View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14664_low_5 (Length: 687)

Name: NF14664_low_5
Description: NF14664
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14664_low_5
NF14664_low_5
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (19-682)||(34167836-34168499)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 624; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 624; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 34168499 - 34167836
Alignment:
Q  19 attgagtgattacgaattgtaagataaaactcataaacaacgatctcagttaattgcaagtgcttacaaaacataaccaccattagaagagatttcaaat 118  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34168499 attgagtgattacaaattgtaagatgaaactcataaacaacgatctcagttaattgcaagtgcttacaacacataaccaccattagaagagatttcaaat 34168400  T
Q  119 tctatgcacattcaaatgttaatgaaaatgcttgtcttcaaccttccattccaaatcctacatctgctgcactgcacaatgaactaatattcactatccc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34168399 tctatgcacattcaaatgttaatgaaaatgcttgtcttcaaccttccattccaaatcctacatctgctgcactgcacaatgaactaatattcactatccc 34168300  T
Q  219 tccatcctccaacgtcatcgtcagtatattcattttcctgtgatgaattccaagaacattagagaaaatactaagcataagtttggtttagcattagcat 318  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34168299 tccatcctccaatgtcatcgtcagtatattcattttcctgtgatgaattccaagaacattagagaaaatattaagcataagtttggtttagcattagcat 34168200  T
Q  319 aagtttgctcacgttccaatgtaattgacagtgaaaattaggaagctacaaattgtagcagcagccaaacatgcgacccgaccatgagtgcaaacacatc 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  34168199 aagtttgctcacgttccaatgtaattgacagtgaaaattaggaagctacaaattgtagcagcagccaaacatgcaacccgaccatgaatgcaaacacatc 34168100  T
Q  419 ataacatgatattgactagattaatttcaaatttatcattgtgaaatcataaatagggctttttatatctgtgaactcaaaaatcacattcttaacaatt 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  34168099 ataacatgatattgactagattaatttcaaatttatcattgtgaaatcataaatagggctttttatatctgtgaactcaaaaatcacgttcttaacaatt 34168000  T
Q  519 gtttgcatgacaagaaatttgagcaatttcaagctattaacttcaaaatgtttacctttcgagtgtaagttataccaacttcgagttcaccgcaataaga 618  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34167999 gtttacataacaagaaatttgagcaatttcaagctattaacttcaaaatgtttacctttcgagtgtaagttataccaacttcgagttcaccgcaataaga 34167900  T
Q  619 attgtcggctcgaaccacactatacttgcgaggacgaagctcagctgatccattctctgctcct 682  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34167899 attgtcggctcgaaccacactatacttgcgaggacgaagctcagctgatccattctctgctcct 34167836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University