View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF14668_low_7 (Length: 417)
Name: NF14668_low_7
Description: NF14668
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF14668_low_7 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 371; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 371; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 45275178 - 45274784
Alignment:
| Q |
19 |
agatggctcttgatgactgcaaggacttgatgcaattcgctttagacagtcttgacctctccaacaattgtcttagtgacaacaacattcaagctgttca |
118 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45275178 |
agatggctcttgatgactgcaaggacttgatgcaattcgctttggacagtcttgacctctcaaacaattgtcttagtgacaacaacattcaagctgttca |
45275079 |
T |
|
| Q |
119 |
tgaccaaactgctgatatgaggaattggttgagtgcagttatatcctacagacaagcctgtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaaa |
218 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45275078 |
tgaccaaactgctgatatgaggaattggttgagtgcagtcatatcctacagacaagcctgtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaaa |
45274979 |
T |
|
| Q |
219 |
atcaaagagcaattccatgttcagagtttggacagcgtacaaaaggtcaccgcggttgcccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagcaat |
318 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45274978 |
atcaaagagcaattccatgttcagagtttggacagcgtacaaaagatcaccgcggttgcccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagcaat |
45274879 |
T |
|
| Q |
319 |
tcaacttgaagtttgatatcaaacctctttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgactgttgatgatcaaggacacccttcatggatctctgct |
413 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45274878 |
tcaacttgaagtttgatatcaaacctctttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgactgttgacgatcaaggatacccttcatggatctctgct |
45274784 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 19 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 45271645 - 45271254
Alignment:
| Q |
19 |
agatggctcttgatgactgcaaggacttgatgcaattcgctttagacagtcttgacctctccaacaattgtcttagtgacaacaacattcaagctgttca |
118 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
45271645 |
agatggctcttgatgactgcaaagacttgatgcaattcgctttggacagtcttgacctctccaacaactgtgttcgtgacaacaacattgaagctgttca |
45271546 |
T |
|
| Q |
119 |
tgaccaaactgctgatatgaggaattggttgagtgcagttatatcctacagacaagcctgtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaaa |
218 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45271545 |
tgaccaaactgctgatatgaggaattggttgagtgcagttatctcttacaaacaaggttgtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaag |
45271446 |
T |
|
| Q |
219 |
atcaaagagcaattccatgttcagagtttggacagcgtacaaaaggtcaccgcggttgcccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagcaat |
318 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
45271445 |
atcaaggagcaattccatgttcagagtttgtacagcgtacaaaaggtcacagccgttgcccttgacattgtgactggtttgtctgacatcctccagcaat |
45271346 |
T |
|
| Q |
319 |
tcaacttgaagtttgatatcaaacctctttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgactgttgatgatcaaggacacccttcatggatctct |
410 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45271345 |
tcaacttgaactttgatatcaaacctccttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgactgttgacgatcaaggatacccttcatggatctct |
45271254 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 19 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 45283419 - 45283028
Alignment:
| Q |
19 |
agatggctcttgatgactgcaaggacttgatgcaattcgctttagacagtcttgacctctccaacaattgtcttagtgacaacaacattcaagctgttca |
118 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||| || |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45283419 |
agatggctcttaatgactgcaaggacttgatgcaattcgctttggacagtcttgacctctccaccaagtgtgttcatgacaacaacattcaagctgttca |
45283320 |
T |
|
| Q |
119 |
tgaccaaactgctgatatgaggaattggttgagtgcagttatatcctacagacaagcctgtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaaa |
218 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45283319 |
tgaccaaatcgctgatatgaggaattggttgagtgcggttatctcttacagacaagcttgtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaag |
45283220 |
T |
|
| Q |
219 |
atcaaagagcaattccatgttcagagtttggacagcgtacaaaaggtcaccgcggttgcccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagcaat |
318 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45283219 |
atcaaggagcaattccatgttcagagtttggacagcgtacaaaaggttaccgctgttgcccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagcaat |
45283120 |
T |
|
| Q |
319 |
tcaacttgaagtttgatatcaaacctctttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgactgttgatgatcaaggacacccttcatggatctct |
410 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45283119 |
tcaacttgaagtttgatgtcaaacctgcttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgactgttgacgatcaaggatacccttcatggatctct |
45283028 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 299; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 19 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 45294807 - 45294413
Alignment:
| Q |
19 |
agatggctcttgatgactgcaaggacttgatgcaattcgctttagacagtcttgacctctccaacaattgtcttagtgacaacaacattcaagctgttca |
118 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||| || ||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45294807 |
agatggctcttaatgactgcaaggacttgatgcaattcgctttggacagtcttgacctctccaccaagtgtgttcatgacagcaacattcaagctgttca |
45294708 |
T |
|
| Q |
119 |
tgaccaaactgctgatatgaggaattggttgagtgcagttatatcctacagacaagcctgtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaaa |
218 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
45294707 |
tgaccaaaccgctgatatgaggaattggttgagtgcagttatctcttacagacaagcttgtatggaaggatttgacgatgaaaatgacggtgagaagaag |
45294608 |
T |
|
| Q |
219 |
atcaaagagcaattccatgttcagagtttggacagcgtacaaaaggtcaccgcggttgcccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagcaat |
318 |
Q |
| |
|
||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45294607 |
atcaaggagcaattagacgttcagagtttggacagcgtacaaaaggttaccgctgttgcccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagcaat |
45294508 |
T |
|
| Q |
319 |
tcaacttgaagtttgatatcaaacctctttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgactgttgatgatcaaggacacccttcatggatctctgct |
413 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45294507 |
tcaacttgaagtttgatatcaaacctgcttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgactgttgatgatcaaggatacccttcatggatctctgct |
45294413 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 299; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 19 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 45303767 - 45303373
Alignment:
| Q |
19 |
agatggctcttgatgactgcaaggacttgatgcaattcgctttagacagtcttgacctctccaacaattgtcttagtgacaacaacattcaagctgttca |
118 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||| || ||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45303767 |
agatggctcttaatgactgcaaggacttgatgcaattcgctttggacagtcttgacctctccaccaagtgtgttcatgacagcaacattcaagctgttca |
45303668 |
T |
|
| Q |
119 |
tgaccaaactgctgatatgaggaattggttgagtgcagttatatcctacagacaagcctgtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaaa |
218 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
45303667 |
tgaccaaaccgctgatatgaggaattggttgagtgcagttatctcttacagacaagcttgtatggaaggatttgacgatgaaaatgacggtgagaagaag |
45303568 |
T |
|
| Q |
219 |
atcaaagagcaattccatgttcagagtttggacagcgtacaaaaggtcaccgcggttgcccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagcaat |
318 |
Q |
| |
|
||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45303567 |
atcaaggagcaattagacgttcagagtttggacagcgtacaaaaggttaccgctgttgcccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagcaat |
45303468 |
T |
|
| Q |
319 |
tcaacttgaagtttgatatcaaacctctttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgactgttgatgatcaaggacacccttcatggatctctgct |
413 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45303467 |
tcaacttgaagtttgatatcaaacctgcttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgactgttgatgatcaaggatacccttcatggatctctgct |
45303373 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 99 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 38588718 - 38588624
Alignment:
| Q |
99 |
aacaacattcaagctgttcatgaccaaactgctgatatgaggaattggttgagtgcagttatatcctacagacaagcctgtatggaaggatttga |
193 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||| ||||| ||||| | ||||||||||||||||| ||||| || ||| |||| | || ||||| |||||||| |
|
|
| T |
38588718 |
aacaacattcaagccattcatgatcaaacacctgattttaggaattggttgagtgctgttatctcataccaacaatcatgcatggacggatttga |
38588624 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University