View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1458_high_5 (Length: 479)

Name: NF1458_high_5
Description: NF1458
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1458_high_5
NF1458_high_5
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (34-463)||(4009025-4009454)
chr4 (43-464)||(3956153-3956574)
chr4 (40-464)||(3800609-3801045)
chr4 (44-464)||(3920409-3920833)
chr4 (44-464)||(3933633-3934054)
chr4 (44-464)||(3986022-3986454)
chr4 (43-464)||(4024257-4024691)
chr4 (45-439)||(4001320-4001740)
chr4 (229-457)||(3809237-3809465)
chr4 (229-464)||(3816823-3817055)
chr4 (262-464)||(4217897-4218099)
chr4 (44-173)||(4217653-4217782)
chr4 (268-464)||(4017980-4018176)
chr4 (229-448)||(3963948-3964164)
chr4 (44-111)||(3809046-3809113)
chr4 (58-111)||(3816640-3816694)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (38-464)||(13396981-13397406)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (229-408)||(7074735-7074914)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 342; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 34 - 463
Target Start/End: Original strand, 4009025 - 4009454
Alignment:
Q  34 ttccatcatgaaaatccaaaaattgcaggttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaacttcagcttcctgattgctgacaagtctacacgtatgct 133  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4009025 ttccaccatgaaaatccaaaaatagcaggttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaacttcagcttcctgatcgctgacaagtctacacgtatgct 4009124  T
Q  134 tctaatagcatcagtgccctgccattgatgtaaaagaaaatcaaaatattttttaccaaaattacaaatgttatctaaaatcgccaaatatattatacct 233  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  4009125 tctaataacatcagtgccctgccattaatgtaaaagaaaatcaaaatactttttaccaaaatgacaaatgttatctaaaattgccaaatatattttacct 4009224  T
Q  234 tgtcgtttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataatcgactgcattttctagggtcttcactggattcttgacgaacaacctcccgacccat 333  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4009225 tgtcgtttttcaatacatcatagataatatcaggatcccatagttgactgcattttataggatcttcactagattcttaacgaacaacctcccgacccat 4009324  T
Q  334 ttcttgtagaatgtcatgcatggatataacattatcttcagaaattgttataagagctttatctttcaacctttctaacccaacaaccactgaattatca 433  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||| |||||||    
T  4009325 ttcttgtagaatgtcatgcatagatattacattatcttcagaaattgttataagagctttatcttttaacctttctaacccaatagccactgcattatca 4009424  T
Q  434 ctttcaaaacctttcaataaaagtttcatg 463  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4009425 ctttcaaaatctttcaataaaagtttcatg 4009454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 43 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 3956574 - 3956153
Alignment:
Q  43 gaaaatccaaaaattgcaggttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaacttcagcttcctgattgctgacaagtctacacgtatgcttctaatagc 142  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||| |||||  ||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  3956574 gaaaatccaaaaactgcaggttggtcatcttatcaaatacattggggcttaacttcagtttcctacttgctgacaagtctagacttatgcttctaatagc 3956475  T
Q  143 atcagtgccctgccattgatgtaaaagaaaatcaaaatattttttaccaaaattacaaatgttatctaaaatcgccaaatatattataccttgtcgtttt 242  Q
    |||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||  |||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||| ||||    
T  3956474 atcagtaccctgtcattaatgtaaaagaaaatcaaaatatttttcaccagaaagacaaatgttatctaaaattgccaaatattttttaccttgtcatttt 3956375  T
Q  243 tcaatacatcatagataatatcaggatcccataatcgactgcattttctagggtcttcactggattcttgacgaacaacctcccgacccatttcttgtag 342  Q
    |||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3956374 tcaatacatcatagataatatcaggattggataatcgactgcattttctagggtcttcactggattcttggcgaacaacctcccgacccatttcttgtag 3956275  T
Q  343 aatgtcatgcatggatataacattatcttcagaaattgttataagagctttatctttcaacctttctaacccaacaaccactgaattatcactttcaaaa 442  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  3956274 aatgtcatgcatggatataacattatcttcagaaattgttataagagatttatctttcaacctttctaaaccaacagccactgcattatcactttcaaaa 3956175  T
Q  443 cctttcaataaaagtttcatgt 464  Q
     |||||||||||||||||||||    
T  3956174 tctttcaataaaagtttcatgt 3956153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 40 - 464
Target Start/End: Original strand, 3800609 - 3801045
Alignment:
Q  40 catgaaaatccaaaaattgcaggttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaacttcagcttcctgattgctgacaagtctacacgtatgcttctaat 139  Q
    |||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||    
T  3800609 catgaaaatccaaatatcgcaagttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaacttcagcttcctaaatgatgacaagtctacacgtatgcttctaat 3800708  T
Q  140 agcatcagtgccctgccattgatgtaaaagaaaa-----------tcaaa---atattttttaccaaaattacaaatgttatctaaaatcgccaaatata 225  Q
    ||||||||| |||| ||||| | |||||||||||           | |||   |||||||| |||||||| ||| ||||||||| |||| |||||||||     
T  3800709 agcatcagtaccctaccattaacgtaaaagaaaaatttcaatcattgaaagccatatttttaaccaaaataacatatgttatctgaaatagccaaatatt 3800808  T
Q  226 ttataccttgtcgtttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataatcgactgcattttctagggtcttcactggattcttgacgaacaacctcc 325  Q
    || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||    
T  3800809 ttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataaatgactgcattttctagggtcttcactatattcttggcgaacaacctcc 3800908  T
Q  326 cgacccatttcttgtagaatgtcatgcatggatataacattatcttcagaaattgttataagagctttatctttcaacctttctaacccaacaaccactg 425  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||   |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  3800909 cgacccatttctcatagaatgtcatgcatagatataacattatc--gagaaatagttataagagctttatcttttaacctttctaacccaacagccactg 3801006  T
Q  426 aattatcactttcaaaacctttcaataaaagtttcatgt 464  Q
    |||||||||||||| || |||||| ||||| ||||||||    
T  3801007 aattatcactttcacaatctttcagtaaaattttcatgt 3801045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 44 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 3920833 - 3920409
Alignment:
Q  44 aaaatccaaaaattgcaggttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaacttcagcttcctgattgctgacaagtctacacgtatgcttctaatagca 143  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||  || || | |||| ||||||||||||||| ||||||    
T  3920833 aaaatccaaaaattggaggttggtcatcttatcaaatacatgagggcttaactttagcttcctattttctaagaagtttacacgtatgcttctgatagca 3920734  T
Q  144 tcagtgccctgccattgatgtaaaagaaaatcaaaatat----tttttaccaaaattacaaatgttatctaaaatcgccaaatatattataccttgtcgt 239  Q
    ||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||    ||||||||||||| || | |||||||| |||  |||| |||   | ||||||||| |    
T  3920733 tcagaaccctgccattaatgtaaaagaaaatcaaaatatatactttttaccaaaatgactattgttatctgaaaatgccatataatgtttaccttgtcat 3920634  T
Q  240 ttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataatcgactgcattttctagggtcttcactggattcttgacgaacaacctcccgacccatttcttg 339  Q
    |||||||||||||| | ||   ||||  ||||||||||||||||| ||||  ||||| ||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  3920633 ttttcaatacatcacaaatgtcatcaacatcccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctcccgacccatttcttg 3920534  T
Q  340 tagaatgtcatgcatggatataacattatcttcagaaattgttataagagctttatctttcaacctttctaacccaacaaccactgaattatcactttca 439  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||  |||||||||| |||    
T  3920533 tagaatgtcatgcatagatataacattatcttcagaaatagttataagagctttatctttcaagctttctaacccaccagccacgtaattatcactatca 3920434  T
Q  440 aaacctttcaataaaagtttcatgt 464  Q
     || ||||||||||| |||||||||    
T  3920433 caatctttcaataaatgtttcatgt 3920409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 44 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 3934054 - 3933633
Alignment:
Q  44 aaaatccaaaaattgcaggttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaacttcagcttcctgattgctgacaagtctacacgtatgcttctaatagca 143  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||  || || | |||||||||||||||||||| ||||||    
T  3934054 aaaattcaaaaattggaggttggtcatcttatcaaatacatgagggcttaactttagcttcctattttctaagaagtctacacgtatgcttctgatagca 3933955  T
Q  144 tcagtgccctgccattgatgtaaaagaaaatcaaaatat----tttttaccaaaattacaaatgttatctaaaatcgccaaatatattataccttgtcgt 239  Q
    ||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||    ||||||||||||| || | |||||||| |||  |||| |||   | ||||||||| |    
T  3933954 tcagaaccctgccattaatgtaaaagaaaatcaaaatatatactttttaccaaaatgactattgttatctgaaaatgccatataatgtttaccttgtcat 3933855  T
Q  240 ttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataatcgactgcattttctagggtcttcactggattcttgacgaacaacctcccgacccatttcttg 339  Q
    |||||||||||||| | ||   ||||  ||||||||||||||||||||||| | ||||   ||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  3933854 ttttcaatacatcaaaaatgtcatcaacatcccataatcgactgcattttccaaggtc---actagattcttgccgaacaacctcccaacccatttcttg 3933758  T
Q  340 tagaatgtcatgcatggatataacattatcttcagaaattgttataagagctttatctttcaacctttctaacccaacaaccactgaattatcactttca 439  Q
     |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||  |||||||||| |||    
T  3933757 aagaatgtcatgcatagatataacattatcttcagaaatagttataagagctttatctttcaacgtttctaacccaccagccacgtaattatcactatca 3933658  T
Q  440 aaacctttcaataaaagtttcatgt 464  Q
     || ||||||||||| |||||||||    
T  3933657 caatctttcaataaatgtttcatgt 3933633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 180; E-Value: 5e-97
Query Start/End: Original strand, 44 - 464
Target Start/End: Original strand, 3986022 - 3986454
Alignment:
Q  44 aaaatccaaaaattgcaggttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaacttcagcttcctgattgctgacaagtctacacgtatgcttctaatagca 143  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || || ||||||||||||||||    
T  3986022 aaaatccaaaaatttcaggttcgtcatcttagcaaatacatcagggcttaacttcagcttcctaattgctgacaagtttagacatatgcttctaatagca 3986121  T
Q  144 tcagtgccctgccattgatgtaaaagaaaat-caaaat-------------attttttaccaaaattacaaatgttatctaaaatcgccaaatatattat 229  Q
    ||||| ||||| |||  ||| |||||||||| | ||||             |||||  |||||||| ||||||||||| ||||   || |  ||| ||||    
T  3986122 tcagtaccctgtcatgaatggaaaagaaaattctaaatcattgaaagacacattttaaaccaaaataacaaatgttatgtaaagatgcta--tattttat 3986219  T
Q  230 accttgtcgtttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataatcgactgcattttctagggtcttcactggattcttgacgaacaacctcccgac 329  Q
    |||||||| ||||| || |||||  | ||   |||| |||||||||||||||||| |||  | |||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  3986220 accttgtcattttttaagacatcgcaaatttcatcatgatcccataatcgactgcgtttgtttgggtattcactagattcttggcgaacaacctcccgac 3986319  T
Q  330 ccatttcttgtagaatgtcatgcatggatataacattatcttcagaaattgttataagagctttatctttcaacctttctaacccaacaaccactgaatt 429  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  3986320 ccatttcttgaagaatgtcatgcatagatataacattatcttcagaaatagttatgagagctttatctttcaacctttctatcccaacagccactgaatt 3986419  T
Q  430 atcactttcaaaacctttcaataaaagtttcatgt 464  Q
    ||||| |||| || |||||||||||||||||||||    
T  3986420 atcaccttcacaatctttcaataaaagtttcatgt 3986454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 43 - 464
Target Start/End: Original strand, 4024257 - 4024691
Alignment:
Q  43 gaaaatccaaaaattgcaggttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaacttcagcttcctgattgctgacaagtctacacgtatgcttctaatagc 142  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||| ||  || ||||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  4024257 gaaaatccaaaaattgcaggttggtcatcttagcaaatgcatgagagcttaacatcagctttcttcttcctgacaagtctacacttatgcttctaataac 4024356  T
Q  143 atcagtgccctgccattgatgtaaaagaaaa--tcaaaat-------------attttttaccaaaattacaaatgttatctaaaatcgccaaatatatt 227  Q
    |||||| ||||| |||  |||||| ||||||  | |||||             ||||||  ||||||| ||||| ||  |||||||   |  | ||| ||    
T  4024357 atcagtaccctg-catgaatgtaagagaaaaatttaaaattagttaaagccgtatttttagccaaaatgacaaacgtcgtctaaaaatacgtattatgtt 4024455  T
Q  228 ataccttgtcgtttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataatcgactgcattttctagggtcttcactggattcttgacgaacaacctcccg 327  Q
     ||||||||| |||| |||||||||| | ||   |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||    
T  4024456 -taccttgtcattttccaatacatcacaaatgtcatcatgatcccataatcgactgcgttttctagggtctgcactagattcttggcgaacaacctcccg 4024554  T
Q  328 acccatttcttgtagaatgtcatgcatggatataacattatcttcagaaattgttataagagctttatctttcaacctttctaacccaacaaccactgaa 427  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  4024555 acccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataatattatcttcagaaatagttataagagctttatctctcaacctttctaaaccaacagccactgaa 4024654  T
Q  428 ttatcactttcaaaacctttcaataaaagtttcatgt 464  Q
    ||||| |||||| || |||||||||||||||||||||    
T  4024655 ttatcgctttcacaatctttcaataaaagtttcatgt 4024691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 45 - 439
Target Start/End: Original strand, 4001320 - 4001740
Alignment:
Q  45 aaatccaaaaattgcaggttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaacttcagcttcctgattgctgacaagtctacacgtatgcttctaatagcat 144  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4001320 aaatccaaatatcgcaggttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaacttcagcttcctaaatgatgacaagtctacacgtatgcttctaatagcat 4001419  T
Q  145 cagtgccctgccattgatgtaaaag-aaaat--caaa------------atattttttaccaaaattacaaatgtta----------tctaaaatcgcca 219  Q
    |||| |||| ||||| ||||||||| |||||  ||||            |||||||| |||||||| ||| |||||           ||||||| |||||    
T  4001420 cagtaccctaccattaatgtaaaagaaaaattacaaatcattgaaagccatatttttaaccaaaatgacatatgtttctaaaaagtttctaaaaacgcca 4001519  T
Q  220 a-atatattataccttgtcgtttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataatcgactgcattttctagggtcttcactggattcttgacgaac 318  Q
      |||| || ||||||||| |||||||||||||   | ||   ||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||| |||||||| |||||    
T  4001520 ttatattttttaccttgtcatttttcaatacatagcaaatgtcatcaggatcccataaccgacttcgtttactagggtcttcactagattcttggcgaac 4001619  T
Q  319 aacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatggatataacattatcttcagaaattgttataagagctttatctttcaacctttctaacccaaca 418  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||| ||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4001620 aacctcccgacccatttcttgtaaaatgtcatgcatagatacaacattatatttcgaaatagttataagagctttatctttcaacctttctaaaccaaca 4001719  T
Q  419 accactgaattatcactttca 439  Q
    ||||||||||| |||||||||    
T  4001720 accactgaattgtcactttca 4001740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 229 - 457
Target Start/End: Original strand, 3809237 - 3809465
Alignment:
Q  229 taccttgtcgtttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataatcgactgcattttctagggtcttcactggattcttgacgaacaacctcccga 328  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||   |||||||| |||||||||||||| ||||  ||||| ||| || |||||||| ||||| |||||||||    
T  3809237 taccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatcaggattccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctcccga 3809336  T
Q  329 cccatttcttgtagaatgtcatgcatggatataacattatcttcagaaattgttataagagctttatctttcaacctttctaacccaacaaccactgaat 428  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || |||||||||    
T  3809337 cccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagccactgaat 3809436  T
Q  429 tatcactttcaaaacctttcaataaaagt 457  Q
    ||||||| | | || ||||||||||||||    
T  3809437 tatcactgttagaatctttcaataaaagt 3809465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 229 - 464
Target Start/End: Original strand, 3816823 - 3817055
Alignment:
Q  229 taccttgtcgtttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataatcgactgcattttctagggtcttcactggattcttgacgaacaacctcccga 328  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||   |||||||| |||||||||||||| ||||| | ||||   ||| |||||||| ||||||| ||||| |    
T  3816823 taccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatcaggattccataatcgactgcgttttccaaggtc---actagattcttgccgaacaatctcccaa 3816919  T
Q  329 cccatttcttgtagaatgtcatgcatggatataacattatcttcagaaattgttataagagctttatctttcaacctttctaacccaacaaccactgaat 428  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||  |||    
T  3816920 cccatttcttgaagaatgtcatgcatagatataacattatcttcagaaatagttataagagctttatctttcaacgtttctaacccaccagccacgtaat 3817019  T
Q  429 tatcactttcaaaacctttcaataaaagtttcatgt 464  Q
    ||||||| ||| || ||||||||||| |||||||||    
T  3817020 tatcactatcacaatctttcaataaatgtttcatgt 3817055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 262 - 464
Target Start/End: Original strand, 4217897 - 4218099
Alignment:
Q  262 atcaggatcccataatcgactgcattttctagggtcttcactggattcttgacgaacaacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatggatata 361  Q
    ||||||||||||||| |||||   ||| |||||||||| | | |||||| | |||||||||||||||||||| | |||| ||| ||||||||| |||||     
T  4217897 atcaggatcccataaccgactttgtttactagggtctttaatagattctaggcgaacaacctcccgacccatcttttgttgaaagtcatgcatagatatt 4217996  T
Q  362 acattatcttcagaaattgttataagagctttatctttcaacctttctaacccaacaaccactgaattatcactttcaaaacctttcaataaaagtttca 461  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  4217997 acattatcttcagaaatagtaataagagctttatctttcaacctttctaacccaacggccactgaattatcactttcataatctttcaataaaagtttca 4218096  T
Q  462 tgt 464  Q
    |||    
T  4218097 tgt 4218099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 44 - 173
Target Start/End: Original strand, 4217653 - 4217782
Alignment:
Q  44 aaaatccaaaaattgcaggttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaacttcagcttcctgattgctgacaagtctacacgtatgcttctaatagca 143  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  | || |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  4217653 aaaattcaaaaatttcaggttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaacttcagcatccaaactgatgacaagtttacacgtatgcttctaatagca 4217752  T
Q  144 tcagtgccctgccattgatgtaaaagaaaa 173  Q
    ||||| |||| ||||| |||||||||||||    
T  4217753 tcagtaccctaccattaatgtaaaagaaaa 4217782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 268 - 464
Target Start/End: Original strand, 4017980 - 4018176
Alignment:
Q  268 atcccataatcgactgcattttctagggtcttcactggattcttgacgaacaacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatggatataacatta 367  Q
    ||||||||| ||||| ||  ||| ||||||| || | |||||||| |||||||  |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  4017980 atcccataaccgactacagcttccagggtctccatttgattcttggcgaacaatttccctacccatttcttgtataatgtcatgcatggatataacatta 4018079  T
Q  368 tcttcagaaattgttataagagctttatctttcaacctttctaacccaacaaccactgaattatcactttcaaaacctttcaataaaagtttcatgt 464  Q
    |||| |||||  | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    | |||||||||||||||||| || ||||||| |||| ||| ||||    
T  4018080 tctttagaaaaagatataagacctttatctttcaacctttctaacccactggctactgaattatcactttcagaatctttcaacaaaaattttatgt 4018176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 229 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 3964164 - 3963948
Alignment:
Q  229 taccttgtcgtttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataatcgactgcattttctagggtcttcactggattcttgacgaacaacctcccga 328  Q
    ||||||||| ||||| ||||| |||||   ||| |||  ||||||||||||||| |   ||| ||||||| |||| |||||||| ||||||| ||||| |    
T  3964164 taccttgtcattttttaatacttcata---aatgtcatcatcccataatcgactacggcttccagggtctccacttgattcttggcgaacaatctcccta 3964068  T
Q  329 cccatttcttgtagaatgtcatgcatggatataacattatcttcagaaattgttataagagctttatctttcaacctttctaacccaacaaccactgaat 428  Q
    ||||| ||||||| |||  ||||||| ||||||||||||| || |||||  |  | |||| ||||||||||||||||||||||||||    | |||||||    
T  3964067 cccatgtcttgtataattccatgcatagatataacattatgtttagaaacagaaacaagatctttatctttcaacctttctaacccactggctactgaat 3963968  T
Q  429 tatcactttcaaaacctttc 448  Q
    ||||||||||| || |||||    
T  3963967 tatcactttcagaatctttc 3963948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 44 - 111
Target Start/End: Original strand, 3809046 - 3809113
Alignment:
Q  44 aaaatccaaaaattgcaggttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaacttcagcttcctgattg 111  Q
    ||||| ||||||| | || |||||||||||| |||||||| ||||||||||||  |||||||| ||||    
T  3809046 aaaatacaaaaatcgaagtttggtcatcttatcaaatacacgagggcttaactcgagcttcctcattg 3809113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 58 - 111
Target Start/End: Original strand, 3816640 - 3816694
Alignment:
Q  58 gcaggttggtcatcttagcaaa-tacatgagggcttaacttcagcttcctgattg 111  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||| ||| ||||    
T  3816640 gcaggttggtcatcttatcaaaatacatgacggcttaacttcagctccctcattg 3816694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 295; Significance: 1e-165; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 38 - 464
Target Start/End: Original strand, 13396981 - 13397406
Alignment:
Q  38 atcatgaaaatccaaaaattgcaggttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaacttcagcttcctgattgctgacaagtctacacgtatgcttcta 137  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  13396981 atcatgaaaatacaaaaatttcaggttggtcatcttatcaaatacaggcgggcttaacttcagcttcctaattgctgacaagtctacacttatgcttcta 13397080  T
Q  138 atagcatcagtgccctgccattgatgtaaaagaaaatcaaaatattttttaccaaaattacaaatgttatctaaaatcgccaaatatattataccttgtc 237  Q
    ||||||||||| ||||| ||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| | || |||||||||    
T  13397081 atagcatcagtaccctgtcattattataaaagaaaatcaaaatattttttaccaaaatgacaaatgttatctaaaattgccaaatttttt-taccttgtc 13397179  T
Q  238 gtttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataatcgactgcattttctagggtcttcactggattcttgacgaacaacctcccgacccatttct 337  Q
     |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||     
T  13397180 atttttcaatacatcgtagataatatcaggatcccataatcgactgcattttctagggtcttcactagattcttggcgaacaacctcgcgacccatttcc 13397279  T
Q  338 tgtagaatgtcatgcatggatataacattatcttcagaaattgttataagagctttatctttcaacctttctaacccaacaaccactgaattatcacttt 437  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | || |||||||||||||    
T  13397280 tgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatagttataagagctttatctttcaacctttctaacccaatagctacagaattatcacttt 13397379  T
Q  438 caaaacctttcaataaaagtttcatgt 464  Q
    || || |||||||||||||||||||||    
T  13397380 cataatctttcaataaaagtttcatgt 13397406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 229 - 408
Target Start/End: Original strand, 7074735 - 7074914
Alignment:
Q  229 taccttgtcgtttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataatcgactgcattttctagggtcttcactggattcttgacgaacaacctcccga 328  Q
    ||||||||| | ||||||||||| ||| ||   |||||||||| ||| ||| || |  |||| ||| ||||||   |||||||| ||||||| ||||| |    
T  7074735 taccttgtcatctttcaatacatgataaatgtcatcaggatccaatagtcggcttcggtttccaggttcttcaacagattcttggcgaacaatctcccta 7074834  T
Q  329 cccatttcttgtagaatgtcatgcatggatataacattatcttcagaaattgttataagagctttatctttcaacctttc 408  Q
     |  ||||||||| |||||||||||| |||| ||   | | || |||||| |||| ||||||||||||||| | ||||||    
T  7074835 gctgtttcttgtataatgtcatgcattgatacaatgctttgttgagaaatagttacaagagctttatcttttagcctttc 7074914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University