View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14616_low_1 (Length: 745)

Name: NF14616_low_1
Description: NF14616
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14616_low_1
NF14616_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (12-729)||(6994538-6995256)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 658; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 658; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 729
Target Start/End: Original strand, 6994538 - 6995256
Alignment:
Q  12 gagatgaatgtaggcatggtgctctatttggcattgaaattatagggttggcattggaggacacaaacacaacaaaactagtaaagaatgggcagggttg 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6994538 gagatgaatgtaggcatggtgctctatttggcattgaaattatagggttggcattggaggacacaaacacaacaaaactagtaaagaatgggcagggttg 6994637  T
Q  112 gtaagttttatgtgtggtgtgaaggaattgtttacagctgtaatgtaacaagtttgtgatggtacggtaattataataattataatgtacaaacgaatca 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6994638 gtaagttttatgtgtggtgtgaaggaattgtttacagctgtaatgtaacaagtttgtgatggtacggtaattataataattataatgtacaaacgaatca 6994737  T
Q  212 gttcaatttttggcttgtaatgtctgagtaacgaatattgtgtgtatgtaatgtatgtaagtatatatgggtcctccacacatcacatcgattgaaatta 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6994738 gttcaatttttggcttgtaatgtctgagtaacgaatattgtgtgtatgtaatgtatgtaagtatatatgggtcctccacacatcacatcgattgaaatta 6994837  T
Q  312 accagattgtgtatagtctttgccagcaagactcaaacagatccacttgannnnnnnngcagttttaggcaaagagggtgttagaattgattaaaaatac 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6994838 accagattgtgtatagtctttgccagcaagactcaaacagatccacttgattttttttgcagttttaggcaaagagggttttagaattgattaaaaatac 6994937  T
Q  412 tatgtattaatattattaaggtgaaggttacttgttggagaaagagtaaggcatggcatattgaaaacatgcaactacgaaatattattatactgttgag 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6994938 tatgtattaatattattaaggtgaaggttacttgttggagaaagagtaaggcatggcatattgaaaacatgcaactacgaaatattattatactgttgag 6995037  T
Q  512 attgagctgtgaatagctacttgttgtttgttgttcatgacaagacatatgatatggcaaatgtgaccacccaccaattcatgtactatatcactttcca 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6995038 attgagctgtgaatagctacttgttgtttgttgttcatgacaagacatatgatatggcaaatgtgaccacccaccaattcatgtactatatcactttcca 6995137  T
Q  612 atatgattaatgg-nnnnnnnggtatgtcattttgcttttggccaagtggaatgagaaagaggtcagaatgtttggtaaatttggtatgatattaccact 710  Q
    |||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  6995138 atatgattaatggttttttttggtatgtcattttgcttttggccaagtggaatgagaaagaggtcagaatgtttggtaaatttggtatgatattactact 6995237  T
Q  711 catcaatgtgccttcaaac 729  Q
    |||||||||||||||||||    
T  6995238 catcaatgtgccttcaaac 6995256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University