View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF14647_low_1 (Length: 505)
Name: NF14647_low_1
Description: NF14647
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF14647_low_1 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 461; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 461; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 490
Target Start/End: Original strand, 39845942 - 39846414
Alignment:
| Q |
18 |
gtaattttagctttgctttgctttttactcggttgtttccctttcgttcccattaattattttatgatctttttcatctgttcctatgcaatttgggttt |
117 |
Q |
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| T |
39845942 |
gtaattttagctttgctttgctttttactcggttgtttccctttcgttcccattaattattttatgatctttttcatctgttcctatgcaatttgggttt |
39846041 |
T |
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| Q |
118 |
atatttaataacattatcagcacattcttcttattctttttgtaaattcgttctcaaatttcccctataatgtgtttgcatatattaaaaacggaaaagt |
217 |
Q |
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| T |
39846042 |
atatttaataacattatcagcacattcttcttattctttttgtaaattcgttctcaaatttcccctataatgtgtttgcatatattaaaaacggaaaagt |
39846141 |
T |
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| Q |
218 |
taacatcccccctatcatggggcttttagccatatacccttttttctcttgaaaaactagacaatccttgtctatatataaagaaataaatttaataagt |
317 |
Q |
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| T |
39846142 |
taacatcccccctatcatggggcttttagccatattcccttttttctcttgaaaaactagacaatccttgtctatatataaagaaataaatttaataagt |
39846241 |
T |
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| Q |
318 |
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417 |
Q |
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| T |
39846242 |
acatattagtcgtttcgatcaaagtatttattttacggccacataatttatgcatttaaccattccacctaaacctgtgctccacctaccccaccggcca |
39846341 |
T |
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| Q |
418 |
ctgaacattttggcgccaatattagagttgccggaatcttatatcgtcgatttatactccccgcctttctctg |
490 |
Q |
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| T |
39846342 |
ctgaacattttggcggcaatattagagttgccggaatcttatatcgtcgatttatactccccgcctttctctg |
39846414 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 44797399 - 44796927
Alignment:
| Q |
18 |
gtaattttagctttgctttgctttttactcggttgtttccctttcgttcccattaattattttatgatctttttcatctgttcctatgcaatttgggttt |
117 |
Q |
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| T |
44797399 |
gtaattttagctttgctttgctttttattcggttgtttccctttcgttcccatttattattttatgatctttttcatctgttcctatgcaatttgggttt |
44797300 |
T |
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| Q |
118 |
atatttaataacattatcagcacattcttcttattctttttgtaaattcgttctcaaatttcccctataatgtgtttgcatatattaaaaacggaaaagt |
217 |
Q |
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| T |
44797299 |
atatttaaaaacattatcagcacattcttcttgttctttttgtaaacttgttttcaaatttcccctgtaatgtgttcgtatatattaaaaacagaaaagt |
44797200 |
T |
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| Q |
218 |
taacatcccccctatcatggggcttttagccatatacccttttttctcttgaaaaactagacaatccttgtctatatataaagaaataaatttaataagt |
317 |
Q |
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| T |
44797199 |
taacatcccccctaccatggggcttttagccatattcccttttttctcttgaaaaactagacaatccttgtctatatataaagaaataaatttaataagt |
44797100 |
T |
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| Q |
318 |
acatattagtcgtttcgatcaaagtatttattttagggccacataatttatgcatttaaccattccacctaaacctgtgctccacctaccccaccggcca |
417 |
Q |
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| T |
44797099 |
acatattagtggtttcgatcaaagtaattattttacggccacataatttatgcatttaaccattccaccccaacctgtgctccaccttccccaccggcca |
44797000 |
T |
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| Q |
418 |
ctgaacattttggcgccaatattagagttgccggaatcttatatcgtcgatttatactccccgcctttctctg |
490 |
Q |
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| T |
44796999 |
ctgaacattttggcggcaatattagagttgccggaatcttatatcgtcgatttatactccccgcctttctctg |
44796927 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 392; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 27 - 490
Target Start/End: Original strand, 35162730 - 35163193
Alignment:
| Q |
27 |
gctttgctttgctttttactcggttgtttccctttcgttcccattaattattttatgatctttttcatctgttcctatgcaatttgggtttatatttaat |
126 |
Q |
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| T |
35162730 |
gctttgctttgctttttactcggttgtttccctttcattcccatttattattttatgatctttttcatctgttccgttgcaatttgggtttatatttaaa |
35162829 |
T |
|
| Q |
127 |
aacattatcagcacattcttcttattctttttgtaaattcgttctcaaatttcccctataatgtgtttgcatatattaaaaacggaaaagttaacatccc |
226 |
Q |
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| T |
35162830 |
aacattatcagcacattcttcttattctttttgtaaactcgttttcaaatttcccctgtaatgtgtttgtatatattaaaaacggaaaagttaacatccc |
35162929 |
T |
|
| Q |
227 |
ccctatcatggggcttttagccatatacccttttttctcttgaaaaactagacaatccttgtctatatataaagaaataaatttaataagtacatattag |
326 |
Q |
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| T |
35162930 |
ccctaccatggggcttttagccatattcccttttttctcttgaaaaactagacaatccttgtctatatataaagaaataaatttaataagtacatattag |
35163029 |
T |
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| Q |
327 |
tcgtttcgatcaaagtatttattttagggccacataatttatgcatttaaccattccacctaaacctgtgctccacctaccccaccggccactgaacatt |
426 |
Q |
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| T |
35163030 |
tcgtttcgatcaaagtaattattttacggccacataatttatgcatttaaccattccaccccaacctgtgctccaccttccccaccggccactgaacatt |
35163129 |
T |
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| Q |
427 |
ttggcgccaatattagagttgccggaatcttatatcgtcgatttatactccccgcctttctctg |
490 |
Q |
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| T |
35163130 |
ttgacggcaatattagagttgccggaatcttatatcgtcgatttatactccccgcctttctctg |
35163193 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 314; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 121 - 490
Target Start/End: Original strand, 39840995 - 39841362
Alignment:
| Q |
121 |
tttaataacattatcagcacattcttcttattctttttgtaaattcgttctcaaatttcccctataatgtgtttgcatatattaaaaacggaaaagttaa |
220 |
Q |
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| T |
39840995 |
tttaaaaacattatcagcacattcttcttattctttttgtaaactcgttctcaaatttcccctgtaatgtgtttgcatatattaaaaacggaaaagttaa |
39841094 |
T |
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| Q |
221 |
catcccccctatcatggggcttttagccatatacccttttttctcttgaaaaactagacaatccttgtctatatataaagaaataaatttaataagtaca |
320 |
Q |
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|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
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| T |
39841095 |
catccccc-tatcatggggcttttagccatatacccttttttctcttgaaaaactagacaatccttgtctatatataaagaaataaatttagtaagtaca |
39841193 |
T |
|
| Q |
321 |
tattagtcgtttcgatcaaagtatttattttagggccacataatttatgcatttaaccattccacctaaacctgtgctccacctaccccaccggccactg |
420 |
Q |
| |
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||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |
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| T |
39841194 |
tat-agtcgtttcgatcaaagtatttattttacggccacataatttatgcatttaaccattccaccccaacctgtgctccaccttccccaccggccactg |
39841292 |
T |
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| Q |
421 |
aacattttggcgccaatattagagttgccggaatcttatatcgtcgatttatactccccgcctttctctg |
490 |
Q |
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| T |
39841293 |
aacattttggcggcaatattagagttgccggaatcttatatcgtggatttatactccccgcctttctctg |
39841362 |
T |
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