View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1460_low_16 (Length: 432)

Name: NF1460_low_16
Description: NF1460
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1460_low_16
NF1460_low_16
[»] chr6 (17 HSPs)
chr6 (15-409)||(2974346-2974740)
chr6 (43-423)||(2934966-2935349)
chr6 (17-424)||(2996703-2997110)
chr6 (15-410)||(2937799-2938194)
chr6 (15-385)||(2927499-2927869)
chr6 (51-424)||(2929684-2930059)
chr6 (15-368)||(3003174-3003523)
chr6 (40-415)||(2983230-2983605)
chr6 (15-410)||(2658311-2658724)
chr6 (15-368)||(2952272-2952624)
chr6 (40-424)||(2964873-2965280)
chr6 (320-424)||(2954726-2954829)
chr6 (45-313)||(2979257-2979524)
chr6 (365-416)||(2986421-2986472)
chr6 (41-87)||(2985693-2985739)
chr6 (211-256)||(2954676-2954721)
chr6 (377-409)||(2952657-2952689)
[»] scaffold0024 (2 HSPs)
scaffold0024 (15-423)||(34573-34981)
scaffold0024 (39-152)||(44533-44646)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (40-423)||(3339389-3339775)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (40-367)||(49618776-49619102)
chr3 (40-368)||(49613800-49614128)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 303; Significance: 1e-170; HSPs: 17)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 15 - 409
Target Start/End: Original strand, 2974346 - 2974740
Alignment:
Q  15 tcatatattactgattatcatttaattttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttg 114  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2974346 tcatatattattgattatcattttattttggattaccttataaatactagtacggatgtggatatacttgttcggagcaatatactgcaaaattggcttg 2974445  T
Q  115 aagacagtgattctgtggctgtcttgtttaatggtcttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaa 214  Q
     ||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| ||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |  | ||    
T  2974446 gagacagtgattctgttgctatcttatttaatggtcttggagaaaatattacaaattctaatatcagttctcatttctctattctttgcaaagaattgaa 2974545  T
Q  215 tgcttattgtaggaatccttggcataagttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaatctta 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  2974546 tgcttattgtaggaatccttggcataggttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaattttt 2974645  T
Q  315 ctgcttgttctcactataattcaaacagtttgttctgtcttgcaagtagtacaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattatt 409  Q
    || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2974646 ctacttgttctcactataattcaaagagtttgttctgtcttgcaagtagtacaagcatcctagtgatttctttcattgttgagttcataattatt 2974740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 43 - 423
Target Start/End: Original strand, 2934966 - 2935349
Alignment:
Q  43 tggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaagacagtgattctgtggctgtcttgtt 142  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||   | |||||||| |||  |||||  || |||||||||||||||  ||||||    
T  2934966 tggattaccttataaatactggtacggatgctgatatacttgttcggaacgaaatactgcataatatgcttgcggatagtgattctgtggctaacttgtt 2935065  T
Q  143 taatggtcttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaatgcttattgtaggaatccttggcataag 242  Q
    |||||||||| | |||||| ||  | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  2935066 taatggtctttggaaaaatgttacacaatctaatatcagttctcatttctctattctatgcaaagacttaaatgctttttgtaagaatccttggcataag 2935165  T
Q  243 ttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaatcttactgcttgttctcactataattcaaacag 342  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| || ||||| |||    
T  2935166 ttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaaaactccttggcaaactgctgcttccattgctggaatcttactactttttctcactttacttcaatcag 2935265  T
Q  343 tttgttctgtcttgcaagtagt---acaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattattgctattagtattat 423  Q
    ||||||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  2935266 tttgttctgtcttgcaagttgtacaacaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattatttctattagtattat 2935349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 17 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 2997110 - 2996703
Alignment:
Q  17 atatattactgattatcatttaattttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaa 116  Q
    ||||||||||||||||  ||   ||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||  |   | |||||| |||||||||||| |    
T  2997110 atatattactgattatgtttctgttttggattaccttataaacactggtaaggatgttgatatacttgttcacaaagaaatactggaaaattggcttgga 2997011  T
Q  117 gacagtgattctgtggctgtcttgtttaatggtcttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaatg 216  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||| | | |||| || || ||   |||||||||||||| ||||||||||| |||||  || ||||||    
T  2997010 gacagtgattctgtggctaacttgtttaatggtctttgcataaatgttgtacataccaatatcagttctcaattctctattctttgcaaggacttaaatg 2996911  T
Q  217 cttattgtaggaatccttggcataagttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaatcttact 316  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||| |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||  ||||    
T  2996910 ctttttgtaggaatccttggcataagttgaaggctactctcaggcgtgattatggcaagactccttggcaagctgctgcttcctttgctggaattgtact 2996811  T
Q  317 gcttgttctcactataattcaaacagtttgttctgtcttgcaagtagtacaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattattgctatta 416  Q
     |||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2996810 acttgttctcacttttattcaatcagtttgttctgtcttgcaagttgtacaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattattgctatta 2996711  T
Q  417 gtattatc 424  Q
    ||||||||    
T  2996710 gtattatc 2996703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 15 - 410
Target Start/End: Original strand, 2937799 - 2938194
Alignment:
Q  15 tcatatattactgattatcatttaattttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttg 114  Q
    ||||||||| ||||||||  | |  |||||||||||||||||||||| |||| ||||| || |||||||||| |||  || |||||| ||||||||||||    
T  2937799 tcatatattgctgattatgttgttgttttggattaccttataaataccggtaaggatgcgggtatacttgtttggaacaaaatactggaaaattggcttg 2937898  T
Q  115 aagacagtgattctgtggctgtcttgtttaatggtcttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaa 214  Q
     |||||||||||||||||||   ||||||||||||||| | |||||| || || ||| | ||||||||||||| ||||||||||| |||||| |  ||||    
T  2937899 gagacagtgattctgtggctaatttgtttaatggtctttgcaaaaatgttgtatattctgatatcagttctcaattctctattctttgcaaagaattaaa 2937998  T
Q  215 tgcttattgtaggaatccttggcataagttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaatctta 314  Q
    |||||  || || |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2937999 tgctttctgcagtaatccttggcataagttgaaggctactctgaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgctgcttccattgctggaatctta 2938098  T
Q  315 ctgcttgttctcactataattcaaacagtttgttctgtcttgcaagtagtacaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattattg 410  Q
    || ||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2938099 ctacttattctcactttacttcaatcagtttgttctgtcttgcaagttgtacaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattattg 2938194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 15 - 385
Target Start/End: Original strand, 2927499 - 2927869
Alignment:
Q  15 tcatatattactgattatcatttaattttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttg 114  Q
    ||||||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||  | |||||| |||||  |||||    
T  2927499 tcatatattactgattatcgttctgttttggattaccttataaatactggtaaggatgtggatatacttgttcagagggaaatactggaaaatatgcttg 2927598  T
Q  115 aagacagtgattctgtggctgtcttgtttaatggtcttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaa 214  Q
     |||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||| ||  |  || ||  ||||||||||| ||||||||||| |||||| || ||||    
T  2927599 gagacggtgattctgtggctaacttgtttaatggtcttggtaaaaatgttacacgttctacaatcagttctcaattctctattctttgcaaagacttaaa 2927698  T
Q  215 tgcttattgtaggaatccttggcataagttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaatctta 314  Q
    ||||||||||| ||||||  | ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  2927699 tgcttattgtaagaatccacgacataagttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaaaactccttggcaaactgctgcttccattgcgggaatctta 2927798  T
Q  315 ctgcttgttctcactataattcaaacagtttgttctgtcttgcaagtagtacaagcctcctagtgatttct 385  Q
    || |||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2927799 ctacttgttctcactttacttcaatcagtttgttctgtcttgcaagttgtacaagcctcctagtgatttct 2927869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 173; E-Value: 7e-93
Query Start/End: Original strand, 51 - 424
Target Start/End: Original strand, 2929684 - 2930059
Alignment:
Q  51 cttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaagacagtgattctgtggctgtcttgtttaatggtc 150  Q
    |||||||||||||||| ||| |  ||||||||| ||| ||   | |||||| |||||||| ||| ||||| | |||||||||||  | |||||||||||     
T  2929684 cttataaatactggtaaggacgccgatatacttattcagaaagaaatactggaaaattggtttggagacaatcattctgtggctaacatgtttaatggtt 2929783  T
Q  151 ttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaatgcttattgtaggaatccttggcataagttgaaggc 250  Q
    || | ||| ||||| || ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||| |||||||||    
T  2929784 tttgcaaatatattatacattctaatatcagtcctcatttctctattctatgcaaagacttaaatgctttttgttagaatccttggcataggttgaaggc 2929883  T
Q  251 tgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaatcttactgcttgttctcactataattcaaacagtttgttct 350  Q
    | |||| |||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||| || ||||| |||||||||||    
T  2929884 tactctcaggcgtgattattgaagtactccttggcaaactgctgcttccattgctggattcttactactttttctcactttacttcaatcagtttgttct 2929983  T
Q  351 gtcttgcaagtagtacaagcctcctag--tgatttctttcattgttgagttcataattattgctattagtattatc 424  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||  |||||||    
T  2929984 gtcttgcaagttgtacaagcctcctagcttgatttcttttattgttgagttcataattattgttattcttattatc 2930059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 173; E-Value: 7e-93
Query Start/End: Original strand, 15 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 3003523 - 3003174
Alignment:
Q  15 tcatatattactgattatcatttaattttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttg 114  Q
    ||||||||||| ||||||| ||   |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||  | |||||| |||||  |||||    
T  3003523 tcatatattaccgattatcgttctgttttggattaccttataaatactgctaaggatgtggatatacttgttcagagcgaaatactggaaaatatgcttg 3003424  T
Q  115 aagacagtgattctgtggctgtcttgtttaatggtcttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaa 214  Q
     |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||| ||||| ||  || ||  ||||||||||| |||||||||||  ||||| || ||||    
T  3003423 gagacagtgattctgtggctaacttgtttaatggtcttggcaaagatattatacgttctacaatcagttctcaattctctattcttggcaaagacttaaa 3003324  T
Q  215 tgcttattgtaggaatccttggcataagttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaatctta 314  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  3003323 tgcttattgtaagaatccatggcataagttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaaaactccctggcaaactgctgcttccattgctggaatctta 3003224  T
Q  315 ctgcttgttctcactataattcaaacagtttgttctgtcttgcaagtagtacaa 368  Q
    || |||| ||||||| || ||||||||||||||    |||||||||||||||||    
T  3003223 ctccttgctctcactttacttcaaacagtttgt----tcttgcaagtagtacaa 3003174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 40 - 415
Target Start/End: Original strand, 2983230 - 2983605
Alignment:
Q  40 ttttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaagacagtgattctgtggctgtctt 139  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||| ||| ||   | |||||  |||| | ||||| |||| || | ||| ||||| ||||    
T  2983230 ttttggattaccttataaataatggtaaggatgtggatgtacttattcagaagcaaatactagaaaacttgcttggagacggtcaatctatggctatctt 2983329  T
Q  140 gtttaatggtcttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaatgcttattgtaggaatccttggcat 239  Q
    ||||||||||||| | |||||| || |||| | |||  |||||| |||||||   | ||| | |||  |  |  |||||| |||||  |||||| || ||    
T  2983330 gtttaatggtctttgcaaaaatgttgtaaaatctaaactcagttatcatttcgtaagtctttccaatgaattggatgctttttgtaataatcctaggaat 2983429  T
Q  240 aagttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaatcttactgcttgttctcactataattcaaa 339  Q
    |||||||||||  |||| |||||||||||| |||||||||||||| | | |||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2983430 aagttgaaggccactctcaggcgtgattatggcaatactccttggaaaattgctgcttccgttgctggagtcttactacttgttctcactataattcaaa 2983529  T
Q  340 cagtttgttctgtcttgcaagtagtacaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattattgctatt 415  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2983530 cagtttgttctgtcttgcaaatagtacaagcatcctagtcatttctttcattgttgagttcataattattgttatt 2983605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 15 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 2658724 - 2658311
Alignment:
Q  15 tcatatattactgattatcatttaattttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttg 114  Q
    ||||||||||||||||||  |    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |  || |||||| ||||||||||||    
T  2658724 tcatatattactgattatgttgctgttttggattaccttataaatactggtaaggatgtggatatacttgttccaaacaaaatactggaaaattggcttg 2658625  T
Q  115 aagacagtgattctgtggctgtcttgtttaatggtcttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaa 214  Q
     |||||||||||||||||||  |||||||| ||||||| | |||||| ||    ||| ||||| |||| |||||||| ||||||| ||  || || ||||    
T  2658624 gagacagtgattctgtggctaacttgtttactggtctttgcaaaaatgttactcattgtaatagcagtcctcatttcactattctttgtgaagacttaaa 2658525  T
Q  215 tgcttattgtaggaatccttggcataagttgaag------------gctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccatt 302  Q
     | || ||||||||||||||||| |||||| |||            |   |||| |||||||||||||||| |||||||||| |  ||| ||||||| ||    
T  2658524 agatttttgtaggaatccttggcctaagtttaagtactcattgattggcactctgaggcgtgattattgcagtactccttggaaagctggtgcttccttt 2658425  T
Q  303 gctggaatcttactgcttgttctcactataattcaaacagtttgttctgtcttgcaagtagtacaa------gcctcctagtgatttctttcattgttga 396  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||      | ||||||||||||||||||||||||      
T  2658424 gctggaatcttactacttattctcactataattcaaacagtttgttctgtctttcaagtagtacaacctaatggctcctagtgatttctttcattgttcg 2658325  T
Q  397 gttcataattattg 410  Q
    ||||||||||||||    
T  2658324 gttcataattattg 2658311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 126; E-Value: 8e-65
Query Start/End: Original strand, 15 - 368
Target Start/End: Original strand, 2952272 - 2952624
Alignment:
Q  15 tcatatattactgattatcatttaattttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttg 114  Q
    ||||||||| ||||||||  | |  ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||  | |||  |||||    
T  2952272 tcatatattgctgattatgttgttgttttggattacattataaatactggtaccgatgtggatatacttgttcggagggatatactagataatatgcttg 2952371  T
Q  115 aagacagt---gattctgtggctgtcttgtttaatggtcttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacat 211  Q
     ||| |||   ||||||||||||  |  |||||||||| || | |||||| || || ||| ||||||||||||||| ||||||||| |  ||||| | ||    
T  2952372 gagaaagtagtgattctgtggctaacaggtttaatggtatttgcaaaaatgttgtatattctaatatcagttctcaattctctattattggcaaagaaat 2952471  T
Q  212 aaatgcttattgtaggaatccttggcataagttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaatc 311  Q
    |||||| | |||||| ||||||||| |||||||||| ||  |||| |||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2952472 aaatgcattttgtagtaatccttggaataagttgaaagccactctgaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgctgcttccattgctggaatc 2952571  T
Q  312 ttactgcttgttctcactataattcaaacagtttgttctgtcttgcaagtagtacaa 368  Q
     |||| |||| ||||||| || ||||||||||||||    |||||||||||||||||    
T  2952572 gtactccttgctctcactttacttcaaacagtttgt----tcttgcaagtagtacaa 2952624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 40 - 424
Target Start/End: Original strand, 2964873 - 2965280
Alignment:
Q  40 ttttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaagacagtgattctgtggctgtctt 139  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||  || |||||| |||||  ||||| ||| |||||||||||||||  |||    
T  2964873 ttttggattaccttataaatactggcaaggatgtggatatacttgttcagaacaaaatactggaaaatatgcttggagatagtgattctgtggctaactt 2964972  T
Q  140 gtttaatggtcttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaatgcttattgtaggaatccttggc-- 237  Q
    |||||||||||||   ||| || || || ||| ||||||||||  ||| ||||||||||| |||||| |  | ||||||| |||| ||||||||||||      
T  2964973 gtttaatggtctttccaaatatgttatacattctaatatcagtcttcaattctctattctttgcaaagatttgaatgctttttgtgggaatccttggcgc 2965072  T
Q  238 ------at----------aagttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaatcttactgcttg 321  Q
          ||          ||||||||| |  |||| | ||||||||| |||| ||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  2965073 cagttaatgttgacgttgaagttgaagtccactctgatgcgtgattactgcagtactccttggcaagctgctgcttcctttgctggaatcttactacttg 2965172  T
Q  322 ttctcactataattcaaacagtttgttctgtcttgcaagtagtacaa---------gcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattattgct 412  Q
    |||||||| |||||||||||||||||    |||||||||||||||||         || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2965173 ttctcactttaattcaaacagtttgt----tcttgcaagtagtacaacaacctaatgcttcctagtgatttctttcattgttgagttcataattattgct 2965268  T
Q  413 attagtattatc 424  Q
    ||||||||||||    
T  2965269 attagtattatc 2965280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 320 - 424
Target Start/End: Original strand, 2954726 - 2954829
Alignment:
Q  320 tgttctcactataattcaaacagtttgttctgtcttgcaagtagtacaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattattgctattagta 419  Q
    |||| ||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2954726 tgttatcactttacttcaatcaatttgttctgtcttgcaagtagtacaagcctcctagtgatttctttcaatgttgagttcat-attattgctattagta 2954824  T
Q  420 ttatc 424  Q
    |||||    
T  2954825 ttatc 2954829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 45 - 313
Target Start/End: Original strand, 2979257 - 2979524
Alignment:
Q  45 gattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaagacagtgattctgtggctgtcttgttta 144  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||| ||||| ||||||| ||||||  |||   |||||||    
T  2979257 gattaccttataaataccggtacggatgtggatatacttgttcggagcaaaatactggaaaatttgcttggagacagtcattctgctgctaaattgttta 2979356  T
Q  145 atggtcttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaatgcttattgtaggaatccttggcat----- 239  Q
    ||| |||| |  ||||| |         ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |  |||||| || || ||| ||||||||||||         
T  2979357 atgatctttgcgaaaatgt---------taatatcagttctcatttctctattctttgcaaagatttaaatgatttttatagtaatccttggcatgagtt 2979447  T
Q  240 -aagttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatac--tccttggcacactgctgcttccattgctggaatctt 313  Q
     || ||||||||| |||| |||| ||||  |||||||||  |||| |||| | |||||||||| |||||||||||||    
T  2979448 gaacttgaaggcttctctcaggcatgatcgttgcaatacgatcctaggcaaattgctgcttccgttgctggaatctt 2979524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 365 - 416
Target Start/End: Original strand, 2986421 - 2986472
Alignment:
Q  365 acaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattattgctatta 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2986421 acaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattattgttatta 2986472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 41 - 87
Target Start/End: Original strand, 2985693 - 2985739
Alignment:
Q  41 tttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttc 87  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||    
T  2985693 tttggattaccttataaatactagtaaggatgcggatatacttgttc 2985739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 211 - 256
Target Start/End: Original strand, 2954676 - 2954721
Alignment:
Q  211 taaatgcttattgtaggaatccttggcataagttgaaggctgctct 256  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  2954676 taaatgctttttgtaggaatccttggcgtaagttgaaggctactct 2954721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 377 - 409
Target Start/End: Original strand, 2952657 - 2952689
Alignment:
Q  377 gtgatttctttcattgttgagttcataattatt 409  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2952657 gtgatttctttcattgttgagttcataattatt 2952689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 2)
Name: scaffold0024
Description:

Target: scaffold0024; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 15 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 34981 - 34573
Alignment:
Q  15 tcatatattactgattatcatttaattttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttg 114  Q
    ||||||||||||||||||  | |  ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||   | ||||||   |||| |||||    
T  34981 tcatatattactgattatgttgttgttttggatttccttataaatactggtaaggatgcggatatacttgttcggaaagaaatactgactaatttgcttg 34882  T
Q  115 aagacagtgattctgtggctgtcttgtttaatggtcttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaa 214  Q
     |||||||||||||||||||  |||||||||| ||||| | |||||| || || || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  34881 gagacagtgattctgtggctaacttgtttaatcgtctttgcaaaaatgttatacatcataatatcagttctcatttctctattctttgcaaaaacttaaa 34782  T
Q  215 tgcttattgtaggaatccttggcataagttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaatctta 314  Q
    ||| | |||||| ||||||||| ||| |||||||||| |||| |||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||    
T  34781 tgcattttgtagtaatccttggaataggttgaaggcttctctcaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgctgcttccgttgctggaatttta 34682  T
Q  315 ctgcttgttctcactataattcaaacagtttgttctgtcttgcaagtagtacaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattattgctat 414  Q
    || |||||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34681 ctacttgttctcactttgcttcaatcagtttgttctgtcttgcaagtagtacaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattattgctat 34582  T
Q  415 tagtattat 423  Q
    |||||||||    
T  34581 tagtattat 34573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 39 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 44646 - 44533
Alignment:
Q  39 attttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaagacagtgattctgtggctgtct 138  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||| ||||||||| || |||||| |||||| ||||| ||||||| ||| |||||||   |    
T  44646 attttggattaccttataaatactggtaaggatgcagatatacatgttcggagcaaaatactggaaaatttgcttggagacagtcattatgtggctaatt 44547  T
Q  139 tgtttaatggtctt 152  Q
    ||||||||| ||||    
T  44546 tgtttaatgatctt 44533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 40 - 423
Target Start/End: Original strand, 3339389 - 3339775
Alignment:
Q  40 ttttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaagacagtgattctgtggctgtctt 139  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||  |||  | |||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||   ||    
T  3339389 ttttggatttccttataaatactagtatggatgtggatatacttgttaagagcgaaatactagaaaattggcttgcagacagtgattctgtggctaaatt 3339488  T
Q  140 gtttaatggtcttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaatgcttattgtaggaatccttggcat 239  Q
    ||||||||||||| | |||||| || |  ||| || | | |||||||||||| ||| |||  ||||| || |||||| || ||||| |||||||||||||    
T  3339489 gtttaatggtctttgcaaaaatgttatgcattctagtgtaagttctcatttccctactcttggcaaagacttaaatgatttttgtaagaatccttggcat 3339588  T
Q  240 aagttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaatcttactgcttgttctcactataattcaaa 339  Q
    | |||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||| || |||||     
T  3339589 aggttgaaggccactctcaggcgtgattattgcaatactccttggcaaactgctgcttccattgctggaattgtactacttgttctcactttacttcaat 3339688  T
Q  340 cagtttgttctgtcttgcaagtagtacaagcctcctagtgatttctttcattgttgagt---tcataattattgctattagtattat 423  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||   |||||||||||||| ||||||||||    
T  3339689 cagtttgttctgtcttgcaagtagtacaggcctcctagtgatttctttctttgttgagttcatcataattattgctcttagtattat 3339775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 92; Significance: 2e-44; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 40 - 367
Target Start/End: Original strand, 49618776 - 49619102
Alignment:
Q  40 ttttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaagacagtgattctgtggctgtctt 139  Q
    |||||||||||||||||||||  |||| ||||| |||||||||||||| |||    |||| | | |||  ||||| ||||||||||||||||||   |||    
T  49618776 ttttggattaccttataaatatcggtagggatgcggatatacttgttcagagaggaatacaggataatatgcttgcagacagtgattctgtggcaaactt 49618875  T
Q  140 gtttaatggtcttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaatgcttattgtaggaatccttggcat 239  Q
    || |||||||||| | |||||| ||  | ||   ||| ||||||||||||||| | ||||    ||| || | | || || |||||  ||||||||||||    
T  49618876 gtataatggtctttggaaaaatgtttcacatataaatttcagttctcatttctgtcttcttcctaaagacttga-tggtttttgtaataatccttggcat 49618974  T
Q  240 aagttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaatcttactgcttgttctcactataattcaaa 339  Q
    ||  |||||||| |||| |||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| || || |||||     
T  49618975 aaactgaaggctactctcaggcgtgattatggcagtactccttggcaaactgctgcttccattgctggaattttactacttgttctctctttacttcaat 49619074  T
Q  340 cagtttgttctgtcttgcaagtagtaca 367  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||    
T  49619075 cagtttgttctatcttgcaagttgtaca 49619102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 40 - 368
Target Start/End: Original strand, 49613800 - 49614128
Alignment:
Q  40 ttttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaagacagtgattctgtggctgtctt 139  Q
    ||||||||| |||||| |||||||| | |||||||||||||||||||| ||  || ||||||   ||||||||||  || |||||||||||||||  |||    
T  49613800 ttttggatttccttattaatactggcaaggatgtggatatacttgttcagaagaaaatactggtgaattggcttggggatagtgattctgtggctaactt 49613899  T
Q  140 gtttaatggtcttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaatgcttattgtaggaatccttggcat 239  Q
    ||||||| ||||| | |||||| ||  | |||   || |||||||||| | ||||||||||||  || || | |||| || ||||    |||||||||||    
T  49613900 gtttaatagtctttggaaaaatgttacacatttgtatttcagttctcagtactctattctatgtgaagacttgaatggtttttgtcatgatccttggcat 49613999  T
Q  240 aagttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaatcttactgcttgttctcactataattcaaa 339  Q
    |  ||||||||  |||| || |||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||| || || |||||     
T  49614000 agattgaaggcgactctcagacgtgattattgcaacagtccttggcaaactgctgcttccattgctggaattttactacttattctctctttacttcaat 49614099  T
Q  340 cagtttgttctgtcttgcaagtagtacaa 368  Q
    |||||||| | || |||||||| ||||||    
T  49614100 cagtttgtgcagtgttgcaagttgtacaa 49614128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University