View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14657_high_2 (Length: 330)

Name: NF14657_high_2
Description: NF14657
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14657_high_2
NF14657_high_2
[»] chr4 (31 HSPs)
chr4 (19-330)||(1548213-1548525)
chr4 (133-330)||(1552668-1552868)
chr4 (19-330)||(546911-547225)
chr4 (228-330)||(1524485-1524587)
chr4 (71-330)||(55908567-55908829)
chr4 (155-330)||(570349-570524)
chr4 (103-300)||(1600447-1600647)
chr4 (233-330)||(8187095-8187192)
chr4 (174-330)||(553477-553633)
chr4 (88-330)||(3438422-3438666)
chr4 (233-330)||(1513411-1513508)
chr4 (216-330)||(532187-532301)
chr4 (233-314)||(1519146-1519227)
chr4 (233-330)||(8184034-8184131)
chr4 (233-330)||(12121461-12121558)
chr4 (234-330)||(558496-558592)
chr4 (238-313)||(659726-659799)
chr4 (247-330)||(1508021-1508104)
chr4 (219-330)||(1537757-1537868)
chr4 (152-330)||(53761692-53761871)
chr4 (223-326)||(640917-641020)
chr4 (174-273)||(644885-644984)
chr4 (25-273)||(21834174-21834422)
chr4 (256-302)||(12116602-12116648)
chr4 (216-326)||(55505095-55505205)
chr4 (233-330)||(7307858-7307955)
chr4 (19-203)||(8186878-8187065)
chr4 (233-280)||(1489365-1489412)
chr4 (284-330)||(566187-566233)
chr4 (233-299)||(1545802-1545868)
chr4 (233-290)||(7225887-7225944)
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (25-330)||(18315066-18315374)
chr8 (78-330)||(32151299-32151551)
chr8 (233-330)||(27922506-27922603)
chr8 (103-330)||(34936034-34936264)
chr8 (97-322)||(17636262-17636494)
chr8 (174-330)||(28246240-28246394)
chr8 (70-125)||(17627897-17627952)
chr8 (228-279)||(21235607-21235658)
chr8 (233-321)||(17628018-17628106)
chr8 (293-330)||(44736533-44736570)
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (19-330)||(51113571-51113882)
chr3 (64-330)||(13470567-13470833)
chr3 (172-330)||(51120836-51120994)
chr3 (64-330)||(51764275-51764541)
chr3 (25-127)||(514521-514623)
chr3 (248-316)||(27005791-27005859)
chr3 (233-273)||(1657306-1657346)
chr3 (235-292)||(33714861-33714918)
chr3 (248-288)||(36811046-36811086)
[»] chr6 (26 HSPs)
chr6 (151-330)||(6432159-6432341)
chr6 (151-330)||(6402858-6403040)
chr6 (98-330)||(7119155-7119387)
chr6 (98-330)||(7131633-7131865)
chr6 (151-330)||(6394862-6395044)
chr6 (213-330)||(6410004-6410121)
chr6 (55-321)||(6426518-6426784)
chr6 (151-330)||(6415964-6416146)
chr6 (174-330)||(11936220-11936376)
chr6 (174-330)||(11948200-11948356)
chr6 (171-314)||(6589265-6589408)
chr6 (215-327)||(6423218-6423330)
chr6 (151-330)||(6594525-6594707)
chr6 (151-321)||(6585156-6585329)
chr6 (213-320)||(12102274-12102381)
chr6 (64-326)||(9411357-9411619)
chr6 (245-322)||(28935055-28935132)
chr6 (217-321)||(6596916-6597020)
chr6 (151-321)||(7994101-7994274)
chr6 (156-330)||(19632437-19632611)
chr6 (233-330)||(6603206-6603303)
chr6 (235-326)||(14802338-14802429)
chr6 (243-330)||(10579750-10579837)
chr6 (25-126)||(6432363-6432464)
chr6 (151-330)||(14820691-14820873)
chr6 (216-279)||(9410751-9410814)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (99-330)||(10614591-10614822)
chr7 (25-330)||(15091947-15092252)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (69-330)||(41889391-41889655)
chr5 (104-330)||(32267473-32267699)
chr5 (236-330)||(37937885-37937979)
chr5 (236-326)||(41901542-41901632)
chr5 (172-330)||(20478025-20478183)
chr5 (92-201)||(41901398-41901510)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (64-330)||(32785607-32785873)
chr2 (71-330)||(1037503-1037765)
chr2 (235-330)||(45245091-45245186)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (25-316)||(19468295-19468586)
chr1 (233-327)||(52082582-52082676)
chr1 (150-329)||(52092776-52092955)
chr1 (262-326)||(7554490-7554554)
chr1 (64-326)||(9586641-9586903)
chr1 (19-123)||(9581276-9581380)
[»] scaffold0295 (1 HSPs)
scaffold0295 (141-329)||(533-724)
[»] scaffold0041 (1 HSPs)
scaffold0041 (220-330)||(39182-39285)
[»] scaffold0807 (1 HSPs)
scaffold0807 (156-321)||(1388-1559)
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (243-330)||(88837-88924)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 301; Significance: 1e-169; HSPs: 31)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 19 - 330
Target Start/End: Original strand, 1548213 - 1548525
Alignment:
Q  19 gtaagacctcaattaaagtcactctgtttgactcacaattcacgcttaagagatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1548213 gtaagacctcaattaaagtcactctgtttgactcacaattcacgcttaagagatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgc 1548312  T
Q  119 ttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaagatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1548313 ttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaagatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagt 1548412  T
Q  219 gaagctac-ttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagag 317  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1548413 gaagctactttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagag 1548512  T
Q  318 ttgtcgtgggctt 330  Q
    |||| ||||||||    
T  1548513 ttgttgtgggctt 1548525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 133 - 330
Target Start/End: Original strand, 1552668 - 1552868
Alignment:
Q  133 tgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaagatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaa---aagtgaagctacttg 229  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||| |   ||| |||||||||||    
T  1552668 tgcactggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaagatgttgtaagattagacatttgaacttagcccatagttttatagaagggaagctacttg 1552767  T
Q  230 gactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggct 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  1552768 gactgaactttgaaattcccaaactggaagtgttgaatttgtcacatacaaatattaatgatgaaacactcaatgtgatatcaaagaattgtcgtgggct 1552867  T
Q  330 t 330  Q
    |    
T  1552868 t 1552868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 19 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 547225 - 546911
Alignment:
Q  19 gtaagacctcaattaaagtcactctgtttgactcacaattcacgcttaagagatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgc 118  Q
    ||||| |||||||| ||||| |||  |||| || | |||||| || |||||||||||| ||||||||| ||| |||| || |||||||||||||||||||    
T  547225 gtaagccctcaattgaagtctctccatttggctaaaaattcatgcataagagatgaaagcatcaaaatgtttccttccatgttccccaatttgcaactgc 547126  T
Q  119 ttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaa 215  Q
    ||||||| | | ||||  ||  |||||| || ||  |||||||||| ||||||||   |||||||||||| || || ||||||||| |   | |||||      
T  547125 ttgatttaagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtttagt 547026  T
Q  216 agtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaag 315  Q
    |||||| ||| ||||| ||||||||||| |||| ||| |||||||| |||||||||||| ||||| | |  |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  547025 agtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacgtacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaag 546926  T
Q  316 agttgtcgtgggctt 330  Q
    |||||| ||||||||    
T  546925 agttgttgtgggctt 546911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 228 - 330
Target Start/End: Original strand, 1524485 - 1524587
Alignment:
Q  228 tggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtggg 327  Q
    |||| ||||||||||| |||||||  ||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||    
T  1524485 tggaatgaactttgaagttcccaatttggaggtgttgaatttgtcacgtacaagtgttgatgatgaaacactctatatgatctcacagagttgtcgtggg 1524584  T
Q  328 ctt 330  Q
    |||    
T  1524585 ctt 1524587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 71 - 330
Target Start/End: Original strand, 55908567 - 55908829
Alignment:
Q  71 atgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagtttt 170  Q
    |||||| ||||| | | ||| |||| |||||||||||||||||| | ||||||||||     |||  |  |||||| || |||||||||||||||||| |    
T  55908567 atgaaaacatcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttct 55908666  T
Q  171 aag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaac 267  Q
    |||   |||||||||| ||||||| ||||| |||||     ||| || |||||| |||||| || | |||||| || ||||  || | |||||||| |||    
T  55908667 aaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaac 55908766  T
Q  268 ttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctt 330  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||||| |||| ||||||||    
T  55908767 ttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtgggctt 55908829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 155 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 570524 - 570349
Alignment:
Q  155 gtatttgtgaagttttaagatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaact 254  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||  |||| || |||||||||||||   | | ||||||||| || | |||| ||||||||||| ||| ||||||    
T  570524 gtatttgtcaagttttaagatgttgtaaacttaggcatttgaacttagctcactgctcaaaagtgaaactgcgtggattgaactttgaagttctcaaact 570425  T
Q  255 ggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctt 330  Q
     |||||||||||||||||| ||||| |  ||||| | |||  |||| || |||| |||||||||||||| ||||||    
T  570424 cgaggtgttgaacttgtcatatacaggagttgataacgaagaactctatctgatttcaaagagttgtcgcgggctt 570349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 103 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 1600647 - 1600447
Alignment:
Q  103 cccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaact 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||  | ||||| |  |||||| || |||||||||||| ||||||||||   || || ||| |||||||| |||||||    
T  1600647 cccaatttgcaactgcttgatttgagcagttgcattaacatatctgaagaaggtatttgtcaagttttaaggagattttctaaaattagacatttgaact 1600548  T
Q  200 tagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacact 299  Q
    |||| |   ||| || | ||||||| |  ||| ||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||| |||||||  |||| |||||| ||||    
T  1600547 tagcccagtgttcaataatgaagctgcgaggaatgaactttgaagttcttaaactggaggtgttgaacttgtcatatacaagggttgacgatgaagcact 1600448  T
Q  300 c 300  Q
    |    
T  1600447 c 1600447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 233 - 330
Target Start/End: Original strand, 8187095 - 8187192
Alignment:
Q  233 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctt 330  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||  |||  || |||||||||||| ||||||||    
T  8187095 tgaactttgaaatttccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagagttgatgataaaacactttatgcaatttcaaagagttgttgtgggctt 8187192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 174 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 553633 - 553477
Alignment:
Q  174 atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtca 273  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||| | ||  ||| || ||||||| ||| |  | |||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  553633 atgttgtaacattagacatttgaacttaacccgctgttcaagagtgaagttacgtacattgaactttaaagttctcaaactggaggtgttgaacttgtca 553534  T
Q  274 catacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctt 330  Q
      ||||||  ||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||  |||||||    
T  553533 tttacaagagttgatgatgaagcacttaatgtgatttcaaagagttgttctgggctt 553477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 88 - 330
Target Start/End: Original strand, 3438422 - 3438666
Alignment:
Q  88 ttttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaaga 184  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||   | |||     |||||| ||||||||| ||  | ||||||||||   |||||||||||    
T  3438422 ttttcttctattttccccaatttgcagctgcttgatgtgagagaatgcgactacatatctgacgaaggtgttattcaagttttaaggagatgttgtaaga 3438521  T
Q  185 ttagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtat 284  Q
    ||||||| |||||||||||| || |||||  ||||||  |   || | ||||||||||  || | ||| ||||||| |||| |||||||||||||||  |    
T  3438522 ttagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgtgtgcaatgaactttgatgtttcaaaattggaggtattgagcttgtcacatacaagagt 3438621  T
Q  285 tgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctt 330  Q
    ||||||| ||| |||| |||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  3438622 tgatgat-aaatactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggctt 3438666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 233 - 330
Target Start/End: Original strand, 1513411 - 1513508
Alignment:
Q  233 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctt 330  Q
    ||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||  ||||| | ||||||||||||||||| | || ||||||||| ||||||||||||||    
T  1513411 tgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatttacaaatgttgatgatgaaacactctacgtaatctcaaagtgttgtcgtgggctt 1513508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 216 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 532301 - 532187
Alignment:
Q  216 agtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaag 315  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||| | ||||| || |||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||  ||  |||||| |||||||    
T  532301 agtgaatctacttggaatgaactttgaagtccccaagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaacattgatgatgaaaagctttatgtgacctcaaag 532202  T
Q  316 agttgtcgtgggctt 330  Q
    | |||||||| ||||    
T  532201 aattgtcgtgagctt 532187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 233 - 314
Target Start/End: Original strand, 1519146 - 1519227
Alignment:
Q  233 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaa 314  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||  || ||||| |||||||||||||    
T  1519146 tgaactttgaagttcccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagggttgatgaataagcactctatgtgatctcaaa 1519227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 233 - 330
Target Start/End: Original strand, 8184034 - 8184131
Alignment:
Q  233 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctt 330  Q
    ||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||  | ||||| |||  ||||||||||||||| ||||||||    
T  8184034 tgaactttgaagttccgaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagagttgatgatatagcactctatgcaatctcaaagagttgttgtgggctt 8184131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 233 - 330
Target Start/End: Original strand, 12121461 - 12121558
Alignment:
Q  233 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctt 330  Q
    ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||   || ||||||||| |||| |||||||||    
T  12121461 tgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgatgaaacactctccgtaatctcaaagtgttgccgtgggctt 12121558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 234 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 558592 - 558496
Alignment:
Q  234 gaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctt 330  Q
    |||||||||| || |||| || | ||||||||||||||||   |||  ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  558592 gaactttgaagttgccaacctaggggtgttgaacttgtcattaacatatattgatgatgaagcactccatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctt 558496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 238 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 659799 - 659726
Alignment:
Q  238 tttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaa 313  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||  ||||||||||||    
T  659799 tttgaagttcccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagtgttaataatgaaacact--atgtgatctcaa 659726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 247 - 330
Target Start/End: Original strand, 1508021 - 1508104
Alignment:
Q  247 cccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctt 330  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||   ||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  1508021 cccaaactagaagtgttgaacttgtcacataccaatgttgatgatgaaacactgtgtgtaatctcaaagtgttgtcgtgggctt 1508104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 219 - 330
Target Start/End: Original strand, 1537757 - 1537868
Alignment:
Q  219 gaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagt 318  Q
    |||||| | |||| ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||| |||||| | || ||||  |||||||   ||| ||||||||| ||    
T  1537757 gaagctgcatggaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaatgttaatgacaaaacactgtgtgtaatctcaaagtgt 1537856  T
Q  319 tgtcgtgggctt 330  Q
    ||||||||||||    
T  1537857 tgtcgtgggctt 1537868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 152 - 330
Target Start/End: Original strand, 53761692 - 53761871
Alignment:
Q  152 aaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcc 248  Q
    ||||||||||| ||||||||||   ||||||||| ||||| || |||||||||||     ||| || |||||||||| ||||| ||||||||| | ||||    
T  53761692 aaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaacattaggcatttgaacttagccgagtgttcaagagtgaagctaattggaatgaactttgtagttcc 53761791  T
Q  249 caaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctt 330  Q
    ||| || |||| |||||||||||||  ||| |   || | ||| ||||||||  ||||||||| |||| |||||||||||||    
T  53761792 caagctagaggcgttgaacttgtcatttacgaaagttaacgataaaacactc--tgtgatctcgaagaattgtcgtgggctt 53761871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 223 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 641020 - 640917
Alignment:
Q  223 ctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtc 322  Q
    ||||||||| |||| |||||| | || | | |||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||| | |||| |||||||| ||| |    
T  641020 ctacttggaatgaaatttgaactaccaatattggaggtgttgaacttgtcagatacaaacgttgatgatgaaacactctacgtgacctcaaagaattgcc 640921  T
Q  323 gtgg 326  Q
    ||||    
T  640920 gtgg 640917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 174 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 644984 - 644885
Alignment:
Q  174 atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtca 273  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||  ||| || | |||||||||||  | ||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  644984 atgttgtaacattagacatttgaatttaactcgctgttcaagactgaagctacttacattgaactttgaagttcccaaactggaggtgttagacttgtca 644885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 25 - 273
Target Start/End: Original strand, 21834174 - 21834422
Alignment:
Q  25 cctcaattaaagtcactctgtttgactcacaattcacgcttaagagatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatt 124  Q
    |||||||||||||| |||| ||||   | ||||||| | ||||  |||||||  |||| ||| ||| |||| |||||||||||||| || ||||||||||    
T  21834174 cctcaattaaagtctctctttttgggccgcaattcatggttaaatgatgaaagaatcataatgtttgcttcaattttccccaatttacagctgcttgatt 21834273  T
Q  125 tgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaa 221  Q
    ||| |  || ||     ||||||||   ||||||||| |||||||||||   ||||||||||||||  || ||||||||| |  || |||  ||||||||    
T  21834274 tgacttcttccacacagatatcaga---aggtatttgcgaagttttaaggaaatgttgtaagattaagcatttgaacttatcaggttgttataaagtgaa 21834370  T
Q  222 gctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtca 273  Q
    ||||| | |  | ||||||| | ||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  21834371 gctacatagtatcaactttgtagttcccaagctggaggtgttggacttgtca 21834422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 256 - 302
Target Start/End: Original strand, 12116602 - 12116648
Alignment:
Q  256 gaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaa 302  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  12116602 gaggtgttgaacttgtcacatacaagtgttgatgatgaatcactcaa 12116648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 216 - 326
Target Start/End: Original strand, 55505095 - 55505205
Alignment:
Q  216 agtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaag 315  Q
    |||||| ||| ||||| ||||||||  | | ||| |||| |||||||||||||||||| ||||||   |||| |||| ||||||  |||||| |||||||    
T  55505095 agtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccaactagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaag 55505194  T
Q  316 agttgtcgtgg 326  Q
    | |||||||||    
T  55505195 aattgtcgtgg 55505205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 233 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 7307955 - 7307858
Alignment:
Q  233 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctt 330  Q
    |||||||| || |||||||| ||||||| |||||||||||| |||||    ||||||||||| ||||   | ||||||||||||||||| || |||||    
T  7307955 tgaactttaaagttcccaaattggaggtattgaacttgtcatatacagaagttgatgatgaagcactacgtatgatctcaaagagttgttgtaggctt 7307858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 19 - 203
Target Start/End: Original strand, 8186878 - 8187065
Alignment:
Q  19 gtaagacctcaattaaagtcactctgtttgactcacaattcacgcttaagagatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgc 118  Q
    |||||||||||| | ||||| ||| |||||| | ||||||   | |||||  |||||| | || |||| || |||||  | ||||||||||||||  |||    
T  8186878 gtaagacctcaactgaagtctctcagtttgatttacaattgttggttaagtaatgaaaacctcgaaatgttatcttccttattccccaatttgcagttgc 8186977  T
Q  119 ttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagtttt---aagatgttgtaagattagacagttgaacttagc 203  Q
    ||||||||| | |||||  || |||||| || |||||||||||| |||||||    ||||||||| |||||||  | |||||||||||    
T  8186978 ttgatttgagtcattgctatgacatatctgaagaaggtatttgtcaagttttgaagagatgttgtgagattagggatttgaacttagc 8187065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 233 - 280
Target Start/End: Original strand, 1489365 - 1489412
Alignment:
Q  233 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaa 280  Q
    ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||| ||||||    
T  1489365 tgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaa 1489412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 284 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 566233 - 566187
Alignment:
Q  284 ttgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctt 330  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||   ||||||||||||    
T  566233 ttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagtactgtcgtgggctt 566187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 233 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 1545868 - 1545802
Alignment:
Q  233 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacact 299  Q
    |||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||    ||||||  ||||||||||||||||    
T  1545868 tgaactttaaagttcctaaactggaggtgttgaacttgttgtttacaagagttgatgatgaaacact 1545802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 233 - 290
Target Start/End: Original strand, 7225887 - 7225944
Alignment:
Q  233 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatga 290  Q
    ||||||||||| ||| | || ||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||    
T  7225887 tgaactttgaagttctcgaattggaggtcttgaacttgtcacatacaagagttgatga 7225944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 127; Significance: 1e-65; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 25 - 330
Target Start/End: Original strand, 18315066 - 18315374
Alignment:
Q  25 cctcaattaaagtcactctgtttgactcacaattcacgcttaagagatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatt 124  Q
    |||||||||||||| ||| |||| |||  ||||||| | |||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||    
T  18315066 cctcaattaaagtctctccgttttacttgcaattcatggttaagagaggaaagcatcaaaatattttcttccattttccccaatttgcagttgcttgatt 18315165  T
Q  125 tgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaagatgttgta---agattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaa 221  Q
    |||   | |||  |  |||| | || |||||||||||| |||||||| || |||||    ||||||||||||||||||||||||||  || || | ||||    
T  18315166 tgagctactgcgataacatacctgaagaaggtatttgtcaagttttacgaagttgttctgagattagacagttgaacttagctcgtgattcaagaatgaa 18315265  T
Q  222 gctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgt 321  Q
    ||||| |||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  18315266 gctacgtggaatgaactttaaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaaaagttgatgatgaagcactctatgtgatctcaaagagttgt 18315365  T
Q  322 cgtgggctt 330  Q
    ||| |||||    
T  18315366 cgtaggctt 18315374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 78 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 32151551 - 32151299
Alignment:
Q  78 catcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaagatgt 177  Q
    ||||||||| ||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    ||||  |  |||||| || ||||| |||||| |||||||||||||     
T  32151551 catcaaaatgtttgcttccattttccctaatttgcaactgcttgatttgaggtgttgccataacatatctgaagaaggaatttgtcaagttttaagatgc 32151452  T
Q  178 tgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacata 277  Q
    | | ||||||| || ||||| ||  |  |  ||||| | |||||||| | |||| ||||||| ||| || |||| ||||||||||| |||||||||  ||    
T  32151451 tctgagattaggcatttgaatttcaccggctgtttacatgtgaagctgcgtggaatgaacttcgaagtttccaatctggaggtgttaaacttgtcatgta 32151352  T
Q  278 caagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctt 330  Q
    ||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  32151351 caaggtttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgtagtgggctt 32151299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 233 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 27922603 - 27922506
Alignment:
Q  233 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctt 330  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||| ||||  || ||||||||||||||||| ||||||||    
T  27922603 tgaactttgaagttcccaaattggaggtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgtgggctt 27922506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 103 - 330
Target Start/End: Original strand, 34936034 - 34936264
Alignment:
Q  103 cccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaact 199  Q
    ||||||||||| |||||||||||||   ||||||||||||||||  |  ||||||||| | | ||||||||   ||||||| | |||||||| ||| |||    
T  34936034 cccaatttgcatctgcttgatttgagcgattgcagtggcatatctaatcaaggtatttatcatgttttaaggagatgttgtgacattagacatttgtact 34936133  T
Q  200 tagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacact 299  Q
    | ||   | ||| ||||||||| || |   || ||| ||||||  |||| ||||| ||||||||| |||||||| |||||||  |||||||| |||||||    
T  34936134 tggccgattgttcaaaagtgaaccttcacagaatgatctttgatgttccaaaactagaggtgttggacttgtcatatacaagagttgatgataaaacact 34936233  T
Q  300 caatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctt 330  Q
    | |||  ||| ||||||||||||||||||||    
T  34936234 ctatgccatcgcaaagagttgtcgtgggctt 34936264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 97 - 322
Target Start/End: Original strand, 17636262 - 17636494
Alignment:
Q  97 attttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagt 193  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||     |||||| |   ||||||||  ||||||||||| ||||||||||   ||||| ||| ||||| || |    
T  17636262 attttccccaatttgcagctgcttgatttacgagattgcaataaaatatcagagaaaggtatttgtcaagttttaaggggatgttctaatattaggcatt 17636361  T
Q  194 tgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggac----tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatg 289  Q
    |||||||||  ||  ||| || |||||| |||| | ||     ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |  |||| |    
T  17636362 tgaacttaggccgatgttcaagagtgaaactacatcgatcgaatgaactttgaagttcccaaattggaggtgttgaacttgtcacaaacaggagttgacg 17636461  T
Q  290 atgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtc 322  Q
    ||||| || |  |||||||||||||||||||||    
T  17636462 atgaagcattgtatgtgatctcaaagagttgtc 17636494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 174 - 330
Target Start/End: Original strand, 28246240 - 28246394
Alignment:
Q  174 atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtca 273  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||| ||| || | ||||||||| |  | ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28246240 atgttgtaacattagacatttgaatttaactcgttgttcaagactgaagctacatacattgaactttgaagttcccaaactggaggtgttggacttgtca 28246339  T
Q  274 catacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctt 330  Q
      ||||||  ||||  || || ||||| ||  |||||||||||||||| | ||||||    
T  28246340 tttacaagagttga--ataaatcactctattggatctcaaagagttgtagcgggctt 28246394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 70 - 125
Target Start/End: Original strand, 17627897 - 17627952
Alignment:
Q  70 gatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgattt 125  Q
    ||||||| ||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17627897 gatgaaaacatcaaaatgtttgcttccattttccccaatttgcaactgcttgattt 17627952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 228 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 21235658 - 21235607
Alignment:
Q  228 tggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacataca 279  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  21235658 tggagtgaactttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcatataca 21235607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 233 - 321
Target Start/End: Original strand, 17628018 - 17628106
Alignment:
Q  233 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgt 321  Q
    |||||||| || || | ||| ||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||| || |||||  |||||||||||||| ||||    
T  17628018 tgaactttaaactttctaaattggaggtgttgaacttgtcacatactagagttgatgataaagcactccgtgtgatctcaaagaattgt 17628106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 293 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 44736570 - 44736533
Alignment:
Q  293 aaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctt 330  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  44736570 aaacactcattgtgatctcaaagagttgttgtgggctt 44736533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 87; Significance: 1e-41; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 19 - 330
Target Start/End: Original strand, 51113571 - 51113882
Alignment:
Q  19 gtaagacctcaattaaagtcactctgtttgactcacaattcacgcttaagagatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgc 118  Q
    |||||||| ||||||||||| |||   |||  ||||||| || | ||||||||||| | ||||| |||  || |||| |||||||||||| |||| || |    
T  51113571 gtaagaccgcaattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagatgagagcatcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttc 51113670  T
Q  119 ttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaa---gatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaa 215  Q
    ||||||| | | |||||  ||  |||||   ||||||||||||| |||||||||   |||||||||| ||||| || ||||| ||||||    ||| |||    
T  51113671 ttgatttaactcattgctatgagatatc---cgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaa 51113767  T
Q  216 agtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaag 315  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||  |||||||| ||||||   ||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  51113768 actgaagctacttggaatgaactttgaagctcccaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaag 51113867  T
Q  316 agttgtcgtgggctt 330  Q
    |||||| ||||||||    
T  51113868 agttgttgtgggctt 51113882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 64 - 330
Target Start/End: Original strand, 13470567 - 13470833
Alignment:
Q  64 ttaagagatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtg 163  Q
    ||||| ||||||  ||||| ||| ||| |||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| |  ||||| |  | ||||| |   ||||||||||     
T  13470567 ttaagtgatgaaggcatcataatgtttgcttccaatttccccaatttgcagctgcttgatttgaattgttgcaatctcttatcaaa---aggtatttgtc 13470663  T
Q  164 aagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggt 260  Q
    ||||||||||   ||||||||||||||| || |||||||||||   | ||  ||||||||||||||||||| |||||||||   ||||||| ||||||||    
T  13470664 aagttttaaggatatgttgtaagattaggcatttgaacttagcctattgtaaaaaagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcccaatctggaggt 13470763  T
Q  261 gttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctt 330  Q
    ||||||||||||| ||||||   || ||||| |||||||| || |||||||||||| |||| ||||||||    
T  13470764 gttgaacttgtcaaatacaaaggttaatgataaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtgggctt 13470833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 172 - 330
Target Start/End: Original strand, 51120836 - 51120994
Alignment:
Q  172 agatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgt 271  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||  |  || ||| || |||||| || | |||| ||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||    
T  51120836 agatgttgtaacattagacacttgaacttcaccggttgttcaagagtgaaactgcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgt 51120935  T
Q  272 cacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctt 330  Q
    | ||||||||  |||||||||||| |||  |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  51120936 cgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggctt 51120994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 64 - 330
Target Start/End: Original strand, 51764275 - 51764541
Alignment:
Q  64 ttaagagatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtg 163  Q
    ||||| ||||||| ||||| ||| ||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| | |  ||||| | |||||||  |   |||| | ||||    
T  51764275 ttaagtgatgaaagcatcataatgtttgcttccattttccccaatttgcagctgcttgattttaattcttgcaatcgcatatctaa---aggtgtctgtg 51764371  T
Q  164 aagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgta-gtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggagg 259  Q
    ||||||||||   ||||| ||||||||| || |||||| || | || | ||| || |||||||||||||||| ||||||||| | |||| || |||||||    
T  51764372 aagttttaaggagatgttctaagattaggcatttgaacctatc-cgaatgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgcagttccgaagctggagg 51764470  T
Q  260 tgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctt 330  Q
    ||||  ||||||||  |||||   |||||||| |||||||| ||| ||||||||||| |||| | ||||||    
T  51764471 tgttagacttgtcatttacaaaagttgatgataaaacactctatgcgatctcaaagaattgttgcgggctt 51764541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 25 - 127
Target Start/End: Original strand, 514521 - 514623
Alignment:
Q  25 cctcaattaaagtcactctgtttgactcacaattcacgcttaagagatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatt 124  Q
    ||||||||||| || |||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||| | | | ||| ||| |||| |||||||| |||||||| ||  ||||||    
T  514521 cctcaattaaaatctctctatttggctcacaattcatgcttaagagatgaaaaccttataatgtttgcttcaattttcccgaatttgcagctaattgatt 514620  T
Q  125 tga 127  Q
    |||    
T  514621 tga 514623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 248 - 316
Target Start/End: Original strand, 27005791 - 27005859
Alignment:
Q  248 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaaga 316  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||  ||||||  |||| ||||||||||    
T  27005791 ccaaactggaggtcttgaacttgtcacatacaagaattgataatacaacactttatgtaatctcaaaga 27005859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 233 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 1657346 - 1657306
Alignment:
Q  233 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtca 273  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1657346 tgaactttgaagttcccaaactggaggtgttggacttgtca 1657306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 235 - 292
Target Start/End: Original strand, 33714861 - 33714918
Alignment:
Q  235 aactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatg 292  Q
    ||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| |  |||| ||||||||||    
T  33714861 aactttgaagtttccaaactggaggtgctgaacttgtcaaactcaagaattgatgatg 33714918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 248 - 288
Target Start/End: Original strand, 36811046 - 36811086
Alignment:
Q  248 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgat 288  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||    
T  36811046 ccaaactggaggtgttgaacttgtcccattcaagaattgat 36811086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 77; Significance: 1e-35; HSPs: 26)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 151 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 6432341 - 6432159
Alignment:
Q  151 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 247  Q
    |||||||||||| ||||||||||   |||||||||  ||| ||| |||||||||||   | || ||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||    
T  6432341 gaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttc 6432242  T
Q  248 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctt 330  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||  ||||||||| ||||| |||| ||||||||    
T  6432241 ccaagctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaacactttatgtgatcttaaagaattgttgtgggctt 6432159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 151 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 6403040 - 6402858
Alignment:
Q  151 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 247  Q
    |||||||||||| ||||||||||   ||||||||| ||||| || ||||||||| || |  ||| || |||||||||||||||| | ||||||| | |||    
T  6403040 gaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaacattaggcatttgaacttaactgggtgttcaagagtgaagctacttggaataaactttgcagttc 6402941  T
Q  248 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctt 330  Q
    || |||| || ||||||||||||||| |||| |   ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  6402940 cccaactagaagtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagaattgtagtgggctt 6402858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 98 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 7119387 - 7119155
Alignment:
Q  98 ttttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagtttta---agatgttgtaagattagacagtt 194  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||||| |  ||||||    |||||||||||| ||||||||   ||||||| |||||||| ||| ||    
T  7119387 ttttccccaatttacaacttcttgatttgaatacttgcaataacatatc---tgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttctaagattaaacattt 7119291  T
Q  195 gaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaa 294  Q
    ||||||||| |   ||| || |||||||||||||||| |||||||||   ||| | | ||||||||||||||||||||| |||| |   |||||||||||    
T  7119290 gaacttagcccactgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcaccagctggaggtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaa 7119191  T
Q  295 acactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctt 330  Q
    |||||| |||||||||| |||| |||| | ||||||    
T  7119190 acactccatgtgatctcgaagaattgttgcgggctt 7119155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 98 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 7131865 - 7131633
Alignment:
Q  98 ttttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagtttta---agatgttgtaagattagacagtt 194  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||||| |  ||||||    |||||||||||| ||||||||   ||||||| |||||||| ||| ||    
T  7131865 ttttccccaatttacaacttcttgatttgaatacttgcaataacatatc---tgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttctaagattaaacattt 7131769  T
Q  195 gaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaa 294  Q
    ||||||||| |   ||| || |||||||||||||||| |||||||||   ||| | | ||||||||||||||||||||| |||| |   |||||||||||    
T  7131768 gaacttagcccactgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcgccagctggaggtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaa 7131669  T
Q  295 acactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctt 330  Q
    |||||| |||||||||| |||| |||| | ||||||    
T  7131668 acactccatgtgatctcgaagaattgttgcgggctt 7131633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 151 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 6395044 - 6394862
Alignment:
Q  151 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 247  Q
    |||||||||||| |||||||||    |||||||||| ||| ||| ||||||||||||    ||| ||||||||| |||| |||| ||||||||| | |||    
T  6395044 gaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttc 6394945  T
Q  248 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctt 330  Q
    || | ||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||| ||   |||||||||||||| |||| ||||||||    
T  6394944 ccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaactctttctgtgatctcaaagaattgttgtgggctt 6394862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 213 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 6410121 - 6410004
Alignment:
Q  213 aaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctca 312  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||| |||| |||||||  ||||||||||||| ||  |||||||||||    
T  6410121 aaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttcccaagctgaaggtgttgaactagtcaaatacaagcgttgatgatgaaactctttatgtgatctca 6410022  T
Q  313 aagagttgtcgtgggctt 330  Q
    |||| |||| || |||||    
T  6410021 aagaattgttgtcggctt 6410004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 55 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 6426784 - 6426518
Alignment:
Q  55 aattcacgcttaagagatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaag 154  Q
    |||||| | ||||| ||||||| ||||| ||| | | |||| |||||||||||||| || || ||||||||||    |||| |||  ||||| ||   ||    
T  6426784 aattcatggttaagtgatgaaatcatcataatgtatgcttccattttccccaatttacagctacttgatttgaaggtttgccgtgaaatatctga---ag 6426688  T
Q  155 gtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaa 251  Q
    |||||||||||||||||||   |||||||||| ||| ||| ||||||||||||    ||| ||| ||||| |||| |||| ||||||||| | ||||| |    
T  6426687 gtatttgtgaagttttaaggaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaacgtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccga 6426588  T
Q  252 actggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgt 321  Q
     |||||||||||||| |||||| | ||||| ||||||||||||||  |  ||| ||||||||||| ||||    
T  6426587 gctggaggtgttgaatttgtcaaacacaagcattgatgatgaaactttttatgcgatctcaaagaattgt 6426518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 151 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 6416146 - 6415964
Alignment:
Q  151 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 247  Q
    |||||||||||| |||||||||    ||||||||||||| | || |||||||||||   | ||  |||||||||||||| |||| || |||||| | |||    
T  6416146 gaaggtatttgtcaagttttaaagatatgttgtaagattgggcatttgaacttagccttttgtaaaaaagtgaagctacatggaatggactttgtagttc 6416047  T
Q  248 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctt 330  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||   || ||||| |||| ||| ||||||||||||||| |||| | ||||||    
T  6416046 ccaacctggaggtgttgaacttgtcaaatacaaaggttaatgataaaactctctatgtgatctcaaagaattgtagcgggctt 6415964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 174 - 330
Target Start/End: Original strand, 11936220 - 11936376
Alignment:
Q  174 atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtca 273  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||  ||| || | ||||||||| |  | ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11936220 atgttgtaacattagacatttgaatttaactcgctgttcaagactgaagctacgtacattgaactttgaagttcccaaactggaggtgttggacttgtca 11936319  T
Q  274 catacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctt 330  Q
      ||||||  |||| ||| || ||||| ||  |||||||||||||||| ||||||||    
T  11936320 tttacaagagttgacgataaatcactctattggatctcaaagagttgtagtgggctt 11936376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 174 - 330
Target Start/End: Original strand, 11948200 - 11948356
Alignment:
Q  174 atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtca 273  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||  ||| || | ||||||||| |  | ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11948200 atgttgtaacattagacatttgaatttaactcgctgttcaagactgaagctacgtacattgaactttgaagttcccaaactggaggtgttggacttgtca 11948299  T
Q  274 catacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctt 330  Q
      ||||||  |||| ||| || ||||| ||  |||||||||||||||| ||||||||    
T  11948300 tttacaagagttgacgataaatcactctattggatctcaaagagttgtagtgggctt 11948356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 171 - 314
Target Start/End: Original strand, 6589265 - 6589408
Alignment:
Q  171 aagatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttg 270  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||     ||   |||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||  ||||||||||||||||||    
T  6589265 aagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagctacttggaatgaactttgtagttcccatgctggaggtgttgaacttg 6589364  T
Q  271 tcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaa 314  Q
    ||| |||||| | || ||||| |||||||  || ||||||||||    
T  6589365 tcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaa 6589408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 215 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 6423330 - 6423218
Alignment:
Q  215 aagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaa 314  Q
    |||||||||||| || | |||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||  ||   ||| |||||||| ||| |||||||||    
T  6423330 aagtgaagctacgtgcaatgaacttttaagttcccaagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagagttagcgataaaacactctatgcgatctcaaa 6423231  T
Q  315 gagttgtcgtggg 327  Q
    ||||||| |||||    
T  6423230 gagttgttgtggg 6423218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 151 - 330
Target Start/End: Original strand, 6594525 - 6594707
Alignment:
Q  151 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 247  Q
    |||||||||||| ||||||||||   ||||| |||||||| ||| ||| ||||| |  |  ||| || ||||||||||| |||| | ||||||  | |||    
T  6594525 gaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttataagattacacatttgtacttatccgggtgttcaagagtgaagctacatggaataaactttttagttc 6594624  T
Q  248 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctt 330  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||    |||||||||| |||||   |||||||||||||| |||| ||||||||    
T  6594625 ccaaactggaggtgttgtacttgtcaaatacagaggttgatgatgagacactacgtgtgatctcaaagaattgttgtgggctt 6594707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 151 - 321
Target Start/End: Original strand, 6585156 - 6585329
Alignment:
Q  151 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 247  Q
    |||||||||||| | ||||||||   ||||| ||| ||||| || ||||||||  || |  ||| || |||||||||||||||| | ||||||  | ||     
T  6585156 gaaggtatttgtcatgttttaaggagatgttttaatattaggcatttgaactttactgggtgttcaagagtgaagctacttggaataaactttttagtta 6585255  T
Q  248 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgt 321  Q
    || |  ||||||| |||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6585256 cccagttggaggtattgaacttgtcagatacaaaggttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgt 6585329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 213 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 12102381 - 12102274
Alignment:
Q  213 aaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctca 312  Q
    ||||||||| || | |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| | |||  |||| || |||| |||    
T  12102381 aaaagtgaaactgcatggattgaactttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacatgagttgataacgaagaactctatctgatttca 12102282  T
Q  313 aagagttg 320  Q
    ||||||||    
T  12102281 aagagttg 12102274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 64 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 9411619 - 9411357
Alignment:
Q  64 ttaagagatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtg 163  Q
    ||||||||| ||| ||||||||  ||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||     ||  ||  ||||||  ||||||||||||       
T  9411619 ttaagagataaaaacatcaaaaggtttgcttccattttccccaatttgcagctgcttgatttgagcggatgttgtaacatatctaacgaaggtattttgc 9411520  T
Q  164 aagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggt 260  Q
    | ||||||||   |||| |||| |||||||| |||||| ||||| ||| ||     |||| |||   |||| ||||||||||  ||||||| ||||||||    
T  9411519 aggttttaaggagatgtggtaacattagacatttgaacctagcttgtacttgt---gtgacgctcgatggattgaactttgaggttcccaagctggaggt 9411423  T
Q  261 gttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgg 326  Q
    ||||||||||||| ||||| || ||   ||||||| |||| ||| ||||||||||| |||||||||    
T  9411422 gttgaacttgtcatatacaggtgttttcgatgaaatactctatgagatctcaaagaattgtcgtgg 9411357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 245 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 28935132 - 28935055
Alignment:
Q  245 ttcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtc 322  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||| |||||| |||||| |||||||||||||    
T  28935132 ttccccaactcgaggtgttgaacttgtcacatacaagagttgacgatgaagcactcagtgtgatttcaaagagttgtc 28935055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 217 - 321
Target Start/End: Original strand, 6596916 - 6597020
Alignment:
Q  217 gtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaaga 316  Q
    ||||||| ||||| | | ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||  ||||| | ||||||||||||||||| | |  ||||||||||    
T  6596916 gtgaagcgacttgaaataaactttgaaattccccagctggaggtgttgaacttgtcaagtacaaatgttgatgatgaaacactctacgctatctcaaaga 6597015  T
Q  317 gttgt 321  Q
     ||||    
T  6597016 attgt 6597020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 151 - 321
Target Start/End: Original strand, 7994101 - 7994274
Alignment:
Q  151 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 247  Q
    |||||||||||| | ||||||||   |||||||||||| || || |||||| ||||   | ||  || |||||||||||| ||| ||||||||| | |||    
T  7994101 gaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttc 7994200  T
Q  248 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgt 321  Q
    | || || |||||||||||| ||||| |||||||  || |||| ||||||||  ||||||||||||||| ||||    
T  7994201 cgaagctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatgacgaaacactatatgtgatctcaaagaattgt 7994274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 156 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 19632611 - 19632437
Alignment:
Q  156 tatttgtgaagttttaagatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactg 255  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |  || ||||||||| ||||  ||| || ||| || ||||||||| | ||||||  | ||||||| ||     
T  19632611 tatttgtcaagttttaagatgttgtaagataacgcatttgaacttaactcgatgttcaatagttaacctacttggaataaactttctagttcccaagcta 19632512  T
Q  256 gaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctt 330  Q
    ||||||||| |||||||  ||||||   ||||||||||   |||   |||||||||||||| |||| ||||||||    
T  19632511 gaggtgttggacttgtcgtatacaaaggttgatgatgagcaactttttgtgatctcaaagaattgttgtgggctt 19632437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 233 - 330
Target Start/End: Original strand, 6603206 - 6603303
Alignment:
Q  233 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctt 330  Q
    ||||||||| | ||||||| ||  |||||||| ||||| || ||||| || |||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  6603206 tgaactttgtacttcccaagctacaggtgttggacttggcagatacaggtgttgatgatgaaacagtctatgcgatctcaaagagttgtcctgggctt 6603303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 235 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 14802429 - 14802338
Alignment:
Q  235 aactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgg 326  Q
    ||||||||| |||||||  |||| |||||||| |||||| ||||||   ||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||    
T  14802429 aactttgaagttcccaagatggaagtgttgaatttgtcaaatacaaaggttgatgatgaaacactctatgtgatttcaaagaattgttgtgg 14802338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 243 - 330
Target Start/End: Original strand, 10579750 - 10579837
Alignment:
Q  243 aattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctt 330  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||   |||||||| |||||||| ||  ||||||||||| |||| || |||||    
T  10579750 aattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagttgatgataaaacactctattcgatctcaaagaattgttgtcggctt 10579837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 25 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 6432464 - 6432363
Alignment:
Q  25 cctcaattaaagtcactctgtttgactcacaattcacgcttaagagatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatt 124  Q
    ||||| |||||||| |||| ||||  |||||||||| | |||||  ||||||  |||| ||| ||| |||| |||||||||||||||||||  |||||||    
T  6432464 cctcagttaaagtctctctatttgggtcacaattcatggttaaggaatgaaaggatcataatgtttgcttccattttccccaatttgcaacatcttgatt 6432365  T
Q  125 tg 126  Q
    ||    
T  6432364 tg 6432363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 151 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 14820873 - 14820691
Alignment:
Q  151 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 247  Q
    |||||||||||| ||| ||||||   |||||||||| ||| ||| ||||||||||    | ||| |  |||||| |||| |||| | ||||||| | |||    
T  14820873 gaaggtatttgtcaaggtttaaggaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagaattttgttcaggagtgaaactacatggaattaactttgcagttc 14820774  T
Q  248 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctt 330  Q
    ||||  | |||||||||||||| ||| ||||||   ||||| ||||||||||  || ||||||| |||| |||| ||||||||    
T  14820773 ccaagttagaggtgttgaacttatcaaatacaaaggttgataatgaaacactttatatgatctccaagaattgttgtgggctt 14820691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 216 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 9410814 - 9410751
Alignment:
Q  216 agtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacataca 279  Q
    ||||||| || ||||| |||||||||||  ||||||  ||||||||||||| ||||||||||||    
T  9410814 agtgaagttaattggattgaactttgaagctcccaagttggaggtgttgaatttgtcacataca 9410751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 67; Significance: 9e-30; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 99 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 10614822 - 10614591
Alignment:
Q  99 tttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttg 195  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |  | |||   | |||||||||||| ||||||||||   ||||||||||||||| || |||    
T  10614822 tttccccaatttgcaactgcttgatttgaatcgttgcaatctcttat---atgaaggtatttgtcaagttttaaggatatgttgtaagattaggcatttg 10614726  T
Q  196 aacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaa 295  Q
    ||||||||   | ||  ||||||||||||||||||| ||||| |||   ||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |   || ||||| |||    
T  10614725 aacttagcctattgtaaaaaagtgaagctacttggaatgaacgttgttgttcccaatctggaggtgttgaacttgtcaaatacgaaggttaatgataaaa 10614626  T
Q  296 cactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctt 330  Q
    ||||| |||||||||| ||||  ||| ||||||||    
T  10614625 cactctatgtgatctcgaagaactgtagtgggctt 10614591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 25 - 330
Target Start/End: Original strand, 15091947 - 15092252
Alignment:
Q  25 cctcaattaaagtcactctgtttgactcacaattcacgcttaagagatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatt 124  Q
    |||||||||||||| |||| |||| |||||||||  || ||||| ||||||| ||||| |||| || |||| ||||||||||| ||  | || |||||||    
T  15091947 cctcaattaaagtctctctatttggctcacaattaccggttaagtgatgaaatcatcagaatacttgcttccattttccccaacttagagctacttgatt 15092046  T
Q  125 tgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaa 221  Q
    ||  | |||||  |  ||||||  |   |||||||| | ||||||||||   ||||| |||| ||| ||| ||||||||| || |  ||||||  |||||    
T  15092047 tgggtcattgctataacatatctca---aggtatttctcaagttttaaggaaatgttataagcttaaacatttgaacttaactggatgtttaagtgtgaa 15092143  T
Q  222 gctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgt 321  Q
     |||| |||| ||||||||| | ||||| | |||||||||||||| |||||| | ||||   || ||||| |||||||| ||| ||||||||||| ||||    
T  15092144 actacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaatttgtcagaaacaaaggttaatgataaaacactctatgcgatctcaaagaattgt 15092243  T
Q  322 cgtgggctt 330  Q
     ||||||||    
T  15092244 tgtgggctt 15092252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 67; Significance: 9e-30; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 69 - 330
Target Start/End: Original strand, 41889391 - 41889655
Alignment:
Q  69 agatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagtt 168  Q
    |||||||  ||||| ||| ||| |||| |||||||| |||||||| || ||||||||||  |||||  || ||||||  || |||||||||  | |||||    
T  41889391 agatgaagacatcataatgtttgcttccattttccctaatttgcagctacttgatttgagcaattgttgtcgcatatttgatgaaggtattactcaagtt 41889490  T
Q  169 ttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttga 265  Q
    |||||   ||||||||| |||||| | ||||||||| |  |  ||| || |||||||||||||| | |||||||| || |||||||| ||||||||||||    
T  41889491 ttaaggatatgttgtaacattagatatttgaacttatccggatgttcaatagtgaagctacttgaaatgaactttaaagttcccaaattggaggtgttga 41889590  T
Q  266 acttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctt 330  Q
    |||| ||| ||||||   ||||||||||||||||  ||  |||||||||||||||| | ||||||    
T  41889591 acttatcatatacaaaagttgatgatgaaacactttataagatctcaaagagttgttgcgggctt 41889655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 104 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 32267699 - 32267473
Alignment:
Q  104 ccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaactt 200  Q
    |||||||||| |||||||||||||  |||||  || ||||||| || ||||||||   | || |||||||   ||||||||| |||||||| ||||||||    
T  32267699 ccaatttgcagctgcttgatttgagcaattgttgtcgcatatctgaagaaggtatcgttcaatttttaaggatatgttgtaacattagacatttgaactt 32267600  T
Q  201 agctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactc 300  Q
    | | |   ||| || |||||| |||   | | ||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||   ||||||||||| ||||     
T  32267599 atcccagtgttcaacagtgaaacta---gaaatgaactttgaagttcccaaattggaggtattgaacttgtcacaaacaatagttgatgatgaagcactt 32267503  T
Q  301 aatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctt 330  Q
     || ||||||||||||||||| ||||||||    
T  32267502 tatatgatctcaaagagttgttgtgggctt 32267473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 236 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 37937979 - 37937885
Alignment:
Q  236 actttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctt 330  Q
    |||||||| ||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| |||| ||||||||||  ||||||||||||    
T  37937979 actttgaagttcccaaccttgaggtgttggacttgacacatacaagaattgatgatcaaacactctatgtaatctcaaagatgtgtcgtgggctt 37937885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 236 - 326
Target Start/End: Original strand, 41901542 - 41901632
Alignment:
Q  236 actttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgg 326  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||||| ||||  || ||||||||||||||||| ||||    
T  41901542 actttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgtgg 41901632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 172 - 330
Target Start/End: Original strand, 20478025 - 20478183
Alignment:
Q  172 agatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgt 271  Q
    |||||||||||| | || || |||||||||||| |  ||  || || ||||||||||||| | ||| ||| ||||||| | |||||||||||||||||||    
T  20478025 agatgttgtaagttaaggcatttgaacttagctggatgtcgaagagcgaagctacttggaataaacgttgtaattccccagctggaggtgttgaacttgt 20478124  T
Q  272 cacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctt 330  Q
    || |||||| | ||||||| |||||| |   ||||||||||| || |||| ||||||||    
T  20478125 catatacaaatgttgatgacgaaacattatctgtgatctcaaggaattgttgtgggctt 20478183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 92 - 201
Target Start/End: Original strand, 41901398 - 41901510
Alignment:
Q  92 cttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattag 188  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||  || ||||||  || |||||||||  | ||||||||||    |||||||| |||||    
T  41901398 cttccattttccccaatttgcagctgcttgatttgagcaattgttgtcgcatatttgaagaaggtattgttcaagttttaaggatgtgttgtaacattag 41901497  T
Q  189 acagttgaactta 201  Q
    ||| |||||||||    
T  41901498 acatttgaactta 41901510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 63; Significance: 2e-27; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 64 - 330
Target Start/End: Original strand, 32785607 - 32785873
Alignment:
Q  64 ttaagagatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtg 163  Q
    ||||||||||||| |||||  || |||||||| |||||  ||||||||||||| ||||||||||   |||||  |  |||||| || ||||||||||||     
T  32785607 ttaagagatgaaagcatcaggatgttttcttctattttttccaatttgcaactacttgatttgagctattgctataacatatctgaagaaggtatttgtc 32785706  T
Q  164 aagttttaagatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgtt 263  Q
    || |||||||||||| |||||||||||| ||||| || |  |    || || | |  |||  | | || |||||||| ||  ||||||||| ||||||||    
T  32785707 aatttttaagatgttctaagattagacatttgaatttggaccacttttcaagaatcgagcaccgtcgaatgaactttaaagctcccaaactagaggtgtt 32785806  T
Q  264 gaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctt 330  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||  ||||||||||||  |||| || |||||||    
T  32785807 gaacttgtcacatacaagaattgatgatgaagcactttatgtgatctcaataagttttcatgggctt 32785873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 71 - 330
Target Start/End: Original strand, 1037503 - 1037765
Alignment:
Q  71 atgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagtttt 170  Q
    |||||| ||||| | | ||| |||| |||||||||||||||||| | ||||||||||     |||  |  |||||| || ||||||||||||||||||||    
T  1037503 atgaaaacatcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagtttt 1037602  T
Q  171 aag---atgttgtaagattagacagttgaacttagc-tcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaa 266  Q
    |||   |||||||||| ||||||| ||||| ||||| |  || || || |||||| |||||| || | |||||| || ||||  || | |||||||| ||    
T  1037603 aaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctacta-ttcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaa 1037701  T
Q  267 cttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctt 330  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||||| |||| ||||||||    
T  1037702 cttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtgggctt 1037765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 235 - 330
Target Start/End: Original strand, 45245091 - 45245186
Alignment:
Q  235 aactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctt 330  Q
    ||||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||| | ||||   ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  45245091 aactttgaagttccaaaacttgaggtgttgaatttgtcagagacaatggttgatgatgaaacactccatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctt 45245186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 55; Significance: 1e-22; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 25 - 316
Target Start/End: Original strand, 19468295 - 19468586
Alignment:
Q  25 cctcaattaaagtcactctgtttgactcacaattcacgcttaagagatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatt 124  Q
    |||||||||||||  ||||  ||| || | |||||| | ||||| ||||||| ||||| ||| ||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  19468295 cctcaattaaagtatctctacttggctgagaattcatggttaagcgatgaaaacatcataatgtttgcttccatttttcccaatttgcagctgcttgatt 19468394  T
Q  125 tgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaaga---tgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaa 221  Q
    |||     ||||    |||||| ||   ||| |||||| ||||||||||    |||| ||| ||||| || || |||||||| |   ||| || ||||||    
T  19468395 tgaactcatgcaaccacatatcgga---aggcatttgtcaagttttaaggaggtgttctaatattaggcatttaaacttagcccactgttcaagagtgaa 19468491  T
Q  222 gctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaaga 316  Q
     ||||||||| ||||||||| | ||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||   ||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  19468492 tctacttggagtgaactttgtagttcccaagctggaggtgttgaagttgtcagatacaaaggttgatgatgaaacactttatgtgatctcaaaga 19468586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 233 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 52082676 - 52082582
Alignment:
Q  233 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtggg 327  Q
    |||||||| || || ||||| |||||||||||||||||||| | ||||  ||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||| |||||    
T  52082676 tgaactttcaagtttccaaattggaggtgttgaacttgtcaaagacaaaaattgatgatgaaacattgtatgtgatctcaaagagttgttgtggg 52082582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 150 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 52092955 - 52092776
Alignment:
Q  150 cgaaggtatttgtgaagttttaagatgttgtaagattagacagttgaactt-agctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcc 248  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||  || |||||||| || || | ||  || | |||| ||||||  | |||||||| || || |    
T  52092955 cgaaggtattgttgaagttttaagatgttgtaaaattactcatttgaacttgagatcttggtc-aacattgaatctactttcaatgaactttcaagtttc 52092857  T
Q  249 caaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggct 329  Q
    |||| ||||||||||||||||| || | ||||  ||||||||||| ||| |  |||||||||||||||||| | |||||||    
T  52092856 caaattggaggtgttgaacttggcaaagacaaaaattgatgatgacacattgtatgtgatctcaaagagtttttgtgggct 52092776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 262 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 7554554 - 7554490
Alignment:
Q  262 ttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgg 326  Q
    |||||||| ||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||    
T  7554554 ttgaacttatcatatacaagtgttgatgatgaagcactctatatgatctcaaagagttgtggtgg 7554490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 64 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 9586903 - 9586641
Alignment:
Q  64 ttaagagatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtg 163  Q
    ||||||||| ||| ||||| ||| ||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||    ||||| ||  ||||||  |   ||||||||||     
T  9586903 ttaagagataaaaacatcataatgtttgcttcaattttccccaatttgcagctgcttgatctgtgccattgctgtaacatatctaaaagaggtatttgtc 9586804  T
Q  164 aagtttta---agatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggt 260  Q
    ||||||||   ||||||||| |||||||||| |||||| || || ||  |      || || ||||||| | | || |||||| | ||||| || |||||    
T  9586803 aagttttacaaagatgttgtcagattagacatttgaacatatcttgttctcct---gtaaacctacttgaaattaattttgaagtccccaagctagaggt 9586707  T
Q  261 gttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgg 326  Q
    ||||||||||||| |||||  | || |||||||||||||  |||||| ||||| || |||||||||    
T  9586706 gttgaacttgtcatatacagatgttaatgatgaaacactttatgtgacctcaatgaattgtcgtgg 9586641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 9581380 - 9581276
Alignment:
Q  19 gtaagacctcaattaaagtcactctgtttgactcacaattcacgcttaagagatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgc 118  Q
    ||||| |||||||||||||| ||   ||||  |||||||  | | ||||||||| ||| ||||| ||| ||| |||| ||||||||||||||||| ||||    
T  9581380 gtaagccctcaattaaagtctcttgatttgggtcacaatcaatgtttaagagataaaaacatcataatgtttgcttcaattttccccaatttgcagctgc 9581281  T
Q  119 ttgat 123  Q
    |||||    
T  9581280 ttgat 9581276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0295 (Bit Score: 50; Significance: 1e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0295
Description:

Target: scaffold0295; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 141 - 329
Target Start/End: Original strand, 533 - 724
Alignment:
Q  141 catatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaac 237  Q
    |||||| || |||||||||||||||||| ||||   ||||||||||  |||||| ||||| |||||     ||| || |||||| |||||| || | |||    
T  533 catatctgaagaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggctagacatttgaatttagcctactgttcaagagtgaaactacttagaataaac 632  T
Q  238 tttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggct 329  Q
    ||| || ||||  || | |||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||| || ||||||| |||| |||| |||||||    
T  633 tttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacaagtgtcgatgatgaaacactctatatgatctcgaagaattgttgtgggct 724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0041 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0041
Description:

Target: scaffold0041; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 220 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 39285 - 39182
Alignment:
Q  220 aagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagtt 319  Q
    |||||||||||| |||||||||||||       || ||||||||||||||| ||  |||||   || |||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  39285 aagctacttggattgaactttgaaat-------ctcgaggtgttgaacttgacatttacaaaggttaatgatgaaacactttatgtgatctcaaagagtt 39193  T
Q  320 gtcgtgggctt 330  Q
    || ||||||||    
T  39192 gtagtgggctt 39182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0807 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0807
Description:

Target: scaffold0807; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 156 - 321
Target Start/End: Original strand, 1388 - 1559
Alignment:
Q  156 tatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaa 252  Q
    ||||||| ||||||||||   ||||| |||||||||||| |||||||||||  |  ||| |   ||| | ||| ||| | ||||||||| | |||| ||     
T  1388 tatttgtcaagttttaaggagatgttataagattagacatttgaacttagcctggtgttcatctgtggacctatttgaaatgaactttgtagttcctaag 1487  T
Q  253 ctggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgat---gatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgt 321  Q
    || ||||||||| |||||||| |||||| | |||||   |||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  1488 ctagaggtgttggacttgtcaaatacaaatgttgatgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagaattgt 1559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 243 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 88924 - 88837
Alignment:
Q  243 aattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctt 330  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||   ||||  || || |||||| ||||| |||||||||||||||| |||| |||||||    
T  88924 aattcacaaactggaggtattgaacttgtcaagaacaatcatagacgatgaagcactccatgtgatctcaaagaggtgtcatgggctt 88837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University