View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1459_low_10 (Length: 578)

Name: NF1459_low_10
Description: NF1459
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1459_low_10
NF1459_low_10
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (13-568)||(9171645-9172194)
[»] chr1 (22 HSPs)
chr1 (13-499)||(9257000-9257474)
chr1 (13-501)||(9300236-9300721)
chr1 (13-541)||(9466177-9466699)
chr1 (13-556)||(9364539-9365076)
chr1 (13-556)||(9337680-9338214)
chr1 (13-501)||(8939519-8940001)
chr1 (13-501)||(8927093-8927578)
chr1 (13-498)||(9242026-9242505)
chr1 (13-429)||(8962446-8962856)
chr1 (128-264)||(9236122-9236258)
chr1 (8-262)||(9125095-9125349)
chr1 (6-263)||(9420401-9420658)
chr1 (6-263)||(9437484-9437741)
chr1 (143-262)||(9069627-9069746)
chr1 (17-264)||(9377864-9378111)
chr1 (143-232)||(9085953-9086042)
chr1 (152-263)||(8978916-8979027)
chr1 (143-262)||(8861517-8861636)
chr1 (123-177)||(11026463-11026517)
chr1 (365-469)||(8861325-8861429)
chr1 (125-201)||(10906922-10906998)
chr1 (125-201)||(10993009-10993085)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (20-556)||(15909824-15910351)
[»] scaffold0690 (2 HSPs)
scaffold0690 (20-556)||(1755-2282)
scaffold0690 (245-335)||(4979-5069)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (194-262)||(31541037-31541105)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 525; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 525; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 568
Target Start/End: Original strand, 9171645 - 9172194
Alignment:
Q  13 aattcttcactttgacattaatcctcataacgtcttactagatgacaatttcaccccaaaaattacagacttcggtttggctaagttgtgctcaaaaaat 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9171645 aattcttcactttgacattaatcctcataacgtcttactagatgacaatttcaccccaaaaattacagacttcggtttggctaagttgtgctcaaaaaat 9171744  T
Q  113 caaagtactatatcaatgactgcagccagaggaacattaggatacatggcacccgaagttttttctagaaattttgggaatgtttcttataagtctgata 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9171745 caaagtactatatcaatgactgcagccagaggaacattaggatacatggcacccgaagttttttctagaaattttgggaatgtctcttataagtctgata 9171844  T
Q  213 tatatagctatggtatgttgctattggaaattgttggaggaagaaagaatacaaacacaaccacaaatgaagaaaattttcaagttctgtatccagattg 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9171845 tatatagctatggtatgttgctattggaaattgttggaggaagaaagaatacaaacacaaccacaaatgaagaaaattttcaagttctgtatccagattg 9171944  T
Q  313 gatccacagtttgcttgaaggaggagaaatacaaatccctatagatgaagatgatgagggagattttagaattgcgaaaaaattggcaatcgtgggactt 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9171945 gatccacagtttgcttgaaggaggagaaatacaaatcccaat------agatgatgagggagattttagaattgcgaaaaaattggcaatcgtgggactt 9172038  T
Q  413 tggtgcatccaatggcaacctatgcatcgtccgtctatgaaaactgtgatgcaaatgctgcaaggagatggagacaagttacaagttccttcaaaccctt 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9172039 tggtgcatccaatggcaacctatgcatcgtccgtctatgaaaactgtgatgcaaatgctgcaaggagatggagacaagttacaagttccttcaaaccctt 9172138  T
Q  513 atggacctacaacttcatctaatacaactactaatattgttgcaccaccacctatg 568  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9172139 atggacctacaacttcatctaatacaactactaatattgttgcaccaccacctatg 9172194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 288; Significance: 1e-161; HSPs: 22)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 13 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 9257474 - 9257000
Alignment:
Q  13 aattcttcactttgacattaatcctcataacgtcttactagatgacaatttcaccccaaaaattacagacttcggtttggctaagttgtgctcaaaaaat 112  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||  | ||||||||||| ||||||||||||||| | || |||||||||||| ||||||||||||||    
T  9257474 aattcttcactttgacatcaatcctcataatgtcttgatcgatgacaatttaaccccaaaaattacaaattttggtttggctaagatgtgctcaaaaaat 9257375  T
Q  113 caaagtactatatcaatgactgcagccagaggaacattaggatacatggcacccgaagttttttctagaaattttgggaatgtttc----ttataagtct 208  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||    ||||||||||    
T  9257374 caaagtactatatctatgactgcagcgagaggaacattaggatacatggcacccgaagttttttctagaaactttggtaatgtctcttaattataagtct 9257275  T
Q  209 gatatatatagctatggtatgttgctattggaaattgttggaggaagaaagaatacaaacacaaccacaaatgaagaaaattttcaagttctgtatccag 308  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  9257274 gatatatatagctatggtatattgctattggaaattgttggaggaagaaagaatacaaatccaaccacaaatgaagaaaactttcaagttctatatccag 9257175  T
Q  309 attggatccacagtttgcttgaaggaggagaaatacaaatccctatagatgaagatgatgagggagattttagaattgcgaaaaaattggcaatcgtggg 408  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||| |||||||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9257174 attggatccacggtttgcttaaaggagaagaaatacatatcgctatagatgaa------gagggagattttagaattgcgaaaaaattggcaatcgtggg 9257081  T
Q  409 actttggtgcatccaatggcaacctatgcatcgtccgtctatgaaaactgtgatgcaaatgctgcaaggagatggagacaagttacaagtt 499  Q
    ||||||||||||          |||||||||| || ||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||    
T  9257080 actttggtgcat----------cctatgcatcatcggtctatgaaagatgtgatgcaaatgctgaaaggagatggagacaacttaaaagtt 9257000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 255; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 13 - 501
Target Start/End: Original strand, 9300236 - 9300721
Alignment:
Q  13 aattcttcactttgacattaatcctcataacgtcttactagatgacaatttcaccccaaaaattacagacttcggtttggctaagttgtgctcaaaaaat 112  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  9300236 aattcttcactttgacatcaatcctcataacgtcttgatcgatgacaatttaaccccaaaaattacagacttcggtttggctaagatgtgctcgaaaaat 9300335  T
Q  113 caaagtactatatcaatgactgcagccagaggaacattaggatacatggcacccgaagttttttctagaaattttgggaatgtttcttataagtctgata 212  Q
    |||||||||||||| ||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  9300336 caaagtactatatctatgaccgcggccaaaggaacattaggatacatggcacccgaagttttttctagaaactttgggaatgtctcttataagtccgata 9300435  T
Q  213 tatatagctatggtatgttgctattggaaattgttggaggaagaaagaatacaaacacaaccacaaatgaagaaaattttcaagttctgtatccagattg 312  Q
    ||||||| ||||| |||||| |  |||| || ||||| ||||| |||||| | ||||||||||||| ||||| || |   |||||| | |||||||||||    
T  9300436 tatatagttatggcatgttgttgctggagatggttgggggaaggaagaattcgaacacaaccacaagtgaaggaagtccacaagttttatatccagattg 9300535  T
Q  313 gatccacagtttgcttgaaggaggagaaatacaaatccctatagatgaagatgatgagggagattttagaattgcgaaaaaattggcaatcgtgggactt 412  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||   ||  |||  ||||| |||||||| |||||| ||||||| |||||| |     
T  9300536 gatccacagtttagttgaaggaggagacatacaaatccctatagatgaa---gaacaggatgatttcagaattgcaaaaaaaatggcaattgtgggatta 9300632  T
Q  413 tggtgcatccaatggcaacctatgcatcgtccgtctatgaaaactgtgatgcaaatgctgcaaggagatggagacaagttacaagttcc 501  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| | |||||||| ||||||||| || |||||||    
T  9300633 tggtgcattcagtggcaacctatgcatcgtccgtccatgaaaactgtgttgcaaatgttacaaggagagggagacaagctaaaagttcc 9300721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 250; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 13 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 9466699 - 9466177
Alignment:
Q  13 aattcttcactttgacattaatcctcataacgtcttactagatgacaatttcaccccaaaaattacagacttcggtttggctaagttgtgctcaaaaaat 112  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||  ||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  9466699 aattcttcactttgacatcaatcctcataatgtcttgttagatgagaatttcactcccaaaattacagacttcggtttggctaagatgtgctcgaaaaat 9466600  T
Q  113 caaagtactatatcaatgactgcagccagaggaacattaggatacatggcacccgaagttttttctagaaattttgggaatgtttcttataagtctgata 212  Q
    | ||||||  | || ||||| ||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || |||||||||||||    
T  9466599 cgaagtacagtgtctatgaccgcagccaaaggaacgttaggctacatggcacccgaagttttttctagaaacttcgggaatgtctcatataagtctgata 9466500  T
Q  213 tatatagctatggtatgttgctattggaaattgttggaggaagaaagaatacaaacacaaccacaaatgaagaaaattttcaagttctgtatccagattg 312  Q
    ||||||| |||||||||||| | ||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  9466499 tatatagttatggtatgttgttgttggagatggttgcaggaagaaagaatacaaacacaaccacaggtgaagaaaatttacaagttctatatccagattg 9466400  T
Q  313 gatccacagtttgcttgaaggaggagaaatacaaatccctatagatgaagatgatgagggagattttagaattgcgaaaaaattggcaatcgtgggactt 412  Q
    |||||||  |||||||||||| ||||| |||||||||||||| || |||      ||||||||||| || ||| | |||||| |||| || || ||||||    
T  9466399 gatccacgatttgcttgaagggggagacatacaaatccctattgacgaa------gagggagatttcaggattccaaaaaaaatggcgattgttggactt 9466306  T
Q  413 tggtgcatccaatggcaacctatgcatcgtccgtctatgaaaactgtgatgcaaatgctgcaaggagatggagacaagttacaagttccttcaaaccctt 512  Q
     |||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| ||    || ||||    
T  9466305 cggtgcatccagtggcaacctatgcatcgtccatccatgaaaactgtgatacaaatgctacaaggtgatggagacaagttaaaagtccccagcaatcctt 9466206  T
Q  513 atggacctacaacttcatctaatacaact 541  Q
     ||| |||||||||||| ||||| |||||    
T  9466205 ttgggcctacaacttcaactaattcaact 9466177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 13 - 556
Target Start/End: Original strand, 9364539 - 9365076
Alignment:
Q  13 aattcttcactttgacattaatcctcataacgtcttactagatgacaatttcaccccaaaaattacagacttcggtttggctaagttgtgctcaaaaaat 112  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||  |||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||| ||| | || |||||||||    
T  9364539 aattctacactttgacatcaatcctcataatgtcttgttagatgacaatttcactcccaaaattacagattttggtttggccaagatatgttcaaaaaat 9364638  T
Q  113 caaagtactatatcaatgactgcagccagaggaacattaggatacatggcacccgaagttttttctagaaattttgggaatgtttcttataagtctgata 212  Q
    |||||||   |||| ||||||||||| |  ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  9364639 caaagtatcgtatccatgactgcagctaagggaacattaggctacatggcacctgaagttttttcaagaaactttggtaatgtctcttataagtctgata 9364738  T
Q  213 tatatagctatggtatgttgctattggaaattgttggaggaagaaagaatacaaacacaaccacaaatgaagaaaattttcaagttctgtatccagattg 312  Q
    |||| || || ||||||||  | |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |     ||||||||| | ||||||  ||||||||| ||    
T  9364739 tatacagttacggtatgttattgttggaaatggttggaggaagaaagaatacaaaaacaattagtggcgaagaaaatatacaagttgagtatccagactg 9364838  T
Q  313 gatccacagtttgcttgaaggaggagaaatacaaatccctatagatgaagatgatgagggagattttagaattgcgaaaaaattggcaatcgtgggactt 412  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||      |||||||||||||||||| | |||||||||||||  ||||||||     
T  9364839 gatccacaatttgcttgaaggaggagatatacatatccctattgatgaa------gagggagattttagaattccaaaaaaattggcaactgtgggacta 9364932  T
Q  413 tggtgcatccaatggcaacctatgcatcgtccgtctatgaaaactgtgatgcaaatgctgcaaggagatggagacaagttacaagttccttcaaaccctt 512  Q
    ||||| ||||||||||| ||| |||| |||||| | ||||||  |||||| |||||||| |||||||| || ||||||||| |||| ||| | || || |    
T  9364933 tggtgtatccaatggcaccctttgcaccgtccgacaatgaaatatgtgatacaaatgcttcaaggagagggggacaagttaaaagtgcctactaatccgt 9365032  T
Q  513 atggacctacaacttcatctaatacaactactaatattgttgca 556  Q
      ||||| |||||| || ||||||||| | ||||||||||||||    
T  9365033 tcggaccaacaactacaactaatacaaatgctaatattgttgca 9365076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 13 - 556
Target Start/End: Original strand, 9337680 - 9338214
Alignment:
Q  13 aattcttcactttgacattaatcctcataacgtcttactagatgacaatttcaccccaaaaattacagacttcggtttggctaagttgtgctcaaaaaat 112  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||  |||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||| ||| | || |||||||||    
T  9337680 aattctacactttgacatcaatcctcataatgtcttgttagatgacaatttcactcccaaaattacagattttggtttggccaagatatgttcaaaaaat 9337779  T
Q  113 caaagtactatatcaatgactgcagccagaggaacattaggatacatggcacccgaagttttttctagaaattttgggaatgtttcttataagtctgata 212  Q
    ||||||    |||| ||||||||||| |  ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  9337780 caaagtgtcgtatccatgactgcagctaagggaacattaggctacatggcacctgaagttttttcaagaaactttggtaatgtctcttataagtctgata 9337879  T
Q  213 tatatagctatggtatgttgctattggaaattgttggaggaagaaagaatacaaacacaaccacaaatgaagaaaattttcaagttctgtatccagattg 312  Q
    |||| || || ||||||||  | |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |     ||||||||| | ||||||  ||||||||| ||    
T  9337880 tatacagttacggtatgttattgttggaaatggttggaggaagaaagaatacaaaaacaattagtggcgaagaaaatatacaagttgagtatccagactg 9337979  T
Q  313 gatccacagtttgcttgaaggaggagaaatacaaatccctatagatgaagatgatgagggagattttagaattgcgaaaaaattggcaatcgtgggactt 412  Q
    |||||||| |||||||||   |||||| |||||||||||||| ||||||      || ||||||||||||||| | |||||||||||||  ||||||||     
T  9337980 gatccacaatttgcttga---aggagagatacaaatccctattgatgaa------gacggagattttagaattccaaaaaaattggcaactgtgggacta 9338070  T
Q  413 tggtgcatccaatggcaacctatgcatcgtccgtctatgaaaactgtgatgcaaatgctgcaaggagatggagacaagttacaagttccttcaaaccctt 512  Q
    ||||| ||||||||||| ||| ||||||||||| | |||||| |||||||||||||||| |||||||| || ||||||||| |||| ||| | || || |    
T  9338071 tggtgtatccaatggcaccctttgcatcgtccgacaatgaaatctgtgatgcaaatgctccaaggagagggggacaagttaaaagtgcctactaatccgt 9338170  T
Q  513 atggacctacaacttcatctaatacaactactaatattgttgca 556  Q
     |||||| |||||| || |||||| || |  |||||||||||||    
T  9338171 ttggaccaacaactacaactaataaaaatgttaatattgttgca 9338214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 13 - 501
Target Start/End: Original strand, 8939519 - 8940001
Alignment:
Q  13 aattcttcactttgacattaatcctcataacgtcttactagatgacaatttcaccccaaaaattacagacttcggtttggctaagttgtgctcaaaaaat 112  Q
    |||||||||||| || || ||||| ||||| || ||| ||||||||||||||   ||||||||  ||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||    
T  8939519 aattcttcacttcgatatcaatccacataatgtattattagatgacaatttcgttccaaaaatatcagacttcggtttagctaagctgtgctccaaaaat 8939618  T
Q  113 caaagtactatatcaatgactgcagccagaggaacattaggatacatggcacccgaagttttttctagaaattttgggaatgtttcttataagtctgata 212  Q
    ||||||||  |||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  8939619 caaagtacagtatcaatgaccgcagccaggggaactttagggtacatggcacctgaagttttttctcgaaactttgggaatgtctcttataagtctgata 8939718  T
Q  213 tatatagctatggtatgttgctattggaaattgttggaggaagaaagaatacaaacacaaccacaaatgaagaaaattttcaagttctgtatccagattg 312  Q
    |||| ||||| |||||||||||  |||| || |||||||||||||||||||| || |||  ||||  ||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  8939719 tatacagctacggtatgttgctgctggagatggttggaggaagaaagaatactaagacagtcacaggtgaagaaaattttcaagtattgtatccagattg 8939818  T
Q  313 gatccacagtttgcttgaaggaggagaaatacaaatccctatagatgaagatgatgagggagattttagaattgcgaaaaaattggcaatcgtgggactt 412  Q
    ||||||  ||||  ||||||| |||||  || | ||||| || ||||||      |||||||||||||||||||| || ||| | || || || ||||||    
T  8939819 gatccatggtttatttgaaggtggagacgtatatatcccaattgatgaa------gagggagattttagaattgcaaagaaactagcgattgtcggactt 8939912  T
Q  413 tggtgcatccaatggcaacctatgcatcgtccgtctatgaaaactgtgatgcaaatgctgcaaggagatggagacaagttacaagttcc 501  Q
    |||||||| || |||||  |  ||||||| ||||| |||||| ||||| | || ||||| |||||||| |||||||| ||| |||||||    
T  8939913 tggtgcattcagtggcactccgtgcatcgaccgtccatgaaatctgtggttcagatgcttcaaggagagggagacaaattaaaagttcc 8940001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 13 - 501
Target Start/End: Original strand, 8927093 - 8927578
Alignment:
Q  13 aattcttcactttgacattaatcctcataacgtcttactagatgacaatttcaccccaaaaattacagacttcggtttggctaagttgtgctcaaaaaat 112  Q
    ||||||||||||||| || ||||| || || |||||  |||||||||||||||  ||||||||  | ||||||||||| || ||| ||||||| ||||||    
T  8927093 aattcttcactttgatatcaatccccacaatgtcttgttagatgacaatttcattccaaaaatatcggacttcggtttagcgaagctgtgctctaaaaat 8927192  T
Q  113 caaagtactatatcaatgactgcagccagaggaacattaggatacatggcacccgaagttttttctagaaattttgggaatgtttcttataagtctgata 212  Q
    || || ||| |||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  8927193 catagcactgtatcgatgactgcagccaggggaacattaggttacatggcacctgaagttttttctcgaaactttgggaatgtctcttataagtctgata 8927292  T
Q  213 tatatagctatggtatgttgctattggaaattgttggaggaagaaagaatacaaacacaaccacaaat---gaagaaaattttcaagttctgtatccaga 309  Q
    |||| ||||| ||||||||| |  | || || |||||||||||||||||||| || ||||| ||   |   ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  8927293 tatacagctacggtatgttgttgctagagatggttggaggaagaaagaatactaaaacaactactggtggcgaagaaaatttccaagttctgtatccaga 8927392  T
Q  310 ttggatccacagtttgcttgaaggaggagaaatacaaatccctatagatgaagatgatgagggagattttagaattgcgaaaaaattggcaatcgtggga 409  Q
    |||||||||  |||| |||||||| |||||  || | ||||| || ||||||      |||||||||| ||||||||| |||||| | ||||| || |||    
T  8927393 ttggatccatggtttacttgaaggtggagacgtatatatcccaattgatgaa------gagggagattgtagaattgcaaaaaaactagcaattgtcgga 8927486  T
Q  410 ctttggtgcatccaatggcaacctatgcatcgtccgtctatgaaaactgtgatgcaaatgctgcaaggagatggagacaagttacaagttcc 501  Q
    ||||||||||| || |||||  |  ||||||| ||||| |||||||||||| |||| ||||| |||||||| |||||||| ||| |||||||    
T  8927487 ctttggtgcattcagtggcactccgtgcatcggccgtccatgaaaactgtggtgcagatgcttcaaggagagggagacaaattaaaagttcc 8927578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 13 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 9242505 - 9242026
Alignment:
Q  13 aattcttcactttgacattaatcctcataacgtcttactagatgacaatttcaccccaaaaattacagacttcggtttggctaagttgtgctcaaaaaat 112  Q
    |||||| ||||||||||| |||||| |||| |||||  |||||||||||||||  ||  |||||||||| || |||||||| ||| |||| || ||||||    
T  9242505 aattctacactttgacatcaatcctaataatgtcttgttagatgacaatttcattccccaaattacagattttggtttggccaagatgtgttcgaaaaat 9242406  T
Q  113 caaagtactatatcaatgactgcagccagaggaacattaggatacatggcacccgaagttttttctagaaattttgggaatgtttcttataagtctgata 212  Q
    ||||||| | |||| |||||||| || |  |||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||     
T  9242405 caaagtattgtatccatgactgcggctaagggaacagtaggctacatggcacctgaagttttttctagaaattttggaaatgtctcttataagtccgatg 9242306  T
Q  213 tatatagctatggtatgttgctattggaaattgttggaggaagaaagaatacaaacacaaccacaaatgaagaaaattttcaagttctgtatccagattg 312  Q
    |||| || || ||||||||  | ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||      |||||||||| | ||| ||  ||||||||| ||    
T  9242305 tatacagttacggtatgttattgttggagatggttggaggaagaaagaatacaaaaacaacaggtggtgaagaaaatatacaaattgagtatccagactg 9242206  T
Q  313 gatccacagtttgcttgaaggaggagaaatacaaatccctatagatgaagatgatgagggagattttagaattgcgaaaaaattggcaatcgtgggactt 412  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||      |||||||||||||||||| | |||||||||||||  ||||||||     
T  9242205 gatccacaatttgcttgaaggaggagatatacaaatccctattgatgaa------gagggagattttagaattccaaaaaaattggcaactgtgggacta 9242112  T
Q  413 tggtgcatccaatggcaacctatgcatcgtccgtctatgaaaactgtgatgcaaatgctgcaaggagatggagacaagttacaagt 498  Q
    ||||| ||||||||||| ||| ||||||||||| | ||||||  |||||| ||||| || |||||||| || |||| |||| ||||    
T  9242111 tggtgtatccaatggcaccctttgcatcgtccggcaatgaaatttgtgatacaaatacttcaaggagagggggacatgttaaaagt 9242026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 13 - 429
Target Start/End: Original strand, 8962446 - 8962856
Alignment:
Q  13 aattcttcactttgacattaatcctcataacgtcttactagatgacaatttcaccccaaaaattacagacttcggtttggctaagttgtgctcaaaaaat 112  Q
    ||||||||| ||||| || ||||| || ||  ||||  ||||||||||||| || ||||||||  ||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||    
T  8962446 aattcttcattttgatatcaatccgcacaatatcttgttagatgacaattttactccaaaaatatcagactttggtttagccaagttgtgctccaaaaat 8962545  T
Q  113 caaagtactatatcaatgactgcagccagaggaacattaggatacatggcacccgaagttttttctagaaattttgggaatgtttcttataagtctgata 212  Q
    |||| || | |||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  8962546 caaactattgtatcgatgactgcggctaggggaacattaggatacatggcacctgaagtattttctcgaaactttgggaatgtctcttataaatctgata 8962645  T
Q  213 tatatagctatggtatgttgctattggaaattgttggaggaagaaagaatacaaacacaaccacaaatgaagaaaattttcaagttctgtatccagattg 312  Q
    |||| |||||||| ||||||||  |||| || || ||||||||||||||||| || |||  |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  8962646 tatacagctatggaatgttgctgctggagatggtcggaggaagaaagaatactaagacagtcacagatgaagaaaattttcaagttttgtatccagattg 8962745  T
Q  313 gatccacagtttgcttgaaggaggagaaatacaaatccctatagatgaagatgatgagggagattttagaattgcgaaaaaattggcaatcgtgggactt 412  Q
    ||||||| ||||| ||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||      ||||||| ||||||||| || ||| | ||||| || ||||||    
T  8962746 gatccacggtttgtttgaagggggagatatacatatccctattgatgaagat------ggagattatagaattgcaaagaaactagcaattgtcggactt 8962839  T
Q  413 tggtgcatccaatggca 429  Q
    |||||||| || |||||    
T  8962840 tggtgcattcagtggca 8962856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 128 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 9236258 - 9236122
Alignment:
Q  128 atgactgcagccagaggaacattaggatacatggcacccgaagttttttctagaaattttgggaatgtttcttataagtctgatatatatagctatggta 227  Q
    ||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||| |||||||| || ||||| || || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  9236258 atgactgcagcgagaggaaccttgggatacattgcacctgaagttttctcgagaaacttcggaaatgtttcttataagtctgatatttatagctacggta 9236159  T
Q  228 tgttgctattggaaattgttggaggaagaaagaatac 264  Q
    ||||| |  | || || ||||| ||||||||||||||    
T  9236158 tgttgttgcttgagatggttggtggaagaaagaatac 9236122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 8 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 9125349 - 9125095
Alignment:
Q  8 catcaaattcttcactttgacattaatcctcataacgtcttactagatgacaatttcaccccaaaaattacagacttcggtttggctaagttgtgctcaa 107  Q
    |||| |||||||||||||||||| || ||||| || || || ||||||||||  ||||| ||||||||| ||||||| ||  | || || || || ||||    
T  9125349 catccaattcttcactttgacatcaaccctcacaatgttttgctagatgacaccttcactccaaaaatttcagactttggactcgccaaattatgttcaa 9125250  T
Q  108 aaaatcaaagtactatatcaatgactgcagccagaggaacattaggatacatggcacccgaagttttttctagaaattttgggaatgtttcttataagtc 207  Q
    | |||   |||  | |||| |||||||| || |||||||| || ||||| |||||||| |||||||| ||  |||||||||| |||||||||  ||||||    
T  9125249 agaatgttagtgttgtatccatgactgcggctagaggaaccttgggatatatggcacctgaagttttgtcacgaaattttggaaatgtttctcgtaagtc 9125150  T
Q  208 tgatatatatagctatggtatgttgctattggaaattgttggaggaagaaagaat 262  Q
    |||||| ||||| ||||| |||||| |  ||||| | ||||||||| | ||||||    
T  9125149 tgatatttatagttatgggatgttgttgctggaattggttggaggacgcaagaat 9125095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 6 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 9420658 - 9420401
Alignment:
Q  6 atcatcaaattcttcactttgacattaatcctcataacgtcttactagatgacaatttcaccccaaaaattacagacttcggtttggctaagttgtgctc 105  Q
    |||| |||||||||||||| || ||||||||  ||||||| ||| |||||||||| ||    ||||||||||| || || |||||||| || ||||||||    
T  9420658 atcagcaaattcttcacttcgatattaatccctataacgtgttattagatgacaagtttgttccaaaaattactgattttggtttggcgaaattgtgctc 9420559  T
Q  106 aaaaaatcaaagtactatatcaatgactgcagccagaggaacattaggatacatggcacccgaagttttttctagaaattttgggaatgtttcttataag 205  Q
     ||||||||||| |   | ||| | ||||| || |||||  | ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| || || ||||| ||||| || |||||     
T  9420558 taaaaatcaaagcaaagtgtcagtaactgctgcaagaggggctttaggttacattgcacctgaagtgttttcgaggaactttggaaatgtatcgtataaa 9420459  T
Q  206 tctgatatatatagctatggtatgttgctattggaaattgttggaggaagaaagaata 263  Q
     |||| |||||||| ||||| ||||| ||  | ||||| |||||||||||||| ||||    
T  9420458 gctgacatatatagttatgggatgttacttcttgaaatggttggaggaagaaaaaata 9420401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 6 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 9437741 - 9437484
Alignment:
Q  6 atcatcaaattcttcactttgacattaatcctcataacgtcttactagatgacaatttcaccccaaaaattacagacttcggtttggctaagttgtgctc 105  Q
    |||| |||||||||||||| || |||||||| ||||||||  || |||||||||| ||    ||||||||||| || || |||||||| || ||||| ||    
T  9437741 atcagcaaattcttcacttcgatattaatccccataacgtgctattagatgacaagtttgttccaaaaattactgattttggtttggcgaaattgtgttc 9437642  T
Q  106 aaaaaatcaaagtactatatcaatgactgcagccagaggaacattaggatacatggcacccgaagttttttctagaaattttgggaatgtttcttataag 205  Q
     ||||||||||| |   | ||| | ||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| || || ||||| ||||| || |||||     
T  9437641 taaaaatcaaagcaaagtgtcagtaactgccgcaagagggactttaggttacattgcacctgaagtgttttcgaggaactttggaaatgtatcgtataaa 9437542  T
Q  206 tctgatatatatagctatggtatgttgctattggaaattgttggaggaagaaagaata 263  Q
     |||| |||||||| ||||| ||||| ||  | ||||| |||||||||||||| ||||    
T  9437541 gctgacatatatagttatgggatgttactgcttgaaatggttggaggaagaaaaaata 9437484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 143 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 9069746 - 9069627
Alignment:
Q  143 ggaacattaggatacatggcacccgaagttttttctagaaattttgggaatgtttcttataagtctgatatatatagctatggtatgttgctattggaaa 242  Q
    ||||| || ||||| ||||||||||||||  | ||| |||||||||| |||||||||  ||||||||||||||| || ||||| |||||| |  | ||||    
T  9069746 ggaaccttgggatatatggcacccgaagtagtgtctcgaaattttggaaatgtttctcttaagtctgatatatacagttatggaatgttgttgctagaaa 9069647  T
Q  243 ttgttggaggaagaaagaat 262  Q
    | ||||||||||||||||||    
T  9069646 tggttggaggaagaaagaat 9069627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 17 - 264
Target Start/End: Original strand, 9377864 - 9378111
Alignment:
Q  17 cttcactttgacattaatcctcataacgtcttactagatgacaatttcaccccaaaaattacagacttcggtttggctaagttgtgctcaaaaaatcaaa 116  Q
    ||||||||||| || ||||| || || || ||| ||||||| ||||| |  || |||||||| ||||| ||  | |||||  ||||  | ||||||||||    
T  9377864 cttcactttgatatcaatccacacaatgtgttaatagatgataatttgagtcctaaaattactgactttggacttgctaaactgtgtcccaaaaatcaaa 9377963  T
Q  117 gtactatatcaatgactgcagccagaggaacattaggatacatggcacccgaagttttttctagaaattttgggaatgtttcttataagtctgatatata 216  Q
    ||||  | || || || ||||| ||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| || ||||| || || ||||||||||| ||||||||||| ||    
T  9377964 gtacggtgtctataaccgcagctagaggaacattgggctacattgcacctgaagttttctcaagaaacttcggaaatgtttcttacaagtctgatattta 9378063  T
Q  217 tagctatggtatgttgctattggaaattgttggaggaagaaagaatac 264  Q
    |||||| || || ||| |  | || || |||||||| |||||||||||    
T  9378064 tagctacggaatattgttgctagagatggttggaggtagaaagaatac 9378111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 143 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 9086042 - 9085953
Alignment:
Q  143 ggaacattaggatacatggcacccgaagttttttctagaaattttgggaatgtttcttataagtctgatatatatagctatggtatgttg 232  Q
    ||||| || ||||| ||||| || |||||||| ||  ||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  9086042 ggaaccttgggatatatggcgcctgaagttttgtcacgaaattttgggaatgtttctcttaagtctgatatttatagttatgggatgttg 9085953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 152 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 8979027 - 8978916
Alignment:
Q  152 ggatacatggcacccgaagttttttctagaaattttgggaatgtttcttataagtctgatatatatagctatggtatgttgctattggaaattgttggag 251  Q
    ||||| |||||||| |||||| | || ||||||||||| ||||| |||  ||| |||||||| ||||||||||| |||||| |  | ||||| |||| ||    
T  8979027 ggatatatggcacctgaagttctgtcaagaaattttggtaatgtgtctcttaaatctgatatttatagctatggaatgttgttgctagaaatggttgcag 8978928  T
Q  252 gaagaaagaata 263  Q
    |||| |||||||    
T  8978927 gaaggaagaata 8978916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 143 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 8861636 - 8861517
Alignment:
Q  143 ggaacattaggatacatggcacccgaagttttttctagaaattttgggaatgtttcttataagtctgatatatatagctatggtatgttgctattggaaa 242  Q
    ||||| || ||||||||||| || |||||| | || ||||||||||||||||| |||  |||||| ||||| || || || || |||||| |  | ||||    
T  8861636 ggaaccttgggatacatggcgcctgaagttctatcaagaaattttgggaatgtgtctcttaagtcagatatttacagttacggaatgttgttgctagaaa 8861537  T
Q  243 ttgttggaggaagaaagaat 262  Q
    | |||||||| |||||||||    
T  8861536 tggttggagggagaaagaat 8861517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 123 - 177
Target Start/End: Original strand, 11026463 - 11026517
Alignment:
Q  123 tatcaatgactgcagccagaggaacattaggatacatggcacccgaagttttttc 177  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| || || |||||||||||    
T  11026463 tatcaatgactgcagctagaggaacattggggtacattgctccagaagttttttc 11026517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 365 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 8861429 - 8861325
Alignment:
Q  365 gatgagggagattttagaattgcgaaaaaattggcaatcgtgggactttggtgcatccaatggcaacctatgcatcgtccgtctatgaaaactgtgatgc 464  Q
    ||||| |||||| ||| |||||| || ||| | ||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||  ||||||| || || |||| |||  |||    
T  8861429 gatgaaggagatcttaaaattgcaaagaaacttgcaattgttggactttggtgcattcaatggcaaccgataaatcgtccatcaataaaaaatgttgtgc 8861330  T
Q  465 aaatg 469  Q
    |||||    
T  8861329 aaatg 8861325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 125 - 201
Target Start/End: Original strand, 10906922 - 10906998
Alignment:
Q  125 tcaatgactgcagccagaggaacattaggatacatggcacccgaagttttttctagaaattttgggaatgtttctta 201  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| || ||||| || || ||||||||||| || || ||||| ||||| |||||    
T  10906922 tcaatgaccgcagctagaggaacattggggtacattgctccagaagttttttcaaggaactttggaaatgtgtctta 10906998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 125 - 201
Target Start/End: Original strand, 10993009 - 10993085
Alignment:
Q  125 tcaatgactgcagccagaggaacattaggatacatggcacccgaagttttttctagaaattttgggaatgtttctta 201  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| || ||||| || || ||||||||||| || || ||||| ||||| |||||    
T  10993009 tcaatgaccgcagctagaggaacattggggtacattgctccagaagttttttcaaggaactttggaaatgtgtctta 10993085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 156; Significance: 1e-82; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 20 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 15910351 - 15909824
Alignment:
Q  20 cactttgacattaatcctcataacgtcttactagatgacaatttcaccccaaaaattacagacttcggtttggctaagttgtgctcaaaaaatcaaagta 119  Q
    ||||||||||| |||||||||||  |||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||| || |||||||||||| |||| || |||||||||||||    
T  15910351 cactttgacatcaatcctcataatatcttgctagatgacaatttcactcccaaaatcacagattttggtttggctaagatgtgttcgaaaaatcaaagta 15910252  T
Q  120 ctatatcaatgactgcagccagaggaacattaggatacatggcacccgaagttttttctagaaattttgggaatgtttcttataagtctgatatatatag 219  Q
     | |||| ||||||| ||| |  ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||    
T  15910251 atgtatccatgactgtagctaagggaacattaggctacatggcacctgaagttttttctagaaattttggaaatgtctcttataagtccgatatatacag 15910152  T
Q  220 ctatggtatgttgctattggaaattgttggaggaagaaagaatacaaacacaaccacaaatgaagaaaattttcaagttctgtatccagattggatccac 319  Q
     || ||||||||  | ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| |    ||| |||||  | ||||||  ||||||||| |||||||||    
T  15910151 ttacggtatgttattgttggagatggttggaggaagaaagaatacaaaaacaacaagtggtgatgaaaacatacaagttgagtatccagactggatccac 15910052  T
Q  320 agtttgcttgaaggaggagaaatacaaatccctatagatgaagatgatgagggagattttagaattgcgaaaaaattggcaatcgtgggactttggtgca 419  Q
    | |||| ||||   |||||| |||||||||||||| ||||||      |||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||| || || ||||| |    
T  15910051 aatttgtttga---aggagatatacaaatccctattgatgaa------gagggagattttagaattccaaaaaaattggcaaccgtcggtctgtggtgta 15909961  T
Q  420 tccaatggcaacctatgcatcgtccgtctatgaaaactgtgatgcaaatgctgcaaggagatggagacaagttacaagttccttcaaacccttatggacc 519  Q
    |||||||||| ||| | ||||| ||  | |||||| |||||||  ||||||| |||| ||| |  ||||||||| |||| ||  |||| ||||  |||||    
T  15909960 tccaatggcaccctttacatcgaccaacaatgaaatctgtgataaaaatgcttcaagcagaggcggacaagttaaaagtaccaacaaatcctttcggacc 15909861  T
Q  520 tacaacttcatctaatacaactactaatattgttgca 556  Q
     ||||||  | |||| |||| | | ||||||||||||    
T  15909860 aacaactaaaactaagacaaattccaatattgttgca 15909824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0690 (Bit Score: 152; Significance: 3e-80; HSPs: 2)
Name: scaffold0690
Description:

Target: scaffold0690; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 20 - 556
Target Start/End: Original strand, 1755 - 2282
Alignment:
Q  20 cactttgacattaatcctcataacgtcttactagatgacaatttcaccccaaaaattacagacttcggtttggctaagttgtgctcaaaaaatcaaagta 119  Q
    ||||||||||| |||||||||||  |||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||| || |||||||||||| |||| || |||||||||||||    
T  1755 cactttgacatcaatcctcataatatcttgctagatgacaatttcactcccaaaatcacagattttggtttggctaagatgtgttcgaaaaatcaaagta 1854  T
Q  120 ctatatcaatgactgcagccagaggaacattaggatacatggcacccgaagttttttctagaaattttgggaatgtttcttataagtctgatatatatag 219  Q
     | |||| |||||| |||| |  ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||    
T  1855 atgtatccatgactacagctaagggaacattaggctacatggcacctgaagttttttctagaaattttggaaatgtctcttataagtccgatatatacag 1954  T
Q  220 ctatggtatgttgctattggaaattgttggaggaagaaagaatacaaacacaaccacaaatgaagaaaattttcaagttctgtatccagattggatccac 319  Q
     || ||||||||  | ||||| || |||||||||||||||||||| || ||||| |    ||| |||||  | ||||||  ||||||||| |||||||||    
T  1955 ttacggtatgttattgttggagatggttggaggaagaaagaatacgaaaacaacaagtggtgatgaaaacatacaagttgagtatccagactggatccac 2054  T
Q  320 agtttgcttgaaggaggagaaatacaaatccctatagatgaagatgatgagggagattttagaattgcgaaaaaattggcaatcgtgggactttggtgca 419  Q
    | |||| ||||   |||||| |||||||||||||| ||||||      ||| |||||||||||||| | ||||||||||||| ||| || || ||||| |    
T  2055 aatttgtttga---aggagatatacaaatccctattgatgaa------gagagagattttagaattccaaaaaaattggcaaccgtcggtctgtggtgta 2145  T
Q  420 tccaatggcaacctatgcatcgtccgtctatgaaaactgtgatgcaaatgctgcaaggagatggagacaagttacaagttccttcaaacccttatggacc 519  Q
    |||||||||| ||| | ||||| ||| | |||||| |||||||  ||||||| |||| ||| |  ||||||||| |||| ||  |||| ||||  |||||    
T  2146 tccaatggcaccctttacatcgaccgacaatgaaatctgtgataaaaatgcttcaagcagaggcggacaagttaaaagtaccaacaaatcctttcggacc 2245  T
Q  520 tacaacttcatctaatacaactactaatattgttgca 556  Q
     ||||||  | |||| |||| | | ||||||||||||    
T  2246 aacaactaaaactaagacaaattccaatattgttgca 2282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0690; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 245 - 335
Target Start/End: Original strand, 4979 - 5069
Alignment:
Q  245 gttggaggaagaaagaatacaaacacaaccacaaatgaagaaaattttcaagttctgtatccagattggatccacagtttgcttgaaggag 335  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |     |||||||||| | ||||||  ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  4979 gttggaggaagaaagaatacaaaaacaaacggtggtgaagaaaatatacaagttgagtatccagactggatccacaatttgcttgaaggag 5069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000008; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 194 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 31541105 - 31541037
Alignment:
Q  194 gtttcttataagtctgatatatatagctatggtatgttgctattggaaattgttggaggaagaaagaat 262  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||  |  | ||||| ||||| ||||||||||||    
T  31541105 gtttctcataagtctgatgtatatagttatggtatgttaattctagaaatggttgggggaagaaagaat 31541037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University