View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14649_low_5 (Length: 557)

Name: NF14649_low_5
Description: NF14649
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14649_low_5
NF14649_low_5
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (1-557)||(49686364-49686929)
chr1 (20-557)||(49690624-49691176)
chr1 (1-557)||(49678997-49679561)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 516; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 516; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 49686929 - 49686364
Alignment:
Q  1 atttcatcagctaacaatcgaaatgggttaccagaaagtgcaaaacctaatttaatgacaggaagatgaaacggaaaacaggacgtgaaagagtggttgg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49686929 atttcatcagctaacaatcgaaatgggttaccagaaagtgcaaaacctaatttaatgacaggaagatgaaacggaaaacaggacgtgaaagagtggttgg 49686830  T
Q  101 actcatcattagatattgttgaatcaccgaagtaaaaatcatagcgaggacatgtactatttttgaagaaattatttggtgggttgctggctaatttttg 200  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49686829 gctcatcattagatattgttgaatcaccgaagtaaaaatcatagcgaggacatgtactatttttgaagaaattatttggtgggttgctggctaatttttg 49686730  T
Q  201 ggtatggctgcatttgaaagctgttatgttgtctttcatataaaaagttccaaaaggagagggaggagggagagtgatatcatagctaaaggcctcgcaa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49686729 ggtatggctgcatttgaaagctgttatgttgtctttcatataaaaagttccaaaaggagagggaggagggagagtgatatcatagctaaaggcctcgcaa 49686630  T
Q  301 gcatttttctgcaaaagcttggtgaaattcagatcaacaatggaaatagtgttggaccgctcatttttaatgtttgtaacttgaa----------tcctt 390  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||          |||||    
T  49686629 gcatttttctgcaaaagcttggtgaaattcagatcaacaatggaaatagtgttgggccgctcatttttaatgtttgtaacttgaaagtgttttcctcctt 49686530  T
Q  391 tggtaaactggacgtgtttcgtagcagttttgttgagatcgtcacaaccttgaattgccaaatgcaccacagtttgggaattcaactgtggtaaaagggt 490  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49686529 tggtaaactggacgtgtttcgtagcagttttgttgagatcgtcacaaccttgaattgcc-aatgcaccacagtttgggaattcaactgtggtaaaagggt 49686431  T
Q  491 agccaaccaatccaagatttccacaatcaaatgattctggacaatcatcactgtgtccatttccttt 557  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49686430 agccaaccaatccaagatttccacaatcaaatgattctggacaatcatcactgtgtccatttccttt 49686364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 20 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 49691176 - 49690624
Alignment:
Q  20 gaaatgggttaccagaaagtgcaaaacctaatttaatgacaggaagatgaaacggaaaacaggacgtgaaagagtggttggactcatcattagatattgt 119  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||| | ||||||||||||| || |   ||||||||  ||||||||||||||||||||||| | ||||||     
T  49691176 gaaatgggttaccggaaagtgcaaagcctaattcattgacaggaagatgcaatgacgaacaggacacgaaagagtggttggactcatcatcaaatattg- 49691078  T
Q  120 tgaatcaccgaagtaaaaatcatagcgaggacatgtactatttttgaagaaattatttggtgggttgctggctaatttttgggtatggctgcatttgaaa 219  Q
      |||| || ||||||||||||||| || |||| | ||||||| ||||||||||| |||| ||||   || |||||||| |||||||| |||||||||||    
T  49691077 --aatcgccaaagtaaaaatcatagggatgacaagaactatttatgaagaaattacttggagggtgaatgcctaattttcgggtatggttgcatttgaaa 49690980  T
Q  220 gctgttatgttgtctttcatataaaaagttccaaaaggagagggaggagggagagtgatat---catagctaaaggcctcgcaagcatttttctgcaaaa 316  Q
    |||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||   ||||||| || ||||| ||||||||||||| |||||    
T  49690979 gctgttatgtagtttttcataaaaaaagttccaaaaggagtgggaggagggagggtaatattaacatagctgaatgcctcacaagcatttttctccaaaa 49690880  T
Q  317 gcttggtgaaattcagatcaacaatggaaatagtgt------tggaccgctcatttttaatgtttgtaacttgaa----------tcctttggtaaactg 400  Q
    ||||||||| |||  | |||| ||||||||||||||      ||||||  | ||| | ||| ||| ||||||| |          || |||||| |||||    
T  49690879 gcttggtgatattggggtcaataatggaaatagtgttgccaatggaccagtgattatcaatctttttaacttggaagagttttcctcttttggttaactg 49690780  T
Q  401 gacgtgtttcgtagcagttttgttgagatcgtcacaaccttgaattgccaaatgcaccacagtttgggaattcaactgtggtaaaagggtagccaaccaa 500  Q
    ||| |  ||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||   ||  ||    
T  49690779 gacatacttcatagcagttttgttgagattatcacaaccttgaattgcc-aatgcaccacagcttgggaattcaactgttgtaaaagggtatttaaaaaa 49690681  T
Q  501 tccaagatttccacaatcaaatgattctggacaatcatcactgtgtccatttccttt 557  Q
     ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  49690680 cccaagatttccacaaccaaatgagtctggacaatcaccactgtgtccatttccttt 49690624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 49679561 - 49678997
Alignment:
Q  1 atttcatcagctaacaatcgaaatgggttaccagaaagtgcaaaacctaatttaatgacaggaagatgaaacggaaaacaggacgtgaaagagtggttgg 100  Q
    |||| |||| |||| ||| ||||||| || || ||||||||||| ||||||| | ||||||||||||| || |   ||||||||  ||||||||||||||    
T  49679561 atttgatcatctaagaatggaaatggattgccggaaagtgcaaagcctaattcattgacaggaagatgcaatgacgaacaggacacgaaagagtggttgg 49679462  T
Q  101 actcatcattagatattgttgaatcaccgaagtaaaaatcatagcgaggacatgtactatttttgaagaaattatttggtgggttgctggctaatttttg 200  Q
    ||||||||| | ||||||   |||| || ||||||||||||||| || |||| | ||||||| ||||||||||| |||| || | | || |||||||| |    
T  49679461 actcatcatcaaatattg---aatcgccaaagtaaaaatcatagggatgacaagaactatttctgaagaaattacttggaggttggatgcctaattttcg 49679365  T
Q  201 ggtatggctgcatttgaaagctgttatgttgtctttcat-ataaaaagttccaaaaggagagggaggagggagagtgatat---catagctaaaggcctc 296  Q
    |||| || ||||||||||||||||||||| || |||||| | ||||||||||||||||||||| |||| |||| || ||||   ||| ||| || |||||    
T  49679364 ggtacggttgcatttgaaagctgttatgtagtttttcataaaaaaaagttccaaaaggagaggaaggaaggagtgtaatattaacatggctgaatgcctc 49679265  T
Q  297 gcaagcatttttctgcaaaagcttggtgaaattcagatcaacaatggaaatagtgt------tggaccgctcatttttaatgtttgtaacttgaa----- 385  Q
     |||||||| |||| |||||||||||||| |||  | |||| ||||||||||||||      ||||||    ||| | |||||||||||||||||         
T  49679264 acaagcattcttctccaaaagcttggtgatattggggtcaataatggaaatagtgttgccaatggacccgcgattatcaatgtttgtaacttgaaagagt 49679165  T
Q  386 -----tcctttggtaaactggacgtgtttcgtagcagttttgttgagatcgtcacaaccttgaattgccaaatgcaccacagtttgggaattcaactgtg 480  Q
         ||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||     
T  49679164 tttcctcctttggttaactggacgtgcttcatagcagttttgttgagattatcacaaccttgaattgcc-aatgtaccacagcttgggaattcaactgtt 49679066  T
Q  481 gtaaaagggtagccaaccaatccaagatttccacaatcaaatgattctggacaatcatcactgtgtccatttccttt 557  Q
    |||||||||||   || |||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49679065 gtaaaagggtatttaatcaa--------ttccacaatcaaatgattctggacaatcatcactgtgtccatttccttt 49678997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University