View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1458_low_12 (Length: 388)

Name: NF1458_low_12
Description: NF1458
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1458_low_12
NF1458_low_12
[»] chr7 (22 HSPs)
chr7 (185-369)||(42767282-42767466)
chr7 (185-353)||(3817299-3817466)
chr7 (185-369)||(351774-351957)
chr7 (185-353)||(3811157-3811324)
chr7 (185-351)||(339377-339542)
chr7 (185-369)||(20238939-20239122)
chr7 (209-369)||(28420970-28421130)
chr7 (185-368)||(12803987-12804171)
chr7 (189-366)||(35147996-35148173)
chr7 (185-371)||(26383612-26383801)
chr7 (186-369)||(5979162-5979345)
chr7 (47-177)||(15659493-15659623)
chr7 (47-177)||(15838452-15838582)
chr7 (203-354)||(43539988-43540139)
chr7 (186-371)||(5849511-5849696)
chr7 (185-367)||(22741906-22742092)
chr7 (221-353)||(30219269-30219401)
chr7 (185-371)||(26381065-26381239)
chr7 (249-325)||(18666547-18666622)
chr7 (60-101)||(15681092-15681133)
chr7 (316-367)||(15843937-15843988)
chr7 (316-367)||(15861046-15861097)
[»] chr3 (25 HSPs)
chr3 (185-367)||(17055780-17055962)
chr3 (185-369)||(11839713-11839896)
chr3 (185-367)||(55003400-55003581)
chr3 (185-369)||(10244322-10244505)
chr3 (185-369)||(10760638-10760821)
chr3 (185-369)||(49151600-49151783)
chr3 (185-369)||(49157667-49157850)
chr3 (185-368)||(8331776-8331958)
chr3 (186-353)||(30051091-30051257)
chr3 (185-369)||(38455540-38455721)
chr3 (185-369)||(10238200-10238383)
chr3 (185-369)||(11846051-11846234)
chr3 (185-369)||(42191208-42191391)
chr3 (185-369)||(42197150-42197333)
chr3 (185-369)||(38449053-38449234)
chr3 (185-369)||(17593269-17593453)
chr3 (185-353)||(10766859-10767026)
chr3 (186-345)||(53069043-53069202)
chr3 (185-331)||(48128035-48128180)
chr3 (185-363)||(28964862-28965037)
chr3 (245-371)||(34300483-34300609)
chr3 (185-338)||(13445080-13445222)
chr3 (190-371)||(46656670-46656850)
chr3 (185-305)||(24643539-24643665)
chr3 (247-351)||(12108716-12108820)
[»] chr2 (17 HSPs)
chr2 (181-369)||(35090633-35090820)
chr2 (185-367)||(36750405-36750586)
chr2 (185-353)||(28682933-28683100)
chr2 (181-369)||(35084660-35084847)
chr2 (185-369)||(13456088-13456271)
chr2 (185-369)||(13462029-13462212)
chr2 (185-369)||(31002365-31002549)
chr2 (185-369)||(31008343-31008527)
chr2 (185-369)||(30965316-30965500)
chr2 (185-369)||(44716792-44716976)
chr2 (185-369)||(13149674-13149855)
chr2 (183-368)||(23343548-23343734)
chr2 (185-368)||(11048541-11048723)
chr2 (185-305)||(35438698-35438816)
chr2 (209-371)||(29833197-29833356)
chr2 (186-269)||(1388009-1388090)
chr2 (259-298)||(31651664-31651703)
[»] chr6 (21 HSPs)
chr6 (186-369)||(8650792-8650974)
chr6 (185-369)||(21782741-21782924)
chr6 (185-369)||(32035274-32035457)
chr6 (185-353)||(4580309-4580476)
chr6 (185-371)||(31756201-31756388)
chr6 (186-338)||(8662770-8662921)
chr6 (185-369)||(25354200-25354383)
chr6 (185-369)||(21190854-21191037)
chr6 (185-371)||(21197009-21197192)
chr6 (186-371)||(21770546-21770729)
chr6 (185-367)||(18778573-18778755)
chr6 (222-365)||(25343617-25343759)
chr6 (181-371)||(17581621-17581801)
chr6 (226-371)||(21783337-21783480)
chr6 (226-371)||(21789560-21789703)
chr6 (190-338)||(6098000-6098148)
chr6 (211-325)||(34603344-34603457)
chr6 (211-325)||(34724621-34724734)
chr6 (185-287)||(6102693-6102799)
chr6 (233-374)||(17900174-17900313)
chr6 (277-338)||(1106232-1106294)
[»] chr8 (23 HSPs)
chr8 (185-367)||(9935269-9935450)
chr8 (185-369)||(5542148-5542331)
chr8 (185-353)||(32890893-32891060)
chr8 (185-353)||(32897017-32897184)
chr8 (185-353)||(42992991-42993158)
chr8 (185-367)||(14417931-14418109)
chr8 (185-369)||(7771221-7771403)
chr8 (185-371)||(1882739-1882928)
chr8 (187-371)||(22219706-22219891)
chr8 (185-345)||(14799404-14799562)
chr8 (185-369)||(36818960-36819142)
chr8 (185-369)||(10705826-10706015)
chr8 (203-345)||(39735557-39735699)
chr8 (185-371)||(39727305-39727484)
chr8 (259-369)||(10700018-10700127)
chr8 (186-289)||(24250171-24250272)
chr8 (183-266)||(1171414-1171495)
chr8 (209-280)||(31399048-31399119)
chr8 (211-278)||(31379435-31379502)
chr8 (185-257)||(42033856-42033925)
chr8 (232-299)||(17954565-17954632)
chr8 (190-237)||(39689782-39689828)
chr8 (185-234)||(10700132-10700181)
[»] scaffold0440 (1 HSPs)
scaffold0440 (185-353)||(1181-1349)
[»] scaffold0236 (1 HSPs)
scaffold0236 (209-369)||(5523-5683)
[»] chr5 (23 HSPs)
chr5 (185-369)||(28525374-28525557)
chr5 (185-369)||(28531470-28531653)
chr5 (209-369)||(12686190-12686350)
chr5 (209-369)||(12692292-12692452)
chr5 (189-353)||(24054338-24054502)
chr5 (185-353)||(30384364-30384532)
chr5 (185-353)||(7389536-7389702)
chr5 (185-371)||(32094147-32094332)
chr5 (185-371)||(32096948-32097133)
chr5 (185-343)||(41297291-41297448)
chr5 (185-371)||(30772269-30772455)
chr5 (185-333)||(16215162-16215309)
chr5 (185-368)||(19059752-19059936)
chr5 (185-368)||(19066095-19066279)
chr5 (186-322)||(14610184-14610321)
chr5 (203-371)||(26509838-26510001)
chr5 (264-371)||(20500124-20500231)
chr5 (211-328)||(26316805-26316922)
chr5 (259-326)||(28542269-28542336)
chr5 (181-323)||(37896282-37896423)
chr5 (186-241)||(8706454-8706508)
chr5 (308-338)||(8706532-8706562)
chr5 (240-296)||(33753294-33753350)
[»] chr4 (27 HSPs)
chr4 (185-367)||(24287977-24288156)
chr4 (209-369)||(10733257-10733417)
chr4 (209-369)||(10739350-10739510)
chr4 (209-369)||(10947026-10947186)
chr4 (209-369)||(10953119-10953279)
chr4 (185-369)||(33458254-33458438)
chr4 (185-369)||(6257193-6257376)
chr4 (185-369)||(48160948-48161127)
chr4 (185-369)||(48167167-48167346)
chr4 (185-371)||(26963329-26963512)
chr4 (185-363)||(50168588-50168764)
chr4 (223-369)||(33461418-33461563)
chr4 (185-338)||(49976609-49976758)
chr4 (185-298)||(26956817-26956929)
chr4 (214-338)||(3769587-3769710)
chr4 (244-371)||(44831658-44831785)
chr4 (185-275)||(4632869-4632958)
chr4 (211-338)||(19686341-19686468)
chr4 (218-318)||(9237402-9237502)
chr4 (266-353)||(4632396-4632482)
chr4 (185-271)||(34308060-34308144)
chr4 (235-371)||(50427354-50427497)
chr4 (216-353)||(50155962-50156086)
chr4 (185-286)||(55473133-55473230)
chr4 (292-371)||(31986745-31986823)
chr4 (239-315)||(32284694-32284770)
chr4 (233-310)||(35177806-35177883)
[»] chr1 (14 HSPs)
chr1 (185-369)||(34739974-34740157)
chr1 (209-353)||(25387515-25387659)
chr1 (185-369)||(50306178-50306360)
chr1 (185-369)||(1078212-1078395)
chr1 (185-369)||(25381523-25381706)
chr1 (185-371)||(44409998-44410181)
chr1 (186-368)||(24926744-24926926)
chr1 (186-368)||(24963691-24963874)
chr1 (185-369)||(31058033-31058215)
chr1 (214-369)||(8092862-8093017)
chr1 (214-345)||(31051557-31051687)
chr1 (185-353)||(12183567-12183738)
chr1 (204-371)||(38151981-38152142)
chr1 (185-299)||(27955219-27955331)
[»] scaffold0363 (1 HSPs)
scaffold0363 (185-367)||(610-788)
[»] scaffold0012 (1 HSPs)
scaffold0012 (186-353)||(172879-173045)
[»] scaffold0208 (2 HSPs)
scaffold0208 (211-369)||(6511-6670)
scaffold0208 (211-353)||(12400-12543)
[»] scaffold0085 (1 HSPs)
scaffold0085 (209-354)||(38433-38576)
[»] scaffold1114 (1 HSPs)
scaffold1114 (185-371)||(1074-1256)
[»] scaffold0185 (1 HSPs)
scaffold0185 (219-336)||(5945-6061)
[»] scaffold0901 (1 HSPs)
scaffold0901 (132-177)||(4571-4616)
[»] scaffold0900 (1 HSPs)
scaffold0900 (132-177)||(1-46)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 149; Significance: 1e-78; HSPs: 22)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 185 - 369
Target Start/End: Original strand, 42767282 - 42767466
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  42767282 gaaatttaggtcttaattaaaaacagatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaatattgaacatgattatgatcgg 42767381  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||    
T  42767382 atctacgacatatttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggataaagcttttgtagcagccctctca 42767466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 185 - 353
Target Start/End: Original strand, 3817299 - 3817466
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    |||||||||||||||||| |||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3817299 gaaatttaggtcttaatataaac-agatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 3817397  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagcttt 353  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  3817398 atctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttt 3817466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 185 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 351957 - 351774
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||||||| |||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  351957 gaaatttagctcttaatataaac-agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 351859  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||   |||||||||||||    
T  351858 atctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctca 351774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 185 - 353
Target Start/End: Original strand, 3811157 - 3811324
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||| |||||||||||| |||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3811157 gaaatgtaggtcttaatataaac-agatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 3811255  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagcttt 353  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  3811256 atctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttt 3811324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 131; E-Value: 7e-68
Query Start/End: Original strand, 185 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 339542 - 339377
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||||||| |||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  339542 gaaatttagctcttaatataaag-agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 339444  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagct 351  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||    
T  339443 atctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagct 339377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 185 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 20239122 - 20238939
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    |||||||||||||||||| |||  | |||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20239122 gaaatttaggtcttaatataaacaa-atttcataaaacatgttcaacaatcatacatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 20239024  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||   |||||||||||||    
T  20239023 atctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctca 20238939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 209 - 369
Target Start/End: Original strand, 28420970 - 28421130
Alignment:
Q  209 agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatca 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28420970 agatttcataaaacatgttcaacaattataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatca 28421069  T
Q  309 aggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||   |||||||||||||    
T  28421070 aggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctca 28421130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 185 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 12804171 - 12803987
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||| |||    
T  12804171 gaaatttaggtcttaataaaaac-agatttcataaaacatgttcaacgattatgaatcaatagcggaagcaagcaaaacattgaacatgaacatgaacgg 12804073  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatct--ggatgaagctttggtggcagccctctc 368  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||  ||||||||||||||| |||||||||||    
T  12804072 atctacgacatgtttgatttatcaagaatattaagaattagggtattaagaatacctggggatgaagctttggtagcagccctctc 12803987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 189 - 366
Target Start/End: Original strand, 35147996 - 35148173
Alignment:
Q  189 tttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatct 288  Q
    |||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35147996 tttatgtcttaataaaaac-agatttcataaaacatgttcaacaattataaatcgatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatct 35148094  T
Q  289 acgacatgttttatttatcaaggatattaagaatta-gggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctc 366  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||  ||| |||||||    
T  35148095 acgacacgtttgatttatcaaggatattaagaattaggggtattaggaatacctggataaagctttcatggtagccctc 35148173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 185 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 26383801 - 26383612
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaa---aatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgat 281  Q
    |||||||| |||| |||||||   |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | | ||| ||||||||| |||||||||||| |||||    
T  26383801 gaaatttaagtctaaataaaacagaatagatttcataagacatgttcaacaattatgaatcaacaacagaaacaaacaaaatattgaacatgatcatgat 26383702  T
Q  282 cggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaac 371  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26383701 cggatctacgacatgtttgatttatcaagcatactaagaattagggtattaggaataccttgatgaagctttgatggcagccctctcaac 26383612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 186 - 369
Target Start/End: Original strand, 5979162 - 5979345
Alignment:
Q  186 aaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgga 285  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||| ||||||  | ||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||| |||    
T  5979162 aaatttaggtcttaattaaaaacagatttcataatacatgttgaacaatcgtaaatcaatagcgaaagcaaacaaactattgaacatgattatgattgga 5979261  T
Q  286 tctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| || ||||| ||||||    
T  5979262 tctacgacatgtttgatttattaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttttgtagcagctctctca 5979345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 47 - 177
Target Start/End: Original strand, 15659493 - 15659623
Alignment:
Q  47 ttcataagactttaatttgactattttattactcacatgacaaagctgtgcatttgacacagattcaatcctgacggacgacagaattgcaattgcattt 146  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15659493 ttcataagactttaatttgactatttcatcactcacatgacaaagctgtgcatttgacgtggattcaatcctgacagacgacagaattgcaattgcattt 15659592  T
Q  147 tgtaattgtaaattgaaagtcattttggggt 177  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  15659593 tgtaattgtaaattgaaagtcatgttggggt 15659623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 47 - 177
Target Start/End: Original strand, 15838452 - 15838582
Alignment:
Q  47 ttcataagactttaatttgactattttattactcacatgacaaagctgtgcatttgacacagattcaatcctgacggacgacagaattgcaattgcattt 146  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15838452 ttcataagactttaatttgactatttcatcactcacatgacaaagctgtgcatttgacgatgattcaatcctgacagacgacagaattgcaattgcattt 15838551  T
Q  147 tgtaattgtaaattgaaagtcattttggggt 177  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  15838552 tgtaattgtaaattgaaagtcatgttggggt 15838582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 203 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 43540139 - 43539988
Alignment:
Q  203 aaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttat 302  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  43540139 aaaaacagatttcatagaacatgttcaataattatgaatcaatagcggaattaaataaaatattgaacatgattatgatcggatctacaacatgtttgat 43540040  T
Q  303 ttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttg 354  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  43540039 ttatcaagaatattaaaaattagggtattatgaatacctggatgaagctttg 43539988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 186 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 5849696 - 5849511
Alignment:
Q  186 aaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaac-atgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    |||||||||||||||||||||  | |||| ||||||  ||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| |||    
T  5849696 aaatttaggtcttaataaaaacaa-attttataaaattatgttcaatgattatgaatcaatagcggaagcaaccaaaacattgaacataaatatgaacgg 5849598  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaac 371  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||  || |||| ||||||||    
T  5849597 atctacgacatgtttgatttatcaaggatatcaagaattaggatattaggaatacctggatgaagctttaatgacagctctctcaac 5849511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 185 - 367
Target Start/End: Original strand, 22741906 - 22742092
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaat-------caatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgatta 277  Q
    ||||||||||||| ||||| ||  || ||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  22741906 gaaatttaggtctcaataagaac-aggtttcataaaacatgttcaacaattatgaatgaatcaacaatagcggaagcaaactgaacattgaacatgatta 22742004  T
Q  278 tgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctct 367  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| || |||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  22742005 tgatcggatctacgacatgtttgatttatcaa-gatattgaggatta-ggtattaggaatacctggatgaagctatggtggcagccctct 22742092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 221 - 353
Target Start/End: Original strand, 30219269 - 30219401
Alignment:
Q  221 acatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaaga 320  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||    
T  30219269 acatgttcaataattatgaatcattagcggaatcaaacaaaacgttgaacatgaatatgaacggatctacgacatgtttgatttattaaagatattaaga 30219368  T
Q  321 attagggtattaggaatatctggatgaagcttt 353  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  30219369 attatggtattaggaatatctggataaagcttt 30219401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 185 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 26381239 - 26381065
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||||||||||| |||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  | | || |||||| || |||||||||||| |||||| |    
T  26381239 gaaatttaggtctaaataaaa--tagatttcataagacatgttcaacaattatgaatcaagggggaaaacaaacacaatattgaacatgatcatgatcag 26381142  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaac 371  Q
    ||||||         ||||||||||| ||  |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| || || ||||||||||    
T  26381141 atctac---------tatttatcaagcatgctaagaattagggtattaggagta-ctggatgaagctttgatgacaaccctctcaac 26381065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 249 - 325
Target Start/End: Original strand, 18666547 - 18666622
Alignment:
Q  249 ggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattag 325  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| ||||| ||| |||||||| ||||||    
T  18666547 ggaagcaaacaaaacattgaacttgattatgatcagat-tacgacatgtttgatttagcaatgatattaataattag 18666622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 60 - 101
Target Start/End: Original strand, 15681092 - 15681133
Alignment:
Q  60 aatttgactattttattactcacatgacaaagctgtgcattt 101  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  15681092 aatttgactatttcattactcacatgacaaagctgtgcattt 15681133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 316 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 15843988 - 15843937
Alignment:
Q  316 taagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctct 367  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||  | ||||||||||    
T  15843988 taagaattagggtattaggaatacctggatcaagctttcatagcagccctct 15843937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 316 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 15861097 - 15861046
Alignment:
Q  316 taagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctct 367  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||  | ||||||||||    
T  15861097 taagaattagggtattaggaatacctggatcaagctttcatagcagccctct 15861046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 147; Significance: 2e-77; HSPs: 25)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 185 - 367
Target Start/End: Original strand, 17055780 - 17055962
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17055780 gaaatttaggtcttaataaaaaacagttttcataaaatatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 17055879  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctct 367  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||  | ||||||||||    
T  17055880 atctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctct 17055962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 185 - 369
Target Start/End: Original strand, 11839713 - 11839896
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    |||||||||||||||||| |||  ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11839713 gaaatttaggtcttaatataaac-agatttcatgatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 11839811  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||   |||||||||||||    
T  11839812 atctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctca 11839896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 185 - 367
Target Start/End: Original strand, 55003400 - 55003581
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  55003400 gaaatttaggtcttaataaaaac-agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcagaagcaaataaaacattgaacatgattatgatcgg 55003498  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctct 367  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||  | ||||||||||    
T  55003499 atctacgacatgtttaatttatcaagtatattaagaattagggtattagaaatatctggataaagctttcatagcagccctct 55003581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 185 - 369
Target Start/End: Original strand, 10244322 - 10244505
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||||||| |||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10244322 gaaatttagctcttaatataaac-agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 10244420  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||   | |||||||||||    
T  10244421 atctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttcaagacagccctctca 10244505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 185 - 369
Target Start/End: Original strand, 10760638 - 10760821
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||||||||||||| ||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  10760638 gaaatttaggtcttattaaaaac-agatttcataatacatgttcaacaattataaatcaatagcggaagcaaataaaacattgaacatgattatgatcgg 10760736  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||   |||||||||||||    
T  10760737 atctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctca 10760821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 185 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 49151783 - 49151600
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    |||||||||||||||||| |||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49151783 gaaatttaggtcttaatataaac-agatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 49151685  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||   |||||||||||||    
T  49151684 atctacgacatgtttgatttattaaggatattaagaattagggtattatgaatacctggataaagctttcaaggcagccctctca 49151600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 185 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 49157850 - 49157667
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    |||||||||||||||||| |||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49157850 gaaatttaggtcttaatataaac-agatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 49157752  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||   |||||||||||||    
T  49157751 atctacgacatgtttgatttattaaggatattaagaattagggtattatgaatacctggataaagctttcaaggcagccctctca 49157667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 185 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 8331958 - 8331776
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||||||| |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8331958 gaaatttagctcttaatataaa-tagattttataaaacatgttcaacaattataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 8331860  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctc 368  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||   ||||||||||||    
T  8331859 atctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctc 8331776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 186 - 353
Target Start/End: Original strand, 30051091 - 30051257
Alignment:
Q  186 aaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgga 285  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||    
T  30051091 aaatttaggtcttaataaaaac-agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaatattgaacatgattataatcaga 30051189  T
Q  286 tctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagcttt 353  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  30051190 tctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttt 30051257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 131; E-Value: 7e-68
Query Start/End: Original strand, 185 - 369
Target Start/End: Original strand, 38455540 - 38455721
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||||| |||||||||| |||   |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38455540 gaaatttcggtcttaatataaa---gatttcataatacatgttcaacaattataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 38455636  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| | |||||||||||||    
T  38455637 atctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcgaggcagccctctca 38455721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 185 - 369
Target Start/End: Original strand, 10238200 - 10238383
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||||||| |||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  10238200 gaaatttagctcttaatataaac-agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcag 10238298  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||   | |||||||||||    
T  10238299 atctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttcaagacagccctctca 10238383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 185 - 369
Target Start/End: Original strand, 11846051 - 11846234
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||||||||||||||| ||||  |||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11846051 gaaatttaggtcttaattaaaac-agattttataatacatgttcaacaattataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 11846149  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||  |||||||||||    
T  11846150 atctacgacatgtttgatttatcaagtatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttttgtaacagccctctca 11846234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 185 - 369
Target Start/End: Original strand, 42191208 - 42191391
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||| |||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  42191208 gaaatataggtcttaatataaa-tagatttcataatacatgttcaacaattgtgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacctgattatgatcgg 42191306  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||   |||||||||||||    
T  42191307 atctacgacatgtttgatttatcaagggtattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctca 42191391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 185 - 369
Target Start/End: Original strand, 42197150 - 42197333
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||| |||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  42197150 gaaatataggtcttaatataaa-tagatttcataatacatgttcaacaattgtgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacctgattatgatcgg 42197248  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||   |||||||||||||    
T  42197249 atctacgacatgtttgatttatcaagggtattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctca 42197333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 185 - 369
Target Start/End: Original strand, 38449053 - 38449234
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||||| |||||||||| |||   |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38449053 gaaatttcggtcttaatataaa---gatttcataatacatgttcaacaattataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 38449149  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||| | |||||||||||||    
T  38449150 atctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcgaggcagccctctca 38449234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 185 - 369
Target Start/End: Original strand, 17593269 - 17593453
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| | ||||||||||||  | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17593269 gaaatttaggtcttaattaaaaatatatttcataatagatgttcaacaatcgtaaatcaatcgcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 17593368  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||| | |||||||||||||    
T  17593369 atctacgacatgtttaatttatcaagaatattaagaattagggtattaggaatacctggataaacctttcgaggcagccctctca 17593453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 185 - 353
Target Start/End: Original strand, 10766859 - 10767026
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||||||||||||| ||||||  | ||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  10766859 gaaatttaggtcttattaaaaacaa-atttcataatacatgttcaacaattataaatcaacagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgaccgg 10766957  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagcttt 353  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  10766958 atctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttt 10767026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 186 - 345
Target Start/End: Original strand, 53069043 - 53069202
Alignment:
Q  186 aaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgga 285  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53069043 aaatttaggtcttaataaaaac-agattttataaaacatgttcaacaattataaatcgatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgga 53069141  T
Q  286 tctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaatta-gggtattaggaatatctggat 345  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| ||||||    
T  53069142 tctatgacatgtttgatttatcaaggatattaagaatcaggggtattaagaatacctggat 53069202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 185 - 331
Target Start/End: Original strand, 48128035 - 48128180
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||||||||||| ||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48128035 gaaatttaggtctcaataaaaac-agatttcatgaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaaacaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 48128133  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtatt 331  Q
     |||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  48128134 ttctacgacatgtttgatttattaagaatattaagaattagggtatt 48128180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 185 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 28965037 - 28964862
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28965037 gaaatttaggtcttaattaaaaacagatttcataaaacatgttcaacaat---gaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 28964941  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctgga-tgaagctttggtggcagcc 363  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||| || | ||| |  |||||||||| ||||| |||||||||| ||| ||||    
T  28964940 atctacgacatgtttgatttatcaaagatatcaatagtta-gaaattaggaatacctggattgaagctttgatggaagcc 28964862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 245 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 34300609 - 34300483
Alignment:
Q  245 tagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctgga 344  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  34300609 tagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatatttgatttataaaggatattaagaattagggtattaggaatacctgaa 34300510  T
Q  345 tgaagctttggtggcagccctctcaac 371  Q
    | |||||||  ||||| ||||||||||    
T  34300509 ttaagctttcatggcaaccctctcaac 34300483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 185 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 13445222 - 13445080
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||          ||||||||    
T  13445222 gaaatttaggtctaaataaaaa-tagatttgatagaacatgttcaacaattataaatcaatagcggaagcaaataaaacatt----------atgatcgg 13445134  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaata 338  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13445133 atctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaata 13445080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 190 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 46656850 - 46656670
Alignment:
Q  190 ttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatcta 289  Q
    |||||||| ||||||||  | |||||||||||||||||||| || ||||||| |||||| |||| ||| |||||||| || || ||||||||||||||||    
T  46656850 ttaggtctaaataaaaac-atatttcataaaacatgttcaataaatatgaattaatagctgaagtaaataaaacattcaatataattatgatcggatcta 46656752  T
Q  290 cgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaac 371  Q
    ||| |||||| ||||||||| |||||| ||||| |||||||||| |||| ||| ||||||||||  || || ||||||||||    
T  46656751 cgatatgtttgatttatcaatgatattgagaatgagggtattagaaatacctgaatgaagctttcatgacaaccctctcaac 46656670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 185 - 305
Target Start/End: Original strand, 24643539 - 24643665
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaac------atgattat 278  Q
    ||||||||||||||||||||| | |  |   ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||      ||||||||    
T  24643539 gaaatttaggtcttaataaaacaaacttcatataaaacatgttcaacatttatgaatcaatagcggaagtaaataaaacattgaacatgattatgattat 24643638  T
Q  279 gatcggatctacgacatgttttattta 305  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||    
T  24643639 gatcggatctacgatatgttttattta 24643665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 247 - 351
Target Start/End: Original strand, 12108716 - 12108820
Alignment:
Q  247 gcggaagcaaa-caaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggat 345  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||  |||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||| ||| ||    
T  12108716 gcggaagcaaatcaaaacattgaatatgattatgatttgatctaagacatgtttgatttatcaaggatattaacaatta-ggtattaagaatacctgaat 12108814  T
Q  346 gaagct 351  Q
    ||||||    
T  12108815 gaagct 12108820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 141; Significance: 8e-74; HSPs: 17)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 181 - 369
Target Start/End: Original strand, 35090633 - 35090820
Alignment:
Q  181 tgttgaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 280  Q
    |||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35090633 tgttgaaatttaggtcttaatataaac-agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 35090731  T
Q  281 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||| |||||| |||||||  ||||||||||||||    
T  35090732 tcggatctacgacatgtttgatttatcaagaatattaacaattagtgtattaggaatacctggataaagctttcatggcagccctctca 35090820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 185 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 36750586 - 36750405
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    |||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36750586 gaaatttaagtcttaataaaaac-agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 36750488  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctct 367  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||  | ||||||||||    
T  36750487 atctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcatagcagccctct 36750405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 185 - 353
Target Start/End: Original strand, 28682933 - 28683100
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    |||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28682933 gaaatttaggtcttaatataaac-agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 28683031  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagcttt 353  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  28683032 atctacgacatgtttgatttatcaaggttattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttt 28683100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 181 - 369
Target Start/End: Original strand, 35084660 - 35084847
Alignment:
Q  181 tgttgaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 280  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  35084660 tgttcaaatttaggtcttaatataaac-agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaaaatgattatga 35084758  T
Q  281 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||| |||||| |||||||  ||||||||||||||    
T  35084759 tcggatctacgacatgtttgatttatcaagaatattaacaattagtgtattaggaatacctggataaagctttcatggcagccctctca 35084847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 185 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 13456271 - 13456088
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||| |||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  13456271 gaaatataggtcttaatataaa-tagatttcataatacatgttcaacaattgtgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacctgattatgatcgg 13456173  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||   |||||||||||||    
T  13456172 atctacgacatgtttgatttatcaagggtattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctca 13456088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 185 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 13462212 - 13462029
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||| |||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  13462212 gaaatataggtcttaatataaa-tagatttcataatacatgttcaacaattgtgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacctgattatgatcgg 13462114  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||   |||||||||||||    
T  13462113 atctacgacatgtttgatttatcaagggtattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctca 13462029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 185 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 31002549 - 31002365
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  31002549 gaaatttaggtcttaattaaaaacagatttcataatacatgttcaacaatcgtaaatcaatagcggaagcaaacaaaatattgaacatgattatgatcgg 31002450  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||| || ||||||||||||    
T  31002449 atctacgacatgtttgatttatcaagaatatcaagaattagggtattaggaatacctgaataaagcttttgtagcagccctctca 31002365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 185 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 31008527 - 31008343
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  31008527 gaaatttaggtcttaattaaaaacagatttcataatacatgttcaacaatcgtaaatcaatagcggaagcaaacaaaatattgaacatgattatgatcgg 31008428  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||| || ||||||||||||    
T  31008427 atctacgacatgtttgatttatcaagaatatcaagaattagggtattaggaatacctgaataaagcttttgtagcagccctctca 31008343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 185 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 30965500 - 30965316
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  30965500 gaaatttaggtcttaattaaaaacagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaatattgaacatgattatgatcgg 30965401  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    ||||||||||||||| |||||||||  || |||||||||||||||||||||||| ||| || || |||| || ||||||||||||    
T  30965400 atctacgacatgtttgatttatcaattattttaagaattagggtattaggaatacctgtataaatcttttgtagcagccctctca 30965316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 185 - 369
Target Start/End: Original strand, 44716792 - 44716976
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaac-aaaacattgaacatgattatgatcg 283  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  44716792 gaaatttaggtcttaataaaaac-agatatcataaaacatgttcaacggttatcaatcaatagcggaagcaaaagaaaacattgaacatgattatgatcg 44716890  T
Q  284 gatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| || ||||| ||||||    
T  44716891 gatctacgacatgtttgatttaccaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttttgtagcagctctctca 44716976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 185 - 369
Target Start/End: Original strand, 13149674 - 13149855
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    |||||||||||||||||| |||  ||||||||||| ||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13149674 gaaatttaggtcttaatataaac-agatttcataatacatgttcaacaatcgtaaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 13149772  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| || ||| || |||| || ||||||||||||    
T  13149773 atctacgacatgtttgatttatcaa-gatattaagaattagggtattaagaatacct-gataaaacttttgtagcagccctctca 13149855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 183 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 23343734 - 23343548
Alignment:
Q  183 ttgaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatc 282  Q
    ||||||||||| |||| |||| ||  ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  23343734 ttgaaatttagatcttgataagaag-agatttcataaaacatgttcaacgattacgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattgaacatgaatatgaac 23343636  T
Q  283 ggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctg--gatgaagctttggtggcagccctctc 368  Q
    | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||  ||  |||||| |||||||||||||||||||    
T  23343635 gaatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagagttggggtattaggaatacatggagatgaaactttggtggcagccctctc 23343548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 104; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 185 - 368
Target Start/End: Original strand, 11048541 - 11048723
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  11048541 gaaatttaggtcttattaaaaa-taaatttcataaaacatgtccaacaattatgaatcaatagctgaagcaaacaaaacattgaacatgattatgattgg 11048639  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctc 368  Q
    || |||| ||||||| || || ||||||||||||||||||||| | ||||||||  ||||| |||||||  || ||||||||||    
T  11048640 atatacgtcatgtttgatgtaccaaggatattaagaattagggcactaggaatacttggataaagcttttatgacagccctctc 11048723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 185 - 305
Target Start/End: Original strand, 35438698 - 35438816
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    |||||||||| |||||||||| | |  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  35438698 gaaatttaggccttaataaaacaaa--tttcataaaacatgttcaacagttatgaatcaatagcggaagcaaataaaacattgaacatgattatgatcgg 35438795  T
Q  285 atctacgacatgttttattta 305  Q
    ||||||||||||||| |||||    
T  35438796 atctacgacatgtttgattta 35438816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 209 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 29833356 - 29833197
Alignment:
Q  209 agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatca 308  Q
    ||||||||||| ||||||| || |||| |||||||||| ||||| |||| |||| ||||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  29833356 agatttcataatacatgtttaataattgtgaatcaataacggaaacaaataaaatattgaacataattatgatcggatcgacaacatgtttgatttatca 29833257  T
Q  309 aggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaac 371  Q
    | ||||  || ||||| ||||||| ||||| |||||||||| |||| || || ||||||||||    
T  29833256 a-gataacaataatta-ggtattaagaatacctggatgaag-tttgatgacaaccctctcaac 29833197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 186 - 269
Target Start/End: Original strand, 1388009 - 1388090
Alignment:
Q  186 aaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaa 269  Q
    |||||||||||  |||||||| || | |||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  1388009 aaatttaggtcaaaataaaaa-tatacttcataaaacat-ttcaataattatgaatcaataacggaaacaaacaaaacattgaa 1388090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 259 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 31651703 - 31651664
Alignment:
Q  259 aaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtt 298  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  31651703 aaaacattgaacatgattatgatcggatttatgacatgtt 31651664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 140; Significance: 3e-73; HSPs: 21)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 186 - 369
Target Start/End: Original strand, 8650792 - 8650974
Alignment:
Q  186 aaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgga 285  Q
    |||||||| |||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8650792 aaatttagctcttaatataaac-agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgga 8650890  T
Q  286 tctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||   |||||||||||||    
T  8650891 tctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctca 8650974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 185 - 369
Target Start/End: Original strand, 21782741 - 21782924
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    |||||||||||||||||| |||  ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21782741 gaaatttaggtcttaatataaac-agatttcataatacatgttcaacaattataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 21782839  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||   |||||||||||||    
T  21782840 atctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatagctggataaagctttcaaggcagccctctca 21782924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 185 - 369
Target Start/End: Original strand, 32035274 - 32035457
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    |||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32035274 gaaatttaggtcttaatataaac-agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 32035372  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||   |||||||||||||    
T  32035373 atctacgacatgtttgatttatcaaggttattaagaattagggtattaggaatacctggataaacctttcaaggcagccctctca 32035457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 185 - 353
Target Start/End: Original strand, 4580309 - 4580476
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    |||||||||||||||||| |||  ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4580309 gaaatttaggtcttaatataaac-agatttcataatacatgttcaacaactatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 4580407  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagcttt 353  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  4580408 atctacgacatgtttgatttaccaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttt 4580476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 185 - 371
Target Start/End: Original strand, 31756201 - 31756388
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaat-agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcg 283  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  31756201 gaaatttaggtcttaataaaaaaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaacaacggaagcaaataaaacattgaacatgattataatcg 31756300  T
Q  284 gatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaac 371  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||  || |||||||||||||    
T  31756301 gatctacgacatgtttgaattatcaaggatattaagaattagggtattatgaatatctggatagagctttcatgacagccctctcaac 31756388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 186 - 338
Target Start/End: Original strand, 8662770 - 8662921
Alignment:
Q  186 aaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgga 285  Q
    |||||||| |||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8662770 aaatttagctcttaatataaac-agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgga 8662868  T
Q  286 tctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaata 338  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  8662869 tctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattaggctattaggaata 8662921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 185 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 25354383 - 25354200
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  25354383 gaaatttagatcttaattaaaaacagatttcataatacatgttcaacaatcgtaaatcaatagcggaagcaaacaaagcattgaacatgattatgatcgg 25354284  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| || ||||||||||||    
T  25354283 atctacgacatgtttgatttatcaa-gatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttttgtagcagccctctca 25354200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 185 - 369
Target Start/End: Original strand, 21190854 - 21191037
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||||||||||||| || |||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21190854 gaaatttaggtcttattataaac-agatttcataaaatatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 21190952  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    |||||||| || ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||   |||||||||||||    
T  21190953 atctacgatatatttgatttatcaaagatattaagaattagggtattagaaatacctggataaagctttcaaggcagccctctca 21191037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 104; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 185 - 371
Target Start/End: Original strand, 21197009 - 21197192
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    |||||||||||| || ||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||    
T  21197009 gaaatttaggtcatagtaaaaac-agatttcataaaacatgttcaacgattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacataagtatgaacgg 21197107  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaac 371  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||  |||||| ||||| |||||| || ||||  ||||||||||||||||    
T  21197108 atctacaacatgtttgatttatcaaggatatcaagaatta--gtattatgaatacctggataaatcttttatggcagccctctcaac 21197192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 186 - 371
Target Start/End: Original strand, 21770546 - 21770729
Alignment:
Q  186 aaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgga 285  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||  | ||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||    
T  21770546 aaatttaggtcttaattaaaaacagatttcataatacatgatcaacaatcgtaaattaatagaggaagtaaacaaaacattgaacataaatatgaacgga 21770645  T
Q  286 tctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaac 371  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||| || |||||||  ||||||||||||||||    
T  21770646 tctacgacatgtttgatttatcaaggatatcaagaatta--gtattaggaatatctgaataaagcttttatggcagccctctcaac 21770729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 185 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 18778755 - 18778573
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaa-catgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcg 283  Q
    ||||||||||||||||| ||||  | ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  18778755 gaaatttaggtcttaattaaaacaa-atttcataaaaacatgttcaataattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacgttgaacataattatgatcg 18778657  T
Q  284 gatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaatta-gggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctct 367  Q
    |||||||||| | ||| |||||||||  ||||||||||||| |||| ||||||||| |||||| || ||||  ||||||||||||    
T  18778656 gatctacgacgtatttgatttatcaa-tatattaagaattaggggttttaggaatacctggataaaactttcatggcagccctct 18778573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 222 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 25343759 - 25343617
Alignment:
Q  222 catgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaa 321  Q
    |||||||||||||  | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||    
T  25343759 catgttcaacaatcgtaaatcaatagcagaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatttttgatttatcaa-gatattaagaa 25343661  T
Q  322 ttagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccct 365  Q
    |||| |||||||||||| || ||| ||||||| || ||||||||    
T  25343660 ttagagtattaggaatacctagataaagcttttgtagcagccct 25343617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 181 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 17581801 - 17581621
Alignment:
Q  181 tgttgaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 280  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||  | | ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  17581801 tgttgaaatttagatctaaataaaaac-ataattcataaaacatgttcaactattatgaatcgatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatta 17581703  T
Q  281 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaac 371  Q
    | ||||||||||||||||| ||||| |         |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||  || |||||||||||||    
T  17581702 taggatctacgacatgtttgatttacc---------aagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatgacagccctctcaac 17581621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 226 - 371
Target Start/End: Original strand, 21783337 - 21783480
Alignment:
Q  226 ttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattag 325  Q
    |||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||     
T  21783337 ttcaacaatagtaaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacataaatatgaacggatctacgacatgtttgatttatcaaggatatcaagaatta- 21783435  T
Q  326 ggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaac 371  Q
     |||||||||||| ||| || |||||||  ||||| ||||||||||    
T  21783436 -gtattaggaatacctgaataaagcttttatggcacccctctcaac 21783480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 226 - 371
Target Start/End: Original strand, 21789560 - 21789703
Alignment:
Q  226 ttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattag 325  Q
    |||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||     
T  21789560 ttcaacaatagtaaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacataaatatgaacggatctacgacatgtttgatttatcaaggatatcaagaatta- 21789658  T
Q  326 ggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaac 371  Q
     |||||||||||| ||| || |||||||  ||||| ||||||||||    
T  21789659 -gtattaggaatacctgaataaagcttttatggcacccctctcaac 21789703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 190 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 6098148 - 6098000
Alignment:
Q  190 ttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttca---acaattatgaatc-aatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgga 285  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||   ||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||   | || ||||    
T  6098148 ttaggtcttaataaaaaacaaatttcataaaacatgttcaacaacaattatgaatcaaatagcggaagtagacaaaacattgaacatg---aagaacgga 6098052  T
Q  286 tctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaata 338  Q
    |||||||| ||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  6098051 tctacgacgtgtttgatttatcaa-gatgttaagaattagggtattaggaata 6098000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 211 - 325
Target Start/End: Original strand, 34603344 - 34603457
Alignment:
Q  211 atttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaag 310  Q
    |||| |||||||||||  ||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||    
T  34603344 atttaataaaacatgtgtaacaattatgaataaatagcg-aagcaaacaaagcattgaacataattatgatcggatctatggcatgtttgatttatcaag 34603442  T
Q  311 gatattaagaattag 325  Q
    |||||||| ||||||    
T  34603443 gatattaacaattag 34603457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 211 - 325
Target Start/End: Original strand, 34724621 - 34724734
Alignment:
Q  211 atttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaag 310  Q
    |||| |||||||||||  ||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||    
T  34724621 atttaataaaacatgtgtaacaattatgaataaatagcg-aagcaaacaaagcattgaacataattatgatcggatctatggcatgtttgatttatcaag 34724719  T
Q  311 gatattaagaattag 325  Q
    |||||||| ||||||    
T  34724720 gatattaacaattag 34724734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 185 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 6102799 - 6102693
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttca---acaattatgaatc-aatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 280  Q
    |||||||||||||| |||||||| | ||||||||||| |||||||   ||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||    
T  6102799 gaaatttaggtcttcataaaaaacatatttcataaaatatgttcaacaacaatcatgaatcaaatagcggaagcagacaaaacattgaacatcaatatga 6102700  T
Q  281 tcggatc 287  Q
     ||||||    
T  6102699 acggatc 6102693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 233 - 374
Target Start/End: Original strand, 17900174 - 17900313
Alignment:
Q  233 attatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtatta 332  Q
    ||||||||| | ||| |||||||||||||| |||| |||| | |||| ||| |||||| ||||||||  |  |||||||||||||| ||| | ||||||     
T  17900174 attatgaattattaggggaagcaaacaaaaaattgtacataaatatgttcgaatctacaacatgtttggtccatcaaggatattaataatca-ggtattt 17900272  T
Q  333 ggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaactga 374  Q
    ||||||||| ||| |||||||  |||||||||| ||||||||    
T  17900273 ggaatatct-gattaagctttaatggcagccctttcaactga 17900313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 277 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 1106294 - 1106232
Alignment:
Q  277 atgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaatt-agggtattaggaata 338  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||| |||||| ||||||| |||| | |||||||||||||    
T  1106294 atgatcggatctacaacatgtttgattcatcaagaatattaataattcaaggtattaggaata 1106232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 139; Significance: 1e-72; HSPs: 23)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 185 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 9935450 - 9935269
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9935450 gaaatttaggtcttaataaaaac-agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaatatgattatgatcgg 9935352  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctct 367  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||  | ||||||||||    
T  9935351 atctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaatctttcatagcagccctct 9935269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 185 - 369
Target Start/End: Original strand, 5542148 - 5542331
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||||||||| |||||| ||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5542148 gaaatttaggttttaatataaa-tagattttataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 5542246  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||   |||||||||||||    
T  5542247 atctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctagataaagctttcaaggcagccctctca 5542331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 185 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 32891060 - 32890893
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    |||||||||||||||||| |||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32891060 gaaatttaggtcttaatataaac-agatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 32890962  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagcttt 353  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  32890961 atctacgacatgtttgatttaccaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttt 32890893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 185 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 32897184 - 32897017
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    |||||||||||||||||| |||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32897184 gaaatttaggtcttaatataaac-agatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 32897086  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagcttt 353  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  32897085 atctacgacatgtttgatttaccaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttt 32897017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 185 - 353
Target Start/End: Original strand, 42992991 - 42993158
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42992991 gaaatttaggtcttaattaaaaacagatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 42993090  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagcttt 353  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||    
T  42993091 atctacgacatgtttgatttatcaa-gatattaagaattagggtattaggaataccttgataaagcttt 42993158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 185 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 14418109 - 14417931
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14418109 gaaatttaggtcttaataaaaac-agatttcataaaacatgtttaac---tatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 14418014  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctct 367  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||  | ||||||||||    
T  14418013 atctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctct 14417931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 185 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 7771403 - 7771221
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    |||||||||||||||||| |||  ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7771403 gaaatttaggtcttaatataaac-agatttcataatacatgttcaacaattataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 7771305  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||| || ||| ||||||||    
T  7771304 atctacgacatgtttgatttaccaaggatattaagaattagggtattaagaatacctggat-aagcttttgtagcaaccctctca 7771221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 185 - 371
Target Start/End: Original strand, 1882739 - 1882928
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  1882739 gaaatttaggtcttaatataaaacagatttcatagaacatgttcaacaattaagaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgaatatgaacgg 1882838  T
Q  285 atct-acgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctg--gatgaagctttggtggcagccctctcaac 371  Q
    |||| | ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||  ||||||||||||||||    
T  1882839 atctaatgacatgtttgatttatcaaggatgttaagaattagggtattaggaatacctggagatgaagctttcatggcagccctctcaac 1882928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 187 - 371
Target Start/End: Original strand, 22219706 - 22219891
Alignment:
Q  187 aatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaac-aaaacattgaacatgattatgatcgga 285  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||| |||  ||||| |||||||||||||||||||||    
T  22219706 aatttaggtcttaataaaaag-agatttcataaaacatgttcaatagttatgaatcaatagcagaagaaaaagaaaactttgaacatgattatgatcgga 22219804  T
Q  286 tctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctgga-tgaagctttggtggcagccctctcaac 371  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  22219805 tctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggattgaagctttgatggcagccctctcaac 22219891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 185 - 345
Target Start/End: Original strand, 14799404 - 14799562
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    |||||||||||||||||| |||  | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14799404 gaaatttaggtcttaatataaacaa-atttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 14799502  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggat 345  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  14799503 atctacgacatgtttgatttatcaa-gatattaagaattagggtattaggaatacctggat 14799562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 185 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 36819142 - 36818960
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    |||||||||||||||||| |||  | || |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  36819142 gaaatttaggtcttaatataaacaa-atctcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagtggaagcaaacaaaacattgaatatgattatgatcgg 36819044  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| || || |||||||||    
T  36819043 atctacgacatgtttgatttatcaa-gatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttttgtagccgccctctca 36818960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 104; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 185 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 10706015 - 10705826
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgat--- 281  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||| ||||||  | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||       
T  10706015 gaaatttaggtcttaattaaaaacagatttcataatacatgtttaacaatcgtaaatcaatagcgtaagcaaacaaaacattgaacatgattatgattat 10705916  T
Q  282 ---cggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
       |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||| || ||||||||||||    
T  10705915 gatcggatctacgacatgtttgatttatcaag-atattaagaattagggtattaggattacctggataaagcttttgtagcagccctctca 10705826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 203 - 345
Target Start/End: Original strand, 39735557 - 39735699
Alignment:
Q  203 aaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttat 302  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||    
T  39735557 aaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagtaaataaaatattgaacatgattatgattgtatctacgacatgtttgat 39735656  T
Q  303 ttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggat 345  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||    
T  39735657 ttatcaaagatattaagaactagggtataaggaatacctggat 39735699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 185 - 371
Target Start/End: Original strand, 39727305 - 39727484
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataa--aaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatc 282  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39727305 gaaatttaggtcttaataataaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaataacggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatc 39727404  T
Q  283 ggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaac 371  Q
             |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||  || ||||  ||||| ||||||||||    
T  39727405 ---------acatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtataagaaatacctggaaaaaactttcttggcaaccctctcaac 39727484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 259 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 10700127 - 10700018
Alignment:
Q  259 aaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtgg 358  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| || |    
T  10700127 aaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaa-gatattaagaattagggtattaggaatatctggataaaacttttgtag 10700029  T
Q  359 cagccctctca 369  Q
    |||||||||||    
T  10700028 cagccctctca 10700018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 186 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 24250272 - 24250171
Alignment:
Q  186 aaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgga 285  Q
    ||||||||||||||| |||| |||  |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  24250272 aaatttaggtcttaaaaaaacata--tttcataaaacatgttgaacaaatatgaatcaatagcggaaacaaacaaaatattgaacattattatgatcgga 24250175  T
Q  286 tcta 289  Q
    ||||    
T  24250174 tcta 24250171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 183 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 1171495 - 1171414
Alignment:
Q  183 ttgaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacatt 266  Q
    ||||||||||||||||||||||| |  |||||||| |||||| |||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||    
T  1171495 ttgaaatttaggtcttaataaaaca--gatttcatgaaacatattcaacaattatgattcaaccgcggaagcaaacaaaacatt 1171414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 209 - 280
Target Start/End: Original strand, 31399048 - 31399119
Alignment:
Q  209 agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 280  Q
    |||||| |||| | |||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  31399048 agatttaataacatatgttcaataattatgaatcaatagtggaggcaaacaatacattgaacatgattatga 31399119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 211 - 278
Target Start/End: Original strand, 31379435 - 31379502
Alignment:
Q  211 atttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattat 278  Q
    ||||||||| ||||||| || ||||||||||||||  |||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  31379435 atttcataacacatgtttaataattatgaatcaatgacggaggcaaataaaacattgaacatgattat 31379502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 185 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 42033925 - 42033856
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaa 257  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||| ||||||||    
T  42033925 gaaatttaggtcttactaaaaa-tagatttcataaaaca--ttcaacaacaatgaatcaatagcagaagcaaa 42033856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 232 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 17954632 - 17954565
Alignment:
Q  232 aattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttt 299  Q
    |||||||||||| || |||||||||| | |||||| ||||||| |||||| ||||| || ||||||||    
T  17954632 aattatgaatcattaacggaagcaaaaacaacattaaacatgaatatgattggatccacaacatgttt 17954565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 190 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 39689828 - 39689782
Alignment:
Q  190 ttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattat 237  Q
    |||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  39689828 ttaggttttaataaaaac-agatttcataaaacatgttcaacaattat 39689782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 185 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 10700181 - 10700132
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaat 234  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| ||||||| ||||||    
T  10700181 gaaatttaggtcttaattaaaaacatatttcataatacatgtttaacaat 10700132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0440 (Bit Score: 137; Significance: 2e-71; HSPs: 1)
Name: scaffold0440
Description:

Target: scaffold0440; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 185 - 353
Target Start/End: Original strand, 1181 - 1349
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1181 gaaatttaggtcttaattaaaaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaaaggcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 1280  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagcttt 353  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  1281 atctacgatatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttt 1349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0236 (Bit Score: 133; Significance: 5e-69; HSPs: 1)
Name: scaffold0236
Description:

Target: scaffold0236; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 209 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 5683 - 5523
Alignment:
Q  209 agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatca 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5683 agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatca 5584  T
Q  309 aggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||   |||||||||||||    
T  5583 aggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctca 5523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 133; Significance: 5e-69; HSPs: 23)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 185 - 369
Target Start/End: Original strand, 28525374 - 28525557
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    |||||||||||||||||| |||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28525374 gaaatttaggtcttaatataaac-agatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 28525472  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||   |||||||||||||    
T  28525473 atctacgacatgtttgatttattaaggatattaagaattagggtattatgaatacctggataaagctttcaaggcagccctctca 28525557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 185 - 369
Target Start/End: Original strand, 28531470 - 28531653
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    |||||||||||||||||| |||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28531470 gaaatttaggtcttaatataaac-agatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 28531568  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||   |||||||||||||    
T  28531569 atctacgacatgtttgatttattaaggatattaagaattagggtattatgaatacctggataaagctttcaaggcagccctctca 28531653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 209 - 369
Target Start/End: Original strand, 12686190 - 12686350
Alignment:
Q  209 agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatca 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  12686190 agatttcataaaacatgttcaacaattataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatca 12686289  T
Q  309 aggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||   |||||||||||||    
T  12686290 aggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctca 12686350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 209 - 369
Target Start/End: Original strand, 12692292 - 12692452
Alignment:
Q  209 agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatca 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  12692292 agatttcataaaacatgttcaacaattataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatca 12692391  T
Q  309 aggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||   |||||||||||||    
T  12692392 aggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctca 12692452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 189 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 24054502 - 24054338
Alignment:
Q  189 tttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatct 288  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24054502 tttaggtcttaataaaaac-agatttcataaaacatgttcaacaattataaatctatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatct 24054404  T
Q  289 acgacatgttttatttatcaaggatattaagaattaggg-tattaggaatatctggatgaagcttt 353  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||    
T  24054403 acgacatgtttgatttatcaaggatattaagaatttgggatattaggaatacctggataaagcttt 24054338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 185 - 353
Target Start/End: Original strand, 30384364 - 30384532
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaat-agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcg 283  Q
    ||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30384364 gaaatttaggttttaataaaaaaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacacgattatgatcg 30384463  T
Q  284 gatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagcttt 353  Q
    |||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  30384464 gatcta-gacatgtctgatttatcaaggatattaagaataagggtattaagaatacctggatgaagcttt 30384532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 185 - 353
Target Start/End: Original strand, 7389536 - 7389702
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    |||||||||||||||||| |||  | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7389536 gaaatttaggtcttaatataaacaa-atttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 7389634  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagcttt 353  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  7389635 atccacgacatgtttgatttatcaa-gatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttt 7389702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 185 - 371
Target Start/End: Original strand, 32094147 - 32094332
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||| |||| ||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  32094147 gaaatttaggtcttaattaaaaacagattttataatacatgttcaacaatcgtaaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatagg 32094246  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaac 371  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| || |||||||  | ||||||||||||||    
T  32094247 atctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaatta-ggtattaggaatacctgaataaagctttcatagcagccctctcaac 32094332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 185 - 371
Target Start/End: Original strand, 32096948 - 32097133
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  32096948 gaaatttaggtcttaattaaaaacagatttcataatacatgttcaacaatcgtaaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatagg 32097047  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaac 371  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||| || |||||||  | |||| |||||||||    
T  32097048 atctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaatta-ggtattaggattacctgaataaagctttcatagcagtcctctcaac 32097133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 185 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 41297448 - 41297291
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||||| |||||||||| |||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  41297448 gaaatttgggtcttaatataaag-agatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcagaagcaaacaaaacattgaacataattatgatcgg 41297350  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctgg 343  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  41297349 atctacgacatgtttgatttatcaaggatataaagaattagggtattaggaatacctgg 41297291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 185 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 30772455 - 30772269
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaa-cattgaacatgattatgatcg 283  Q
    ||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||| || || |||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  30772455 gaaatttagttcttaataaaaa-taaatttcataaaacatgttcaataattatgaataaacagtggaagcaaacaaaaacaatgaacatgattatgatcg 30772357  T
Q  284 gatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaac 371  Q
    |||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||| |||  ||||||||||||||||    
T  30772356 gatcgacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggattacctggataaagtttttatggcagccctctcaac 30772269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 185 - 333
Target Start/End: Original strand, 16215162 - 16215309
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    |||||||||||||| |||||||  ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  16215162 gaaatttaggtctttataaaaac-agatttcataacacatattcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacatttaacatgattatgattgg 16215260  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattag 333  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  16215261 atctacgaaatgtttgatttatcaaggatattaaaaattagggtattag 16215309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 185 - 368
Target Start/End: Original strand, 19059752 - 19059936
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||||||||||||||||||||  | |||||||||||| | |||||| ||||| ||||| ||| |||||||||||||| ||| ||||||| ||| | |||    
T  19059752 gaaatttaggtcttaataaaaac-atatttcataaaacgtattcaacgattataaatcattaggggaagcaaacaaaatattaaacatgaatataaacgg 19059850  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctg--gatgaagctttggtggcagccctctc 368  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  19059851 atctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattagaaatacctggagatgaagctttggtggcagccctctc 19059936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 185 - 368
Target Start/End: Original strand, 19066095 - 19066279
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    |||||||| |||||||||||||  | |||||||||| |||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| |||    
T  19066095 gaaatttaagtcttaataaaaac-atatttcataaaccatgttcaacgattataaatcattagcggaagcaaacaaaacattaagcatgaatatgaacgg 19066193  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctg--gatgaagctttggtggcagccctctc 368  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |  |||||||||||||||||||| |||||    
T  19066194 atctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattatggtattaggaataccaggagatgaagctttggtggcagctctctc 19066279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 186 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 14610321 - 14610184
Alignment:
Q  186 aaatttaggtcttaataaaaaat-agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  14610321 aaatttaggtcttaacaaaaaaacagatttcataaaacatgttcaacaattatgaattaatagcggaagcaaataaaccattgaacatgattatgatcgg 14610222  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaat 322  Q
    || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14610221 atttacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaat 14610184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 203 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 26510001 - 26509838
Alignment:
Q  203 aaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttat 302  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||   |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||   | ||||||||| ||| ||    
T  26510001 aaaaacagatttcataaaacatgttcaatcattatgaa---atagtggaagcaaacaaaacattgaacataattatgatataaactacgacatatttgat 26509905  T
Q  303 ttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaac 371  Q
    | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| || ||| |||||||||    
T  26509904 tcatcaa-gatattaagaatta-ggtattaggaatatatgaatgaagctttgatgacagtcctctcaac 26509838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 264 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 20500231 - 20500124
Alignment:
Q  264 attgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagcc 363  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||| |||||| || ||||  ||||||||    
T  20500231 attgaacatgattatgatcggatctacgacatacttgatttatcaaggatactaagaattagagtattagaaatacctggataaaacttttatggcagcc 20500132  T
Q  364 ctctcaac 371  Q
    ||||||||    
T  20500131 ctctcaac 20500124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 211 - 328
Target Start/End: Original strand, 26316805 - 26316922
Alignment:
Q  211 atttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaag 310  Q
    |||||||||||||||||||| |||| | ||| ||||| ||||||||| |||||||||||||| | |||||| ||||||| ||||||||| ||||||| |     
T  26316805 atttcataaaacatgttcaataattttaaattaatagtggaagcaaaaaaaacattgaacattaatatgattggatctaggacatgtttgatttatctac 26316904  T
Q  311 gatattaagaattagggt 328  Q
    | |||||| |||||||||    
T  26316905 ggtattaataattagggt 26316922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 259 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 28542336 - 28542269
Alignment:
Q  259 aaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagg 326  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  28542336 aaaacattgaacatgattatgatcgaaactacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagg 28542269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 181 - 323
Target Start/End: Original strand, 37896282 - 37896423
Alignment:
Q  181 tgttgaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatga 280  Q
    |||||||| |||||||||||  ||||  | |||||||||| ||| || || ||| ||||||||| ||| |||| ||| ||||  ||||||||||||||||    
T  37896282 tgttgaaaattaggtcttaaataaaacga-atttcataaatcatatttaataatcatgaatcaacagcagaagtaaataaaatgttgaacatgattatga 37896380  T
Q  281 tcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaatt 323  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||| ||||||| ||||    
T  37896381 tcggatctacgacatgattgatttatcaagaatattaataatt 37896423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 186 - 241
Target Start/End: Original strand, 8706454 - 8706508
Alignment:
Q  186 aaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaat 241  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  8706454 aaatttaggtcttaataaaa-atagatttcataaaatatgttcaacaattatgaat 8706508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 308 - 338
Target Start/End: Original strand, 8706532 - 8706562
Alignment:
Q  308 aaggatattaagaattagggtattaggaata 338  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8706532 aaggatattaagaattagggtattaggaata 8706562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 240 - 296
Target Start/End: Original strand, 33753294 - 33753350
Alignment:
Q  240 atcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatg 296  Q
    |||| ||||||||||||| ||||| |||| ||||| |||||||| |||||| |||||    
T  33753294 atcattagcggaagcaaaaaaaactttgagcatgaatatgatcgaatctacaacatg 33753350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 133; Significance: 5e-69; HSPs: 27)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 185 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 24288156 - 24287977
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  24288156 gaaatttaggtcttaataaa---tagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgt 24288060  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctct 367  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||  | ||||||||||    
T  24288059 atctacgacatgtttgatttatcaaggttattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcatagcagccctct 24287977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 209 - 369
Target Start/End: Original strand, 10733257 - 10733417
Alignment:
Q  209 agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatca 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10733257 agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaataaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatca 10733356  T
Q  309 aggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||   |||||||||||||    
T  10733357 aggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaacctttcaaggcagccctctca 10733417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 209 - 369
Target Start/End: Original strand, 10739350 - 10739510
Alignment:
Q  209 agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatca 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10739350 agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcagaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatca 10739449  T
Q  309 aggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||   |||||||||||||    
T  10739450 aggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaacctttcaaggcagccctctca 10739510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 209 - 369
Target Start/End: Original strand, 10947026 - 10947186
Alignment:
Q  209 agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatca 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10947026 agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaataaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatca 10947125  T
Q  309 aggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||   |||||||||||||    
T  10947126 aggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaacctttcaaggcagccctctca 10947186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 209 - 369
Target Start/End: Original strand, 10953119 - 10953279
Alignment:
Q  209 agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatca 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10953119 agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcagaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatca 10953218  T
Q  309 aggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||   |||||||||||||    
T  10953219 aggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaacctttcaaggcagccctctca 10953279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 185 - 369
Target Start/End: Original strand, 33458254 - 33458438
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | ||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  33458254 gaaatttaggtcttaattaaaaacagatttcataatatatgttcaacaatcgtaaatcaatagcggaagcaaacaaaatattgaacatgattatgatcgg 33458353  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||  | ||||||||||||    
T  33458354 atctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcttagcagccctctca 33458438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 185 - 369
Target Start/End: Original strand, 6257193 - 6257376
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6257193 gaaatttaggtcttaatataaa-tagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaacagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 6257291  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||| || ||||||||||||    
T  6257292 atctacaacatgtttgatttatcaaggatgttaagaattaggatattaggaatacctggataaagctttcgtagcagccctctca 6257376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 185 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 48161127 - 48160948
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  48161127 gaaatttaggtcttaataaaaa-tagatttcataaaatatgttcaac---tatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacataattatgatcgg 48161032  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||| ||  |||||||||||    
T  48161031 atctacgacatgtttgatttatcaa-gatattaagaattagggtattaggaatacctgaataaagcttttgtaacagccctctca 48160948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 185 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 48167346 - 48167167
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  48167346 gaaatttaggtcttaataaaaa-tagatttcataaaatatgttcaac---tatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacataattatgatcgg 48167251  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||| ||  |||||||||||    
T  48167250 atctacgacatgtttgatttatcaa-gatattaagaattagggtattaggaatacctgaataaagcttttgtaacagccctctca 48167167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 185 - 371
Target Start/End: Original strand, 26963329 - 26963512
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||    
T  26963329 gaaatttaggtcttaataaaaacaa-atttcataaaacatgttcaacgattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacataagtatgaacgg 26963427  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaac 371  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||| |||||| |||||||  ||| ||||||||||||    
T  26963428 atctacgacatgtttgatttatcaaggatatcaagaatta--gtattaggaatacctggataaagcttttatggtagccctctcaac 26963512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 185 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 50168764 - 50168588
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    |||||||||||||||||||||   ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  50168764 gaaatttaggtcttaataaaacc-agattacataaaacacgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcga 50168666  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagcc 363  Q
    || |||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||| |||| ||| |||||  ||||||||    
T  50168665 atatacgacatgtttgatttatcaagaatattaacaatta-ggtataaggaatacctggttgaggctttcatggcagcc 50168588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 223 - 369
Target Start/End: Original strand, 33461418 - 33461563
Alignment:
Q  223 atgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaat 322  Q
    ||||||||||||  | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  33461418 atgttcaacaatcgtaaatcaatagtggaagcaaacaaaacattgaacatgattatggtcggatttacgacatgtttgatttatcaa-gatattaagaat 33461516  T
Q  323 tagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| |  ||||||||||||    
T  33461517 tagggtattaggaatatctggataaagcttttgcagcagccctctca 33461563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 185 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 49976758 - 49976609
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||||||| | ||||||||||  | |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  49976758 gaaatttagattttaataaaaacaa-atttcataaaacatattcaacaattatgaatcgatagcgaaagcaaacaaaacattgaatatgattatgatcgg 49976660  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaata 338  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||   ||| |||||| ||||||||||||    
T  49976659 atctacgacatgtttgatttatcaagga---taataattagagtattaggaata 49976609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 185 - 298
Target Start/End: Original strand, 26956817 - 26956929
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||| |||    
T  26956817 gaaatttaggtcttaataaaaac-agatttcataaaacatgttcaacgattatgaatcaatagcggaagcaaataaaacattgaacataagtatgaacgg 26956915  T
Q  285 atctacgacatgtt 298  Q
    ||||||||||||||    
T  26956916 atctacgacatgtt 26956929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 214 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 3769710 - 3769587
Alignment:
Q  214 tcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggat 313  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  3769710 tcataaaatatgttcaataattatgaatcaataatttaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttcattaatcaaggat 3769611  T
Q  314 attaagaattagggtattaggaata 338  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||    
T  3769610 attaataatta-ggtattaggaata 3769587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 244 - 371
Target Start/End: Original strand, 44831658 - 44831785
Alignment:
Q  244 atagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctgg 343  Q
    ||||||||||||||  || |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| || |    
T  44831658 atagcggaagcaaattaatcattgaacatgaatatgatcgaatctacgacatgtttaatttatcaaggatattaagaactagggtattaagaatacctag 44831757  T
Q  344 atgaagctttggtggcagccctctcaac 371  Q
    ||||||||||| |  || ||||||||||    
T  44831758 atgaagctttgataacaaccctctcaac 44831785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 185 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 4632958 - 4632869
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgat 275  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4632958 gaaatttaggtcttaataaaaac-agatttcataaaacatgttcaacaattattaatcaacagcggaagcaaacaaaacattgaacatgat 4632869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 211 - 338
Target Start/End: Original strand, 19686341 - 19686468
Alignment:
Q  211 atttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaag 310  Q
    |||||||||||||||||||| || ||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||| | ||||| ||||||||||| ||||| || ||| ||||||    
T  19686341 atttcataaaacatgttcaataactataaatcaataacggaagcaaacaaaatattgaacgtaattatcatcggatctacaacatgcttgattaatcaag 19686440  T
Q  311 gatattaagaattagggtattaggaata 338  Q
     |||||||||||| |||||||| |||||    
T  19686441 catattaagaattcgggtattatgaata 19686468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 218 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 9237502 - 9237402
Alignment:
Q  218 aaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatatta 317  Q
    |||||||||||||  ||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  9237502 aaaacatgttcaatgattatgaatgaatagtcgaagcaaacagaacattgaatatgattatgctcggatttacgacatgtttgatttatcaagtatatta 9237403  T
Q  318 a 318  Q
    |    
T  9237402 a 9237402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 266 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 4632482 - 4632396
Alignment:
Q  266 tgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagcttt 353  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||  ||||| |||||||    
T  4632482 tgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaa-gatattaagaattagggtatcagaaatacttggataaagcttt 4632396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 185 - 271
Target Start/End: Original strand, 34308060 - 34308144
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaaca 271  Q
    |||||||| |||||||||||| |  ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  34308060 gaaatttacgtcttaataaaaca--gattttataaaacatgttcaataattatgaatcaatagcggaagcatacaaaatattgaaca 34308144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 235 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 50427497 - 50427354
Alignment:
Q  235 tatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgt--------tttatttatcaaggatattaagaattagg 326  Q
    ||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||        || |||||||||| | |||||||||||||    
T  50427497 tatgaattaatagtggaagcaatcaaaacattgaa-atgattatgatcggatgtacgacatgtttaatttattgatttatcaagaagattaagaattagg 50427399  T
Q  327 gtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaac 371  Q
    |||||||||||| ||||||  ||| ||  ||| ||||||||||||    
T  50427398 gtattaggaatacctggatatagcgttcatggaagccctctcaac 50427354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 216 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 50156086 - 50155962
Alignment:
Q  216 ataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatat 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            | ||||| |||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||    
T  50156086 ataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaag------------taaacataattaagatcggatatacgacatgtttgatttatcaagaatat 50155999  T
Q  316 taagaattagggtattaggaatatctggatgaagcttt 353  Q
    ||| |||||  |||| |||||||| ||| ||| |||||    
T  50155998 taacaatta-cgtataaggaatatttggttgaggcttt 50155962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 185 - 286
Target Start/End: Original strand, 55473133 - 55473230
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    |||||||||||||||||| |||  | ||||||||||| |||||||| ||| |   |||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||| ||    
T  55473133 gaaatttaggtcttaatagaaacaa-atttcataaaatatgttcaataataa---atcaatagcggaagcaaataaaatattgaatatgattatgattgg 55473228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 292 - 371
Target Start/End: Original strand, 31986745 - 31986823
Alignment:
Q  292 acatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaac 371  Q
    |||||||| ||||||||||||||  || ||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| |||| ||||| |||||    
T  31986745 acatgtttgatttatcaaggataacaataattagg-tattaggaatatctgaatgaagttttgatggcggccctttcaac 31986823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 239 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 32284770 - 32284694
Alignment:
Q  239 aatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatat 315  Q
    ||||| |||||||| |||| |||| |||||||| || ||| ||| ||||||  |||||||||||||||||| |||||    
T  32284770 aatcattagcggaaacaaataaaatattgaacaggaatataatcagatctagaacatgttttatttatcaaagatat 32284694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 233 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 35177883 - 35177806
Alignment:
Q  233 attatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaag 310  Q
    ||||||||| |||||| |||  |||||||||||| || |||||||| ||||||| ||| |||| ||  ||||||||||    
T  35177883 attatgaattaatagctgaaaaaaacaaaacattaaatatgattataatcggatatacaacatattagatttatcaag 35177806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 133; Significance: 5e-69; HSPs: 14)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 185 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 34740157 - 34739974
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    |||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34740157 gaaatttaggtcttaatataaac-agatttcataaaacatgttcatcaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 34740059  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || || ||||   |||||||||||||    
T  34740058 atctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctgaataaacctttcaaggcagccctctca 34739974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 209 - 353
Target Start/End: Original strand, 25387515 - 25387659
Alignment:
Q  209 agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatca 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  25387515 agatttcataaaacatgttcaacaaatatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatca 25387614  T
Q  309 aggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagcttt 353  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  25387615 aggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttt 25387659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 185 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 50306360 - 50306178
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    |||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  50306360 gaaatttaggtcttaatataaac-agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattataatcgg 50306262  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||   |||||||||||||    
T  50306261 atctacgacatgtttgatttatcaa-gatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctca 50306178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 185 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 1078395 - 1078212
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    |||||||||||||||||| |||  ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1078395 gaaatttaggtcttaatataaac-agatttcataatacatgttcaacaattattaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 1078297  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||| ||  |||||||||||    
T  1078296 atctacgacatgtttgatttaccaagaatattaagaattagggtattaagaatacctggataaagcttttgtaacagccctctca 1078212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 185 - 369
Target Start/End: Original strand, 25381523 - 25381706
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||| |||||||||||| |||  ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25381523 gaaatataggtcttaatataaac-agatttcataatacatgttcaacaactatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 25381621  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    |||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||  |||||||||||    
T  25381622 atctacgaaatgtttgatttaccaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttttgtaacagccctctca 25381706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 185 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 44410181 - 44409998
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||    
T  44410181 gaaatttaggtcttactaaaaac-agatttcataaaacatgttcaacgattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacataaatatgaacgg 44410083  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaac 371  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||| |||||| |||||||  ||||||||||||||||    
T  44410082 atctacgacatgtttgatttatcaaggatatcaagaatta--gtattaggaatacctggataaagcttttatggcagccctctcaac 44409998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 186 - 368
Target Start/End: Original strand, 24926744 - 24926926
Alignment:
Q  186 aaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgga 285  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| ||||    
T  24926744 aaatttaggtcttaataaaaac-agatt-cataaaacatgttcaacgattatgaatcaatagcggaagcaaccaaaacattgaacattaatatgaacgga 24926841  T
Q  286 tctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctg--gatgaagctttggtggcagccctctc 368  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||  |||||||||||| |||  |||||||||||||||||||| |||||    
T  24926842 tctacgacatgtttgatttatcaagaatattaagaattaacgtattaggaatacctgaagatgaagctttggtggcagcactctc 24926926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 186 - 368
Target Start/End: Original strand, 24963691 - 24963874
Alignment:
Q  186 aaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgga 285  Q
    |||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  24963691 aaatttagatcttaataaaaac-agatttcataaaacatgttcaacgaatatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgaatatgaacgga 24963789  T
Q  286 tctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctg--gatgaagctttggtggcagccctctc 368  Q
    |||||| ||||||| |||||||||| ||| |||||||||  |||||||||||| |||  |||||||||||||||| |||||||||    
T  24963790 tctacgccatgtttgatttatcaagaatagtaagaattaaagtattaggaatacctgaagatgaagctttggtggtagccctctc 24963874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 185 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 31058215 - 31058033
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    |||||||||||||||||| |||  ||||||||||| ||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31058215 gaaatttaggtcttaatataaac-agatttcataatacatgttcaacaatcgtaaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 31058117  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||  ||||| || |||| || ||| ||||||||    
T  31058116 atctacgacatgtttgatttatcaa-gatattaagaattagggtattaagaatacttggataaaacttttgtagcaaccctctca 31058033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 214 - 369
Target Start/End: Original strand, 8092862 - 8093017
Alignment:
Q  214 tcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggat 313  Q
    |||||| |||| |||||||||  | |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  8092862 tcataatacatattcaacaatcgtaaatcaatagcagaagcaaataaaacattgaacatgattatgatcggatctatgacatgtttgatttatcaaggat 8092961  T
Q  314 attaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    |||||||||| |||||| ||||||| |||||| ||||||| || |||| |||||||    
T  8092962 attaagaatttgggtatgaggaatacctggataaagcttttgtagcagtcctctca 8093017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 214 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 31051687 - 31051557
Alignment:
Q  214 tcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggat 313  Q
    |||||| ||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  31051687 tcataatacatgttcaacaatcgtaaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgattggatctacgacatgtttgatttatcaa-gat 31051589  T
Q  314 attaagaattagggtattaggaatatctggat 345  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  31051588 attaagaattagggtattaagaatacctggat 31051557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 185 - 353
Target Start/End: Original strand, 12183567 - 12183738
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaat-----tatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatg 279  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||     ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  12183567 gaaatttagttcttaataaaaa-tagatttcataaaatatgttcaacaatataattatgaatcaatagtggaagcaaacaaaatattgaacataattatg 12183665  T
Q  280 atcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagcttt 353  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||| ||| || |||||||    
T  12183666 attggatctacgacatgtttgatttatcaa-gatattaagaatttgagtattaggaatacctgaataaagcttt 12183738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 204 - 371
Target Start/End: Original strand, 38151981 - 38152142
Alignment:
Q  204 aaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatt 303  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||      |||||| |||||||||||||||| |||    
T  38151981 aaaatagatttcataaaacatgttcaacaattattaatcaacagcggaagcaaacaaaatattgaac------atgatcagatctacgacatgtttgatt 38152074  T
Q  304 tatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaac 371  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| || ||  |||||||||    
T  38152075 tatcaaacatattaagaattagggtattaggaatacctgaatgaaactttgatgacaatcctctcaac 38152142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 185 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 27955331 - 27955219
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| || ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27955331 gaaatttaggtcttaataaaaac-agatttcataaaacatgtttaataatcat-aatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 27955234  T
Q  285 atctacgacatgttt 299  Q
    |||||| ||||||||    
T  27955233 atctacaacatgttt 27955219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0363 (Bit Score: 129; Significance: 1e-66; HSPs: 1)
Name: scaffold0363
Description:

Target: scaffold0363; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 185 - 367
Target Start/End: Original strand, 610 - 788
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  610 gaaatttaggtcttaataaaaac-agatttcataaaacatgtttaac---tatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 705  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctct 367  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||  | ||||||||||    
T  706 atctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcatagcagccctct 788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 120; Significance: 3e-61; HSPs: 1)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 186 - 353
Target Start/End: Original strand, 172879 - 173045
Alignment:
Q  186 aaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgga 285  Q
    ||||||||||||||||| |||  || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  172879 aaatttaggtcttaatataaac-aggtttcataaaacatgttctacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaaaatgattatgatcgga 172977  T
Q  286 tctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagcttt 353  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||| |||||||    
T  172978 tctacgacatgtttaatttatcaaggatattaagaattaggatattaggaatacatggataaagcttt 173045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0208 (Bit Score: 104; Significance: 9e-52; HSPs: 2)
Name: scaffold0208
Description:

Target: scaffold0208; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 211 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 6670 - 6511
Alignment:
Q  211 atttcataaaacatgttcaacaatt-atgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaa 309  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||| |||||||| |||||||||    
T  6670 atttcataaaccatgttcaacaatttatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgactgaatctacaacatgtttgatttatcaa 6571  T
Q  310 ggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctca 369  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||   |||||||||||||    
T  6570 ggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttcaaggcagccctctca 6511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0208; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 211 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 12543 - 12400
Alignment:
Q  211 atttcataaaacatgttcaacaatt-atgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaa 309  Q
    |||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  12543 atttcataaaccatattcaacaatttatgaatcaatagcggaagcaaataaaacattgaacataattatgatcgaatctacgacatgtttgatttatcaa 12444  T
Q  310 ggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagcttt 353  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  12443 ggatattaagaattaggctattaggaatatctggataaagcttt 12400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0085 (Bit Score: 74; Significance: 7e-34; HSPs: 1)
Name: scaffold0085
Description:

Target: scaffold0085; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 209 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 38576 - 38433
Alignment:
Q  209 agatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatca 308  Q
    ||||||||||| ||||||||||  ||||  |||||| || ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||| ||| |||||||    
T  38576 agatttcataagacatgttcaatcattagaaatcaacagtggaagcaaacaaaacattgaacatagttatgatcggatctacaacatg-tttgtttatca 38478  T
Q  309 aggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttg 354  Q
    || ||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  38477 agaatattaataatta-ggtattaggaatacctggatgaagctttg 38433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1114 (Bit Score: 73; Significance: 3e-33; HSPs: 1)
Name: scaffold1114
Description:

Target: scaffold1114; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 185 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 1256 - 1074
Alignment:
Q  185 gaaatttaggtcttaataaaaaatagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgg 284  Q
    |||||| || ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||    ||  | ||||||||||||||    
T  1256 gaaattcagatcttaataaaaac-agatttcataaaacatgttcaaccattatgaatcaatatcgaaagcaaacaat---ttagatatgattatgatcgg 1161  T
Q  285 atctacgacatgttttatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatatctggatgaagctttggtggcagccctctcaac 371  Q
    ||| ||||||||||| | |||||| | ||||||| |||||| ||||||| ||||||||||| || ||||  ||||||| ||||||||    
T  1160 atcaacgacatgtttgacttatcatgcatattaacaattagagtattagaaatatctggataaaactttcatggcagctctctcaac 1074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0185 (Bit Score: 66; Significance: 4e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold0185
Description:

Target: scaffold0185; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 219 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 6061 - 5945
Alignment:
Q  219 aaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgttttatttatcaaggatattaa 318  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||||||| |  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||     
T  6061 aaacatgttcaataattattaatcaatagcggcattaaacaaaacattgaacatgaatatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaaaatattat 5962  T
Q  319 gaattagggtattaggaa 336  Q
     ||||| |||||||||||    
T  5961 taatta-ggtattaggaa 5945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0901 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000009; HSPs: 1)
Name: scaffold0901
Description:

Target: scaffold0901; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 132 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 4616 - 4571
Alignment:
Q  132 attgcaattgcattttgtaattgtaaattgaaagtcattttggggt 177  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4616 attgcaattgcattttgtaattgtaaattgaaagtcatgttggggt 4571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0900 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000009; HSPs: 1)
Name: scaffold0900
Description:

Target: scaffold0900; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 132 - 177
Target Start/End: Original strand, 1 - 46
Alignment:
Q  132 attgcaattgcattttgtaattgtaaattgaaagtcattttggggt 177  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  1 attgcaattgcattttgtaattgtaaattgaaagtcatgttggggt 46  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University