View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1459_high_5 (Length: 651)

Name: NF1459_high_5
Description: NF1459
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1459_high_5
NF1459_high_5
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-635)||(37993120-37993754)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 515; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 515; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 635
Target Start/End: Original strand, 37993120 - 37993754
Alignment:
Q  1 tacacattagccactagccctaggtccactatcaagatatgaagataatgtgacaatgccgttgaaattttgaacctaacacattcttttgcgtg----- 95  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         
T  37993120 tacacattagccactagccctaggtccactatcaagatatgaagataatgtgacaacgccgttgaaattttgaacctaacacattcttttgcgtgtgggg 37993219  T
Q  96 ----------atatctatgaatatattgcttactttcataaaagcctatagtatagattcttgtctatatcaaagccacggtgttatgctatggtcctta 185  Q
              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  37993220 ggtttatctaatatctatgaatatattgcttactttcataaaagcctatagtatagattcttgtctatatcaaagccacggtgttatgttatggtcctta 37993319  T
Q  186 attcattaatattgatcattcgagtaaaaattgatgatttattaaccccaccttccatgctacatgattttcaatgacaccaattctatcactttttcc- 284  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  37993320 attcattaatattgatcattcgagtaaagattgatgatttattaaccccaccttccatgctacatgattttcaatgacaccaattctatcactttttccc 37993419  T
Q  285 acaaatttgtccatgcttttcctaaatgtgcttgattgattgagttgtttcaatatttttctagctttcctttttcttctatgacttgctacttctagac 384  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||               |||||||||||||||||||||||    
T  37993420 acaaatttgtccatgcttttcctaaatgtgcttgagtgattgagttgtttcaatatttttct---------------tctatgacttgctacttctagac 37993504  T
Q  385 atacactgtgtgcaagttgttttcgaacattggcaattctactattgttaatttcttgttgctcacgacatcatattcgtacgtaatgctttcttatgat 484  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37993505 atacactgtgtgcaagttgttttcga-cattgccaattctactattgttaatttcttgttgctcacgacatcatattcgtacgtaatgctttcttatgat 37993603  T
Q  485 tgtgccaggaatatgtcatttctgtttatgcgtgtaagagtgattcaataattttgaatagtttatggtaaattgcaaatgaaataaataaagtgaaacg 584  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37993604 tgtgccaggaatatgtcatttctgtttatgcgtgtaagagtgattcaataattttgaatagtttatggtaaattgcaaatgaaataaataaagtgaaacg 37993703  T
Q  585 tgttaattaagatgttgacattaaattgtgttacttcttcaactcattttc 635  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37993704 tgttaattaagatgttgacattaaattgtgttacttcttcaactcattttc 37993754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University