View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14655_low_3 (Length: 563)

Name: NF14655_low_3
Description: NF14655
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14655_low_3
NF14655_low_3
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (1-554)||(12899260-12899813)
chr6 (1-554)||(12931969-12932522)
chr6 (1-554)||(12906880-12907433)
chr6 (1-554)||(12948334-12948887)
chr6 (1-551)||(12957768-12958318)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-554)||(17923369-17923922)
[»] chr5 (24 HSPs)
chr5 (1-554)||(10564717-10565270)
chr5 (43-554)||(10604484-10604995)
chr5 (47-554)||(10740665-10741172)
chr5 (5-554)||(10611404-10611953)
chr5 (47-554)||(10716906-10717413)
chr5 (43-547)||(11048630-11049134)
chr5 (1-554)||(10763099-10763652)
chr5 (65-536)||(10580745-10581228)
chr5 (43-546)||(10216723-10217226)
chr5 (41-554)||(10746981-10747494)
chr5 (50-549)||(19605836-19606335)
chr5 (71-554)||(10588396-10588879)
chr5 (75-553)||(9836295-9836773)
chr5 (230-552)||(10558821-10559143)
chr5 (124-554)||(7192818-7193248)
chr5 (103-552)||(10652170-10652619)
chr5 (230-390)||(9825019-9825180)
chr5 (230-396)||(10660209-10660375)
chr5 (232-388)||(9850832-9850988)
chr5 (232-397)||(10550705-10550870)
chr5 (485-552)||(9825258-9825325)
chr5 (475-554)||(10660051-10660130)
chr5 (513-554)||(35376658-35376699)
chr5 (513-554)||(35755060-35755101)
[»] scaffold0692 (1 HSPs)
scaffold0692 (282-554)||(7264-7536)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (230-382)||(31467300-31467452)
chr3 (464-553)||(31467129-31467218)
chr3 (513-554)||(1153992-1154033)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (338-395)||(39898820-39898877)
chr1 (513-554)||(39875858-39875899)
chr1 (513-554)||(39883981-39884022)
chr1 (513-554)||(39890935-39890976)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (297-381)||(28605612-28605696)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 525; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 525; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 554
Target Start/End: Original strand, 12899260 - 12899813
Alignment:
Q  1 tatcataactatctacatgatgagtaaaataaatcaaaagagatcttttgattcaccagcaattgatcaactagctaaggtttcgtaccaagaattacac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12899260 tatcataactatctacatgatgagtaaaataaatcaaaagagatcttttgattcaccagcaattgatcaactagctaaggtttcgtaccaagaattacac 12899359  T
Q  101 gtaggaaccgatggattctcagatagaaacttgatcggatcaggaagttttggttccgtatacagaggaaatatagtttcagaagataatgctgttgcag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  12899360 gtaggaaccgatggattctcagatagaaacttgatcggatcaggaagttttggttccgtatacagaggaaatatagtttcagaagataatgttgttgcag 12899459  T
Q  201 taaaggtcttgaatctgcnnnnnnngggtgctcacaagagtttcattttagaatgtaatgcactcaaaaacattcgacaccgaaatttggttaaggtttt 300  Q
    ||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12899460 taaaggtcttgaatctgcaaaaaaagggtgctcacaagagtttcattttagaatgtaatgcactcaaaaacattcgacaccgaaatttggttaaggtttt 12899559  T
Q  301 aacatgttgttctagcacaaattacaaaggtcaagaatttaaagctctagtttttgaatacatgaaaaatggaagcttagaacaatggttacatcccgag 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12899560 aacatgttgttctagcacaaattacaaaggtcaagaatttaaagctctagtttttgaatacatgaaaaatggaagcttagaacaatggttacatcccgag 12899659  T
Q  401 actttgaatgcaaatcctccaacaacattgaaccttggtcatagattaaacatcatcatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatcgagaatgtg 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12899660 actttgaatgcaaatcctccaacaacattgaaccttggtcatagattaaacatcatcatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatcgagaatgtg 12899759  T
Q  501 agcaattagtccttcattgtgatataaagccaagcaatgtccttcttgatgatg 554  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12899760 agcaattagtctttcattgtgatataaagccaagcaatgtccttcttgatgatg 12899813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 421; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 554
Target Start/End: Original strand, 12931969 - 12932522
Alignment:
Q  1 tatcataactatctacatgatgagtaaaataaatcaaaagagatcttttgattcaccagcaattgatcaactagctaaggtttcgtaccaagaattacac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  12931969 tatcataactatctacatgatgaggaaaagaaatcagaagagatcttttgattcaccaacaattgatcaactagctaaggtttcataccaagaattacat 12932068  T
Q  101 gtaggaaccgatggattctcagatagaaacttgatcggatcaggaagttttggttccgtatacagaggaaatatagtttcagaagataatgctgttgcag 200  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  12932069 gttggaaccgatggattctcaaatagaaacatgatcggatcaggaagttttggttccgtttacaaaggaaatatagtgtcagaagataatgttgttgcag 12932168  T
Q  201 taaaggtcttgaatctgcnnnnnnngggtgctcacaagagtttcattttagaatgtaatgcactcaaaaacattcgacaccgaaatttggttaaggtttt 300  Q
    ||||||||||||||||||       ||| |||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  12932169 taaaggtcttgaatctgcaaaaaaagggagctcacaagagtttcattgttgaatgtaacgcactcaaaaatattagacaccgaaatttggttaaggtttt 12932268  T
Q  301 aacatgttgttctagcacaaattacaaaggtcaagaatttaaagctctagtttttgaatacatgaaaaatggaagcttagaacaatggttacatcccgag 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  12932269 aacatgttgttctagcacaaattacaaaggtcaagaatttaaagcactagtttttgaatacatgaaaaatggaagcttagaacagtggttacatcctgag 12932368  T
Q  401 actttgaatgcaaatcctccaacaacattgaaccttggtcatagattaaacatcatcatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatcgagaatgtg 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  12932369 actttgaatgcaaatcctccaacaacattgaaccttggtcatagattaaacatcatcatcgatgttgcttctgcattgcattaccttcatcgagaatgtg 12932468  T
Q  501 agcaattagtccttcattgtgatataaagccaagcaatgtccttcttgatgatg 554  Q
    |||| ||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  12932469 agcagttaatccttcattgtgatctaaaaccaagcaatgtccttcttgatgatg 12932522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 417; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 554
Target Start/End: Original strand, 12906880 - 12907433
Alignment:
Q  1 tatcataactatctacatgatgagtaaaataaatcaaaagagatcttttgattcaccagcaattgatcaactagctaaggtttcgtaccaagaattacac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  12906880 tatcataactatctacatgatgaggaaaagaaatcaaaagagatcttttgattcaccaacaattgatcaactagctaaggtttcataccaagaattacac 12906979  T
Q  101 gtaggaaccgatggattctcagatagaaacttgatcggatcaggaagttttggttccgtatacagaggaaatatagtttcagaagataatgctgttgcag 200  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  12906980 gtaggaaccgatgaattctcggatagaaacatgatcggatcaggaagttttggttccgtatacaaaggaaatattgtttcagaagataatgttgttgcag 12907079  T
Q  201 taaaggtcttgaatctgcnnnnnnngggtgctcacaagagtttcattttagaatgtaatgcactcaaaaacattcgacaccgaaatttggttaaggtttt 300  Q
    ||||||||||||| || |       ||| |||||||| ||||||||| | |||||||| ||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  12907080 taaaggtcttgaacctccaaacaaagggcgctcacaaaagtttcattgttgaatgtaacgcactcaaaaatattagacacagaaatttggttaaggtttt 12907179  T
Q  301 aacatgttgttctagcacaaattacaaaggtcaagaatttaaagctctagtttttgaatacatgaaaaatggaagcttagaacaatggttacatcccgag 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||     
T  12907180 aacatgttgttctagcacaaattacaaaggtcaagaatttaaagctctagtttttgaatacatgaaaaatggaagcttagaacagtggttacatcctgaa 12907279  T
Q  401 actttgaatgcaaatcctccaacaacattgaaccttggtcatagattaaacatcatcatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatcgagaatgtg 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12907280 actttgaatgcaaatcctccaacaacattgaaccttggtcttagattaaacatcatcatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatcgagaatgtg 12907379  T
Q  501 agcaattagtccttcattgtgatataaagccaagcaatgtccttcttgatgatg 554  Q
    |||| ||| |||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  12907380 agcagttaatcctccattgtgatctaaaaccaagcaatgtccttcttgatgatg 12907433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 417; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 554
Target Start/End: Original strand, 12948334 - 12948887
Alignment:
Q  1 tatcataactatctacatgatgagtaaaataaatcaaaagagatcttttgattcaccagcaattgatcaactagctaaggtttcgtaccaagaattacac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  12948334 tatcataactatctacatgatgaggaaaagaaatcaaaagagatcttttgattcacctacaattgatcaactagctaaggtttcataccaagaattacat 12948433  T
Q  101 gtaggaaccgatggattctcagatagaaacttgatcggatcaggaagttttggttccgtatacagaggaaatatagtttcagaagataatgctgttgcag 200  Q
    || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  12948434 gttggaacccatggattctcagatagaaacttgatcggatcaggaagttttggttccgtatacagaggaaatattgtttcagaagataatgttgttgcag 12948533  T
Q  201 taaaggtcttgaatctgcnnnnnnngggtgctcacaagagtttcattttagaatgtaatgcactcaaaaacattcgacaccgaaatttggttaaggtttt 300  Q
    |||| |||||||| || |       ||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  12948534 taaaagtcttgaacctccagaaaaagggagctcacaagagtttcattgttgaatgtaatgcactaaaaaatattagacaccgaaatttggttaaggtttt 12948633  T
Q  301 aacatgttgttctagcacaaattacaaaggtcaagaatttaaagctctagtttttgaatacatgaaaaatggaagcttagaacaatggttacatcccgag 400  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  12948634 aacatgttgttctagcacaaataacaaaggccaagaatttaaagctctagtttttgaatacatgaaaaatggaagcttagaacagtggttacatcctgag 12948733  T
Q  401 actttgaatgcaaatcctccaacaacattgaaccttggtcatagattaaacatcatcatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatcgagaatgtg 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  12948734 actttgaatgcaaatcctccaacaacattgaaccttcgtcgtagattaaacatcattatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatcgataatgtg 12948833  T
Q  501 agcaattagtccttcattgtgatataaagccaagcaatgtccttcttgatgatg 554  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  12948834 agcaattagtccttcattgtgatctaaaaccaagcaatgtccttcttgatgatg 12948887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 398; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 551
Target Start/End: Original strand, 12957768 - 12958318
Alignment:
Q  1 tatcataactatctacatgatgagtaaaataaatcaaaagagatcttttgattcaccagcaattgatcaactagctaaggtttcgtaccaagaattacac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  12957768 tatcataactatctacatgatgaggaaaagaaatcaaaagagatcttttgattcacctacaattgatcaactagctaaggtttcataccaagaattacat 12957867  T
Q  101 gtaggaaccgatggattctcagatagaaacttgatcggatcaggaagttttggttccgtatacagaggaaatatagtttcagaagataatgctgttgcag 200  Q
    || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||     
T  12957868 gttggaaccaatggattctcagatagaaacttgatcggatcaggaagttttggttccgtatacagaggaaatattgtttcagaagataatgttgttgcaa 12957967  T
Q  201 taaaggtcttgaatctgcnnnnnnngggtgctcacaagagtttcattttagaatgtaatgcactcaaaaacattcgacaccgaaatttggttaaggtttt 300  Q
    |||| |||||||| || |       ||| |||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  12957968 taaaagtcttgaacctccagaaaaagggagctcacaagagtttcattgttgaatgtaacgcactcaaaaatattagacaccgaaatttggttagggtttt 12958067  T
Q  301 aacatgttgttctagcacaaattacaaaggtcaagaatttaaagctctagtttttgaatacatgaaaaatggaagcttagaacaatggttacatcccgag 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||  |     
T  12958068 aacatgttgttctagcacaaattacaaaggtcaagaatttaaagctctagtttttgaatacatggaaaatggaagcttagaacagtggttacatcctcaa 12958167  T
Q  401 actttgaatgcaaatcctccaacaacattgaaccttggtcatagattaaacatcatcatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatcgagaatgtg 500  Q
    | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12958168 attttgaatgcgagtcctccaacaacattgaaccttggtcatagattaaacatcatcatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatcgagaatgtg 12958267  T
Q  501 agcaattagtccttcattgtgatataaagccaagcaatgtccttcttgatg 551  Q
    |||| ||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  12958268 agcagttaatccttcactgtgatctaaagccaagcaatgtccttcttgatg 12958318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 421; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 421; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 17923922 - 17923369
Alignment:
Q  1 tatcataactatctacatgatgagtaaaataaatcaaaagagatcttttgattcaccagcaattgatcaactagctaaggtttcgtaccaagaattacac 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  17923922 tatcatcactatctacatgatgaggaagagaaatcaaaagagatcttttgattcaccaacaattgatcaactagctaaggtttcataccaagaattacac 17923823  T
Q  101 gtaggaaccgatggattctcagatagaaacttgatcggatcaggaagttttggttccgtatacagaggaaatatagtttcagaagataatgctgttgcag 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  17923822 gtaggaaccgatggattctcagatagaaacatgatcggatcaggaagttttggttccgtatacagaggaaatattgtttcagaagataatgttgttgcag 17923723  T
Q  201 taaaggtcttgaatctgcnnnnnnngggtgctcacaagagtttcattttagaatgtaatgcactcaaaaacattcgacaccgaaatttggttaaggtttt 300  Q
    | || |||||||| || |       ||| ||||||||||||||| || | |||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  17923722 ttaaagtcttgaacctccataaaaagggagctcacaagagtttcgttgttgaatgtaacgcactcaaaaatattagacaccgaaatttggttaaggtttt 17923623  T
Q  301 aacatgttgttctagcacaaattacaaaggtcaagaatttaaagctctagtttttgaatacatgaaaaatggaagcttagaacaatggttacatcccgag 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  17923622 aacatgttgttctagcacaaattacaaaggtcaagaatttaaagctctagtttttgaatacatgaaaaatggaagcttagaacagtggttacatcctgag 17923523  T
Q  401 actttgaatgcaaatcctccaacaacattgaaccttggtcatagattaaacatcatcatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatcgagaatgtg 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  17923522 actttgaatgcaaatcctccaacaacattgaaccttggtcatagattaaacatcatcatcgatgttgcttctgcattgcattaccttcatcgagaatgtg 17923423  T
Q  501 agcaattagtccttcattgtgatataaagccaagcaatgtccttcttgatgatg 554  Q
    |||| ||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  17923422 agcagttaatccttcattgtgatctaaaaccaagcaatgtccttcttgatgatg 17923369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 281; Significance: 1e-157; HSPs: 24)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 1 - 554
Target Start/End: Original strand, 10564717 - 10565270
Alignment:
Q  1 tatcataactatctacatgatgagtaaaataaatcaaaagagatcttttgattcaccagcaattgatcaactagctaaggtttcgtaccaagaattacac 100  Q
    ||||||||||||||||  |||||| |||| ||||| |||| |||||| |||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  10564717 tatcataactatctactggatgaggaaaagaaatccaaagcgatcttgtgattcaccaacagttgatcaactatctaaggtttcgtaccaagaattacat 10564816  T
Q  101 gtaggaaccgatggattctcagatagaaacttgatcggatcaggaagttttggttccgtatacagaggaaatatagtttcagaagataatgctgttgcag 200  Q
      |||||||||||| ||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||   || |||| ||||||| | || ||||||||||||| |||||| |    
T  10564817 caaggaaccgatgggttctcaactagaaacttgataggatcaggaagttttggtcttgtgtacaaaggaaatcttgtgtcagaagataatgttgttgccg 10564916  T
Q  201 taaaggtcttgaatctgcnnnnnnngggtgctcacaagagtttcattttagaatgtaatgcactcaaaaacattcgacaccgaaatttggttaaggtttt 300  Q
    |||||||| |||| || |       ||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10564917 taaaggtcctgaacctccaaaagaagggagctcacaagagtttcattgttgaatgtaatgcactcaaaaatattcgacaccgaaatttagttaaggtttt 10565016  T
Q  301 aacatgttgttctagcacaaattacaaaggtcaagaatttaaagctctagtttttgaatacatgaaaaatggaagcttagaacaatggttacatcccgag 400  Q
    ||| |||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  10565017 aacctgttgttcaagtacagattacaaaggtcaagaatttaaagctctggtttttgagtacatgaaaaatggaagcttagatcaatggttgcatcctgag 10565116  T
Q  401 actttgaatgcaaatcctccaacaacattgaaccttggtcatagattaaacatcatcatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatcgagaatgtg 500  Q
    | ||| |||||| | || |||||||||||| || ||| |||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  10565117 attttaaatgcagaacccccaacaacattggactttgctcatagattatacattattatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatagagaatgtg 10565216  T
Q  501 agcaattagtccttcattgtgatataaagccaagcaatgtccttcttgatgatg 554  Q
    |  |||| ||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  10565217 aagaattggtcattcattgtgatctaaagccaagcaatatccttcttgacgatg 10565270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 43 - 554
Target Start/End: Original strand, 10604484 - 10604995
Alignment:
Q  43 atcttttgattcaccagcaattgatcaactagctaaggtttcgtaccaagaattacacgtaggaaccgatggattctcagatagaaacttgatcggatca 142  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||| || ||||||  |||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| |    
T  10604484 atcttttgattcaccagcaattcatcaactagataaggtttcataccatgacttacaccaaggaaccgatgggttctcggatagaaacttgattggatta 10604583  T
Q  143 ggaagttttggttccgtatacagaggaaatatagtttcagaagataatgctgttgcagtaaaggtcttgaatctgcnnnnnnngggtgctcacaagagtt 242  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||| | || |||||||||||||  ||||| ||||||||| |||| || |       ||| || ||||||| ||    
T  10604584 ggaagttttggttctgtgtacagaggaaatcttgtgtcagaagataatgtagttgctgtaaaggtcctgaacctccaaaagaagggagcacacaagaatt 10604683  T
Q  243 tcattttagaatgtaatgcactcaaaaacattcgacaccgaaatttggttaaggttttaacatgttgttctagcacaaattacaaaggtcaagaatttaa 342  Q
    ||||| | |||||||||||||||||||  ||  ||||||| ||||| ||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  10604684 tcattgttgaatgtaatgcactcaaaactataagacaccggaatttagttcaagttttaacatgttgttctagtacagattacaaaggtcaagaatttaa 10604783  T
Q  343 agctctagtttttgaatacatgaaaaatggaagcttagaacaatggttacatcccgagactttgaatgcaaatcctccaacaacattgaaccttggtcat 442  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||| |||||| | ||||||||||| ||| |||||||| |     
T  10604784 agctctagtttttgattacatgaaaaatggaagcttagaacaatggttgcatcctgagattttaaatgcagagcctccaacaacgttggaccttggtaaa 10604883  T
Q  443 agattaaacatcatcatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatcgagaatgtgagcaattagtccttcattgtgatataaagccaagcaatgtcc 542  Q
    ||||| ||||||||  | ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10604884 agatttaacatcatttttgatgttgcttctgcattgcattatcttcatcaagaatgtgagcaattagtcattcattgtgatctaaagccaagcaatgtcc 10604983  T
Q  543 ttcttgatgatg 554  Q
    | ||||||||||    
T  10604984 tacttgatgatg 10604995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 47 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 10741172 - 10740665
Alignment:
Q  47 tttgattcaccagcaattgatcaactagctaaggtttcgtaccaagaattacacgtaggaaccgatggattctcagatagaaacttgatcggatcaggaa 146  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  10741172 tttgattcaccaactattgatcaactagctaaggtttcatatcaagacttacaccgaggaaccgatgggttctcagaaagaaacttgatcggatcaggaa 10741073  T
Q  147 gttttggttccgtatacagaggaaatatagtttcagaagataatgctgttgcagtaaaggtcttgaatctgcnnnnnnngggtgctcacaagagtttcat 246  Q
    |||||||||| || |||| ||||||| | ||  ||||||| |||| |||||| |||||||||||||| ||         ||| |||||||||||||||||    
T  10741072 gttttggttctgtgtacaaaggaaatcttgtgacagaagacaatgttgttgccgtaaaggtcttgaacctcaaaaagaagggagctcacaagagtttcat 10740973  T
Q  247 tttagaatgtaatgcactcaaaaacattcgacaccgaaatttggttaaggttttaacatgttgttctagcacaaattacaaaggtcaagaatttaaagct 346  Q
    | | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||   |||||||||    
T  10740972 tgttgaatgtaatgcactcaaaaatattagacaccgaaatttagttaagattttgacatgttgttctagtacagattacaaaggtcaaacttttaaagct 10740873  T
Q  347 ctagtttttgaatacatgaaaaatggaagcttagaacaatggttacatcccgagactttgaatgcaaatcctccaacaacattgaaccttggtcatagat 446  Q
    || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||| ||| |||||| ||| ||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  10740872 cttgtttttgattacatgaaaaatggaagcttagaacaatggttgcatcttgagattttaaatgcagatcatccaagaacattggaccttggtcatagat 10740773  T
Q  447 taaacatcatcatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatcgagaatgtgagcaattagtccttcattgtgatataaagccaagcaatgtccttct 546  Q
    |||||||||| | |||||| ||  ||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  10740772 taaacatcatgaacgatgtcgccactgcattacattatcttcaccaagaatgtgaacaattggtccttcattgtgatctaaagccaagcaatgtccttct 10740673  T
Q  547 tgatgatg 554  Q
    ||||||||    
T  10740672 tgatgatg 10740665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 5 - 554
Target Start/End: Original strand, 10611404 - 10611953
Alignment:
Q  5 ataactatctacatgatgagtaaaataaatcaaaagagatcttttgattcaccagcaattgatcaactagctaaggtttcgtaccaagaattacacgtag 104  Q
    ||||||||||||  | | || |||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||| |||||||  |||||||||||| | || ||| ||| ||  ||    
T  10611404 ataactatctactgggtaaggaaaataaatcaaaaaagatctttcgattcaccaccaaatgatcaagaagctaaggtttcattccgagacttataccaag 10611503  T
Q  105 gaaccgatggattctcagatagaaacttgatcggatcaggaagttttggttccgtatacagaggaaatatagtttcagaagataatgctgttgcagtaaa 204  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   || |||||||||||| | || |||||||| |||| ||||||  ||||    
T  10611504 gaaccgatgggttctcagatagaaacttgatcggatcaggaagttttggtgatgtgtacagaggaaatcttgtgtcagaagacaatgttgttgctataaa 10611603  T
Q  205 ggtcttgaatctgcnnnnnnngggtgctcacaagagtttcattttagaatgtaatgcactcaaaaacattcgacaccgaaatttggttaaggttttaaca 304  Q
    |||||| || || |        || |||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||   ||| ||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  10611604 ggtcttcaacctccaaaacaatggagctcacaagagtttcattgttgaatgtaatgcactaaaatttattagacaccgaaatttagttaagattttaaca 10611703  T
Q  305 tgttgttctagcacaaattacaaaggtcaagaatttaaagctctagtttttgaatacatgaaaaatggaagcttagaacaatggttacatcccgagactt 404  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||  ||    
T  10611704 tgttgttctagtacagattacaaaggtcaagaatttaaagccctagtttttgattacatgaaaaatggaagcttagaacaatggttgcatcccaaggttt 10611803  T
Q  405 tgaatgcaaatcctccaacaacattgaaccttggtcatagattaaacatcatcatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatcgagaatgtgagca 504  Q
    | |||| | | | | || |||||||| ||||  ||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||   |||||||||||    
T  10611804 taaatgaagagcatacagcaacattggacctcagtcatagattaaacatcattatggatgttggttctgcattacattatcttcataatgaatgtgagca 10611903  T
Q  505 attagtccttcattgtgatataaagccaagcaatgtccttcttgatgatg 554  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10611904 attggtccttcattgtgatataaagccaagcaatgtcctacttgatgatg 10611953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 47 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 10717413 - 10716906
Alignment:
Q  47 tttgattcaccagcaattgatcaactagctaaggtttcgtaccaagaattacacgtaggaaccgatggattctcagatagaaacttgatcggatcaggaa 146  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  10717413 tttgattcaccaactattgatcaactagctaaggtttcatatcaagacttacaccgaggaaccgatgggttctcagaaagaaacttgattggatcaggaa 10717314  T
Q  147 gttttggttccgtatacagaggaaatatagtttcagaagataatgctgttgcagtaaaggtcttgaatctgcnnnnnnngggtgctcacaagagtttcat 246  Q
    |||||||||| || |||| ||||||| | || |||||||| |||| |||||| |||||||||||||| ||         ||| |||||||||||||||||    
T  10717313 gttttggttctgtgtacaaaggaaatcttgtgtcagaagacaatgttgttgccgtaaaggtcttgaacctcaaaaagaagggagctcacaagagtttcat 10717214  T
Q  247 tttagaatgtaatgcactcaaaaacattcgacaccgaaatttggttaaggttttaacatgttgttctagcacaaattacaaaggtcaagaatttaaagct 346  Q
    | | |||||||||||||| ||||| ||  ||||||||||| | || ||| | ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||   |||||||||    
T  10717213 tgttgaatgtaatgcactaaaaaatatcagacaccgaaatctagtgaagatattaacatgttgttctagtacagattacaaaggtcaaacttttaaagct 10717114  T
Q  347 ctagtttttgaatacatgaaaaatggaagcttagaacaatggttacatcccgagactttgaatgcaaatcctccaacaacattgaaccttggtcatagat 446  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||| ||| |||||| ||| ||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  10717113 ctagtttttgattacatgaaaaatggaagcttagaacaatggttgcatcttgagattttaaatgcagatcatccaagaacattggaccttggtcatagat 10717014  T
Q  447 taaacatcatcatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatcgagaatgtgagcaattagtccttcattgtgatataaagccaagcaatgtccttct 546  Q
    |||||||||| |||||||| ||  ||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||| || ||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  10717013 taaacatcatgatcgatgtcgccactgcattacattatcttcaccaagaatgtgaacaattaatcattcattgtgatcttaagccaagcaatgtccttct 10716914  T
Q  547 tgatgatg 554  Q
    ||||||||    
T  10716913 tgatgatg 10716906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 43 - 547
Target Start/End: Complemental strand, 11049134 - 11048630
Alignment:
Q  43 atcttttgattcaccagcaattgatcaactagctaaggtttcgtaccaagaattacacgtaggaaccgatggattctcagatagaaacttgatcggatca 142  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||| |||||||| |||||   ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  11049134 atcttttgattcaccaacaattgatcaactagataaagtttcataccaagatttacatcaaggaaccgatggattctcagataaaaacttgattggatca 11049035  T
Q  143 ggaagttttggttccgtatacagaggaaatatagtttcagaagataatgctgttgcagtaaaggtcttgaatctgcnnnnnnngggtgctcacaagagtt 242  Q
    ||| |||| ||||| || |||||||||||| | || || |||| ||||| |||||| || || ||||| || || |        || |||  ||||||||    
T  11049034 ggaggtttcggttctgtgtacagaggaaatcttgtgtcggaaggtaatgttgttgctgtgaaagtcttcaacctccaaaacaatggagctagcaagagtt 11048935  T
Q  243 tcattttagaatgtaatgcactcaaaaacattcgacaccgaaatttggttaaggttttaacatgttgttctagcacaaattacaaaggtcaagaatttaa 342  Q
    ||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||    
T  11048934 tcattgttgaatgtaatgcactcaaaaacattagacaccgaaacttagttaaggttttaacctgttgttctagtacagattacaaaggtgaagaatttaa 11048835  T
Q  343 agctctagtttttgaatacatgaaaaatggaagcttagaacaatggttacatcccgagactttgaatgcaaatcctccaacaacattgaaccttggtcat 442  Q
    ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||| || | | ||||| ||||||| |||||||| ||    
T  11048834 agcactagtttttgattacatgaaaaatggaagcttagaacaatggttacatcctgagattttaaattcagagcatccaaaaacattggaccttggtgat 11048735  T
Q  443 agattaaacatcatcatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatcgagaatgtgagcaattagtccttcattgtgatataaagccaagcaatgtcc 542  Q
    || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||  |  ||||||||||| |||||||||| ||||| |    
T  11048734 aggttaaacatcattatcgatgttgcttctgcattacattatctgcatcaagaatgtgagcaattgattattcattgtgatctaaagccaagtaatgttc 11048635  T
Q  543 ttctt 547  Q
    |||||    
T  11048634 ttctt 11048630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 10763652 - 10763099
Alignment:
Q  1 tatcataactatctacatgatgagtaaaataaatcaaaagagatcttttgattcaccagcaattgatcaactagctaaggtttcgtaccaagaattacac 100  Q
    ||||||||||||||||   || || |||| ||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| |||||||| |||| |    
T  10763652 tatcataactatctactgcataaggaaaagaaatccaaagcgatcttttgattcaccaacaattgagcaactagataaggtttcataccaagagttactc 10763553  T
Q  101 gtaggaaccgatggattctcagatagaaacttgatcggatcaggaagttttggttccgtatacagaggaaatatagtttcagaagataatgctgttgcag 200  Q
      |||||| ||||| ||||| |||| |||| |||||||||||||||||| ||||   || |||||||||||| | || |||||||| |||  ||||||      
T  10763552 caaggaacagatgggttctcggataaaaacctgatcggatcaggaagttctggtgatgtgtacagaggaaatcttgtgtcagaagacaatattgttgcta 10763453  T
Q  201 taaaggtcttgaatctgcnnnnnnngggtgctcacaagagtttcattttagaatgtaatgcactcaaaaacattcgacaccgaaatttggttaaggtttt 300  Q
    |||| ||||| || || |        || |||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||| |||| |||||| ||||| |||||| ||||    
T  10763452 taaaagtcttcaacctccaaaacaatggagctcacaagagtttcattgttgaatgtaatgcactaaaaaatattcaacaccggaatttagttaagatttt 10763353  T
Q  301 aacatgttgttctagcacaaattacaaaggtcaagaatttaaagctctagtttttgaatacatgaaaaatggaagcttagaacaatggttacatcccgag 400  Q
    ||||||||||||||| ||  |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| | || ||   |    
T  10763352 aacatgttgttctagtactgattataaaggtcaagaatttaaagctctggtttttgattacatgaaaaatggaagcttagaacgatggctgcaccctagg 10763253  T
Q  401 actttgaatgcaaatcctccaacaacattgaaccttggtcatagattaaacatcatcatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatcgagaatgtg 500  Q
    | ||| |||||| |  |||||||||||||| | |||| ||| ||| | || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10763252 aatttaaatgcagagactccaacaacattggatcttgatcaaagactgaatatcattattgatgttgcttctgcattacattatcttcatcgagaatgtg 10763153  T
Q  501 agcaattagtccttcattgtgatataaagccaagcaatgtccttcttgatgatg 554  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10763152 agcaattggtccttcattgtgatctaaagccaagcaatgtccttcttgatgatg 10763099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 65 - 536
Target Start/End: Original strand, 10580745 - 10581228
Alignment:
Q  65 gatcaactagctaaggtttcgtaccaagaattacacgtaggaaccgatggattctcagatagaaacttgatcggatcaggaagttttggttccgtataca 164  Q
    |||||||||| ||||||||| ||| |||| ||||||  |||||| ||||| ||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  10580745 gatcaactagataaggtttcatacaaagacttacacaaaggaactgatgggttctcggatagaaacatgatcgggtcaggaagttttggttccgtgtaca 10580844  T
Q  165 gaggaaatatagtttcagaagataatgctgttgca-------------gtaaaggtcttgaatctgcnnnnnnngggtgctcacaagagtttcattttag 251  Q
     ||||||| | || ||||||||||||| |||||||             |||||||||||||| || |        || |||||||||||||| ||| | |    
T  10580845 aaggaaatcttgtgtcagaagataatgttgttgcataatgttgttgcagtaaaggtcttgaacctccaaaagaaaggagctcacaagagttttattgttg 10580944  T
Q  252 aatgtaatgcactcaaaaacattcgacaccgaaatttggttaaggttttaacatgttgttctagcacaaattacaaaggtcaagaatttaaagctctagt 351  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||| || |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  10580945 aatgtaatgcactcaaaaatattagacaccaaaatttagtcaaggttctaacatgttgttctagtacaaattacaaaggccaagaatttaaagctttagt 10581044  T
Q  352 ttttgaatacatgaaaaatggaagcttagaacaatggttacatcccgagactttgaatgcaaatcctccaacaacattgaaccttggtcatagattaaac 451  Q
    |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||| ||| | |||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10581045 tttttattacatgaaaaatggaagcttagaacaatggttgcatcctcaga-tttaagtgcagaacctctaacaacattgaaccttggtcatagattaaac 10581143  T
Q  452 atcatcatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatcgagaatgtgagcaattagtccttcattgtgatataaagccaagca 536  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  10581144 atcattatggatgttgcttctgcattacattatcttcatcgagaatgtgagcaattggtccttcgttgtgatctaaagccaagca 10581228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 43 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 10217226 - 10216723
Alignment:
Q  43 atcttttgattcaccagcaattgatcaactagctaaggtttcgtaccaagaattacacgtaggaaccgatggattctcagatagaaacttgatcggatca 142  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||| |||||||| |||||   |||||| ||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||    
T  10217226 atcttttgattcaccaacaatcgatcaactagctaaagtttcataccaagacttacatcaaggaactgatgggttctcggataaaaacttgattggatca 10217127  T
Q  143 ggaagttttggttccgtatacagaggaaatatagtttcagaagataatgctgttgcagtaaaggtcttgaatctgcnnnnnnngggtgctcacaagagtt 242  Q
    |||||||||||||  || || || || ||| | || ||||||| ||||| |||||| || |||||| | || || |        || |||  ||||||||    
T  10217126 ggaagttttggttgtgtgtatagcgggaatcttgtgtcagaagttaatgttgttgctgtgaaggtcctaaacctccaaaagaatggagctagcaagagtt 10217027  T
Q  243 tcattttagaatgtaatgcactcaaaaacattcgacaccgaaatttggttaaggttttaacatgttgttctagcacaaattacaaaggtcaagaatttaa 342  Q
    | ||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  10217026 ttattgttgaatgtaatgcactcaaaaacattagacaccgaaactcagttaaggttttaacatgttgttctagtacaaactacaaaggtcaagaatttaa 10216927  T
Q  343 agctctagtttttgaatacatgaaaaatggaagcttagaacaatggttacatcccgagactttgaatgcaaatcctccaacaacattgaaccttggtcat 442  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||| ||| || | | ||||| ||||||| |||||||||||    
T  10216926 agctctagttttttattacatgaaaaatggaagcttagaacaatggttgcatcctgagattttaaattcagagcatccaaaaacattggaccttggtcat 10216827  T
Q  443 agattaaacatcatcatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatcgagaatgtgagcaattagtccttcattgtgatataaagccaagcaatgtcc 542  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||  |  ||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  10216826 aggttaaacatcattatcgatgttgcttcggcattacattatctgcatcaagaatgtgagcaattgattattcattgtgatctaaagccaagcaatgttc 10216727  T
Q  543 ttct 546  Q
    ||||    
T  10216726 ttct 10216723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 41 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 10747494 - 10746981
Alignment:
Q  41 agatcttttgattcaccagcaattgatcaactagctaaggtttcgtaccaagaattacacgtaggaaccgatggattctcagatagaaacttgatcggat 140  Q
    |||||| | ||||||||  ||||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||    |||||  | || ||||||  |||||||||||||||||    
T  10747494 agatctatcgattcacctacaattgatcaactagctacagtttcataccaagacttacatcatggaacaaacggtttctcaagtagaaacttgatcggat 10747395  T
Q  141 caggaagttttggttccgtatacagaggaaatatagtttcagaagataatgctgttgcagtaaaggtcttgaatctgcnnnnnnngggtgctcacaagag 240  Q
    |||||||||||||||| || |||| ||||||| | || || ||| ||||||||||||| ||||| ||| | || || |       ||| |||||||||||    
T  10747394 caggaagttttggttcagtgtacaaaggaaatcttgtgtccgaaaataatgctgttgccgtaaaagtcctaaaccttcaaaagaagggagctcacaagag 10747295  T
Q  241 tttcattttagaatgtaatgcactcaaaaacattcgacaccgaaatttggttaaggttttaacatgttgttctagcacaaattacaaaggtcaagaattt 340  Q
    ||||||| | |||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||| | | ||||||||| ||| || |||    
T  10747294 tttcattgttgaatgtaatgtactcaagaacattagacaccgaaatttagttaagattttaacgtgttgttctagtatagattacaaagttcaggagttt 10747195  T
Q  341 aaagctctagtttttgaatacatgaaaaatggaagcttagaacaatggttacatcccgagactttgaatgcaaatcctccaacaacattgaaccttggtc 440  Q
    ||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||  ||| |||| | | | ||||| ||| ||  ||||||| |    
T  10747194 aaagctctagttttttattacataaaaaatggaagcttagaacaatggttgcatcctgagtttttaaatgaagagcatccaaaaacgttagaccttggcc 10747095  T
Q  441 atagattaaacatcatcatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatcgagaatgtgagcaattagtccttcattgtgatataaagccaagcaatgt 540  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||||||||    
T  10747094 acagattaaacatcattatcgatgttgcttcaacattacattatcttcaccaagaatgtgagcaattagtcattcactgtgatctcaagccaagcaatgt 10746995  T
Q  541 ccttcttgatgatg 554  Q
    ||||||||||||||    
T  10746994 ccttcttgatgatg 10746981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 163; E-Value: 9e-87
Query Start/End: Original strand, 50 - 549
Target Start/End: Complemental strand, 19606335 - 19605836
Alignment:
Q  50 gattcaccagcaattgatcaactagctaaggtttcgtaccaagaattacacgtaggaaccgatggattctcagatagaaacttgatcggatcaggaagtt 149  Q
    ||||||||| ||||||| ||| || ||| |||||| |||||||| ||| |    | ||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| | |    
T  19606335 gattcaccaacaattgaccaattacctatggtttcctaccaagacttatatcaggcaaccgatgggttctcggatagaaacttgattggatcaggaggct 19606236  T
Q  150 ttggttccgtatacagaggaaatatagtttcagaagataatgctgttgcagtaaaggtcttgaatctgcnnnnnnngggtgctcacaagagtttcatttt 249  Q
    | |||||||| || | ||||||| |  | ||||||||||| | | |||| || |||||| |||| ||         ||| |||||||||||||| |||      
T  19606235 tcggttccgtgtataaaggaaatcttatgtcagaagataaagttattgctgttaaggtcctgaaccttgaaaagaagggagctcacaagagttttattac 19606136  T
Q  250 agaatgtaatgcactcaaaaacattcgacaccgaaatttggttaaggttttaacatgttgttctagcacaaattacaaaggtcaagaatttaaagctcta 349  Q
     ||||||||||| |||||||| ||| |||| |||||||| |||||| ||||||| ||||||||||| |   || ||||||||| |||||| |||||||||    
T  19606135 tgaatgtaatgctctcaaaaatattagacatcgaaatttagttaagattttaacttgttgttctagtattgataacaaaggtctagaattcaaagctcta 19606036  T
Q  350 gtttttgaatacatgaaaaatggaagcttagaacaatggttacatcccgagactttgaatgcaaatcctccaacaacattgaaccttggtcatagattaa 449  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||  |||||||| ||| ||||| |||||||||  |||  || |||||||    
T  19606035 gtttttgagtacatgagaaatggaagcttagaacaatggttgcatcccgggacaatgaatgcagatcatccaagaacattgaagtttgagcaaagattaa 19605936  T
Q  450 acatcatcatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatcgagaatgtgagcaattagtccttcattgtgatataaagccaagcaatgtccttcttga 549  Q
    | ||| |  |||||||| |||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  19605935 atatccttgtcgatgtttcttctgcattacattaccttcatcatgaatgtgagcaattggtccttcattgtgatctaaagccaagcaatgtccttattga 19605836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 71 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 10588879 - 10588396
Alignment:
Q  71 ctagctaaggtttcgtaccaagaattacacgtaggaaccgatggattctcagatagaaacttgatcggatcaggaagttttggttccgtatacagaggaa 170  Q
    |||| ||||||||| ||||||||| ||||   |||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  10588879 ctagttaaggtttcataccaagaactacatcaaggaactgatggattctcagatggaaacttgattggatcaggaagtttttgttccgtatacaaaggaa 10588780  T
Q  171 atatagtttcagaagataatgctgttgcagtaaaggtcttgaatctgcnnnnnnngggtgctcacaagagtttcattttagaatgtaatgcactcaaaaa 270  Q
     | | || ||| |||||||  |||||||  | |||||  |||| ||         ||| ||| | |||||||| |||   ||||||||||||||||| ||    
T  10588779 ttctcgtatcacaagataaatctgttgctatcaaggttctgaaccttaaaaagaagggagctgataagagttttattgccgaatgtaatgcactcaagaa 10588680  T
Q  271 cattcgacaccgaaatttggttaaggttttaacatgttgttctagcacaaattacaaaggtcaagaatttaaagctctagtttttgaatacatgaaaaat 370  Q
      || |||| ||||||||||  ||| ||||||||||||||||| | ||  |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  10588679 tgttagacatcgaaatttggccaagattttaacatgttgttctggtactgattataaaggtcaagaatttaaagctttagtttttgattacatgaaaaat 10588580  T
Q  371 ggaagcttagaacaatggttacatcccgagactttgaatgcaaatcctccaacaacattgaaccttggtcatagattaaacatcatcatcgatgttgctt 470  Q
    ||||| |||||||||||| | |||||   || | ||||| || | | ||||| ||| ||| |||||| |||||||||||| ||||  |||||| ||||||    
T  10588579 ggaagtttagaacaatggcttcatccatggaatgtgaattcagagcatccaagaacgttggaccttgttcatagattaaatatcactatcgatattgctt 10588480  T
Q  471 ctgcattacattatcttcatcgagaatgtgagcaattagtccttcattgtgatataaagccaagcaatgtccttcttgatgatg 554  Q
    ||||| |||||||||||||||  |||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  10588479 ctgcactacattatcttcatcatgaatgtgagcaggtggtccttcattgtgatataaagccaagcaacgtccttcttgacgatg 10588396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 150; E-Value: 5e-79
Query Start/End: Original strand, 75 - 553
Target Start/End: Complemental strand, 9836773 - 9836295
Alignment:
Q  75 ctaaggtttcgtaccaagaattacacgtaggaaccgatggattctcagatagaaacttgatcggatcaggaagttttggttccgtatacagaggaaatat 174  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||    ||||| ||||  |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  9836773 ctaaggtttcataccaagaactacatcatggaactgatgagttctcagatagaaatttgattggatcaggaagttttggtaccgtatacaaaggaaatat 9836674  T
Q  175 agtttcagaagataatgctgttgcagtaaaggtcttgaatctgcnnnnnnngggtgctcacaagagtttcattttagaatgtaatgcactcaaaaacatt 274  Q
     || ||| ||||||| | ||||||  |||||||  |||| ||         ||| ||||| |||||||| |||   |||||||||||||||||||| |||    
T  9836673 tgtatcacaagataaagttgttgctataaaggttctgaacctcaaaaagaagggagctcataagagttttattgctgaatgtaatgcactcaaaaatatt 9836574  T
Q  275 cgacaccgaaatttggttaaggttttaacatgttgttctagcacaaattacaaaggtcaagaatttaaagctctagtttttgaatacatgaaaaatggaa 374  Q
     |||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |   |||| ||||||  ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  9836573 agacatcgaaatttggtcaaggttataacatgttgttctagtattgattataaaggtggagaatttaaagctttagtttttgattacatgaaaaatggaa 9836474  T
Q  375 gcttagaacaatggttacatcccgagactttgaatgcaaatcctccaacaacattgaaccttggtcatagattaaacatcatcatcgatgttgcttctgc 474  Q
    |||||||||||||| |  |||||  |||  || || || |   ||| | |||||||||||||| ||| ||| |||| |||  ||| ||| ||||||||||    
T  9836473 gcttagaacaatggctttatccctggacagtggattcagagtatcctagaacattgaaccttgttcaaagactaaatatctccattgatattgcttctgc 9836374  T
Q  475 attacattatcttcatcgagaatgtgagcaattagtccttcattgtgatataaagccaagcaatgtccttcttgatgat 553  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||| | ||| ||||||||||||| |||||||||||  ||||||| ||||||    
T  9836373 attacattatcttcattgtgaatgtgagcaagtggtcattcattgtgatatcaagccaagcaacatccttctcgatgat 9836295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 230 - 552
Target Start/End: Original strand, 10558821 - 10559143
Alignment:
Q  230 gctcacaagagtttcattttagaatgtaatgcactcaaaaacattcgacaccgaaatttggttaaggttttaacatgttgttctagcacaaattacaaag 329  Q
    |||||||||||||| |||   |||||||||||||| ||||| ||| |||| |||||| |||||||| ||||||| ||||||||||| |   |||||||||    
T  10558821 gctcacaagagttttattaccgaatgtaatgcactaaaaaatattagacatcgaaatctggttaagattttaacttgttgttctagtattgattacaaag 10558920  T
Q  330 gtcaagaatttaaagctctagtttttgaatacatgaaaaatggaagcttagaacaatggttacatcccgagactttgaatgcaaatcctccaacaacatt 429  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||| |   ||   |||||| | | |  |||| | ||||    
T  10558921 gtcaggaattcaaagctctagtttttgaatacatgaaaaatggaagcttagaaaactggttgcattcaaggatgatgaatgtagagcaaccaagagcatt 10559020  T
Q  430 gaaccttggtcatagattaaacatcatcatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatcgagaatgtgagcaattagtccttcattgtgatataaag 529  Q
    | | |||  ||| ||| | || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  10559021 ggatcttaatcaaagactgaatatcattattgatgttgcttctgcattacattatcttcatcgagaatgtgagcaattggtccttcattgtgatctaaag 10559120  T
Q  530 ccaagcaatgtccttcttgatga 552  Q
    ||||||||||||||| |||||||    
T  10559121 ccaagcaatgtccttattgatga 10559143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 124 - 554
Target Start/End: Original strand, 7192818 - 7193248
Alignment:
Q  124 tagaaacttgatcggatcaggaagttttggttccgtatacagaggaaatatagtttcagaagataatgctgttgcagtaaaggtcttgaatctgcnnnnn 223  Q
    |||||||||  | ||||||||||| |||||||| || |||| ||||||| | |  ||||||||||| | |||||| || |||||| |||| || |         
T  7192818 tagaaacttagttggatcaggaagctttggttctgtgtacaaaggaaatcttgaatcagaagataaagttgttgccgtgaaggtcatgaaccttcaaaag 7192917  T
Q  224 nngggtgctcacaagagtttcattttagaatgtaatgcactcaaaaacattcgacaccgaaatttggttaaggttttaacatgttgttctagcacaaatt 323  Q
      ||| ||||||||||||||||||   |||||||||||||| ||||| ||| |||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||| |||    
T  7192918 aagggagctcacaagagtttcattgctgaatgtaatgcactaaaaaatattagacatcgaaatttggttaagattttgacatgttgttccagtacagatt 7193017  T
Q  324 acaaaggtcaagaatttaaagctctagtttttgaatacatgaaaaatggaagcttagaacaatggttacatcccgaga-ctttgaatgcaaatcctccaa 422  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||| || ||| |  |||||| | |   || ||    
T  7193018 acaaaggtcaagaatttaaagctttagtctttgaatacatgaacaacggaagcttagaacaatggctacat-cctagatcagtgaatgtagagaatcaaa 7193116  T
Q  423 caacattgaaccttggtcatagattaaacatcatcatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatcgagaatgtgagcaattagtccttcattgtga 522  Q
     ||| ||| |||||| ||| ||||| || |||    | ||| |||| | || ||||||||| |||||||  |||||||||||||   || ||||||||||    
T  7193117 gaacgttggaccttgatcaaagattgaatatcgctgttgatattgcctttgtattacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtga 7193216  T
Q  523 tataaagccaagcaatgtccttcttgatgatg 554  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7193217 tctaaagccaagcaatgtccttcttgacgatg 7193248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 103 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 10652619 - 10652170
Alignment:
Q  103 aggaaccgatggattctcagatagaaacttgatcggatcaggaagttttggttccgtatacagaggaaatatagtttcagaagataatgctgttgcagta 202  Q
    |||||| |||||||| || | ||||||| || | |||| ||||||||||||||| || |||| ||||||| | |  ||||||||||| | ||||||  ||    
T  10652619 aggaactgatggattttctgctagaaacctggttggattaggaagttttggttctgtgtacaaaggaaatcttgcatcagaagataaagttgttgccata 10652520  T
Q  203 aaggtcttgaatctgcnnnnnnngggtgctcacaagagtttcattttagaatgtaatgcactcaaaaacattcgacaccgaaatttggttaaggttttaa 302  Q
    |||||| |||| || |       |||  |||||||||| ||| || | |||||||||||||| ||||| ||  | ||  ||||||||||||||||||| |    
T  10652519 aaggtcctgaaccttcaaaaaaagggatctcacaagagcttcgttgttgaatgtaatgcactaaaaaatatgaggcatagaaatttggttaaggttttga 10652420  T
Q  303 catgttgttctagcacaaattacaaaggtcaagaatttaaagctctagtttttgaatacatgaaaaatggaagcttagaacaatggttacatcccgagac 402  Q
    |||||||||| || ||  |||||||||||||||| ||||| ||| |||| |||||||||||||| || |||| | ||||||||||| ||||||| |  |     
T  10652419 catgttgttcgagtaccgattacaaaggtcaagagtttaaggctttagtgtttgaatacatgaacaacggaaacctagaacaatggctacatccaggtat 10652320  T
Q  403 tttgaatgcaaatcctccaacaacattgaaccttggtcatagattaaacatcatcatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatcgagaatgtgag 502  Q
      ||||||||     || || ||  ||| |||||| |||  || | || |||||  | ||  ||||||||| ||||||||| |||||||  |||||||||    
T  10652319 aatgaatgcagggattcaaagaatgttggaccttgatcaacgactgaatatcattgttgacattgcttctgtattacattaccttcatcatgaatgtgag 10652220  T
Q  503 caattagtccttcattgtgatataaagccaagcaatgtccttcttgatga 552  Q
    |||   ||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  10652219 caagcggtcattcattgtgatctaaagccaagtaatgtccttcttgatga 10652170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 230 - 390
Target Start/End: Original strand, 9825019 - 9825180
Alignment:
Q  230 gctcacaagagtttcattttagaatgtaatgcactcaaaaacattcgacaccgaaatttggttaaggttttaacatgttgttctagcacaaattacaaag 329  Q
    |||||||||||||| |||   |||||||||| ||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |   |||||||||    
T  9825019 gctcacaagagttttattaccgaatgtaatgaactcaaaaatattagacatcgaaatttggttaagattttaacatgtttttctagtatcgattacaaag 9825118  T
Q  330 gtcaagaatttaaagctctagtttttgaatacatgaaaaat-ggaagcttagaacaatggtt 390  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  9825119 ggcaagaattcaaagctctagtttttgagtacatgcaaaatgggaagcttagaacaatggtt 9825180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 230 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 10660375 - 10660209
Alignment:
Q  230 gctcacaagagtttcattttagaatgtaatgcactcaaaaacattcgacaccgaaatttggttaaggttttaacatgttgttctagcacaaattacaaag 329  Q
    ||||||||||| |||||| | |||||||||||||| ||||| ||  | ||  |||||||||| |||||||| ||||||||||| || ||| |||||||||    
T  10660375 gctcacaagagcttcattgttgaatgtaatgcactaaaaaatatgaggcatagaaatttggtcaaggttttgacatgttgttcaagtacagattacaaag 10660276  T
Q  330 gtcaagaatttaaagctctagtttttgaatacatgaaaaatggaagcttagaacaatggttacatcc 396  Q
    ||||||| ||||| ||| |||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  10660275 gtcaagagtttaaggctttagtgtttgaatacatgaacaatggaagcctagaacaatggctacatcc 10660209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 232 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 9850988 - 9850832
Alignment:
Q  232 tcacaagagtttcattttagaatgtaatgcactcaaaaacattcgacaccgaaatttggttaaggttttaacatgttgttctagcacaaattacaaaggt 331  Q
    |||||||||||| |||   ||||||||||| |||||||  ||| |||| ||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| |   ||||||||||     
T  9850988 tcacaagagttttattacggaatgtaatgccctcaaaat-attagacatcgaaatttggttaagattttaacttcttgttctagtatcgattacaaaggg 9850890  T
Q  332 caagaatttaaa-gctctagtttttgaatacatgaaaaatggaagcttagaacaatgg 388  Q
    || ||||| ||| |||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9850889 catgaattcaaaagctctagttttttagtacatgataaatggaagcttagaacaatgg 9850832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 232 - 397
Target Start/End: Original strand, 10550705 - 10550870
Alignment:
Q  232 tcacaagagtttcattttagaatgtaatgcactcaaaaacattcgacaccgaaatttggttaaggttttaacatgttgttctagcacaaattacaaaggt 331  Q
    ||||||||||||||||   |||||||||||||| ||||| ||| | ||| ||||| | |||||  |||| || |||||||| |||||| ||||||||||     
T  10550705 tcacaagagtttcattgctgaatgtaatgcactaaaaaatattaggcacagaaatctagttaaaattttgacttgttgttccagcacagattacaaagga 10550804  T
Q  332 caagaatttaaagctctagtttttgaatacatgaaaaatggaagcttagaacaatggttacatccc 397  Q
       || ||||||||||| || ||||| ||||||| |||||||| ||||||| | ||||| ||||||    
T  10550805 agtgagtttaaagctcttgtatttgagtacatgagaaatggaaacttagaaaattggttgcatccc 10550870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 485 - 552
Target Start/End: Original strand, 9825258 - 9825325
Alignment:
Q  485 cttcatcgagaatgtgagcaattagtccttcattgtgatataaagccaagcaatgtccttcttgatga 552  Q
    |||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||    
T  9825258 cttcatcgtgattgtgagcaattaatccttcattgtgatataaagccaagtaatatccttgttgatga 9825325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 475 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 10660130 - 10660051
Alignment:
Q  475 attacattatcttcatcgagaatgtgagcaattagtccttcattgtgatataaagccaagcaatgtccttcttgatgatg 554  Q
    ||||||||| |||||||  ||||||||||||   ||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  10660130 attacattaccttcatcacgaatgtgagcaagcggtcattcattgtgatctaaagccaagtaatgtccttcttgacgatg 10660051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 513 - 554
Target Start/End: Original strand, 35376658 - 35376699
Alignment:
Q  513 ttcattgtgatataaagccaagcaatgtccttcttgatgatg 554  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||    
T  35376658 ttcattgtgatgttaagccaagcaatgttcttcttgatgatg 35376699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #24
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 513 - 554
Target Start/End: Original strand, 35755060 - 35755101
Alignment:
Q  513 ttcattgtgatataaagccaagcaatgtccttcttgatgatg 554  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  35755060 ttcactgtgatattaagccaagcaatgttcttcttgatgatg 35755101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0692 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 1)
Name: scaffold0692
Description:

Target: scaffold0692; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 282 - 554
Target Start/End: Original strand, 7264 - 7536
Alignment:
Q  282 gaaatttggttaaggttttaacatgttgttctagcacaaattacaaaggtcaagaatttaaagctctagtttttgaatacatgaaaaatggaagcttaga 381  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7264 gaaatttggttagggttttaacatgttgttctagcacaaattacaaaggtcaagaatttaaagctctagtttttgaatacatgaaaaatggaagcttaga 7363  T
Q  382 acaatggttacatcccgagactttgaatgcaaatcctccaacaacattgaaccttggtcatagattaaacatcatcatcgatgttgcttctgcattacat 481  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7364 acagtggttacatcctgagactttgaatgcaaatcctccaataacattgaaccttggtcatagattaaacatcatcatcgatgttgcttctgcattacat 7463  T
Q  482 tatcttcatcgagaatgtgagcaattagtccttcattgtgatataaagccaagcaatgtccttcttgatgatg 554  Q
    || |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7464 taacttcatcgagaatgtgagcaattaatacttcattgtgatctaaagccaagcaatgtccttcttgatgatg 7536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 77; Significance: 2e-35; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 230 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 31467452 - 31467300
Alignment:
Q  230 gctcacaagagtttcattttagaatgtaatgcactcaaaaacattcgacaccgaaatttggttaaggttttaacatgttgttctagcacaaattacaaag 329  Q
    ||||||||||||||| ||   ||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||| | ||||| || ||| ||| |||||    
T  31467452 gctcacaagagtttccttgctgaatgcaatgcactcaaaaatattagacaccgaaatttggttaagattttaacaagctgttccagtacagatttcaaag 31467353  T
Q  330 gtcaagaatttaaagctctagtttttgaatacatgaaaaatggaagcttagaa 382  Q
     |||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||||    
T  31467352 atcaagaatttaaagctcttgttttcgagtacatgaaaaacggaagcttagaa 31467300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 464 - 553
Target Start/End: Complemental strand, 31467218 - 31467129
Alignment:
Q  464 gttgcttctgcattacattatcttcatcgagaatgtgagcaattagtccttcattgtgatataaagccaagcaatgtccttcttgatgat 553  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||  |||||| |||||   ||| ||||||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||||    
T  31467218 gttgcttcggcatttcattatcttcatcatgaatgtcagcaacctgtcattcattgtgatttaaagcctagcaacgttcttcttgatgat 31467129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 513 - 554
Target Start/End: Original strand, 1153992 - 1154033
Alignment:
Q  513 ttcattgtgatataaagccaagcaatgtccttcttgatgatg 554  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  1153992 ttcactgtgatattaagccaagcaatgttcttcttgatgatg 1154033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000008; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 338 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 39898877 - 39898820
Alignment:
Q  338 tttaaagctctagtttttgaatacatgaaaaatggaagcttagaacaatggttacatc 395  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||| ||||    
T  39898877 tttaaagcaatagtttttgaatacatgacaaatggaagcttagaggaatggttgcatc 39898820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 513 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 39875899 - 39875858
Alignment:
Q  513 ttcattgtgatataaagccaagcaatgtccttcttgatgatg 554  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  39875899 ttcattgtgatttaaaaccaagcaatgtccttcttgacgatg 39875858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 513 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 39884022 - 39883981
Alignment:
Q  513 ttcattgtgatataaagccaagcaatgtccttcttgatgatg 554  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  39884022 ttcattgtgatttaaaaccaagcaatgtccttcttgacgatg 39883981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 513 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 39890976 - 39890935
Alignment:
Q  513 ttcattgtgatataaagccaagcaatgtccttcttgatgatg 554  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  39890976 ttcattgtgatttaaaaccaagcaatgtccttcttgaagatg 39890935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 297 - 381
Target Start/End: Original strand, 28605612 - 28605696
Alignment:
Q  297 ttttaacatgttgttctagcacaaattacaaaggtcaagaatttaaagctctagtttttgaatacatgaaaaatggaagcttaga 381  Q
    |||||||||||||||| || |   ||||||| ||| | ||||| |||||| |||||||||| |||||| |||||||||| |||||    
T  28605612 ttttaacatgttgttcaagtatggattacaatggtaatgaattcaaagctttagtttttgagtacatggaaaatggaagtttaga 28605696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University