gcatcttgcagaataacacatgcagtatcattaataaattctcaatgtt 9288863  T
Q  162 ggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaagggaaattcatgtaggccccacatgctctacaccatcactaacaagtgctgtatattttattaaaaa 261  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||| |||||||||||||||||||  |||||| |||||| ||||||||| ||      
T  9288862 ggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaatggcaatttatgtaggcaccacatgctctacaccatccttaacaactgctgtctattttatt-aatt 9288764  T
Q  262 tcattatcatatgaatttaataattatccaccaatcaatatgatgaatacatcttatataa--atagagtcaagaccttggtaacataacacaaacattt 359  Q
    |  |||| |||||||  ||||||||||    ||| |||||| |||| ||  ||||||||||  | |||||||||  |||||||| || |  |||||||      
T  9288763 ttgttattatatgaacataataattat----caaccaatatcatgattagctcttatataaagagagagtcaagcacttggtaatatcaagcaaacatcg 9288668  T
Q  360 agctttacaattatcttagaagnnnnnnngaacaaacaacaaattaaagagaaatatggcaagcaacaattaccatgttcgctcaaacagttttccttct 459  Q
    ||||||||||         ||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9288667 agctttacaa---------aa--------gaacaaacaacaaattaaagagaaatatggcaagcaacaattaccatgttcgctcaaacagttttccttct 9288585  T
Q  460 caatcacatccaaactccacaagaatagaacaaga 494  Q
    ||||| ||||| ||| || |||||||||| |||||    
T  9288584 caatctcatcctaacacctcaagaatagatcaaga 9288550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 138; E-Value: 6e-72
Query Start/End: Original strand, 58 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 9293487 - 9293287
Alignment:
Q  58 tgaaaacatgccagctatattcatcatgaacctcatactcatttcaatat-cataagcatcttgcagaatatcacatgcagtatcattaataaattcaca 156  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||| |||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  9293487 tgaagacatgccagctatattcatcatgcacctcaaactcatttcaatattcata-gcatctagcagaataacacatgcagtctcattaataaattcaca 9293389  T
Q  157 atgttggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaagggaaattcatgtaggccccacatgctctacaccatcactaacaagtgctgtatattttatt 256  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||    
T  9293388 atgttggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaatggcaattcatgtaggcaccacatgctctacaccatcattaacaactgctgtctattttatt 9293289  T
Q  257 aa 258  Q
    ||    
T  9293288 aa 9293287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 126; E-Value: 9e-65
Query Start/End: Original strand, 63 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 9298089 - 9297896
Alignment:
Q  63 acatgccagctatattcatcatgaacctcatactcatttcaatatcataagcatcttgcagaatatcacatgcagtatcattaataaattcacaatgttg 162  Q
    ||||| ||||||||||||||||| | |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9298089 acatggcagctatattcatcatgcatctcaaactcattttaatatcataagcatcttgcagaataacacatgcagtatcattaatatattcacaatgttg 9297990  T
Q  163 gactaacatgtaacaagcttaccatattcaaagggaaattcatgtaggccccacatgctctacaccatcactaacaagtgctgtatattttatt 256  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | | | |||||||||| ||||||||  |||||| ||||| ||||||||||    
T  9297989 gactaacatgtaacaagcttaccatattcaaagggaaatccatattgacaccacatgctcaacaccatccttaacaactgctgcatattttatt 9297896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 63 - 256
Target Start/End: Original strand, 9373067 - 9373260
Alignment:
Q  63 acatgccagctatattcatcatgaacctcatactcatttcaatat-cataagcatcttgcagaatatcacatgcagtatcattaataaattcacaatgtt 161  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||| ||||| |||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9373067 acatgccagctatattcatcatgcatctcaaactcattttaatattcatg-gcatcttgcagaataacacatgcagtatcattaataaattcacaatgtt 9373165  T
Q  162 ggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaagggaaattcatgtaggccccacatgctctacaccatcactaacaagtgctgtatattttatt 256  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||| |||  | |||||||||    
T  9373166 ggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaaggaaaattcatgtaggcaccacatgctctactccatcattaacaactgccctctattttatt 9373260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 325 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 9293247 - 9293079
Alignment:
Q  325 agagtcaagaccttggtaacataacacaaacatttagctttacaattatcttagaagnnnnnnngaacaaacaacaaattaaagagaaatatggcaagca 424  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9293247 agagtcaagaacttggtaacatcacacaaacattaagctttacaattatcttagaagaaaaaat-aacaaacaacaaattaaagagaaatatggcaagca 9293149  T
Q  425 acaattaccatgttcgctcaaacagttttccttctcaatcacatccaaactccacaagaatagaacaaga 494  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9293148 acaattaccacgttcgctcaaacagttttccttctcaatctcatcctaactccacaagaatagaacaaga 9293079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 315 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 9297867 - 9297686
Alignment:
Q  315 ttatataaatagagtcaagaccttggtaacataacacaaacatttagctttacaattatcttagaagnnnnnnnga--acaaacaacaaattaaagagaa 412  Q
    ||||||||| |||||||||  |||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||        |  |||||| |||| ||||||||||    
T  9297867 ttatataaagagagtcaagcacttgttaacatcacacaaacattgagctttacaattatcttagaagaaaaaaaaataacaaactacaatttaaagagaa 9297768  T
Q  413 atatggcaagcaacaattaccatgttcgctcaaacagttttccttctcaatcacatccaaactccacaagaatagaacaaga 494  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9297767 atatggcaagcaacaagtaccatgttcgctcaaacagttttccttctcaatctcatcctaactccacaagaatagaacaaga 9297686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 98 - 494
Target Start/End: Original strand, 9309552 - 9309948
Alignment:
Q  98 atttcaatatcataagcatcttgcagaatatcacatgcagtatcattaataaattcacaatgttggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaaggg 197  Q
    |||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||    |  | | |||||||||||||||||||||||    
T  9309552 atttcaatatcaga-gcatcttgcagagtatcacatgcaatatcattaacatattcacaatgttgggtagaggtatgacaagcttaccatattcaaaggg 9309650  T
Q  198 aaattcatgtaggccccacatgctctacaccatcactaacaagtgctgtatattttattaaaaatcattatcatatgaatttaataattatccaccaatc 297  Q
    |||| |||| |||| |||||||||||| ||||| | ||||||||| |   |||||||||||    | |||| ||||||| |||||||| | | ||||||     
T  9309651 aaatccatgcaggcaccacatgctctaaaccatgattaacaagtgataactattttattaatttac-ttattatatgaaattaataatcagcaaccaata 9309749  T
Q  298 aatatgatgaatacatcttatataaatagagtcaagaccttggtaacataacacaaacatttagctttacaattatcttagaagnnnnnnngaa-caaac 396  Q
       || ||||||   ||||||||||| ||||||| || ||||| ||||  ||||||||||| |||||||||||| ||||||||        ||| |||||    
T  9309750 tcgatcatgaatggctcttatataaagagagtcaggaacttgggaacaccacacaaacattgagctttacaattttcttagaactaaaaaagaaacaaac 9309849  T
Q  397 aacaaattaaagagaaat----atggcaagcaacaattaccatgttcgctcaaacagttttccttctcaatcacatccaaactccacaagaatagaacaa 492  Q
    |||||||||| |||||||    ||| |||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||| ||||||    
T  9309850 aacaaattaaggagaaattaagatgtcaagcaaa---taccatgttcgctcaaacagttttccttctcaatctcatccaagctccactagaattgaacaa 9309946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 390 - 494
Target Start/End: Original strand, 9373374 - 9373478
Alignment:
Q  390 aacaaacaacaaattaaagagaaatatggcaagcaacaattaccatgttcgctcaaacagttttccttctcaatcacatccaaactccacaagaatagaa 489  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  9373374 aacaaacaacagattaaagagaaatatggcaagcaacaagtaccatgttcgctcaaacagttttccttctcaatctcatcctaactccacaagaatagaa 9373473  T
Q  490 caaga 494  Q
    |||||    
T  9373474 caaga 9373478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 98 - 495
Target Start/End: Original strand, 9355958 - 9356357
Alignment:
Q  98 atttcaatatcataagcatcttgcagaatatcacatgcagtatcattaataaattcacaatgttggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaaggg 197  Q
    |||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||    | || | |||| ||||||||||||||| ||    
T  9355958 atttcaatatcaga-gcatcttgcagagtatcacatgcaatatcattaacatattcacaatgttgggtagagatatgacaaccttaccatattcaaatgg 9356056  T
Q  198 aaattcatgtaggccccacatgctctacaccatcactaacaagtgctgtatattttattaaaaatcattatcatatgaatttaataattatccaccaatc 297  Q
    ||||||||| || |  ||||||||||| ||||| | ||||||||| |   |||||||| ||   || |||| ||||||| |||||||| | | ||||||     
T  9356057 aaattcatgcagccagcacatgctctaaaccatgattaacaagtgatacctattttatcaatt-tccttattatatgaaattaataatcagcaaccaata 9356155  T
Q  298 aatatgatgaatacatcttatataaatagag--tcaagaccttggtaacataacacaaacatttagctttacaattatcttagaagnnnnnnngaa-caa 394  Q
       || ||||||   ||||||||||| ||||  ||| |  ||||||||||  ||||||||||| |||||||| ||| ||||||||        ||| |||    
T  9356156 tcaatcatgaatggctcttatataaagagagagtcaggcacttggtaacaccacacaaacattgagctttaccattttcttagaactaaaaaagaaacaa 9356255  T
Q  395 acaacaaattaaagagaaat----atggcaagcaacaattaccatgttcgctcaaacagttttccttctcaatcacatccaaactccacaagaatagaac 490  Q
    |||||||||||||||| |||    |||||||||||    ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||    
T  9356256 acaacaaattaaagagcaattaagatggcaagcaaa---taccatgttcgctcaaatagctttccttctcaatcccatccaagctccacaagaattgaac 9356352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 98 - 380
Target Start/End: Original strand, 9348588 - 9348870
Alignment:
Q  98 atttcaatatcataagcatcttgcagaatatcacatgcagtatcattaataaattcacaatgttggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaaggg 197  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||    | || | |||| ||||||||||||||| ||    
T  9348588 atttcaatatcata-gcatcttgcagagtatcacatgcaatatcattaacatattcacaatgttgggtagagatatgacaaccttaccatattcaaatgg 9348686  T
Q  198 aaattcatgtaggccccacatgctctacaccatcactaacaagtgctgtatattttattaaaaatcattatcatatgaatttaataattatccaccaatc 297  Q
    ||||||||| || |  ||||||||||| ||||| | ||||||||| |   ||||||| | ||  || |||| ||||||  |||||||| | | ||||||     
T  9348687 aaattcatgcagccagcacatgctctaaaccatgattaacaagtgatacctatttta-tcaatttccttattatatgagattaataatcagctaccaata 9348785  T
Q  298 aatatgatgaatacatcttatataa--atagagtcaagaccttggtaacataacacaaacatttagctttacaattatcttagaa 380  Q
       || ||||||  |||||||||||  | ||||| | || |||||||||| |||||||||||| |||||||| | | ||||||||    
T  9348786 tcaatcatgaatggatcttatataaagagagagtaaggaacttggtaacacaacacaaacattgagctttaccaatttcttagaa 9348870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 430 - 494
Target Start/End: Original strand, 9348910 - 9348974
Alignment:
Q  430 taccatgttcgctcaaacagttttccttctcaatcacatccaaactccacaagaatagaacaaga 494  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||| | ||||| ||||||||    
T  9348910 taccatgttcgctcaaatagttttccttctcaatctcatccaagctcctctagaattgaacaaga 9348974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 20 - 56
Target Start/End: Original strand, 9367095 - 9367131
Alignment:
Q  20 ggaggcaagctaattgatgactaatgaggttttctaa 56  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9367095 ggaggcaagctaattggtgactaatgaggttttctaa 9367131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University