View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF14599_low_1 (Length: 339)
Name: NF14599_low_1
Description: NF14599
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF14599_low_1 |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 305; Significance: 1e-172; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 305; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 4 - 316
Target Start/End: Original strand, 696798 - 697110
Alignment:
| Q |
4 |
tcacatgggtcagattgttttcaccattagatcaactaaagaacatgtgtttatcataaacaaatcaaaacttttgaaaggggtataaaataaaattttg |
103 |
Q |
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| T |
696798 |
tcacatgggtcagattgttttcaccattagatcaactaaagaacatatgtttatcataaacaaatcaaaacttttgaaaggggtataaaataaaattttg |
696897 |
T |
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| Q |
104 |
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203 |
Q |
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| T |
696898 |
ggagaatgattattaattattaactctgattatgaagacccaattggagaattagagaaatcttgctgcttaatggtttagaaatgttttatgaaactat |
696997 |
T |
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| Q |
204 |
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303 |
Q |
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| T |
696998 |
aaaaattccatttttatattttattacatttgaaaggaaagaaaaaattgggcatgaaacaatgtattcaattttatatgttagttttgtgctagtaaat |
697097 |
T |
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| Q |
304 |
taagatttaagac |
316 |
Q |
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| T |
697098 |
taagatttaagac |
697110 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 305; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 4 - 316
Target Start/End: Original strand, 765096 - 765408
Alignment:
| Q |
4 |
tcacatgggtcagattgttttcaccattagatcaactaaagaacatgtgtttatcataaacaaatcaaaacttttgaaaggggtataaaataaaattttg |
103 |
Q |
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| T |
765096 |
tcacatgggtcagattgttttcaccattagatcaactaaagaacatatgtttatcataaacaaatcaaaacttttgaaaggggtataaaataaaattttg |
765195 |
T |
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| Q |
104 |
ggagaatgattattaattattaactctgattatgaagacccaattggagaattagagaaatcttgctgcttaatggtttagaaatgttttatgaaactat |
203 |
Q |
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| T |
765196 |
ggagaatgattattaattattaactctgattatgaagacccaattggagaattagagaaatcttgctgcttaatggtttagaaatgttttatgaaactat |
765295 |
T |
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| Q |
204 |
aaaaattccatttttatattttattacatttgaaaggaaagaaaaaattgggcatgaaacaatgtattcaattttatatgttatttttgtgctagtaaat |
303 |
Q |
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| T |
765296 |
aaaaattccatttttatattttattacatttgaaaggaaagaaaaaattgggcatgaaacaatgtattcaattttatatgttagttttgtgctagtaaat |
765395 |
T |
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| Q |
304 |
taagatttaagac |
316 |
Q |
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765396 |
taagatttaagac |
765408 |
T |
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