View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14662_low_2 (Length: 492)

Name: NF14662_low_2
Description: NF14662
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14662_low_2
NF14662_low_2
[»] chr5 (22 HSPs)
chr5 (18-478)||(25542687-25543147)
chr5 (18-478)||(14192706-14193166)
chr5 (18-478)||(39883048-39883508)
chr5 (18-478)||(27880949-27881409)
chr5 (18-476)||(37372803-37373261)
chr5 (18-478)||(8428468-8428928)
chr5 (20-478)||(3689842-3690300)
chr5 (20-478)||(3876487-3876945)
chr5 (18-478)||(37261180-37261628)
chr5 (18-355)||(17871532-17871868)
chr5 (217-478)||(30346637-30346898)
chr5 (217-478)||(10024928-10025189)
chr5 (217-478)||(24629954-24630215)
chr5 (18-132)||(30346523-30346637)
chr5 (321-478)||(6089075-6089232)
chr5 (18-132)||(10025189-10025303)
chr5 (383-478)||(4051671-4051766)
chr5 (383-478)||(30314062-30314157)
chr5 (383-478)||(15032840-15032935)
chr5 (45-132)||(24629867-24629954)
chr5 (381-472)||(2261271-2261362)
chr5 (391-419)||(15032720-15032748)
[»] chr2 (13 HSPs)
chr2 (18-478)||(24268964-24269424)
chr2 (19-478)||(17683724-17684183)
chr2 (19-478)||(27509239-27509698)
chr2 (18-478)||(21395235-21395695)
chr2 (19-478)||(27192354-27192813)
chr2 (19-478)||(27842168-27842627)
chr2 (18-478)||(28666066-28666527)
chr2 (18-478)||(41920067-41920527)
chr2 (18-478)||(37824900-37825361)
chr2 (18-356)||(24245812-24246150)
chr2 (166-478)||(35609550-35609862)
chr2 (26-129)||(35609867-35609970)
chr2 (411-478)||(24245717-24245784)
[»] scaffold1139 (1 HSPs)
scaffold1139 (28-469)||(874-1315)
[»] chr4 (12 HSPs)
chr4 (18-492)||(1860528-1861002)
chr4 (18-478)||(49710038-49710497)
chr4 (18-478)||(35855772-35856232)
chr4 (18-478)||(38517961-38518421)
chr4 (18-478)||(49786722-49787182)
chr4 (18-258)||(13337320-13337560)
chr4 (217-478)||(55559131-55559392)
chr4 (22-170)||(618122-618270)
chr4 (18-132)||(55559017-55559131)
chr4 (384-479)||(31921337-31921432)
chr4 (383-478)||(787745-787840)
chr4 (391-419)||(787932-787960)
[»] scaffold0017 (1 HSPs)
scaffold0017 (18-478)||(186422-186879)
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (18-478)||(5828449-5828909)
chr7 (18-478)||(21069956-21070416)
chr7 (18-478)||(9001039-9001499)
chr7 (18-478)||(7036585-7037045)
chr7 (18-478)||(12781042-12781503)
chr7 (18-478)||(12785872-12786333)
chr7 (18-355)||(22843792-22844128)
chr7 (217-478)||(42231949-42232210)
chr7 (18-132)||(42232210-42232324)
chr7 (169-214)||(18939139-18939184)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (18-478)||(21113638-21114098)
chr8 (18-478)||(25218459-25218919)
chr8 (18-478)||(30307042-30307502)
chr8 (18-478)||(7821703-7822163)
chr8 (18-478)||(25208941-25209386)
chr8 (130-478)||(31978533-31978881)
chr8 (384-479)||(33861640-33861735)
chr8 (381-448)||(14714160-14714227)
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (18-479)||(2453011-2453470)
chr1 (18-476)||(16041892-16042350)
chr1 (19-478)||(2329034-2329490)
chr1 (18-440)||(36207118-36207540)
chr1 (20-478)||(48775231-48775689)
chr1 (18-438)||(18148593-18149013)
chr1 (18-478)||(6310888-6311349)
chr1 (18-478)||(37390046-37390499)
chr1 (166-448)||(48238519-48238801)
chr1 (217-478)||(52500534-52500795)
chr1 (18-223)||(48233498-48233703)
chr1 (383-478)||(25074114-25074209)
chr1 (45-132)||(52500795-52500882)
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (18-478)||(2202073-2202533)
chr6 (19-478)||(10187409-10187868)
chr6 (19-448)||(15333538-15333967)
chr6 (25-478)||(18343990-18344443)
chr6 (43-448)||(29639947-29640353)
chr6 (18-355)||(30881315-30881651)
chr6 (43-448)||(31510118-31510523)
chr6 (209-478)||(12517253-12517522)
chr6 (383-478)||(12519472-12519567)
chr6 (21-97)||(12517520-12517596)
[»] scaffold0134 (1 HSPs)
scaffold0134 (19-478)||(5155-5613)
[»] scaffold0262 (1 HSPs)
scaffold0262 (19-478)||(18871-19329)
[»] scaffold0356 (1 HSPs)
scaffold0356 (18-478)||(17770-18223)
[»] scaffold0073 (3 HSPs)
scaffold0073 (18-478)||(31798-32257)
scaffold0073 (130-477)||(19323-19670)
scaffold0073 (18-91)||(3-76)
[»] chr3 (14 HSPs)
chr3 (18-477)||(10110466-10110925)
chr3 (10-438)||(10968668-10969095)
chr3 (18-448)||(13529934-13530364)
chr3 (18-477)||(10000273-10000732)
chr3 (18-478)||(50410037-50410493)
chr3 (18-438)||(32676-33096)
chr3 (18-477)||(10237423-10237879)
chr3 (20-492)||(11362109-11362584)
chr3 (78-415)||(52917994-52918330)
chr3 (20-478)||(11368511-11368962)
chr3 (18-478)||(10038505-10038955)
chr3 (169-478)||(46912936-46913245)
chr3 (197-478)||(47692834-47693115)
chr3 (384-479)||(41763622-41763717)
[»] scaffold0550 (1 HSPs)
scaffold0550 (18-478)||(466-926)
[»] scaffold0003 (2 HSPs)
scaffold0003 (20-478)||(182676-183134)
scaffold0003 (20-492)||(165381-165856)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (18-478)||(321230-321690)
[»] scaffold0090 (1 HSPs)
scaffold0090 (18-478)||(48830-49291)
[»] scaffold0025 (1 HSPs)
scaffold0025 (138-492)||(16536-16889)
[»] scaffold0118 (2 HSPs)
scaffold0118 (217-478)||(28727-28988)
scaffold0118 (18-132)||(28613-28727)
[»] scaffold0888 (1 HSPs)
scaffold0888 (246-478)||(24-256)
[»] scaffold0107 (1 HSPs)
scaffold0107 (18-162)||(39937-40081)
[»] scaffold1424 (1 HSPs)
scaffold1424 (288-419)||(1572-1703)
[»] scaffold0012 (1 HSPs)
scaffold0012 (381-478)||(97080-97177)
[»] scaffold0022 (1 HSPs)
scaffold0022 (385-478)||(126094-126187)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 329; Significance: 0; HSPs: 22)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 478
Target Start/End: Original strand, 25542687 - 25543147
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| |||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  25542687 gtacctgcaaagcagaaagaaattgctaactttggcaagtggatactctcaattggagacggcaacaacgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtag 25542786  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25542787 aaattcctgaagattttctcatatcggacacaacaaatatgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 25542886  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  25542887 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtat 25542986  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  25542987 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattatgatgtccaaagcgagtggttcacaacgaaattccttaatggtattaagagctctggaattc 25543086  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    ||||| |||| |||||||||||||| ||||| ||| ||| ||| ||| |||||||||||||    
T  25543087 caaatcaccggttgaaactaagggtgggatgtccagttatgctgatgagaaacatcgatca 25543147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 317; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 18 - 478
Target Start/End: Original strand, 14192706 - 14193166
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| | |||| ||||||| |||||||||||||||||| | ||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  14192706 gtacctgtagagtaggaagaaattgctaattttgacaagtggatactctcaattggagacggcaacgaagtttcggatcagaatggtgaaatgaaggtag 14192805  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14192806 aaatttctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgatccgct 14192905  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  14192906 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttaattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtat 14193005  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  14193006 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtccaaagcgagtggttcacgacggaatttcgtaatggtattaagagctctggaattc 14193105  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    ||||| |||| |||||||||||||| ||||| ||| ||| ||| ||| ||||||| |||||    
T  14193106 caaatcaccggttgaaactaagggttggatgtccagttatgctgatgagaaacattgatca 14193166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 18 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 39883508 - 39883048
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  39883508 gtacatgcagagcatgaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtag 39883409  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    | |||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||    
T  39883408 atattcctaaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgcccagct 39883309  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    ||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| || ||   ||||||| |||||||||||||||||    
T  39883308 attttgccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgttgattccaagtgaagagaaagagtat 39883209  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| || |||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39883208 ttaagctctgattctgtttgtagatcgggtgacaattatgatgtccaaagcgagtggttcacatcggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 39883109  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    ||||| ||   |||||| ||| ||| ||||| ||| ||| ||| ||| |||||||||||||    
T  39883108 caaatcacatgttgaaattaaaggtgggatgtccagttatgctgatgagaaacatcgatca 39883048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 18 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 27881409 - 27880949
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  27881409 gtacatgcagagcaggtagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttcggatgacaatggtgaaataaaggtag 27881310  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    ||| ||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||    
T  27881309 aaactcctgaagatttgctgatatcggacccaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaact 27881210  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| || ||| || || | ||||||| |||||||||||||||||    
T  27881209 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagctgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaagtgaagagaaagagtat 27881110  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27881109 ttaagctctgattctatttgtagatcgggtgaaaattatgatgtccaaagcgagtggttcacactggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 27881010  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    ||||| || | |||||||||| ||| ||||| ||| ||| ||| ||| |||||||||||||    
T  27881009 caaatcacaggttgaaactaaaggtgggatgtccagttatgctgatgagaaacatcgatca 27880949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 18 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 37373261 - 37372803
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  37373261 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtag 37373162  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||    
T  37373161 aaattcctgaagatttgctgatatcagacataacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaact 37373062  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    ||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  || ||| || |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  37373061 atttttcgaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaaccaatttatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtat 37372962  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    ||||||||||||||| ||| | ||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37372961 ttaagctctgattctatttttagatcgggtgataattctgatgtccaaagcgagtggttcacaccagaatttcttaatggtattaagagctttggaattc 37372862  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgat 476  Q
    ||||| || | |||||||||| ||| ||||| ||| ||| ||| ||| |||||||||||    
T  37372861 caaatcacaggttgaaactaaaggtgggatgtccagttatgctgatgagaaacatcgat 37372803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 18 - 478
Target Start/End: Original strand, 8428468 - 8428928
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  8428468 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtag 8428567  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||    
T  8428568 aaattcctgaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaact 8428667  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| || ||| || || | |||||||||||||||||||||||||    
T  8428668 atttttccaagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtat 8428767  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    |||| |||||||||| ||| | ||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8428768 ttaacctctgattctatttttagatcgggtgaatattctgatgtccaaagcgagtggttcacaccagaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 8428867  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    ||||| || | |||||||||| ||| ||||| ||| ||| |||  || |||||||||||||    
T  8428868 caaatcacaggttgaaactaaaggtgggatgtccagttatgctgttgagaaacatcgatca 8428928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 275; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 20 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 3690300 - 3689842
Alignment:
Q  20 acctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaa 119  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  3690300 acctgcagagcaggaagaaactgctaattttggcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacacttcgaatgagaatggtgaaatgaaggtagaa 3690201  T
Q  120 attcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctat 219  Q
    |||||  ||||||||||||||||  | ||||||||| |||||||| |||| || |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| || |    
T  3690200 attcccaaagatttgctcatatccgatacaacaaattcgttgatgtcactaatggactttgtatatcccgatttgaatgataacattggtgacccactct 3690101  T
Q  220 ttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtattt 319  Q
    |||| ||| ||| | | ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||| || |||  ||||||| ||| |||||||||||||||    
T  3690100 tttttcaagaaaagtgaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatgatgtcagtgattccaagtggagagaaagagtattt 3690001  T
Q  320 aagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattcca 419  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3690000 aagctctgattcagtttgtcgatcgggcgaaaattctgatctctagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattcca 3689901  T
Q  420 aatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    ||| |||| |||||||||| ||| ||||| ||| ||| ||| ||| |||||||||||||    
T  3689900 aatcaccggttgaaactaatggtgggatgtccagttatgctgatgagaaacatcgatca 3689842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 275; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 20 - 478
Target Start/End: Original strand, 3876487 - 3876945
Alignment:
Q  20 acctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaa 119  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  3876487 acctgcagagcaggaagaaactgctaattttggcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcgaatgagaatggtgaaatgaaggtagaa 3876586  T
Q  120 attcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctat 219  Q
    |||||  ||||||||||||||||  | ||||||||| |||||||| |||| || |||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||| || |    
T  3876587 attcccaaagatttgctcatatccgatacaacaaattcgttgatgtcactaatggactttgtatatcccgatttgaatgataacattggggacccactct 3876686  T
Q  220 ttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtattt 319  Q
    |||| ||| ||| | | ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||| || |||  ||||||| ||| |||||||||||||||    
T  3876687 tttttcaagaaaagtgaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatgatgtcagtgattccaagtggagagaaagagtattt 3876786  T
Q  320 aagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattcca 419  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3876787 aagctctgattcagtttgtcgatcgggcgaaaattctgatctctagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattcca 3876886  T
Q  420 aatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    ||| |||| |||||||||| ||| ||||| ||| ||| ||| ||| |||||||||||||    
T  3876887 aatcaccggttgaaactaatggtgggatgtccagttatgctgatgagaaacatcgatca 3876945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 18 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 37261628 - 37261180
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||     
T  37261628 gtacgtgcagagcaagaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggatgagaatggtgaaacgaaggtat 37261529  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    ||||| | ||||||||||| |||| | |||||||||  ||||||||| |          |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||| |    
T  37261528 aaatttccgaagatttgcttatattggacacaacaa--ccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttaatgacccgtt 37261441  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||| ||| ||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||| || |||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  37261440 attttttcaagaaaggggaatacttgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtat 37261341  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37261340 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattttgatgtccaaagcgaatggttcacaaaggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 37261241  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    ||||| |||| |||||||||||||| ||||| ||| ||| ||| ||| ||||||| |||||    
T  37261240 caaatcaccggttgaaactaagggtgggatgtccagttatgctgatgagaaacattgatca 37261180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 18 - 355
Target Start/End: Original strand, 17871532 - 17871868
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | || ||||||| |||| |||| ||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  17871532 gtacctgcagagcaggaataaattgctaattttggcaaatggatactctcaattagagaaggcaacggcgcttcggatgaga-tggtgaaatgaaggtag 17871630  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  17871631 aaattcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagacattgtgtatctcgatttaaatgataaccttggtgacccgct 17871730  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  17871731 atttttccaagaaagggaaatactcgcaccaacgcttgattctgttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtat 17871830  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattc 355  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  17871831 ttaagctctggttctgtttgtcgatcgggtgaaaattc 17871868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 217 - 478
Target Start/End: Original strand, 30346637 - 30346898
Alignment:
Q  217 tatttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagta 316  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||| ||| |||||| |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30346637 tatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattaagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagta 30346736  T
Q  317 tttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaatt 416  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  30346737 tttaaactctgattctgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtccaaagtgagtggttcacaacggaattccttaatggtattaagagctctggaatt 30346836  T
Q  417 ccaaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    |||||| |||| |||||||||| ||| ||||| ||| ||| ||| ||| |||||||||||||    
T  30346837 ccaaatcaccggttgaaactaaaggtgggatgtccagttatgctgatgagaaacatcgatca 30346898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 217 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 10025189 - 10024928
Alignment:
Q  217 tatttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagta 316  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||| || |||  ||||||| ||||||||||||||||    
T  10025189 tatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcattgattccaagtgaagagaaagagta 10025090  T
Q  317 tttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaatt 416  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  10025089 tttaaactctgattctgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtccaaagtgagtggttcacaacggaattccttaatggtattaagagctctggtatt 10024990  T
Q  417 ccaaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    |||||| |||| |||||||||| ||| ||||| ||| ||| ||| ||| ||||||| |||||    
T  10024989 ccaaatcaccggttgaaactaaaggtgggatgtccagttatgctgatgagaaacatggatca 10024928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 217 - 478
Target Start/End: Original strand, 24629954 - 24630215
Alignment:
Q  217 tatttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagta 316  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  24629954 tatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagta 24630053  T
Q  317 tttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaatt 416  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |  ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  24630054 tttaaactctgattctgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtccaaaatgagcggttcacaacggaattccttaatggtattaagagctttggaatt 24630153  T
Q  417 ccaaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    |||||| |||| |||||||||| ||| ||||| ||| ||  ||| ||| |||||||||||||    
T  24630154 ccaaatcaccggttgaaactaaaggtgggatgtccagttgtgctgatgagaaacatcgatca 24630215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 18 - 132
Target Start/End: Original strand, 30346523 - 30346637
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  30346523 gtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgaattggagacggcaacaacgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtag 30346622  T
Q  118 aaattcctgaagatt 132  Q
    |||||||||||||||    
T  30346623 aaattcctgaagatt 30346637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 321 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 6089232 - 6089075
Alignment:
Q  321 agctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattccaa 420  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| | || ||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  6089232 agctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattttaatatccaaggtgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctgggatttcaa 6089133  T
Q  421 atgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    || ||   |||||||||||||| ||||| ||| ||| ||| ||| |||||||||||||    
T  6089132 atcactagttgaaactaagggtgggatgtccagttatgctgatgagaaacatcgatca 6089075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 18 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 10025303 - 10025189
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||| ||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10025303 gtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgaattagagacggtaacaacgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtag 10025204  T
Q  118 aaattcctgaagatt 132  Q
    |||||||| ||||||    
T  10025203 aaattcctaaagatt 10025189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 383 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 4051766 - 4051671
Alignment:
Q  383 ggaatttcttaatggtattaagagctctggaattccaaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||| ||||||| ||| ||| |||||||||||||    
T  4051766 ggaatttcttaatggtattaagagctctggaattccaaatcaccggttgaaactaagggtgggatgtccaattatgctgatgagaaacatcgatca 4051671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 383 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 30314157 - 30314062
Alignment:
Q  383 ggaatttcttaatggtattaagagctctggaattccaaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||| ||||||| ||| ||| |||||||||||||    
T  30314157 ggaatttcttcatggtattaagacctctggaattccaaatcaccgattgaaactaagggtgggatgtccaattatgctgatgagaaacatcgatca 30314062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 383 - 478
Target Start/End: Original strand, 15032840 - 15032935
Alignment:
Q  383 ggaatttcttaatggtattaagagctctggaattccaaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | || ||||||||||||||  |||| ||||||| ||| ||| |||||||||||||    
T  15032840 ggaatttcttaatggtattaagagctctagaattccaaatcatcggttgaaactaagggtgtgatgtccaattatgctgatgagaaacatcgatca 15032935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 45 - 132
Target Start/End: Original strand, 24629867 - 24629954
Alignment:
Q  45 aattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatt 132  Q
    ||||| ||| |||| ||||||| ||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  24629867 aatttcggcaagtggatactctgaattggagacgacaacaacgcttcggatgagaatggttaaatgaaggtagaaattcctgaagatt 24629954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 381 - 472
Target Start/End: Original strand, 2261271 - 2261362
Alignment:
Q  381 acggaatttcttaatggtattaagagctctggaattccaaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacat 472  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| || | |||||||||||||| ||||| ||| ||| ||| ||| |||||||    
T  2261271 acggaatttcttaatggtattaagagctttggcattccaaatcacaggttgaaactaagggtgggatgtccagttaggctgatgagaaacat 2261362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 391 - 419
Target Start/End: Original strand, 15032720 - 15032748
Alignment:
Q  391 ttaatggtattaagagctctggaattcca 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15032720 ttaatggtattaagagctctggaattcca 15032748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 329; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 478
Target Start/End: Original strand, 24268964 - 24269424
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  24268964 gtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgaattggagacggcaacaacgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtag 24269063  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24269064 aaattcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatctcgatttgaatgataaccttggtgacccgct 24269163  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  24269164 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtat 24269263  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  24269264 ttaaactctgattctgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtccaaagtgagtggttcacaacggaattccttaatggtattaagagctctggaattc 24269363  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    ||||| |||| |||||||||| ||| ||||| ||| ||| ||| ||| |||||||||||||    
T  24269364 caaatcaccggttgaaactaaaggtgggatgtccagttatgctgatgagaaacatcgatca 24269424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 478
Target Start/End: Original strand, 17683724 - 17684183
Alignment:
Q  19 tacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtaga 118  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  17683724 tacctgtagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtaaaatgaaggtaga 17683823  T
Q  119 aattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgcta 218  Q
    |||||||||| ||| |||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17683824 aattcctgaatattcgctcatattggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgcta 17683923  T
Q  219 tttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtatt 318  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  17683924 tttttccaagaaaggggaatactcgctccaacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatt 17684023  T
Q  319 taagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattcc 418  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17684024 taagctatgattttgtttgtcgatcgggtgaaaattttgatgtccaaagtgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattcc 17684123  T
Q  419 aaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    |||| |||| |||||||||||||| ||||| ||| ||| ||| ||| |||||||||||||    
T  17684124 aaatcaccggttgaaactaagggtgggatgtccagttatgctgatgagaaacatcgatca 17684183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 19 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 27509698 - 27509239
Alignment:
Q  19 tacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtaga 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  27509698 tacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcaagtagatactctcaattggagacagcaacgacgcttcagatgagaatggtgagatgaaggtaga 27509599  T
Q  119 aattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgcta 218  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27509598 aattcctaaagatttgctcatgtcggacacaacaaattcgttgatatcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacctgcta 27509499  T
Q  219 tttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtatt 318  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  27509498 tttttccaagaaaggggaatactcgcatcaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatt 27509399  T
Q  319 taagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattcc 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  27509398 taagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctaatgtccaaagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaatttc 27509299  T
Q  419 aaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    |||| |||| |||||| ||||||| ||||| ||| ||| | | ||| |||||||||||||    
T  27509298 aaatcaccggttgaaaataagggtgggatgtccagttatgttgatgagaaacatcgatca 27509239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 297; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 18 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 21395695 - 21395235
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  21395695 gtacctgcagatcaggaagaaattgctaatttcggcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtag 21395596  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||  ||    
T  21395595 aaattcctgaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgttgatgtcgcttatagactttgtatatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaact 21395496  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| || || | |||||||||||||||||||||||||    
T  21395495 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtat 21395396  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21395395 ttaagctctgattctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtccaaagcgagtggttcacgccggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 21395296  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    ||||| || | ||||| |||| ||| ||||| ||| ||| ||| ||| ||||||| |||||    
T  21395295 caaatcacaggttgaagctaaaggtgggatgtccagttatgctgatgagaaacatagatca 21395235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 19 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 27192813 - 27192354
Alignment:
Q  19 tacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtaga 118  Q
    |||||| ||||||||||||||||  |||||||| | |||| ||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27192813 tacctgtagagcaggaagaaattcataattttgacaagtggatactctcaactggtgacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtaga 27192714  T
Q  119 aattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgcta 218  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  27192713 aattcctaaagatttgctcatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgaccctcta 27192614  T
Q  219 tttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtatt 318  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || || | ||||| ||||||||||||||||||||    
T  27192613 tttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcgctgattctaggtgaagagaaagagtatt 27192514  T
Q  319 taagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattcc 418  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||| || ||||||||| |||||||  |||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27192513 taagctctgattctatttgtcgatcgggtgaaatttttgatgtccaaagcgagtatttcacaatagaatttcttaatggtattaagagctctgaaattcc 27192414  T
Q  419 aaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    |||| |||| ||||||| |||||| ||||| ||   || ||| ||| |||||||||||||    
T  27192413 aaatcaccggttgaaaccaagggtgggatgtccggctatgctgatgagaaacatcgatca 27192354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 19 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 27842627 - 27842168
Alignment:
Q  19 tacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtaga 118  Q
    |||||| ||||||||||||||||  |||||||| | |||| ||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27842627 tacctgtagagcaggaagaaattcataattttgacaagtggatactctcaactggtgacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtaga 27842528  T
Q  119 aattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgcta 218  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  27842527 aattcctaaagatttgctcatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgaccctcta 27842428  T
Q  219 tttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtatt 318  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || || | ||||| ||||||||||||||||||||    
T  27842427 tttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcgctgattctaggtgaagagaaagagtatt 27842328  T
Q  319 taagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattcc 418  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||| || ||||||||| |||||||  |||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27842327 taagctctgattctatttgtcgatcgggtgaaatttttgatgtccaaagcgagtatttcacaatagaatttcttaatggtattaagagctctgaaattcc 27842228  T
Q  419 aaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    |||| |||| ||||||| |||||| ||||| ||   || ||| ||| |||||||||||||    
T  27842227 aaatcaccggttgaaaccaagggtgggatgtccggctatgctgatgagaaacatcgatca 27842168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 18 - 478
Target Start/End: Original strand, 28666066 - 28666527
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  28666066 gtacctacagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtag 28666165  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||    
T  28666166 aaattcctgaagatttgctgatatcaaacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactctgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaact 28666265  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| || ||| || || | ||||| |||||||||||||||||||    
T  28666266 atttttccaagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattctaggtgaagagaaagagtat 28666365  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    |||| |||||||||| ||| | |||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28666366 ttaacctctgattctatttttagatcaggtgaaaattctgatgtccaaagcgagtggttcacaccagaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 28666465  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaact-aagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    ||||| || | |||||||| || ||| ||||| ||| ||| |||  || |||||||||||||    
T  28666466 caaatcacaggttgaaactaaaaggtgggatgtccagttatgctgttgagaaacatcgatca 28666527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 18 - 478
Target Start/End: Original strand, 41920067 - 41920527
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  41920067 gtacctgtagagcaggaagaaattgataatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtag 41920166  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||    
T  41920167 aaattcctgaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaact 41920266  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||| || ||||| |||||| || ||| || ||   ||||||||||||||| |||||||||    
T  41920267 atttttccaagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattaagcatgttaacgaatttatgatgtcgttgattccaggtgaagataaagagtat 41920366  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    |||| |||||||||| ||| | ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41920367 ttaacctctgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtccaaagcgagtggttcacaccagaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 41920466  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    ||||| || | |||||||||| ||| ||||| ||| ||| |||  || |||||||||||||    
T  41920467 caaatcacaggttgaaactaaaggtgggatgtccagttatgctgttgagaaacatcgatca 41920527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 18 - 478
Target Start/End: Original strand, 37824900 - 37825361
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  37824900 gtacctacagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtag 37824999  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||  ||    
T  37825000 aaattcctgaagatttgctgatatcaaacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactctgtgtatcccgatctaaatgataaccttggtgaccaact 37825099  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| || ||| || || | ||||| |||||||||||||||||||    
T  37825100 atttttccaagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattctaggtgaagagaaagagtat 37825199  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    |||| |||||||||| ||| | |||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37825200 ttaacctctgattctatttttagatcaggtgaaaattctgatgtccaaagcgagtggttcacaccagaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 37825299  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaact-aagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    ||||| || | |||||||| || ||| ||||| ||| ||| |||  || |||||||||||||    
T  37825300 caaatcacaggttgaaactaaaaggtgggatgtccagttatgctgttgagaaacatcgatca 37825361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 18 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 24246150 - 24245812
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||| || |||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  24246150 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaatgttggcatgtggattctctcaattggagacggcaacgacgctttggatgagaatggtgaaatgaaggtag 24246051  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24246050 aaattcctaaagatttgctcataacggacacaacaaatccgtggatgtcacttatagaccttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 24245951  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  24245950 attttttcaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtat 24245851  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattct 356  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  24245850 ttaagatctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattct 24245812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 166 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 35609862 - 35609550
Alignment:
Q  166 cacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttga 265  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  35609862 cacttatagactttgtgtattccgatttgaatgataacattggtgacccgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttga 35609763  T
Q  266 gcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccag 365  Q
    | || |||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||     
T  35609762 gtatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattatgtttgtcgatcgagtgaaaattctgatgtccaa 35609663  T
Q  366 agcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattccaaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgc 465  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||| ||||| ||| ||| ||| |||     
T  35609662 agcgagtggttcacaacagaatttcttaatggtattaagagctctggaattccaaatcactggttgaaactaagggttggatgtccagttatgctgatga 35609563  T
Q  466 gaaacatcgatca 478  Q
    ||||||| |||||    
T  35609562 gaaacattgatca 35609550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 26 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 35609970 - 35609867
Alignment:
Q  26 agagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcct 125  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||| | ||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  35609970 agagcaggaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattggagacggcaacgaagtttcggatcagaatggtgaaatgaaggtagaaatttct 35609871  T
Q  126 gaag 129  Q
    ||||    
T  35609870 gaag 35609867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 411 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 24245784 - 24245717
Alignment:
Q  411 ggaattccaaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||| ||| ||| ||| ||| |||||||||||||    
T  24245784 ggaattccaaatcaccggttgaaactaagggtgggatgtccagttatgctgatgagaaacatcgatca 24245717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1139 (Bit Score: 322; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold1139
Description:

Target: scaffold1139; HSP #1
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 28 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 1315 - 874
Alignment:
Q  28 agcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctga 127  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1315 agcaggaagaaatttctaattttggcaagtggatactctcaattggagacgacaacgactcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctga 1216  T
Q  128 agatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttccaa 227  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1215 agatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttccaa 1116  T
Q  228 taaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctg 327  Q
     ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| |||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  1115 gaaaggggaatactcgcaccaacgcttaattcagtcgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaagtgaagagaaagagtatttaagctctg 1016  T
Q  328 attctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattccaaatgaccg 427  Q
    ||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1015 attttgtttgtcaatcgggcgaaaattctgatgaccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattccaaatcaccg 916  T
Q  428 cttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaa 469  Q
     ||||| |||||||||||||| ||| ||| ||| ||| ||||    
T  915 gttgaagctaagggtaggatgtccagttatgctgatgagaaa 874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 319; Significance: 1e-180; HSPs: 12)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 18 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 1861002 - 1860528
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  1861002 gtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgaattggagacgacaacaacgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtag 1860903  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1860902 aaattcctaaagatttgctcatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatctcgatttgaatgataaccttggtgacccgct 1860803  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || |||| |||||  ||||||||||||||||||    
T  1860802 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattctgggtgaagagaaagagtat 1860703  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1860702 ttaagctctgattctgtttgttgatcgggtgaaaattctgatgtccaaagcgagtggttcacaacggaattccttaatggtattaagagctatggaattc 1860603  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatcatatcaatgaattgt 492  Q
    ||||| |||| |||||||||| ||| ||||| ||| ||| ||| ||  ||||||||||||||  ||||| |||||    
T  1860602 caaatcaccggttgaaactaaaggtgggatgtccagttatgctgataagaaacatcgatcatgccaatggattgt 1860528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 18 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 49710497 - 49710038
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||| |||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  49710497 gtacctgcagaacagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattggacacggcaacgatgcttcggatgaaaatggtgaaatgaaggtag 49710398  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  49710397 aaattcctgaagatttgctgatatcggacacaacaaatcc-ttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccagct 49710299  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| || || | |||||||||||||||||||||||||    
T  49710298 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtat 49710199  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49710198 ttaagctctgattctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtccaaagcgagtggttcacaccggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 49710099  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    ||||| || | |||||||||| ||| ||||| ||| ||| ||| ||| ||||||| |||||    
T  49710098 caaatcacaggttgaaactaaaggtgggatgtccagttatgctgatgagaaacatagatca 49710038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 18 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 35856232 - 35855772
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  35856232 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtag 35856133  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||    
T  35856132 aaattcctgaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaact 35856033  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| || || | |||||||||||||||||||||||||    
T  35856032 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtat 35855933  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    |||| |||||||||| ||| | ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35855932 ttaacctctgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtccaaagcgagtggttcacaccagaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 35855833  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    ||||| || | |||||||||| ||| ||||| ||| ||| ||| ||| |||||||||||||    
T  35855832 caaatcacaggttgaaactaaaggtgggatgtccagttatgctgatgagaaacatcgatca 35855772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 18 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 38518421 - 38517961
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||  | ||| |||||||||||||||||||    
T  38518421 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgctttgggtgacaatggtgaaatgaaggtag 38518322  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||  ||    
T  38518321 aaattcctgaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctaaatgataaccttggtgaccaact 38518222  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| || ||| || || | |||||||||||||||||||||||||    
T  38518221 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtat 38518122  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    ||||||||||||||| ||| | ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38518121 ttaagctctgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtccaaagcgagtggttcacaccaaaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 38518022  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    ||||| || | |||||||||| ||| ||||| ||| ||| ||| ||| |||||||||||||    
T  38518021 caaatcacaggttgaaactaaaggtgggatgtccagttatgctgatgagaaacatcgatca 38517961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 18 - 478
Target Start/End: Original strand, 49786722 - 49787182
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  49786722 gtacctacagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtag 49786821  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||    
T  49786822 aaattcctgaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactctgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaact 49786921  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| || ||| || || | |||||||||||||||||||||||||    
T  49786922 atttttccaagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattgagcatattaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtat 49787021  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    |||| |||||||||| ||| | |||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49787022 ttaacctctgattctatttttagatcaggtgaaaattctgatgtccaaagcgagtggttaacaccagaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 49787121  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    ||||| || | |||||||||| ||| ||||| ||| ||| |||  || |||||||||||||    
T  49787122 caaatcacagattgaaactaaaggtgggatgtccagttatgctgttgagaaacatcgatca 49787182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 18 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 13337560 - 13337320
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| ||||||||||| |||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  13337560 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacgacaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtag 13337461  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    |||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  13337460 aaattcatgaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgtttatgtcacttatagactttgtgtatctcgatttgaatgataaccttggtgaccaact 13337361  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgatt 258  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  13337360 atttttccaagaaaggggaatactcgcatcaacgcttgatt 13337320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 217 - 478
Target Start/End: Original strand, 55559131 - 55559392
Alignment:
Q  217 tatttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagta 316  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  55559131 tatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagta 55559230  T
Q  317 tttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaatt 416  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  55559231 tttaaactctgattctgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtccaaagtgagtggttcacaactgaattccttaatggtatttagagctctggaatt 55559330  T
Q  417 ccaaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
     ||||| |||| |||||||||| ||| ||||| ||| ||| | | ||| |||||||||||||    
T  55559331 tcaaatcaccggttgaaactaaaggtgggatgtccagttatgttgatgagaaacatcgatca 55559392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 22 - 170
Target Start/End: Original strand, 618122 - 618270
Alignment:
Q  22 ctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaat 121  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||  | |||| ||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  618122 ctgcagagcaggaagaaattcctaattttaacaagtgaatactctcaattggagacgacaacgaagcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaat 618221  T
Q  122 tcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccactt 170  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||    
T  618222 tcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttcatgtcactt 618270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 18 - 132
Target Start/End: Original strand, 55559017 - 55559131
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55559017 gtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgaattggagacggcaacaacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 55559116  T
Q  118 aaattcctgaagatt 132  Q
    |||||||||||||||    
T  55559117 aaattcctgaagatt 55559131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 384 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 31921432 - 31921337
Alignment:
Q  384 gaatttcttaatggtattaagagctctggaattccaaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatcat 479  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||  |||| ||| ||| ||| ||| ||||||||||||||    
T  31921432 gaattttttaatggtattaagagctctagaattccaaatcaccggttgaaactaagggtgagatgtccagttatgctgatgagaaacatcgatcat 31921337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 383 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 787840 - 787745
Alignment:
Q  383 ggaatttcttaatggtattaagagctctggaattccaaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || | |||||||||| |||  ||||  || ||| ||| ||| |||||||||||||    
T  787840 ggaatttcttaatggtattaagagctatggaattccaaatcacaggttgaaactaaaggtgagatgttcagttatgctgatgagaaacatcgatca 787745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 391 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 787960 - 787932
Alignment:
Q  391 ttaatggtattaagagctctggaattcca 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  787960 ttaatggtattaagagctctggaattcca 787932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017 (Bit Score: 318; Significance: 1e-179; HSPs: 1)
Name: scaffold0017
Description:

Target: scaffold0017; HSP #1
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 18 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 186879 - 186422
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  186879 gtacttgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattggagacggcaacaacgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtag 186780  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  186779 aaattcctgaagatttgctcatatcgtacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 186680  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  186679 atttttccaataaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagctgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtat 186580  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||    
T  186579 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtg-aaattctgatgtccaaagcgagtggttctcaacggaattccttaatggtattaagagctctgg--ttc 186483  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    ||||| |||| |||||||||| ||| ||||| | | ||| ||| ||| |||||||||||||    
T  186482 caaatcaccggttgaaactaaaggtgggatgtctagttatgctgatgagaaacatcgatca 186422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 317; Significance: 1e-179; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 317; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 18 - 478
Target Start/End: Original strand, 5828449 - 5828909
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5828449 gtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgaattggagacggcaacaacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 5828548  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5828549 aaattcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatcttttgatgtcacttatagactttgtgtatctcgatttgaatgataaccttggtgacccgct 5828648  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5828649 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgactcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtat 5828748  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5828749 ttaagctctgattctgtttgtagatcgggtgaaaattatgatgtccaaagcgagtggttcacattgtaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 5828848  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    ||||| |||| |||||||||  ||| ||||| ||| ||| ||| ||| |||||||||||||    
T  5828849 caaatcaccggttgaaactagaggtgggatgtccagttatgctgatgagaaacatcgatca 5828909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 317; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 18 - 478
Target Start/End: Original strand, 21069956 - 21070416
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  21069956 gtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttgacaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgtttcggatgagaatggtgaaatgaaggtag 21070055  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||    
T  21070056 aaattcctgaagatttgctcatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtaacctgct 21070155  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || |||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  21070156 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattcctggtgaagagaaagagtat 21070255  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||  |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  21070256 ttaagctctgattctgtttgttgatcgggtgaaaatttagatgtccaaagtgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctgaaattc 21070355  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    ||||| |||| |||||||||||||| ||||| ||| ||| ||| ||| |||||||||||||    
T  21070356 caaatcaccggttgaaactaagggtgggatgtccagttatgctgatgagaaacatcgatca 21070416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 18 - 478
Target Start/End: Original strand, 9001039 - 9001499
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  9001039 gtacctgcatagcaggaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattggatacggcaacgatgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtag 9001138  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    |||||| |||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||  ||    
T  9001139 aaattcttgaagatttgttgatatcggacacaacaaatccgttgatgtctcttatagactttgtttatcccgatctgattgataaccttggtgaccaact 9001238  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| || ||| || || | ||||| |||||||||||||||||||    
T  9001239 atttttccaagaaaggggaatactcgcactaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattctaggtgaagagaaagagtat 9001338  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9001339 ttaagctctgattctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtccaaagcgagtggttcacaccggaatttcttaatggtattaagagctctgaaattc 9001438  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    ||||| || | |||||||||| ||| ||||  ||| ||| ||| ||| |||||||||||||    
T  9001439 caaatcacaggttgaaactaaaggtgggatatccagttatgctgatgagaaacatcgatca 9001499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 18 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 7037045 - 7036585
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  7037045 gtacctgcagagcaagaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtag 7036946  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||    
T  7036945 aaattcctgaagattcgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaact 7036846  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    | |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| || || | |||||||||||||||||||||||||    
T  7036845 acttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtat 7036746  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    |||| |||||||||| ||| | ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7036745 ttaacctctgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtccaaagcgagtggttcacaccagaatttcttaatggtattaagagctttggaattc 7036646  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    ||||| || | |||||||||| ||| ||||| ||  ||| ||| ||| |||||||||||||    
T  7036645 caaatcacaggttgaaactaaaggtgggatgtccggttatgctgatgagaaacatcgatca 7036585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 18 - 478
Target Start/End: Original strand, 12781042 - 12781503
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||| || |||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  12781042 gtacctgtagagcaagaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacgacaatgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtag 12781141  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    ||||||||||||||||||| ||||   |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||    
T  12781142 aaattcctgaagatttgctgatataagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaact 12781241  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| || || | |||||||||||||||||||||||||    
T  12781242 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtat 12781341  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgt-cgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaatt 416  Q
    |||| |||||||||| ||| |  ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  12781342 ttaacctctgattctatttttgagatcgggtgaaaattctgatgtccaaagcgagtggttcacaccagaatttcttaatggtattaagagctatggaatt 12781441  T
Q  417 ccaaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    |||||| || | |||||||||| ||| ||||| ||| ||| ||| ||| |||||||||||||    
T  12781442 ccaaatcacaggttgaaactaatggtgggatgtccagttatgctgatgagaaacatcgatca 12781503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 18 - 478
Target Start/End: Original strand, 12785872 - 12786333
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  12785872 gtacctacagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtag 12785971  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||    
T  12785972 aaattcctgaagatttgctgatatcaaacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactctgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaact 12786071  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| || ||| || || | ||||| |||||||||||||||||||    
T  12786072 atttttccaagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattctaggtgaagagaaagagtat 12786171  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    |||| |||||||||| ||| | |||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12786172 ttaacctctgattctatttttagatcaggtgaaaattctgatgtccaaagcgagtggttcacaccagaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 12786271  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaact-aagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    ||||| || | |||||||| || ||| ||||| ||| ||| |||  || |||||||||||||    
T  12786272 caaatcacaggttgaaactaaaaggtgggatgtccagttatgctgttgagaaacatcgatca 12786333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 18 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 22844128 - 22843792
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| | || |||||||||||| |||| ||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  22844128 gtacctgtagagcaggaataaattgctaattttggcaattggatactcttaattagagaaggcaacgtcgcttcggatgaga-tggtgaaatgaaggtag 22844030  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    |||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  22844029 aaattcttgaagatttgctcatatctgacacaacaaatctgttgatgtcacttatagacattgtgtatctcgatttaaatgataaccttggtgacctgct 22843930  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  22843929 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattctgttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtat 22843830  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattc 355  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  22843829 ttaagttctgtttctgtttgtcgatcgggtgaaaattc 22843792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 217 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 42232210 - 42231949
Alignment:
Q  217 tatttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagta 316  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  42232210 tatttttccaagaaaggggaatactctcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagta 42232111  T
Q  317 tttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaatt 416  Q
    ||||| |||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  42232110 tttaaactctgattttgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtccaaagtgagtggttcacaactgaattccttaatggtatttagagctctggaatt 42232011  T
Q  417 ccaaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    |||||| |||| |||||||||| ||| ||||| ||| ||| ||| ||| |||||||||||||    
T  42232010 ccaaatcaccggttgaaactaaaggtgggatgtccagttatgctgatgagaaacatcgatca 42231949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 18 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 42232324 - 42232210
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  42232324 gtacctgcagagtagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgaattggagacggcaacaacggttcggatgagaatggtgaaatgaaggtag 42232225  T
Q  118 aaattcctgaagatt 132  Q
    |||||||||||||||    
T  42232224 aaattcctgaagatt 42232210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 169 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 18939184 - 18939139
Alignment:
Q  169 ttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgaccc 214  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  18939184 ttataaactttgtgtatcccgatttgaatgataactttggtaaccc 18939139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 313; Significance: 1e-176; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 18 - 478
Target Start/End: Original strand, 21113638 - 21114098
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  21113638 gtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgaattggagacggcaacaacgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtag 21113737  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  21113738 aaattcctgaagatttgcttatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcttgatttgaatgataaccttggtgacccgct 21113837  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  21113838 atttttccaaaaaaggggaatacttgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtat 21113937  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  21113938 ttaaactctgattctgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtccaaagtgagtggttcacaacgaaattccttaatggtattaagagctctggaattc 21114037  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    ||||| |||| |||||||||| ||| ||||| ||| ||| ||| ||| |||||||||||||    
T  21114038 caaatcaccggttgaaactaaaggtgggatgtccagttatgctgatgagaaacatcgatca 21114098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 18 - 478
Target Start/End: Original strand, 25218459 - 25218919
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  25218459 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtag 25218558  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||    
T  25218559 aaattcctgaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaact 25218658  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| || || | |||||||||||||||||||||||||    
T  25218659 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtat 25218758  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25218759 ttaagctctgattctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtccaaagcgagtggttcacaccggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 25218858  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    ||||| || | |||||||||| ||| ||||| ||| ||| ||| ||| |||||||||||||    
T  25218859 caaatcacaggttgaaactaaaggtgggatgtccagttatgctgatgagaaacatcgatca 25218919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 18 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 30307502 - 30307042
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||| || |||  ||||||| ||||||||||| |||||| ||||| | ||| |||||||||||||| ||||    
T  30307502 gtacctgcagagtgggaagaaattgctaatttttgcaagtagatactctcaattggagacgacaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaatgtag 30307403  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||  ||    
T  30307402 aaattcctgaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaacgataaccttggtgaccaact 30307303  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| || || | |||||||||||||||||||||||||    
T  30307302 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtat 30307203  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    |||||||| |||||| ||| | ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30307202 ttaagctccgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtccaaagcgagtggttcacaccagaatttcttaatggtattaagagctctgcaattc 30307103  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    ||||| ||   |||||||||| ||| ||||| ||| ||| ||| ||| |||||||||||||    
T  30307102 caaatcacaagttgaaactaaaggtgggatgtccagttatgctgatgagaaacatcgatca 30307042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 18 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 7822163 - 7821703
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||| |  |||| ||||||| ||||||||||| |||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  7822163 gtacctgtagagcaggaagaaattgcgaatttttgtaagtggatactctcaattggagacgacaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtag 7822064  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||  ||    
T  7822063 aaattcctgaagatttgctgatatcaaacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtattccgatctgaatgataaccttggtgaccaact 7821964  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| || || | |||| ||||||||||||||||||||    
T  7821963 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgatttcaggtgaagagaaagagtat 7821864  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    ||||||||||||||| ||| | ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  7821863 ttaagctctgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtccaaagcgagtggttcacaccagaatttcttaattgtattaagagctctggaattc 7821764  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    ||||| ||   |||||||||| ||| | ||  ||| ||| ||| ||| |||||||||||||    
T  7821763 caaatcacatgttgaaactaaaggtggaatttccagttatgctgatgagaaacatcgatca 7821703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 18 - 478
Target Start/End: Original strand, 25208941 - 25209386
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||||| || |||| ||||||| ||||||||||| |||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  25208941 gtacctgcagagcaggacgaaattactaatttttgcaagtggatactctcaattggagacgacaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtag 25209040  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    ||||||||||||||||||| || ||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||               |||||||||||||||||||  ||    
T  25209041 aaattcctgaagatttgctgatgtcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagacttt---------------aatgataaccttggtgaccaact 25209125  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| || || | |||||||||||||||||||||||||    
T  25209126 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtat 25209225  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    ||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  25209226 ttaagctctgattctatttttagatcgggcgaaaattctgatgtccaaagctagtggttcacaccagaatttcttaatggtattaagagctctggtattc 25209325  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    ||||| || | |||||||||| ||| ||||| ||| ||| ||| ||| |||||||||||||    
T  25209326 caaatcacaggttgaaactaaaggtgggatgtccagttatgctgatgagaaacatcgatca 25209386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 130 - 478
Target Start/End: Original strand, 31978533 - 31978881
Alignment:
Q  130 atttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttccaata 229  Q
    ||||||| ||||||  ||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  31978533 atttgctgatatcgggcacaacaaatctgttgatgtcacttataaactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccagctatttttccaaga 31978632  T
Q  230 aaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgat 329  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||  || ||| || || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31978633 aaggggaatactcgcatcaacgcttgattcagttgagcatgtcaacaaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgat 31978732  T
Q  330 tctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattccaaatgaccgct 429  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |    
T  31978733 tctgtttgtagatcgggggaaaattcagatgtccaaagcgagtggttcacatcggaatttcttaatggtattaagagctctggaattccaaatcacaggt 31978832  T
Q  430 tgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    ||||||||| ||| ||||| ||| ||| ||| ||| |||||||||||||    
T  31978833 tgaaactaaaggtgggatgtccagttatgctgatgagaaacatcgatca 31978881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 384 - 479
Target Start/End: Original strand, 33861640 - 33861735
Alignment:
Q  384 gaatttcttaatggtattaagagctctggaattccaaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatcat 479  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||  |||| ||| ||| ||| ||| ||||||||||||||    
T  33861640 gaattttttaatggtattaagagctctagaattccaaatcaccggttgaaactaagggtgagatgtccagttatgctgatgagaaacatcgatcat 33861735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 381 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 14714227 - 14714160
Alignment:
Q  381 acggaatttcttaatggtattaagagctctggaattccaaatgaccgcttgaaactaagggtaggatg 448  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || | |||||||||||||| |||||    
T  14714227 acggaatttcttaatggtattaagagctctggcattccaaatcacaggttgaaactaagggtgggatg 14714160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 311; Significance: 1e-175; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 18 - 479
Target Start/End: Original strand, 2453011 - 2453470
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2453011 gtacctgcagagcatgaagaaattgctaattttgacaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcaaatgagaatggtgaaatgaaggtag 2453110  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2453111 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgaattccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 2453210  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||| |||||| || ||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  2453211 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgctttattgagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactaattccaggtgaagagaaagagtat 2453310  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||  | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2453311 ttaggctctgattctatttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtccaaaacga--gattcacaatggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 2453408  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatcat 479  Q
    ||||| |||| |||||||||| ||| ||||| ||| ||| ||| ||| ||||||||||||||    
T  2453409 caaatcaccgattgaaactaacggtgggatgtccagttatgctgatgagaaacatcgatcat 2453470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 307; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 18 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 16042350 - 16041892
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  16042350 gtacatgcagagcaggaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtag 16042251  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| || |||    
T  16042250 aaattcctgaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgttgatgtcgcttatagactttgtgtatcccaatctgaatgataaccttggtgcccagct 16042151  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    ||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| || || | ||||||| |||||||||||||||||    
T  16042150 attttgccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaagtgaagagaaagagtat 16042051  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16042050 ttaagctctgattctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtccaaagcgagtggttcacatcggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 16041951  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgat 476  Q
    ||||| || | |||||||||| ||| ||||| ||| ||| ||| ||| |||||||||||    
T  16041950 caaatcacaggttgaaactaaaggtgggatgtccagttatgctgatgagaaacatcgat 16041892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 19 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 2329490 - 2329034
Alignment:
Q  19 tacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtaga 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  2329490 tacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattagagacggcaacgacgcttcggatgagaatggtaaaatgaaggtaga 2329391  T
Q  119 aattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgcta 218  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  2329390 aattcctgaagattttctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagac---gtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgatccacta 2329294  T
Q  219 tttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtatt 318  Q
    ||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2329293 ttttttcaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagtcgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatt 2329194  T
Q  319 taagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattcc 418  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  2329193 taagctctgattctctttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtccaaagagagtggttcacaacggaatttctaaatggtattaagagctatggaattcc 2329094  T
Q  419 aaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    |||| |||| |||||||||||||  ||||| ||| ||| ||| ||| |||||||||||||    
T  2329093 aaatcaccggttgaaactaagggcgggatgtccagttatgctgatgagaaacatcgatca 2329034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 18 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 36207540 - 36207118
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  36207540 gtacctgcaaagcaggaagaaattgataattttggcaagtggatactctcaattgaagacggcaacgacgcttcggatgagaatggtgaattgaaggtag 36207441  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36207440 aaattcctgatgattttctcatatccgacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 36207341  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||| ||| ||||||| |||||||| |||||  ||||||||||||||||| |||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  36207340 attttttcaagaaaggggaatactcgccccaacaattgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtat 36207241  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  36207240 ttaagctttgattatgtttgtcgatcgggtgaaaattatgatgtccaaagtgagttgttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctgaaactc 36207141  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaactaagg 440  Q
    ||||| |||| ||||||||||||    
T  36207140 caaatcaccggttgaaactaagg 36207118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 20 - 478
Target Start/End: Original strand, 48775231 - 48775689
Alignment:
Q  20 acctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaa 119  Q
    |||| |||||||| |||||| ||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  48775231 acctacagagcagaaagaaactgctaattttggcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcgaatgagaatggtgaaatgaaggtagaa 48775330  T
Q  120 attcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctat 219  Q
    ||||| |||||||||||||||||  ||||||||||| | |||||| |||| ||| ||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||| ||| |    
T  48775331 attcccgaagatttgctcatatccgacacaacaaattctttgatgtcactaatacactttgtatatcccgattagaatgataacattggtgacctgctct 48775430  T
Q  220 ttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtattt 319  Q
    |||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||| || | |  |||||||||||||||||||||||||||    
T  48775431 ttttccaagaaaagggaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatgatgtaaatgattccaggtgaagagaaagagtattt 48775530  T
Q  320 aagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattcca 419  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  48775531 aagctctgattcagtttgtcgatcgggcaaaaagtctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctatggaattcca 48775630  T
Q  420 aatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    ||| |||  |||||||| ||||| ||||| ||||||| ||| ||| |||||||||||||    
T  48775631 aatcaccagttgaaactgagggtgggatgtccaattatgctgatgagaaacatcgatca 48775689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 18 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 18149013 - 18148593
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||  |||||||  | ||||||||||||||||||||||    
T  18149013 gtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgaattggagacggcaataacgcttcgaaggagaatggtgaaatgaaggtag 18148914  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    |||||  ||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  18148913 aaatttatgaagattttctcatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatcgactttgtgtatctcaatttgaatgataaccttggtgacccgct 18148814  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  18148813 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcatttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtat 18148714  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  18148713 ttaagctcttattctgtttgtcgatcggatgaaaattcttatgtccaaagcaagtggttcacaacggaattccttaatggtattaagagctctggaattc 18148614  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaactaa 438  Q
     |||| |||| ||||||||||    
T  18148613 taaatcaccggttgaaactaa 18148593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 18 - 478
Target Start/End: Original strand, 6310888 - 6311349
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||| |||  ||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  6310888 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatagtctccattggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtag 6310987  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||    
T  6310988 aaattcctgaagattcgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaact 6311087  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| || || | |||||||||||||||||||||||||    
T  6311088 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtat 6311187  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgt-cgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaatt 416  Q
    |||| |||||||||| ||| |  ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6311188 ttaacctctgattctatttttgagatcgggtgaaaattctgatgtccaaagcgagtggttcacaccagaatttcttaatggtattaagagctctggaatt 6311287  T
Q  417 ccaaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    |||||| |  | |||||||||| ||| ||||| ||| ||| ||| ||| |||||||||||||    
T  6311288 ccaaatcataggttgaaactaaaggtgggatgtccagttatgctgatgagaaacatcgatca 6311349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 18 - 478
Target Start/End: Original strand, 37390046 - 37390499
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||| ||| ||||||||||||||| || ||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  37390046 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatattctcaattggagacggcaaagatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtag 37390145  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||    
T  37390146 aaattcctgaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaact 37390245  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| || || | |||||||||||||||||||||||||    
T  37390246 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtat 37390345  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    |||| |||||||||| ||| | ||||||| ||||||||||||||       |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37390346 ttaacctctgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgt-------gagtggttcacaccagaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 37390438  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    ||||| || | |||||||||| ||| ||||| ||| ||| ||| ||| |||| ||||||||    
T  37390439 caaatcacaggttgaaactaaaggtgggatgtccagttatgctgatgagaaatatcgatca 37390499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 166 - 448
Target Start/End: Original strand, 48238519 - 48238801
Alignment:
Q  166 cacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttga 265  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  48238519 cacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggcgaccctctatttttccaagaaagaggaatactcgcaccaacgcttgattcagttga 48238618  T
Q  266 gcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccag 365  Q
    |||| |||||| |||||| || || | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||     
T  48238619 gcatgttaacgaatatatgatgtcgctgattccaggcgaagagaaagagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaactttgatgtccaa 48238718  T
Q  366 agcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattccaaatgaccgcttgaaactaagggtaggatg 448  Q
    |||||||  |||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||| ||||||| |||||| |||||    
T  48238719 agcgagtatttcacaatagaatttcttaatggtattaagagctctgaaattccaattcaccggttgaaaccaagggtgggatg 48238801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 217 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 52500795 - 52500534
Alignment:
Q  217 tatttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagta 316  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  52500795 tatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagta 52500696  T
Q  317 tttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaatt 416  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |  ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  52500695 tttaaactctgattctgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtccaaaatgagcggttcacaacggaattccttaatggtattaagagctttggaatt 52500596  T
Q  417 ccaaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    |||||| |||| |||||||||| ||| ||||| ||| ||  ||| ||| |||||||||||||    
T  52500595 ccaaatcaccggttgaaactaaaggtgggatgtccagttgtgctgatgagaaacatcgatca 52500534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 18 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 48233703 - 48233498
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||| ||||||| || | |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  48233703 gtacctgcagagcaggaagaaattcctaattttgacaagtgaatactctcaacttgagacgacaacgacgcttcagatgagaatggggaaatgaaggtag 48233604  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  48233603 aaattcctgaagatttactcatatcgaacacaacaaatccgctgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggcgaccctct 48233504  T
Q  218 attttt 223  Q
    ||||||    
T  48233503 attttt 48233498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 383 - 478
Target Start/End: Original strand, 25074114 - 25074209
Alignment:
Q  383 ggaatttcttaatggtattaagagctctggaattccaaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||| ||||||| ||| ||| |||||||||||||    
T  25074114 ggaatttcttaatggtattaagagctctggaattccaaatcaccggttgaaactaagggtgggatgtccaattatgctgatgagaaacatcgatca 25074209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 45 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 52500882 - 52500795
Alignment:
Q  45 aattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatt 132  Q
    ||||| ||| |||| ||||||| ||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  52500882 aatttcggcaagtggatactctgaattggagacgacaacaacgcttcggatgagaatggttaaatgaaggtagaaattcctgaagatt 52500795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 309; Significance: 1e-174; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 18 - 478
Target Start/End: Original strand, 2202073 - 2202533
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  2202073 gtacttgcagagcatgaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattggagaaggcaacgacgcttcaaatgagaatggtgaaatgaatgtag 2202172  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2202173 aaattcccgaagatttgctcatatcgaacacaataaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 2202272  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| || ||| |||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  2202273 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttaattcagtagaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtat 2202372  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  2202373 ttaagctctgattctatttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtccaaagtgagtggttcacaactgaattccttaatggtatttagagctctggaattc 2202472  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    ||||| || | |||||||||||||| ||||| ||| ||| ||  ||| |||||||||||||    
T  2202473 caaatcactggttgaaactaagggtgggatgtccagttatgccgatgagaaacatcgatca 2202533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 19 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 10187868 - 10187409
Alignment:
Q  19 tacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtaga 118  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||  ||| || |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  10187868 tacctgtagagcaggaagaaattgctaattttcgcacgtggatgctctcaattggagacggcaacgacgcttcggatgagaatggtaaaatgaaggtaga 10187769  T
Q  119 aattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgcta 218  Q
    |||||||||| |||||||||||| | |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10187768 aattcctgaatatttgctcatattggacacaaaaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgcta 10187669  T
Q  219 tttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtatt 318  Q
    ||||||||| ||| ||| |||||||| ||||| ||||||||| |||||||| |||||| |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  10187668 tttttccaagaaaagggaatactcgctccaacacttgattcaattgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatt 10187569  T
Q  319 taagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattcc 418  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  10187568 taagctatgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattttgatgtccaaagtgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctcttgaattcc 10187469  T
Q  419 aaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    |||| |||| |||||||||||||| ||||| ||| ||| ||| ||| |||||||||||||    
T  10187468 aaatcaccggttgaaactaagggtgggatgtccagttatgctgatgagaaacatcgatca 10187409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 19 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 15333967 - 15333538
Alignment:
Q  19 tacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtaga 118  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  15333967 tacctgcagagcaagaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggatgagaatagtgaaatgaaggtaga 15333868  T
Q  119 aattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgcta 218  Q
    |||||||||||||||| | |||||| ||  |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  15333867 aattcctgaagatttgttgatatcgtacgtaacaaatccgttgatgtcactaatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccagcta 15333768  T
Q  219 tttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtatt 318  Q
    ||||||||| ||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| || ||| || || | ||||||||||||||||||||||||||    
T  15333767 tttttccaacaaatgggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatt 15333668  T
Q  319 taagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattcc 418  Q
    || ||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||| |||||| |||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15333667 taggctctgattctgtttgtagatcaggtgaaaattctgatgtccaaagcgagaggttcatatcgaaatttcttaatggtattaagagctctggaattcc 15333568  T
Q  419 aaatgaccgcttgaaactaagggtaggatg 448  Q
    |||| || | || ||||||| ||| |||||    
T  15333567 aaatcacaggttaaaactaaaggtgggatg 15333538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 25 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 18344443 - 18343990
Alignment:
Q  25 cagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcc 124  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| | |||| ||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  18344443 cagagcaggaagaaattcctaattttgacaagtgaatactctcaattggagacgacaacgaagcttcagatgagaatagtgaaatgaaggtagaaattcc 18344344  T
Q  125 tgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttc 224  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  18344343 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttcatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgaccatctatttttc 18344244  T
Q  225 caataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 324  Q
    ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||| || || | ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  18344243 caagaaaggggaatacttgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttgacgaatatatgatgtcgctgattccaggcgaagagaaagagtatttaagct 18344144  T
Q  325 ctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattccaaatga 424  Q
     ||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||  |||||||  |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |    
T  18344143 ttgattctatttgtcgatcgggtgaaaattttgatgtccaaagcgagtatttcacaatagaatttcttaatggtattaagagctctaaaattccaaatca 18344044  T
Q  425 ccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    ||  ||||||| |||||| ||||| ||   || ||| ||| |||||||||||||    
T  18344043 ccagttgaaaccaagggtgggatgtccggctatgctgatgagaaacatcgatca 18343990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 43 - 448
Target Start/End: Original strand, 29639947 - 29640353
Alignment:
Q  43 ctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatc 142  Q
    |||||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  29639947 ctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatc 29640046  T
Q  143 gaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttccaataaaggggcatactc 242  Q
     | ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||| ||||||    
T  29640047 aaccacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcctgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactc 29640146  T
Q  243 gcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattctgtttgtcgat 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| || || | ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| | |||    
T  29640147 gcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaacctctaattctatttttagat 29640246  T
Q  343 cgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaac-ggaatttcttaatggtattaagagctctggaattccaaatgaccgcttgaaactaaggg 441  Q
    |||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||| ||    
T  29640247 cgggtgaaaattctgatgtctaaagcgagtggttcacaccaagaatttcttaatggtattaagagctctggaattccaaatcacaggttgaaactaaagg 29640346  T
Q  442 taggatg 448  Q
    | |||||    
T  29640347 tgggatg 29640353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 18 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 30881651 - 30881315
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | || ||||||| |||| |||| ||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  30881651 gtacctgcagagcaggaataaattgctaattttggcaaatggatactctcaattagagaaggcaacggcgcttcggatgaga-tggtgaaatgaaggtag 30881553  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  30881552 aaattcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagacattgtgtatctcgatttaaatgataaccttggtgacccgct 30881453  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  30881452 atttttccaagaaagggaaatactcgcaccaacgcttgattctgttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtat 30881353  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattc 355  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  30881352 ttaagctctggttctgtttgtcgatcgggtgaaaattc 30881315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 43 - 448
Target Start/End: Original strand, 31510118 - 31510523
Alignment:
Q  43 ctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatc 142  Q
    |||||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||| | ||| | ||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||    
T  31510118 ctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgtttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtagaaatttcttaagatttgctgatatc 31510217  T
Q  143 gaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttccaataaaggggcatactc 242  Q
     | ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||  |||||||| ||| ||||||| ||||||    
T  31510218 aaccacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcctaatctgaatgataaccttggtgaccaactattttttcaagaaaggggaatactc 31510317  T
Q  243 gcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattctgtttgtcgat 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| || || | ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| | |||    
T  31510318 gcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaacctctaattctatttttagat 31510417  T
Q  343 cgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattccaaatgaccgcttgaaactaagggt 442  Q
    |||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||| |||    
T  31510418 cgggtgaaaattctgatgtctaaagcgagtggttcacaccagaatttcttaatggtattaagagctctggaattccaaatcacaggttgaaactaaaggt 31510517  T
Q  443 aggatg 448  Q
     |||||    
T  31510518 gggatg 31510523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 209 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 12517522 - 12517253
Alignment:
Q  209 tgacccgctatttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagag 308  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| || || | ||||||||||||||||    
T  12517522 tgaccagctatttttccaagaaaggggaatatttgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagag 12517423  T
Q  309 aaagagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagct 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  12517422 aaagagtatttaagctctgattctgtttgatgatggggtgaaaattctgatgtccaaagcgagtggttcacatcggaatttcttaatggtattaagagct 12517323  T
Q  409 ctggaattccaaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
     ||||||||||||| || | |||||||||| ||| ||||| ||  ||| | | ||| |||||||||||||    
T  12517322 ttggaattccaaatcacaggttgaaactaaaggtgggatgtccggttatgttgatgagaaacatcgatca 12517253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 383 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 12519567 - 12519472
Alignment:
Q  383 ggaatttcttaatggtattaagagctctggaattccaaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||| ||||||| ||| ||| ||| |||||||||    
T  12519567 ggaatttcttaatggtattaagagctctggaattccaaatcaccggttgaaactaagggtgggatgtccaattatgctgatgagaagcatcgatca 12519472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 21 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 12517596 - 12517520
Alignment:
Q  21 cctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatga 97  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||| ||||||| |||| |||||    
T  12517596 cctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattggagacgacaacgacacttcggatga 12517520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0134 (Bit Score: 308; Significance: 1e-173; HSPs: 1)
Name: scaffold0134
Description:

Target: scaffold0134; HSP #1
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 19 - 478
Target Start/End: Original strand, 5155 - 5613
Alignment:
Q  19 tacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtaga 118  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| | ||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5155 tacctgcaaagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgacttggagacgacaacagcgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtaga 5254  T
Q  119 aattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgcta 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5255 aattcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatctattgatgtcacttatagactttgtgtatctcgatttgaatgataaccttggtgacccgcta 5354  T
Q  219 tttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtatt 318  Q
    |||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || |||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  5355 tttt-ccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgatttcaggtgaagagaaagagtatt 5453  T
Q  319 taagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattcc 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5454 taagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtccaaagcgagtggttcacaacagaattccttaatggtattaagagctctggaattcc 5553  T
Q  419 aaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    |||| |||| |||| ||||| ||| ||||| ||| ||| ||| ||| |||||||||||||    
T  5554 aaatcaccggttgatactaaaggtgggatgtccagttatgctgatgagaaacatcgatca 5613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0262 (Bit Score: 304; Significance: 1e-171; HSPs: 1)
Name: scaffold0262
Description:

Target: scaffold0262; HSP #1
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 19 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 19329 - 18871
Alignment:
Q  19 tacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtaga 118  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||| || | ||||| | |||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  19329 tacctgcagagcagaaagaaattgctaattt-ggcaaggggatactttgaattggagacggcaacaacgcttcggatgagaatgatgaaatgaaggtaga 19231  T
Q  119 aattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgcta 218  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19230 aatttctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatatgttgatgtcacttatagactttgtgtatcttgatttgaatgataaccttggtgacccgcta 19131  T
Q  219 tttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtatt 318  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  19130 tttttccaaaaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatt 19031  T
Q  319 taagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattcc 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  19030 taagctctgattctgtttgtcgatcgagtgaaaattctgatgtgcaaagcgagtggttcacaacggaattccttaatggtattaagagctctggaattcc 18931  T
Q  419 aaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    |||| |||| |||||||||| ||| ||||| ||| ||| ||| ||| |||||||||||||    
T  18930 aaatcaccggttgaaactaaaggtgggatgtccagttatgctgatgagaaacatcgatca 18871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0356 (Bit Score: 299; Significance: 1e-168; HSPs: 1)
Name: scaffold0356
Description:

Target: scaffold0356; HSP #1
Raw Score: 299; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 18 - 478
Target Start/End: Original strand, 17770 - 18223
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| |||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  17770 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttagcaagtggatactctcaattggagacagcaacgaagcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtag 17869  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  17870 aagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgatccgct 17969  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
           ||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  17970 -------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgatttagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtat 18062  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18063 ttaagctttgattctgtttgccgatcgggtgaaaattatgatgtccaaagcgagtggttcacaacagaatttcttaatggtattaagagctctagaattc 18162  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    ||||| |||| |||||||||||||| ||||| ||| ||| ||| ||| |||||||||||||    
T  18163 caaatcaccggttgaaactaagggtgggatgtccagttatgctgatgagaaacatcgatca 18223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073 (Bit Score: 297; Significance: 1e-167; HSPs: 3)
Name: scaffold0073
Description:

Target: scaffold0073; HSP #1
Raw Score: 297; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 18 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 32257 - 31798
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  32257 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattggatacggcaacgatgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtag 32158  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  32157 aaattcctgaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccagct 32058  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| || |  | |||||||||||||||||||||||||    
T  32057 atttttccaagaaagggg-atacttgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgttgctgattccaggtgaagagaaagagtat 31959  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||| |    
T  31958 ttaaactctgattctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtccaaagcgagtggttcacatcggaatttcttaatggtattaagatctttggaatcc 31859  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    ||||| || | |||||||||| ||| ||||| ||| ||| ||| ||| |||||||||||||    
T  31858 caaatcacaggttgaaactaaaggtgggatgtccagttatgctgatgagaaacatcgatca 31798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073; HSP #2
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 130 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 19670 - 19323
Alignment:
Q  130 atttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttccaata 229  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  19670 atttgctgatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttataaactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccagctatttttccaaga 19571  T
Q  230 aaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgat 329  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||  || ||| || || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19570 aaggggaatactcgcatcaacgcttgattcagttgagcatgtcaacaaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgat 19471  T
Q  330 tctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattccaaatgaccgct 429  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |    
T  19470 tctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtccaaagcgagtggttcacatcggaatttcttaatggtattaagagctctggaattccaaatcacaggt 19371  T
Q  430 tgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatc 477  Q
    ||||||||| ||| ||||| ||| ||| ||| ||| ||||||||||||    
T  19370 tgaaactaaaggtgggatgtccagttatgctgatgagaaacatcgatc 19323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 18 - 91
Target Start/End: Complemental strand, 76 - 3
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttc 91  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  76 gtacctgcagagcaagaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttc 3  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 296; Significance: 1e-166; HSPs: 14)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 18 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 10110925 - 10110466
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||| | |||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  10110925 gtacctacagagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactatgaattggagacggcaacaacgcttcggaggagaatggtgaaatgaaggtag 10110826  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||  || ||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10110825 aaattcctgaagatttgctcatatcagacgcaacaaatctgttgatgtcacttacagactttgtgtatctcgatttgaatgataaccttggtgacccgct 10110726  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10110725 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtat 10110626  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    ||||||| ||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10110625 ttaagctttgattatgtttgttgatcgggtgaaaattctgatgtccaaatcaagtggttcacaacggaattccttaatgatattaagagctctggaattc 10110526  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatc 477  Q
    ||||| |||| |||||||||| ||| ||||| ||| ||| ||| ||| ||||||||||||    
T  10110525 caaatcaccggttgaaactaaaggtgggatgtccagttatgctgatgagaaacatcgatc 10110466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 10 - 438
Target Start/End: Original strand, 10968668 - 10969095
Alignment:
Q  10 catcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaat 109  Q
    |||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10968668 catcttcagtacctatagagcaggaagaaattgctaattttggcaagtggacactctcaattggagatggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaat 10968767  T
Q  110 gaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggt 209  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  10968768 gaaggtagaaatttctga-gatttgctgatatcggacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaacttcgt 10968866  T
Q  210 gacccgctatttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagaga 309  Q
    |||| |||||||||| ||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||    
T  10968867 gacctgctatttttctaagcaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagtttagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagaga 10968966  T
Q  310 aagagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctc 409  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10968967 aagagtatttaagctcttattttgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtccaaagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctc 10969066  T
Q  410 tggaattccaaatgaccgcttgaaactaa 438  Q
    | ||||| ||||| |||| ||||||||||    
T  10969067 tagaatttcaaatcaccggttgaaactaa 10969095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 18 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 13530364 - 13529934
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||  ||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  13530364 gtacctgtagagcaggaataaattgctaattttggcaagtatatactctcaattggagacggcaacgacgcatcaggtgagaatggtgaaatgaaggtag 13530265  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    ||||||  ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13530264 aaattctagaagatttggtcatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 13530165  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||| |||||| || |||| || ||||||||||||||||||||||    
T  13530164 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttcattcagttgagcattttaacgaatatatgatgtcactgagtccaggtgaagagaaagagtat 13530065  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||| || ||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  13530064 ttaagctctggttctgcttgtcgatcaggtgaaaattttggtgtccaaagcgagtggttcacaacggaatttcttagtggtattaagagctctggaattc 13529965  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaactaagggtaggatg 448  Q
    ||||| |||| |||||||||||||| |||||    
T  13529964 caaatcaccggttgaaactaagggtgggatg 13529934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 18 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 10000732 - 10000273
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    |||||||||||| || ||||||||| |||||||||| |||| ||||| | |||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  10000732 gtacctgcagagtagaaagaaattgttaattttggcaagtggatactatgaattggagacggcaacaacgcttcggaggagaatggtgaaatgaaggtag 10000633  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |  ||||||||| ||||||  |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10000632 aaattcctgaagatttgctcatatcagatgcaacaaatctgttgatatcacttacagactttgtgtatctcgatttgaatgataaccttggtgacccgct 10000533  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10000532 atttttccaagaaagaggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtat 10000433  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    ||||||| ||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||    
T  10000432 ttaagctttgattatgtttgttgatcgggtgaaaattctgatgtccaaatcaagtggttcacaacggaattccctaatgatattaagagctctggaattc 10000333  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatc 477  Q
    ||||| |||| |||||||||| ||| ||||| ||| ||| ||| ||| ||||||||||||    
T  10000332 caaatcaccggttgaaactaaaggtgggatgtccagttatgctgatgagaaacatcgatc 10000273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 18 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 50410493 - 50410037
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||| |||| ||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||        
T  50410493 gtacctgtagagcaggaataaattgctaattttggcaagtggatactctcaattagagacggtaacgacgctttggatgagaatggtgaaatgaag---- 50410398  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  50410397 aaattcctgaagattttctcatatcggacacaacaaatccgctgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggcgacccact 50410298  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||  |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  50410297 attttttcaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagtcgagcatgttaacaaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtat 50410198  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  50410197 ttaagctctgattctctttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtccaatgagagtggttcacagcggaatttctaaatggtattaagagctctggaattc 50410098  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    |||||  | | ||||||||||||||  |||| ||| ||| ||| ||| |||||||||||||    
T  50410097 caaatcgctggttgaaactaagggtgagatgtccagttatgctgatgagaaacatcgatca 50410037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 18 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 33096 - 32676
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| |||| ||||||||||| | ||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  33096 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattagagacggcaacaatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtag 32997  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||    
T  32996 aaattcctgaagatttgctgatatcaaacacaacaaatccgttgatgtcacttatggactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaact 32897  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| || || | ||||||| |||||||||||||||||    
T  32896 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaagtgaagagaaagagtat 32797  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    |||| |||||||||| ||| | ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  32796 ttaacctctgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtccaaagcgagtggttcacaccataatttcttaatggtattaagagctctggaaatc 32697  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaactaa 438  Q
    ||||| || | ||||||||||    
T  32696 caaatcacaggttgaaactaa 32676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 18 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 10237879 - 10237423
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||| || | |||||||||||| | |||||    
T  10237879 gtacctgctgagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgaattggagacggcaacaacgcttcggagg-gaatggtgaaataacggtag 10237781  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    ||||||||||||| |||||||||||  || ||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10237780 aaattcctgaagaattgctcatatcagacgcaacaaatctgttgatgtcacttacagactttgtgtatctcgatttgaatgataaccttggtgacccgct 10237681  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || | || ||||||||||||||||||||||||     
T  10237680 attttttcaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgttactgattccaggtgaagagaaagagta- 10237582  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    ||||||| ||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10237581 ttaagctttgattatgtttgttgatcgggtgaaaattctgatgtccaaatcaagtggttcacaacggaattccttaatgatattaagagctctggaattc 10237482  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatc 477  Q
    ||||| |||| |||||||||| ||| ||||| ||  ||| ||| ||| ||||||||||||    
T  10237481 caaatcaccggttgaaactaaaggtgggatgtcc-gttatgctgatgagaaacatcgatc 10237423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 20 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 11362584 - 11362109
Alignment:
Q  20 acctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcata--ctcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    |||||||||||| ||| ||| ||||||||||||| |||| |||  |||| ||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||  |    
T  11362584 acctgcagagcaagaataaactgctaattttggcaagtggatatactctcaattggagacgacaacgacgcttcgaatgagaatggtgaaatgaaggggg 11362485  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||  | ||||||||| |||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||    
T  11362484 aaattcccgaagatttactcatatccgatacaacaaattcgttgatgtcactaatagactttgtatatcccgatttaaatgataacattggtgacccact 11362385  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaaga-gta 316  Q
    |||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||| || |||  |||||||||||||||||||||  |     
T  11362384 atttttccaagaaaagggaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatgatgtcagtgattccaggtgaagagaaagatttt 11362285  T
Q  317 tttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaatt 416  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11362284 tttaagctctgattcagtttgtcgatcgggcgaaaagtctgatgtctagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaatt 11362185  T
Q  417 ccaaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatcatatcaatgaattgt 492  Q
    |||||| |||| |||||||||| ||| ||||| ||| | | ||| ||| |||||||||||||  |||||| |||||    
T  11362184 ccaaatcaccggttgaaactaatggtgggatgtccagtcatgctgatgagaaacatcgatcaggtcaatggattgt 11362109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 78 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 52918330 - 52917994
Alignment:
Q  78 ggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagact 177  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   || || |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  52918330 ggcaacgacgcttcggatgggaatggtgaaatgaaggtagaaattcctga-gatttgccgttaccggacacaacaaatctgttgatgccacttatagact 52918232  T
Q  178 ttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgc 277  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  52918231 tcgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgactcgctatttttccaagaaaggggaatacccgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacga 52918132  T
Q  278 atatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttc 377  Q
    |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  52918131 atatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattttgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtccaaagcgagtggttc 52918032  T
Q  378 acaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaat 415  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  52918031 acaacggaatttcttaatggtactaagagctctggaat 52917994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 20 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 11368962 - 11368511
Alignment:
Q  20 acctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaa 119  Q
    |||||||||| ||||||||| || |||||||||| |||| |||| || ||||||||| | ||||||         |||||||||||||||||| ||||||    
T  11368962 acctgcagagaaggaagaaactgataattttggcaagtggataccctcaattggagaggacaacga---------tgagaatggtgaaatgaatgtagaa 11368872  T
Q  120 attcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct-a 218  Q
    ||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||      
T  11368871 attcccgaagatttgctcatatccgacacaacaaatccgttgatgtcactcatagactttgtatatcccgatttgaatgataacattggtgacccgctct 11368772  T
Q  219 tttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtatt 318  Q
    ||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||| || |||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  11368771 tttttccaagaaaagggaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatgatgtcagtgattccaggtgaagagaaagagtatt 11368672  T
Q  319 taagctctgattctgtttgtcgatcgggcg-aaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    |||||||||||||  ||||||||| ||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  11368671 taagctctgattcaatttgtcgattgggtgaaaaagtctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctagaattc 11368572  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    ||||| |||| |||||||||||||| ||||| ||| ||| | | ||| |||||||||||||    
T  11368571 caaatcaccggttgaaactaagggtgggatgtccagttatgttgatgagaaacatcgatca 11368511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 18 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 10038955 - 10038505
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||     
T  10038955 gtacgtgcagagcaagaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattgaagacggcaacgacgctttagatgagaatggtgaaacgaaggtat 10038856  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    |||||   ||||||||||| |||||  |||||||||||| ||||||| |          |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10038855 aaattttcgaagatttgcttatatcagacacaacaaatctgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgct 10038766  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||| | |||||| || |||| ||||||||||||||||||| | |||    
T  10038765 atttttccaagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcaattgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatattat 10038666  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10038665 ttaagctctcattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgcccaaagcgaatggttcacaaaggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 10038566  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    ||||| |||| |||||||||||| | ||||| ||| ||| ||| ||| ||||||| |||||    
T  10038565 caaatcaccggttgaaactaaggttgggatgtccagttatgctgatgagaaacattgatca 10038505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 169 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 46913245 - 46912936
Alignment:
Q  169 ttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagca 268  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46913245 ttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataactttggcgacccgctatttttccaagaaaggagaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagca 46913146  T
Q  269 tattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagc 368  Q
    | |||||| |||||| || ||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||    
T  46913145 tgttaacgaatatatgatgtcaccaattccaggtgaagaaaaatagtatttaagctttgattatgtttgtcgatcggggggaaattctgatgtccaaagc 46913046  T
Q  369 gagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattccaaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaa 468  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||| |||||||||||||| ||||| ||| ||| ||| ||| |||    
T  46913045 gagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctatggaattcaaaatcaccggttgaaactaagggtgggatgtccagttatgctgatgagaa 46912946  T
Q  469 acatcgatca 478  Q
    | ||||||||    
T  46912945 atatcgatca 46912936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 197 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 47693115 - 47692834
Alignment:
Q  197 tgataaccttggtgacccgctatttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgatt 296  Q
    |||||||||||||||||| | ||||| |||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| || || ||||  |||    
T  47693115 tgataaccttggtgacccacaattttcccaagaaaggggaatcctcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatacatgatgtcactaatt 47693016  T
Q  297 ccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatg 396  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  47693015 ccaggtgaagagaaagagtatttaacctctgattctgtttgtcgatcggacgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacgaaatttcttaatg 47692916  T
Q  397 gtattaagagctctggaattccaaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||| |  ||| ||| ||| ||| ||| |||||||||    
T  47692915 gtattaagagctctggaattccaaatcaccggttgaaactaggggtaggttttccagttatgctgatgagaagcatcgatca 47692834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 384 - 479
Target Start/End: Original strand, 41763622 - 41763717
Alignment:
Q  384 gaatttcttaatggtattaagagctctggaattccaaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatcat 479  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||  |||| ||| ||| ||| ||| ||||||||||||||    
T  41763622 gaattttttaatggtattaagagctctagaattccaaatcaccggttgaaactaagggtgagatgtccagttatgctgatgagaaacatcgatcat 41763717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0550 (Bit Score: 293; Significance: 1e-164; HSPs: 1)
Name: scaffold0550
Description:

Target: scaffold0550; HSP #1
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 18 - 478
Target Start/End: Original strand, 466 - 926
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  466 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggatgagaatgatgaaatgaaggtag 565  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||    
T  566 aaattcctgaagatttgctgatatcagacacaacaaacccgttgatgtcacttataaactttgtgtatcccgatctaaatgataaccttggtgaccagct 665  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | || ||| || || | ||||||||||||| |||||||||||    
T  666 atttttccaataaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaatgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaaaagaaagagtat 765  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    |||| |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  766 ttaacctctgattctgtttgtagattgggtgaaaattctgatgtccaaagcgagtggttcacatcggaatttcttaatggtattaagagctatggaattc 865  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    ||||| || | ||||| ||||  || ||||| ||||||| ||| ||| |||||||||||||    
T  866 caaatcacaggttgaagctaaaagtgggatgtccaattatgctgatgagaaacatcgatca 926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 279; Significance: 1e-156; HSPs: 2)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 20 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 183134 - 182676
Alignment:
Q  20 acctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaa 119  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  183134 acctgcagagcaggaagaaactgctaattttggcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcgaatgagaatggtgaaatgaaggtagaa 183035  T
Q  120 attcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctat 219  Q
    ||||| |||||||||||||||||  | ||||||||| |||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||| || |    
T  183034 attcccgaagatttgctcatatccgatacaacaaattcgttgatgtcactaatagactttgtatatcccgatttgaatgatatcattggtgacccactct 182935  T
Q  220 ttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtattt 319  Q
    |||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||| || |||  ||||||| |||||||||||||||||||    
T  182934 ttttccaagaaaagggaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatgatgtcagtgattccaagtgaagagaaagagtattt 182835  T
Q  320 aagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattcca 419  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  182834 aagctctgattcagtttgtcgatcgggcgaaaaatctgatggctagagtgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaatttca 182735  T
Q  420 aatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    ||| |||| |||||||||| ||| ||||| ||| ||| ||| ||| |||||||| ||||    
T  182734 aatcaccggttgaaactaatggtgggatgtccagttatgctgatgagaaacatcaatca 182676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 20 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 165856 - 165381
Alignment:
Q  20 acctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcata--ctcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    |||||||||||| ||| ||| ||||||||||||| |||| |||  |||| ||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||  |    
T  165856 acctgcagagcaagaataaactgctaattttggcaagtggatatactctcaattggagacgacaacgacgcttcgaatgagaatggtgaaatgaaggggg 165757  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||  | ||||||||| |||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||    
T  165756 aaattcccgaagatttactcatatccgatacaacaaattcgttgatgtcactaatagactttgtatatcccgatttaaatgataacattggtgacccact 165657  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaaga-gta 316  Q
    |||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||| || |||  |||||||||||||||||||||  |     
T  165656 atttttccaagaaaagggaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatgatgtcagtgattccaggtgaagagaaagatttt 165557  T
Q  317 tttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaatt 416  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  165556 tttaagctctgattcagtttgtcgatcgggcgaaaagtctgatgtctagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaatt 165457  T
Q  417 ccaaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatcatatcaatgaattgt 492  Q
    |||||| |||| |||||||||| ||| ||||| ||| | | ||| ||| |||||||||||||  |||||| |||||    
T  165456 ccaaatcaccggttgaaactaatggtgggatgtccagtcatgctgatgagaaacatcgatcaggtcaatggattgt 165381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 265; Significance: 1e-147; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 18 - 478
Target Start/End: Original strand, 321230 - 321690
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||| ||| |||| ||||||||||  | ||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  321230 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatattctcaatttgagacggcaattatgcttcggttgataatggtgaaatgaaggtag 321329  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||    
T  321330 aaattcctgaagatttgctgatatcggacaaaacaaatccgttgatgtcacttatagactttttgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaact 321429  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| || ||| || || | |||| ||||||||||||||||||||    
T  321430 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaatgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatatcgctgatttcaggtgaagagaaagagtat 321529  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  321530 ttaagctctgattctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtccaaagcgagtggttcacatcagaatttcttaatggtattcagagctctggaattc 321629  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    ||||| || | |||||||||| ||| ||||| ||| ||| ||| ||  ||||| |||||||    
T  321630 caaatcacaggttgaaactaaaggtgggatgtccagttatgctgataagaaacctcgatca 321690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090 (Bit Score: 262; Significance: 1e-146; HSPs: 1)
Name: scaffold0090
Description:

Target: scaffold0090; HSP #1
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 18 - 478
Target Start/End: Original strand, 48830 - 49291
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  48830 gtacctacagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtag 48929  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 217  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||    
T  48930 aaattcctgaagatttgctgatatcaaacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactctgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaact 49029  T
Q  218 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 317  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| || ||| || || | ||||| |||||||||||||||||||    
T  49030 atttttccaagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattctaggtgaagagaaagagtat 49129  T
Q  318 ttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 417  Q
    |||| |||||||||| ||| | |||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49130 ttaacctctgattctatttttagatcaggtgaaaattctgatgtccaaagcgagtggttcacaccagaatttcttaatggtattaagagctctggaattc 49229  T
Q  418 caaatgaccgcttgaaact-aagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    ||||| || | |||||||| || ||| ||||| ||| ||| |||  || |||||||||||||    
T  49230 caaatcacaggttgaaactaaaaggtgggatgtccagttatgctgttgagaaacatcgatca 49291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0025 (Bit Score: 231; Significance: 1e-127; HSPs: 1)
Name: scaffold0025
Description:

Target: scaffold0025; HSP #1
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 138 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 16889 - 16536
Alignment:
Q  138 atatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttccaataaaggggca 237  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  16889 atatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataactttggtgacccgctatttttccaagaaaggggaa 16790  T
Q  238 tactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattctgtttg 337  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||| ||| || ||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||     
T  16789 tactcgcaccaacgcttaatttagtggagtatgttaacgcatatatgatttcactgattctaggtgaagagaaagagtttttaagctatgattctgtttt 16690  T
Q  338 tcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattccaaatgaccgcttgaaacta 437  Q
    || |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  16689 tcaatcgagcgaaaattctgatgtccaaagcgagtggttcacaacagaatttcttaatggtattaagagctctggaattccaaatgaccggttgaaacta 16590  T
Q  438 agggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatcatatcaatgaattgt 492  Q
    | ||||||||| ||| ||| |||| || |||||||||||||   |||||||||||    
T  16589 a-ggtaggatgtccacttatgcttctgagaaacatcgatcaggccaatgaattgt 16536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0118 (Bit Score: 162; Significance: 3e-86; HSPs: 2)
Name: scaffold0118
Description:

Target: scaffold0118; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 217 - 478
Target Start/End: Original strand, 28727 - 28988
Alignment:
Q  217 tatttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagta 316  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||| || |||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  28727 tatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaaaagta 28826  T
Q  317 tttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaatt 416  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | ||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28827 tttaaactctgattctgtttgtcgcttgggtgaaaattttgatgtccaaagtgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaatt 28926  T
Q  417 ccaaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    |||||| |||| |||||||||| ||| ||||| ||| ||| ||| ||| |||||||||||||    
T  28927 ccaaatcaccggttgaaactaaaggtgggatgtccagttatgctgatgagaaacatcgatca 28988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0118; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 18 - 132
Target Start/End: Original strand, 28613 - 28727
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||| |||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  28613 gtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgaattgaagacagcaacaacgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtag 28712  T
Q  118 aaattcctgaagatt 132  Q
    |||||||||||||||    
T  28713 aaattcctgaagatt 28727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0888 (Bit Score: 125; Significance: 4e-64; HSPs: 1)
Name: scaffold0888
Description:

Target: scaffold0888; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 246 - 478
Target Start/End: Original strand, 24 - 256
Alignment:
Q  246 ccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgg 345  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||  || |||| |||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  24 ccaaggcttgattcagttgagcatgttaacgaatatacgatgtcactgatttcaggtggcgagaaagagtatttaagctctgattttgtatgtcgatcgg 123  T
Q  346 gcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaatttcttaatggtattaagagctctggaattccaaatgaccgcttgaaactaagggtagg 445  Q
    | |||||||||||| |||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||| ||    
T  124 gtgaaaattctgatttccaaaacgagtggttcacaatggaatttcttaatggtattaagagctctggaattccaaatcaccagttgaaactaagggtggg 223  T
Q  446 atgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    ||| ||  ||| ||| ||| |||||||||||||    
T  224 atgtccggttatgctgatgagaaacatcgatca 256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0107 (Bit Score: 97; Significance: 2e-47; HSPs: 1)
Name: scaffold0107
Description:

Target: scaffold0107; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 18 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 40081 - 39937
Alignment:
Q  18 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 117  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  40081 gtacctacagagcaggaagaaattgctaactttggcaagtgaatactctcaattggagatggcaacgatgcttcggatgagaatggtgaaataaaggtag 39982  T
Q  118 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttga 162  Q
    |||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  39981 aaattcttgaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgttga 39937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1424 (Bit Score: 92; Significance: 2e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold1424
Description:

Target: scaffold1424; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 288 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 1703 - 1572
Alignment:
Q  288 tcaccgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggcgaaaattctgatgtccagagcgagtggttcacaacggaat 387  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1703 tcactgattccaggtgaagagaaagcgtatttaaactctgattatgtttatcgatcgggtgaaaattttgatgtccaaagcgagtggttcacaacggaat 1604  T
Q  388 ttcttaatggtattaagagctctggaattcca 419  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  1603 ttcttaatggtattaagagcactagaattcca 1572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 381 - 478
Target Start/End: Original strand, 97080 - 97177
Alignment:
Q  381 acggaatttcttaatggtattaagagctctggaattccaaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||| || | |||||| ||||||| ||||| ||| ||| ||| ||| ||||||| |||||    
T  97080 acggaatttcttaatggtattaagagctccagcattccaaatcacaggttgaaattaagggtgggatgtccagttaggctgatgagaaacattgatca 97177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0022 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0022
Description:

Target: scaffold0022; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 385 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 126187 - 126094
Alignment:
Q  385 aatttcttaatggtattaagagctctggaattccaaatgaccgcttgaaactaagggtaggatgaccaattacgcttatgcgaaacatcgatca 478  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||   |||||||| || | |||||| ||||||| ||||  ||| ||| | | ||| |||||||||||||    
T  126187 aattttttaatggtattaagagctctgacgttccaaatcacaggttgaaaataagggtgggatttccagttatgttgatgagaaacatcgatca 126094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University