View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1459_low_149 (Length: 236)

Name: NF1459_low_149
Description: NF1459
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1459_low_149
NF1459_low_149
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (5-220)||(22888519-22888734)
chr7 (5-220)||(22830252-22830467)
chr7 (5-217)||(22804557-22804769)
chr7 (5-219)||(22893174-22893388)
chr7 (5-220)||(22814248-22814463)
chr7 (5-220)||(22879813-22880028)
chr7 (22-220)||(22875166-22875364)
chr7 (5-220)||(22825479-22825694)
chr7 (5-220)||(22839273-22839488)
chr7 (5-220)||(22808841-22809056)
chr7 (5-213)||(22897490-22897698)
chr7 (24-208)||(22912908-22913092)
chr7 (181-220)||(22857835-22857874)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (5-220)||(21151278-21151493)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 172; Significance: 1e-92; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 5 - 220
Target Start/End: Original strand, 22888519 - 22888734
Alignment:
Q  5 tggttggttatatagaaagttgtctaaacttccattcgacatgtagtcataaaccaaaagtaactcgctttttcgcctacaataaccatgaagttggaca 104  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||    
T  22888519 tggttggttatatagatagttgtctaaacttccattcggcatgtaatcataaaccaaaagtaactcgctttttcgcctgcaatagccatgaagttgaaca 22888618  T
Q  105 agattcctgtgccgaagacaaccaatactaacaatttccgacacgaattcccttatcccttgtcttgattcatgagacacccttttcacagcaacctcaa 204  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22888619 agattcctgtgccgaagacgaccgatactaacaatttccgacacaaattccctcatcccttgtcttgattcatgagacacccttttcacagcaacctcaa 22888718  T
Q  205 gtttggaacttggtat 220  Q
    ||||||||||| ||||    
T  22888719 gtttggaactttgtat 22888734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 168; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 5 - 220
Target Start/End: Original strand, 22830252 - 22830467
Alignment:
Q  5 tggttggttatatagaaagttgtctaaacttccattcgacatgtagtcataaaccaaaagtaactcgctttttcgcctacaataaccatgaagttggaca 104  Q
    |||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||    
T  22830252 tggttggttgaatagatagttgtctaaacttccattcggcatgtaatcataaaccaaaagtaactcgctttttcgcctgcaatagccataaagttggaca 22830351  T
Q  105 agattcctgtgccgaagacaaccaatactaacaatttccgacacgaattcccttatcccttgtcttgattcatgagacacccttttcacagcaacctcaa 204  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  22830352 agattcctgtgccgaagacgaccgatactaacaatttccgacacgaattcccttatcccttgtcttgattcatgagacacccttttcacagcaacttgaa 22830451  T
Q  205 gtttggaacttggtat 220  Q
    ||||||||||||||||    
T  22830452 gtttggaacttggtat 22830467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 5 - 217
Target Start/End: Original strand, 22804557 - 22804769
Alignment:
Q  5 tggttggttatatagaaagttgtctaaacttccattcgacatgtagtcataaaccaaaagtaactcgctttttcgcctacaataaccatgaagttggaca 104  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||| |||    
T  22804557 tggttggttgtatagatagttgtctaaacttccattcggcatgtaatcataaaccaaaagtaactcgctttttcgcctgcaatagccataaagttgaaca 22804656  T
Q  105 agattcctgtgccgaagacaaccaatactaacaatttccgacacgaattcccttatcccttgtcttgattcatgagacacccttttcacagcaacctcaa 204  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22804657 agattcctgtgccgaagacgaccgatactaacaatttccgacacaaattccctcatcccttgtcttgattcatgagacacccttttcacagcaacctcaa 22804756  T
Q  205 gtttggaacttgg 217  Q
    |||||||||||||    
T  22804757 gtttggaacttgg 22804769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 159; E-Value: 8e-85
Query Start/End: Original strand, 5 - 219
Target Start/End: Original strand, 22893174 - 22893388
Alignment:
Q  5 tggttggttatatagaaagttgtctaaacttccattcgacatgtagtcataaaccaaaagtaactcgctttttcgcctacaataaccatgaagttggaca 104  Q
    ||||||||| |||| | | ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||    
T  22893174 tggttggttgtataaatatttgtctaaacttccattcggcatgtaatcataaaccaaaagtaactcgctttttcgcctgcaatagccatgaagttgaaca 22893273  T
Q  105 agattcctgtgccgaagacaaccaatactaacaatttccgacacgaattcccttatcccttgtcttgattcatgagacacccttttcacagcaacctcaa 204  Q
    |||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22893274 agattcctctgccgaagacgaccgatactaacaatttccgacacaaattccctcatcccttgtcttgattcatgagacacccttttcacagcaacctcaa 22893373  T
Q  205 gtttggaacttggta 219  Q
    |||||||||||||||    
T  22893374 gtttggaacttggta 22893388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 5 - 220
Target Start/End: Original strand, 22814248 - 22814463
Alignment:
Q  5 tggttggttatatagaaagttgtctaaacttccattcgacatgtagtcataaaccaaaagtaactcgctttttcgcctacaataaccatgaagttggaca 104  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |||    
T  22814248 tggttggttatatagatagttgtctaaacttccattcggcatgtaatcataaaccaaaagtaactcgctttttcgcctgcaatagccatgaagatgaaca 22814347  T
Q  105 agattcctgtgccgaagacaaccaatactaacaatttccgacacgaattcccttatcccttgtcttgattcatgagacacccttttcacagcaacctcaa 204  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||    
T  22814348 agattcctgtgccgaagacgaccgatactaacaatttccgacacaaattccctcatcccttgtcttgactcgtgtgacacccttttcacagcaacctcaa 22814447  T
Q  205 gtttggaacttggtat 220  Q
    |||||||||| |||||    
T  22814448 gtttggaactcggtat 22814463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 5 - 220
Target Start/End: Original strand, 22879813 - 22880028
Alignment:
Q  5 tggttggttatatagaaagttgtctaaacttccattcgacatgtagtcataaaccaaaagtaactcgctttttcgcctacaataaccatgaagttggaca 104  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| | |||    
T  22879813 tggttggttatatagatagttgtctaaacttccatttggcatgtaatcataaaccaaaagtaactcgctttttcgtctacaatagccatgaagtcgaaca 22879912  T
Q  105 agattcctgtgccgaagacaaccaatactaacaatttccgacacgaattcccttatcccttgtcttgattcatgagacacccttttcacagcaacctcaa 204  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||  ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22879913 agattcctgtgccaaagacgaccaatactgacaatttcccgcacaaattccctcatcccttgtcttgattcatgagacacccttttcacagcaacctcaa 22880012  T
Q  205 gtttggaacttggtat 220  Q
    ||||| ||||||||||    
T  22880013 gtttgaaacttggtat 22880028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 22 - 220
Target Start/End: Original strand, 22875166 - 22875364
Alignment:
Q  22 agttgtctaaacttccattcgacatgtagtcataaaccaaaagtaactcgctttttcgcctacaataaccatgaagttggacaagattcctgtgccgaag 121  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  22875166 agttgtctaaacttccatttggcatgtaatcataaaccaaaagtaactccctttttcgcctgcaatagccatgaagttgaacaagattcctgtgtcgaag 22875265  T
Q  122 acaaccaatactaacaatttccgacacgaattcccttatcccttgtcttgattcatgagacacccttttcacagcaacctcaagtttggaacttggtat 220  Q
    || |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22875266 acgaccaatactaacaatttccgacacaaattccctcatcccttgtcttgattcatgagacacccttttcacagcaacctcaagtttggaactttgtat 22875364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 5 - 220
Target Start/End: Original strand, 22825479 - 22825694
Alignment:
Q  5 tggttggttatatagaaagttgtctaaacttccattcgacatgtagtcataaaccaaaagtaactcgctttttcgcctacaataaccatgaagttggaca 104  Q
    |||| |||||| |||| | ||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| |||    
T  22825479 tggtgggttatgtagataattgtctaaacttccattcggcatgtaatcataaatcaaaagtaactcgctttttcgcctgtaatagccatgaagttgaaca 22825578  T
Q  105 agattcctgtgccgaagacaaccaatactaacaatttccgacacgaattcccttatcccttgtcttgattcatgagacacccttttcacagcaacctcaa 204  Q
    |||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22825579 agattcttgtgccgaagacgaccgatactaacaatttccgacacgaattccctcatcccttgtcttgattcatgagagacccttttcacagcaacctcaa 22825678  T
Q  205 gtttggaacttggtat 220  Q
     |||||||||||||||    
T  22825679 ttttggaacttggtat 22825694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 5 - 220
Target Start/End: Original strand, 22839273 - 22839488
Alignment:
Q  5 tggttggttatatagaaagttgtctaaacttccattcgacatgtagtcataaaccaaaagtaactcgctttttcgcctacaataaccatgaagttggaca 104  Q
    ||||| ||| |||| | ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||    
T  22839273 tggttcgttgtataaatagttgtctaaacttccattcggcatgtaatcataaaccaaaagtaactcactttttcgcctgcaatagccatgaagttgaaca 22839372  T
Q  105 agattcctgtgccgaagacaaccaatactaacaatttccgacacgaattcccttatcccttgtcttgattcatgagacacccttttcacagcaacctcaa 204  Q
    ||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  22839373 agattcctgtgtcgaagacgaccgatactaacaatttccgacacaaattccctcatcccttgttttgattcattagacacccttttcacagcaacctcaa 22839472  T
Q  205 gtttggaacttggtat 220  Q
    ||||||||||||||||    
T  22839473 gtttggaacttggtat 22839488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 5 - 220
Target Start/End: Original strand, 22808841 - 22809056
Alignment:
Q  5 tggttggttatatagaaagttgtctaaacttccattcgacatgtagtcataaaccaaaagtaactcgctttttcgcctacaataaccatgaagttggaca 104  Q
    |||||| || |||||| ||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||    
T  22808841 tggttgcttgtatagatagttgtctaaacttccatttggcatgtaatcataaaccaaaagtaactccctttttcgcctgcaatagccatgaagttgaaca 22808940  T
Q  105 agattcctgtgccgaagacaaccaatactaacaatttccgacacgaattcccttatcccttgtcttgattcatgagacacccttttcacagcaacctcaa 204  Q
    ||||||||||| ||||||| ||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  22808941 agattcctgtgtcgaagacgaccgatactgacaatttccgacacaaattccctcatcccttgtcttgattcattagacacccttttcacagcaacctcaa 22809040  T
Q  205 gtttggaacttggtat 220  Q
    ||||||||||| ||||    
T  22809041 gtttggaactttgtat 22809056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 5 - 213
Target Start/End: Original strand, 22897490 - 22897698
Alignment:
Q  5 tggttggttatatagaaagttgtctaaacttccattcgacatgtagtcataaaccaaaagtaactcgctttttcgcctacaataaccatgaagttggaca 104  Q
    ||||||||| |||||| | ||||||| ||||||||| | |||||| ||||| |||| ||| ||||| | ||||||||| ||||| ||  ||||| | |||    
T  22897490 tggttggttgtatagataattgtctagacttccattaggcatgtaatcatagaccagaagcaactcaccttttcgcctgcaatagccgagaagtggaaca 22897589  T
Q  105 agattcctgtgccgaagacaaccaatactaacaatttccgacacgaattcccttatcccttgtcttgattcatgagacacccttttcacagcaacctcaa 204  Q
    |||||||| || ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||    
T  22897590 agattcctatgacgaagacgaccgatactaacaatttccgacacgaattccctcatcccttgtcttgattcatgtgaaaccctcttcactgcaacctcaa 22897689  T
Q  205 gtttggaac 213  Q
    |||||||||    
T  22897690 gtttggaac 22897698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 24 - 208
Target Start/End: Original strand, 22912908 - 22913092
Alignment:
Q  24 ttgtctaaacttccattcgacatgtagtcataaaccaaaagtaactcgctttttcgcctacaataaccatgaagttggacaagattcctgtgccgaagac 123  Q
    ||||||||||||||||||  |||||| || || || | ||||||||||| ||||||||| || || ||  ||||| | || ||||| || || |||||||    
T  22912908 ttgtctaaacttccattctgcatgtaatcgtagacaagaagtaactcgccttttcgcctgcagtagccgagaagtggaacgagatttctatgacgaagac 22913007  T
Q  124 aaccaatactaacaatttccgacacgaattcccttatcccttgtcttgattcatgagacacccttttcacagcaacctcaagttt 208  Q
     ||| ||||||||||||||||  ||||||||| | |||||||||||||||||||| || || || ||||| || ||||| |||||    
T  22913008 gacctatactaacaatttccgcgacgaattccttcatcccttgtcttgattcatgtgaaactctcttcacggctacctcgagttt 22913092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 181 - 220
Target Start/End: Original strand, 22857835 - 22857874
Alignment:
Q  181 acacccttttcacagcaacctcaagtttggaacttggtat 220  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  22857835 acacccttttcacaacaacctcaagtttggaatttggtat 22857874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 168; Significance: 4e-90; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 5 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 21151493 - 21151278
Alignment:
Q  5 tggttggttatatagaaagttgtctaaacttccattcgacatgtagtcataaaccaaaagtaactcgctttttcgcctacaataaccatgaagttggaca 104  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||| |||    
T  21151493 tggttggttgtatagatagttgtctaaacttccatttggcatgtaatcataaaccaaaagtaactcgctttttcgcctgcaatagccataaagttgaaca 21151394  T
Q  105 agattcctgtgccgaagacaaccaatactaacaatttccgacacgaattcccttatcccttgtcttgattcatgagacacccttttcacagcaacctcaa 204  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  21151393 agattcctgtgccgaagacgaccaatactaacaatttccgacacgaattcccttatcccttgtcttgattcatgagacacccttttcacagcaacttcaa 21151294  T
Q  205 gtttggaacttggtat 220  Q
    |||||||||| |||||    
T  21151293 gtttggaactcggtat 21151278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University