View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14625_low_26 (Length: 308)

Name: NF14625_low_26
Description: NF14625
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14625_low_26
NF14625_low_26
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (4-308)||(5352146-5352450)
chr4 (4-284)||(5390812-5391092)
chr4 (4-308)||(5376492-5376796)
chr4 (37-308)||(5410291-5410562)
chr4 (4-284)||(5500012-5500292)
chr4 (37-308)||(5425931-5426202)
chr4 (51-308)||(5348611-5348868)
chr4 (37-281)||(5399175-5399419)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (4-260)||(20326677-20326933)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 281; Significance: 1e-157; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 4 - 308
Target Start/End: Original strand, 5352146 - 5352450
Alignment:
Q  4 ataaattccagctctcacaattttgttgtgaaaggctactgtcttggccatcaacattccttgttgctccaattgaaaaacaaccttatattcaaccccg 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5352146 ataaattccagctctcacaattttgttgtgaaaggctactgtcttggccatcaacgttcgttgttgctccaattgaaaaacaaccttatattcaaccccg 5352245  T
Q  104 aaaaatcttcaaaactagtgcattggaatcaaagtgaatatgattgttgccaatggcatggggtaacatgcaaagatggacatgttacagcccttgatct 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5352246 aaaaatcttcaaaactagtgcattggaatcaaagtgaatatgattgttgcaaatggcatggggtaacatgcaaagatggacatgttacagcccttgatct 5352345  T
Q  204 tagtcaagagtctatttccagaggacttaatgattcaagtgctcttttcagcctgcaatatctgcagagtttgaatttggcatttaatgactttcattct 303  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5352346 tagtcaagagtctatttccggaggacttaatgattcaagtgctattttcagcctgcaatatctgcagagtctgaatttggcatttaatgactttcattct 5352445  T
Q  304 gtgat 308  Q
    |||||    
T  5352446 gtgat 5352450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 4 - 284
Target Start/End: Original strand, 5390812 - 5391092
Alignment:
Q  4 ataaattccagctctcacaattttgttgtgaaaggctactgtcttggccatcaacattccttgttgctccaattgaaaaacaaccttatattcaaccccg 103  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  5390812 ataaattccagttctaacaattttgtggtgaatggctactgtcatggccatcaacgttccttgttgctccaattgaaaaacaacctgatattcaactccg 5390911  T
Q  104 aaaaatcttcaaaactagtgcattggaatcaaagtgaatatgattgttgccaatggcatggggtaacatgcaaagatggacatgttacagcccttgatct 203  Q
    ||| ||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5390912 aaatatcttcaaagctagttcattggaagcaaagtgaacatgattgttgccaatgggatggggtaacatgcaaagatggacatgttacagcccttgatct 5391011  T
Q  204 tagtcaagagtctatttccagaggacttaatgattcaagtgctcttttcagcctgcaatatctgcagagtttgaatttggc 284  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||  ||||||||||    
T  5391012 tagtcaagagtctatttccggaggacttaatgattcaagtgctcttttcagcctgcaatacttgcagagcctgaatttggc 5391092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 4 - 308
Target Start/End: Original strand, 5376492 - 5376796
Alignment:
Q  4 ataaattccagctctcacaattttgttgtgaaaggctactgtcttggccatcaacattccttgttgctccaattgaaaaacaaccttatattcaaccccg 103  Q
    |||||||||||| || | |||||| |  |||| ||| ||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||| |    
T  5376492 ataaattccagcactaataattttttgctgaatggcaactgtctaggccatcaacgtgccttgttgctccaattgaagaacaacttgatattcaaccctg 5376591  T
Q  104 aaaaatcttcaaaactagtgcattggaatcaaagtgaatatgattgttgccaatggcatggggtaacatgcaaagatggacatgttacagcccttgatct 203  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5376592 aaaaatcttcaaagctagttcattggaaccaaagtgaatatgattgttgcaaatggcatggtgtaacatgcaaagatggacatgttacagcccttgatct 5376691  T
Q  204 tagtcaagagtctatttccagaggacttaatgattcaagtgctcttttcagcctgcaatatctgcagagtttgaatttggcatttaatgactttcattct 303  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||| | ||| ||| |    
T  5376692 tagtcgagagtctatttccggaggacttaacgattcaagtgccattttcagcctgcaatatctgcagggtctgaatttggcttttaataagtttaatttt 5376791  T
Q  304 gtgat 308  Q
    |||||    
T  5376792 gtgat 5376796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 37 - 308
Target Start/End: Original strand, 5410291 - 5410562
Alignment:
Q  37 ggctactgtcttggccatcaacattccttgttgctccaattgaaaaacaaccttatattcaaccccgaaaaatcttcaaaactagtgcattggaatcaaa 136  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||  |||||||||||| ||||| |||||||| ||||    
T  5410291 ggctactgtcatggccatgaacattctttgttgctccaattgaaaaacagtctgatattcaaccccacaaaatcttcaaagctagttcattggaaccaaa 5410390  T
Q  137 gtgaatatgattgttgccaatggcatggggtaacatgcaaagatggacatgttacagcccttgatcttagtcaagagtctatttccagaggacttaatga 236  Q
    ||||  ||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  5410391 gtgatgatgattgttgccaatggcacggggtgacatgtaaacagggacatgttacagtccttgatcttagtcaagagtctatctccggaggacttaatga 5410490  T
Q  237 ttcaagtgctcttttcagcctgcaatatctgcagagtttgaatttggcatttaatgactttcattctgtgat 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||| |||||||||    
T  5410491 ttcaagtgctcttttcagcctgcaatatctgcagagtctgaatttggcttttaatcactttcgttctgtgat 5410562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 4 - 284
Target Start/End: Original strand, 5500012 - 5500292
Alignment:
Q  4 ataaattccagctctcacaattttgttgtgaaaggctactgtcttggccatcaacattccttgttgctccaattgaaaaacaaccttatattcaaccccg 103  Q
    |||||||| ||| || |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  5500012 ataaattcaagcactaacaattttgtggtgaatggctactgtcttggccatgaacgttccttgttgctccaattgaaaaacaacctaatattcaacccca 5500111  T
Q  104 aaaaatcttcaaaactagtgcattggaatcaaagtgaatatgattgttgccaatggcatggggtaacatgcaaagatggacatgttacagcccttgatct 203  Q
     |||||| |||||  |||| |||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5500112 caaaatcctcaaagttagttcattggaaccaaagtaattatgattgttgccaatggcatggggtaacatgcaaagatggacatgtgacagcccttgatct 5500211  T
Q  204 tagtcaagagtctatttccagaggacttaatgattcaagtgctcttttcagcctgcaatatctgcagagtttgaatttggc 284  Q
    ||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |  |||||||  ||||||||||    
T  5500212 tagtcaagagtctatctcaggaggacttaatgattcaagtgctctattcagcttgcaagacttgcagagcctgaatttggc 5500292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 156; E-Value: 7e-83
Query Start/End: Original strand, 37 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 5426202 - 5425931
Alignment:
Q  37 ggctactgtcttggccatcaacattccttgttgctccaattgaaaaacaaccttatattcaaccccgaaaaatcttcaaaactagtgcattggaatcaaa 136  Q
    ||||||||||  |||||| ||| ||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||  ||||||| ||||    
T  5426202 ggctactgtcaaggccatgaacgttctttgttgctccatttgaaaaacagcctgatattcaaccccgcaaaatcttcaaagctagttaattggaaccaaa 5426103  T
Q  137 gtgaatatgattgttgccaatggcatggggtaacatgcaaagatggacatgttacagcccttgatcttagtcaagagtctatttccagaggacttaatga 236  Q
     |||  ||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||     
T  5426102 atgatgatgattgttgccaatggaatggggtaacttgcatagaggggcatgttacagcccttgatcttagtcatgagtctatttccggaggacttaatgc 5426003  T
Q  237 ttcaagtgctcttttcagcctgcaatatctgcagagtttgaatttggcatttaatgactttcattctgtgat 308  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||| ||||    
T  5426002 ttcaagttctcttttcagcctgcaatatctgcagagtttgaatttagctttaaatgactttcattctatgat 5425931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 51 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 5348868 - 5348611
Alignment:
Q  51 ccatcaacattccttgttgctccaattgaaaaacaaccttatattcaaccccgaaaaatcttcaaaactagtgcattggaatcaaagtgaatatgattgt 150  Q
    |||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||    ||| || ||||| ||| | |||||||| ||| ||||  ||||||||    
T  5348868 ccatgaacgttccttgttgctccatttgaaaaacaacctcactttcaaccttacaaactcctcaaagctatttcattggaaccaaggtgatgatgattgt 5348769  T
Q  151 tgccaatggcatggggtaacatgcaaagatggacatgttacagcccttgatcttagtcaagagtctatttccagaggacttaatgattcaagtgctcttt 250  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |  |||||||||||||||    
T  5348768 tgtcaatggcatggggtaacatgcaaagatggacatgttacagcccttgatcttagtcatgagtctatttccggaggacttgacaattcaagtgctcttt 5348669  T
Q  251 tcagcctgcaatatctgcagagtttgaatttggcatttaatgactttcattctgtgat 308  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||| |||||||||    
T  5348668 tcagcttgcaatatctgcagagtctgaatttggcttttaatgattttcgttctgtgat 5348611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 37 - 281
Target Start/End: Original strand, 5399175 - 5399419
Alignment:
Q  37 ggctactgtcttggccatcaacattccttgttgctccaattgaaaaacaaccttatattcaaccccgaaaaatcttcaaaactagtgcattggaatcaaa 136  Q
    |||||||||| ||||||| ||| ||| ||||||||||  ||||||||||   | |||||||||||| ||||||||||||| ||||| || ||||| ||||    
T  5399175 ggctactgtcatggccatgaacgttctttgttgctccttttgaaaaacagtttgatattcaaccccaaaaaatcttcaaagctagttcaatggaaccaaa 5399274  T
Q  137 gtgaatatgattgttgccaatggcatggggtaacatgcaaagatggacatgttacagcccttgatcttagtcaagagtctatttccagaggacttaatga 236  Q
     |||  ||||||||||||||||| |||||||||| |||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5399275 ttgatgatgattgttgccaatggaatggggtaacttgcgtagagggacatgttacagcccttgatcttagtcaagagtctatttccggaggacttaatga 5399374  T
Q  237 ttcaagtgctcttttcagcctgcaatatctgcagagtttgaattt 281  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  5399375 ttctagtgctcttttcaacctgcaatatctgcagagtctgaattt 5399419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 153; Significance: 4e-81; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 4 - 260
Target Start/End: Original strand, 20326677 - 20326933
Alignment:
Q  4 ataaattccagctctcacaattttgttgtgaaaggctactgtcttggccatcaacattccttgttgctccaattgaaaaacaaccttatattcaaccccg 103  Q
    |||||||||||| || | |||||| |  |||| ||| ||||||  |||||||||| | || |||||||||||||||| |||||| | ||||||||||| |    
T  20326677 ataaattccagcactaataattttttgctgaatggcaactgtcgaggccatcaacgtgccgtgttgctccaattgaagaacaacttgatattcaaccctg 20326776  T
Q  104 aaaaatcttcaaaactagtgcattggaatcaaagtgaatatgattgttgccaatggcatggggtaacatgcaaagatggacatgttacagcccttgatct 203  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20326777 aaaaatcttcaaagctagttcattggaaccaaagtgaatatgattgttgcaaatggcatggtgtaacatgcaaagatggacatgttacagcccttgatct 20326876  T
Q  204 tagtcaagagtctatttccagaggacttaatgattcaagtgctcttttcagcctgca 260  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||  |||||||||||||    
T  20326877 tagtcaagagtctatttccggaggacttaacgattcaagtgccattttcagcctgca 20326933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University