View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14662_high_1 (Length: 862)

Name: NF14662_high_1
Description: NF14662
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14662_high_1
NF14662_high_1
[»] chr2 (31 HSPs)
chr2 (108-862)||(27508466-27509224)
chr2 (110-862)||(24244955-24245702)
chr2 (122-862)||(17684198-17684934)
chr2 (254-855)||(35608920-35609528)
chr2 (108-862)||(21394454-21395220)
chr2 (108-862)||(41920542-41921305)
chr2 (108-862)||(37825376-37826142)
chr2 (108-862)||(28666542-28667308)
chr2 (470-862)||(27191946-27192339)
chr2 (470-862)||(27841760-27842153)
chr2 (108-640)||(40488282-40488825)
chr2 (568-862)||(24269439-24269734)
chr2 (470-710)||(2867578-2867821)
chr2 (108-381)||(2868225-2868499)
chr2 (108-381)||(2881333-2881607)
chr2 (16-386)||(3642063-3642436)
chr2 (108-401)||(24269842-24270138)
chr2 (470-549)||(3642841-3642920)
chr2 (108-278)||(39441632-39441802)
chr2 (16-76)||(2868529-2868589)
chr2 (16-76)||(2881637-2881697)
chr2 (16-76)||(17687514-17687574)
chr2 (413-494)||(24269737-24269822)
chr2 (16-76)||(27508376-27508436)
chr2 (16-60)||(40488869-40488913)
chr2 (16-69)||(35608844-35608897)
chr2 (16-76)||(28667340-28667400)
chr2 (16-76)||(36047858-36047918)
chr2 (16-76)||(37826174-37826234)
chr2 (16-76)||(39441834-39441894)
chr2 (660-693)||(3571845-3571878)
[»] chr5 (55 HSPs)
chr5 (108-862)||(6088302-6089060)
chr5 (158-851)||(14193192-14193891)
chr5 (108-862)||(15032950-15033712)
chr5 (108-862)||(27880175-27880934)
chr5 (108-862)||(39882270-39883033)
chr5 (179-862)||(25543162-25543849)
chr5 (109-855)||(37260406-37261158)
chr5 (108-862)||(8428943-8429707)
chr5 (108-721)||(2261499-2262122)
chr5 (297-862)||(37372216-37372786)
chr5 (108-736)||(26831720-26832344)
chr5 (108-833)||(4050894-4051629)
chr5 (411-862)||(3689372-3689827)
chr5 (411-862)||(3876960-3877415)
chr5 (108-703)||(43448566-43449166)
chr5 (461-803)||(43524258-43524603)
chr5 (563-862)||(24630230-24630530)
chr5 (568-862)||(10024618-10024913)
chr5 (568-862)||(30346913-30347208)
chr5 (623-833)||(30313813-30314020)
chr5 (461-625)||(18116307-18116471)
chr5 (108-275)||(17871867-17872034)
chr5 (108-401)||(10024219-10024511)
chr5 (108-215)||(14193897-14194004)
chr5 (108-398)||(30347322-30347612)
chr5 (108-399)||(24630641-24630932)
chr5 (108-278)||(37372014-37372184)
chr5 (108-278)||(3689075-3689246)
chr5 (108-278)||(3877541-3877712)
chr5 (108-369)||(26792896-26793160)
chr5 (298-400)||(43524713-43524815)
chr5 (751-862)||(2261383-2261495)
chr5 (109-277)||(43524845-43525013)
chr5 (298-394)||(18116095-18116191)
chr5 (411-526)||(30313668-30313787)
chr5 (109-277)||(18115895-18116063)
chr5 (16-76)||(6088212-6088272)
chr5 (16-76)||(15033743-15033803)
chr5 (16-76)||(17872064-17872124)
chr5 (413-497)||(10024531-10024619)
chr5 (484-543)||(10692495-10692554)
chr5 (30-76)||(2262152-2262198)
chr5 (236-278)||(30313547-30313589)
chr5 (16-76)||(4050802-4050862)
chr5 (16-76)||(18115802-18115862)
chr5 (27-76)||(43525044-43525093)
chr5 (16-76)||(10024128-10024188)
chr5 (17-69)||(14194043-14194095)
chr5 (16-76)||(24630964-24631024)
chr5 (16-60)||(26831632-26831676)
chr5 (16-76)||(27880083-27880143)
chr5 (16-76)||(30313379-30313439)
chr5 (16-76)||(30347644-30347704)
chr5 (16-76)||(37260314-37260374)
chr5 (16-76)||(43448477-43448537)
[»] scaffold0022 (2 HSPs)
scaffold0022 (108-862)||(125312-126079)
scaffold0022 (16-72)||(125221-125277)
[»] chr1 (29 HSPs)
chr1 (108-862)||(36206304-36207065)
chr1 (110-862)||(18147775-18148538)
chr1 (108-780)||(28961158-28961842)
chr1 (108-862)||(16041114-16041875)
chr1 (310-862)||(2328462-2329019)
chr1 (108-862)||(6311364-6312122)
chr1 (108-862)||(37390514-37391277)
chr1 (108-862)||(48775704-48776465)
chr1 (470-843)||(48238865-48239240)
chr1 (108-833)||(25074251-25074987)
chr1 (108-639)||(16748262-16748798)
chr1 (568-862)||(52500224-52500519)
chr1 (16-449)||(2453541-2453976)
chr1 (108-400)||(7102059-7102348)
chr1 (16-381)||(48239649-48240013)
chr1 (108-401)||(52499820-52500113)
chr1 (108-278)||(36519024-36519194)
chr1 (16-76)||(7101965-7102025)
chr1 (16-76)||(28961067-28961127)
chr1 (16-76)||(36206213-36206273)
chr1 (801-862)||(2453484-2453545)
chr1 (16-76)||(25075019-25075079)
chr1 (16-76)||(48776490-48776550)
chr1 (240-278)||(12451018-12451056)
chr1 (16-68)||(16043359-16043411)
chr1 (16-76)||(36518935-36518995)
chr1 (16-76)||(37391308-37391368)
chr1 (16-76)||(52499728-52499788)
chr1 (659-693)||(42032105-42032139)
[»] chr7 (19 HSPs)
chr7 (108-853)||(21070440-21071188)
chr7 (108-862)||(5828924-5829682)
chr7 (108-862)||(12786348-12787112)
chr7 (297-862)||(7036001-7036570)
chr7 (459-862)||(9001514-9001918)
chr7 (568-862)||(42231639-42231934)
chr7 (108-275)||(22843626-22843793)
chr7 (108-401)||(42231241-42231534)
chr7 (108-401)||(9001966-9002255)
chr7 (108-278)||(7035792-7035964)
chr7 (108-215)||(45122377-45122485)
chr7 (16-76)||(22843534-22843594)
chr7 (16-60)||(21071232-21071276)
chr7 (16-76)||(45122516-45122576)
chr7 (16-76)||(42231151-42231211)
chr7 (16-59)||(5829713-5829756)
chr7 (659-693)||(12983007-12983041)
chr7 (659-693)||(18292589-18292623)
chr7 (659-693)||(26368005-26368039)
[»] scaffold0012 (2 HSPs)
scaffold0012 (108-862)||(97192-97953)
scaffold0012 (16-76)||(97984-98044)
[»] chr3 (49 HSPs)
chr3 (108-862)||(50409254-50410022)
chr3 (228-862)||(46912281-46912921)
chr3 (108-862)||(10109696-10110450)
chr3 (108-851)||(31898-32649)
chr3 (108-862)||(11361346-11362108)
chr3 (109-855)||(10037732-10038483)
chr3 (108-862)||(11367734-11368496)
chr3 (330-862)||(13529352-13529890)
chr3 (162-861)||(10969151-10969859)
chr3 (108-862)||(41763731-41764497)
chr3 (288-862)||(9999675-10000257)
chr3 (108-776)||(10234521-10235186)
chr3 (108-862)||(15328932-15329700)
chr3 (108-736)||(10230923-10231547)
chr3 (470-710)||(37801945-37802188)
chr3 (292-566)||(41221455-41221735)
chr3 (108-386)||(37802606-37802885)
chr3 (128-446)||(47692139-47692454)
chr3 (108-369)||(10109070-10109333)
chr3 (116-214)||(9999514-9999612)
chr3 (108-369)||(10233899-10234164)
chr3 (118-369)||(10230319-10230572)
chr3 (108-215)||(52917839-52917946)
chr3 (766-862)||(47692723-47692819)
chr3 (108-215)||(10041148-10041255)
chr3 (779-862)||(10237324-10237407)
chr3 (108-215)||(41221290-41221391)
chr3 (108-215)||(23092632-23092739)
chr3 (108-170)||(10969971-10970033)
chr3 (16-76)||(47692031-47692091)
chr3 (16-76)||(15329730-15329790)
chr3 (16-76)||(37802918-37802978)
chr3 (236-369)||(9999015-9999153)
chr3 (298-393)||(10041312-10041407)
chr3 (16-60)||(9999416-9999460)
chr3 (16-60)||(10234428-10234472)
chr3 (16-74)||(10970066-10970124)
chr3 (15-76)||(31806-31867)
chr3 (16-60)||(10109606-10109650)
chr3 (16-60)||(10230835-10230879)
chr3 (16-76)||(11361253-11361313)
chr3 (16-76)||(11367642-11367702)
chr3 (16-76)||(27273401-27273461)
chr3 (16-76)||(41221200-41221260)
chr3 (17-76)||(50409165-50409224)
chr3 (659-693)||(20777761-20777795)
chr3 (659-693)||(35685133-35685167)
chr3 (659-693)||(38356474-38356508)
chr3 (659-693)||(55368943-55368977)
[»] scaffold1424 (2 HSPs)
scaffold1424 (108-862)||(773-1531)
scaffold1424 (16-60)||(685-729)
[»] chr4 (18 HSPs)
chr4 (108-862)||(35854994-35855757)
chr4 (16-780)||(37531856-37532630)
chr4 (108-862)||(1859764-1860527)
chr4 (108-862)||(49709263-49710023)
chr4 (108-862)||(31920561-31921323)
chr4 (230-862)||(787088-787730)
chr4 (108-862)||(49787197-49787960)
chr4 (496-862)||(38517579-38517946)
chr4 (568-862)||(55559407-55559702)
chr4 (16-278)||(618279-618538)
chr4 (108-401)||(55559808-55560102)
chr4 (17-76)||(9281882-9281941)
chr4 (109-187)||(9281977-9282055)
chr4 (422-497)||(55559701-55559780)
chr4 (16-76)||(786912-786972)
chr4 (16-76)||(31920466-31920526)
chr4 (16-76)||(35854903-35854963)
chr4 (16-76)||(55560131-55560191)
[»] scaffold0017 (1 HSPs)
scaffold0017 (108-862)||(185657-186407)
[»] chr8 (21 HSPs)
chr8 (108-862)||(25218934-25219701)
chr8 (108-862)||(31978896-31979657)
chr8 (108-862)||(30306259-30307027)
chr8 (108-862)||(33861749-33862515)
chr8 (108-862)||(7820925-7821688)
chr8 (108-862)||(7780835-7781598)
chr8 (108-721)||(14713366-14713999)
chr8 (459-862)||(14767005-14767413)
chr8 (16-638)||(13424627-13425242)
chr8 (568-862)||(21114113-21114408)
chr8 (630-862)||(25209401-25209635)
chr8 (297-558)||(25209652-25209917)
chr8 (108-401)||(14764713-14765006)
chr8 (108-494)||(21114411-21114813)
chr8 (751-862)||(14714003-14714115)
chr8 (16-76)||(14713276-14713336)
chr8 (16-76)||(14764623-14764683)
chr8 (16-76)||(31979687-31979747)
chr8 (659-693)||(17886246-17886280)
chr8 (659-693)||(25089468-25089502)
chr8 (413-450)||(14765020-14765057)
[»] scaffold0262 (2 HSPs)
scaffold0262 (137-862)||(18117-18856)
scaffold0262 (16-60)||(18008-18052)
[»] scaffold0134 (2 HSPs)
scaffold0134 (135-862)||(5628-6362)
scaffold0134 (16-60)||(6410-6454)
[»] scaffold0003 (5 HSPs)
scaffold0003 (108-862)||(164617-165380)
scaffold0003 (459-862)||(182257-182661)
scaffold0003 (108-519)||(172732-173151)
scaffold0003 (16-76)||(164524-164584)
scaffold0003 (16-76)||(172639-172699)
[»] chr6 (24 HSPs)
chr6 (120-862)||(10186653-10187394)
chr6 (108-862)||(12518700-12519457)
chr6 (314-862)||(2202548-2203102)
chr6 (108-862)||(12516476-12517238)
chr6 (108-862)||(29641716-29642484)
chr6 (344-862)||(31511880-31512403)
chr6 (108-710)||(24195989-24196597)
chr6 (344-862)||(15332969-15333492)
chr6 (470-862)||(18343582-18343975)
chr6 (470-710)||(4220227-4220470)
chr6 (108-386)||(4220868-4221140)
chr6 (108-275)||(30881149-30881316)
chr6 (108-348)||(15330628-15330869)
chr6 (108-278)||(31512454-31512624)
chr6 (16-76)||(4221170-4221230)
chr6 (16-76)||(12518610-12518670)
chr6 (16-76)||(30881058-30881118)
chr6 (17-76)||(10186550-10186609)
chr6 (16-76)||(15330535-15330595)
chr6 (16-76)||(29642517-29642577)
chr6 (16-76)||(31512655-31512715)
chr6 (16-50)||(14906493-14906527)
chr6 (659-693)||(15877026-15877060)
chr6 (660-693)||(29965978-29966011)
[»] scaffold1139 (1 HSPs)
scaffold1139 (228-862)||(206-850)
[»] scaffold0073 (5 HSPs)
scaffold0073 (108-862)||(18545-19307)
scaffold0073 (297-862)||(31210-31783)
scaffold0073 (108-278)||(31003-31173)
scaffold0073 (16-76)||(23590-23650)
scaffold0073 (16-76)||(18455-18515)
[»] scaffold0029 (1 HSPs)
scaffold0029 (108-851)||(132255-132998)
[»] scaffold0888 (2 HSPs)
scaffold0888 (302-862)||(271-837)
scaffold0888 (16-76)||(889-949)
[»] scaffold0090 (1 HSPs)
scaffold0090 (108-862)||(49306-50071)
[»] scaffold0002 (3 HSPs)
scaffold0002 (297-851)||(310072-310624)
scaffold0002 (108-278)||(310656-310826)
scaffold0002 (788-862)||(321705-321779)
[»] scaffold0196 (2 HSPs)
scaffold0196 (108-647)||(23432-23977)
scaffold0196 (27-76)||(23352-23401)
[»] scaffold0550 (2 HSPs)
scaffold0550 (411-862)||(941-1397)
scaffold0550 (108-590)||(4168-4661)
[»] scaffold0025 (3 HSPs)
scaffold0025 (108-558)||(13581-14034)
scaffold0025 (560-860)||(16231-16533)
scaffold0025 (16-76)||(13488-13548)
[»] scaffold0118 (3 HSPs)
scaffold0118 (568-862)||(29003-29298)
scaffold0118 (108-398)||(29409-29700)
scaffold0118 (16-76)||(29729-29789)
[»] scaffold0107 (1 HSPs)
scaffold0107 (310-540)||(34258-34492)
[»] scaffold0499 (2 HSPs)
scaffold0499 (108-215)||(10233-10340)
scaffold0499 (16-76)||(10142-10202)
[»] scaffold1370 (2 HSPs)
scaffold1370 (108-257)||(1167-1316)
scaffold1370 (298-375)||(1075-1152)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 425; Significance: 0; HSPs: 31)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 425; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 108 - 862
Target Start/End: Original strand, 27508466 - 27509224
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  27508466 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtttgtgaatgcaaacgttaaattttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgccgatt 27508565  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn-gttccgcgtattgttatac 306  Q
    ||||||||            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||     
T  27508566 gttatttgtttttattttttacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtaaaaaaaaaagttccgcgtattgttatag 27508665  T
Q  307 ttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnnn 406  Q
     |||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| ||||| |||||||| ||||||||| ||||  |||||||||||||         
T  27508666 ctgaaaagtgcatca-ttaaaagtcaatggcaagaggatctgcttatatagaaattgcatgtcctataatgaccattacgtcttacaaagaaatt-aaaa 27508763  T
Q  407 nnnncgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcacga 502  Q
        | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  27508764 aaaacaacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttgaaaaacttcacga 27508863  T
Q  503 tacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacataga 602  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  27508864 tacacaacatttgtggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgggtagcttcaaaccttttctaaaagtaactcgagagacagcgacataga 27508963  T
Q  603 gttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaa 702  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27508964 gttgtccatgcgtgaacacgggcttaggaatataaactcccactcgagataaagattgaccctgacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaa 27509063  T
Q  703 tgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttttcctgta 801  Q
    || ||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  27509064 tggaaattgcatgttcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcagaataagattcatcctgggaatgaataccctcgtacctgccctttttcctgta 27509163  T
Q  802 attacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    | || ||||||| ||||| ||||||| |||||||| || ||| ||||||||||| ||||||    
T  27509164 actatggtagcagctatcgtgctcttccctagatgagtgactatcagcctcgtaccattac 27509224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 378; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 110 - 862
Target Start/End: Original strand, 24244955 - 24245702
Alignment:
Q  110 atagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgattgt 209  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  24244955 atagtcagtgttagatgtatacacctaatctgtgaatgcaaacgttaaattttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacaaaaatgccgattgt 24245054  T
Q  210 tatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnng---ttccgcgtattgttatac 306  Q
    |||||             |||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||             ||||||||||||||||||    
T  24245055 tattt------attttttacaaaaccattggtctaatgtaaatatcgtattttagggtaacaacgatgtaaaaaaaataaaattccgcgtattgttatac 24245148  T
Q  307 ttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnnn 406  Q
        ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||| ||| ||||| |||| ||||||| || |||||||| |||||||||||           
T  24245149 cctgaaagtgcatcaattaaaagtcaaaggcagaaggatctgcttatatagaaattgcatgccctgtaacgatcagtacgccttacaaagaaa------- 24245241  T
Q  407 nnnncgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcacga 502  Q
          |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||  |    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  24245242 -aaaaaacttccaatcaatacacaactttagttttctaaattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttgaaaaacttcacga 24245340  T
Q  503 tacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacataga 602  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24245341 tacacaacatttgtggtctccttgcaaacattattatcttcatcctagatgagcagcttcataccttttctagaagtaactcgagagacaacgacataga 24245440  T
Q  603 gttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactc-gagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtca 701  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || | ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24245441 gttgcccatgcatgaacacgggcttaggaagataaattcccactcggaaacaaagattgaccctaacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtca 24245540  T
Q  702 atgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttttcctgt 800  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| | || |||||||| |    
T  24245541 atggaaattgcatgcgcctgaatttgaagggcagtcctggatcactcggaataagattcatcctgggaatgaataccctggtacatgccttttttcctat 24245640  T
Q  801 aattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  24245641 aattacggtagcagctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctcgtaccattac 24245702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 374; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 122 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 17684934 - 17684198
Alignment:
Q  122 agatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgattgttatttgnnnnnn 221  Q
    ||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||     |||||||||||  |||||||||||||||||||          
T  17684934 agatgtatacacctaatttgtgaatgcaaacgttaaattttttacgggtgtgtataa-----gtttgggctactgaaacgccgattgttatttgttttat 17684840  T
Q  222 nnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn---gttccgcgtattgttatacttgaaaagtgca 318  Q
          |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||            ||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  17684839 t-----acaaaatcaatggtctaatgcaaatattgtattttaggttaacaacgatgtaaaaaaaaaatagtttcgcgtattgttatacctgaaaagtgca 17684745  T
Q  319 tcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnnnnnnncgacttcc 418  Q
    ||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||          |||||||    
T  17684744 tcatttaaaagtcaatggcaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtcctgtaatgaccagtacgccttacaaagaaattaaaaaaat--gacttcc 17684647  T
Q  419 aaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcacgatacacaacattt 514  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||  |    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  17684646 aaacaatgcacaactttagttttctaaattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttgaaaaacttcacgacacacaacatat 17684547  T
Q  515 ttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacatagagttgtccattca 614  Q
     |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |     
T  17684546 gtggtctccttgcaaacattattatattcatccaagatgagcagcttcaaaccttttctagaagtaactcgagagacaatgacatagagttgtccatgcg 17684447  T
Q  615 tgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatgaaaatttcat 714  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  17684446 tgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaagattgaccctgacttttatttatcgtcattgcaaaacaaaacgtcaatggaaattgcat 17684347  T
Q  715 gcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttttcctgtaattacggtagca 813  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |  |||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||    
T  17684346 gcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcagaataagattcatccaaggaatgaacaccctggtactttccctttttcatgtaattacgttagca 17684247  T
Q  814 actatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
     | ||| || |||| ||||||||||||||| | ||||||||| ||||||    
T  17684246 gcaatcgtggtcttccctagatgtgtaactgttagcctcgtaccattac 17684198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 254 - 855
Target Start/End: Original strand, 35608920 - 35609528
Alignment:
Q  254 ttgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnngttccgcgtattgttatacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaa 353  Q
    |||||||||||||||||||||||||         ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  35608920 ttgtattttagggtaacaacgatgtaagaaaaa-gtttcgcgtattgttatacctgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggaggatctgcttat 35609018  T
Q  354 atataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnnnnnnnc-gacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatgg 452  Q
    ||| ||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||            |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  35609019 atagaaattgcatgtcatgtaatgaccagtacgccttacaaagaaataaaaaaaaaaaagacttccaaacaatacacaactttagttttctaaattatag 35609118  T
Q  453 caatga-----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcacga-tacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatc 546  Q
    |||| |     |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  35609119 caataacaaattctaaaacataaccaatgatcatactttttgaaaaacttcatgaatacacaacatttgtggtctccttgcaaaagttattatcttcatc 35609218  T
Q  547 caagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccact 646  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35609219 caagatgagcagcttcaaaccttttctagaagtaactcgagagacagcaacatagagttgtccatgcgtgaacacgggcttaggaagataaactcccact 35609318  T
Q  647 cgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcac 746  Q
    ||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| || ||| ||||||||||||||||||| | ||||||    
T  35609319 cgagataaacattgaccttgacttttatttattgtcattgcaaaacaaaatgtcaatggaaattgcaagcgtctgaatttgaagggtagtcatagatcac 35609418  T
Q  747 tcggaataagattcatctt-ggaatgaataccctggtaccttccctttttcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaacttt 845  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||| |||||||| |    
T  35609419 tcggaataagattcatcttgggaatgaataccctggtacctgccctttttcttgtaattacggtagcagctatcgtgctcttccctagacgtgtaactgt 35609518  T
Q  846 cagcctcgta 855  Q
    ||||||||||    
T  35609519 cagcctcgta 35609528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 108 - 862
Target Start/End: Original strand, 21394454 - 21395220
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||| |||||    ||||||||| || |||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  21394454 taatagtcattgtcacatgcatacacgtagtcggcaaatgcaaacctttaattttctacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgccaatt 21394553  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn---gttccgcgtattgttat 304  Q
    ||||||||            ||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||  || ||||     
T  21394554 gttatttgttgttaatttttacagaacaaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtaaaaaaaaaaaggttccgcagatagttaa 21394653  T
Q  305 acttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnn 404  Q
    || |||||||||||| |||||| ||| ||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||| | |||||||||| |||| || ||||||||||       
T  21394654 acctgaaaagtgcattaattaatagtaaatggcaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtc-tataatgaccagcacgccttgcaaagaaattaaa 21394752  T
Q  405 nnnnnn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataa----ccaatgatcatattttttgaaaaac 495  Q
           ||||||||||||||||  ||||||| ||||| |||||||| ||||  |    ||||||||||||    |||||||||||| ||||||||||||    
T  21394753 aataaaacgacttccaaacaatagccaactttggttttataaattatagcaacaacaattctaaaacataattaaccaatgatcatactttttgaaaaac 21394852  T
Q  496 ttcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacg 595  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||| ||||| |||||||||||| ||    
T  21394853 ttcacgatacacaacatttgtggtctccttgcaaacattattatcttcatccaggatgagcagcttcagaccttttcttgaagttactcgagagacagcg 21394952  T
Q  596 acatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaa 695  Q
    |||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  21394953 acatagagttgtccatgcgtgaacacaggcttaggaagataaacccccactcgagataaagattgaccctgacttttatttattgtcattgcaaaacaaa 21395052  T
Q  696 gcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttt 794  Q
    ||||||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  21395053 gcgtcaatggaaattgcctgcgcttgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatcctgggaatgaatacgctggtacctgccctttt 21395152  T
Q  795 tcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  21395153 tcctgtaattacggtagcagctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctagtaccattac 21395220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 297; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 108 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 41921305 - 41920542
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||| |||||  | |||||||||||| ||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  41921305 taatagtcattgtcacatgcatacacgtagtcggtaaatgcaaacgtttaattttt-acgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgccgatt 41921207  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn----gttccgcgtattgtta 303  Q
    ||||||||            ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             ||| | || |||||||    
T  41921206 gttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtaaaaaaaaaaaaggtttcacggattgtta 41921107  T
Q  304 tacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttn 403  Q
     || |||||||||||| || ||| |||||||| |||||| ||||||||| ||| ||||| |||||| | |||||||| |||||| |||||||||||||      
T  41921106 aacctgaaaagtgcatgaactaatagtcaatgacaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtc-tataatgaccggtacgccttacaaagaaattaa 41921008  T
Q  404 nnnnnnn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttc 498  Q
            |||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||  |    |||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||    
T  41921007 aaataaaacgacttccaaacaataggcaactttagttttatatattatagcaacaacaattctaaaacataaccgatgatcatactttttaaaaaacttc 41920908  T
Q  499 acgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgaca 598  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| || |||| || |||||  ||||| |||||||||||| |||||    
T  41920907 acgatacacaacatttgtggtctccttacaaacattattatcttcatccaggatgagtagcttcagaccttttcatgaagttactcgagagacagcgaca 41920808  T
Q  599 tagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcg 698  Q
    || ||||||| || | ||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41920807 taaagttgtctatgcgtgaacacaggcttaggaagataaacccccacccgagataaagattgaccctggcttttatttattgtcattgcaaaacaaagcg 41920708  T
Q  699 tcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttttcc 797  Q
    |||||| |||||   |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||| |||||| ||||||||||    
T  41920707 tcaatggaaattgtctgcgtctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatcctgggaacgaataccctagtacctgccctttttcc 41920608  T
Q  798 -tgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
     ||||||||||||||||  |||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||||    
T  41920607 ttgtaattacggtagcagttatcgtgctcttccctagatgtataactgtcagcctagtaccattac 41920542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 108 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 37826142 - 37825376
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||| |||||  | |||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  37826142 taatagtcattgtcaaatgcatacacgtagtcggtaaatgcaaacgtttaattttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaatgccgatt 37826043  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn-------gttccgcgtattg 300  Q
    ||||||||            ||||||  |||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||                ||| | || ||||    
T  37826042 gttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtgtaatgtaaatattgtgttttggggtaacaacgatgtaaaaaaaaaaaaaaaggtttcacggattg 37825943  T
Q  301 ttatacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaat 400  Q
    ||| || | |||||||||| |||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||| ||||| |||||| | |||||||| |||||| ||||||||||||    
T  37825942 ttaaacctaaaaagtgcatgaattaatagtcaatgacaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtc-tataatgaccggtacgccttacaaagaaat 37825844  T
Q  401 ttnnnnnnnn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaac 495  Q
    |          |||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||  |    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  37825843 taaaaataaaacgacttccaaacaataggcaactttagttttatatattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttgaaaaac 37825744  T
Q  496 ttcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacg 595  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||  ||||| |||||||||||||||    
T  37825743 ttcacgatacacaacatttgtggtctccttacaaacattattatcttcatccaggatgagcagcttcagaccttttcatgaagttactcgagagacaacg 37825644  T
Q  596 acatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaa 695  Q
    ||||| ||||||| || | ||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  37825643 acataaagttgtctatgcgtgaacacaggcttaggaagataaacccccacccgagataaagattga-cctagcttttatttattgtcattgcaaaacaaa 37825545  T
Q  696 gcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttt 794  Q
    ||||||||| |||||   |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||| |||||||    
T  37825544 gcgtcaatggaaattgtctgcgtctgaatttgaagggtagtcctggatcattcggaataagattcatcctgggaatgaataccctagtacctgccctttt 37825445  T
Q  795 tcc-tgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    ||| ||||||||||||||||  |||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||||    
T  37825444 tccttgtaattacggtagcagttatcgtgctcttccctagatgtataactgtcagcctagtaccattac 37825376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 287; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 108 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 28667308 - 28666542
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||| |||||  | |||||||||||| |||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  28667308 taatagtcattgtcaaatgcatacacgtagtcggtaaatgcaaacgtttaattttttacgggtgtgtatagatatagtttgggctacagaaatgccgatt 28667209  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn-------gttccgcgtattg 300  Q
    ||||||||            ||||||  |||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||                ||| | || ||||    
T  28667208 gttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtgtaatgtaaatattgtgttttggggtaacaacgatgtaaaaaaaaaaaaaaaggtttcacggattg 28667109  T
Q  301 ttatacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaat 400  Q
    ||| || | |||||||||| |||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||| ||||| |||||| | |||||||| |||||| ||||||||||||    
T  28667108 ttaaacctaaaaagtgcatgaattaatagtcaatgacaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtc-tataatgaccggtacgccttacaaagaaat 28667010  T
Q  401 ttnnnnnnnn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaac 495  Q
    |          |||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||  |    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  28667009 taaaaataaaacgacttccaaacaataggcaactttagttttatatattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttgaaaaac 28666910  T
Q  496 ttcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacg 595  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||  ||||| |||||||||||||||    
T  28666909 ttcacgatacacaacatttgtggtctccttacaaacattattatcttcatccaggatgagcagcttcagaccttttcatgaagttactcgagagacaacg 28666810  T
Q  596 acatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaa 695  Q
    ||||| ||||||| || | ||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  28666809 acataaagttgtctatgcgtgaacacaggcttaggaagataaacccccacccgagataaagattga-cctagcttttatttattgtcattgcaaaacaaa 28666711  T
Q  696 gcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttt 794  Q
    ||||||||| |||||   |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||| |||||||    
T  28666710 gcgtcaatggaaattgtctgcgtctgaatttgaagggtagtcctggatcattcggaataagattcatcctgggaatgaataccctagtacctgccctttt 28666611  T
Q  795 tcc-tgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    ||| ||||||||||||||||  |||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||||    
T  28666610 tccttgtaattacggtagcagttatcgtgctcttccctagatgtataactgtcagcctagtaccattac 28666542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 470 - 862
Target Start/End: Original strand, 27191946 - 27192339
Alignment:
Q  470 accaatgatcatattttttgaaaaacttcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacatt 569  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  27191946 accaatgatcatactttctgaaaaacttcacgatacacaacatttgtggtctccttgcaaacattattatattcatccaagatgagcagcttcaaacctt 27192045  T
Q  570 ttctagaagtaactcgagagacaacgacatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttact 669  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  27192046 ttctagaagtaactcgagagacagcgacatagagttgtccatgcgtgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaagattgaccctaact 27192145  T
Q  670 tttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatcttg-ga 768  Q
    ||| || |||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  27192146 ttttttcattgtcattgcaaaacaaagcgtcgatggaaattgcatgcacctgaatttcaagtgtagtcctggatcactcggaataagattcatcatgtga 27192245  T
Q  769 atgaataccctggtaccttccctttttcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    ||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||  |||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  27192246 atgaataccatggtacctgccctttctcctgtaattacggtagcagttatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctcgtaccattac 27192339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 470 - 862
Target Start/End: Original strand, 27841760 - 27842153
Alignment:
Q  470 accaatgatcatattttttgaaaaacttcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacatt 569  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  27841760 accaatgatcatactttctgaaaaacttcacgatacacaacatttgtggtctccttgcaaacattattatattcatccaagatgagcagcttcaaacctt 27841859  T
Q  570 ttctagaagtaactcgagagacaacgacatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttact 669  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  27841860 ttctagaagtaactcgagagacagcgacatagagttgtccatgcgtgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaagattgaccctaact 27841959  T
Q  670 tttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatcttg-ga 768  Q
    ||| || |||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  27841960 ttttttcattgtcattgcaaaacaaagcgtcgatggaaattgcatgcacctgaatttcaagtgtagtcctggatcactcggaataagattcatcatgtga 27842059  T
Q  769 atgaataccctggtaccttccctttttcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    ||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||  |||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  27842060 atgaataccatggtacctgccctttctcctgtaattacggtagcagatatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctcgtaccattac 27842153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 108 - 640
Target Start/End: Complemental strand, 40488825 - 40488282
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||| |||||  ||||    
T  40488825 taatagtgagtgtcagatgtaaacatctattctgtgaatgcaaacgttaaattttttacgggtgtgtacaaatatagtttgggctacagaaacgttgatt 40488726  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnngttccgcgtattgttatact 307  Q
    |||||||             |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||    
T  40488725 gttatttatttttattttttacaaaaccaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtaaaaaaaaagttccgcgtattgttatact 40488626  T
Q  308 tgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnnnn 407  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||  || ||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||          
T  40488625 tgaaaagcgcatcaattaaaagtcaaaggcagaaggatctgtttatgtagaaattgcatgtcatgtaatgaccagtacgccttacaaagaaattaaaaaa 40488526  T
Q  408 nnn-------cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaact 496  Q
              | |||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||  |    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  40488525 taaaaaaaaacaactttcaatcaatacacaactttagttttctaaattatagcaacaacagttctaaaacataatcaatgatcatactttttgaaaaact 40488426  T
Q  497 tcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacga 596  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  40488425 tcacaatacacaacatttatggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgaacagcttcaaaccttttctagaagtaactcgagagacagcga 40488326  T
Q  597 catagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaact 640  Q
    |||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||| ||||    
T  40488325 catagagttgcccatgcgtgaacacgggcttaggaagattaact 40488282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 568 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 24269734 - 24269439
Alignment:
Q  568 ttttctagaagtaactcgagagacaacgacatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgaccctta 667  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| | |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  24269734 ttttctagaagtaactcgagagacagcgacatagagttgcccatgcgtgaacacatgcttaggaagataaactcccactcgagataaagattgaccctga 24269635  T
Q  668 cttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttg 766  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  24269634 cttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatggaaattatctgcgcatgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatcctag 24269535  T
Q  767 gaatgaataccctggtaccttccctttttcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    ||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  24269534 gaatgaataccttagtacctgccctttttcctgtaattacggtagcagctatcgtggtcttccctagatgtgtaactgtcagcctcgtaccattac 24269439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 170; E-Value: 9e-91
Query Start/End: Original strand, 470 - 710
Target Start/End: Complemental strand, 2867821 - 2867578
Alignment:
Q  470 accaatgatcatattttttgaaaaacttcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattat---cttcatccaagatgagcagtttcaaac 566  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||   ||||||||||||||||||| |||||||    
T  2867821 accaatgatcatactttttgaaaaacttcaggatacacaacatttatggtctacttgcaaacattattattatcttcatccaagatgagcagcttcaaac 2867722  T
Q  567 attttctagaagtaactcgagagacaacgacatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgaccctt 666  Q
     ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||      
T  2867721 cttttctagaagtaactcgagagacagcgacatagagttgtccatgcgtgaacacgggcttaggaagataaactcccacttgagataaagattgacccga 2867622  T
Q  667 acttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatgaaaatt 710  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2867621 acttttttttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatggaaatt 2867578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 128; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 108 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 2868499 - 2868225
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  2868499 taatagtaagtgtcagatgtatacacctagtctgtgaatgcaaacgttaaattttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgtcgatt 2868400  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgt-nnnnnnnnngttccgcgtattgttatac 306  Q
    ||||||||            |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||          ||| ||| || ||||||||    
T  2868399 gttatttgtttttattttttacaaaaccaatggtctaatgtaaatattgtattttggggtaacaatgatgtaaaaaaaaaagtttcgcttactgttatac 2868300  T
Q  307 ttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgacca 381  Q
     | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||| |||||||||||    
T  2868299 ctaaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtcttgtaatgacca 2868225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 128; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 108 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 2881607 - 2881333
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  2881607 taatagtaagtgtcagatgtatacacctagtctgtgaatgcaaacgttaaattttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgtcgatt 2881508  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgt-nnnnnnnnngttccgcgtattgttatac 306  Q
    ||||||||            |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||          ||| ||| || ||||||||    
T  2881507 gttatttgtttttattttttacaaaaccaatggtctaatgtaaatattgtattttggggtaacaatgatgtaaaaaaaaaagtttcgcttactgttatac 2881408  T
Q  307 ttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgacca 381  Q
     | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||| |||||||||||    
T  2881407 ctaaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtcttgtaatgacca 2881333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 16 - 386
Target Start/End: Original strand, 3642063 - 3642436
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcatnnnnnnnnnnnnnnttgtannnnnnnnnatgtaatagtc 115  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||              |||||         || ||||||      
T  3642063 caaaaatactccgacgtactgtatattattatttgttaacataatgtattttattaatcataaaaactaaaaaatttgtattttttt--atataatagaa 3642160  T
Q  116 agtgtcagatgt--atacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgattgttatt 213  Q
    ||||||||||||  ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||| ||||||| ||||| |||||||||||    
T  3642161 agtgtcagatgtgtatacacctagtttgtgaatgcaaacgttaaattttttacgggtgtgtataaatataatttcggctacagaaacgtcgattgttatt 3642260  T
Q  214 tgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgt-nnnnnnnnngttccgcgtattgttatacttgaaa 312  Q
    ||            |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||          ||| |||||| |||||||| | |||    
T  3642261 tgtttttattttttacaaaaccaatggtctaatgtaaatattgtattttggggtaacaacgatgtaaaaaaaaaagtttcgcgtactgttatacctaaaa 3642360  T
Q  313 agtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatt--tcatgtcctgtaatgaccagtacg 386  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||   |||||| ||||||||||| ||||    
T  3642361 agtgcatcaattaaaagtcaatggcaggaggatctgcttatatagaaattgcacatgtcttgtaatgaccaatacg 3642436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 88; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 108 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 24270138 - 24269842
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaatttttt-acggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgat 206  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||| |||||  | |||||||||||| |||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  24270138 taatagtcattgtcacatgcatacacgtagtcggtaaatgcaaacgtttaatttttttacgggtgtgtataaatatagtttgggttacagaaacgccgat 24270039  T
Q  207 tgttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtatttta-gggtaacaacgatgt--nnnnnnnnngttccgcgtattgtta 303  Q
    |||||||||            ||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||           ||||||||  ||||||    
T  24270038 tgttatttgttattaatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattgtattttaggggtaacaacgatgtaaaaaataacggttccgcgggttgtta 24269939  T
Q  304 tacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatt 401  Q
     || |||||||||||| |||||| ||||||||||||||  ||||||| | ||| ||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  24269938 aacctgaaaagtgcatgaattaatagtcaatggcaggaagatctgctaatataaaaattgcatgt-ctataatgaccagtacgccttacaaagaaatt 24269842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 470 - 549
Target Start/End: Original strand, 3642841 - 3642920
Alignment:
Q  470 accaatgatcatattttttgaaaaacttcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaa 549  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3642841 accaatgatcatactttttgaaaaacttcacgatacacaacatttgtggtctccttgcaaacattattatcttcatccaa 3642920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 108 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 39441802 - 39441632
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||| |||||  | |||||||| ||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  39441802 taatagtcattgtcacatgcatacacgtagtcggtaaatgcaaatgtttaattttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgtcgatt 39441703  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgt 278  Q
    ||||||||            ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  39441702 gttatttgtttttaatttttacagaataaatggtctaatgtaaatattgtattttagagtaacaacgatgt 39441632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 2868589 - 2868529
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  2868589 caaaaatactccgacatactgtatattattatttgttgacataatgtattttattaatcat 2868529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 2881697 - 2881637
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  2881697 caaaaatactccgacatactgtatattattatttgttgacataatgtattttattaatcat 2881637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 17687574 - 17687514
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||    
T  17687574 caaaaatacgccgaagtactgtatattattatttgttgatataatgtattttattaatcat 17687514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 413 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 24269822 - 24269737
Alignment:
Q  413 acttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaa 494  Q
    |||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||    |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  24269822 actttcaatcaatgcgcaactttagttttctaaattatagcaacgacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttaaaaaa 24269737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Original strand, 27508376 - 27508436
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||  |||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  27508376 caaaaatatgccgacgtattgtatattattatttgttgacataatgtattttattaatcat 27508436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #25
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 60
Target Start/End: Complemental strand, 40488913 - 40488869
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataat 60  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  40488913 caaaaatacgccgacgtactgtatattattatttgttgacataat 40488869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #26
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 16 - 69
Target Start/End: Original strand, 35608844 - 35608897
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttat 69  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| | ||||| ||||||||    
T  35608844 caaaaatacgccgacgtactgtatatcattatttgttgaaataatgtattttat 35608897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #27
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 28667400 - 28667340
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| |||||||||||| || || |||||||| ||| ||| |||||||||||||||    
T  28667400 caaaaatacgccgacgtactgtgtaataatatttgttgacaaaatgtattttattaatcat 28667340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #28
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 36047918 - 36047858
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| || ||||||||| || || |||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  36047918 caaaaatacgccaacgtactgtgtaataatatttgttgacaaaatatattttattaatcat 36047858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #29
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 37826234 - 37826174
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| |||||||||||| || || |||||||| ||| ||| |||||||||||||||    
T  37826234 caaaaatacgccgacgtactgtgtaataatatttgttgacaaaatgtattttattaatcat 37826174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #30
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 39441894 - 39441834
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| |||||||||||| || || |||||||| ||| ||| |||||||||||||||    
T  39441894 caaaaatacgccgacgtactgtgtaataatatttgttgacaaaatgtattttattaatcat 39441834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #31
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 660 - 693
Target Start/End: Complemental strand, 3571878 - 3571845
Alignment:
Q  660 gacccttacttttatttattgtcattgcaaaaca 693  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  3571878 gaccctgacttttatttattgtcattgcaaaaca 3571845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 416; Significance: 0; HSPs: 55)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 416; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 108 - 862
Target Start/End: Original strand, 6088302 - 6089060
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  6088302 taatagtcagtgttagatgtatacacctagtatgtgaatgcaaacgttaatttttttacgggtgtgtatagatatagtttgggctacagaaacaccgatt 6088401  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnngttccgcgtattgttatact 307  Q
    ||||||||            |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||         |||| ||||||||||||||     
T  6088402 gttatttgtttatatattttacaaaaccaatggtctaatgtaaacattgtattttagggtaacaatgatgtaaaaaaaaagttctgcgtattgttatacc 6088501  T
Q  308 tgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnnnn 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||          
T  6088502 tgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtcctgtaatgaccagtacgtcttacaaagaaatt-aaaaa 6088600  T
Q  408 nnncgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcacgat 503  Q
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |    ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  6088601 aaacgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatagcaacaacaattctaaaacataacaaatgatcatactttttgaaaaacttaacgat 6088700  T
Q  504 acacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacatagag 603  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  6088701 gcacaacatttgtggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcaacttcaaaccttttctagaagtaactcgagagacagcgacatagag 6088800  T
Q  604 ttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaat 703  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6088801 ttgtccatgcgtgaacacgggcttaggaatataaactcccactcgagataaaggttgaccctgacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaat 6088900  T
Q  704 gaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttttcctgtaa 802  Q
    | |||||  |||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  6088901 ggaaattgaatgcacctgaatttgaagggtagtcctagatcactcagaataagattcatcctgggaatgaataccctcgtacctgccctttttcctgtaa 6089000  T
Q  803 ttacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
     ||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||  |||| ||||| ||||||    
T  6089001 ctacagtagcaactatcgtgctcttccctagatgtgtgactggcagcttcgtaccattac 6089060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 389; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 158 - 851
Target Start/End: Complemental strand, 14193891 - 14193192
Alignment:
Q  158 attttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgattgttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgt 257  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||             ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14193891 attttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacataaacgccgattgttatttatttttattttttacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgt 14193792  T
Q  258 attttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnngttccgcgtattgttatacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatat 357  Q
    |||||||||||||||||||||         ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||     
T  14193791 attttagggtaacaacgatgtaaaaaaaa-gtttcgcgtattgttatacctgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggaggatctgcttatatag 14193693  T
Q  358 aaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnnnnnnncgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatg 457  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||           |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||     
T  14193692 aaattgcatgtcatgtaatgaccagtacgccttacaaagaaataaaaaaaaaaagacttccaaacaatacacaactttagttttctaaattatagcaata 14193593  T
Q  458 a-----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcacga-tacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaaga 551  Q
    |     ||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  14193592 acaaattctaaaacataactaacgatcatactttttgaaaaacttcacgaatacacaacatttgtggtctccttgcaaacgttattatcttcatccaaga 14193493  T
Q  552 tgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgaga 651  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  14193492 tgagcagcttcaaaccttttctagaagtaactcgagagacagcaacatagagttgttcatgcttgaacacgggcttaggaagataaactcccactcaaga 14193393  T
Q  652 taaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcgga 751  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| || ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  14193392 taaacattgaccctgacttttatttattgtcattgcaaaacaaaatgtcaatggaaattgcaagcgtctgaatttgaagggtagtcttggatcactcgga 14193293  T
Q  752 ataagattcatctt-ggaatgaataccctggtaccttccctttttcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcc 850  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||| |||||||| ||||||    
T  14193292 ataagattcatcttgggaatgaataccctggtacctgccctttttcctgtaattacggtagcagctatcgtgctcttccctagacgtgtaactgtcagcc 14193193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 374; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 108 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 15033712 - 15032950
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||||||| | ||| | |||    
T  15033712 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagcctatgaatacaaaagttaaattttttacaggtgtgtataaatatggtttgggctacagatacgacaatt 15033613  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnngt--tccgcgtattgttata 305  Q
    ||||||||            | |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |  | ||||||||||||||    
T  15033612 gttatttgtttttattttttagaaaaccaatgatctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtaaaaaaaaaatatttcgcgtattgttata 15033513  T
Q  306 cttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnn 405  Q
    | | |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||| ||| ||||| ||||||     ||||| ||||||| |||||||||||||        
T  15033512 cctaaaaagtgcatcaattaaaagtcaatgacaggaggatctacttacatagaaattgcatgtc-----atgacaagtacgccttacaaagaaattaaac 15033418  T
Q  406 nnnnn------cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaac 495  Q
               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |    |||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||    
T  15033417 aagaaaaaaaacgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatagcaacaacaattctaaaacataacctaagatcatactttttgaaaaac 15033318  T
Q  496 ttcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacg 595  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  15033317 ttcacgatacacaacatttgtggtctccttgcaaatattattatcttcatccaagatgagcaacttcaaacattttctataagtaactcgagagacagcg 15033218  T
Q  596 acatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaa 695  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15033217 acatagagttgtccatgcgtgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaagattgaccctgacttttatttattgtcattgcaaaacaaa 15033118  T
Q  696 gcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttt 794  Q
    || |||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  15033117 gcctcaatggaaattgcctgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcaaaataagattcatcctgggaatgaataccctggtacctgccctttt 15033018  T
Q  795 tcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| | ||||||||||| ||||||    
T  15033017 tcctgttattacggtagcaactatcgtgctcttccctagatgtgtaattgtcagcctcgtaccattac 15032950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 354; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 108 - 862
Target Start/End: Original strand, 27880175 - 27880934
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||| |||||  | |||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  27880175 taatagtcattgtcacatgcatacacgtagtcggtaaatgcaaacgtttaattttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacaccgatt 27880274  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnng-ttccgcgtattgttatac 306  Q
    ||||||||            ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||         | || |||| ||||||| ||    
T  27880275 gttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtatcaacgatgtaaaaaaaaaggtttcgcggattgttaaac 27880374  T
Q  307 ttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnnn 406  Q
     |||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||         
T  27880375 atgaaaagtgcatgaattaatagtcaatggcaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtc-tataatgaccagtacgccttacaaagaaattaaaaa 27880473  T
Q  407 nnnn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcacg 501  Q
         ||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||| ||||  |    |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  27880474 taaaacgacttccaaataataggcaactttagttttataaattatagcaacaacaattctaaaacataagcaatgatcatactttttgaaaaacttcacg 27880573  T
Q  502 atacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacatag 601  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||| ||||| |||||||||||| |||||||     
T  27880574 atacacaacatttgtggtctccttacaaacattattatcttcatccaggatgagcagcttcagaccttttcttgaagttactcgagagacagcgacata- 27880672  T
Q  602 agttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtca 701  Q
    |||||||||| | | ||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27880673 agttgtccatgcgtaaacacaggcttaggaagataaaaccccactcgagataaagattgacgctgacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtca 27880772  T
Q  702 atgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttttcctgt 800  Q
    ||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||| || |||||||||||||    
T  27880773 atggaaattgcatgcgcctaaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatcctgggaatgaataccctagtatctgccctttttcctgt 27880872  T
Q  801 aattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  27880873 aattacggtagcaactatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctagtaccattac 27880934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 348; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 108 - 862
Target Start/End: Original strand, 39882270 - 39883033
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||| | ||||| ||| |||||| |||||  | |||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  39882270 taatagttattgtcacatgcatacacgtagtcggtaaatgcaaacgtttaattttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgccgatt 39882369  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn----gttccgcgtattgtta 303  Q
    ||||||||            ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             |||||||| |||||||    
T  39882370 gttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtaaaaaaaaaacaggttccgcggattgtta 39882469  T
Q  304 tacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttn 403  Q
     || |||||||||||| |||||| |||||||| |||||| ||||||||| | | ||||| |||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||      
T  39882470 aacctgaaaagtgcatgaattaatagtcaatgtcaggaggatctgcttataaagaaattgcatgtc-tataatgaccagtacgccttacaaagaaattaa 39882568  T
Q  404 nnnnnnn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttc 498  Q
            |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  39882569 aaataaaacgacttccaaacaataggcaactttagttttctaaattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttgaaaaacttc 39882668  T
Q  499 acgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgaca 598  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||  |||| || |||||| ||||| |||||||||| | |||||    
T  39882669 acgatacacaacatttgtggtctccttacaaacattattattttcatccaggatgagcaacttcagaccttttcttgaagttactcgagagatagcgaca 39882768  T
Q  599 tagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcg 698  Q
    || |||||||||| | ||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39882769 taaagttgtccatgcgtgaacacaggcttatgaagataaacccccactcgagataaagattgaccctggcttttatttattgtcattgcaaaacaaagcg 39882868  T
Q  699 tcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttttcc 797  Q
    |||||| |||||   ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  39882869 tcaatggaaattgtctgcgcctgaatttgaagggtagttcttgatcactcggaataagattcatcctgggaatgaataccctggtacctgccctttttcc 39882968  T
Q  798 tgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  39882969 tgtaattacggtagcagctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctagtaccattac 39883033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 179 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 25543849 - 25543162
Alignment:
Q  179 atatagtttgggctacaaaaacgccgattgttatttgnnnnnnnnnnnn-acaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatg 277  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||             |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  25543849 atatagtttgggctacagaaacgccgattgttatttgtttttatttttttacaaaaccaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacaatg 25543750  T
Q  278 tnnnnnnnnngttccgcgtattgttatacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatg 377  Q
    |         ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||    
T  25543749 taaaaaaaa-gttccgcgtattgttatacctgaaaagtgcatcaattaaaagacaaaggcaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtcctgtaatg 25543651  T
Q  378 accagtacgctttacaaagaaatttnnnnnnnncga-cttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataacc 472  Q
    |||||||||| |||||||||||||           | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |    |||||||||||| |    
T  25543650 accagtacgccttacaaagaaattaaaaaaaaaataacttccaatcaatacgcaactttagttttctaaattatagcaacaacaattctaaaacataatc 25543551  T
Q  473 aatgatcatattttttgaaaaacttcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttc 572  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  25543550 aatgatcatactttttgaaaaacttcacgatacacaacatttgtggtctccttgcaaacattattattttcatccaagatgagcagcttcaaaccttttc 25543451  T
Q  573 tagaagtaactcgagagacaacgacatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttactttt 672  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||| | |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||    
T  25543450 tagaagtaactcgagagacagcgacatacagttgcccatgcgtgaacacgggcttagggatataaactcccactcgagataaagattgaccct--ctttt 25543353  T
Q  673 atttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatc-ttggaatg 771  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||| | | ||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  25543352 atttattgtcaccgcaaaacaaagcgtcaatggaaattgccttcgcatgaatttgaaagatagtcctggatcactcggaataagattcatcatgggaatg 25543253  T
Q  772 aataccctggtaccttccctttttcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  25543252 aataccctggtacctgccctttttcctgtagttacggtagcagctatcgtgctcttccttagatgtgtaactgtcagcctcgtaccattac 25543162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 109 - 855
Target Start/End: Original strand, 37260406 - 37261158
Alignment:
Q  109 aatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgattg 208  Q
    |||||||||||||  ||| |||||| |||||  | |||||||||||| ||||||||||   ||| | ||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  37260406 aatagtcagtgtcgtatgaatacacgtagtccgtaaatgcaaacgtttaattttttacatgtgtatataaatatagtttgggttacagaaacgccgattg 37260505  T
Q  209 ttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnng-ttccgcgtattgttatact 307  Q
    |||||||            ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         | ||||||| ||||||| ||     
T  37260506 ttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtaaaaaaaaaggttccgcgaattgttaaacg 37260605  T
Q  308 tgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnnnn 407  Q
    |||||||| ||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||          
T  37260606 tgaaaagtacatgaattaatagtcaatggcaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtc-tataatgaccagtacgccttacaaagaaattaaaaat 37260704  T
Q  408 nnn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcacga 502  Q
        ||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||| ||||  |    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  37260705 aaaacgacttccaaacaataaacaactttaattttctaaattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttgaaaaacttcacga 37260804  T
Q  503 tacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacataga 602  Q
    ||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||| ||||| |||||||||||| ||||||| |    
T  37260805 tacacaaaatttgtggtctccttacaaacattattatcttcatccatgatgagcagcttcagaccttttcttgaagttactcgagagacagcgacataaa 37260904  T
Q  603 gttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaa 702  Q
    ||||||||| | ||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  37260905 gttgtccatgcgtgaacgcaggcttaggaagataaacccccactcgagataaagattgaccctgacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcga 37261004  T
Q  703 tgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatcttg-gaatgaataccctggtaccttccctttttcctgta 801  Q
    || ||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  37261005 tggaaattgcctgcgcttgaatttgaagggtagttctgcatcactcggaataagatccatcctgagaatgaataccctggtacctgccctttttcctgta 37261104  T
Q  802 attacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgta 855  Q
     ||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| || ||||||||||    
T  37261105 gttatggtagcaactatcgtgctcttccctagatgtgtaatttccagcctcgta 37261158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 108 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 8429707 - 8428943
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||| |||||  | |||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  8429707 taatagtcattgtcacatgcatacacgtagtcggtaaatgcaaacgtttaattttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgccgatt 8429608  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnng----ttccgcgtattgtta 303  Q
    ||||||||            ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              || | || |||||||    
T  8429607 gttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtaaaaaaaaaaaagatttcacgaattgtta 8429508  T
Q  304 tacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttn 403  Q
     || |||||||||||| |||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||| ||||| |||||| | |||||||| |||||| |||||||||||||      
T  8429507 aacctgaaaagtgcatgaattaatagtcaatgacaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtc-tataatgaccggtacgccttacaaagaaattaa 8429409  T
Q  404 nnnnnnn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttc 498  Q
            |||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||  |    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  8429408 aaataaaacgacttccaaacaataggcaactttagttttatatattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttgaaaaacttc 8429309  T
Q  499 acgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgaca 598  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||| ||||| |||||||||||| |||||    
T  8429308 acgatacacaacatttgtggtctccttacaaacattattatcttcatccaggatgagcagcttcagaccttttcttgaagttactcgagagacatcgaca 8429209  T
Q  599 tagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcg 698  Q
    || ||||||| || | |||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8429208 taaagttgtctatgcgtgaacacatgcttaggaagataaacccccactcgagataaagattgaccctgtcttttatttattgtcattgcaaaacaaagcg 8429109  T
Q  699 tcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttttcc 797  Q
    |||||| ||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  8429108 tcaatggaaattgcctgcgtctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatcctgggaatgaataccctagtacctgccctttttcc 8429009  T
Q  798 -tgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
     ||||||||||||||||  |||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||||    
T  8429008 ttgtaattacggtagcagttatcgtgctcttccctagatgtataactgtcagcctagtaccattac 8428943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 302; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 108 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 2262122 - 2261499
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  2262122 taatagttagtgtcagatgtatacacctagtctgtgaatgcaaacgttaaattttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaatgccgatt 2262023  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn--------gttccgcgtatt 299  Q
    ||||||||            ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||                 ||||| ||||||    
T  2262022 gttatttgtttttattttttacaaaatcaatggtctaatataaatattatattttagggtaacaacgatgtaaaaaaaaaaaaaaaaagttccacgtatt 2261923  T
Q  300 gttatacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaa 399  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||  |  |||||| ||| ||||| |||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  2261922 gttatacctgaaaaatgcatcaattaaaagtcaatggcaggacgacatgcttatatagaaattgcatgtcttgtaatgaccaatacgccttacaaagaaa 2261823  T
Q  400 tttnnnnnnnncgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaac 495  Q
    |          ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  |    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2261822 t--aaaaaaaacgacttccaaacaatacgcaacttttgttttctaaattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttgaaaaac 2261725  T
Q  496 ttcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacg 595  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  2261724 ttcacgatacacaacattcgtggtctccttgcaaacattattatctccatccaatatgagcaacttcaaaccttttctagaagtaactcgagagacagcg 2261625  T
Q  596 acatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaa 695  Q
    ||||| |||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2261624 acataaagttgttcatacgtgaacacgggcttaggaagataaactcccacttgagataaagattgaccctgacttttatttattgtcgttgcaaaacaaa 2261525  T
Q  696 gcgtcaatgaaaatttcatgcgcctg 721  Q
    || |||||| ||||| ||||||||||    
T  2261524 gcatcaatggaaattgcatgcgcctg 2261499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 287; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 297 - 862
Target Start/End: Original strand, 37372216 - 37372786
Alignment:
Q  297 attgttatacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaag 396  Q
    ||||||| || |||||||||||| |||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||| ||||| |||||  | ||||||||| ||||| ||||||||    
T  37372216 attgttaaacctgaaaagtgcatgaattaatagtcaatgacaggaggatctgcttatatagaaattgcatgta-tataatgaccaatacgccttacaaag 37372314  T
Q  397 aaatttnnnnnnnn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaa 491  Q
    |||||          |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||  |    |||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  37372315 aaattaaaaataaaacgacttccaaacaataggcaactttagttttataaattatagcaacaacaattctaaaacataatcaatgatcatactttttgaa 37372414  T
Q  492 aaacttcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagac 591  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| || |||||| ||||| |||||||||||    
T  37372415 aaacttcacgatacacaacatttgtggtctccttacaaacattatcatcttcatccaggatgagcagcttcagaccttttcttgaagttactcgagagac 37372514  T
Q  592 aacgacatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaa 691  Q
    | ||||||| |||||||||| | |||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  37372515 agcgacataaagttgtccatgcgtgaatacaggcttaggaagataaacccccactcgagataaagattgaccctgacttttatttattgtcattgcaaaa 37372614  T
Q  692 caaagcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccc 790  Q
    ||||||||||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||| ||     
T  37372615 caaagcgtcaatggaaattgcctgcgcttgaatttgaagggtagttctggatcactcggaataagattcatcctgggaatgaataccctagtacctgcca 37372714  T
Q  791 tttttcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||| | ||||||| ||| ||||||    
T  37372715 tttttcctgtaattacggtagcagctatcgtgctcttccctagatgtgtaattgtcagcctagtaccattac 37372786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 108 - 736
Target Start/End: Original strand, 26831720 - 26832344
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26831720 taatagtgagtgtcagatgtatacatctagtctgtcaatgcaaacgttaaattttttatgggtgtatataaatatagtttgggctacagaaacgccgatt 26831819  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnngttccgcgtattgttatact 307  Q
    ||||||||            ||||||||||||||||||  |||||||||||||          ||||||||         |||||||||||||||||||     
T  26831820 gttatttgtttttattttttacaaaatcaatggtctaagttaaatattgtatt----------aacgatgtaaaaaaaaagttccgcgtattgttatacc 26831909  T
Q  308 tgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnnnn 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||| ||  ||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||          
T  26831910 tgaaaagtgcatcaattaaaagtcaaaagcaagaagatctgcttatatagaaattgcatgtcctgtaatgaccagtacaccttacaaagaaattaaaaaa 26832009  T
Q  408 nnncg--acttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcacg 501  Q
           |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||   |    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  26832010 agatataactttcaatcaatacgcaactttagttttctaaattatagcatcaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttaaaaaacttcacg 26832109  T
Q  502 atacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacatag 601  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26832110 atacacaacatttgtggtctccttgaaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaaccttttctagaagtaactcgagagacaacgacatag 26832209  T
Q  602 agttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtca 701  Q
    |||||  ||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  26832210 agttgctcatgcgtgaacacgggcttaggaagataaactgccactcgagataaagattgaccctgacttttatttattgtcattgcaaaataaaacgtca 26832309  T
Q  702 atgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagt 736  Q
    ||| |||||   ||||| |||||||||||||||||    
T  26832310 atggaaattgtctgcgcatgaatttgaagggtagt 26832344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 108 - 833
Target Start/End: Original strand, 4050894 - 4051629
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||| ||||||| ||| |||||| |||||  | |||| ||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4050894 taatagttagtgtcacatgcatacacgtagtcggtaaatgaaaacgtttaattttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgccgatt 4050993  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn--------gttccgcgtatt 299  Q
    ||||||||            ||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||                 | ||| ||  ||    
T  4050994 gttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattgtactttaggataacaacgatgtaaaaaaaaaaaaaaaaggatccacgattt 4051093  T
Q  300 gttatacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaa 399  Q
    |||| || |||||||||||| |||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||| ||||| |||||| | |||||| |||||||| |||||||||||    
T  4051094 gttaaacctgaaaagtgcatgaattaatagtcaatgacaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtc-tataatgaacagtacgccttacaaagaaa 4051192  T
Q  400 tttnnnnnnnn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaa 494  Q
    ||          |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||  |    ||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||    
T  4051193 ttaaaaataaaacgacttccaaacaataggcaactttagatttctaaattatagcaacaacaattctaaaacataacaaataatcatactttttgaaaaa 4051292  T
Q  495 cttcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaac 594  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||  |||| || |||||| ||||| |||||||||||| |    
T  4051293 cttcacgatatacaacatttctggtctccttacaaacattattatcttcatccacaatgagcaccttcagaccttttcttgaagttactcgagagacagc 4051392  T
Q  595 gacatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaa 694  Q
     ||||| ||||||||||   ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||   |||||||||||    
T  4051393 aacataaagttgtccatgtgtgaacacaggcttaggaagataaacccccactcgagataaagattgaccctgacttttatatattg---ttgcaaaacaa 4051489  T
Q  695 agcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatc-ttggaatgaataccctggtaccttcccttt 793  Q
    ||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||  ||||||    
T  4051490 agcatcaatggaaattgcatgcgcctgaatttgaagggtagtcatggatcactcggaataagattcatcatgggaatgaataccctagtaccagcccttt 4051589  T
Q  794 ttcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctag 833  Q
    ||||||||| |||||||| | ||||| ||||||| |||||    
T  4051590 ttcctgtaactacggtaggagctatcgtgctcttccctag 4051629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 411 - 862
Target Start/End: Original strand, 3689372 - 3689827
Alignment:
Q  411 cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcacgataca 506  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||   |    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3689372 cgacttccaaacaataggcaactttggttttctaaattatagcagcaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttgaaaaacttcacgataca 3689471  T
Q  507 caacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacatagagttg 606  Q
    ||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||| |||||| ||||| |||||||||||| ||||||| |||||    
T  3689472 caatatttgtggtctccttacaaacattattatcttcatccaggacgagcagcttcaaaccttttcttgaagttactcgagagacagcgacataaagttg 3689571  T
Q  607 tccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatgaa 706  Q
     |||| | |||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  3689572 cccatgcgtgaacacaagcttaggaagataaacccccactcgagataaagattgaccttgacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatgga 3689671  T
Q  707 aatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatctt-ggaatgaataccctggtaccttccctttttcctgtaatta 805  Q
    |||| | |||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  3689672 aattgcttgcg-ctgaatttgaagggtattcctgggtcactcggaataagattcatcttgggaatgaataccctggtaccttccctttttcatgtattta 3689770  T
Q  806 cggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    | |||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  3689771 cagtagcatctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctcgtaccattac 3689827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 411 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 3877415 - 3876960
Alignment:
Q  411 cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcacgataca 506  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||   |    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3877415 cgacttccaaacaataggcaactttggttttctaaattatagcagcaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttgaaaaacttcacgataca 3877316  T
Q  507 caacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacatagagttg 606  Q
    ||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||| |||||| ||||| |||||||||||| ||||||| |||||    
T  3877315 caatatttgtggtctccttacaaacattattatcttcatccaggacgagcagcttcaaaccttttcttgaagttactcgagagacagcgacataaagttg 3877216  T
Q  607 tccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatgaa 706  Q
     |||| | |||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  3877215 cccatgcgtgaacacaagcttaggaagataaacccccactcgagataaagattgaccttgacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatgga 3877116  T
Q  707 aatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatctt-ggaatgaataccctggtaccttccctttttcctgtaatta 805  Q
    |||| | |||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  3877115 aattgcttgcg-ctgaatttgaagggtattcctgggtcactcggaataagattcatcttgggaatgaataccctggtaccttccctttttcatgtattta 3877017  T
Q  806 cggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    | |||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  3877016 cagtagcatctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctcgtaccattac 3876960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 262; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 108 - 703
Target Start/End: Original strand, 43448566 - 43449166
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||| |||||  | |||||||||||| || ||||||||| ||||| ||||||||||| |||| ||| ||||| |||||    
T  43448566 taatagtcattgtcacatgcatacacgtagtcggtaaatgcaaacgtttaactttttacgggtgtgtataaatatagttcgggccacagaaacgtcgatt 43448665  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnngtt-ccgcgtattgttatac 306  Q
    ||||||||            ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         | | ||||| ||||||| ||    
T  43448666 gttatttgttgttaatttttacaaaactaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtaaaaaaaaaggtaccgcggattgttaaac 43448765  T
Q  307 ttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnnn 406  Q
     |||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||| | ||||||||||||||| ||||| |||||||         
T  43448766 ctgaaaagtgcatgaattaatagtcaatggcaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtc-tataatgaccagtacgccttacagagaaattaaaaa 43448864  T
Q  407 nnnn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcacg 501  Q
         ||||||||||||||||  ||||||| ||||| |||||||| ||||  |    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  43448865 taaaacgacttccaaacaatagacaactttggttttataaattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttgaaaaacttcacg 43448964  T
Q  502 atacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacatag 601  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||| ||||| |||||||||||| ||||||||    
T  43448965 atacacaacatttgtggtctccttgcaaacattattatcttcatccaggatgagcagcttcagaccttttcttgaagttactcgagagacagcgacatag 43449064  T
Q  602 agttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtca 701  Q
    |||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43449065 agttgtccatgcgtgaacacaggcttaggaagataaacccccactcgagataaagattgaccctgacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtca 43449164  T
Q  702 at 703  Q
    ||    
T  43449165 at 43449166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 215; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 461 - 803
Target Start/End: Complemental strand, 43524603 - 43524258
Alignment:
Q  461 taaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtt 560  Q
    |||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||| |    
T  43524603 taaaacataatcaattatcatactttttgaaaaacttcacgatacacaacatttgtggtctccttgcacatattattatcttcatccaatatgagcagct 43524504  T
Q  561 tcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaag--ataaactcccactcgagataaatat 658  Q
     ||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||  ||||||||||||||| |||||| ||    
T  43524503 acaaacctcttctagaagtaactcgagagacagcgacatagagttgtccatgcgtgaacacgggcctaggaagatataaactcccactcgggataaagat 43524404  T
Q  659 tgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagat 758  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||    
T  43524403 tgaccctgacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgttaagggaaattgcatgcgcctgaatttgaagggtagtcttggatcacttagaataagat 43524304  T
Q  759 tcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttttcctgtaat 803  Q
    |||| || |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  43524303 tcatcctaggaatgaatatcatggtaccttccctttttcctgtaat 43524258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 563 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 24630530 - 24630230
Alignment:
Q  563 aaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgac 662  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  24630530 aaacttttactagaagtaactcgagagacagcgacatagagttgcccatgcgtgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaagattgac 24630431  T
Q  663 ccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat 762  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24630430 cctgacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatggaaattatatgcgcatgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat 24630331  T
Q  763 -cttggaatgaataccctggtaccttccctttttcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcatta 861  Q
     || |||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| |||||    
T  24630330 cctgggaatgaataccttggtatctgccctttttcctgtaattacggtagcatctattgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagccttgtaccatta 24630231  T
Q  862 c 862  Q
    |    
T  24630230 c 24630230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 568 - 862
Target Start/End: Original strand, 10024618 - 10024913
Alignment:
Q  568 ttttctagaagtaactcgagagacaacgacatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgaccctta 667  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |    
T  10024618 ttttctagaagtaactcgagagacagcgacatagagttgcccatgtgtgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaagattgaacctga 10024717  T
Q  668 cttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttg 766  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  10024718 cttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatagaaattatttgcgcatgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatcctgg 10024817  T
Q  767 gaatgaataccctggtaccttccctttttcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    ||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  10024818 gaatgaataccttggtacttgccctttttcctgtaattacggtggcagctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagccttgtaccattac 10024913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 184; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 568 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 30347208 - 30346913
Alignment:
Q  568 ttttctagaagtaactcgagagacaacgacatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgaccctta 667  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  30347208 ttttctagaagtaactcgagagacagcgacatagagttgcccatgcgtgaacacgggtttaggaagataaactcccactcgagataaagattgaccctga 30347109  T
Q  668 cttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttg 766  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| || |    
T  30347108 cttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatggaaattatctgcgcatgaatttgaaggatagtcctggatcactcggaataaaattcatcctgg 30347009  T
Q  767 gaatgaataccctggtaccttccctttttcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||  ||||||| ||||||||||||||| ||| ||| ||| ||||||    
T  30347008 gaatgaataccttggtacctgccctttttcctgtaattacagtagcagctattgtgctcttccctagatgtgtaactgtcaaccttgtaccattac 30346913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 122; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 623 - 833
Target Start/End: Original strand, 30313813 - 30314020
Alignment:
Q  623 ggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatgaaaatttcatgcgcctga 722  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||| |   |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30313813 ggcttaggaagataaacccccactcgagataaagattgaccctggcttttatttattgtta---caaaacaaagcgtcaatgaaaattgcatgcgcctga 30313909  T
Q  723 atttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatcttgg-aatgaataccctggtaccttccctttttcctgtaattacggtagcaactatctt 821  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| | ||| |  | |||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  30313910 atttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatcatggaaatgaataccatagta-cagctctttttcctgtaattacggtagcagctatcgt 30314008  T
Q  822 gctctttcctag 833  Q
    |||||| |||||    
T  30314009 gctcttccctag 30314020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 461 - 625
Target Start/End: Original strand, 18116307 - 18116471
Alignment:
Q  461 taaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtt 560  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||| |    
T  18116307 taaaacataaccaatgatcatactttttgaaaaacttcacgatacacaacatttgtggtctccttgcacatattattatcttcatccaatatgagcagct 18116406  T
Q  561 tcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacatagagttgtccattcatgaacacgggc 625  Q
     ||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| | |||||| ||||    
T  18116407 acaaacctcttctagaagtaactcgagagacagcgacataaagttgtccatgcgtgaacaagggc 18116471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 100; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 108 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 17872034 - 17871867
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  17872034 taatagtcactgtcagatgtatacacctagtctgtgaatgcaaatgttaaattttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgccgatt 17871935  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacga 275  Q
    ||||||||            |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17871934 gttatttgtttttattttttacaaaaccaacggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacga 17871867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 108 - 401
Target Start/End: Original strand, 10024219 - 10024511
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||| |||||  | |||||||||||| ||||||| |  | ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  10024219 taatagtcattgtcacatgcatacacgtagtcggtaaatgcaaacgtttaatttttaaatg-tgtgtataaatatagtttgggctacaaaaacaccgatt 10024317  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttaggg-taacaacgatgtnnnnnnnnngttccgcgtattgttatac 306  Q
    ||||||||            ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||         |||| ||| ||||||| ||    
T  10024318 gttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattgtattttaggggtaacaacgatgtaaaaaaaaggttctgcggattgttaaac 10024417  T
Q  307 ttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatt 401  Q
     |||||| ||||| |||||| ||||||||||||||  ||||||||| ||| ||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10024418 ctgaaaaatgcatgaattaatagtcaatggcaggaagatctgcttatatagaaattgcatgt-ctataatgaccagtacgccttacaaagaaatt 10024511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #24
Raw Score: 88; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 108 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 14194004 - 14193897
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14194004 taatagtcggtgttagatgtatacacctagtctgtgaatgcaaacgttaaattttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 14193905  T
Q  208 gttatttg 215  Q
    ||||||||    
T  14193904 gttatttg 14193897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #25
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 108 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 30347612 - 30347322
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||| |||||  | |||||||||||| ||||||| |||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||| ||||||    
T  30347612 taatagtcattgtcacatgcatacacgtagtcggtaaatgcaaacgtttaattttt-acgggtgtgtataaatgtagtttgggctacagaaacaccgatt 30347514  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtatttta-gggtaacaacgatgt-nnnnnnnnngttccgcgtattgttata 305  Q
    ||||||||            ||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||          |||||||| ||||||| |    
T  30347513 gttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattgtattttaggggtaacaacgatgtaaaaaaaaaggttccgcggattgttaaa 30347414  T
Q  306 cttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaa 398  Q
    |||||||| ||||| |||||| |||||||||||| |  ||| ||||| ||| ||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  30347413 cttgaaaactgcatgaattaatagtcaatggcagtaagatccgcttatatagaaattgcatgt-ctataatgaccagtacgccttacaaagaa 30347322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #26
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 108 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 24630932 - 24630641
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    |||||||||  |||| ||| |||||| |||||  | |||||||||||| ||||||| |||  ||||| ||||| |||||||||||||| |||| ||||||    
T  24630932 taatagtcatcgtcacatgcatacacgtagtcggtaaatgcaaacgtttaattttt-acgagtgtgtataaatgtagtttgggctacagaaacaccgatt 24630834  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttaggg-taacaacgatgtnnnnnnnnngtt-ccgcgtattgttata 305  Q
    ||||||||            ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||         ||| ||||| ||||||| |    
T  24630833 gttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattgtattttaggggtaacaacgatgtaaaaaaaaggttaccgcggattgttaaa 24630734  T
Q  306 cttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaa 399  Q
    | |||||| ||||| |||||| ||||||||||||||  ||||||||| ||| ||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||||||||    
T  24630733 cctgaaaaatgcatgaattaatagtcaatggcaggaagatctgcttatatagaaattgcatgt-ctataatgaccagtacgccttacaaagaaa 24630641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #27
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 108 - 278
Target Start/End: Original strand, 37372014 - 37372184
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||| ||||   | |||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  37372014 taatagtcattgtcacatgcatacacgtagttggtaaatgcaaacgtttaattttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgccgatt 37372113  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgt 278  Q
    ||||||||            ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37372114 gttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgt 37372184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #28
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 108 - 278
Target Start/End: Original strand, 3689075 - 3689246
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaatttttt-acggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgat 206  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||| |||||  | |||||||||||| |||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3689075 taatagtcagtgtcacatgcatacacgtagtcggtaaatgcaaacgtttaatttttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgccgat 3689174  T
Q  207 tgttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgt 278  Q
    |||||||||            ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  3689175 tgttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacaatgt 3689246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #29
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 108 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 3877712 - 3877541
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaatttttt-acggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgat 206  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||| |||||  | |||||||||||| |||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3877712 taatagtcagtgtcacatgcatacacgtagtcggtaaatgcaaacgtttaatttttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgccgat 3877613  T
Q  207 tgttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgt 278  Q
    |||||||||            ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  3877612 tgttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacaatgt 3877541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #30
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 108 - 369
Target Start/End: Original strand, 26792896 - 26793160
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||| |||||  | |||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  26792896 taatagtcattgtcacatgcatacacgtagtcggtaaatgcaaacgtttaactttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacaccgatt 26792995  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgt---nnnnnnnnngttccgcgtattgttat 304  Q
    ||||||||            ||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||            |||| ||| |||||||     
T  26792996 gttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtgtaatgtaaatattgtattttagggtaacaatgatgtaaaaaaaaaaatgttctgcggattgttaa 26793095  T
Q  305 acttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtc 369  Q
    || |||||||||||| |||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||| ||||| ||||||    
T  26793096 acctgaaaagtgcatgaattaatagtcaatgacaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtc 26793160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #31
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 298 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 43524815 - 43524713
Alignment:
Q  298 ttgttatacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaaga 397  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  43524815 ttgttatacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaattgcaggaggatttgcttatatagaaattgcatgtcctgtaatgaccagtacgccttacaacga 43524716  T
Q  398 aat 400  Q
    |||    
T  43524715 aat 43524713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #32
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 751 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 2261495 - 2261383
Alignment:
Q  751 aataagattcatcttgg-aatgaataccctggtaccttccctttttcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagc 849  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  2261495 aataagattcatcctgggaatgaataccctggtaccagccctttttcccgtaattacggttgcaactatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagc 2261396  T
Q  850 ctcgtatcattac 862  Q
    |||||| ||||||    
T  2261395 ctcgtaccattac 2261383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #33
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 109 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 43525013 - 43524845
Alignment:
Q  109 aatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgattg 208  Q
    |||||||||||  ||||||| ||||| | ||| |||||||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| |||||| || ||    
T  43525013 aatagtcagtgcaagatgtagacacccattctgtgaatgcaaatgttagattttttacgggtgtgtataaatatagtttgtgctacacaaacgctgaatg 43524914  T
Q  209 ttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatg 277  Q
    || ||||            |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43524913 ttctttgtttttattttttacaaaatcaatgatctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatg 43524845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #34
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 298 - 394
Target Start/End: Original strand, 18116095 - 18116191
Alignment:
Q  298 ttgttatacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaa 394  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||| ||| ||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  18116095 ttgttatacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaattgcaggaggatttgcttatatagaaattgcatgtcatgtaatgaccagtacgccttacaa 18116191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #35
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 411 - 526
Target Start/End: Original strand, 30313668 - 30313787
Alignment:
Q  411 cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcacgataca 506  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||  |||  |    ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||| |    
T  30313668 cgacttccaaacaataggcaactttagatttctaaattataacaacaagaattctaaaacataacaaatgatcatactttttgaaaaacttcatgatata 30313767  T
Q  507 caacatttttggtctccttg 526  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  30313768 caacatttgtggtctccttg 30313787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #36
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 109 - 277
Target Start/End: Original strand, 18115895 - 18116063
Alignment:
Q  109 aatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgattg 208  Q
    |||||||||||  ||||||| ||||| ||||| |||||||||| |||| || |||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| |||||  || ||    
T  18115895 aatagtcagtgcaagatgtagacacccagtctgtgaatgcaaatgttagatcttttacgggtgtgtataaatatagtttgtgctacacaaacgttgaatg 18115994  T
Q  209 ttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatg 277  Q
    || ||||            |||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  18115995 ttctttgtttttattttttacaaaaccaatgatctaatgtaaataatgtattttagggtaacaacgatg 18116063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #37
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Original strand, 6088212 - 6088272
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  6088212 caaaaatacgccgacgtattgtatattattatttgttgacataatgtattttattaatcat 6088272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #38
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 15033803 - 15033743
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||    
T  15033803 caaaaatacgccgacgtactgtatattattatttgttgacataacaaattttattaatcat 15033743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #39
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 17872124 - 17872064
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||    
T  17872124 caaaaatacgcggacgtactgtatattattatttgttgacataatgtattatattaatcat 17872064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #40
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 413 - 497
Target Start/End: Original strand, 10024531 - 10024619
Alignment:
Q  413 acttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaactt 497  Q
    |||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||  |    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  10024531 actttcaatcaatgcgcaactttagttttctaaattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttaaaaaactt 10024619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #41
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 484 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 10692554 - 10692495
Alignment:
Q  484 tttttgaaaaacttcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttc 543  Q
    ||||||||| || ||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10692554 tttttgaaagacctcacgatacacaatatttatggtctccttgcaaatattattatcttc 10692495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #42
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 30 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 2262198 - 2262152
Alignment:
Q  30 cgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  2262198 cgtactgtatattattatttgttgacataatgtattttattaatcat 2262152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #43
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 236 - 278
Target Start/End: Original strand, 30313547 - 30313589
Alignment:
Q  236 aatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgt 278  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  30313547 aatggtctaatgtaaatattgtattttaggataacaacgatgt 30313589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #44
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Original strand, 4050802 - 4050862
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| || |||||||| ||| ||| |||||||||||||||    
T  4050802 caaaaatacgccgacgtactgtataataatatttgttgacaaaatgtattttattaatcat 4050862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #45
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Original strand, 18115802 - 18115862
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| || |||||||    
T  18115802 caaaaatatgccgacgtactgtatattattatttgttgacataatgtattatactaatcat 18115862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #46
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 27 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 43525093 - 43525044
Alignment:
Q  27 cgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||    
T  43525093 cgacgtactctatattattatttgttgacataatgtattatattaatcat 43525044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #47
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Original strand, 10024128 - 10024188
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| |||||||||||| || || |||||||| ||| ||| |||||||||||||||    
T  10024128 caaaaatacgccgacgtactgtgtaataatatttgttgacaaaatgtattttattaatcat 10024188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #48
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 17 - 69
Target Start/End: Complemental strand, 14194095 - 14194043
Alignment:
Q  17 aaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttat 69  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||||| | ||||| ||||||||    
T  14194095 aaaaatacgccgacgtactgtatatcattatttgttgaaataatgtattttat 14194043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #49
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 24631024 - 24630964
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| |||||||||||| || || |||||||| ||| ||| |||||||||||||||    
T  24631024 caaaaatacgccgacgtactgtgtaataatatttgttgacaaaatgtattttattaatcat 24630964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #50
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 60
Target Start/End: Original strand, 26831632 - 26831676
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataat 60  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  26831632 caaaaatacgccgacgtactgtatattataatttgttgacataat 26831676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #51
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Original strand, 27880083 - 27880143
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| |||||||||||| || || |||||||| | | |||||||||||||||||||    
T  27880083 caaaaatacgccgacgtactgtgtaataatatttgttgataaaatatattttattaatcat 27880143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #52
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Original strand, 30313379 - 30313439
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| |||| |||||||||| || |||||||| ||| ||| |||||||||||||||    
T  30313379 caaaaatacgccgatgtactgtataataatatttgttgacaaaatgtattttattaatcat 30313439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #53
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 30347704 - 30347644
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| |||||||||||| || || |||||||| ||| ||| |||||||||||||||    
T  30347704 caaaaatacgccgacgtactgtgtaataatatttgttgacaaaatgtattttattaatcat 30347644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #54
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Original strand, 37260314 - 37260374
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||  ||||||||||||||| || |||||||| ||| ||| |||||||||||||||    
T  37260314 caaaaatatgccgacgtactgtataataatatttgttgacaaaatgtattttattaatcat 37260374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #55
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Original strand, 43448477 - 43448537
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    |||||||||||||||||||||| || || |||||||| ||| ||  |||||||||||||||    
T  43448477 caaaaatacaccgacgtactgtgtaataatatttgttgacaaaacgtattttattaatcat 43448537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0022 (Bit Score: 415; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0022
Description:

Target: scaffold0022; HSP #1
Raw Score: 415; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 108 - 862
Target Start/End: Original strand, 125312 - 126079
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  125312 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctgtgaatgcaaacgttaaattttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgccgatt 125411  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnngttccgcgtattgttatact 307  Q
    ||||||||            |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||| |     
T  125412 gttatttgtttttattttttacaaaaccaatggtctaatgtaagtattgtattttagggtaacaacgatgtaaaaaaaaagttccgcgtattgttattca 125511  T
Q  308 tgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnnnn 407  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |  |||| | ||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||           
T  125512 tgaaaagtgtatcaattaaaagtcaatagatggaggacctgcttatatagaaattgcatgtcctgtaatgaccattacactttacaaagaaataaaaaaa 125611  T
Q  408 nnn--------cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaac 495  Q
               |||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||  |    |||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  125612 taaaaaaaaaacgacttccgaacaacacgcaactttggttttctaaattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatacttattgaaaaac 125711  T
Q  496 ttcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacg 595  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||| |||||     
T  125712 ttcacgatacacaacatttgtggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagcttcaaaccttttctagaagtaaatcgagaaacaaca 125811  T
Q  596 acatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaa 695  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  125812 acatagagttgtccatgcgtgaacacgggcttaggaagataaactcccactcaagataaagattgaccctgacttttatttattgtcattgcaaaacaaa 125911  T
Q  696 gcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttt 794  Q
    |||| |||||||||| | ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||  |||||||    
T  125912 gcgttaatgaaaattgcttgcgcttgaatttgaaaggtagtcctggatcactcgaaataagattcatcctgggaatgaataccctggtaccaaccctttt 126011  T
Q  795 tcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  126012 tcccgtaattacggtagcaactatcgtgctctttcctagatgtgtaactgtcagcctcgtaccattac 126079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0022; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 16 - 72
Target Start/End: Original strand, 125221 - 125277
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaa 72  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  125221 caaaaatacgccgacgtactgtatattattatttgttgacataatgtattttattaa 125277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 404; Significance: 0; HSPs: 29)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 404; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 108 - 862
Target Start/End: Original strand, 36206304 - 36207065
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36206304 taatagtaagtgtcagatgtatacacctagtctgtgaatgcaaatgttaaattttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 36206403  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn-gttccgcgtattgttatac 306  Q
    ||||||||            ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||          |||| || ||||||||||     
T  36206404 gttatttgtttttattttttacaaaatcaatagtctaatgtgaatattgtattttagggtaacaacgatgtaaaaaaaaaagttctgcatattgttatat 36206503  T
Q  307 ttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnnn 406  Q
     |||||||||||||||||||||||||| | || ||| ||||||||| ||| ||||| |||| | ||||||||||||||||| ||||| |||||||         
T  36206504 ctgaaaagtgcatcaattaaaagtcaacgacaagaggatctgcttatatagaaattgcatgccatgtaatgaccagtacgccttacacagaaattaaaaa 36206603  T
Q  407 nnnn--cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcac 500  Q
          ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||  |    | |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  36206604 aaaaaacgacttccaaacaatacacaactttagttttctaaattatagcaacaacaattttaaaacataaccaatgatcatactttttaaaaaacttcac 36206703  T
Q  501 gatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacata 600  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  36206704 gatacacaacatttgtggtctccttgcaaacattatgatcttcatccaagatgagcagcttcaaaccttttctagaagtaactcgagagacagcgacata 36206803  T
Q  601 gagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtc 700  Q
    ||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  36206804 gagttgtccatgcgtgatcacgggcttaggaagataaa-tctcactcgagataaagattgaccctaacttttatttattgtcgttgcaaaacaaagcgtc 36206902  T
Q  701 aatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttttcctg 799  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  36206903 aatgaaaattgcatgcacctgaatttgaagggtagtcctggatcattcgcaataagattcatactgggaatgaataccctggtacctgcccttttttctg 36207002  T
Q  800 taattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||  |||||||||| ||||||    
T  36207003 taattacggtagcagctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgccagcctcgtaccattac 36207065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 110 - 862
Target Start/End: Original strand, 18147775 - 18148538
Alignment:
Q  110 atagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgattgt 209  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  18147775 atagtgagtgtcagatgtatacatctagtctctgaatgcaaacgtttaattttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaatgccgattgt 18147874  T
Q  210 tatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn-gttccgcgtattgttatactt 308  Q
    |||||             |||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||          ||||||||||||||||||| |    
T  18147875 tattt-attttattttttacaaaaccaatggtctaagttaaatattgtattttagggtaacaatgatgtaaaaaaaaaagttccgcgtattgttatacct 18147973  T
Q  309 gaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnnnnn 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||| ||  ||||||||| | | ||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||           
T  18147974 gaaaagtgcatcaattaaaagtcaaaagcaagaagatctgcttatacagaaattgcatgtcatgtaatgaccagtacgccttacaaagaaattaaaaaaa 18148073  T
Q  409 nncga------cttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggc---aatgat-ctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttc 498  Q
        |      ||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||   ||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||     
T  18148074 aaaaaaaaaaactgtcaatcaatacgcaactttagttttctaaattatagcgacaataatactaaaacataaccaatgatcatactttttaaaaaacttg 18148173  T
Q  499 acgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgaca 598  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  18148174 acgatacacaacatttgtggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagcttcaaaccttttatagaagtaactcgagagacaacgaca 18148273  T
Q  599 tagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcg 698  Q
    ||||||||  | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18148274 tagagttgctcgtgcgtgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaagattgacactgacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcg 18148373  T
Q  699 tcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatctt-ggaatgaataccctggtaccttccctttttcc 797  Q
    |||||| |||||   ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  18148374 tcaatggaaattgtctgcgcatgaatttgaagggtagtcctggatcattcggaataagattcatcttgggaatgaataccttggtacctgccctttttcc 18148473  T
Q  798 tgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    |||||||||||||||| ||||| || |||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  18148474 tgtaattacggtagcagctatcatgatcttccctagatgtgtaactgtcagcctcgtaccattac 18148538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 108 - 780
Target Start/End: Original strand, 28961158 - 28961842
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  28961158 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctgtgaatgcaaacgttaaattttttacgggtgtgtataaatatagtttggactacataaacgccgatt 28961257  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn-gttccgcgtattgttatac 306  Q
    ||||||||            |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||    
T  28961258 gttatttgtttttattttttacaaaaccaatggtctaatgtaaatattatattttagggtaacaacgatgtaaaaaaaaaagttccgcgtattgttatac 28961357  T
Q  307 ttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnnn 406  Q
     |||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||        
T  28961358 ctgaaaaatgcatcaattaaaagtcaatggcaggaggacctgcttatatagaaattgcatgtcctgtaatgaccagtacgtcttacaaagaaatttaaaa 28961457  T
Q  407 nnnnc----gacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatat----tttttgaaaaa 494  Q
             |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  |    |||||||||||||||||| ||||||    |||||||||||    
T  28961458 aaaaaaaatgacttccaaacaatacgcaacttttgttttctaaattatagcaacaacaactctaaaacataaccaatggtcatatatactttttgaaaaa 28961557  T
Q  495 cttcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaac 594  Q
    |||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  28961558 cttcaccatacacaacattcgtggtctccttgcaaacattattatcttcattcaagatgagcagcttcaaactttttctagaagtaactcgagagacagc 28961657  T
Q  595 gacatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaa 694  Q
    |||||||||||  |||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  28961658 gacatagagtt--ccatgcgtgaacacgggcttaggaagataaacttccactcgagataaagattgaccctgacttttatttattgtcattgcaaaacaa 28961755  T
Q  695 agcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatcttg-gaatgaataccctg 780  Q
    || ||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  28961756 agtgtcaatggaaattgcatgcgtctgaatttgaagggtagtcctggatcatgcggaataagattcatcctgagaatgaataccctg 28961842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 348; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 108 - 862
Target Start/End: Original strand, 16041114 - 16041875
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||| ||||| ||| || ||| |||||  | |||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  16041114 taatagtcattgtcacatgcattcacgtagtcggtaaatgcaaacgtttaattttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgccgatt 16041213  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn--gttccgcgtattgttata 305  Q
    ||||||||            ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||           |||| ||| ||||||| |    
T  16041214 gttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaataacgatgtaaaaaaaaaaggttcggcggattgttaaa 16041313  T
Q  306 cttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnn 405  Q
    | |||||||||||| |||||| |||||||| |||||| ||||||||| | | ||||| |||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||        
T  16041314 cctgaaaagtgcatgaattaatagtcaatgccaggaggatctgcttataaagaaattgcatgtc-tataatgaccagtacgccttacaaagaaattaaaa 16041412  T
Q  406 nnnnn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcac 500  Q
          |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||  |    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  16041413 ataaaacgacttccaaacaataggcaactttagttttctaaattatatcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttgaaaaacttcac 16041512  T
Q  501 gatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacata 600  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| || |||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  16041513 gatacacaacatttgtggtctccttacaaacattattatcttcatccaggatgagcaacttcagaccttttcttgaagttactcgagagacaacgacata 16041612  T
Q  601 gagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtc 700  Q
     |||||||||| | ||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16041613 aagttgtccatgcgtgaacacaggcttatgaagataaacccccactcgagataaagattgaccatggcttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtc 16041712  T
Q  701 aatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttttcctg 799  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  16041713 aatggaaattgcatgcgcctgaatttgaagagtagtcctggatcactcggaataagattcatccagggaatgaataccctggtacctgccatttttcctg 16041812  T
Q  800 taattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||| |||| |||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  16041813 taattacggtagcagctatcgtgctcttccctaaatgtgtaactgtcagcctagtaccattac 16041875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 310 - 862
Target Start/End: Original strand, 2328462 - 2329019
Alignment:
Q  310 aaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnnnnnn 409  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||            
T  2328462 aaaagtgcaccagttaaaagtcaatggcaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtcctctaatgaccagtacgccttacaaaaaaattaaaaaaaa 2328561  T
Q  410 n--cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcacgat 503  Q
       |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||    
T  2328562 aaacgactttcaaacaatatgcaactttagttttctaaattatagcaacaacaattctaaaa-ataaccaatgatcatactttttgaaaaagttcacaat 2328660  T
Q  504 acacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacatagag 603  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2328661 acacaacatttgtggtctccttgcaaacattattatctttatccaagatgagcaacttcaaaccttttctagaagtaactcgagagacagcgacatagag 2328760  T
Q  604 ttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaat 703  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2328761 ttgtccatgcgtgaacacgggcttaggaagataaa-tcccactcgaggtaaagattgaccctgacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaat 2328859  T
Q  704 gaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttttcctgtaa 802  Q
    | |||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2328860 ggaaattgtttgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatccttggaatgaataccctggtaccttccctttttcctgtaa 2328959  T
Q  803 ttacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    ||| ||||||| ||||| ||||||| |||| |||||||||  ||||||||||| ||||||    
T  2328960 ttatggtagcagctatcgtgctcttccctatatgtgtaacggtcagcctcgtaccattac 2329019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 317; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 108 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 6312122 - 6311364
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||| ||||| ||| | |||| |||||  | |||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  6312122 taatagtcattgtcacatgcacacacgtagtcggtaaatgcaaacgtttaattttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgccgatt 6312023  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn--gttccgcgtattgttata 305  Q
    |||||| |            ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||           ||| |  | ||||||| |    
T  6312022 gttattagtttttaatttttacaaaataaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaatgatgtaaaaaaaaaaggtttcatggattgttaaa 6311923  T
Q  306 cttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnn 405  Q
    | |||||||||||| |||||| |||||||| |||||| |||| |||| ||| ||||| |||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||        
T  6311922 cctgaaaagtgcatgaattaatagtcaatgacaggaggatctacttatatagaaattgcatgtc-tataatgaccagtacgccttacaaagaaattaaaa 6311824  T
Q  406 nnnnn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcac 500  Q
          |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||  |    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  6311823 ataaaacgacttccaaacaataggcaactttagttttataaattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttgaaaaacttcac 6311724  T
Q  501 gatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacata 600  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||| || |||||| ||||| |||||||||||| || ||||    
T  6311723 gatacacaacatttgtggtctccttacaaacattattatattcatccaggatgagcagcttcagaccttttcttgaagttactcgagagacagcggcata 6311624  T
Q  601 gagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtc 700  Q
     |||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6311623 aagttgtccatgcgtgaacacgggcttaggaagat-aacccccactcgagataaagattgaccctgacttttatttattttcattgcaaaacaaagcgtc 6311525  T
Q  701 aatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttttcctg 799  Q
    |||| ||||| | |  ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||| ||||||||| ||    
T  6311524 aatggaaattgcct--gcctggattttaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatcctgggaatgaataccctagtacctgccctttttcatg 6311427  T
Q  800 taattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||| ||| ||| ||||||    
T  6311426 taattacggtagcagctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcaacctagtaccattac 6311364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 312; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 108 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 37391277 - 37390514
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||| |||||  | |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  37391277 taatagtcattgtcacatgcatacacgtagtcggtaaatgcaaacgtttaattttttacggatgtgtataaatatagttttggctacagaaacgccgatt 37391178  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn----gttccgcgtattgtta 303  Q
    ||||||||            ||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             ||| | || |||||||    
T  37391177 gttatttgtttttaatttttacaaaacaaatagtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtaaaatacaaaaaggtttcacggattgtta 37391078  T
Q  304 tacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttn 403  Q
     || |||||||||||| |||||| ||| |||| || ||  || |||||| ||| ||||| |||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||      
T  37391077 aacctgaaaagtgcatgaattaatagttaatgacatgaagatatgcttatatagaaattgcatgtc-tataatgaccagtacgccttacaaagaaattaa 37390979  T
Q  404 nnnnnnn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttc 498  Q
            ||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||| ||||  |    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  37390978 aaataaaacgacttccaaacaatagacaactttagttttataaattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttgaaaaacttc 37390879  T
Q  499 acgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgaca 598  Q
    |||||||| ||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||| ||||| |||||||||||| | |||    
T  37390878 acgatacaaaacatttgtggtcttcttacaaacattattatcttcatccaggatgagcagcttcagaccttttcttgaagttactcgagagacagctaca 37390779  T
Q  599 tagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcg 698  Q
    || |||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37390778 taaagttgtccatgcgtgaacacaggcttaggaagataaacccccactcgagataaagattgaccctggcttttatttattgtcattgcaaaacaaagcg 37390679  T
Q  699 tcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttttcc 797  Q
    |||||| ||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||| ||||||||      
T  37390678 tcaatggaaattgcctgtgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatcctgggaatgaataccctagtacctgccctttttat 37390579  T
Q  798 tgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||| ||| |||| || ||| ||||||    
T  37390578 tgtaattacggtagcagctatcgtgctcttccctagatgtgtgactgtcagtctagtaccattac 37390514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 108 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 48776465 - 48775704
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    |||||||| |||||| ||| |||||| |||||  | ||||||| |||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||| | ||||    
T  48776465 taatagtcggtgtcacatgcatacacgtagtcggtaaatgcaagcgtttaattttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacac-gatt 48776367  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn---gttccgcgtattgttat 304  Q
    ||||||||            ||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||            ||| |||| |||||||     
T  48776366 gttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattgtatattaggttaacaatgatgtaaaaaaaaaaaggtttcgcggattgttaa 48776267  T
Q  305 acttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnn 404  Q
    || |||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| ||||||||| ||| ||||| |||||| | |||||||| |||||| |||||||||||||       
T  48776266 acctgaaaagtgcatgaattaataatcaatggcaagaggatctgcttatatagaaattgcatgtc-tataatgacctgtacgccttacaaagaaattaaa 48776168  T
Q  405 nnnnnn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttca 499  Q
           |||||||||||||||| ||| |||||||||| || ||||| ||||  |    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  48776167 aataaaacgacttccaaacaataggcagctttagttttatatattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgttcatactttttgaaaaacttca 48776068  T
Q  500 cgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacat 599  Q
     |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| || ||||||  |||| |||||||||| |  |||||    
T  48776067 tgatacacaacatttgtggtctccttacaaacattattatcttcatccaggatgagcaacttcagaccttttcttcaagttactcgagagatagtgacat 48775968  T
Q  600 agagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgt 699  Q
    | ||||||||||   ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48775967 aaagttgtccatgtgtgaacacaggcttaggaagataaacccccactcgagataaagattgactctcgcttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgt 48775868  T
Q  700 caatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatctt-ggaatgaataccctggtaccttccctttttcct 798  Q
    ||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48775867 caatggaaattgcctgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatcttgggaatgaataccctggtaccttccctttttcct 48775768  T
Q  799 gtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    |||||||   |||||  |||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  48775767 gtaattataatagcagttatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctcgtaccattac 48775704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 470 - 843
Target Start/End: Complemental strand, 48239240 - 48238865
Alignment:
Q  470 accaatgatcatattttttgaaaaacttcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacatt 569  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  48239240 accaatgatcatactttttgaaaaacttcacgatacacaacatttgtggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagcttcaaacctt 48239141  T
Q  570 ttctagaagtaactcgagagacaacgacatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttac- 668  Q
    |||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||     
T  48239140 ttctagaagtaattcgagatacatcgacatagagttgtccatgcgtgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaagattgaccctaact 48239041  T
Q  669 ttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatcttg-g 767  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  48239040 ttttttttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatcgaaattgcatgcacctgaatttcaagtgtagtcctggatcactcggaataagattcatcttgtg 48238941  T
Q  768 aatgaataccctggtaccttccctttttcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaact 843  Q
    ||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  48238940 aatgaataccctggtacctgccatttctcctgtaattacggtagcaactatcgtgctcttccctagatgtgtaact 48238865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 108 - 833
Target Start/End: Complemental strand, 25074987 - 25074251
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||| ||||||| ||| |||||| |||||  | |||| ||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  25074987 taatagttagtgtcacatgcatacacgtagtcggtaaatgaaaacgtttaattttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgccgatt 25074888  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn---------gttccgcgtat 298  Q
    ||||||||            ||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||                  | ||| ||  |    
T  25074887 gttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattgtactttaggataacaacgatgtaaaaaaaaaaaaaaaaaggatccacgatt 25074788  T
Q  299 tgttatacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaa 398  Q
    ||||| || |||||||||||| |||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||| ||||| |||||| | |||||| |||||||| ||||||||||    
T  25074787 tgttaaacctgaaaagtgcatgaattaatagtcaatgacaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtc-tataatgaacagtacgccttacaaagaa 25074689  T
Q  399 atttnnnnnnnn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaa 493  Q
    |||          |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||  |    ||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||    
T  25074688 attaaaaataaaacgacttccaaacaataggcaactttagatttctaaattatagcaacaacaattctaaaacataacaaataatcatactttttgaaaa 25074589  T
Q  494 acttcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaa 593  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||  |||| || |||||| ||||| ||||||||||||     
T  25074588 acttcacgatatacaacatttctggtctccttacaaacattattatcttcatccacaatgagcaccttcagaccttttcttgaagttactcgagagacag 25074489  T
Q  594 cgacatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaaca 693  Q
    | ||||| ||||||||||   ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||   ||||||||||    
T  25074488 caacataaagttgtccatgtgtgaacacaggcttaggaagataaacccccactcgagataaagattgaccctgacttttatatattg---ttgcaaaaca 25074392  T
Q  694 aagcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatc-ttggaatgaataccctggtaccttccctt 792  Q
    |||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||  |||||    
T  25074391 aagcatcaatggaaattgcatgcgcctgaatttgaagggtagtcatggatcactcggaataagattcatcatgggaatgaataccctagtaccagccctt 25074292  T
Q  793 tttcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctag 833  Q
    |||||||||| |||||||| | ||||| ||||||| |||||    
T  25074291 tttcctgtaactacggtaggagctatcgtgctcttccctag 25074251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 210; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 108 - 639
Target Start/End: Complemental strand, 16748798 - 16748262
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||  |||||  | |||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  16748798 taatagtcattgtcacatgcatacatgtagtcggtaaatgcaaacgtttaattttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgccgatt 16748699  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnng-ttccgcgtattgttatac 306  Q
    ||| ||||            ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         | ||||||| ||||||| ||    
T  16748698 gttgtttgttcttaatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtaaaaaaaaaggttccgcggattgttaaac 16748599  T
Q  307 ttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnnn 406  Q
     | |||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||| | ||||||||||||  | |||||||||||||         
T  16748598 ctaaaaagtgcatgaattaatagtcaatggcaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtc-tataatgaccagtataccttacaaagaaattaaaaa 16748500  T
Q  407 nnnn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcacg 501  Q
         |||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||  |    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  16748499 taaaacgacttccaaacaataggcaactttggttttataaattatagcaacaacaattctaaaacataaccaaggatcatactttttgaaaaacttcacg 16748400  T
Q  502 atacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacatag 601  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||| ||||| |||||||||||| ||||||||    
T  16748399 atacacaacatttgcggtctccttgcaaacattattatcttcatccaggatgagcagcttcagaccttttcttgaagttactcgagagacagcgacatag 16748300  T
Q  602 agttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaac 639  Q
    |||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||    
T  16748299 agttgtccatgcgtgaacacaggcttaggaagataaac 16748262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 568 - 862
Target Start/End: Original strand, 52500224 - 52500519
Alignment:
Q  568 ttttctagaagtaactcgagagacaacgacatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgaccctta 667  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  52500224 ttttctagaagtaactcgagagacagcgacatagagttgcccatgcgtgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaagattgaccctga 52500323  T
Q  668 cttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttg 766  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  52500324 cttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatggaaattatatgcgcatgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatcctgg 52500423  T
Q  767 gaatgaataccctggtaccttccctttttcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  52500424 gaatgaataccttggtatctgccctttttcctgtaattacggtagcatctattgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagccttgtaccattac 52500519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 130; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 16 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 2453976 - 2453541
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcatnnnnnnnnnnnnnnttgtannnnnnnnnatgtaatagtc 115  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||              |||||         || ||||||||    
T  2453976 caaaaatacgccgacgtactgtatattattatttgttgacataatgtattttattaatcataaaaactaaaaaatttgtattaattt--atataatagtc 2453879  T
Q  116 agtgtcagatgtatacac--ctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgattgttatt 213  Q
    | ||||||||||||| ||  ||||| | ||||||||||||||||| ||||||| | ||||| |||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||    
T  2453878 aatgtcagatgtatatacatctagtttgtgaatgcaaacgttaaaatttttaccggtgtgtataaatatagtttgggctaaagaaacgtcgattgttatt 2453779  T
Q  214 tgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn-gttccgcgtattgttatacttgaaa 312  Q
    ||            | |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||| ||||||||||||| |||||    
T  2453778 tgtttttattttttataaaaccaatggtttaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtaaaaaaaaaagttccacgtattgttatacctgaaa 2453679  T
Q  313 agtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcct-gtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnnnnnnnc 411  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| ||||||||  |||||||| |||||| |||||||||||||         |    
T  2453678 aatgcatcaattaaaagtcaatggcaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtcctactaatgaccggtacgccttacaaagaaattaaaaaaaaac 2453579  T
Q  412 gacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaatta 449  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  2453578 gacttccaaacaatacgcaactttagctttctaaatta 2453541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 115; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 108 - 400
Target Start/End: Original strand, 7102059 - 7102348
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||| |||||||| |  |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  7102059 taatagtcagtatcagatgtatacacctaatctgcgaatgcaaacgttaatttttttacag--gtgtataaatatagtttgggctacagaaacgccgatt 7102156  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnngttccgcgtattgttatact 307  Q
    ||||||||            |||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| || |          | ||||||||||||||||     
T  7102157 gttatttgtttttattttttacaaaaccaatgatctaatgtaaatattgtattttggggtaacaaccatataaaaaaaaaat-ccgcgtattgttatacc 7102255  T
Q  308 tgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaat 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||| ||||| ||||||  |||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  7102256 tgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcagaaggatctgcttatatagaaattacatgtctcgtaaggaccagtacgccttacaaagaaat 7102348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 16 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 48240013 - 48239649
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcatnnnnnnnnnnnnnnttgtannnnnnnnnatgtaatagtc 115  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||              |||||         || ||| |||     
T  48240013 caaaaatactccgacgtactgtatattattatttgttgacataatgtattttattaatcataaaaactaaaaaaattgtattttttt--atataacagta 48239916  T
Q  116 agtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgattgttatttg 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  48239915 agtgtcagatgtatacacctagtctgtgaatgcaaacgttaaattttttacgggtgtgtataaagatagtttgggctacagaaacgtcgattgttatttg 48239816  T
Q  216 nnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgt-nnnnnnnnngttccgcgtattgttatacttgaaaag 314  Q
                |||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||          ||| ||| || |||||||| | |||||    
T  48239815 tttttattttttacaaaaccaatggtctaatgtaaatattatattttggggtaacaaagatgtaaaaaaaaaagtttcgcatactgttatacctaaaaag 48239716  T
Q  315 tgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgacca 381  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||| ||||| |||||| |||||||||||    
T  48239715 tgcatcaattaaaagtcaatggcaggaggatatgcttatatagaaattgcatgtcttgtaatgacca 48239649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 108 - 401
Target Start/End: Original strand, 52499820 - 52500113
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    |||||||||  |||| ||| |||||| |||||  | |||||||||||| ||||||| |||  ||||| ||||| |||||||||||||| |||| ||||||    
T  52499820 taatagtcatcgtcacatgcatacacgtagtcggtaaatgcaaacgtttaattttt-acgagtgtgtataaatgtagtttgggctacagaaacaccgatt 52499918  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttaggg-taacaacgatgtnnnnnnnnng-ttccgcgtattgttata 305  Q
    ||||||||            ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||         | ||||||| ||||||| |    
T  52499919 gttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattgtattttaggggtaacaacgatgtaaaaaaaaaggttccgcggattgttaaa 52500018  T
Q  306 cttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatt 401  Q
    | |||||| ||||| |||||| ||||||||||||||  ||||||||| ||| ||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  52500019 cctgaaaaatgcatgaattaatagtcaatggcaggaagatctgcttatatagaaattgcatgt-ctataatgaccagtacgccttacaaagaaatt 52500113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 108 - 278
Target Start/End: Original strand, 36519024 - 36519194
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||| |||||  | |||||||||||| ||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  36519024 taatagtcattgtcacatgcatacacgtagtcggtaaatgcaaacgtttaattttt-acgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacaccgatt 36519122  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtatttta-gggtaacaacgatgt 278  Q
    ||||||||            ||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  36519123 gttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattgtattttaggggtaacaacgatgt 36519194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Original strand, 7101965 - 7102025
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  7101965 caaaaatacgccgacgtattgtatattattatttgttgacataatgtattttattaatcat 7102025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Original strand, 28961067 - 28961127
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  28961067 caaaaatacgctgacgtactgtatattattatttgttgacataatgtattttattaatcat 28961127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Original strand, 36206213 - 36206273
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  36206213 caaaaatactctgacgtattgtatattattatttgttaacataatgtattttattaatcat 36206273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 801 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 2453545 - 2453484
Alignment:
Q  801 aattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||| ||||||| ||||||    
T  2453545 aattacggtagcaactatcttgctcttccatagatgtgtaactgtcaacctcgtaccattac 2453484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 25075079 - 25075019
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| || |||||||| ||| ||| |||||||||||||||    
T  25075079 caaaaatacgccgacgtactgtataataatatttgttgacaaaatgtattttattaatcat 25075019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 48776550 - 48776490
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| || |||||||| ||| ||| |||||||||||||||    
T  48776550 caaaaatacgccgacgtactgtataataatatttgttgacaaaatgtattttattaatcat 48776490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 240 - 278
Target Start/End: Original strand, 12451018 - 12451056
Alignment:
Q  240 gtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgt 278  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12451018 gtctaatataaatattgtattttagggtaacaacgatgt 12451056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 68
Target Start/End: Original strand, 16043359 - 16043411
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatatttta 68  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||| | ||||||    
T  16043359 caaaaatacgccgacgtattgtatattattatttgttgacataacaaatttta 16043411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Original strand, 36518935 - 36518995
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| |||||||||||| || || |||||||| ||| ||| |||||||||||||||    
T  36518935 caaaaatacgccgacgtactgtgtaataatatttgttgacaaaatgtattttattaatcat 36518995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #27
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 37391368 - 37391308
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| |||||||||||| || || |||||||| ||| ||| |||||||||||||||    
T  37391368 caaaaatacgccgacgtactgtgtaataatatttgttgacaaaatgtattttattaatcat 37391308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #28
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Original strand, 52499728 - 52499788
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| |||||||||||| || || |||||||| ||| ||| |||||||||||||||    
T  52499728 caaaaatacgccgacgtactgtgtaataatatttgttgacaaaatgtattttattaatcat 52499788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #29
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 659 - 693
Target Start/End: Original strand, 42032105 - 42032139
Alignment:
Q  659 tgacccttacttttatttattgtcattgcaaaaca 693  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  42032105 tgaccctgacttttatttattgtcattgcaaaaca 42032139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 402; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 402; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 108 - 853
Target Start/End: Complemental strand, 21071188 - 21070440
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||| ||||| |||| |||||||||||| | ||||| |||| | |||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  21071188 taatagtgagtgttagatttatacacctagtatgtgaatacaaaagataaaatttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgccgatt 21071089  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnngttccgcgtattgttatact 307  Q
    ||||||||            |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||         |||||||||||||||||||     
T  21071088 gttatttgtttttattttttacaaaaccaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaatgatgtaaaaaaaa-gttccgcgtattgttatacc 21070990  T
Q  308 tgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnnnn 407  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||          
T  21070989 tgaaaagtgcatcagttaaaagtcaaaggcaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtcctgtaatgaccaatacgccttacaaagaaattaaaaaa 21070890  T
Q  408 nnncgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcacgat 503  Q
         |||| ||| |||||| ||||| |||||||||||||||| ||||  |    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  21070889 aaaa-actttcaatcaatacacaactctagttttctaaattatagcaacaacgattctaaaacataactaatgatcatactttttgaaaaacttcacgat 21070791  T
Q  504 acacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacatagag 603  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  21070790 gcacaacatttgtggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagcttcaaaccttttctagaagtaactcgagagacagcgacatagag 21070691  T
Q  604 ttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaat 703  Q
    ||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  21070690 ttgcccatgcgtgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaagattgaccctgacttttatttattgtcattgcaaaataaagcgacaat 21070591  T
Q  704 gaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttttcctgtaa 802  Q
    | |||||   ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||    
T  21070590 ggaaattgtttgcgcctgaatttgaagggtagtcctgaatcactcggaataagattcatccttggaatgaataccctggtagctgccctttttcatgtaa 21070491  T
Q  803 ttacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcg 853  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  21070490 ttacggtagcaactatcgtgctcttccctagatgtgtaactttcagcctcg 21070440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 400; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 108 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 5829682 - 5828924
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5829682 taatagtgagtgtcaaatgtatacatctagtccgtgaatgcaaacgttaaattttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgccgatt 5829583  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnngttccgcgtattgttatact 307  Q
    |||||||             |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||     
T  5829582 gttatttatttttattttttacaaaaccaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtaaaaaaaaagttccgcgtattgttatacc 5829483  T
Q  308 tgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnnnn 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || | ||| ||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||          
T  5829482 tgaaaagtgcatcaattaaaagtcaaaggtaagaggatctgcttatatagaaattgcatgtcctgtaatgactagtacgccttacaaagaaatt-aaaaa 5829384  T
Q  408 nnncgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcacgat 503  Q
       | |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  5829383 aaacaactttcaatcaatacgcaactttagttttctaaattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttaaaaaacttcacgat 5829284  T
Q  504 acacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacatagag 603  Q
    ||||||||| | |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||    
T  5829283 acacaacatatatggtatccttgaaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaaccttttctagaagtaacttgagagacagcgaaatagag 5829184  T
Q  604 ttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaat 703  Q
    ||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5829183 ttgcccatgcgtgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagatagagattgacccggacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaat 5829084  T
Q  704 gaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatctt-ggaatgaataccctggtaccttccctttttcctgtaa 802  Q
    | |||||   ||||| ||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||    
T  5829083 ggaaattgtctgcgcatgaatttgaagggtagttctggattactcagaataagattcatcttgggaatgaataccttggtacctgcccttttttctgtaa 5828984  T
Q  803 ttacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    ||||||||||| || || ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  5828983 ttacggtagcagctgtcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctcgtaccattac 5828924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 297; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 108 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 12787112 - 12786348
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||| |||||  | |||||||||||| |||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  12787112 taatagtcattgtcacatgcatacacgtagtcggtaaatgcaaacgtttaatttttt-cgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgccgatt 12787014  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn------gttccgcgtattgt 301  Q
    ||||||||            ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 ||| | || |||||    
T  12787013 gttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgataaaaaaaaaaaaaaaaggtttcacggattgt 12786914  T
Q  302 tatacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatt 401  Q
    || || |||||||||||| |||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||| ||||| |||||| | |||||||| |||||| |||||||||||||    
T  12786913 taaacctgaaaagtgcatgaattaatagtcaatgacaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtc-tataatgaccggtacgccttacaaagaaatt 12786815  T
Q  402 tnnnnnnnn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaact 496  Q
              |||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||  |    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  12786814 aaaaataaaacgacttccaaacaataggcaactttagttttatatattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttgaaaaact 12786715  T
Q  497 tcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacga 596  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||  ||||| ||||||||||||||||    
T  12786714 tcacgatacacaacatttgtggtctccttacaaacattattatcttcatccaggatgagcagcttcagaccttttcatgaagttactcgagagacaacga 12786615  T
Q  597 catagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaag 696  Q
    |||| ||||||| || | ||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  12786614 cataaagttgtctatgcgtgaacacaggcttaggaagataaacccccacccgagataaagattga-cctagcttttatttattgtcattgcaaaacaaag 12786516  T
Q  697 cgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttcccttttt 795  Q
    |||||||| |||||   |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  12786515 cgtcaatggaaattgtctgcgtctgaatttgaagggtagtcctggatcattcggaataagattcatcctgggaatgaataccctagtacctgcccttttt 12786416  T
Q  796 cc-tgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    || ||||||||||||||||  |||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||||    
T  12786415 ccttgtaattacggtagcagttatcgtgctcttccctagatgtataactgtcagcctagtaccattac 12786348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 275; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 297 - 862
Target Start/End: Original strand, 7036001 - 7036570
Alignment:
Q  297 attgttatacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaag 396  Q
    ||||||| || |||||||||||| |||||| |||||||| |||||| |||| |||| ||| ||||| |||||| | ||||||||||||||| ||||||||    
T  7036001 attgttaaacctgaaaagtgcatgaattaatagtcaatgacaggaggatctacttatatagaaattgcatgtc-tataatgaccagtacgccttacaaag 7036099  T
Q  397 aaatttnnnnnnnn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaa 491  Q
    |||||          |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||  |    |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7036100 aaattaaaaataaaacgacttccaaacaataggcaactttagttttataaattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttgaa 7036199  T
Q  492 aaacttcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagac 591  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||| ||||| ||| |||||||    
T  7036200 aaacttcacgatacacaacatttgtggtctccttacaaacattattatcttcatccatgatgagcagcttcagaccttttcttgaagttacttgagagac 7036299  T
Q  592 aacgacatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaa 691  Q
    | ||||||| |||||||||| | ||| ||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  7036300 agcgacataaagttgtccatgcgtgagcacaggcttaggaagat-aacccccactcgagataaagattgaccctgacttttatttattgtcattgcaaaa 7036398  T
Q  692 caaagcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccc 790  Q
    |||||||||| || ||||| | |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||| |||    
T  7036399 caaagcgtcagtggaaattgcctgcgcctgaatttgaacggtagttctggatcactcggaataagattcatcctgggaatgaatactctagtacctgccc 7036498  T
Q  791 tttttcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||| |||||| | ||||||| ||| ||||||    
T  7036499 tttttcatgtaattacggtagcagctatcgtgctcttccctagacgtgtaattgtcagcctagtaccattac 7036570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 459 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 9001918 - 9001514
Alignment:
Q  459 tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcag 558  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||     
T  9001918 tctaaaacataaccaatggtcatactttttgaaaatcttcacgatacacaacatttgtggtctccttacaaacattattatcttcatccaggataagcaa 9001819  T
Q  559 tttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatat 658  Q
     |||| || |||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  9001818 cttcagaccttttcttgaagttactcgagagacaacgacataaagttgtccatgcgtgaacacaagcttaggaagataaacccccactcgagataaagat 9001719  T
Q  659 tgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagat 758  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9001718 tgaccctggcttttatttattgtcattgcaaaataaagcgtcaatggaaatttcctgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagat 9001619  T
Q  759 tcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttttcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatc 857  Q
    |||| || |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||| | ||||||| ||| |    
T  9001618 tcatcctgggaatgaataccctagtacctgccctttttcctgtaattccggtagcagctatcgtgctcttccctagatgtgtaattgtcagcctagtacc 9001519  T
Q  858 attac 862  Q
    |||||    
T  9001518 attac 9001514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 568 - 862
Target Start/End: Original strand, 42231639 - 42231934
Alignment:
Q  568 ttttctagaagtaactcgagagacaacgacatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgaccctta 667  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  42231639 ttttctagaagtaactcgagagacagcgacatagagttgcccatgcgtgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaagattgaccctga 42231738  T
Q  668 cttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttg 766  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  42231739 cttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatggaaattatatgcgcatgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatcctgg 42231838  T
Q  767 gaatgaataccctggtaccttccctttttcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  42231839 gaatgaataccttggtacctgccctttttcctgtaattacggtagcagctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagccttgtaccattac 42231934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 108 - 275
Target Start/End: Original strand, 22843626 - 22843793
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  22843626 taatagtcagtgtcaaatgtatacacctagtctgtgaatacaaatgttaaattttttactggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaactccgatt 22843725  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacga 275  Q
    ||||||||            |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22843726 gttatttgtttttattttttacaaaaccaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacga 22843793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 85; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 108 - 401
Target Start/End: Original strand, 42231241 - 42231534
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||| ||||| ||| ||| || |||||  | |||||||||||| ||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  42231241 taatagtcattgtcacatgcatatacgtagtcggtaaatgcaaacgtttaattttt-acgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacaccgatt 42231339  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttaggg-taacaacgatgtnnnnnnnnng-ttccgcgtattgttata 305  Q
    ||||||||            ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||         | ||||||| ||||||| |    
T  42231340 gttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattgtattttaggggtaacaacgatgtaaaaaaaaaggttccgcggattgttaaa 42231439  T
Q  306 cttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatt 401  Q
    | |||||| ||||| |||||| |||||||||||| |  ||||||||| ||| ||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  42231440 cctgaaaaatgcatgaattaatagtcaatggcagaaagatctgcttatatagaaattgcatgt-ctataatgaccagtacgccttacaaagaaatt 42231534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 83; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 108 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 9002255 - 9001966
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||       |||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  9002255 taatagtaagtgtcagatgtatacacctagtctgtgaatgcaaacgtt-------ttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgtcgatt 9002163  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnn---acaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnng-ttccgcgtattgtta 303  Q
    |||||||                ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||         | |||| || |||||||    
T  9002162 gttattttttttttttaatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattgtattttaggataacaacgatgtaaaaaaaaaggttccacggattgtta 9002063  T
Q  304 tacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatt 401  Q
     || |||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| ||||| || |||||| |||||||| ||| |||||||||    
T  9002062 aacctgaaaagtgcatgaattaatagtcaatggcaggaggatctgcttatatagaaattgcatgt-ctataatgatcagtacgccttataaagaaatt 9001966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 108 - 278
Target Start/End: Original strand, 7035792 - 7035964
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaatttttt--acggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccga 205  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||| ||||   | |||||||||||| ||||||||  |||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  7035792 taatagtcattgtcacatgcatacacgtagtaggtaaatgcaaacgtttaattttttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgccga 7035891  T
Q  206 ttgttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgt 278  Q
    ||||||||||            ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7035892 ttgttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgt 7035964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 108 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 45122485 - 45122377
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaatttttt-acggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgat 206  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||| |||||  | ||||||||| || |||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  45122485 taatagtcagtgtcacatgcatacacgtagtcggtaaatgcaaacatttaatttttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgtcgat 45122386  T
Q  207 tgttatttg 215  Q
    |||||||||    
T  45122385 tgttatttg 45122377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Original strand, 22843534 - 22843594
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||    
T  22843534 caaaaatacgcggacgtactgtatattattatttgttgacataatgtattatattaatcat 22843594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 60
Target Start/End: Complemental strand, 21071276 - 21071232
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataat 60  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  21071276 caaaaatacgccgacgtactgtatattattatttgttgacataat 21071232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 45122576 - 45122516
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| || |||||||| ||| ||| |||||||||||||||    
T  45122576 caaaaatacgccgacgtactgtataataatatttgttgacaaaatgtattttattaatcat 45122516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Original strand, 42231151 - 42231211
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| |||||||||||| || || |||||||| ||| ||| |||||||||||||||    
T  42231151 caaaaatacgccgacgtactgtgtaataatatttgttgacaaaatgtattttattaatcat 42231211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 59
Target Start/End: Complemental strand, 5829756 - 5829713
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataa 59  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  5829756 caaaaatacgccaacgtactgtatattattatttgttgacataa 5829713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 659 - 693
Target Start/End: Original strand, 12983007 - 12983041
Alignment:
Q  659 tgacccttacttttatttattgtcattgcaaaaca 693  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  12983007 tgaccctgacttttatttattgtcattgcaaaaca 12983041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 659 - 693
Target Start/End: Complemental strand, 18292623 - 18292589
Alignment:
Q  659 tgacccttacttttatttattgtcattgcaaaaca 693  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  18292623 tgaccctgacttttatttattgtcattgcaaaaca 18292589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 659 - 693
Target Start/End: Complemental strand, 26368039 - 26368005
Alignment:
Q  659 tgacccttacttttatttattgtcattgcaaaaca 693  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  26368039 tgaccctgacttttatttattgtcattgcaaaaca 26368005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 392; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 392; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 108 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 97953 - 97192
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  97953 taatagttagtgtgagatgtatacacctagtctgtgaatgcaaacattaaattttttatgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgtcgatt 97854  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn--gttccgcgtattgttata 305  Q
    ||||||||            | |||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |           ||| ||||||||||||||    
T  97853 gttatttgtttttattttttaaaaaaccaatggtctaatataaatattatattttagggtaacaacgatttaaaaaaaaaaagtttcgcgtattgttata 97754  T
Q  306 cttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnn 405  Q
    | |||||| ||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||| ||| |||||  ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||         
T  97753 cctgaaaaatgcatcagttaaaagtcaatggcaggaggacctgcttatatagaaattgtatgtcctgtaatgaccagtacgtcttacaaagaaata-aaa 97655  T
Q  406 nnnnncgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcacg 501  Q
         | || |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  |    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  97654 aaaaactacatccaaacaatacgcaactttggttttctaaattatagcaacaacaactctaaaacataaccaatgatcatactttttgaaaaacttcacg 97555  T
Q  502 atacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacatag 601  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  97554 atacacaacattcgtggtctccttgcaaacgttattatcttcatccaagatgagcagcttcaaaccttttctagaagtaactcgagagacagcgacatag 97455  T
Q  602 agttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtca 701  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  97454 agttgtccatgcgtgaacacgggcttaggaagataaaatcccactcgagataaaaattgaccctgacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtca 97355  T
Q  702 atgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatcttg-gaatgaataccctggtaccttcccttttt-cctg 799  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||  |||||||| || |    
T  97354 atggaaattgcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcatgcggaataagattcatcctgagaatgaataccctggtaccaaccctttttccccg 97255  T
Q  800 taattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  97254 taattacgatagcaactatcgtgctcttccctagatgtgtaactatcagcctcgtaccattac 97192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 98044 - 97984
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  98044 caaaaatacgccgacgtactgtatattattatttgttgacataatgtattttattaatcat 97984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 376; Significance: 0; HSPs: 49)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 108 - 862
Target Start/End: Original strand, 50409254 - 50410022
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaatttttt-acggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgat 206  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  50409254 taatagtcagtgtcagatgtatatacctagtctgtgaatgcaaacgttaaatttttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgccgat 50409353  T
Q  207 tgttatttgnnnnnnnnnnnn-acaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn-gttccgcgtattgttat 304  Q
    |||||||||             |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||          |||  || |||| ||||    
T  50409354 tgttatttgttttcatttttttacaaaaccaatggtctaatgtaaatattgtattttaaggtaacaacgatgtaaaaaaaaaagttttgcatatttttat 50409453  T
Q  305 acttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnn 404  Q
    || ||||||||||| || |||||||||||||||||||  || |||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||       
T  50409454 acctgaaaagtgcaccagttaaaagtcaatggcaggaagatatgcttatatataaattgaatgtcctgtaatgaccagtacgccttacaaagaaattaaa 50409553  T
Q  405 nnnnnncga-------cttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaa 493  Q
           ||       ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||  |    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  50409554 aaaaaaagaaaaaagacttccaaacaatatgcaactttagttttctaaattataacaacaacaattctaaaa-ataaccaatgatcatactttttgaaaa 50409652  T
Q  494 acttcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaa 593  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||  |||||    
T  50409653 acttcacaatacacaacatttgtggtctccttgcaaacattattatatttatccaagatgagcagcttcaaaccttttctagaagtaactcgattgacaa 50409752  T
Q  594 cgacatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaaca 693  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  50409753 cgacatagagttgtccatgcgtgaacacgggcttaggaagataatctcccactcgagataaagattgaccctgacttttatttattgtcattgcaaaaca 50409852  T
Q  694 aagcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatctt-ggaatgaataccctggtaccttccctt 792  Q
    ||||||||||| |||||   ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  50409853 aagcgtcaatggaaattgtttgcgcctaaatttgaagggtagtcctagatcactcggaataagattcatcttgggaatgaataccctggtacctgccctt 50409952  T
Q  793 tttcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||    
T  50409953 tttcctgtaattatggtagcagctatcgtgctcttccctagatgtgtaacggtcagcctcgtaccattac 50410022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 359; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 228 - 862
Target Start/End: Original strand, 46912281 - 46912921
Alignment:
Q  228 acaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnngttccgcgtattgttatacttgaaaagtgcatcaattaaa 327  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||    
T  46912281 acaaaaccaatgatctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtataaaaaaagttccgcgtattgttatacctaaaaagtgcatcgattaaa 46912380  T
Q  328 agtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnnnnnnn--cgacttccaaacaat 425  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||           |||||| ||||||||    
T  46912381 agtcaatggcaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtcatgtaatgaccaatacgccttacaaagaaattaaaaaaaaaaacgactttcaaacaat 46912480  T
Q  426 acgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcacgatacacaacatttttggtct 521  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| |    ||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  46912481 acgcaactttagttttctaaattatagcaataacaattctaaaatataatcaatgatcatactttttgaaaaacttcacgatacacaacatttgtggtct 46912580  T
Q  522 ccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacatagagttgtccattcatgaacac 621  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||    
T  46912581 ccttgtaaacattattatcttcatccaagatgagcagcttcaaaccttttctagaagtaactcgagagacaatgacatagagttgtccatgcgtgaacac 46912680  T
Q  622 gggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatgaaaatttcatgcgcctg 721  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||| ||||| | ||||||||    
T  46912681 gggcttaggaagat-aactcccactcgagataaagattgaccctgacttttatttattgtcattgcaaaacaaactgtcgatggaaattgcttgcgcctg 46912779  T
Q  722 aatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatc-ttggaatgaataccctggtaccttccctttttcctgtaattacggtagcaactatct 820  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||  ||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||||     
T  46912780 aatttgaagggtagtcctggatcactcagaataagattcatcgtgggaatgaataccctcatacctgccctttatcctgtaattacgatagcagctatca 46912879  T
Q  821 tgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    ||||||| |||||||| |||||| ||||||||||| ||||||    
T  46912880 tgctcttccctagatgggtaactgtcagcctcgtaccattac 46912921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 353; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 108 - 862
Target Start/End: Original strand, 10109696 - 10110450
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaatttttt-acggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgat 206  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||| | |||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  10109696 taatagtgagtgtcagatgtatacatctagtctgtgaatgcaaacgttaaatttttttacgggtgtatataaatatagtttgggctacataaacgtcgat 10109795  T
Q  207 tgttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnngttccgcgtattgttatac 306  Q
    ||||||||             |||||| |||||||||||  |||||||||||||          ||||||||         |||||||||||||||||||    
T  10109796 tgttatttatttttatattttacaaaaccaatggtctaagttaaatattgtatt----------aacgatgtaaaaaaaaagttccgcgtattgttatac 10109885  T
Q  307 ttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnnn 406  Q
     ||||||||||||||||||||||||||  ||| ||  ||||||||| ||| || || |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||         
T  10109886 ctgaaaagtgcatcaattaaaagtcaaaagcaagaagatctgcttatatagaatttgcatgtcctgtaatgaccagtacgtcttacaaagaaattaaaaa 10109985  T
Q  407 nnnncga----cttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttc 498  Q
          |    ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |    |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  10109986 aaaaaaaaaaactttcaatcaatacgcaactttagttttctaaattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttaaaaaacttc 10110085  T
Q  499 acgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgaca 598  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10110086 acgatacacaacatttgtggtctccttgaaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaaccttttctagaagtaactcgagagacaacgaca 10110185  T
Q  599 tagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcg 698  Q
    ||||||||  ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  10110186 tagagttgctcatgcgtgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaagattgaccctgacttttatttattgtcattgcaaaataaaacg 10110285  T
Q  699 tcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttttcc 797  Q
    |||||| |||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||  |||||||| ||||||||||    
T  10110286 tcaatggaaattgtctgcgcatgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatcctgggaatgaatacgttggtacctgccctttttcc 10110385  T
Q  798 tgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| || ||||||    
T  10110386 tgtaattacggtagcagctatcatgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctcataccattac 10110450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 351; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 108 - 851
Target Start/End: Original strand, 31898 - 32649
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||| |||||  | |||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  31898 taatagtcattgtcacatgcatacacatagtcggtaaatgcaaacgtttaattttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgccgatt 31997  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn---gttccgcgtattgttat 304  Q
    ||||||||            ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||| | || |||||||     
T  31998 gttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtaaaaaaaaaaaggtttcacggattgttaa 32097  T
Q  305 acttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnn 404  Q
    || |||||||||||| |||||| |||||||| ||| || ||||||||| ||| ||||| |||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||       
T  32098 acctgaaaagtgcatgaattaatagtcaatgacagaaggatctgcttatatagaaattgcatgtc-tataatgaccagtacgccttacaaagaaattaaa 32196  T
Q  405 nnnnnn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttca 499  Q
           |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||  |    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  32197 aataaaacgacttccaaacaataggcaactttagttttataaattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttgaaaaacttca 32296  T
Q  500 cgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacat 599  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||| ||||| |||||||||||| ||||||    
T  32297 cgatacacaacatttgtggtctccttacaaacattattatcttcatccaggatgagcagcttcagaccttttcttgaagttactcgagagacagcgacat 32396  T
Q  600 agagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgt 699  Q
    | ||||||||||   ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32397 aaagttgtccatgtgtgaacacaggcttaggaagataaacccccactcgagataaagattgaccctggcttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgt 32496  T
Q  700 caatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttttcct 798  Q
    ||||| ||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  32497 caatggaaattgcccgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatcctgggaatgaataccctagtacctgccctttttcct 32596  T
Q  799 gtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcct 851  Q
    ||||||||| ||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  32597 gtaattacgatagcagctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcct 32649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 346; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 108 - 862
Target Start/End: Original strand, 11361346 - 11362108
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||||| ||| ||| |||||| || ||  | |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  11361346 taatagtcagtttcacatgcatacacgtaatcggtaaatgcaaacgtttaattttttacggatgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgccgatt 11361445  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnng---ttccgcgtattgttat 304  Q
    ||||||||            ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||             || | || ||| |||     
T  11361446 gttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacaatgtaaaaaaaaaaagctttcacggattattaa 11361545  T
Q  305 acttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnn 404  Q
    || |||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||| | ||||||||||||||  |||||||||||||       
T  11361546 acctgaaaagtgcatgaattaatagtcaatggcaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtc-tataatgaccagtacgtcttacaaagaaattaaa 11361644  T
Q  405 nnnnnn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttca 499  Q
           |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||  |    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  11361645 aataaaacgacttccaaacaataggcaactttggttttctaaattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttgaaaaacttca 11361744  T
Q  500 cgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacat 599  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||| ||||| |||||||||||| ||||||    
T  11361745 cgatacacaacatttgtggtctccttacaaacattattatcttcatccaggatgagcagcttcaaaccttttcttgaagttactcgagagacagcgacat 11361844  T
Q  600 agagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgt 699  Q
    | ||||| |||| | ||||||  ||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11361845 aaagttgcccatgcgtgaacataggcttaggaagataaacccccacttgagataaagattgaccttgacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgt 11361944  T
Q  700 caatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatctt-ggaatgaataccctggtaccttccctttttcct 798  Q
    ||||| ||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||| |    
T  11361945 caatggaaattgcctgcgcttgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatcttgggaatgaataccctggtaccttctttttttcat 11362044  T
Q  799 gtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    |||||||| |||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  11362045 gtaattacagtagcagctatcatgctcttccctagatgtgtaactatcagcctcgtaccattac 11362108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 109 - 855
Target Start/End: Original strand, 10037732 - 10038483
Alignment:
Q  109 aatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgattg 208  Q
    |||||||||||||  ||| |||||| |||||  | |||||||||||| |||||||||||  ||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10037732 aatagtcagtgtcgcatgcatacacgtagtcggtaaatgcaaacgtttaattttttacgtgtgtatataaatatagtttgggctacagaaacgccgattg 10037831  T
Q  209 ttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnngttccgcgtattgttatactt 308  Q
    |||||||            ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||| |||| ||||||| || |    
T  10037832 ttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtaaaaaaaaggtttcgcggattgttaaacgt 10037931  T
Q  309 gaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnnnnn 408  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||||| ||| ||||||||| ||| ||||| |||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||           
T  10037932 gaaaagtgcatgaattaatagtcaatggcatgaggatctgcttatatagaaattgcatgtc-tataatgaccagtacgccttacaaagaaattaaaaata 10038030  T
Q  409 nn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcacgat 503  Q
       ||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||| ||||  |    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10038031 aaacgacttccaaataataggaaactttagttttctaaattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttgaaaaacttcacgat 10038130  T
Q  504 acacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacatagag 603  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| || | || || ||| ||||| ||| |||||||| ||||||| ||    
T  10038131 acacaacatttgtggtctccttacaaacattattatcttcatccatgatgagcagctttagaccttctcttgaagttacttgagagacagcgacataaag 10038230  T
Q  604 ttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaat 703  Q
    |||||||| | ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10038231 ttgtccatgcgtgaacacaggcttaggaagataaacccccactcgagataaagattgaccctgacttttatctattgtcattgcaaaacaaagcgtcaat 10038330  T
Q  704 gaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttttcctgtaa 802  Q
    | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  10038331 ggaaattgcctgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcagaataagattcatcctgggaatgaataccctggtacttgccctttttcctgtaa 10038430  T
Q  803 ttacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgta 855  Q
    ||||||||||| ||||  ||||||| ||||||||||||| |  ||||||||||    
T  10038431 ttacggtagcagctattgtgctcttccctagatgtgtaattgccagcctcgta 10038483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 108 - 862
Target Start/End: Original strand, 11367734 - 11368496
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaatttttt-acggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgat 206  Q
    ||||||||||| ||| ||| |||||| |||||    |||||||| ||| |||||||| |||| ||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11367734 taatagtcagtatcatatgcatacacgtagtcggcaaatgcaaatgtttaatttttttacgggtgtgcataaatatagtttgggctacagaaacgccgat 11367833  T
Q  207 tgttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn--gttccgcgtattgttat 304  Q
    |||||||||            ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||           |||||||| |||||||     
T  11367834 tgttatttgtttttcatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattgtattttagcgtaacaacgatgtaaaaaaaaaaggttccgcggattgttaa 11367933  T
Q  305 acttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnn 404  Q
    ||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||| | |||||||  |||||| |||||||||||||       
T  11367934 acttgaaaaatgcatgaattaatagtcaatggcaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtc-tataatgacttgtacgccttacaaagaaattaaa 11368032  T
Q  405 nnnnnn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttca 499  Q
           ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  11368033 aataaaacgacttccaaataataggcaactttagttttctaaattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttgaaaaacttca 11368132  T
Q  500 cgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacat 599  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||| ||||| |||||||||||| ||||||    
T  11368133 cgatacacaacatttttggtctccttacaaacattattatcttcatccaggatgagcagcttcagaccttttcttgaagttactcgagagacagcgacat 11368232  T
Q  600 agagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgt 699  Q
    | |||||||||| | ||||||| | |||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11368233 aaagttgtccatgcgtgaacacagacttaagaagataaacccccactcgagataaagattgactctggcttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgt 11368332  T
Q  700 caatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatctt-ggaatgaataccctggtaccttccctttttcct 798  Q
    ||||| ||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  11368333 caatggaaattgcttgcgcctgaattttaagggtagtcctggatcattcagaataagattcatcttgggaatgaataccctggtgccttccctttttcct 11368432  T
Q  799 gtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    |||||||| |||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  11368433 gtaattacagtagcagctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctcgtaccattac 11368496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 330 - 862
Target Start/End: Original strand, 13529352 - 13529890
Alignment:
Q  330 tcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnnnnnnn-cgacttccaaacaatacg 428  Q
    ||||||| ||||| ||||||||| ||| ||||| |||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||          ||||||||||||||||||    
T  13529352 tcaatgggaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtcatgtaatgaccaatacgccttacaaagaaattaaacaaaaaacgacttccaaacaatacg 13529451  T
Q  429 caactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcacgatacacaacatttttggtctcct 524  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||  |    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||| |    
T  13529452 caactttagttttctaaattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaatacttcacgatacacaatatttgtggtctcgt 13529551  T
Q  525 tgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacatagagttgtccattcatgaacacggg 624  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  13529552 tgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagcttcaaaccttttctagaagtaacttgagagacagcgacatagagttgtccatgcatgaacacggg 13529651  T
Q  625 cttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaat 724  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||    
T  13529652 cttaggaagataaactcccagtcgagataaagattgaccctgacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatggaaatttcctgcgcctggat 13529751  T
Q  725 ttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttttcctgtaattacggtagcaactatcttgc 823  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| | |    
T  13529752 ttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatcctaggaatgaataccctggtacctgccctttttcctgtaattacgatagcagctatcgttc 13529851  T
Q  824 tctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    |||| ||||||||||| ||| |||||||| || ||||||    
T  13529852 tcttccctagatgtgtgactgtcagcctcataccattac 13529890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 162 - 861
Target Start/End: Complemental strand, 10969859 - 10969151
Alignment:
Q  162 tttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgattgttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattt 261  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||| |  ||||||||||||            |||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  10969859 tttacgggtgtgtataaatatagtttggtctacagaaatgttgattgttatttgtttttattttttacaaaaccaatggtctagtgtaaatattgtattt 10969760  T
Q  262 tagggtaacaacgatgtnnnnnnnnngttccgcgtattgttatacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaat 361  Q
    || ||||| |||||| |         ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||| ||| ||||    
T  10969759 tacggtaataacgatataagaaaaaggttccgcgtattgttatacctgaaaagtgcatcaattaaaagtaaactgcaggaggatctgcttatatagaaat 10969660  T
Q  362 ttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaa----gaaatt-tnnnnnnnncgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaat 456  Q
    | |||||||||||||||||||||||| |||||||    |||||| |        |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||     
T  10969659 tgcatgtcctgtaatgaccagtacgccttacaaattaagaaattataaataaaacgacttccaaacaatacgcaactttatttttctaaattatagcaac 10969560  T
Q  457 ga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagat 552  Q
     |    |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  10969559 aacaattctaaaacataaccaatgatcatacttttcgaaaaacttcacgatacacaacattgt-ggtctccttgcaaacattatcatcttcattcaagat 10969461  T
Q  553 gagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagat 652  Q
    |||||| |||| || |||||| |||||||||||||||| | | ||| |||||| ||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10969460 gagcagcttcagaccttttcttgaagtaactcgagagaaagcaacacagagttatccatgcgtgaacacaggcttaggaagataaactcccactcgagat 10969361  T
Q  653 aaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaa 752  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  10969360 aaagattgaccctgacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatggaaattgcatgcgcctgaatttgaagggtactcccggatcactcggaa 10969261  T
Q  753 taagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttttcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcct 851  Q
    |||||||||| || || ||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| | |||||    
T  10969260 taagattcatcctggggatgaataccctggtacctgtcctttttcttgtaattacggtagcagctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtgagcct 10969161  T
Q  852 cgtatcatta 861  Q
    |||| |||||    
T  10969160 cgtaccatta 10969151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 108 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 41764497 - 41763731
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaatttttt-acggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgat 206  Q
    |||||||||||| || ||| |||||| |||||  | |||||||||||| |||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  41764497 taatagtcagtgccacatgcatacacgtagtcggtaaatgcaaacgtttaatttttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacaaaaatgtcgat 41764398  T
Q  207 tgttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn-----gttccgcgtattgt 301  Q
    |||||||||            ||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||              |||||||  |||||    
T  41764397 tgttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtttaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtaaaaaaaaaaaaaggttccgcagattgt 41764298  T
Q  302 tatacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatt 401  Q
    || || |||||||||||| |||||| |||||||| |||| | ||||||||| ||| ||||| |||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  41764297 taaacctgaaaagtgcatgaattaatagtcaatgacagggggatctgcttatatagaaattgcatgtc-tataatgaccagtacgccttacaaagaaatt 41764199  T
Q  402 tnnnnnnnn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcata-ttttttgaaaaac 495  Q
              |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| |    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  41764198 aaaaataaaacgacttccaaacaataggcaactttagttttcgaaattatagcaataacaattctaaaacataaccaatgatcatacttttttgaaaaat 41764099  T
Q  496 ttcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacg 595  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||  |||| || |||||| ||||| |||||||||||| ||    
T  41764098 ttcacgatacacaacatttgtggtctccttacaaacattattatcttcatccaggatgaccaacttcagaccttttcttgaagttactcgagagacagcg 41763999  T
Q  596 acatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaa 695  Q
    ||||| |||||||||| | ||||||| |||||| |||||||||| |||||| |||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||     
T  41763998 acataaagttgtccatgcgtgaacacaggcttaagaagataaacccccacttgagataaagattgaccctcacttttatgtattgtcattgcaaaacaac 41763899  T
Q  696 gcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttt 794  Q
     |||||||| ||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  41763898 acgtcaatggaaattgcctgcgcctgaatttgaaggatagtcctggatcactcggaataagattcatcctgggaatgaatacactggtaccttccccttt 41763799  T
Q  795 tcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    |||||||||||| ||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  41763798 tcctgtaattacagtatcaactatcgtgctcttccctagatgtgtaactatcagcctcgtaccattac 41763731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 312; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 288 - 862
Target Start/End: Original strand, 9999675 - 10000257
Alignment:
Q  288 gttccgcgtattgttatacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgc 387  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||| ||  ||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  9999675 gttccgcgtattgttatacctgaaaagtgcatcaattaaaagtcaaaagcaagaagatctgcttatatagaaattgcatgtcctgtaatgaccagaacgc 9999774  T
Q  388 tttacaaagaaatttnnnnnnnncga---cttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatca 480  Q
     |||||||||||||           |   ||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||  |    ||||||||||||||||||||||    
T  9999775 cttacaaagaaattaaaaaaaaaaaaaaactttcaatcaatacgcaactttagttttctagattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatca 9999874  T
Q  481 tattttttgaaaaacttcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagta 580  Q
    || ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  9999875 tactttttaaaaaacttcacgatacacaacatttgtggtctccttgaaaacattattattttcatccaagatgagtagtttcaaaccttttctagaagta 9999974  T
Q  581 actcgagagacaacgacatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattg 680  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||  ||| | |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  9999975 acttgagagacaacgacatagagttgctcatgcgtgaacacgggtttaggaagataaactcacactcgagataaagattgaccctgacttttatttattg 10000074  T
Q  681 tcattgcaaaacaaagcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccct 779  Q
    ||||||||||| ||| |||||||| |||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||  |    
T  10000075 tcattgcaaaataaaacgtcaatggaaattgtctgcgcatgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatcctgggaatgaatacgtt 10000174  T
Q  780 ggtaccttccctttttcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  10000175 ggtacctgccctttttcctgtaattacggtagcagctatcatgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctcgtaccattac 10000257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 108 - 776
Target Start/End: Original strand, 10234521 - 10235186
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  10234521 taatagtgagtgtcagatgtatacatctagtttgtgaatgcaaacgttaaattttttacgggtgtatataaatatagtttgggttacagaaacgccgatt 10234620  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnngttccgcgtattgttatact 307  Q
    |||||||             |||||| |||||||||||  |||||||||||||          ||||||||         |||||||||||||||||||     
T  10234621 gttatttatttttcttttttacaaaaccaatggtctaagttaaatattgtatt----------aacgatgtaaaaaaaaagttccgcgtattgttatacc 10234710  T
Q  308 tgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnnnn 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||| ||  ||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||          
T  10234711 tgaaaagtgcatcaattaaaagtcaaaagcaagaagatctgcttatatagaaattgcatgtcctgtaatgaccagtacgccttacaaagaaattaaaaaa 10234810  T
Q  408 nnncg--acttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcacg 501  Q
           |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  10234811 aaaaataactttcaatcaatacgcaactttagttttctaaattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttaaaaaacttcacg 10234910  T
Q  502 atacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacatag 601  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10234911 atacacaacatttatggtctccttgaaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaaccttttctagaagtaactcaagagacaacgacatag 10235010  T
Q  602 agttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtca 701  Q
    |||||  ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |    
T  10235011 agttgctcatgcgtgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaagattgaccttgacttttatttattgtcattgcaaaataaaacgtaa 10235110  T
Q  702 atgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatctt-ggaatgaatac 776  Q
    ||| |||||   ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10235111 atggaaattgtctgcgcatgaatttgaagggtagtccgggatcactcggaataagattcatcttgggaatgaatac 10235186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 297; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 108 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 15329700 - 15328932
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||||  |||||||| |||| | ||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||||| |||||    
T  15329700 taatagtcaggttcagatgtttacagccagtttgtgaatgcaaacgttaaattttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacggaaacgtcgatt 15329601  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaa-tcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnngttccgcgtattgttatac 306  Q
    |||||||             |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||         ||||   ||||||||||||    
T  15329600 gttatttatttttattttttacaaaaatcaacggtctaatgtaaatattgtattttagg-taacaacaatgtaaaaaaaaagttcaaagtattgttatac 15329502  T
Q  307 ttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnnn 406  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||   | |||| |||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||         
T  15329501 ctgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggaggatctgtttaatattcaattgcatgtcgtgtaatgaccaatacgccttacaaagaaattaaaaa 15329402  T
Q  407 nnnncga-----cttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaactt 497  Q
          |     ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||  |    ||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  15329401 aaaaaaaaaacacttccaaacaatacgtaactttagttttcttaattatagcaacaacaattctaaaatataaccaatgaacatactttttgaaaaactt 15329302  T
Q  498 cacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgac 597  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  15329301 cacgatacacaacatttgtggtctccttgcaaacattattatcttcattcaaaatgagcagcttcaaaccttttatagaagtaactcgagagacagcgac 15329202  T
Q  598 atagagttgtccattcatg----aacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaaca 693  Q
    ||||||||||||||  |||    || |||||||||||||||| |||||| |||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |    
T  15329201 atagagttgtccatatatgcgtgaatacgggcttaggaagatcaactcctactcaagataaagattgaccctgacttttatttattgtcattgcaaacaa 15329102  T
Q  694 aagcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatctt-ggaatgaataccctggtaccttccctt 792  Q
    ||| ||||||| ||||  | || || |||||||||| ||||||||| |||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||  ||||    
T  15329101 aagtgtcaatggaaatcacctgtgcttgaatttgaatggtagtccttgatcgctcggaatacgattcatcttgggaatgaatactctggtacctgtcctt 15329002  T
Q  793 tttcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| | ||||||    
T  15329001 tttcctgtaattacggtagcagctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctcgcaccattac 15328932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 108 - 736
Target Start/End: Original strand, 10230923 - 10231547
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10230923 taatagtgagtgtcagatgtatacatctagtctgtcaatgcaaacgttaaattttttatgggtgtatataaatatagtttgggctacagaaacgccgatt 10231022  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnngttccgcgtattgttatact 307  Q
    ||||||||            ||||||||||||||||||  |||||||||||||          ||||||||         |||||||||||||||||||     
T  10231023 gttatttgtttttattttttacaaaatcaatggtctaagttaaatattgtatt----------aacgatgtaaaaaaaaagttccgcgtattgttatacc 10231112  T
Q  308 tgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnnnn 407  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||  ||| ||  ||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||          
T  10231113 tgaaaagtgcatcaattaaaattcaaaagcaagaacatctgcttatatagaaattgcatgtcctgtaatgaccagtacaccttacaaagaaattaaaaaa 10231212  T
Q  408 nnncg--acttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcacg 501  Q
           |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||   |    |||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||    
T  10231213 agatataactttcaatcaatacgcaactttagttttctaaattatagcatcaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttctaaaaaacttcacg 10231312  T
Q  502 atacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacatag 601  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10231313 atacacaacatttgtggtctccttgaaaacattattatcttcatccaagatgagtagtttcaaaccttttctagaagtaactcgagagacaacgacatag 10231412  T
Q  602 agttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtca 701  Q
    |||||  ||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  10231413 agttgctcatgcgtgaacacgggcttaggaagataaactgccactcgagataaagattgaccctgacttttatttattgtcattgcaaaataaaacgtca 10231512  T
Q  702 atgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagt 736  Q
    ||| |||||   ||||| |||||||||||||||||    
T  10231513 atggaaattgtctgcgcatgaatttgaagggtagt 10231547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 174; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 470 - 710
Target Start/End: Complemental strand, 37802188 - 37801945
Alignment:
Q  470 accaatgatcatattttttgaaaaacttcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattat---cttcatccaagatgagcagtttcaaac 566  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||   ||||||||||||||||||| |||||||    
T  37802188 accaatgatcatactttttgaaaaacttcacgatacacaacatttatggtctacttgcaaacattattattatcttcatccaagatgagcagcttcaaac 37802089  T
Q  567 attttctagaagtaactcgagagacaacgacatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgaccctt 666  Q
     |||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||     
T  37802088 cttttataggagtaactcgagagacagcgacatagagttgtccatgcgtgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaagatttacccta 37801989  T
Q  667 acttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatgaaaatt 710  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37801988 acttttttttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatgaaaatt 37801945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 149; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 292 - 566
Target Start/End: Original strand, 41221455 - 41221735
Alignment:
Q  292 cgcgtattgttatacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgcttta 391  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||| | |||    
T  41221455 cgcgtattgttatacctgaaaagtgcatcaactaaaagtcaatggcaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtcctgtaatgaccagtacacctta 41221554  T
Q  392 caaagaaatttnnnnnnnn--cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattt 485  Q
    ||||||||||           |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||  |    |||||||||||||||||||||||| ||    
T  41221555 caaagaaattaaaaaaaaaaacgacttccaaacaatacgcaactttgattttctaaattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatactt 41221654  T
Q  486 tttgaaaaacttcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaac 566  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||    
T  41221655 tttgaaaaacttcacgatacacaacatatgtggtctccttgcaaacattattatcttcatcgaagatgagcaacttcaaac 41221735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 129; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 108 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 37802885 - 37802606
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  37802885 taatagtaagtgtcagatgtatacacctagtctgtgaatgcaaacgttaaattttttacgggtgtatataaatatagtttgggctacaaaaacgtcgatt 37802786  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgt-nnnnnnnnngttccgcgtattgttatac 306  Q
    ||||||||            |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||          |||  ||||| ||||||||    
T  37802785 gttatttgtttttattttttacaaaaccaatggtctaatgtaaatattgtattttggggtaacaatgatgtaaaaaaaaaagttttgcgtactgttatac 37802686  T
Q  307 ttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacg 386  Q
     | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||| ||||||||||| ||||    
T  37802685 ctaaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtcttgtaatgaccaatacg 37802606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 121; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 128 - 446
Target Start/End: Original strand, 47692139 - 47692454
Alignment:
Q  128 atacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgattgttatttgnnnnnnnnnnnn 227  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||| | ||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||                 
T  47692139 atacacctagtctgtgaatgcaaacattaatttttttacaggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgctgattgttatttatttttatttttt 47692238  T
Q  228 acaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnngttccgcgtattgttatacttgaaaagtgcatcaattaaa 327  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||         ||||||  ||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  47692239 acaaaaccaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaaccatgtaaaaaaaaagttccg--tattgttatacctaaaaagtgcatcaattaaa 47692336  T
Q  328 agtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnnnnnnncgacttccaaacaatac 427  Q
    | ||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||         ||||||||||||||||    
T  47692337 actcaatggcaggaggatctgcttatatagaaattacatgtcctgtaaggaccagtacgccttacaaagaaa-ttaaaaaaaaagacttccaaacaatac 47692435  T
Q  428 gcaactttagttttctaaa 446  Q
    | ||| |||||||||||||    
T  47692436 gtaacattagttttctaaa 47692454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 108 - 369
Target Start/End: Original strand, 10109070 - 10109333
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||| |||||  | |||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  10109070 taatagtcattgtcacatgcatacacgtagtcggtaaatgcaaacgtttaattttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacaccgatt 10109169  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgt--nnnnnnnnngttccgcgtattgttata 305  Q
    ||||||||            ||||||  |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||           |||||||| ||||||| |    
T  10109170 gttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtgtaatgtaaataatgtattttagggtaacaatgatgtaaaaaaaaaatgttccgcggattgttaaa 10109269  T
Q  306 cttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtc 369  Q
    | |||||||||||| |||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||| ||||| ||||||    
T  10109270 cctgaaaagtgcatgaattaatagtcaatgacaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtc 10109333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 116 - 214
Target Start/End: Original strand, 9999514 - 9999612
Alignment:
Q  116 agtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgattgttattt 214  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  9999514 agtgtcagatgtatacatctagtctgtgaatgcaaacgttaaattttttacgggtgtatataaatatagtttgggctacagaaacgccgattgttattt 9999612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 73; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 108 - 369
Target Start/End: Original strand, 10233899 - 10234164
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaatttttt-acggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgat 206  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||| |||||  | |||  ||||||| |||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  10233899 taatagtcattgtcacatgcatacacgtagtcggtaaatataaacgtttaatttttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacaccgat 10233998  T
Q  207 tgttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgt---nnnnnnnnngttccgcgtattgtta 303  Q
    |||||||||            ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||            |||||||| |||||||    
T  10233999 tgttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaatgatgtaaaaaaaaaaaggttccgcggattgtta 10234098  T
Q  304 tacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtc 369  Q
     || |||||||||||| |||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||| ||||| ||||||    
T  10234099 aacctgaaaagtgcatgaattaatagtcaatgacaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtc 10234164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 118 - 369
Target Start/End: Original strand, 10230319 - 10230572
Alignment:
Q  118 tgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgattgttatttgnn 217  Q
    ||||| ||| |||||| |||||  | |||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||      
T  10230319 tgtcacatgcatacacgtagtcggtaaatgcaaacgtttaattttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacaccgattgttatttgtt 10230418  T
Q  218 nnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgt--nnnnnnnnngttccgcgtattgttatacttgaaaagt 315  Q
              ||| ||  |||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||           |||||||| ||||||| || ||||||||    
T  10230419 tttaatttttacagaacaaatggtctaatgtaaatattgctttttagggtaacaatgatgtaaaaaaaaaaggttccgcggattgttaaacctgaaaagt 10230518  T
Q  316 gcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtc 369  Q
    |||| |||||| ||| |||| |||||| ||||||||| ||| ||||| ||||||    
T  10230519 gcatgaattaatagttaatgacaggaggatctgcttatatagaaattacatgtc 10230572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 108 - 215
Target Start/End: Original strand, 52917839 - 52917946
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||   ||| |||||||    
T  52917839 taatagtcaatgtcagatgtatacacctagtctgtgaatgcaaacgttaatttttttacgggtgtgtataaatatagtttgggttaatgaaatgccgatt 52917938  T
Q  208 gttatttg 215  Q
    ||||||||    
T  52917939 gttatttg 52917946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 766 - 862
Target Start/End: Original strand, 47692723 - 47692819
Alignment:
Q  766 ggaatgaataccctggtaccttccctttttcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| || ||||||    
T  47692723 ggaatgaataccctggtacctgccattttttctgtaattacggtagcaactatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctcataccattac 47692819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 108 - 215
Target Start/End: Original strand, 10041148 - 10041255
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    |||||||| |||||| ||||| |||| |||||  |||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  10041148 taatagtcggtgtcaaatgtagacacttagtcggtgaatgcaaacgttaaattttttacatgtgtgtgtaaatatagtttgggctacagaaacgctgatt 10041247  T
Q  208 gttatttg 215  Q
    ||| ||||    
T  10041248 gttctttg 10041255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 779 - 862
Target Start/End: Original strand, 10237324 - 10237407
Alignment:
Q  779 tggtaccttccctttttcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  10237324 tggtacctgccctttttcctgtaattacggtagcagctatcatgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctcgtaccattac 10237407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 108 - 215
Target Start/End: Original strand, 41221290 - 41221391
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||     |||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  41221290 taatagtcaatgtcagatgtatacacatagt-----aatgcaaacgttaaatattttaggg-tgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgccgatt 41221383  T
Q  208 gttatttg 215  Q
    ||||||||    
T  41221384 gttatttg 41221391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 108 - 215
Target Start/End: Original strand, 23092632 - 23092739
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||| |||||    ||||||||| || |||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  23092632 taatagtcattgtcacatgcatacacgtagtcggcaaatgcaaacctttaattttctacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgccgatt 23092731  T
Q  208 gttatttg 215  Q
    ||||||||    
T  23092732 gttatttg 23092739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 108 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 10970033 - 10969971
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggat 170  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10970033 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtatgtgaatgcaaacgttaatttttttacggat 10969971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Original strand, 47692031 - 47692091
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  47692031 caaaaatacgccgacgtactgtatattattatttgttgacataatgtattttattaatcat 47692091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 15329790 - 15329730
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  15329790 caaaaatacgccgaggtactgtatattattatttgttgacataatgtattttattaatcat 15329730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 37802978 - 37802918
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  37802978 caaaaatactccgacatactgtatattattatttgttgacataatgtattttattaatcat 37802918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #33
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 236 - 369
Target Start/End: Original strand, 9999015 - 9999153
Alignment:
Q  236 aatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn-----gttccgcgtattgttatacttgaaaagtgcatcaattaaaagt 330  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||              |||||||| ||||||| || |||||||||||| |||||| |||    
T  9999015 aatggtgtaatgtaaatattgtattttagggtaacaatgatgtaaaaaaaaaaaaaggttccgcggattgttaaacctgaaaagtgcatgaattaatagt 9999114  T
Q  331 caatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtc 369  Q
    ||||| |||||| ||||||||| ||| ||||| ||||||    
T  9999115 caatgacaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtc 9999153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #34
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 298 - 393
Target Start/End: Original strand, 10041312 - 10041407
Alignment:
Q  298 ttgttatacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttaca 393  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| | || || ||||| ||| ||| ||||| |||||| |||||||||||||| || |||||    
T  10041312 ttgttatacctgaaaagttcatcaattaaaagtcaattgtagaaggatctgtttatataaaaattgcatgtcatgtaatgaccagtaagccttaca 10041407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #35
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 60
Target Start/End: Original strand, 9999416 - 9999460
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataat 60  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  9999416 caaaaatacgccgacgtactgtatattattatttgttgacataat 9999460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #36
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 60
Target Start/End: Original strand, 10234428 - 10234472
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataat 60  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  10234428 caaaaatacgccgacgtactgtatattattatttgttgacataat 10234472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #37
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 16 - 74
Target Start/End: Complemental strand, 10970124 - 10970066
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatc 74  Q
    |||||||||  |||| ||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||    
T  10970124 caaaaatacgtcgacatactgtatattattacttgttgacataatgtattttattaatc 10970066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #38
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 15 - 76
Target Start/End: Original strand, 31806 - 31867
Alignment:
Q  15 tcaaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    |||||||||| |||||||||||| || || |||||||| ||| ||| |||||||||||||||    
T  31806 tcaaaaatacgccgacgtactgtgtaataatatttgttgacaaaatgtattttattaatcat 31867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #39
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 60
Target Start/End: Original strand, 10109606 - 10109650
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataat 60  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  10109606 caaaaatacgccgatgtactgtatattattatttgttgacataat 10109650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #40
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 60
Target Start/End: Original strand, 10230835 - 10230879
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataat 60  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  10230835 caaaaatacgccgacgtactgtatattataatttgttgacataat 10230879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #41
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Original strand, 11361253 - 11361313
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    |||||||||  |||||||||||||| || |||||||| ||| ||| |||||||||||||||    
T  11361253 caaaaatacgtcgacgtactgtataataatatttgttgacaaaatgtattttattaatcat 11361313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #42
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Original strand, 11367642 - 11367702
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||  ||||||||||||||| || |||||||| ||| ||| |||||||||||||||    
T  11367642 caaaaatatgccgacgtactgtataataatatttgttgacaaaatgtattttattaatcat 11367702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #43
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Original strand, 27273401 - 27273461
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| |||||||||||| || || |||||||| ||| ||| |||||||||||||||    
T  27273401 caaaaatacgccgacgtactgtgtaataatatttgttgacaaaatgtattttattaatcat 27273461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #44
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Original strand, 41221200 - 41221260
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| |  ||||||| ||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||    
T  41221200 caaaaatacgcgaacgtactatatattattattttttgacataatgtattttattaatcat 41221260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #45
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 17 - 76
Target Start/End: Original strand, 50409165 - 50409224
Alignment:
Q  17 aaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    |||||||| || ||||||| |||||||||||| ||| ||||||| ||||||||| |||||    
T  50409165 aaaaatacgccaacgtactatatattattattagttgacataatgtattttatttatcat 50409224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #46
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 659 - 693
Target Start/End: Original strand, 20777761 - 20777795
Alignment:
Q  659 tgacccttacttttatttattgtcattgcaaaaca 693  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  20777761 tgaccctgacttttatttattgtcattgcaaaaca 20777795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #47
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 659 - 693
Target Start/End: Original strand, 35685133 - 35685167
Alignment:
Q  659 tgacccttacttttatttattgtcattgcaaaaca 693  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  35685133 tgaccctgacttttatttattgtcattgcaaaaca 35685167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #48
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 659 - 693
Target Start/End: Complemental strand, 38356508 - 38356474
Alignment:
Q  659 tgacccttacttttatttattgtcattgcaaaaca 693  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  38356508 tgaccctgacttttatttattgtcattgcaaaaca 38356474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #49
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 659 - 693
Target Start/End: Original strand, 55368943 - 55368977
Alignment:
Q  659 tgacccttacttttatttattgtcattgcaaaaca 693  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  55368943 tgaccctgacttttatttattgtcattgcaaaaca 55368977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1424 (Bit Score: 373; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold1424
Description:

Target: scaffold1424; HSP #1
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 108 - 862
Target Start/End: Original strand, 773 - 1531
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||| ||||||| ||| |||||||||||    
T  773 taatagtgagtgtcagatgtatacatctagtctgtgaatgcaaacgttaaattttttacgggtgtgtacaaatataatttgggcaacagaaacgccgatt 872  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn--gttccgcgtattgttata 305  Q
    |||||||             |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||||||    
T  873 gttatttatttttattttttacaaaaccaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtaaaaaaaagaagttccgcgtattgttata 972  T
Q  306 cttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnn 405  Q
    | || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||        
T  973 cctgcaaagtgcatcaattaaaagtcaaaggcaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtcctgtaatgatcagtacgccttacaaagaaattaaaa 1072  T
Q  406 nnnnncgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcacg 501  Q
         | |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||      || ||||||||| |||| |||||| ||| ||||||||||||||    
T  1073 aaaaccaactttcaatcaatacgcaactttagttttctaaattatagcaatagcaattcaaaaacataatcaataatcatactttctgaaaaacttcacg 1172  T
Q  502 atacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacatag 601  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1173 atacacaacatttgtggtctcgttgcaaacattattatcttcatccaagatgaatagcttcaaaccttttatagaagtaactcgagagacagcgacatag 1272  T
Q  602 agttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtca 701  Q
    ||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  1273 agttgcccatgcgtgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaaaattgaccctgacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcg 1372  T
Q  702 atgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttttcctgt 800  Q
    ||| |||||   || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||| || ||||||||||    
T  1373 atggaaattgtctgtgcatgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatcctgggaatgaataccttggtacctgccgtttttcctgt 1472  T
Q  801 aattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    |||||||||||   ||||| |||| || |||| |||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  1473 aattacggtag---ctatcgtgctattccctacatgtgtaactgtcagccttgtaccattac 1531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1424; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 60
Target Start/End: Original strand, 685 - 729
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataat 60  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  685 caaaaatacgccgacgtactgtatattattatttgttgacataat 729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 372; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 372; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 108 - 862
Target Start/End: Original strand, 35854994 - 35855757
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||| |||||  | |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  35854994 taatagtcattgtcacatgcatacacgtagtcggtaaatgcaaacgtttaattttttacggatgtgtataaatatagttttggctacagaaacgccgatt 35855093  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn----gttccgcgtattgtta 303  Q
    ||||||||            ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             ||| | || |||||||    
T  35855094 gttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtaaaaaaaaaaaaagtttcacggattgtta 35855193  T
Q  304 tacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttn 403  Q
     || |||||||||||| |||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||| ||||| |||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||      
T  35855194 aacctgaaaagtgcatgaattaatagtcaatgacaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtc-tataatgaccagtacgccttacaaagaaattaa 35855292  T
Q  404 nnnnnnn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttc 498  Q
            |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||  |    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  35855293 aaataaaacgacttccaaacaataggcaactttagttttataaattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttgaaaaacttc 35855392  T
Q  499 acgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgaca 598  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||| ||||| |||||||||||| |||||    
T  35855393 acgatacacaacatttgtggtctccttacaaacattattatcttcatccaggatgagcagcttcagaccttttcttgaagttactcgagagacagcgaca 35855492  T
Q  599 tagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcg 698  Q
    || |||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35855493 taaagttgtccatgcgtgaacacaggcttaggaagataaacccccactcgagataaagattgaccctgacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcg 35855592  T
Q  699 tcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttttcc 797  Q
    |||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  35855593 tcaatggaaattgcctgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatcctgggaatgaataccctagtacctgccctttttcc 35855692  T
Q  798 tgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  35855693 tgtaattacggtagcagctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctagtaccattac 35855757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 780
Target Start/End: Complemental strand, 37532630 - 37531856
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcatnnnnnnnnnnnnnnttgtannnnnnnnnatgtaatagtc 115  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||              |||||         || ||||||||    
T  37532630 caaaaatactccgacgtactgtatattattatttgttgacataatgtattttattaatcataaaaactaaaaaaattgtattttttt--atataatagtc 37532533  T
Q  116 agtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgattgttatttg 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  37532532 agtgtcagatgtatacacctagtctgtgaatgcaaacgttaaattttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgccgattgttatttg 37532433  T
Q  216 nnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn-gttccgcgtattgttatacttgaaaag 314  Q
                |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||| ||||||||||||||| ||||||     
T  37532432 tttttattttttacaaaaccaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtaaaaaaaaaagtttcgcgtattgttatacctgaaaaa 37532333  T
Q  315 tgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnnnnnnnc--- 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||                
T  37532332 tgcatcaattaaaagtcaatggcaggaggacctgcttatatagaaattgcatgtcctgtaatgaccagtacgtcttacaaagaaatttaaaaaaaaaaaa 37532233  T
Q  412 -gacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatat----tttttgaaaaacttcacga 502  Q
     |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  |    |||||||||||||||||| ||||||    ||||||||||||||||| |    
T  37532232 tgacttccaaacaatacgcaacttttgttttctaaattatagcaacaacaactctaaaacataaccaatggtcatatatactttttgaaaaacttcacca 37532133  T
Q  503 tacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacataga 602  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  37532132 tacacaacattcgtggtctccttgcaaacattattatcttcattcaagatgagcagcttcaaactttttctagaagtaactcgagagacagcgacataga 37532033  T
Q  603 gttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaa 702  Q
    |||  |||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  37532032 gtt--ccatgcgtgaacacgggcttaggaagataaacttccactcgagataaagattgaccctgacttttatttattgtcattgcaaaacaaagtgtcaa 37531935  T
Q  703 tgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatcttg-gaatgaataccctg 780  Q
    || ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  37531934 tggaaattgcatgcgtctgaatttgaagggtagtcctggatcatgcggaataagattcatcctgagaatgaataccctg 37531856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 108 - 862
Target Start/End: Original strand, 1859764 - 1860527
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaatttttt-acggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgat 206  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||| |||||  | |||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1859764 taatagtcattgtcacatgcatacacgtagtcggtaaatgcaaacgtttaatttttttacggatgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgccgat 1859863  T
Q  207 tgttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn---gttccgcgtattgtta 303  Q
    |||||||||            ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||  |||||||    
T  1859864 tgttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtaaaaaaaaaaaggttccgcagattgtta 1859963  T
Q  304 tacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttn 403  Q
     || |||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||  ||| ||| ||||| |||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||      
T  1859964 aacctgaaaagtgcatgaattaatagtcaatggcaggaggatctatttatatagaaattgcatgtc-tgtaatgaccagtacgccttataaagaaattaa 1860062  T
Q  404 nnnnnnn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttc 498  Q
            |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||  |    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  1860063 aaataaaacgacttccaaacaataggcaactttagttttataaattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttgaaaaacttc 1860162  T
Q  499 acgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgaca 598  Q
    |||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| || |||| || |||||| ||||| |||||||||||| |||||    
T  1860163 acgatacacaacatttgtagtctccttacaaacattattatcttcatccacgatgagtagcttcagaccttttcttgaagttactcgagagacagcgaca 1860262  T
Q  599 tagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcg 698  Q
    || |||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1860263 taaagttgtccatgcgtgaacacaggcttaggaagataaacccccacttgagataaagattgaccctagcttttatttattgtcattgcaaaacaaagcg 1860362  T
Q  699 tcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttttcc 797  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||| |||||||| |    
T  1860363 tcaatggaaattgcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatcctgggaatgaataccttggtacctgccctttttac 1860462  T
Q  798 tgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  1860463 tgtaattacggtagcaactatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctcgtaccattac 1860527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 354; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 108 - 862
Target Start/End: Original strand, 49709263 - 49710023
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||  |||||  | |||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  49709263 taatagtcattgtcacatgcatacatgtagtcggtaaatgcaaacgtttaattttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgccgatt 49709362  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnng-ttccgcgtattgttatac 306  Q
    ||| ||||            ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||         | ||||||| ||||||| ||    
T  49709363 gttgtttgttgttaatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattatattttagggtaacaacgatgtaataaaaaaggttccgcggattgttaaac 49709462  T
Q  307 ttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnnn 406  Q
     |||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||         
T  49709463 ctgaaaagtgcatgaattaatagtcaatggcaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtc-tataatgaccagtacgccttacaaagaaattaaaaa 49709561  T
Q  407 nnnn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcacg 501  Q
         |||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||  |    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  49709562 taaaacgacttccaaacaataggcaactttggttttataaattatagcaacaacaattctaaaacataaccaaggatcatactttttgaaaaacttcacg 49709661  T
Q  502 atacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacatag 601  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||| ||||| |||||||||||| ||||||||    
T  49709662 atacacaacatttgtggtctccttgcaaacattattatcttcatccaggatgagcagcttcagaccttttcttgaagttactcgagagacagcgacatag 49709761  T
Q  602 agttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtca 701  Q
    |||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  49709762 agttgtccatgcgtgaacacaggcttaggaagataaacccccactcgagataaagattgaccttgacttttatttattgacattgcaaaacaaagcgtca 49709861  T
Q  702 atgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttttcctgt 800  Q
    ||| |||||   ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||| || ||||||||| |||    
T  49709862 atggaaattgtctgcacctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatcctgggaatgaatacgctggtaactgccctttttcatgt 49709961  T
Q  801 aattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  49709962 aattacggtagcagctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctagtaccattac 49710023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 108 - 862
Target Start/End: Original strand, 31920561 - 31921323
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||| |||||  | |||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  31920561 taatagtcattgtcacatgcatacacgtagtcggtaaatgcaaacgtttaattttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacaccgatt 31920660  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn--gttccgcgtattgttata 305  Q
    ||||||||            ||||||  |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||            |||||||| ||||||| |    
T  31920661 gttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtgtaatgtaaataatgtattttagggtaacaatgatgaaaaaaaaaaaggttccgcggattgttaaa 31920760  T
Q  306 cttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnn 405  Q
    | |||||||||||| |||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||| ||||| |||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||        
T  31920761 cctgaaaagtgcatgaattaatagtcaatgacaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtc-tataatgaccagtacgccttacaaagaaattaaaa 31920859  T
Q  406 nnnnn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcata-ttttttgaaaaacttca 499  Q
          |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| |    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  31920860 ataaaacgacttccaaacaataggcaactttagttttcgaaattatagcaataacaattctaaaacataaccaatgatcatacttttttgaaaaatttca 31920959  T
Q  500 cgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacat 599  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||  |||| || |||||| ||||| |||||||||||| ||||||    
T  31920960 cgatacacaacatttgtggtctccttacaaacattattatcttcatccaggatgaccaacttcagaccttttcttgaagttactcgagagacagcgacat 31921059  T
Q  600 agagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgt 699  Q
    | |||||||||| | ||||||| |||||| |||||||||| |||||| |||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||  |||    
T  31921060 aaagttgtccatgcgtgaacacaggcttaagaagataaacccccacttgagataaagattgaccctcacttttatgtattgtcattgcaaaacaacacgt 31921159  T
Q  700 caatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttttcct 798  Q
    ||||| ||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  31921160 caatggaaattgcctgcgcctgaatttgaaggatagtcctggatcactcggaataagattcatcctgggaatgaatacactggtaccttccccttttcct 31921259  T
Q  799 gtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    |||||||| ||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  31921260 gtaattacagtatcaactatcgtgctcttccctagatgtgtaactatcagcctcgtaccattac 31921323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 230 - 862
Target Start/End: Original strand, 787088 - 787730
Alignment:
Q  230 aaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnngttccgcgtattgttatacttgaaaagtgcatcaattaaaag 329  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||          ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  787088 aaaaccaatggtctaatgtaaatattctattttagggtaacaacgatgtaaaaaaaaaattc-gcgtattgttatacctgaaaagtgcatcaattaaaag 787186  T
Q  330 tcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnnnnnnn-------cgacttccaaac 422  Q
    ||||||||||||| |||| |||| ||| ||||| ||||||  ||||||||||||| || ||||||||||||||               ||||||||||||    
T  787187 tcaatggcaggagaatctacttatatagaaattgcatgtcacgtaatgaccagtaagccttacaaagaaattttaaaaaaaaaaaaaacgacttccaaac 787286  T
Q  423 aatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcacgatacacaacatttttgg 518  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||  |    |||||||||||| | | ||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||| |||    
T  787287 aatacgcaactttagttttcttaattatagcaacaacaattctaaaacataatctaagatcatactttttgaaaaacttcaggatatacaacatttgtgg 787386  T
Q  519 tctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacatagagttgtccattcatgaa 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||| |||   ||||    
T  787387 tctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagcttcacaccttttctatatgtaactcgagagacaacaacatagagttgttcatgtgtgaa 787486  T
Q  619 cacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatgaaaatttcatgcgc 718  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||   |||||    
T  787487 cacgggcttaggaagataaactcccacttgagataaagattgaccctgacttttatttattgtcattgcaaaacaaagtgtcaatggaaattgtctgcgc 787586  T
Q  719 ctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatcttggaatgaataccctggtaccttccctttttcctgtaattacggtagcaactat 818  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||| ||||| ||||    
T  787587 ctgaatttgaagggtagttctggatcacttggaataagattcatccgggaatgaataccctgatacctgccctttttcccgtaattacgttagcagctat 787686  T
Q  819 cttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    | ||||||| ||||||||||||| | ||||||||||| ||||||    
T  787687 cgtgctcttccctagatgtgtaattgtcagcctcgtaccattac 787730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 297; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 108 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 49787960 - 49787197
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||| | ||| ||| |||||| |||||  | ||| |||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  49787960 taatagtcattatcaaatgcatacacgtagtcggtaaatacaaacgtttaattttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgccgatt 49787861  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn----gttccgcgtattgtta 303  Q
    ||||||||            ||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||             ||| | || |||||||    
T  49787860 gttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattgtgttttagggtaacaacgatgtaaaaaaaaaaaaggtttcacggattgtta 49787761  T
Q  304 tacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttn 403  Q
     || |||||||||||| |||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||| ||||| |||||| | |||||||| |||||| |||||||||||||      
T  49787760 aacctgaaaagtgcatgaattaatagtcaatgacaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtc-tataatgaccggtacgccttacaaagaaattaa 49787662  T
Q  404 nnnnnnn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttc 498  Q
            |||||||||||||||| ||| |||||||||| || ||||| ||||  |    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  49787661 aaataaaacgacttccaaacaataggcagctttagttttatatattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttgaaaaacttc 49787562  T
Q  499 acgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgaca 598  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||  || |||||  ||||| ||||||||||||||||||    
T  49787561 acgatacacaacatttgtggtctccttacaaacattattatcttcatccaggatgagcagcttcggaccttttcatgaagttactcgagagacaacgaca 49787462  T
Q  599 tagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcg 698  Q
    || ||||||| || | ||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49787461 taaagttgtctatgcgtgaacacaggcttaggaagataaacccccacccgagataaagattga-cctggcttttatttattgtcattgcaaaacaaagcg 49787363  T
Q  699 tcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttttcc 797  Q
    |||||| |||||   |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  49787362 tcaatggaaattgtctgcgtctgaatttgaagggtagtcctggatcattcggaataagattcatcctgggaatgaataccctagtacctgccctttttcc 49787263  T
Q  798 -tgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
     ||||||||||||||||  |||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||||    
T  49787262 ttgtaattacggtagcagttatcgtgctcttccctagatgtataactgtcagcctagtaccattac 49787197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 496 - 862
Target Start/End: Original strand, 38517579 - 38517946
Alignment:
Q  496 ttcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacg 595  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||| || | || |||||| ||||| || ||||||||| ||    
T  38517579 ttcacgatacacaacatctgtggtctccttacaaacattattatcgtcatccaggatgagcagctttagaccttttcttgaagttacccgagagacagcg 38517678  T
Q  596 acatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaa 695  Q
    ||||| |||||||||| | ||||||| |||||| |||| ||||   ||| || ||||||| ||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  38517679 acataaagttgtccatgcgtgaacacaggcttatgaagctaaaactccattcaagataaagattgaccttggcttttatttattgtcattgcaaaacaaa 38517778  T
Q  696 gcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttt 794  Q
    ||||||| | ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||| || |||||||||||||| |||||| |||||||    
T  38517779 gcgtcaaaggaaattgcctgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcattcagaataaaattcatcctgggaatgaataccctagtacctgccctttt 38517878  T
Q  795 tcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  38517879 tcctgtaattacggtagcaactatcgtgctcttccctagatgtgtaactttcagcctagtaccattac 38517946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 568 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 55559702 - 55559407
Alignment:
Q  568 ttttctagaagtaactcgagagacaacgacatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgaccctta 667  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| | ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  55559702 ttttctagaagtaactcgagagacagcgacatagagttgcccatgcgtgaacacaggcttaggaaaataaactcccactcgagataaagattgaccctga 55559603  T
Q  668 cttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttg 766  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |    
T  55559602 cttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatggaaattatctgcgcatgaatttgaagggtagtcctggaccactcggaataagattcatcctgg 55559503  T
Q  767 gaatgaataccctggtaccttccctttttcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  55559502 gaatgaataccttggtacctgccctttttcctgtaattacggtagcagctatcgtgatcttccctagatgtgtaactgtcagccttgtaccattac 55559407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 16 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 618538 - 618279
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcatnnnnnnnnnnnnnnttgtannnnnnnnnatgtaatagtc 115  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||              |||||         || ||| |||     
T  618538 caaaaatactccgacgtactgtatattattatttgttgacataatgtattttattaatcataaaaactaaaaaaattgtattttttt--atataacagta 618441  T
Q  116 agtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgattgttatttg 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  618440 agtgtcagatgtatacacctagtctgtgaatgcaaacattaaattttttacgggtgtgtatagatatagtttgggctacaaaaacgtcgattgttatttg 618341  T
Q  216 nnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgt 278  Q
                |||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||    
T  618340 tttttattttttacaaaatcaatggtctaatgtaaatattata-tttggggtaacaacgatgt 618279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 83; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 108 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 55560102 - 55559808
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||| |||||  | |||||||||||| ||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||| |||| || |||    
T  55560102 taatagtcattgtcacatgcatacacgtagtcggtaaatgcaaacgtttaattttt-acgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacaccaatt 55560004  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttaggg-taacaacgatgtnnnnnnnnn--gttccgcgtattgttat 304  Q
    ||||||||            ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||           |||||||| |||||||     
T  55560003 gttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattgtattttaggggtaacaacgatgtaaaaaaaaaaggttccgcggattgttaa 55559904  T
Q  305 acttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatt 401  Q
    || |||||| ||||| |||||| ||||||||||||||  ||||||||| ||| ||||| ||||| || |||||||| |||||| |||||||||||||    
T  55559903 acctgaaaaatgcatgaattaatagtcaatggcaggaagatctgcttatatagaaattgcatgt-ctataatgaccggtacgccttacaaagaaatt 55559808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 17 - 76
Target Start/End: Original strand, 9281882 - 9281941
Alignment:
Q  17 aaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||    
T  9281882 aaaaatacactgacgtactgtatattattatttgttgacataatgtattatattaatcat 9281941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 109 - 187
Target Start/End: Original strand, 9281977 - 9282055
Alignment:
Q  109 aatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagttt 187  Q
    |||||||| ||||||||||| ||| |  |||| |||||||||| |||| || |||||||||||| | ||||||||||||    
T  9281977 aatagtcaatgtcagatgtagacatccggtctgtgaatgcaaatgttagatattttacggatgtatataaatatagttt 9282055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 422 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 55559780 - 55559701
Alignment:
Q  422 caatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaactt 497  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||   |    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  55559780 caatgcgcaactttagttttctaaattatagcagcaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttaaaaaactt 55559701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Original strand, 786912 - 786972
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| | ||||||||||||| || |||||||| ||| ||| |||||||||||||||    
T  786912 caaaaatacgctgacgtactgtataataatatttgttgacaaaatgtattttattaatcat 786972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Original strand, 31920466 - 31920526
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| |||||||||||| || || |||||||| ||| ||| |||||||||||||||    
T  31920466 caaaaatacgccgacgtactgtgtaataatatttgttgacaaaatgtattttattaatcat 31920526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Original strand, 35854903 - 35854963
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| |||||||||||| || || |||||||| ||| ||| |||||||||||||||    
T  35854903 caaaaatacgccgacgtactgtgtaataatatttgttgacaaaatgtattttattaatcat 35854963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 55560191 - 55560131
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| |||||||||||| || || |||||||| ||| ||| |||||||||||||||    
T  55560191 caaaaatacgccgacgtactgtgtaataatatttgttgacaaaatgtattttattaatcat 55560131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017 (Bit Score: 365; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0017
Description:

Target: scaffold0017; HSP #1
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 108 - 862
Target Start/End: Original strand, 185657 - 186407
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  185657 taatagtgagtgtcagatgtatacacctagtatgtgaatgcaaacgttaaatttttgacgggtgtgtataaatatagtttggggtacaagaacgccgatt 185756  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnngttccgcgtattgttatact 307  Q
    ||||||||            |||||| |||||||||||||||| | ||||||||||     ||||||||||         |||||||||||||||||||     
T  185757 gttatttgtttatattttttacaaaa-caatggtctaatgtaattcttgtatttta-----acaacgatgtaaaaaaaaagttccgcgtattgttatacc 185850  T
Q  308 tgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnnnn 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||  ||| ||||| |||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||          
T  185851 tgaaaagtgcatcaattaaaagtcaaaggcagaaggatctgcttgtatacaaattgcatgtcttgtgatgaccagtacgccttacaaagaaatt-aaaaa 185949  T
Q  408 nnncgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcacgat 503  Q
       | |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||       |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  185950 aaacaacttccaatcaatatgcaactttagttttttaaattatagcaacaccaattctaaaacataaccaatgatcatactttttgaaaaacttcacgat 186049  T
Q  504 acacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacatagag 603  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  186050 acacaacatttgtggtctccttgcaaacattattattttcatccaagatgagcagcttcaaaccttttctagaagtaactcgagagacagcgacatagag 186149  T
Q  604 ttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaat 703  Q
    ||| |||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  186150 ttgcccatgcgtgaacacgggcttaggtagataaactcccacttgagataaagattgaccct--cttttatttattgtcattgtaaaacaaagcatcaat 186247  T
Q  704 gaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttttcctgtaa 802  Q
    | |||||   ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  186248 ggaaattgtctgcgcatgaatttgaaggatagtcctggatcactcggaataagattcatcctgggaatgaataccctggtacctgccctttttcctgtaa 186347  T
Q  803 ttacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    ||||||||||| ||||| | ||||| |||||||||  |||| ||||||||||| ||||||    
T  186348 ttacggtagcagctatcgtcctcttccctagatgttaaactgtcagcctcgtaccattac 186407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 364; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 108 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 25219701 - 25218934
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||| |||||  | |||||||| ||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  25219701 taatagtcattgtcacatgcatacacgtagtcggtaaatgcaaatgtttaattttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgccgatt 25219602  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn--------gttccgcgtatt 299  Q
    ||||||||            ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 ||| | || |||    
T  25219601 gttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtaaaaaaaaaaaaaaaaggtttcacggatt 25219502  T
Q  300 gttatacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaa 399  Q
    |||| || |||||||||||| |||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||| ||||| |||||| | ||||||||||||||| |||||||||||    
T  25219501 gttaaacctgaaaagtgcatgaattaatagtcaatgacaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtc-tataatgaccagtacgccttacaaagaaa 25219403  T
Q  400 tttnnnnnnnn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaa 494  Q
    ||          |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||  |    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  25219402 ttaaaaataaaacgacttccaaacaataggcaactttagttttataaattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttgaaaaa 25219303  T
Q  495 cttcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaac 594  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||| ||||| |||||||||||| |    
T  25219302 cttcacgatacacaacatttgtggtctccttacaaacattattatcttcatccaggatgagcagcttcagaccttttcttgaagttactcgagagacagc 25219203  T
Q  595 gacatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaa 694  Q
    |||||| |||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  25219202 gacataaagttgtccatgcgtgaacacaggcttaggaagataaacccccactcgagataaagattgaccctgacttttatttattgtcattgcaaaacaa 25219103  T
Q  695 agcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttcccttt 793  Q
    |||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  25219102 agcgtcaatggaaattgcctgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatcctgggaatgaataccctggtacctgcccttt 25219003  T
Q  794 ttcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  25219002 ttcctgtaattacggtagcagctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctagtaccattac 25218934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 340; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 108 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 31979657 - 31978896
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||||| ||| ||| |||||| || ||  | |||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  31979657 taatagtcagtatcacatgcatacacgtactcggtaaatgcaaacgtttaattttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgctgatt 31979558  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn--gttccgcgtattgttata 305  Q
    ||||||||            ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           |||||||| ||||||| |    
T  31979557 gttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtaaagaaaaaaggttccgcggattgttaaa 31979458  T
Q  306 cttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnn 405  Q
    || ||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||        
T  31979457 ctagaaaagtgcatgaattaatagtcaatggcaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtc-tataatgaccagtacgccttacaaagaaattaaaa 31979359  T
Q  406 nnnnnc-gacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcac 500  Q
           ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  31979358 ataaaatgacttccaaacaataggcaactttagttttctaaattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcgtactttttgaaaaacttcac 31979259  T
Q  501 gatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacata 600  Q
    |||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||||  |||| |||||||||||| ||| |||    
T  31979258 gatacacaacatttgtggtctccttactaacattattatcttcatccaggatgagcagcttcagaccttttcttcaagttactcgagagacaccgaaata 31979159  T
Q  601 gagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtc 700  Q
     |||||| ||| | ||||||| | |||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||   |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  31979158 aagttgttcatgcgtgaacacagacttaagaagataaacccccactcgagataaagattgaccctggtttttatttattgtcattgtaaaacaaagcgtc 31979059  T
Q  701 aatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttttcctg 799  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| || |||||| ||    
T  31979058 aatggaaattgcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatcctcggaatgaataccctggtacctgccatttttcttg 31978959  T
Q  800 taattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  31978958 taattacggtagcagctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctagtaccattac 31978896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 108 - 862
Target Start/End: Original strand, 30306259 - 30307027
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||| |||||  | |||||||||||| |||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30306259 taatagtcattgtcacatgcatacacgtagtcggtaaatgcaaacgtttaattttatacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgccgatt 30306358  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn---------gttccgcgtat 298  Q
    ||||||||            ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||                  ||| | || ||    
T  30306359 gttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtatcaacgatgtaaaaaaaaaaagaaaaaggtttcacggat 30306458  T
Q  299 tgttatacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaa 398  Q
    ||||| || |||||||||||| |||||| |||||||| |||||| |||| |||| ||| ||||| |||||| | ||||||||||||||| ||||||||||    
T  30306459 tgttaaacatgaaaagtgcatgaattaatagtcaatgacaggaggatcttcttatatagaaattgcatgtc-tataatgaccagtacgccttacaaagaa 30306557  T
Q  399 atttnnnnnnnnc-gacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaa 493  Q
    |||           ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||  |    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  30306558 attaaaaataaaatgacttccaaacaataggcaactttagttttataaattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttgaaaa 30306657  T
Q  494 acttcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaa 593  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||| |||| || |||||| ||||| ||||||||||||     
T  30306658 acttcacgatacacaacatttgtggtctccttacaaacattattatcttcatccagaatgagcagcttcagaccttttcttgaagttactcgagagacag 30306757  T
Q  594 cgacatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaaca 693  Q
    ||||||| |||||||||| | ||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  30306758 cgacataaagttgtccatgcgtgaacataggcttaggaagataaacccccactcgagataaagattgaccctggcttttatttattgtcattgcaaaaca 30306857  T
Q  694 aagcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctt 792  Q
    ||| ||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||| |||||| |||||    
T  30306858 aagtgtcaatggaaattgcctgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcagaataagattcatcctgggaatgaataccctagtacctgccctt 30306957  T
Q  793 tttcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| | ||||| ||| ||||||    
T  30306958 tttcctgtaattacggtagcagctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgttagcctagtaccattac 30307027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 108 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 33862515 - 33861749
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaatttttt-acggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgat 206  Q
    |||||||||||| || ||| |||||| |||||  | |||||||||||| |||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  33862515 taatagtcagtgccacatgcatacacgtagtcggtaaatgcaaacgtttaatttttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacaaaaatgtcgat 33862416  T
Q  207 tgttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn-----gttccgcgtattgt 301  Q
    |||||||||            ||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||              |||||||  |||||    
T  33862415 tgttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtttaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtaaaaaaaaaaaaaggttccgcagattgt 33862316  T
Q  302 tatacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatt 401  Q
    || || |||||||||||| |||||| |||||||| |||| | ||||||||| ||| ||||| |||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  33862315 taaacctgaaaagtgcatgaattaatagtcaatgacagggggatctgcttatatagaaattgcatgtc-tataatgaccagtacgccttacaaagaaatt 33862217  T
Q  402 tnnnnnnnn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcata-ttttttgaaaaac 495  Q
              |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| |    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  33862216 aaaaataaaacgacttccaaacaataggcaactttagttttcgaaattatagcaataacaattctaaaacataaccaatgatcatacttttttgaaaaat 33862117  T
Q  496 ttcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacg 595  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||  |||| || |||||| ||||| |||||||||||| ||    
T  33862116 ttcacgatacacaacatttgtggtctccttacaaacattattatcttcatccaggatgaccaacttcagaccttttcttgaagttactcgagagacagcg 33862017  T
Q  596 acatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaa 695  Q
    ||||| |||||||||| | ||||||| |||||| |||||||||| |||||| |||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||     
T  33862016 acataaagttgtccatgcgtgaacacaggcttaagaagataaacccccacttgagataaagattgaccctcacttttatgtattgtcattgcaaaacaac 33861917  T
Q  696 gcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttt 794  Q
     |||||||| ||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  33861916 acgtcaatggaaattgcctgcgcctgaatttgaaggatagtcctggatcactcggaataagattcatcctgggaatgaatacactggtaccttccccttt 33861817  T
Q  795 tcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    |||||||||||| ||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  33861816 tcctgtaattacagtatcaactatcgtgctcttccctagatgtgtaactatcagcctcgtaccattac 33861749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 108 - 862
Target Start/End: Original strand, 7820925 - 7821688
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||| |||||  | |||||||| ||| | |||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||||    
T  7820925 taatagtcattgtcacatgcatacacgtagtcggtaaatgcaaatgtttatttttttacgggtgtgtataaataaagtttgggctacagaaacgtcgatt 7821024  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn-----gttccgcgtattgtt 302  Q
    ||||||||            ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              ||| |||| ||||||    
T  7821025 gttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtaaaaaaaaaaaaaggtttcgcggattgtt 7821124  T
Q  303 atacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaattt 402  Q
    | || |||||||||||| |||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||| ||||| |||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||     
T  7821125 aaacctgaaaagtgcatgaattaatagtcaatgacaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtc-tataatgaccagtacgccttacaaagaaatta 7821223  T
Q  403 nnnnnnnn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaactt 497  Q
             |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || |  |    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7821224 aaaataaaacgacttccaaacaataggcaactttagttttataaattatagcgacaacaattctaaaacttaaccaatgatcatactttttgaaaaactt 7821323  T
Q  498 cacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgac 597  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||| || | || |||||| ||||| |||||||||||| ||||    
T  7821324 cacgatacacaacatttgtggtctccttataaacattattatcttcatccaggatgagcagctttagaccttttcttgaagttactcgagagacagcgac 7821423  T
Q  598 atagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagc 697  Q
    ||| |||||||||| | ||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7821424 ataaagttgtccatgcgtgaacacagacttaggaagataaacccccactcgagataaagattgaccctagcttttatttattgtcattgcaaaacaaagc 7821523  T
Q  698 gtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttttc 796  Q
    ||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||  ||||| ||| |||||    
T  7821524 gtcaatggaaattgcctgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagatacatcctgggaatgaataccctaatacctgccc-ttttc 7821622  T
Q  797 ctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  7821623 ctgtaattacggtagcagctatcgtgctcttccctagatgtgtaactatcagcctagtaccattac 7821688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 314; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 108 - 862
Target Start/End: Original strand, 7780835 - 7781598
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||| |||||  | |||||||| ||| | |||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||||    
T  7780835 taatagtcattgtcacatgcatacacgtagtcggtaaatgcaaatgtttatttttttacgggtgtgtataaataaagtttgggctacagaaacgtcgatt 7780934  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn-----gttccgcgtattgtt 302  Q
    ||||||||            ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              ||| |||| ||||||    
T  7780935 gttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtaaaaaaaaaaaaaggtttcgcggattgtt 7781034  T
Q  303 atacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaattt 402  Q
    | || |||||||||||| |||||| |||||||| ||| || ||||||||| ||| ||||| |||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||     
T  7781035 aaacctgaaaagtgcatgaattaatagtcaatgacagaaggatctgcttatatagaaattgcatgtc-tataatgaccagtacgccttacaaagaaatta 7781133  T
Q  403 nnnnnnnn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaactt 497  Q
             |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || |  |    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7781134 aaaataaaacgacttccaaacaataggcaactttagttttataaattatagcgacaacaattctaaaacttaaccaatgatcatactttttgaaaaactt 7781233  T
Q  498 cacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgac 597  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||| || | || |||||| ||||| |||||||||||| ||||    
T  7781234 cacgatacacaacatttgtggtctccttataaacattattatcttcatccaggatgagcagcttaagaccttttcttgaagttactcgagagacagcgac 7781333  T
Q  598 atagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagc 697  Q
    ||| |||||||||| | ||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7781334 ataaagttgtccatgcgtgaacacagacttaggaagataaacccccactcgagataaagattgaccctagcttttatttattgtcattgcaaaacaaagc 7781433  T
Q  698 gtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttttc 796  Q
    ||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||  ||||| ||| |||||    
T  7781434 gtcaatggaaattgcctgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagatacatcctgggaatgaataccctaatacctgccc-ttttc 7781532  T
Q  797 ctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  7781533 ctgtaattacggtagcagctatcgtgctcttccctagatgtgtaactatcagcctagtaccattac 7781598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 108 - 721
Target Start/End: Original strand, 14713366 - 14713999
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||| | |||||    
T  14713366 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctgtgaatgcaaacgttaaattttttacgggtgtgtataaatatagtttggactacagaaatgtcgatt 14713465  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn--------gttccgcgtatt 299  Q
    ||||||||            |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||                 ||| ||||||||    
T  14713466 gttatttgtttttattttttacaaaatcaatggtctaatgtaaatattatattttagggtaacaacgatgtaaaaaaaaaaaaaaaaagtttcgcgtatt 14713565  T
Q  300 gttatacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaa 399  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |  |||||| ||| ||||| |||||| ||||||||||| ||||  ||| |||||||    
T  14713566 gttatacctgaaaaatgcatcaattaaaagtcaatggcaggaggacatgcttatatagaaattgcatgtcttgtaatgaccaatacgtcttataaagaaa 14713665  T
Q  400 tttnnnnnnnnc---------gacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatatttt 486  Q
    | |                  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||  |    |||||||||||||||||||||||| |||    
T  14713666 tatataaaaaaaaaaaaaaaagacttccaaacaatacgcaactttggttttctaaattacagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatacttt 14713765  T
Q  487 ttgaaaaacttcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcga 586  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  14713766 ttgaaaaacttcacgataaacaacattcgtggtctccttgcaaacattattatctccattcaagatgagcagcttcaaaccttttctagaagtaactcga 14713865  T
Q  587 gagacaacgacatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattg 686  Q
    |||||| ||||||| |||||| ||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  14713866 gagacagcgacataaagttgttcatacgtgaacacgggcttaggaagataaa-tcccactcgagataaagattgaccctgaattttatttattgtcattg 14713964  T
Q  687 caaaacaaagcgtcaatgaaaatttcatgcgcctg 721  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  14713965 caaaacaaagcgtcaatggaaattgcatgcgcctg 14713999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 459 - 862
Target Start/End: Original strand, 14767005 - 14767413
Alignment:
Q  459 tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcag 558  Q
    ||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  14767005 tctaaaatataaccaatgaacatactttttgaaaaacttcacgatacacaacatttgtggtctccttgcaaacattattatcttcattcaaaatgagcag 14767104  T
Q  559 tttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacatagagttgtccattcatg----aacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataa 654  Q
     ||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||    || |||||||||||||||| |||||| |||| ||||||    
T  14767105 cttcaaaccttttatagaagtaactcgagagacagcgacatagagttgtccatatatgcgtgaatacgggcttaggaagatcaactcctactcaagataa 14767204  T
Q  655 atattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaata 754  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||| ||||  | || || |||||||||| ||||||||| |||| |||||||||    
T  14767205 agattgaccctgacttttatttattgtcattgcaaacaaaagtgtcaatggaaatcacctgtgcttgaatttgaatggtagtccttgatcgctcggaata 14767304  T
Q  755 agattcatctt-ggaatgaataccctggtaccttccctttttcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcg 853  Q
     |||||||||| ||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  14767305 cgattcatcttgggaatgaatactctggtacctgtcctttttcctgtaattacggtagcagctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctcg 14767404  T
Q  854 tatcattac 862  Q
     | ||||||    
T  14767405 caccattac 14767413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 16 - 638
Target Start/End: Original strand, 13424627 - 13425242
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcatnnnnnnnnnnnnnnttgtannnnnnnnnatgtaatagtc 115  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||              |||||         || ||||||||    
T  13424627 caaaaatacgccgacgtactgtatattattatttgttgacataatgtattttattaatcataaaaactaaaaattttgtattttttt--atataatagtc 13424724  T
Q  116 agtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgattgttatttg 215  Q
    | |||||||| |||||||||||| | |||||||||         ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  13424725 aatgtcagatttatacacctagtatctgaatgcaac--------tttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctaaagaaacgccgattgttatttg 13424816  T
Q  216 nnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnngttccgcgtattgttatacttgaaaagt 315  Q
                | |||| |||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||         ||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  13424817 tttttattttttataaaaccaattgtttaatgtaaatattgtactttaggttaacaacgatgttaaaaaaaagttccacgtattgttatacctgaaaagt 13424916  T
Q  316 gcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnnnnnnncgact 415  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||  |||||||||||||          ||||    
T  13424917 gcatcaattaaaattcaatggcaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtcctataatgactagtacgtcttacaaagaaattaaaaaaaa--gact 13425014  T
Q  416 tccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga-----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcacgatacacaac 510  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||  |     |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  13425015 tccaaacaattcgcaactttagctttctaaattatagcaaaaaaaaattctaaaacataaccaatgatcatactttttgaaaaacttcacgatacataac 13425114  T
Q  511 atttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacatagagttgtcca 610  Q
    |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  13425115 atttgtgatctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagcttcaaaccttttctagaagtaactcgagagacagtgacatagagttgtcca 13425214  T
Q  611 ttcatgaacacgggcttaggaagataaa 638  Q
    | | ||||||||| ||||||||||||||    
T  13425215 tgcgtgaacacggacttaggaagataaa 13425242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 200; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 568 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 21114408 - 21114113
Alignment:
Q  568 ttttctagaagtaactcgagagacaacgacatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgaccctta 667  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||| | ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  21114408 ttttctagaagtaactcgagagacagcgacatagagttgctcatgcgtgaacacagacttaggaagataaactcccactcgagataaagattgaccctga 21114309  T
Q  668 cttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttg 766  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  21114308 cttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatggaaattatctgcgcatgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatcctag 21114209  T
Q  767 gaatgaataccctggtaccttccctttttcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  21114208 gaatgaataccttggtacctgccctttttcctgtaattacggtagcagctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctcgtaccattac 21114113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 143; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 630 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 25209635 - 25209401
Alignment:
Q  630 gaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaa 729  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| | |||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||   ||||||||||||||||    
T  25209635 gaagataaacccccactcgagataaagactgaccctggcttttatttattatcattgcaaaacaaagcgtcaatggaaattgtctgcgcctgaatttgaa 25209536  T
Q  730 gggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccc-tttttcctgtaattacggtagcaactatcttgctctt 827  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  25209535 gggtagtcctggatcactcggaataagattcatcctgggaatgaataccctagtacctgcccttttttcctgtaattacggtagcagctatcgtgctctt 25209436  T
Q  828 tcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
     ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  25209435 ccctagatgtgtaactgtcagcctagtaccattac 25209401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 118; E-Value: 9e-60
Query Start/End: Original strand, 297 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 25209917 - 25209652
Alignment:
Q  297 attgttatacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaag 396  Q
    ||||||| || |||||||||||| |||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||| ||||| |||||| | ||||||||||||||| ||||||||    
T  25209917 attgttaaacctgaaaagtgcatgaattaatagtcaatgacaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtc-tataatgaccagtacgccttacaaag 25209819  T
Q  397 aaatttnnnnnnnn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatgat----ctaaaacataaccaatgatcatattttttgaa 491  Q
    |||||          |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||  ||    ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  25209818 aaattaaaaataaaacgacttccaaacaataggcaactttagttttataaattatagcaacaataattctaaaacataaccaatgatcatactttttgaa 25209719  T
Q  492 aaacttcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcag 558  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||| |||||    
T  25209718 aaacttcacgatacacaacatttgtggtctccttacaaacattattatctttatccaggataagcag 25209652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 108 - 401
Target Start/End: Original strand, 14764713 - 14765006
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||||  |||||||| |||| | ||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||  ||||| |||||    
T  14764713 taatagtcaggttcagatgtttacagccagtttgtgaatgcaaacgttaaattttttacgggtgtgtataaatatagtttaggctacggaaacgtcgatt 14764812  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatc-aatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnngttccgcgtattgttatac 306  Q
    |||||||             |||||| | || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||         |||| | ||||||||||||    
T  14764813 gttatttatttttattttttacaaaaaccaacggtctaatgtaaatattgtattttagg-taacaacaatgtaaaaaaaaagttcagagtattgttatac 14764911  T
Q  307 ttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatt 401  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||   | |||| |||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  14764912 ctgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggaggatctgtttaatattcaattgcatgtcgtgtaatgaccaatacgccttacaaagaaatt 14765006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 88; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 108 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 21114813 - 21114411
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaatttttt-acggat-gtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccga 205  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||| |||||  | |||||||||||| |||||||| |||| | |||| ||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  21114813 taatagtcattgtcacatgcatacacgtagtcggtaaatgcaaacgtttaatttttttacgggttgtgtataaatatagtttgggttacagaaacgccga 21114714  T
Q  206 ttgttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttaggg-taacaacgatgtnnnnnnnnn----gttccgcgtattg 300  Q
    ||||||||||            ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||             |||||||| ||||    
T  21114713 ttgttatttgttattaatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattgtattttaggggtaacaacgatgtaaaaaaaaaaacggttccgcggattg 21114614  T
Q  301 ttatacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaat 400  Q
    ||| || |||||||||||| |||||| ||||||||||||||  ||||||||| ||| ||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  21114613 ttaaacctgaaaagtgcatgaattaatagtcaatggcaggaagatctgcttatataaaaattgcatgt-ctataatgaccagtacgccttacaaagaaat 21114515  T
Q  401 t------tnnnnnnnncgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttga 490  Q
    |               | |||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||    |||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  21114514 taaaagaaaaaaaaaacaactttcaatcaatgcgcaactttagttttctaaattatagcaacgacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttaa 21114415  T
Q  491 aaaa 494  Q
    ||||    
T  21114414 aaaa 21114411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 751 - 862
Target Start/End: Original strand, 14714003 - 14714115
Alignment:
Q  751 aataagattcatcttgg-aatgaataccctggtaccttccctttttcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagc 849  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||  | |||||||  |||||||| || ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  14714003 aataagattcatcctgggaatgaataccctggtaccagctctttttctcgtaattacagttgcaactatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagc 14714102  T
Q  850 ctcgtatcattac 862  Q
    |||||| ||||||    
T  14714103 ctcgtaccattac 14714115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Original strand, 14713276 - 14713336
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||    
T  14713276 caaaaatactccgacgtactgtatattattatttgttgacataatgtattttactaatcat 14713336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Original strand, 14764623 - 14764683
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  14764623 caaaaatacgccgaggtactgtatattattatttgttgacataatgtattttattaatcat 14764683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 31979747 - 31979687
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||| || |||||||| ||| ||| |||||||||||||||    
T  31979747 caaaaatacgccgacttactgtataataatatttgttgacaaaatgtattttattaatcat 31979687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 659 - 693
Target Start/End: Original strand, 17886246 - 17886280
Alignment:
Q  659 tgacccttacttttatttattgtcattgcaaaaca 693  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  17886246 tgaccctgacttttatttattgtcattgcaaaaca 17886280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 659 - 693
Target Start/End: Complemental strand, 25089502 - 25089468
Alignment:
Q  659 tgacccttacttttatttattgtcattgcaaaaca 693  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  25089502 tgaccctgacttttatttattgtcattgcaaaaca 25089468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 413 - 450
Target Start/End: Original strand, 14765020 - 14765057
Alignment:
Q  413 acttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattat 450  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  14765020 acttccaaacaatacgtaactttagttttcttaattat 14765057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0262 (Bit Score: 359; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0262
Description:

Target: scaffold0262; HSP #1
Raw Score: 359; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 137 - 862
Target Start/End: Original strand, 18117 - 18856
Alignment:
Q  137 gtctatgaatgcaaacgttaaatttttt-acggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgattgttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatc 235  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||             |||||| |    
T  18117 gtctgtgaatgcaaacattaaatttttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgccgattgttatttatttttattttttacaaaacc 18216  T
Q  236 aatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnngttccgcgtattgttatacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatg 335  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||         ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  18217 tatggtctaatgtaaatattgtattttagcgtaacaacgatgtaaaaaaaaagttccgcgtattgttatacctgaaaagtgcatcaattaaaagtcaaag 18316  T
Q  336 gcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnnnnnnncga--------cttccaaacaatac 427  Q
    ||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||           |        ||| ||| ||||||    
T  18317 gcaggaggatctgcttatatagaaattacatgtcctgtaatgaccagtacgccttacaaagaaattaaaaaaaaaaaaaaaaaaaactttcaatcaatac 18416  T
Q  428 gcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcacgatacacaacatttttggtctcc 523  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||  |    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  18417 gcaactttagttttctaaattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttaaaaaacttcacgatacacaacatatgtggtctcc 18516  T
Q  524 ttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacatagagttgtccattcatgaacacgg 623  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| | |||||||      
T  18517 ttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagcttcaaaccttttctagaagtaactcgagagacagcgacatagagttgcccatgcgtgaacacaa 18616  T
Q  624 gcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaa 723  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   ||| | ||||    
T  18617 gcttaggaagataaactcccactcgagataaagattgaccctgacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatggaaattgtctgcacatgaa 18716  T
Q  724 tttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttttcctgtaattacggtagcaactatcttg 822  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| | ||| |||| || ||||||| ||||||||||||||| ||||| |     
T  18717 tttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatcctaggaatgaatatcttggcacctaccttttttccagtaattacggtagcagctatcgta 18816  T
Q  823 ctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    ||||| |||||||||||| || ||||||||||| ||||||    
T  18817 ctcttccctagatgtgtagctgtcagcctcgtaccattac 18856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0262; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 60
Target Start/End: Original strand, 18008 - 18052
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataat 60  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  18008 caaaaatacgccgacgtactgtatattattatttattgacataat 18052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0134 (Bit Score: 355; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0134
Description:

Target: scaffold0134; HSP #1
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 135 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 6362 - 5628
Alignment:
Q  135 tagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgattgttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaat 234  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||| | |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||             ||||||     
T  6362 tagtctgtgaatgtaaacgttaaattttttacgggtgt-tataaatatagtctgggctacagaaacgccgattgttatttatttttattttttacaaaac 6264  T
Q  235 caatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnngttccgcgtattgttatacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaat 334  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  6263 caatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtaaaaaaaa-gttccgcgtattgttatacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaaa 6165  T
Q  335 ggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnnnnnnncga----cttccaaacaatacgca 430  Q
    |||| ||  ||||||||| ||| ||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||           |    | | ||| ||||||| |    
T  6164 ggcatgaaaatctgcttatatagaaattgcatgtcctataatgaccagtacgccttacaaagaaattaaaaaaaaaaaaaaaacattcaatcaatacgta 6065  T
Q  431 actttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcacgatacacaacatttttggtctccttg 526  Q
    |||||||||||||||||||| | ||  |    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||| | |||||||||||    
T  6064 actttagttttctaaattataggaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttaaaaaacttcacaatacaaaacatctgtggtctccttg 5965  T
Q  527 caaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacatagagttgtccattcatgaacacgggct 626  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||  |||| | ||||||||||||    
T  5964 caaacattattatcttcatccaagatgagcagcttcaaaccttttctagaagtaactcgagagacagcgacatggagtttcccatgcgtgaacacgggct 5865  T
Q  627 taggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaattt 726  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   ||||| |||||||    
T  5864 taggaagataaactctcactcgagataaagtttgagcctaacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatggaaattgtgtgcgcatgaattt 5765  T
Q  727 gaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatctt-ggaatgaataccctggtaccttccctttttcctgtaattacggtagcaactatcttgctc 825  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  5764 gaagggtaatcctggatcactcggaataagattcatcttgggaatgaataccttggtacctgccctttttcctgtaattacggtagcagctatcgtgctc 5665  T
Q  826 tttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    || ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  5664 ttccctagatgtgtaactgtcagcctcgtaccattac 5628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0134; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 60
Target Start/End: Complemental strand, 6454 - 6410
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataat 60  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  6454 caaaaatacgccgatgtactgtatattattatttgttgacataat 6410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 351; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 351; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 108 - 862
Target Start/End: Original strand, 164617 - 165380
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaatttttt-acggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgat 206  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||| |||||  | |||||||||||| |||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  164617 taatagtcagtgtcacatgcatacacgtagtcggtaaatgcaaacgtttaatttttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgccgat 164716  T
Q  207 tgttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn---gttccgcgtattgtta 303  Q
    ||||||||             ||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||            |||||||| ||| |||    
T  164717 tgttatttatttttaatttttacaaaacaaatggtataatgtaaatattgtattttagggtaacaacaatgtaaaaaataaaaggttccgcggattatta 164816  T
Q  304 tacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttn 403  Q
     || |||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||| | ||||||||||||||  |||||||||||||      
T  164817 aacctgaaaagtgcatgaattaatagtcaatggcaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtc-tataatgaccagtacgtcttacaaagaaattaa 164915  T
Q  404 nnnnnnn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttc 498  Q
            |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||  |    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  164916 aaataaaacgacttccaaacaataggcaactttggttttctaaattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttgaaaaacttc 165015  T
Q  499 acgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgaca 598  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||| ||||| |||||||||||| |||||    
T  165016 acgatacacaacatttgtggtctccttacaaacattattatcttcatccaggatgagcagcttcaaaccttttcttgaagttactcgagagacagcgaca 165115  T
Q  599 tagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcg 698  Q
    || ||||| |||| | ||||||  ||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  165116 taaagttgcccatgcgtgaacataggcttaggaagataaacccccacttgagataaagattgaccttgacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcg 165215  T
Q  699 tcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatctt-ggaatgaataccctggtaccttccctttttcc 797  Q
    |||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||     
T  165216 tcaatggaaattgcctgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatcttgggaatgaataccctggtaccttctttttttca 165315  T
Q  798 tgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    ||||||||| |||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  165316 tgtaattacagtagcagctatcatgctcttccctagatgtgtaactatcagcctcgtaccattac 165380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003; HSP #2
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 459 - 862
Target Start/End: Original strand, 182257 - 182661
Alignment:
Q  459 tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcag 558  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  182257 tctaaaacataaccaatgatcatactttttgaaaaacttcacgatacacaacatttgtggtttccttacaaacattattatcttcatccaagatgagcag 182356  T
Q  559 tttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatat 658  Q
     ||||||| |||||| ||||| | |||||||||| ||||||| ||||| |||| | ||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  182357 cttcaaaccttttcttgaagttaatcgagagacagcgacataaagttgcccatgcgtgaacacaggtttaggaagataaacccccactcgagataaagat 182456  T
Q  659 tgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagat 758  Q
    ||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  182457 tgaccttgacttttatttattatcattgcaaaacaaagcgtcaatgcaaattgcttgcgcctgaatttgaagggtagtcttggatcactcggaataagat 182556  T
Q  759 tcatctt-ggaatgaataccctggtaccttccctttttcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatc 857  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||| |||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  182557 tcatcttgggaatgaataccctgttaccttccctttttcatataattacagtagcagctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctcgtacc 182656  T
Q  858 attac 862  Q
    |||||    
T  182657 attac 182661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003; HSP #3
Raw Score: 135; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 108 - 519
Target Start/End: Original strand, 172732 - 173151
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaatttttt-acggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgat 206  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||| |||||  | |||||||||||| |||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  172732 taatagtcagtgtcacatgcatacacgtagtcggtaaatgcaaacgtttaatttttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgccgat 172831  T
Q  207 tgttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgt---nnnnnnnnngttccgcgtattgtta 303  Q
    ||||||||             ||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||            |||||||| ||| |||    
T  172832 tgttatttatttttaatttttacaaaacaaatggtataatgtaaatattgtattttagggtaacaacaatgtaaaaaataaaaggttccgcggattatta 172931  T
Q  304 tacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatt-t 402  Q
     || |||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| ||||| || ||||||||||||||  |||||||||||||      
T  172932 aacctgaaaagtgcatgaattaatagtcaatggcaggaggatctgcttatatagaaattgcatgt-ctataatgaccagtacgtcttacaaagaaattaa 173030  T
Q  403 nnnnnnnncgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttc 498  Q
            |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||  |    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  173031 aaataaaacgacttccaaacaataggcaactttggttttctaaattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttgaaaaacttc 173130  T
Q  499 acgatacacaacatttttggt 519  Q
    |||||||||||||||| ||||    
T  173131 acgatacacaacatttgtggt 173151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Original strand, 164524 - 164584
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    |||||||||  |||||||||||||| || |||||||| ||| ||| |||||||||||||||    
T  164524 caaaaatacgtcgacgtactgtataataatatttgttgacaaaatgtattttattaatcat 164584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Original strand, 172639 - 172699
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    |||||||||  |||||||||||||| || |||||||| ||| ||| |||||||||||||||    
T  172639 caaaaatacgtcgacgtactgtataataatatttgttgacaaaatgtattttattaatcat 172699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 344; Significance: 0; HSPs: 24)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 120 - 862
Target Start/End: Original strand, 10186653 - 10187394
Alignment:
Q  120 tcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgattgttatttgnnnn 219  Q
    ||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     |||||||||||  |||||||||||||||||||        
T  10186653 tcagatgtatacacctaatttgtgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtataa-----gtttgggctactgaaacgccgattgttatttgtttt 10186747  T
Q  220 nnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn-----gttccgcgtattgttatacttgaaaag 314  Q
            |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||              ||| ||||||||||||||| |||||||    
T  10186748 att-----acaaaatcaatggtctaatgcaaatattgtattttaggttaacaacaatgtaaaaaaaaaaaatagtttcgcgtattgttatacctgaaaag 10186842  T
Q  315 tgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnnnnnnncgac 414  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||| ||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||          |||    
T  10186843 tgcatcatttaaaagtcaatgacaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtcatgtaatgaccagtacgccttacaaagaaattaaaaaaaat-gac 10186941  T
Q  415 ttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcacgatacacaac 510  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||  |    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  10186942 ttccaaacaatgcacaactttagttttctaaattatagcaacaacaattctaaaccataaccaatgatcatactttttgaaaaagttcacgatacacaac 10187041  T
Q  511 atttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacatagagttgtcca 610  Q
    || | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10187042 atatgtggtctccttgcaaacattattatattcatccaagatgagcaacttcaaaccttttctagaagtaagtcgagagacaatgacatagagttgtcca 10187141  T
Q  611 ttcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatgaaaatt 710  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  10187142 tgcgtgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaagattgaccttgacttttatttatcgtcattgcaaaacaaaacgtcaatggaaatt 10187241  T
Q  711 tcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttttcctgtaattacggt 809  Q
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |  |||||||| |||||||||| ||||||||||  ||||||||||||    
T  10187242 atatgcgcctgaatttgaaaggtagtcctggatcactcagaataagattcatccagggaatgaacaccctggtactttccctttttaatgtaattacggt 10187341  T
Q  810 agcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    |||||| ||| || |||| ||||||||||||| | ||||||||||| ||||||    
T  10187342 agcaacaatcgtggtcttccctagatgtgtaattgtcagcctcgtaccattac 10187394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 108 - 862
Target Start/End: Original strand, 12518700 - 12519457
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||| |||||||||||| ||||| ||||||| ||||| |||||| | ||| | |||    
T  12518700 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagcctgtgaatgcaaaagttcaattttttacgggtgtgtataaatatggtttgagctacagacacggcaatt 12518799  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnngttccgcgtattgttatact 307  Q
    ||||||||            | |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||             || ||||||||||||     
T  12518800 gttatttgtttttattttttagaaaaccaatggtctaatgtaaatattatattttagggtaacaacgatgtaaaaaaaaat---cgtgtattgttatacc 12518896  T
Q  308 tgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnnnn 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||| ||||| ||||||  |||||||||||||||| ||||||| |||||          
T  12518897 tgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggaggatctacttatatagaaattgcatgtcacgtaatgaccagtacgccttacaaataaattaaaaaa 12518996  T
Q  408 nnn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcacga 502  Q
        | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |    |||||||||||||| | ||||||| ||||||||||| || ||||    
T  12518997 aaaacaacttccaaacaatatgcaactttagttttctaaattatagcaacaacaattctaaaacataacctaagatcatactttttgaaaaaatttacga 12519096  T
Q  503 tacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacataga 602  Q
    || ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||| | ||||||||||||||| | |||||||    
T  12519097 tagacaacatttgtgatctccttgcaaacattattatcttcatccaatatgagcagcttcaaaccttttctatatgtaactcgagagacagcaacataga 12519196  T
Q  603 gttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaa 702  Q
    ||||||||| | |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12519197 gttgtccatgcgtgaacacgtgcttaggaatataaactcccactcgagataaagattgaccttgacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaa 12519296  T
Q  703 tgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttttcctgta 801  Q
    || |||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||    
T  12519297 tggaaattgtttgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcacttggaataagattcatcctgggaatgaataccctggtacctgcccttttttttgta 12519396  T
Q  802 attacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||| || ||| | ||| ||||||| ||||||    
T  12519397 attacggtagcaactatcgtgctcttccctagacgtataattgtcaacctcgtaccattac 12519457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 314 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 2203102 - 2202548
Alignment:
Q  314 gtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnnnnnnncga 413  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||           ||    
T  2203102 gtgcatcaattaaaattcaatggcaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtcctataatgaccagtacgccttacaaagaaataaaaaaaaaatga 2203003  T
Q  414 cttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcacgatacacaa 509  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  2203002 cttctaaacaatacgcaactttagttttctaaattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttgaaaaatttcacgatacacaa 2202903  T
Q  510 catttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacatagagttgtcc 609  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||    
T  2202902 catttgtggtctcctttcaaacattattatcttcatccaagatgagcagcttcaaaccttttctagaagtaactcgagagacaacaacataaagttttcc 2202803  T
Q  610 attcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtca-ttgcaaaacaaagcgtcaatgaaaa 708  Q
    || | ||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  2202802 atgcgtgaacacgggcttagaaagataaactcccatttgagataaagattgaccctgacttttatttattgtcatttgcaaaacaaagcgtcaatggaaa 2202703  T
Q  709 tttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatctt-ggaatgaataccctggtaccttccctttttcctgtaattacg 807  Q
     |   ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  2202702 ctgtctgcacctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatcttgggaatgaataccctgatacctgccctttttcctgtaattacg 2202603  T
Q  808 gtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    |||||||||||| ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  2202602 gtagcaactatcgtgctcttccttagatgtgtaactgtcagcctcgtaccattac 2202548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 108 - 862
Target Start/End: Original strand, 12516476 - 12517238
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||| |||||  | |||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  12516476 taatagtcagtgtcacatgcatacacgtagtcggtaaatgcaaacgtttaattttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaatgccgatt 12516575  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn---gttccgcgtattgttat 304  Q
    ||||||||            ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||            |||||||| |||||||     
T  12516576 gttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattttattttagggtaacaacgatgtaaaaaaaaaaaggttccgcggattgttaa 12516675  T
Q  305 acttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnn 404  Q
    || |||||||||||| |||||| |||||||| || ||| ||||| ||| |||  |||| |||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||       
T  12516676 acatgaaaagtgcatgaattaatagtcaatgacaagaggatctgattatataggaattgcatgtc-tataatgaccagtacgccttacaaagaaattaaa 12516774  T
Q  405 nnnnnn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttca 499  Q
           ||||||| ||| |||| | |||| |||||||||||||||| ||||  |    |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  12516775 aataaaacgacttcaaaaaaataggaaactatagttttctaaattatagcaacaacaattctaaaacataagcaatgatcatactttttgaaaaacttca 12516874  T
Q  500 cgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacat 599  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||| || |||| || |||||| ||||| ||| |||||||| ||||||    
T  12516875 cgatacacaacatttgtggtctccttacaaacattatcatcttcatccaggatgagtagcttcagaccttttcttgaagttacttgagagacagcgacat 12516974  T
Q  600 agagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgt 699  Q
    | |||||||||| | ||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12516975 aaagttgtccatgcgtgaacataggcttaggaagataaacccccactcgagataaagattgaccctgacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgt 12517074  T
Q  700 caatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttttcct 798  Q
    ||||| |||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  12517075 caatggaaattgtctgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatcctgggaatgaataccctggtacctgccctttttcct 12517174  T
Q  799 gtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||| |||||| | |||| || ||| ||||||    
T  12517175 gtaattacggtagcagctatcgtgctcttccctagaagtgtaaatgtcagactagtaccattac 12517238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 297; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 108 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 29642484 - 29641716
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacgga-tgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgat 206  Q
    ||||||||| || |||||| |||||| |||||  | |||||||||||| ||||||| ||||  ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  29642484 taatagtcattgccagatgcatacacgtagtcggtaaatgcaaacgtttaatttttaacggggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgccgat 29642385  T
Q  207 tgttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnngt--------tccgcgtat 298  Q
    |||||||||            ||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||                   | | || ||    
T  29642384 tgttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtctgatgtaaatattgtattttaggataacaacgatgtaaaaaaaaaaaaaaaaaaattcacggat 29642285  T
Q  299 tgttatacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaa 398  Q
    ||||| || |||||| ||||| |||||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||||| |||||| | ||||||||||||||| ||||||||||    
T  29642284 tgttaaacctgaaaaatgcatgaattaatagtcaatgataggaggatctgcttatatagaaattgcatgtc-tataatgaccagtacgccttacaaagaa 29642186  T
Q  399 atttnnnnnnnn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaa 493  Q
    |||          |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||  |    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  29642185 attaaaaataaaacgacttccaaacaataggcaactttagttttataaattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttgaaaa 29642086  T
Q  494 acttcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaa 593  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||| ||||| ||||||||||||     
T  29642085 acttcacgatacacaacatttatggtctccttacaaacattattatcttcatccaggatgagcagcttcagaccttttcttgaagttactcgagagacag 29641986  T
Q  594 cgacatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaaca 693  Q
    ||||||| |||||||||  | ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  29641985 cgacataaagttgtccaagcgtgaacacaggcttaggaagataaacccccactcgaaataaagattgaccctggcttttatttattgtcattgcaaaaca 29641886  T
Q  694 aagcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctt 792  Q
    ||||||||||| |||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| || |||||||||||||| |||||| |||||    
T  29641885 aagcgtcaatggaaattgtctgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcgtaataatattcatcctgggaatgaataccctagtacctgccctt 29641786  T
Q  793 tttcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    |||| |||||| ||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  29641785 tttcttgtaataacggtagcagctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctagtaccattac 29641716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 344 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 31512403 - 31511880
Alignment:
Q  344 atctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnnnnnnn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttc 442  Q
    ||||||||| ||| ||||| |||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||          |||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  31512403 atctgcttatatagaaattgcatgtc-tataatgaccagtacgccttacaaagaaattaaaaataaaacgacttccaaacaataggcaactttagtttta 31512305  T
Q  443 taaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattatta 538  Q
    ||||||||  |||  |    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  31512304 taaattataacaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttgaaaaacttcacgatacacaacatttgtggtctccttacaaacattatta 31512205  T
Q  539 tcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaa 638  Q
    |||||||||| ||||||||| |||| || |||||| ||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||  | ||||||| ||||||||||||||||    
T  31512204 tcttcatccaggatgagcagcttcagaccttttcttgaagttactcgagagacagcgacataaagttgtccaagcgtgaacacaggcttaggaagataaa 31512105  T
Q  639 ctcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcc 738  Q
    | ||||||||| ||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   |||||||||||||||||||||||||    
T  31512104 cccccactcgaaataaagattgaccctggcttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatggaaattgtctgcgcctgaatttgaagggtagtcc 31512005  T
Q  739 tggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttttcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgt 837  Q
    ||||||||||| ||||| |||||| || |||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||    
T  31512004 tggatcactcgtaataacattcatcctgggaatgaataccctagtacctgccctttttcttgtaattacggtagcagctatcgtgctcttccctagatgt 31511905  T
Q  838 gtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    |||||| ||||||| ||| ||||||    
T  31511904 gtaactgtcagcctagtaccattac 31511880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 267; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 108 - 710
Target Start/End: Original strand, 24195989 - 24196597
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||| |||||  | |||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  24195989 taatagtcattgtcacatgcatacacgtagtcggtaaatgcaaacgtttaattttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgctgatt 24196088  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn--gttccgcgtattgttata 305  Q
    ||||||||            ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||           |||| ||| ||||||| |    
T  24196089 gttatttgttgttaatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaatgatgtaaaaaaaaaaggttcagcggattgttaaa 24196188  T
Q  306 cttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnn 405  Q
    | |||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||| |||| ||| ||||| |||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||        
T  24196189 cctgaaaagtgcatgaattaatagtcaatggcaggaggatctacttatatagaaattgcatgtc-tataatgaccagtacgccttacaaagaaattaaaa 24196287  T
Q  406 nnnnn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcac 500  Q
          |||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||  |    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  24196288 ataaaacgacttccaaacaataggcaactttggttttataaattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttgaaaaacttcac 24196387  T
Q  501 gatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacata 600  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||| || |||||| ||||| ||| |||||||| |||||||    
T  24196388 gatacacaacatttgtggtctccttgcaaacattattatcttcatctaggatgagcagcttcagaccttttcttgaagttacttgagagacagcgacata 24196487  T
Q  601 gagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtc 700  Q
    ||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24196488 gagttgtccatgcgtgaacacaggcttaggaagataaacccccactcgagataaagattgaccctgacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtc 24196587  T
Q  701 aatgaaaatt 710  Q
    |||| |||||    
T  24196588 aatggaaatt 24196597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 257; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 344 - 862
Target Start/End: Original strand, 15332969 - 15333492
Alignment:
Q  344 atctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnnnnnnn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttc 442  Q
    ||||||||| ||| ||||| |||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||         |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  15332969 atctgcttatatagaaattgcatgtc-tataatgaccagtacgccttacaaagaaatttagaataaaacgacttccaaacaataggcaactttagttttc 15333067  T
Q  443 taaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattatta 538  Q
    |||||||| ||||  |    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  15333068 taaattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttgaaaaacttcaggatatacaacatttgtggtctccttacaaacattatta 15333167  T
Q  539 tcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaa 638  Q
    |||||||||| ||||||||| |||| || |||||| ||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||    
T  15333168 tcttcatccaggatgagcagcttcagaccttttcttgaagttactcgagagacagcgacataaagttgtccatgcgtgaacacaggcttaggaagataaa 15333267  T
Q  639 ctcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcc 738  Q
    | ||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  15333268 c-cccactcgagataaagattgaccctggcttttatttattgttatttcaaaacaaagcgtcaatggaaattgcatgcgcctgaatctgaagggtagtcc 15333366  T
Q  739 tggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccct-ggtaccttccctttttcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatg 836  Q
    || |||||||| |||||||||||| || |||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| ||||||||    
T  15333367 tgaatcactcgaaataagattcatcctgggaatgtattccctgggtacctgccctttttcctgtaattacggtagcagctattgtgctcttccctagatg 15333466  T
Q  837 tgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
     |||||| ||||||| ||| ||||||    
T  15333467 agtaactgtcagcctagtaccattac 15333492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 250; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 470 - 862
Target Start/End: Original strand, 18343582 - 18343975
Alignment:
Q  470 accaatgatcatattttttgaaaaacttcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacatt 569  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  18343582 accaatgatcatactttttgaaaaacttcacgatacacaacagttgtggtttccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagcttcaaacctt 18343681  T
Q  570 ttctagaagtaactcgagagacaacgacatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttact 669  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| | |||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||    
T  18343682 ttctagaagtaactcaagagacagcgacatagagttgtccatgcgtgaagatgggcttaggaagataaactcccacttgagataaagattgaccctaact 18343781  T
Q  670 tttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatcttg-ga 768  Q
    ||| |||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  18343782 tttttttattgtaattgcaaaacaaagtgtcaatggaaattgcatgcacctgaatttcaagtgtagtcctggatcactcggaataagattcatcctgtga 18343881  T
Q  769 atgaataccctggtaccttccctttttcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||  |||| ||||||| ||||||||||||||| | ||||| ||| ||||||    
T  18343882 atgaataccctggtacctgccctttctcctgtaattacggtagcagttatcgtgctcttccctagatgtgtaactgttagccttgtaccattac 18343975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 174; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 470 - 710
Target Start/End: Complemental strand, 4220470 - 4220227
Alignment:
Q  470 accaatgatcatattttttgaaaaacttcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattat---tatcttcatccaagatgagcagtttcaaac 566  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||   |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4220470 accaatgatcatactttttgaaaaacttcacgatacacaacatttatggtctacttgcaaacattatcattatcttcatccaagatgagcagcttcaaac 4220371  T
Q  567 attttctagaagtaactcgagagacaacgacatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgaccctt 666  Q
     |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  4220370 cttttatagaagtaactcgagagacagcgacatagagttgtccatgcgtgaacacgagcttaggaagataaactcccactcgagataaagattgacccta 4220271  T
Q  667 acttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatgaaaatt 710  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4220270 acttttttttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatggaaatt 4220227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 108 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 4221140 - 4220868
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||       |||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  4221140 taatagtaagtgtcagatgtatacacctagtctgtgaatgcaaacgtt-------ttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgtcgatt 4221048  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn-gttccgcgtattgttatac 306  Q
    ||||||||            |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||          ||| |||||| ||||||||    
T  4221047 gttatttgtttttattttttacaaaaccaatggtctaatgtaaatattgtattttggggtaacaatgatgtaaaaaaaaaagtttcgcgtactgttatac 4220948  T
Q  307 ttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacg 386  Q
     | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||| ||||||||||| ||||    
T  4220947 ctaaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtcttgtaatgaccaatacg 4220868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 108 - 275
Target Start/End: Original strand, 30881149 - 30881316
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30881149 taatagtcactgtcagacgtatacacctagtctgtgaatgcaaatgttaaattttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgccgatt 30881248  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacga 275  Q
    ||||||||            |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30881249 gttatttgtttttattttttacaaaaccaacggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacga 30881316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 108 - 348
Target Start/End: Original strand, 15330628 - 15330869
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||| |||||  | |||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||| |||| || |||||||| ||    
T  15330628 taatagtcaatgtcacatgcatacacgtagtcggtaaatgcaaacgtttaattttttacgggtgtgtataaatatagtttcggcttcagaaacgccgctt 15330727  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgt-nnnnnnnnngttccgcgtattgttatac 306  Q
    ||||||||            ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||          |||||||| ||||||| ||    
T  15330728 gttatttgtttttaatttttacaaaataaatggtctaatgtaaatattgtattttacggtaacaacgatgtaaaaaaaaaggttccgcggattgttaaac 15330827  T
Q  307 ttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctg 348  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||    
T  15330828 ttgaaaagtgcatgaattaatagtcaatggcaggaggatctg 15330869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 108 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 31512624 - 31512454
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||  |||||  | |||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  31512624 taatagtcattgtcacatgcatacatgtagtcggtaaatgcaaacgtttaattttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctaccgaaacgccgatt 31512525  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgt 278  Q
    ||||||||            ||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31512524 gttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtctgatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgt 31512454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 4221230 - 4221170
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  4221230 caaaaatactccgacatactgtatattattatttgttgacataatgtattttattaatcat 4221170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Original strand, 12518610 - 12518670
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||    
T  12518610 caaaaatacgccgacgtactgtatattattatttgttgacataacgaattttattaatcat 12518670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Original strand, 30881058 - 30881118
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||    
T  30881058 caaaaatacgcggacgtactgtatattattatttgttgacataatgtattatattaatcat 30881118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 17 - 76
Target Start/End: Original strand, 10186550 - 10186609
Alignment:
Q  17 aaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||    
T  10186550 aaaaatacgccgaagtactgtatattattatttgttgacataatgtattctattaatcat 10186609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Original strand, 15330535 - 15330595
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| || |||||||| ||| ||| |||||||||||||||    
T  15330535 caaaaatacgccgacgtactgtataataatatttgttgacaaaatgtattttattaatcat 15330595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 29642577 - 29642517
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| |||||||||||| || || |||||||| ||| ||| |||||||||||||||    
T  29642577 caaaaatacgccgacgtactgtgtaataatatttgttgacaaaatgtattttattaatcat 29642517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 31512715 - 31512655
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| |||||||||||| || || |||||||| ||| ||| |||||||||||||||    
T  31512715 caaaaatacgccgacgtactgtgtaataatatttgttgacaaaatgtattttattaatcat 31512655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 16 - 50
Target Start/End: Original strand, 14906493 - 14906527
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttg 50  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  14906493 caaaaatacgccgacgtactgtatattattatttg 14906527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 659 - 693
Target Start/End: Original strand, 15877026 - 15877060
Alignment:
Q  659 tgacccttacttttatttattgtcattgcaaaaca 693  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  15877026 tgaccctgacttttatttattgtcattgcaaaaca 15877060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 660 - 693
Target Start/End: Original strand, 29965978 - 29966011
Alignment:
Q  660 gacccttacttttatttattgtcattgcaaaaca 693  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  29965978 gaccctgacttttatttattgtcattgcaaaaca 29966011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1139 (Bit Score: 343; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold1139
Description:

Target: scaffold1139; HSP #1
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 228 - 862
Target Start/End: Original strand, 206 - 850
Alignment:
Q  228 acaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnngttc-cgcgtattgttatacttgaaaagtgcatcaattaa 326  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  206 acaaaaccgatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtaaaaaaaaaagtctcgcgtattgttatacctgaaaagtgcatcaattaa 305  T
Q  327 aagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnnnnnnn-cgacttccaaacaat 425  Q
    | |||||||||  ||| ||||||||| ||| ||||| ||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||           |||||| |||| |||    
T  306 atgtcaatggcgtgaggatctgcttatatagaaattgcatgtccagtaatgatcagtacgccttacaaagaaataaaaaaaagaacgacttacaaaaaat 405  T
Q  426 acgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcacgatacacaacatttttggtct 521  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||  |    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  406 acgcaaatttagttttctaaattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttgaaaaacttcacgatacacgacatttgtggtct 505  T
Q  522 ccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacatagagttgtccattcatgaacac 621  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||    
T  506 ccttgcgaacattattatcttcatccaagatgagcagcttcaaaccttttctagaagtaactcgagagacagcgacatagagttgtccatgcgtgaacac 605  T
Q  622 gggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatgaaaatttcatgcgcctg 721  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||    
T  606 gggcttaggaagataaactcccactcgagataaagattgaccctgacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatggaaattgcttgcgcctg 705  T
Q  722 aatttgaa---gggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttttcctgtaattacggtagcaacta 817  Q
    ||||||||   |||||||||| |||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||    
T  706 aatttgaaggcgggtagtcctagatcactcagaataagattcatcctgggaatgaataccctggtaccttccctttttcctataattacggtagtagcta 805  T
Q  818 tcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    |  ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  806 ttgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagccttgtaccattac 850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073 (Bit Score: 341; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: scaffold0073
Description:

Target: scaffold0073; HSP #1
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 108 - 862
Target Start/End: Original strand, 18545 - 19307
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||||| ||| ||| |||||| || ||  | |||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  18545 taatagtcagtatcacatgcatacacgtactcggtaaatgcaaacgtttaattttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgctgatt 18644  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn--gttccgcgtattgttata 305  Q
    ||||||||            ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           |||||||| ||||||| |    
T  18645 gttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtaaagaaaaaaggttccgcggattgttaaa 18744  T
Q  306 cttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnn 405  Q
    || ||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||        
T  18745 ctagaaaagtgcatgaattaatagtcaatggcaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtc-tataatgaccagtacgccttacaaagaaattaaaa 18843  T
Q  406 nnnnnc-gacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcata-ttttttgaaaaacttca 499  Q
           ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  18844 ataaaatgacttccaaacaataggcaactttagttttctaaattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatacttttttgaaaaacttca 18943  T
Q  500 cgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacat 599  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||||  |||| |||||||||||| ||| ||    
T  18944 cgatacacaacatttgtggtctccttactaacattattatcttcatccaggatgagcagcttcagaccttttcttcaagttactcgagagacaccgaaat 19043  T
Q  600 agagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgt 699  Q
    | |||||| ||| | ||||||| | |||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||   |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  19044 aaagttgttcatgcgtgaacacagacttaagaagataaacccccactcgagataaagattgaccctggtttttatttattgtcattgtaaaacaaagcgt 19143  T
Q  700 caatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttttcct 798  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| || |||||| |    
T  19144 caatggaaattgcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatcctcggaatgaataccctggtacctgccatttttctt 19243  T
Q  799 gtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  19244 gtaattacggtagcagctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctagtaccattac 19307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073; HSP #2
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 297 - 862
Target Start/End: Original strand, 31210 - 31783
Alignment:
Q  297 attgttatacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatata----aatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttac 392  Q
    ||||||| || |||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||    |||| |||||| | ||||||||||||||| ||||    
T  31210 attgttaaacctgaaaagtgcatgaattaatagtcaatggcaggaggatctgcttaattatatagaaattgcatgtc-tataatgaccagtacgccttac 31308  T
Q  393 aaagaaatttnnnnnnnn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttt 487  Q
    |||||||||          |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |    ||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  31309 aaagaaattaaaaataaaacgacttccaaacaataggcaactttagttttctaaattatagcaacaacaattctaaaacataaccaattatcatactttt 31408  T
Q  488 tgaaaaacttcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgag 587  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||| ||||| |||||||    
T  31409 tgaaaaatttcaggatacacaacatttgtggtctccttacaaacattattatcttcatccaggatgagcagcttcagaccttttcttgaagttactcgag 31508  T
Q  588 agacaacgacatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgc 687  Q
    ||||| ||||||| |||||| ||| | ||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  31509 agacagcgacataaagttgttcatgcgtgaacacaggcttaggaagataaaccgccactcgagataaagattgaccctggcttttatttattgtcattgc 31608  T
Q  688 aaaacaaagcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattca-tcttggaatgaataccctggtacct 786  Q
    ||||||||||||||||| |||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||| ||||||||||    
T  31609 aaaacaaagcgtcaatggaaattgtctgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcattataggaatgaatatcctggtacct 31708  T
Q  787 tccctttttcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
     |  ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  31709 gcattttttcctgtaattacggtagcagctatcgtgctc-tccctagatgtgtaactgtcagcctagtaccattac 31783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 108 - 278
Target Start/End: Original strand, 31003 - 31173
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||| |||||  | |||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  31003 taatagtcagtgtcacatgcatacacgtagtcgttaaatgcaaacgtttaattttttacgggtgtgtataaatatagttggggctacagaaacgccgatt 31102  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgt 278  Q
    ||| ||||            ||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31103 gttttttgtttttaatttttacaaaacaaatagtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgt 31173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Original strand, 23590 - 23650
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| || |||||||| ||| ||| |||||||||||||||    
T  23590 caaaaatacgccgacgtactgtataataatatttgttgacaaaatgtattttattaatcat 23650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Original strand, 18455 - 18515
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||| || |||||||| ||| ||| |||||||||||||||    
T  18455 caaaaatacgccgacttactgtataataatatttgttgacaaaatgtattttattaatcat 18515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0029 (Bit Score: 323; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0029
Description:

Target: scaffold0029; HSP #1
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 108 - 851
Target Start/End: Complemental strand, 132998 - 132255
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||| |||||    ||||||||| || |||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  132998 taatagtcattgtcacatgcatacacgtagtcggcaaatgcaaacctttaattttttacgggtgtgtataactatagtttgggctacagaaacgccgatt 132899  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn--gttccgcgtattgttata 305  Q
    ||||||||            ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           |||||| | ||||||| |    
T  132898 gttatttgttgttaatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtaaaaaaaaaaggttccgtggattgttaaa 132799  T
Q  306 cttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnn 405  Q
    | |||||||||||| |||||| ||| |||| |||||| ||||||||| ||| ||||| |||||| | |||||||||| |||| |||||||||||||        
T  132798 cctgaaaagtgcatgaattaatagtaaatgacaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtc-tataatgaccagcacgccttacaaagaaattaaaa 132700  T
Q  406 nnnnn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcac 500  Q
          |||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||  |    ||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||    
T  132699 ataaaacgacttccaaacaataggcaactttggttttataaattatagcaacaacaattctaaaacataaccaataat-------tttgaaaaacttcac 132607  T
Q  501 gatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacata 600  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||| ||||| ||||||||||||  ||||||    
T  132606 gatacacaacatttgtggtctccttgcaaacattattatcttcatccaggatgagcagcttcagacattttcttgaagttactcgagagacagtgacata 132507  T
Q  601 gagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtc 700  Q
    ||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  132506 gagttgtccatgcgtgaacacaggcttaggaagataaacccccactcgagataaagattgatcctgacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtc 132407  T
Q  701 aatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttttcctg 799  Q
    |||| ||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  132406 aatggaaattgcctgtgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcagaataagattcatcctgggaatgaataccctggtacctgccctttttcctg 132307  T
Q  800 taattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcct 851  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||| |||| |||||||||| |||||||    
T  132306 taattacggtagcagctatcgtgctcttccctatatgtgtaactgtcagcct 132255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0888 (Bit Score: 308; Significance: 1e-173; HSPs: 2)
Name: scaffold0888
Description:

Target: scaffold0888; HSP #1
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 302 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 837 - 271
Alignment:
Q  302 tatacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatt 401  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| ||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  837 tatacctgaaaagtgtatcaattaaaagtcaatggcaggaggatctgcatatatagaaattgcatgtcctgtaatgaccagtacgacttacaaagaaatt 738  T
Q  402 tnnnnnnnncgacttccaaacaatacgcaactttagtttt-ctaaattatggcaatga-----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaac 495  Q
              ||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||  |     |||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||    
T  737 aaaaaaaat-gacttcacaacaatacgcaactttagtttttctaaattatagcaacaacaaattctaaaacataaccaacgatcattctttttgaaaaac 639  T
Q  496 ttcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacg 595  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||| |||||||||||||| | ||    
T  638 ttcacgatacacaacatttgtggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgaacaacttcaaaccttttctagtagtaactcgagagatagcg 539  T
Q  596 acatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaa 695  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  538 acatagagttgtccatgcgtgaacacgggtttaggaagataaactcccacttgagataaagattgactctgacttttatttattgtcattgcaaaaaaaa 439  T
Q  696 gcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattc-atcttggaatgaataccctggtaccttccctttt 794  Q
    ||||||| | |||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | | ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  438 gcgtcaaaggaaattctctgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcgttatgggaatgaataccctggtacctgccctttt 339  T
Q  795 tcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  338 tccagtaattacggtagcaactatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctcgtaccattac 271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0888; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 949 - 889
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  949 caaaaatacgccgacgtactgtatattattatttgttgacataatgtattttattaatcat 889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090 (Bit Score: 305; Significance: 1e-171; HSPs: 1)
Name: scaffold0090
Description:

Target: scaffold0090; HSP #1
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 108 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 50071 - 49306
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||| |||||  | |||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  50071 taatagtcattgtcacatgcatacacgtagtcggtaaatgcaaacgtttaattttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgccgatt 49972  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn------gttccgcgtattgt 301  Q
    ||||||||            ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 ||| | || |||||    
T  49971 gttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgataaaaaaaaaaaaaaaaggtttcacggattgt 49872  T
Q  302 tatacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatt 401  Q
    || || |||||||||||| |||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||| ||||| |||||| | |||||||| |||||| |||||||||||||    
T  49871 taaacctgaaaagtgcatgaattaatagtcaatgacaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtc-tataatgaccggtacgccttacaaagaaatt 49773  T
Q  402 tnnnnnnnn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaact 496  Q
              |||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||  |    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  49772 aaaaataaaacgacttccaaacaataggcaactttagttttatatattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttgaaaaact 49673  T
Q  497 tcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacga 596  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||  ||||| ||||||||||||||||    
T  49672 tcacgatacacaacatttgtggtctccttacaaacattattatcttcatccaggatgagcagcttcagaccttttcatgaagttactcgagagacaacga 49573  T
Q  597 catagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaag 696  Q
    |||| ||||||| || | ||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  49572 cataaagttgtctatgcgtgaacacaggcttaggaagataaacccccacccgagataaagattga-cctagcttttatttattgtcattgcaaaacaaag 49474  T
Q  697 cgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttcccttttt 795  Q
    |||||||| |||||   |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  49473 cgtcaatggaaattgtctgcgtctgaatttgaagggtagtcctggatcattcggaataagattcatcctgggaatgaataccctagtacctgcccttttt 49374  T
Q  796 cc-tgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    || ||||||||||||||||  |||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||||    
T  49373 ccttgtaattacggtagcagttatcgtgctcttccctagatgtataactgtcagcctagtaccattac 49306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 278; Significance: 1e-155; HSPs: 3)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 297 - 851
Target Start/End: Complemental strand, 310624 - 310072
Alignment:
Q  297 attgttatacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaag 396  Q
    ||||||| || |||||||||||| |||||| ||| |||| |||||| ||||||||| ||| ||||| |||||| | |||||||||| |||| ||||||||    
T  310624 attgttaaacctgaaaagtgcatgaattaatagtaaatgacaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtc-tataatgaccagcacgccttacaaag 310526  T
Q  397 aaatttnnnnnnnn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaa 491  Q
    |||||          |||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||  |    ||||||||||||||||| ||       ||||||    
T  310525 aaattaaaaataaaacgacttccaaacaataggcaactttggttttataaattatagcaacaacaattctaaaacataaccaataat-------tttgaa 310433  T
Q  492 aaacttcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagac 591  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||| ||||| |||||||||||    
T  310432 aaacttcacgatacacaacatttgtggtctccttgcaaacattattatcttcatccaggatgagcagcttcagacattttcttgaagttactcgagagac 310333  T
Q  592 aacgacatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaa 691  Q
    |  ||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  310332 agtgacatagagttgtccatgcgtgaacacaggcttaggaagataaacccccactcgagataaagattgatcctgacttttatttattgtcattgcaaaa 310233  T
Q  692 caaagcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccc 790  Q
    ||||||||||||| ||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||    
T  310232 caaagcgtcaatggaaattgcctgtgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcagaataagattcatcctgggaatgaataccctggtacctgccc 310133  T
Q  791 tttttcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcct 851  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||| |||||||||| |||||||    
T  310132 tttttcctgtaattacggtagcagctatcgtgctcttccctatatgtgtaactgtcagcct 310072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 108 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 310826 - 310656
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||| |||||    ||||||||| || |||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  310826 taatagtcattgtcacatgcatacacgtagtcggcaaatgcaaacctttaattttatacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgccgatt 310727  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgt 278  Q
    ||||||||            ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  310726 gttatttgttgttaatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgt 310656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 788 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 321779 - 321705
Alignment:
Q  788 ccctttttcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  321779 ccctttttcctgtaattacggtagcagctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctagtaccattac 321705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0196 (Bit Score: 261; Significance: 1e-145; HSPs: 2)
Name: scaffold0196
Description:

Target: scaffold0196; HSP #1
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 108 - 647
Target Start/End: Original strand, 23432 - 23977
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaatttttt-acggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgat 206  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| |||||||| |||| | ||| ||||||||||||||||| ||||||||  |||    
T  23432 taatagtcagtttcagatgtatacacctagtttgtgaatgcagacgttcaatttttttacgggtatgtataaatatagtttgggcttcaaaaacgttgat 23531  T
Q  207 tgttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn--gttccgcgtattgttat 304  Q
    |||||||||            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||           |||||| ||||||||||    
T  23532 tgttatttgtttttattttttacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacaatgtaaaaaaaaaaagttccgtgtattgttat 23631  T
Q  305 acttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnn 404  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||        
T  23632 acctgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaagaggatctgcttatatagaaattgcatgtcctgtaatgaccagtacaccttacaaagaaata-aa 23730  T
Q  405 nnnnnncgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatgat----ctaaaacataaccaatgatcata-ttttttgaaaaacttca 499  Q
          ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||  ||    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  23731 aaaaaacgacttccaaacaatac-caactttagttttctaaattatagcaacaataattctaaaacataaccaatgatcatacttttttgaaaaacttca 23829  T
Q  500 cgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacat 599  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |  |||||    
T  23830 cgatacacaacatttgtggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagcttcaaaccttttctagaagtaactcgagagatagtgacat 23929  T
Q  600 agagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactc 647  Q
    |||||||||||| | |||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  23930 agagttgtccatgcgtgaacatggacttaggaagataaactcccactc 23977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0196; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 27 - 76
Target Start/End: Original strand, 23352 - 23401
Alignment:
Q  27 cgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||    
T  23352 cgacgtactgtatattattatttgctgacataatgtattttattaatcat 23401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0550 (Bit Score: 260; Significance: 1e-144; HSPs: 2)
Name: scaffold0550
Description:

Target: scaffold0550; HSP #1
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 411 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 1397 - 941
Alignment:
Q  411 cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcacgataca 506  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1397 cgacttccaaacaataggcaactttagttttctaaattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttgaaaaacttcacgataca 1298  T
Q  507 caacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagagacaacgacatagagttg 606  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||| ||||| |||||||||||| ||| ||| ||||     
T  1297 caacatttgtggtctccttacaaacattattatcttcatccaggatgagcagcttcagaccttttcttgaagttactcgagagacagcgagataaagtta 1198  T
Q  607 tccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatgaa 706  Q
    ||||| | |||||||   |||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |    
T  1197 tccatgcgtgaacacaaacttaagaagataaacccccactcgagataaagattgaccctgacttttatttattgtcattgtaaaacaaagtgtcaatgga 1098  T
Q  707 aatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttttcctgtaatta 805  Q
    |||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  1097 aattgcctgcgcctcaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcataatgggaatgaataccctggtacctgccatttttcctgtaatta 998  T
Q  806 cggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    |||||||| ||||| ||||||| ||||||| ||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  997 cggtagcagctatcgtgctcttccctagatttgtaactgtcagcctagtaccattac 941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0550; HSP #2
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 108 - 590
Target Start/End: Complemental strand, 4661 - 4168
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatata----gtttgggctacaaaaacgcc 203  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||| |||||  | |||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||    |||||||||||| |||||||    
T  4661 taatagtcattgtcacatgcatacacgtagtcggtcaatgcaaacgtttaattttttacgggtgtgtataaatatatatagtttgggctacagaaacgcc 4562  T
Q  204 gattgttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnn---gttccgcgtattg 300  Q
    ||||||||||||            ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||| ||||    
T  4561 gattgttatttgtttttaatttttacaaaacaaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtaaaaaaaagaaggttccgcggattg 4462  T
Q  301 ttatacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaat 400  Q
    ||| || |||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4461 ttaaacctgaaaagtgcatgaattaatagtcaatggcaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtc-tataatgaccagtacgccttacaaagaaat 4363  T
Q  401 ttnnnnnnnn-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaac 495  Q
    |          |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4362 taaaaataaaacgacttccaaacaataggcaactttagttttctaaattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttgaaaaac 4263  T
Q  496 ttcacgatacacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcagtttcaaacattttctagaagtaactcgagaga 590  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||| ||||| ||||||||||    
T  4262 ttcacgatacacaacatttgtggtctccttacaaacattattatcttcatccaggatgagcagcttcagaccttttcttgaagttactcgagaga 4168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0025 (Bit Score: 240; Significance: 1e-132; HSPs: 3)
Name: scaffold0025
Description:

Target: scaffold0025; HSP #1
Raw Score: 240; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 108 - 558
Target Start/End: Original strand, 13581 - 14034
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  13581 taatagtcagtgtcagatatatacacctagtatgtgaatgcaaacgttaaattttttatgggtgtgtataaatatagtttaggctacagaaacgccgatt 13680  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnn--acaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacgatgtnnnnnnnnngttccgcgtattgttata 305  Q
    |||||||               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||         ||||||||||||||||||    
T  13681 gttatttatttttattttttttacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgtattttagggtaacaacaatgtaaaaaaaaagttccgcgtattgttata 13780  T
Q  306 cttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnn 405  Q
      | |||| ||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||        
T  13781 gctaaaaattgcataaattaaaagtcaatggtaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtcctgtaatgaccagtacgccttacaaagaaattgaaa 13880  T
Q  406 nnnnncgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatgatctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaac-ttcacgata 504  Q
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  13881 aaaaacgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatagcaacgatcaaaaacataaccaatgatcatactttttgaaaaactttcacgata 13980  T
Q  505 cacaacatttttggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcag 558  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13981 cacaacatttgtggtctccttgcaaacattattatcttcatccaagatgagcag 14034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0025; HSP #2
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 560 - 860
Target Start/End: Original strand, 16231 - 16533
Alignment:
Q  560 ttcaaacattttcta-gaagtaactcgagagacaacgacatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatat 658  Q
    ||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16231 ttcaaaccttttctatgaaataactcgagagacaacgacatagagttgtccatgcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatat 16330  T
Q  659 tgacccttacttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagat 758  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  16331 tgaccctgacttttattcattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatggaaattgcctgcgcctgaatttgaagggtagtcttgaatcactcggaataagat 16430  T
Q  759 tcat-cttggaatgaataccctggtaccttccctttttcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatc 857  Q
    |||| || |||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  16431 tcatcctgggaatgaataccttggtacttgccctttttcctgtaattacggtagcaactatcgtgctctttcctagatgtgtaactttcagccttgtacc 16530  T
Q  858 att 860  Q
    |||    
T  16531 att 16533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0025; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Original strand, 13488 - 13548
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  13488 caaaaataagccgacgtactgtatattattatttgttaacataatgtattttattaatcat 13548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0118 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 3)
Name: scaffold0118
Description:

Target: scaffold0118; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 568 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 29298 - 29003
Alignment:
Q  568 ttttctagaagtaactcgagagacaacgacatagagttgtccattcatgaacacgggcttaggaagataaactcccactcgagataaatattgaccctta 667  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  29298 ttttctagaagtaactcgagagacagcgacatagagttgcccatgcgtgaacacgggcttaggaagataaactcacactcgagataaatattgaccctga 29199  T
Q  668 cttttatttattgtcattgcaaaacaaagcgtcaatgaaaatttcatgcgcctgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcat-cttg 766  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  29198 cttttatttattgtcattgcaaaacaaaacgtcaatggaaattatctgcgcatgaatttgaagggtagtcctggatcactcggaataagattcatcctgg 29099  T
Q  767 gaatgaataccctggtaccttccctttttcctgtaattacggtagcaactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattac 862  Q
    ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| ||||||||||||||| |||| || ||| ||||||    
T  29098 gaatgaataccttggtacctgccttttttcctgtaattacggtagcagctattgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagtcttgtaccattac 29003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0118; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 108 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 29700 - 29409
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||| |||||  | |||||||||||| ||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  29700 taatagtcattgtcacatgcatacacgtagtcggtaaatgcaaacgtttaattttt-acgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacaccgatt 29602  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatc-aatggtctaatgtaaatattgtatttta-gggtaacaacgatgt-nnnnnnnnngttccgcgtattgttat 304  Q
    ||||||||            |||||| | ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||          |||| ||| |||||||     
T  29601 gttatttgtttttaatttttacaaaaacaaatggtctaatgtaaatcttgtattttaggggtaacaacgatgtaaaaaaaaaggttctgcggattgttaa 29502  T
Q  305 acttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaa 398  Q
    || |||||| ||||| |||||| ||||||||||||||  ||||||||| ||| ||||| ||||| || |||||| |||||||| ||||||||||    
T  29501 acctgaaaaatgcatgaattaatagtcaatggcaggaagatctgcttatatagaaattgcatgt-ctataatgaacagtacgccttacaaagaa 29409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0118; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 29789 - 29729
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| |||||||||||| || || |||||||| ||| ||| |||||||||||||||    
T  29789 caaaaatacgccgacgtactgtgtaataatatttgttgacaaaatgtattttattaatcat 29729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0107 (Bit Score: 103; Significance: 8e-51; HSPs: 1)
Name: scaffold0107
Description:

Target: scaffold0107; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 310 - 540
Target Start/End: Original strand, 34258 - 34492
Alignment:
Q  310 aaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaatgaccagtacgctttacaaagaaatttnnnnnnn 409  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||            
T  34258 aaaagtgcatgaattaatagtcaatggcaggaggatctgcttatatagaaattgcatgtc-tataatgaccagtacgccttacaaagaaattaaaaataa 34356  T
Q  410 n-cgacttccaaacaatacgcaactttagttttctaaattatggcaatga----tctaaaacataaccaatgatcatattttttgaaaaacttcacgata 504  Q
      ||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||| ||||  |    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  34357 aacgacttccaaacaatagacaactttagttttataaattatagcaacaacaattctaaaacataaccaatgatcatactttttgaaaaacatcacgata 34456  T
Q  505 cacaacatttttggtctccttgcaaacattattatc 540  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  34457 cacaacatttgtggtctccttacaaacattattatc 34492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0499 (Bit Score: 68; Significance: 6e-30; HSPs: 2)
Name: scaffold0499
Description:

Target: scaffold0499; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 108 - 215
Target Start/End: Original strand, 10233 - 10340
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||| |||||  | |||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10233 taatagtcagtgtcacatgcatacacgtagtcggtaaatgcaaacgtttaattttttacgggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgccgatt 10332  T
Q  208 gttatttg 215  Q
    ||||||||    
T  10333 gttatttg 10340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0499; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Original strand, 10142 - 10202
Alignment:
Q  16 caaaaatacaccgacgtactgtatattattatttgttaacataatatattttattaatcat 76  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| || |||||||| ||| ||| |||||||||||||||    
T  10142 caaaaatacgccgacgtactgtataataatatttgttgacaaaatgtattttattaatcat 10202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1370 (Bit Score: 62; Significance: 2e-26; HSPs: 2)
Name: scaffold1370
Description:

Target: scaffold1370; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 108 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 1316 - 1167
Alignment:
Q  108 taatagtcagtgtcagatgtatacacctagtctatgaatgcaaacgttaaattttttacggatgtgtgtaaatatagtttgggctacaaaaacgccgatt 207  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||| ||||  ||||||||||| ||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  1316 taatagtcggtgtcagatgtagacacccagtcggtgaatgcaaacattaaattttttacaggtgtgtataaatatagtttgggctacagaaacgctgatt 1217  T
Q  208 gttatttgnnnnnnnnnnnnacaaaatcaatggtctaatgtaaatattgt 257  Q
    ||| ||||            |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1216 gttctttgtttttattttttacaaaaccaatggtctaatgtaaatattgt 1167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1370; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 298 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 1152 - 1075
Alignment:
Q  298 ttgttatacttgaaaagtgcatcaattaaaagtcaatggcaggagtatctgcttaaatataaatttcatgtcctgtaa 375  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| | || || ||||| ||| ||  ||||| |||||| |||||    
T  1152 ttgttatacctgaaaagttcatcaattaaaagtcaattgtagaaggatctgtttatatgaaaattgcatgtcatgtaa 1075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University