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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF1461_low_9 (Length: 443)
Name: NF1461_low_9
Description: NF1461
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1461_low_9 |
 | |
|
| [»] scaffold0006 (13 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0012 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0355 (2 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0783 (3 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0069 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0238 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: scaffold0006 (Bit Score: 295; Significance: 1e-165; HSPs: 13)
Name: scaffold0006
Description:
Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 19 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 214174 - 213766
Alignment:
| Q |
19 |
attcggaatacatggtgtaaatgtcccacctaaaatttttaatgttttgaattatataattccaccaattccaaacccaagcaatatctccaatagaaac |
118 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
214174 |
attcggaatacatggtgtaaatgtcccacctaaaatttttaatgttttgaattatatagttccaccaattccaaacccaagcaatatctccaatagaaac |
214075 |
T |
|
| Q |
119 |
ttttaaaaaagatttcacaaaacac--acatatagacttatgagatagcatgcatatcatttgtccaaatagaaatgttcaatttttcgaaacaaaatga |
216 |
Q |
| |
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|
| T |
214074 |
ttttaaaaaatatttcacgaaacaatgacatataggcctatgacatagcatgcatatcatttgtccaaatagaaatgttcaatttttgaaaacaaaatga |
213975 |
T |
|
| Q |
217 |
gtgatacatcacacacgtataaacacctcctaaaatgtcacggttgaatctataaattatacaaataggtaacatagtaaaatccatcgacgttacctac |
316 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
213974 |
ttgatacatcacacacgtataaacaccccctaaaatgtcatggttgaatctagaaattacacaaaaaggtaacatagtaaaatccatcgacgtcacct-- |
213877 |
T |
|
| Q |
317 |
cagttcaacgagagtaaaatttcaatacaaggtacttgacatgtaagccaatcaaataacaacataaatagaaaattaaagaaattcttcccaacaccaa |
416 |
Q |
| |
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|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
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|
| T |
213876 |
-------acgagagtaaaattacaatacaaggtacttgacatgtaaaccgatcaaataacaacataaatagaaaattaaagaaatttttcccaacaccaa |
213784 |
T |
|
| Q |
417 |
tataaatagctcctttgc |
434 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |
|
|
| T |
213783 |
tataaatagctcctttgc |
213766 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 19 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 192548 - 192131
Alignment:
| Q |
19 |
attcggaatacatggtgtaaatgtcccacctaaaatttttaatgttttgaattatataattccaccaattccaaacccaagcaatatctccaatagaaac |
118 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
192548 |
attcggaagacatggtgtaaatgccccacctaaaattttgattgttttgaattatatagttccaccgattgtaaacccaagcaatatctccaatagacac |
192449 |
T |
|
| Q |
119 |
ttttaaaaaagatttcacaaaacac--acatatagacttatgagatagcatgcatatcatttgtccaaatagaaatgttcaatttttcgaaacaaaatga |
216 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| || ||||||| || |||| |||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| || |
|
|
| T |
192448 |
ttttaaaaaagattacataaaacactagcacataggcttaggacatagcatgcatgccatttgtccaaataaaaatgttcaatttttcgaaataaaaaga |
192349 |
T |
|
| Q |
217 |
gtgatacatcacacacgtataaacacctcctaaaatgtcacggttgaatctataaattatacaaataggtaacatagtaa---aatccatcgacgttacc |
313 |
Q |
| |
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||| | ||||| ||||||| ||||||| || ||||||||| |||||||| | ||||| |||||||||||||||| ||| ||||| ||||||| || |
|
|
| T |
192348 |
gtgttccatcaaacacgtagaaacacccccaaaaatgtcatggttgaatttggtaattaaacaaataggtaacataataaaagaatccctcgacgtcaca |
192249 |
T |
|
| Q |
314 |
taccagttcaacgagagtaaaatttcaatacaaggtacttgacatgtaagccaatcaaataacaacataaatagaaaattaaagaaattcttcccaacac |
413 |
Q |
| |
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| | | ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||| |||||| ||||| |
|
|
| T |
192248 |
caacggagcaatgagagtaaaattccaatacaaggtacttgacatgcaagccaatcaaataacaacgtaaatataaaataaaagaaagtcttccaaacac |
192149 |
T |
|
| Q |
414 |
caatataaatagctcctt |
431 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |
|
|
| T |
192148 |
caatataaatagctcctt |
192131 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0006; HSP #3
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 19 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 127305 - 126883
Alignment:
| Q |
19 |
attcggaatacatggtgtaaatgtcccacctaaaatttttaatgttttgaattatataattccaccaattccaaacccaagcaatatctccaatagaaac |
118 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||| |||||| |||||| | | ||||| ||||||| || ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
127305 |
attcggaagacatggtgtaaatgccccacccaaaattgtgattgtttagaattatttagttccaccgattccaaacccaagtaatgtctccaatagaaac |
127206 |
T |
|
| Q |
119 |
ttttaaaaaagatttcacaaaacac--acatatagacttatgagatagcatgcatatcatttgtccaaatagaaatgttcaatttttcgaaacaaaatga |
216 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||| ||||||| ||| |||| |||| || |||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| || |
|
|
| T |
127205 |
ttttaaaaaatatttcaaaaaacactaacacataggcttaggacatagcatgcataccatctgttcaaatagaaatgttcaatttttcgaaataaaaaga |
127106 |
T |
|
| Q |
217 |
gtgatacatcacacacgtataaac---acctcctaaaatgtcacggttgaatctataaattatacaaataggtaacatagtaa---aatccatcgacgtt |
310 |
Q |
| |
|
||| | ||||| ||| ||| |||| ||| || ||||||||| |||||||| | | ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| | |
|
|
| T |
127105 |
gtgttccatcaaacatgtagaaacagtaccccccaaaatgtcatggttgaatttttcaattaaacaaataggtaacatagtaaaagaatccctcgacatc |
127006 |
T |
|
| Q |
311 |
acctaccagttcaacgagagtaaaatttcaatacaaggtacttgacatgtaagccaatcaaataacaacataaatagaaaattaaagaaattcttcccaa |
410 |
Q |
| |
|
||| | | | ||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||| || |
|
|
| T |
127005 |
accaaacggagcaatgagagtaaaattccaatacaaggtacttgtcatgcaagccaatcaaataacaacataaataaaaaataaaagaaagtcttccaaa |
126906 |
T |
|
| Q |
411 |
cacca--atataaatagctcctt |
431 |
Q |
| |
|
| ||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
126905 |
ccccaatatataaatagctcctt |
126883 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0006; HSP #4
Raw Score: 163; E-Value: 7e-87
Query Start/End: Original strand, 19 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 233913 - 233540
Alignment:
| Q |
19 |
attcggaatacatggtgtaaatgtcccacctaaaatttttaatgttttgaattatataattccaccaattccaaacccaagcaatatctccaatagaaac |
118 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
233913 |
attcggaagacatggtgcaaatgccccacctaaaattttgattgttttgaattatatagttccactgaatccaaacccaagcaatatctccaatagaaac |
233814 |
T |
|
| Q |
119 |
ttttaaaaaagatttcacaaaacaca--catatagacttatgagatagcatgcatatcatttgtccaaatagaaatgttcaatttttcgaaacaaaatga |
216 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||| || |||| || |||| ||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |
|
|
| T |
233813 |
ttttagaaaagatttcaagaatcacaagcacataggcttgggacatagcatgcataccatttgtccaaatagaaatgttcagtttttcgaaacaaa--ga |
233716 |
T |
|
| Q |
217 |
gtgatacatcacacacgtataaacacctcctaaaatgtcacggttgaatctataaattatacaaataggtaacatagt---aaaatccatcgacgttacc |
313 |
Q |
| |
|
||||| ||||| |||| || ||||||| ||||||||||||||||||||| | | ||||| |||||||||||||||||| | ||||| | |||| ||| |
|
|
| T |
233715 |
gtgatccatcaaacacatagaaacacc-cctaaaatgtcacggttgaatttgtcaattaaacaaataggtaacatagtcaaagaatccctttacgtaacc |
233617 |
T |
|
| Q |
314 |
taccagttcaacgagagtaaaatttcaatacaaggtacttgacatgtaagccaatcaaataacaacataaatagaaaat |
392 |
Q |
| |
|
|||||| || |||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
233616 |
taccagagcactgagagtaaaattacaatacaa-gtacttgacatgcaagccaatcaaataacaacat-aatagaaaat |
233540 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0006; HSP #5
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 100 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 122773 - 122434
Alignment:
| Q |
100 |
caatatctccaatagaaacttttaaaaaagatttcacaaaacaca--catatagacttatgagatagcatgcatat----catttgtccaaatagaaatg |
193 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| || |||| |||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
122773 |
caatatttccaatagaaacttttaataaag-tttcacaaaacactagcacataggcttaggacatagcatgcatacataccatttgtccaaatagaaatg |
122675 |
T |
|
| Q |
194 |
ttcaatttttcgaaacaaaatgagtgata--catcacacacgtataaacacctcctaaaatgtcacggttgaatctataaattatacaaataggtaacat |
291 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||| |||| |||||||| ||||| ||||| | ||||||| |||||||||||| | |||||| | ||||| ||||||| ||||||| |
|
|
| T |
122674 |
ttcaatttttagaaataaaaagagtgatatccatcaaacacgcagaaacaccacctaaaatgtcatgtttgaatatgacaatta-acaaatatgtaacat |
122576 |
T |
|
| Q |
292 |
agtaaaa---tccatcgacgttacctaccagttcaacgagagtaaaatttcaatacaaggtacttgacatgtaagccaatcaaataacaacataaataga |
388 |
Q |
| |
|
||||||| ||| |||||| |||| ||||| ||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
122575 |
agtaaaagaatccttcgacgctacccaccagagcaatgagagtaaaattacaatagaaggtacttgacatgcaagccaatcaaataacatcataaataga |
122476 |
T |
|
| Q |
389 |
aaattaaagaaattcttcccaacaccaatataaatagctcctt |
431 |
Q |
| |
|
||| |||||||| |||| | ||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
122475 |
aaa-taaagaaagtctttcaaacgccaatataaatagctcctt |
122434 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0006; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 107 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 78112 - 77952
Alignment:
| Q |
107 |
tccaatagaaacttttaaaaaagatttcacaaaacaca--catatagacttatgagatagcatgcatatcatttgtccaaatagaaatgttcaatttttc |
204 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| || |||| |||| || ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
78112 |
tccaatagaaacttataaaaaagatttcacaaagcactagcacataggcttaggacataacatgcataccatttgtccaaatagaaatgttcaattttcc |
78013 |
T |
|
| Q |
205 |
gaaacaaaatgagtgatacatcacacacgtataaacacctcctaaaatgtcacggttgaat |
265 |
Q |
| |
|
||| |||| ||||||| ||||| ||| | | ||||||| |||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
78012 |
aaaataaaaagagtgatccatcaaacatggagaaacaccccctaaaatgtcatagttgaat |
77952 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0006; HSP #7
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 326 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 77910 - 77802
Alignment:
| Q |
326 |
gagagtaaaatttcaatacaaggtacttgacatgtaagccaatcaaataacaacataaatagaaaattaaagaaattcttcccaacaccaatataaatag |
425 |
Q |
| |
|
|||| ||||||| ||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| ||| ||| |||||| |||||| |||||||||| |
|
|
| T |
77910 |
gagaataaaattacaacacaaggtccttgacatgcaagccaatcaaatagcaacataaattgaaaataaaataaagtcttccaaacaccgatataaatag |
77811 |
T |
|
| Q |
426 |
ctcctttgc |
434 |
Q |
| |
|
||||||||| |
|
|
| T |
77810 |
ctcctttgc |
77802 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0006; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 328 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 64270 - 64192
Alignment:
| Q |
328 |
gagtaaaatttcaatacaaggtacttgacatgtaagccaatcaaataacaacataaatagaaaattaaagaaattcttc |
406 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || || ||| ||||||| ||||| |
|
|
| T |
64270 |
gagtaaaattccaatacaaggtacttgacatgcaagccaatcaaataacaacatcaaaaggaaacaaaagaaagtcttc |
64192 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0006; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 65 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 221603 - 221525
Alignment:
| Q |
65 |
ttgaattatataattccaccaattccaaacccaagcaatatctccaatagaaacttttaaaaaagatttcacaaaacac |
143 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||| ||| ||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
221603 |
ttgaattatatagttccaatgatttcaaacccaaaaaatatctccaacagaaactcttaaaaaagatttcacaaaacac |
221525 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0006; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 65 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 235609 - 235531
Alignment:
| Q |
65 |
ttgaattatataattccaccaattccaaacccaagcaatatctccaatagaaacttttaaaaaagatttcacaaaacac |
143 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||| ||| ||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
235609 |
ttgaattatatagttccaatgatttcaaacccaaaaaatatctccaacagaaactcttaaaaaagatttcacaaaacac |
235531 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0006; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 19 - 83
Target Start/End: Complemental strand, 78181 - 78117
Alignment:
| Q |
19 |
attcggaatacatggtgtaaatgtcccacctaaaatttttaatgttttgaattatataattccac |
83 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||| | |||| |||||||| | |||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
78181 |
attcggaagacatggtgtaaatgccgcaccaaaaattttgattgttttgaattatatagttccac |
78117 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0006; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 383 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 3645 - 3600
Alignment:
| Q |
383 |
aatagaaaattaaagaaattcttcccaacaccaatataaatagctc |
428 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||| |||||| ||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
3645 |
aatagaaaataaaagaaagtcttccaaacgccaatataaatagctc |
3600 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0006; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 382 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 235396 - 235347
Alignment:
| Q |
382 |
aaatagaaaattaaagaaattcttcccaacaccaatataaatagctcctt |
431 |
Q |
| |
|
||||||||| | ||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
235396 |
aaatagaaattaaaagaaagtcttccaaacaccaatataaattgctcctt |
235347 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0012 (Bit Score: 271; Significance: 1e-151; HSPs: 1)
Name: scaffold0012
Description:
Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 19 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 123845 - 123449
Alignment:
| Q |
19 |
attcggaatacatggtgtaaatgtcccacctaaaatttttaatgttttgaattatataattccaccaattccaaacccaagcaatatctccaatagaaac |
118 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
123845 |
attcagaatacatggtgtaaatatcccacctaaaatttttattgttttgaattatatagttccaccaattccaaacccaagcaatatctccaatagaaac |
123746 |
T |
|
| Q |
119 |
ttttaaaaaagatttcacaaaacac--acatatagacttatgagatagcatgcatatcatttgtccaaatagaaatgttcaatttttcgaaacaaaatga |
216 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
123745 |
ttttaaaaacgatttcacgaaacattgacatataggcttatgacatagcatgtatatcatttgtccaaatagaaatgtttaatttttcgaaacaaaatga |
123646 |
T |
|
| Q |
217 |
gtgatacatcacacacgtataaacacctcctaaaatgtcacggttgaatctataaattatacaaataggtaacatagtaaaatccatcgacgttacctac |
316 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
123645 |
gtgatacatcacacacgtataaacactccctaaaatgtcatggttgaatctagaaattatacaaataggtaacatagtaaaatccat------------- |
123559 |
T |
|
| Q |
317 |
cagttcaacgagagtaaaatttcaatacaaggtacttgacatgtaagccaatcaaataacaacataaatagaaaattaaagaaattcttcccaacaccaa |
416 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
123558 |
--------cgagagtaaaattacaatacaaggtacttgacatgtaagccaatcaaataacaacataaattgaaaattaaagaaattcttcccaacaccaa |
123467 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 21)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 19 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 13562362 - 13561944
Alignment:
| Q |
19 |
attcggaatacatggtgtaaatgtcccacctaaaatttttaatgttttgaattatataattccaccaattccaaacccaagcaatatctccaatagaaac |
118 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||| |
|
|
| T |
13562362 |
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216 |
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313 |
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412 |
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T |
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Q |
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Target: chr1; HSP #2
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Target Start/End: Original strand, 20451433 - 20451843
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T |
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216 |
Q |
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T |
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313 |
Q |
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T |
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413 |
Q |
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Q |
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caatataaatagctc |
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Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 19 - 428
Target Start/End: Original strand, 20538071 - 20538481
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Q |
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T |
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216 |
Q |
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| T |
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20538268 |
T |
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313 |
Q |
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T |
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413 |
Q |
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T |
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Q |
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caatataaatagctc |
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Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 19 - 428
Target Start/End: Original strand, 20543932 - 20544342
Alignment:
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Q |
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T |
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216 |
Q |
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| T |
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T |
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313 |
Q |
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413 |
Q |
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T |
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414 |
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Q |
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caatataaatagctc |
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Target: chr1; HSP #5
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Q |
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T |
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20384566 |
T |
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431 |
Q |
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Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 19 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 13479488 - 13479069
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Q |
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| T |
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310 |
Q |
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Target: chr1; HSP #7
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Query Start/End: Original strand, 19 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 13695493 - 13695089
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T |
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| Q |
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Q |
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T |
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216 |
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312 |
Q |
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T |
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412 |
Q |
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T |
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431 |
Q |
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13695107 |
ccaatataaatagctcctt |
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Target: chr1; HSP #8
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Q |
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tgttttgaattatatagttccaatgaatacaaactcaaacaatatctccaatagaaacttttaaaaaagatttcacaaaacatgagcacaaagacttaca |
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T |
|
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258 |
Q |
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acataacatgcataccatttgtccaaatagaaatgttcaatttttaaaaataaaaagagtgatccatcaaacacgtagaaacacccccacatatgtcatg |
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T |
|
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gttgaatctataaattatacaaataggtaacatagtaaaa---tccatcgacgttacctaccagttcaacgagagtaaaatttcaatacaaggtacttga |
355 |
Q |
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T |
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catgtaagccaatcaaataacaacataaatagaaaattaaagaaattcttcccaacaccaatataaatagctcctt |
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Query Start/End: Original strand, 169 - 431
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #10
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Query Start/End: Original strand, 169 - 431
Target Start/End: Original strand, 19127442 - 19127707
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tataaattatacaaataggtaacatagtaaaa---tccatcgacgttacctaccagttcaacgagagtaaaatttcaatacaaggtacttgacatgtaag |
363 |
Q |
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| ||||| ||||||| |||| ||||||||| ||| |||||| |||| ||||| ||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| |
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| T |
19127542 |
tgacaatta-acaaatatgtaatatagtaaaagaatccttcgacgctacccaccagagcaatgagagtaaaattacaatagaaggtacttgacatgcaag |
19127640 |
T |
|
| Q |
364 |
ccaatcaaataacaacataaatagaaaattaaagaaattcttcccaacaccaatataaatagctcctt |
431 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| | ||| ||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
19127641 |
ccaatcaaataacaacataaatagaaaa-taaagaaagtctttcaaacgccaatattaatagctcctt |
19127707 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 61 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 13446545 - 13446169
Alignment:
| Q |
61 |
tgttttgaattatataattccaccaattccaaacccaagcaatatctccaatagaaacttttaaaaaagatttcacaaaacaca--catatagacttatg |
158 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| || || |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||| || |||| |||| | |
|
|
| T |
13446545 |
tgttttgaattatatagtttcaataattccaaacccaaacaatatctcctatagaaacttttaattaag-tttcacaaaacactagcacataggcttagg |
13446447 |
T |
|
| Q |
159 |
agatagcatgcatat----catttgtccaaatagaaatgttcaatttttcgaaacaaaatgagtgatacatcacacacgtataaacacctcctaaaatgt |
254 |
Q |
| |
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| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||| |||| ||| | | ||||||| |||||||| | |
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| T |
13446446 |
acatagcatgcatacataccatttatccaaatagaaatgttcaatttttcaaaataaaaagagtgatcgatcaaacatgcagaaacaccacctaaaattt |
13446347 |
T |
|
| Q |
255 |
cacggttgaatctataaattatacaaataggtaacatagtaaaa---tccatcgacgttacctaccagttcaacgagagtaaaatttcaatacaaggtac |
351 |
Q |
| |
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|| | |||||| | ||||| ||||||| ||| |||||||||| ||| | | | ||| ||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||| |
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|
| T |
13446346 |
catgtttgaatatgacaatta-acaaatatgtatcatagtaaaagactcccttggcaccacccaccagagcaatgagagtaaaattacaatacaaggtac |
13446248 |
T |
|
| Q |
352 |
ttgacatgtaagccaatcaaataacaacataaatagaaaattaaagaaattcttcccaacaccaatataaatagctcctt |
431 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13446247 |
ttgacatacaagccaatcaaataacaaaataaatagaaaa-taaagaaagtcttccaaacgccaatataaatagctcctt |
13446169 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 100 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 13525416 - 13525077
Alignment:
| Q |
100 |
caatatctccaatagaaacttttaaaaaagatttcacaaaacaca--catatagacttatgagatagcatgcatat----catttgtccaaatagaaatg |
193 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| || |||| |||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13525416 |
caatatttccaatagaaacttttaataaag-tttcacaaaacactagcacataggcttaggacatagcatgcatacataccatttgtccaaatagaaatg |
13525318 |
T |
|
| Q |
194 |
ttcaatttttcgaaacaaaatgagtgata--catcacacacgtataaacacctcctaaaatgtcacggttgaatctataaattatacaaataggtaacat |
291 |
Q |
| |
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||| ||||| |||| |||| |||||||| ||||| ||||| | ||||||| |||||||||||| | |||||| | ||||| ||||||| |||||| |
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| T |
13525317 |
ttcggttttttgaaataaaaagagtgatatccatcaaacacgcagaaacaccacctaaaatgtcatgtttgaatatgacaatta-acaaatatgtaacaa |
13525219 |
T |
|
| Q |
292 |
agtaaaa---tccatcgacgttacctaccagttcaacgagagtaaaatttcaatacaaggtacttgacatgtaagccaatcaaataacaacataaataga |
388 |
Q |
| |
|
||||||| ||| |||||| |||| ||||| ||| |||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
13525218 |
agtaaaagaatccttcgacgctacccaccagagcaatgagagtaaaattacaatagaaggtacttgatatgcaagccaatcaaataacagcataaataga |
13525119 |
T |
|
| Q |
389 |
aaattaaagaaattcttcccaacaccaatataaatagctcctt |
431 |
Q |
| |
|
||| |||||||| |||| | ||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13525118 |
aaa-taaagaaagtctttcaaacgccaatataaatagctcctt |
13525077 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 19 - 143
Target Start/End: Original strand, 15889886 - 15890010
Alignment:
| Q |
19 |
attcggaatacatggtgtaaatgtcccacctaaaatttttaatgttttgaattatataattccaccaattccaaacccaagcaatatctccaatagaaac |
118 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||| | |||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15889886 |
attcggaaaacatggtgtagatgccccacctaaaatttagattgttttgaattatatagttccgctgattccaaacccaagcaatatctccaatagaaac |
15889985 |
T |
|
| Q |
119 |
ttttaaaaaagatttcacaaaacac |
143 |
Q |
| |
|
|||||| || ||||||||||||||| |
|
|
| T |
15889986 |
ttttaacaatgatttcacaaaacac |
15890010 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 61 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 13624500 - 13624346
Alignment:
| Q |
61 |
tgttttgaattatataattccaccaattccaaacccaagcaatatctccaatagaaacttttaaaaaagatttcacaaaaca--cacatatagacttatg |
158 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||| | | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||| |
|
|
| T |
13624500 |
tgttttgaattatatagttccaatgaatacaaacccaaacaatatctccaatagaaacttttaaaaaagatttcacaaaacatgagcacacagacttact |
13624401 |
T |
|
| Q |
159 |
agatagcatgcatatcatttgtccaaatagaaatgttcaatttttcgaaacaaaa |
213 |
Q |
| |
|
| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |
|
|
| T |
13624400 |
acatagcatgcataccatttgtccaaatagaaatgttcaatttttagaaataaaa |
13624346 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 328 - 427
Target Start/End: Original strand, 15890122 - 15890221
Alignment:
| Q |
328 |
gagtaaaatttcaatacaaggtacttgacatgtaagccaatcaaataacaacataaatagaaaattaaagaaattcttcccaacaccaatataaatagct |
427 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
15890122 |
gagtaaaattacaatacaaggtacttgacatgcaagccaatcaaataacaacataaatagaaaataaaagaaagtcttccaaacatcaatataaatagct |
15890221 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 229 - 431
Target Start/End: Original strand, 20576368 - 20576571
Alignment:
| Q |
229 |
acacgtataaacacctcctaaaatgtcacggttgaatctataaattatacaaataggtaacatagtaaaa---tccatcgacgttacctaccagttcaac |
325 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||| |||||||||||| | |||||| | ||||| ||||||| |||||| ||||||| ||| |||||| |||| ||||| ||| |
|
|
| T |
20576368 |
acacgtagaaacaccacctaaaatgtcatgtttgaatatgacaatta-acaaatatgtaacacagtaaaagaatccttcgacgctacccaccagagcaat |
20576466 |
T |
|
| Q |
326 |
gagagtaaaatttcaatacaaggtacttgacatgtaagccaatcaaataacaacataaatagaaaattaaagaaattcttcccaacaccaatataaatag |
425 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||| | ||| ||||||||||||| |
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|
| T |
20576467 |
gagagtaaaattacaatagaaggtacttggcatgcaagccaatcaaataacagcataaatagaaaa-taaagaaagtctttcaaacgccaatataaatag |
20576565 |
T |
|
| Q |
426 |
ctcctt |
431 |
Q |
| |
|
|||||| |
|
|
| T |
20576566 |
ctcctt |
20576571 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 327 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 13617991 - 13617887
Alignment:
| Q |
327 |
agagtaaaatttcaatacaaggtacttgacatgtaagccaatcaaataacaacataaatagaaaattaaagaaattcttcccaacaccaatataaatagc |
426 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13617991 |
agagtaaaattacaatccaaggtacttgacatgtaaatcaatcaaataacaacatgaatagaaaataaaagaaagtcttcaaaacaccaatataaatagc |
13617892 |
T |
|
| Q |
427 |
tcctt |
431 |
Q |
| |
|
||||| |
|
|
| T |
13617891 |
tcctt |
13617887 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 65 - 143
Target Start/End: Original strand, 20449749 - 20449828
Alignment:
| Q |
65 |
ttgaattatataattccaccaattccaaacccaagcaatatctccaatagaaacttttaaaaaa-gatttcacaaaacac |
143 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
20449749 |
ttgaattatatagttccaatgattccaaacccaaaaaatatctccaacagaaactcttaaaaaaggatttcacaaaacac |
20449828 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 65 - 143
Target Start/End: Original strand, 20535514 - 20535593
Alignment:
| Q |
65 |
ttgaattatataattccaccaattccaaacccaagcaatatctccaatagaaacttttaaaaaa-gatttcacaaaacac |
143 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
20535514 |
ttgaattatatagttccaatgattccaaacccaaaaaatatctccaacagaaactcttaaaaaaggatttcacaaaacac |
20535593 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 382 - 431
Target Start/End: Original strand, 20449964 - 20450013
Alignment:
| Q |
382 |
aaatagaaaattaaagaaattcttcccaacaccaatataaatagctcctt |
431 |
Q |
| |
|
||||||||| | ||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
20449964 |
aaatagaaattaaaagaaagtcttccaaacaccaatataaattgctcctt |
20450013 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 382 - 431
Target Start/End: Original strand, 20535729 - 20535778
Alignment:
| Q |
382 |
aaatagaaaattaaagaaattcttcccaacaccaatataaatagctcctt |
431 |
Q |
| |
|
||||||||| | ||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
20535729 |
aaatagaaattaaaagaaagtcttccaaacaccaatataaattgctcctt |
20535778 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 184; Significance: 2e-99; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 31 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 21819722 - 21819324
Alignment:
| Q |
31 |
tggtgtaaatgtcccacctaaaatttttaatgttttgaattatataattccaccaattccaaacccaagcaatatctccaatagaaacttttaaaaaaga |
130 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
21819722 |
tggtgtaaatgccccacctaaaattttgattgttttgaattatatagttccactgattccaaacccaagcaatatcttcaatagaaacttttagaaaaga |
21819623 |
T |
|
| Q |
131 |
tttcacaaaacaca--catatagacttatgagatagcatgcatatcatttgtccaaatagaaatgttcaatttttcgaaacaaaatgagtgatacatcac |
228 |
Q |
| |
|
||||| ||||||| || |||| |||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||| |
|
|
| T |
21819622 |
tttcaagaaacacaagcacataggcttaggacatagcatgcataccatttgtccaaatagaaatgttcagtttttcgaaacaaa--gagtgatccatcaa |
21819525 |
T |
|
| Q |
229 |
acacgtataaacacctcctaaaatgtcacggttgaatctataaattatacaaataggtaacatagt---aaaatccatcgacgtta-cctaccagttcaa |
324 |
Q |
| |
|
|||| || ||||||| ||||||||||||||||||||| | | ||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||| | |||||||| | |
|
|
| T |
21819524 |
acacatagaaacacc-cctaaaatgtcacggttgaatttgtcaattaaacaaataggtaacatagtcaaagaatccctcgacgtaaccctaccagagctg |
21819426 |
T |
|
| Q |
325 |
cgagagtaaaatttcaatacaaggtacttgacatgtaagccaatcaaataacaacataaatagaaaattaaagaaattcttcccaacaccaatataaata |
424 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||| ||| |||||||||||| |
|
|
| T |
21819425 |
tgagagtaaaattacaatacaa-gtacttgacatgcaagccaatcaaataacaacat-aatagaaaataaaagaaagtcttccaaacgccaatataaata |
21819328 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 297 - 431
Target Start/End: Original strand, 22268168 - 22268301
Alignment:
| Q |
297 |
aatccatcgacgttacctaccagttcaacgagagtaaaatttcaatacaaggtacttgacatgtaagccaatcaaataacaacataaatagaaaattaaa |
396 |
Q |
| |
|
||||| ||||||| |||||||| ||| |||| ||||||| ||||||||||| ||||||||| || |||||||||| |||||||||||| |||| ||| |
|
|
| T |
22268168 |
aatccctcgacgtaacctaccacaacaatgagaataaaattacaatacaaggtccttgacatgaaa-ccaatcaaattacaacataaataataaataaaa |
22268266 |
T |
|
| Q |
397 |
gaaattcttcccaacaccaatataaatagctcctt |
431 |
Q |
| |
|
|||| |||||| || |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22268267 |
gaaagtcttccaaataccaatataaatagctcctt |
22268301 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 23 - 143
Target Start/End: Original strand, 22267880 - 22268003
Alignment:
| Q |
23 |
ggaatacatggtgtaaatgtcccacctaaaattttt---aatgttttgaattatataattccaccaattccaaacccaagcaatatctccaatagaaact |
119 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||| ||| |||||||| || | |||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||| ||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
22267880 |
ggaagacatggtgtaaatgctccatctaaaattgttgtgattgttttgaattatatagttccactgattctaaacccaagtaatgtctccaatagaaact |
22267979 |
T |
|
| Q |
120 |
tttaaaaaagatttcacaaaacac |
143 |
Q |
| |
|
||||||||| |||| || |||||| |
|
|
| T |
22267980 |
tttaaaaaatattttacgaaacac |
22268003 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 65 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 21835844 - 21835766
Alignment:
| Q |
65 |
ttgaattatataattccaccaattccaaacccaagcaatatctccaatagaaacttttaaaaaagatttcacaaaacac |
143 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
21835844 |
ttgaattatatagttccaatgattccaaacccaaaaaatatctccaacagaaactcttaaaaaagatttcacaaaacac |
21835766 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 382 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 21835630 - 21835581
Alignment:
| Q |
382 |
aaatagaaaattaaagaaattcttcccaacaccaatataaatagctcctt |
431 |
Q |
| |
|
||||||||| | ||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
21835630 |
aaatagaaattaaaagaaagtcttccaaacaccaatataaattgctcctt |
21835581 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 173; Significance: 7e-93; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 7e-93
Query Start/End: Original strand, 52 - 431
Target Start/End: Original strand, 20760056 - 20760441
Alignment:
| Q |
52 |
aatttttaatgttttgaattatataattccaccaattccaaacccaagcaatatctccaatagaaacttttaaaaaagatttcacaaaacac--acatat |
149 |
Q |
| |
|
|||||| | |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |
|
|
| T |
20760056 |
aattttgattgttttgaattatatagttccaccgattccaaacccaagcaatatctccaatagaaacttttaaaaaagatttcacaaaacactagcacat |
20760155 |
T |
|
| Q |
150 |
agac-ttatgagatagcatgcatatcatttgtccaaatagaaatgttcaatttttcgaaacaaaatgagtgatacatcacacacgtataaacacctccta |
248 |
Q |
| |
|
|| | ||| || ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||| | ||||| ||||||| ||||||| || | |
|
|
| T |
20760156 |
aggctttaggacataacatgcatatcatttgtccatatagaaatgttcaatttttcgaaataaaaagagtgttccatcaaacacgtagaaacacccccca |
20760255 |
T |
|
| Q |
249 |
aaatgtcacggttgaatctataaattatacaaataggtaacatagtaa---aatccatcgacgttacctaccagttcaacgagagtaaaatttcaataca |
345 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||| | ||||| |||||||||||||||| ||| ||||| ||||||| | | | | ||| |||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
20760256 |
aaatgtcgtggttgaatttggtaattaaacaaataggtaacataataaaagaatccctcgacgtcaaaaaacggagcaatgagagtaaaattccaataca |
20760355 |
T |
|
| Q |
346 |
aggtacttgacatgtaagccaatcaaataacaacataaatagaaaattaaagaaattcttcccaacaccaatataaatagctcctt |
431 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||| ||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20760356 |
aggtacttgacatgcaagctaatcaaataacaacgtaaatataaaataaaagaaagtcttccaaacaccaatataaatagctcctt |
20760441 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0355 (Bit Score: 106; Significance: 7e-53; HSPs: 2)
Name: scaffold0355
Description:
Target: scaffold0355; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 148 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 12785 - 12501
Alignment:
| Q |
148 |
atagacttatgagatagcatgcatatcatttgtccaaatagaaatgttcaatttttcgaaacaaaatgagtgatacatcacacacgtataaacacctcct |
247 |
Q |
| |
|
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| T |
12785 |
ataggcttaggacatagcatgcataccatttgtccatataaaaatgttcaatttttcgaaataaaa--agtgttccatcaaacacgtagaaacacccccc |
12688 |
T |
|
| Q |
248 |
aaaatgtcacggttgaatctataaattatacaaataggtaacatagtaaaa---tccatcgacgttacctaccagttcaacgagagtaaaatttcaatac |
344 |
Q |
| |
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|
| T |
12687 |
aaaatgtcatagttgaatttggtaattaaacaaataggtaacataataaaagaatccttcgacgtcacccaacgaagcaatgagagtaaaattccaatac |
12588 |
T |
|
| Q |
345 |
aaggtacttgacatgtaagccaatcaaataacaacataaatagaaaattaaagaaattcttcccaacaccaatataaatagctcctt |
431 |
Q |
| |
|
||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12587 |
aaggtacttgacacgcaagccaatcaaataacaacgtaaatataaaataaaagaaagtcttccaaacacgaatataaatagctcctt |
12501 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0355; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 148 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 15125 - 14841
Alignment:
| Q |
148 |
atagacttatgagatagcatgcatatcatttgtccaaatagaaatgttcaatttttcgaaacaaaatgagtgatacatcacacacgtataaacacctcct |
247 |
Q |
| |
|
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|
| T |
15125 |
ataggcttaggacatagcatgcataccatttgtccatataaaaatgttcaatttttcgaaataaaa--agtgttccatcaaacacgtagaaacacccccc |
15028 |
T |
|
| Q |
248 |
aaaatgtcacggttgaatctataaattatacaaataggtaacatagtaaaa---tccatcgacgttacctaccagttcaacgagagtaaaatttcaatac |
344 |
Q |
| |
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|
| T |
15027 |
aaaatgtcatagttgaatttggtaattaaacaaataggtaacataataaaagaatccttcgacgtcacccaacgaagcaatgagagtaaaattccaatac |
14928 |
T |
|
| Q |
345 |
aaggtacttgacatgtaagccaatcaaataacaacataaatagaaaattaaagaaattcttcccaacaccaatataaatagctcctt |
431 |
Q |
| |
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||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14927 |
aaggtacttgacacgcaagccaatcaaataacaacgtaaatataaaataaaagaaagtcttccaaacacgaatataaatagctcctt |
14841 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0783 (Bit Score: 78; Significance: 4e-36; HSPs: 3)
Name: scaffold0783
Description:
Target: scaffold0783; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 107 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 3981 - 3821
Alignment:
| Q |
107 |
tccaatagaaacttttaaaaaagatttcacaaaacaca--catatagacttatgagatagcatgcatatcatttgtccaaatagaaatgttcaatttttc |
204 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||| || |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
3981 |
tccaatagaaacttttaaaaaagatttcacaaagcactagcatataggcttaggacatagcatgcataccatttgttcaaatagaaatgttcaattttcc |
3882 |
T |
|
| Q |
205 |
gaaacaaaatgagtgatacatcacacacgtataaacacctcctaaaatgtcacggttgaat |
265 |
Q |
| |
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|
|
| T |
3881 |
aaaataaaaagagtgatccatcaaacatgtagaaacaccccctaaaatgtcatagttgaat |
3821 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0783; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 326 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 3783 - 3675
Alignment:
| Q |
326 |
gagagtaaaatttcaatacaaggtacttgacatgtaagccaatcaaataacaacataaatagaaaattaaagaaattcttcccaacaccaatataaatag |
425 |
Q |
| |
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|
|
| T |
3783 |
gagaataaaattacaacacaaggtccttgacatgcaagccaatcaaatagcaacataaattgaaaataaaagaaagtcttccaaacactgatataaatag |
3684 |
T |
|
| Q |
426 |
ctcctttgc |
434 |
Q |
| |
|
||||||||| |
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|
| T |
3683 |
ctcctttgc |
3675 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0783; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 19 - 83
Target Start/End: Complemental strand, 4050 - 3986
Alignment:
| Q |
19 |
attcggaatacatggtgtaaatgtcccacctaaaatttttaatgttttgaattatataattccac |
83 |
Q |
| |
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| T |
4050 |
attcggaagacatggtgtaaatgccccacctaaaattttgattgatttgaattatatagttccac |
3986 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0069 (Bit Score: 74; Significance: 9e-34; HSPs: 1)
Name: scaffold0069
Description:
Target: scaffold0069; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 326 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 64422 - 64317
Alignment:
| Q |
326 |
gagagtaaaatttcaatacaaggtacttgacatgtaagccaatcaaataacaacataaatagaaaattaaagaaattcttcccaacaccaatataaatag |
425 |
Q |
| |
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|
| T |
64422 |
gagagtaaaattccaatacaaggtacttgacatgcaagccaatcaaataacaacgtaaatataaaataaaagaaagtcttccaaacacgaatataaatag |
64323 |
T |
|
| Q |
426 |
ctcctt |
431 |
Q |
| |
|
|||||| |
|
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| T |
64322 |
ctcctt |
64317 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0238 (Bit Score: 47; Significance: 1e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0238
Description:
Target: scaffold0238; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 61 - 143
Target Start/End: Original strand, 20123 - 20205
Alignment:
| Q |
61 |
tgttttgaattatataattccaccaattccaaacccaagcaatatctccaatagaaacttttaaaaaagatttcacaaaacac |
143 |
Q |
| |
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|
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| T |
20123 |
tgttttgaattatatagttccaatgattccaaacccaaaaaatatctccaacaaaaaattttaaaaaagatttcacaaaacac |
20205 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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