View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF14649_low_13 (Length: 470)
Name: NF14649_low_13
Description: NF14649
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF14649_low_13 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 342; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 27870221 - 27869783
Alignment:
| Q |
11 |
aatcacttaattaaaggagtaatagtgtaatattgattgtctaccacttacatgcatagattatttattattt-------ttgtttgttgattaattcgt |
103 |
Q |
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| T |
27870221 |
aatcacttaattaaaggagtaatagtgtaatattgattgtctaccacttacatgcatagattatttattatttattatttttgtttgttgattaattcgt |
27870122 |
T |
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| Q |
104 |
ccacacagatagagaaaaaattataggatattgttttgaagatgttattttcttttaatttaggtaaataatacctaaacctatacatctatgaaattcg |
203 |
Q |
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| T |
27870121 |
ccacacagatagagaaaaaattataggatattgttttgaagatgttattttcttttaatttaggtaaataatacctaaacctatacatctatgaaattcg |
27870022 |
T |
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| Q |
204 |
taccctagctagttttttgacgccgtattctagcaagttacggagtttatatttcgcaaattatgtacactaaataaaagagcaaatcttccgtgttaac |
303 |
Q |
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| T |
27870021 |
tactctagctagttttttgacgccgtattctagcaagttacggagtttagatttcgcaaattatgtacactaaataaaagagcaaatcttccgtgttaac |
27869922 |
T |
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| Q |
304 |
gaggcaaagggttaattttcattaagaaaagac---agagtctaggaaaaggtaaagagttagaccatccataatggatggagctctcctatttgagtgt |
400 |
Q |
| |
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| T |
27869921 |
gaggcaaagggttaattttcattaagaaaagacaaaagagtctaggaaaaggtaaagagttagactatccataatggat------------------tgt |
27869840 |
T |
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| Q |
401 |
ttaagtggatcttacatgtacatgtcatttattttataaatttttaatgttaatatt |
457 |
Q |
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| T |
27869839 |
ttaagtgggtcttacatgtacatgtcatttattttataaatttttaatgttaatatt |
27869783 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 11 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 27879530 - 27879084
Alignment:
| Q |
11 |
aatcacttaattaaagg-agtaatagtgtaatattgattgtctaccacttacatgcatagattatttattatttttgtttgttgattaattcgtccacac |
109 |
Q |
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| T |
27879530 |
aatcacttaattaaagggagtaatagtgtaatattgattgtctatcacttacatgcatagattattttttatttttgtgtgttgattaattcgtccacac |
27879431 |
T |
|
| Q |
110 |
agatagagaaaaaattataggatattgttttgaagatgttattttcttttaatttaggtaaataatacctaaacctatacatctatgaaattcgtaccct |
209 |
Q |
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| T |
27879430 |
agatagagaaaaaattataggatattgttttgaagatgttattttcttttaatttaggtaaatagtaaccaatcctatacatctatcaaattcgtactct |
27879331 |
T |
|
| Q |
210 |
agctagttt-tttgacgccgtattctagcaagttacggagtttatatttcgcaaattatgtacactaaataaaagagcaaatcttccgtgttaacg-agg |
307 |
Q |
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| T |
27879330 |
agctggtttattttacgccgtattctagcaagttagggagtttagatttcgcatattatgtacactaaataatagagcaaatcttccgtgttaaagaagg |
27879231 |
T |
|
| Q |
308 |
caaagggttaattttcattaagaaaagac--agagtctaggaaaaggtaaagagttagaccatccataatggatggagctctcctatttgagtgtttaag |
405 |
Q |
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| T |
27879230 |
caaagggttaattttcattaagaaaagacaaagagtctagtaaaaggtaaagagttagaccatccaca----atgaaactcttctattttaatgtttaag |
27879135 |
T |
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| Q |
406 |
tggatcttacatgtacatgtcatttattttataaatttttaatgttaatat |
456 |
Q |
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| T |
27879134 |
tgagtctcacatgtacatatcatttattttatatatttttaatgttaatat |
27879084 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 11 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 28019711 - 28019265
Alignment:
| Q |
11 |
aatcacttaattaaagg-agtaatagtgtaatattgattgtctaccacttacatgcatagattatttattatttttgtttgttgattaattcgtccacac |
109 |
Q |
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| T |
28019711 |
aatcacttaattaaagggagtaatagtgtaatattgattgtctatcacttacatgcatagattattttttatttttgtgtgttgattaattcgtccacac |
28019612 |
T |
|
| Q |
110 |
agatagagaaaaaattataggatattgttttgaagatgttattttcttttaatttaggtaaataatacctaaacctatacatctatgaaattcgtaccct |
209 |
Q |
| |
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|
|
| T |
28019611 |
agatagagaaaaaattataggatattgttttgaagatgttattttcttttaatttaggtaaatagtaaccaatcctatacatctatcaaattcgtactct |
28019512 |
T |
|
| Q |
210 |
agctagttt-tttgacgccgtattctagcaagttacggagtttatatttcgcaaattatgtacactaaataaaagagcaaatcttccgtgttaacg-agg |
307 |
Q |
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| T |
28019511 |
agctggtttattttacgccgtattctagcaagttagggagtttagatttcgcatattatgtacactaaataatagagcaaatcttccgtgttaaagaagg |
28019412 |
T |
|
| Q |
308 |
caaagggttaattttcattaagaaaagac--agagtctaggaaaaggtaaagagttagaccatccataatggatggagctctcctatttgagtgtttaag |
405 |
Q |
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| T |
28019411 |
caaagggttaattttcattaagaaaagacaaagagtctagtaaaaggtaaagagttagaccatccaca----atgaaactcttctattttaatgtttaag |
28019316 |
T |
|
| Q |
406 |
tggatcttacatgtacatgtcatttattttataaatttttaatgttaatat |
456 |
Q |
| |
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|| ||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
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| T |
28019315 |
tgagtctcacatgtacatatcatttattttatatatttttaatgttaatat |
28019265 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 11 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 27917389 - 27916937
Alignment:
| Q |
11 |
aatcacttaattaaagg-agtaatagtgtaatattgattgtctaccacttacatgcatagattatttattattttt-------gtttgttgattaattcg |
102 |
Q |
| |
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||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| |
|
|
| T |
27917389 |
aatcacttaattaaagggagtaatagtgtaatattgattgtctatcacttacatgcatagattattttttattttttatttttgtgtgttgattaattcg |
27917290 |
T |
|
| Q |
103 |
tccacacagatagagaaaaaattataggatattgttttgaagatgttattttcttttaatttaggtaaataatacctaaacctatacatctatgaaattc |
202 |
Q |
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|
| T |
27917289 |
tccatacagatagagaaaaaattataggatattgttttgaagatgttattttcttttaatttaggtaaatagtaaccaatcctatacatctatcaaattc |
27917190 |
T |
|
| Q |
203 |
gtaccctagctagttttttgacgccgtattctagcaagttacggagtttatatttcgcaaattatgtacactaaataaaagagcaaatcttccgtgttaa |
302 |
Q |
| |
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| T |
27917189 |
gtactctagctggtttattttcgccgtattctagcaagttagggagtttagattttgcatattatgtacactaaataatagagcaaatcttccgtgttaa |
27917090 |
T |
|
| Q |
303 |
cg-aggcaaagggttaattttcattaagaaaagac--agagtctaggaaaaggtaaagagttagaccatccataatggatggagctctcctatttgagtg |
399 |
Q |
| |
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| T |
27917089 |
agaaggcaaagggttaattttcattaagaaaagacaaagagtctagtaaaaggtaaagagttagaccatccaca----atgaaactctcctattttagcg |
27916994 |
T |
|
| Q |
400 |
tttaagtggatcttacatgtacatgtcatttattttataaatttttaatgttaatat |
456 |
Q |
| |
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|
|
| T |
27916993 |
tttaagtgggtctcacatgtacacgtcatttattttatatatttttaatgttaatat |
27916937 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 11 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 27963808 - 27963356
Alignment:
| Q |
11 |
aatcacttaattaaagg-agtaatagtgtaatattgattgtctaccacttacatgcatagattatttattattttt-------gtttgttgattaattcg |
102 |
Q |
| |
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|
| T |
27963808 |
aatcacttaattaaagggagtaatagtgtaatattgattgtctatcacttacatgcatagattattttttattttttatttttgtgtgttgattaattcg |
27963709 |
T |
|
| Q |
103 |
tccacacagatagagaaaaaattataggatattgttttgaagatgttattttcttttaatttaggtaaataatacctaaacctatacatctatgaaattc |
202 |
Q |
| |
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| T |
27963708 |
tccatacagatagagaaaaaattataggatattgttttgaagatgttattttcttttaatttaggtaaatagtaaccaatcctatacatctatcaaattc |
27963609 |
T |
|
| Q |
203 |
gtaccctagctagttttttgacgccgtattctagcaagttacggagtttatatttcgcaaattatgtacactaaataaaagagcaaatcttccgtgttaa |
302 |
Q |
| |
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| T |
27963608 |
gtactctagctggtttattttcgccgtattctagcaagttagggagtttagattttgcatattatgtacactaaataatagagcaaatcttccgtgttaa |
27963509 |
T |
|
| Q |
303 |
cg-aggcaaagggttaattttcattaagaaaagac--agagtctaggaaaaggtaaagagttagaccatccataatggatggagctctcctatttgagtg |
399 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
27963508 |
agaaggcaaagggttaattttcattaagaaaagacaaagagtctagtaaaaggtaaagagttagaccatccaca----atgaaactctcctattttagcg |
27963413 |
T |
|
| Q |
400 |
tttaagtggatcttacatgtacatgtcatttattttataaatttttaatgttaatat |
456 |
Q |
| |
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|
|
| T |
27963412 |
tttaagtgggtctcacatgtacacgtcatttattttatatatttttaatgttaatat |
27963356 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 11 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 27975830 - 27975373
Alignment:
| Q |
11 |
aatcacttaattaaagg-agtaatagtgtaatattgattgtctaccacttacatgcatagattatttattattttt-------gtttgttgattaattcg |
102 |
Q |
| |
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| T |
27975830 |
aatcacttaattaaagggagtaatagtgtaatattgattgtctaccacttacatgcatatattattttttattttttatttttgtgtgttgattaattcg |
27975731 |
T |
|
| Q |
103 |
tccacacagatagagaaaaaattataggatattgttttgaagatgttattttcttttaatttaggtaaataatacctaaacctatacatctatgaaattc |
202 |
Q |
| |
|
|||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27975730 |
tccaaacatatagagaaaaaattataggatatgtttttgaagatgttattttcttttaatttaggtaaataataactaaacctatacatctatgaaattc |
27975631 |
T |
|
| Q |
203 |
gtaccctagctagttt-tttgacgccgtattctagcaagttacggagtttatatttcgcaaattatgtacact----aaataaaagagcaaatcttccgt |
297 |
Q |
| |
|
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|
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| T |
27975630 |
gtactctagctagtttattttacgccgtattctagcaagttagggagtttagatttcgcaaattatgtacactaataaaataaaagagcaaatcttccgt |
27975531 |
T |
|
| Q |
298 |
gttaacg-aggcaaagggttaattttcattaagaaaagac--agagtctaggaaaaggtaaagagttagaccatccataatggatggagctctcctattt |
394 |
Q |
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|
|
| T |
27975530 |
gttaaagaaggcaaagggttaattttcattaagaaaagacaaagagtttaggaaaaggtaaagagttagaccatctata----acggagctctcttattt |
27975435 |
T |
|
| Q |
395 |
gagtgtttaagtggatcttacatgtacatgtcatttattttataaatttttaatgttaatat |
456 |
Q |
| |
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|||||||||||| ||| ||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27975434 |
aggtgtttaagtgggtctcacatgtacacggtatttattttgtaaatttttaatgttaatat |
27975373 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 11 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 28033099 - 28032642
Alignment:
| Q |
11 |
aatcacttaattaaagg-agtaatagtgtaatattgattgtctaccacttacatgcatagattatttattattttt-------gtttgttgattaattcg |
102 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| || |||||||||||||| |
|
|
| T |
28033099 |
aatcacttaattaaagggagtaatagtgtaatattgattgtctaccacttacatgcatatattattttttattttttatttttgtgtgttgattaattcg |
28033000 |
T |
|
| Q |
103 |
tccacacagatagagaaaaaattataggatattgttttgaagatgttattttcttttaatttaggtaaataatacctaaacctatacatctatgaaattc |
202 |
Q |
| |
|
|||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28032999 |
tccaaacatatagagaaaaaattataggatatgtttttgaagatgttattttcttttaatttaggtaaataataactaaacctatacatctatgaaattc |
28032900 |
T |
|
| Q |
203 |
gtaccctagctagttt-tttgacgccgtattctagcaagttacggagtttatatttcgcaaattatgtacact----aaataaaagagcaaatcttccgt |
297 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28032899 |
gtactctagctagtttattttacgccgtattctagcaagttagggagtttagatttcgcaaattatgtacactaataaaataaaagagcaaatcttccgt |
28032800 |
T |
|
| Q |
298 |
gttaacg-aggcaaagggttaattttcattaagaaaagac--agagtctaggaaaaggtaaagagttagaccatccataatggatggagctctcctattt |
394 |
Q |
| |
|
||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||| ||||| |
|
|
| T |
28032799 |
gttaaagaaggcaaagggttaattttcattaagaaaagacaaagagtttaggaaaaggtaaagagttagaccatctata----acggagctctcttattt |
28032704 |
T |
|
| Q |
395 |
gagtgtttaagtggatcttacatgtacatgtcatttattttataaatttttaatgttaatat |
456 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||| ||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28032703 |
aggtgtttaagtgggtctcacatgtacacggtatttattttgtaaatttttaatgttaatat |
28032642 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000003; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 378 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 48085722 - 48085645
Alignment:
| Q |
378 |
atggagctctcctatttgagtgtttaagtggatcttacatgtacatgtcatttattttataaatttttaatgttaata |
455 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||| ||| |||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||| ||||| |
|
|
| T |
48085722 |
atggagcttccctatttgggtgcttaagtggatctcacatgtacacatcattcattttataattttttaatgataata |
48085645 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000007; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 378 - 455
Target Start/End: Original strand, 36971971 - 36972048
Alignment:
| Q |
378 |
atggagctctcctatttgagtgtttaagtggatcttacatgtacatgtcatttattttataaatttttaatgttaata |
455 |
Q |
| |
|
||||||||| | ||||||| || ||||||||||| |||| |||| ||||| |||||||||||||||||||| |||| |
|
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| T |
36971971 |
atggagctcccttatttgaatgcttaagtggatcacacatatacacatcattcattttataaatttttaatgtcaata |
36972048 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000007; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 382 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 32474300 - 32474227
Alignment:
| Q |
382 |
agctctcctatttgagtgtttaagtggatcttacatgtacatgtcatttattttataaatttttaatgttaata |
455 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
32474300 |
agctctcctatttgagtgcttacgtgggtcccacatgtacacatcattcattttataattttttaatgtcaata |
32474227 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 378 - 455
Target Start/End: Original strand, 9904003 - 9904080
Alignment:
| Q |
378 |
atggagctctcctatttgagtgtttaagtggatcttacatgtacatgtcatttattttataaatttttaatgttaata |
455 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||| |||||| | |||| | |||| ||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
9904003 |
atggagctctcatatttgagtgtctaagtgggtcttgcatgtatacatcatcgagtttacaaatttttaatgtcaata |
9904080 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 414 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 5419090 - 5419049
Alignment:
| Q |
414 |
acatgtacatgtcatttattttataaatttttaatgttaata |
455 |
Q |
| |
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||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
5419090 |
acatgtacacatcatttattttataaatttttaatgtcaata |
5419049 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 392 - 456
Target Start/End: Original strand, 17450600 - 17450664
Alignment:
| Q |
392 |
tttgagtgtttaagtggatcttacatgtacatgtcatttattttataaatttttaatgttaatat |
456 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||| || ||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |
|
|
| T |
17450600 |
tttgggtgtttaagtgggtcccacatgtacacatcattcattttataattttttaatgtcaatat |
17450664 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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