View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14680_low_10 (Length: 308)

Name: NF14680_low_10
Description: NF14680
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14680_low_10
NF14680_low_10
[»] scaffold0234 (2 HSPs)
scaffold0234 (88-295)||(2321-2528)
scaffold0234 (88-295)||(11212-11419)
[»] chr4 (28 HSPs)
chr4 (88-295)||(19926760-19926967)
chr4 (88-295)||(26970463-26970670)
chr4 (88-295)||(55612683-55612890)
chr4 (88-295)||(5707320-5707527)
chr4 (88-295)||(26963640-26963847)
chr4 (88-295)||(5713948-5714155)
chr4 (88-295)||(10621333-10621540)
chr4 (88-295)||(868597-868804)
chr4 (88-295)||(10628412-10628619)
chr4 (90-295)||(18262214-18262419)
chr4 (90-295)||(28393134-28393339)
chr4 (90-295)||(4426604-4426808)
chr4 (90-295)||(18269070-18269280)
chr4 (100-295)||(8845215-8845410)
chr4 (100-295)||(8858179-8858374)
chr4 (88-203)||(12357136-12357251)
chr4 (96-295)||(20311299-20311499)
chr4 (94-295)||(10677555-10677753)
chr4 (94-295)||(10891195-10891393)
chr4 (90-294)||(5616215-5616421)
chr4 (94-295)||(5668125-5668327)
chr4 (94-295)||(35223576-35223767)
chr4 (137-204)||(39074278-39074346)
chr4 (114-295)||(21454137-21454319)
chr4 (126-294)||(30040750-30040919)
chr4 (138-197)||(11161913-11161972)
chr4 (220-294)||(11420968-11421042)
chr4 (225-277)||(39074218-39074270)
[»] chr1 (16 HSPs)
chr1 (88-295)||(18252030-18252237)
chr1 (88-295)||(18532514-18532721)
chr1 (88-295)||(27131409-27131616)
chr1 (90-295)||(21171233-21171438)
chr1 (90-295)||(27310577-27310782)
chr1 (90-295)||(16359035-16359240)
chr1 (94-295)||(36816633-36816834)
chr1 (88-295)||(3855919-3856126)
chr1 (88-295)||(22657221-22657429)
chr1 (94-295)||(27277557-27277756)
chr1 (122-295)||(12006539-12006712)
chr1 (122-295)||(12014284-12014457)
chr1 (100-295)||(9917918-9918106)
chr1 (94-163)||(30720625-30720694)
chr1 (118-195)||(3403248-3403325)
chr1 (118-195)||(3443494-3443571)
[»] chr7 (18 HSPs)
chr7 (88-295)||(29327784-29327991)
chr7 (88-295)||(11536062-11536269)
chr7 (88-295)||(11542980-11543187)
chr7 (90-295)||(15152445-15152650)
chr7 (90-295)||(15148144-15148349)
chr7 (90-295)||(18561009-18561214)
chr7 (90-295)||(12750828-12751033)
chr7 (94-291)||(12738542-12738739)
chr7 (90-295)||(18257842-18258047)
chr7 (94-276)||(13392157-13392338)
chr7 (110-295)||(2364917-2365101)
chr7 (94-181)||(39111819-39111905)
chr7 (121-280)||(7396221-7396381)
chr7 (162-205)||(3132748-3132791)
chr7 (138-203)||(10234179-10234244)
chr7 (88-120)||(2653207-2653239)
chr7 (220-294)||(2935983-2936057)
chr7 (226-294)||(47167135-47167203)
[»] chr3 (29 HSPs)
chr3 (88-295)||(6110064-6110271)
chr3 (88-295)||(10572592-10572799)
chr3 (90-295)||(16482483-16482688)
chr3 (94-295)||(17781118-17781319)
chr3 (88-295)||(15600884-15601091)
chr3 (88-295)||(15607429-15607636)
chr3 (90-295)||(18522665-18522870)
chr3 (91-295)||(13211305-13211509)
chr3 (88-295)||(13248607-13248814)
chr3 (88-295)||(15357586-15357793)
chr3 (94-295)||(10579355-10579556)
chr3 (90-295)||(18519980-18520182)
chr3 (94-295)||(19089745-19089946)
chr3 (88-295)||(8490488-8490702)
chr3 (90-295)||(17200184-17200389)
chr3 (107-295)||(15342219-15342407)
chr3 (90-295)||(13516813-13517018)
chr3 (88-249)||(18640792-18640953)
chr3 (94-295)||(32056900-32057101)
chr3 (94-295)||(1647521-1647726)
chr3 (90-276)||(16200128-16200313)
chr3 (88-280)||(29924971-29925163)
chr3 (88-280)||(29974124-29974316)
chr3 (90-276)||(16200434-16200619)
chr3 (95-295)||(24253388-24253589)
chr3 (194-295)||(17136465-17136566)
chr3 (90-152)||(18534758-18534820)
chr3 (90-135)||(18510924-18510969)
chr3 (220-292)||(25979006-25979078)
[»] scaffold0390 (2 HSPs)
scaffold0390 (88-295)||(6934-7141)
scaffold0390 (88-295)||(13950-14157)
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (88-295)||(21940665-21940872)
chr8 (90-295)||(22171491-22171694)
chr8 (94-295)||(6094129-6094330)
chr8 (90-289)||(28554885-28555084)
chr8 (94-295)||(24642655-24642856)
chr8 (94-221)||(24636860-24636987)
chr8 (100-292)||(38232380-38232570)
chr8 (118-279)||(32872857-32873019)
chr8 (109-167)||(2375027-2375085)
chr8 (126-189)||(10920234-10920297)
[»] chr6 (19 HSPs)
chr6 (88-295)||(29308890-29309097)
chr6 (88-295)||(29315850-29316057)
chr6 (90-295)||(16566320-16566525)
chr6 (88-295)||(27381252-27381459)
chr6 (88-295)||(27471635-27471842)
chr6 (90-295)||(17684469-17684674)
chr6 (88-295)||(17691440-17691647)
chr6 (90-295)||(188977-189182)
chr6 (90-295)||(25537159-25537364)
chr6 (90-295)||(11651725-11651930)
chr6 (90-295)||(13359269-13359474)
chr6 (127-295)||(20553587-20553755)
chr6 (107-280)||(8509941-8510115)
chr6 (111-295)||(27925772-27925961)
chr6 (126-294)||(20736604-20736773)
chr6 (126-295)||(17850495-17850663)
chr6 (95-150)||(31258065-31258120)
chr6 (209-294)||(19218371-19218455)
chr6 (104-169)||(22259925-22259990)
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (88-295)||(21330248-21330455)
chr2 (88-295)||(18796506-18796713)
chr2 (90-295)||(18619807-18620011)
chr2 (94-233)||(19692598-19692737)
chr2 (153-280)||(20977957-20978084)
chr2 (122-295)||(36270199-36270373)
chr2 (122-295)||(18822115-18822290)
chr2 (208-295)||(12098618-12098705)
chr2 (130-280)||(24471643-24471792)
chr2 (124-279)||(36802664-36802820)
[»] scaffold0220 (1 HSPs)
scaffold0220 (88-295)||(18288-18495)
[»] scaffold0433 (1 HSPs)
scaffold0433 (88-295)||(7107-7314)
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (88-295)||(24695466-24695673)
chr5 (88-295)||(18569863-18570070)
chr5 (90-295)||(19714498-19714703)
chr5 (94-295)||(19707218-19707419)
chr5 (93-276)||(27347497-27347679)
chr5 (94-295)||(22547016-22547217)
chr5 (88-197)||(39537962-39538071)
chr5 (92-273)||(17285754-17285935)
chr5 (94-197)||(31886537-31886640)
chr5 (154-295)||(18807034-18807175)
chr5 (92-273)||(17298907-17299088)
chr5 (201-293)||(39538701-39538793)
chr5 (114-204)||(33477389-33477479)
chr5 (138-206)||(11479420-11479489)
[»] scaffold0657 (1 HSPs)
scaffold0657 (88-295)||(993-1200)
[»] scaffold0186 (1 HSPs)
scaffold0186 (88-295)||(25990-26197)
[»] scaffold0063 (1 HSPs)
scaffold0063 (90-295)||(5531-5736)
[»] scaffold0008 (1 HSPs)
scaffold0008 (90-271)||(230365-230545)
[»] scaffold0176 (1 HSPs)
scaffold0176 (88-152)||(8446-8510)
[»] scaffold0565 (1 HSPs)
scaffold0565 (107-138)||(10127-10158)
[»] scaffold0326 (1 HSPs)
scaffold0326 (88-121)||(16615-16648)
[»] scaffold0032 (1 HSPs)
scaffold0032 (117-189)||(92194-92267)


Alignment Details
Target: scaffold0234 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 2)
Name: scaffold0234
Description:

Target: scaffold0234; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 88 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 2528 - 2321
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2528 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 2429  T
Q  188 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 287  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2428 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 2329  T
Q  288 ctgatgat 295  Q
    ||||||||    
T  2328 ctgatgat 2321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0234; HSP #2
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 88 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 11419 - 11212
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11419 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 11320  T
Q  188 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 287  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11319 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 11220  T
Q  288 ctgatgat 295  Q
    ||||||||    
T  11219 ctgatgat 11212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 28)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 88 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 19926967 - 19926760
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19926967 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 19926868  T
Q  188 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 287  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19926867 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 19926768  T
Q  288 ctgatgat 295  Q
    ||||||||    
T  19926767 ctgatgat 19926760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 88 - 295
Target Start/End: Original strand, 26970463 - 26970670
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26970463 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 26970562  T
Q  188 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 287  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26970563 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagatttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 26970662  T
Q  288 ctgatgat 295  Q
    ||||||||    
T  26970663 ctgatgat 26970670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 88 - 295
Target Start/End: Original strand, 55612683 - 55612890
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55612683 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 55612782  T
Q  188 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 287  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55612783 accccattaaacataaggaaactactctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 55612882  T
Q  288 ctgatgat 295  Q
    ||||||||    
T  55612883 ctgatgat 55612890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 88 - 295
Target Start/End: Original strand, 5707320 - 5707527
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5707320 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccatttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 5707419  T
Q  188 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 287  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5707420 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgagatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 5707519  T
Q  288 ctgatgat 295  Q
    ||||||||    
T  5707520 ctgatgat 5707527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 88 - 295
Target Start/End: Original strand, 26963640 - 26963847
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26963640 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaaatataacttaattgtgag 26963739  T
Q  188 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 287  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26963740 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagatttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 26963839  T
Q  288 ctgatgat 295  Q
    ||||||||    
T  26963840 ctgatgat 26963847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 88 - 295
Target Start/End: Original strand, 5713948 - 5714155
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5713948 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagcccatttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 5714047  T
Q  188 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 287  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5714048 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgagatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 5714147  T
Q  288 ctgatgat 295  Q
    ||||||||    
T  5714148 ctgatgat 5714155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 88 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 10621540 - 10621333
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10621540 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctggaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 10621441  T
Q  188 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 287  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10621440 agcccattaaacataaggaaactattctcaaagtatctgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 10621341  T
Q  288 ctgatgat 295  Q
    ||||||||    
T  10621340 ctgatgat 10621333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 88 - 295
Target Start/End: Original strand, 868597 - 868804
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  868597 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccatttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 868696  T
Q  188 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 287  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  868697 accccgttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 868796  T
Q  288 ctgatgat 295  Q
    ||||||||    
T  868797 ctgatgat 868804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 88 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 10628619 - 10628412
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10628619 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctggaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 10628520  T
Q  188 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 287  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10628519 agcccattaaacataaggaaactattctcaaagtatctgtagtcaagctttattgagaagtgggatattattaaagcatagagactattatgtaggtaga 10628420  T
Q  288 ctgatgat 295  Q
    ||||||||    
T  10628419 ctgatgat 10628412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 90 - 295
Target Start/End: Original strand, 18262214 - 18262419
Alignment:
Q  90 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 189  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18262214 aaggcatttctttattgattttgtttcgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 18262313  T
Q  190 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 289  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18262314 cccgttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgatgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 18262413  T
Q  290 gatgat 295  Q
    ||||||    
T  18262414 gatgat 18262419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 90 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 28393339 - 28393134
Alignment:
Q  90 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 189  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28393339 aaggcatttctttattgattttgatttgtttcaaaataataaagtccctaaaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 28393240  T
Q  190 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 289  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28393239 cccattaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagact 28393140  T
Q  290 gatgat 295  Q
    ||||||    
T  28393139 gatgat 28393134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 178; E-Value: 5e-96
Query Start/End: Original strand, 90 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 4426808 - 4426604
Alignment:
Q  90 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4426808 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccttagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 4426709  T
Q  190 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 289  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4426708 cccgttaaacataagg-aactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagact 4426610  T
Q  290 gatgat 295  Q
    ||||||    
T  4426609 gatgat 4426604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 175; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 90 - 295
Target Start/End: Original strand, 18269070 - 18269280
Alignment:
Q  90 aaggcatttctttattgatttt-----gttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgt 184  Q
    ||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18269070 aaggcatttctttattgattttgttttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgt 18269169  T
Q  185 gagaccccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggt 284  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18269170 gagaccccgttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgatgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggt 18269269  T
Q  285 agactgatgat 295  Q
    |||||||||||    
T  18269270 agactgatgat 18269280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 100 - 295
Target Start/End: Original strand, 8845215 - 8845410
Alignment:
Q  100 tttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaac 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  8845215 tttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagatcccgttaaac 8845314  T
Q  200 ataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 295  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  8845315 ataaggaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtcggatatcattaaagcatagagactattatgtgggtaggctgatgat 8845410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 100 - 295
Target Start/End: Original strand, 8858179 - 8858374
Alignment:
Q  100 tttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaac 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  8858179 tttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagatcccgttaaac 8858278  T
Q  200 ataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 295  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  8858279 ataaggaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtcggatatcattaaagcatagagactattatgtgggtaggctgatgat 8858374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 88 - 203
Target Start/End: Original strand, 12357136 - 12357251
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12357136 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 12357235  T
Q  188 accccattaaacataa 203  Q
    ||||||||||||||||    
T  12357236 accccattaaacataa 12357251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 96 - 295
Target Start/End: Original strand, 20311299 - 20311499
Alignment:
Q  96 tttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaag-tataacttaattgtgagaccccat 194  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | || |||||||| |  ||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  20311299 tttctttattgattttgttttgttttaaaataataaagtacttataatagttaatatgttcaatggagcattaaggtataacttaattgtgagaccccat 20311398  T
Q  195 taaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatga 294  Q
    |||||||||||| ||| || | |||||||  || |||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||    
T  20311399 taaacataaggacactgtttttaaagtatttgttgtcaagctttattgtgaagtgagatatcattaaagcatagagactattttgtgggtagattgatga 20311498  T
Q  295 t 295  Q
    |    
T  20311499 t 20311499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 94 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 10677753 - 10677555
Alignment:
Q  94 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 193  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||| | ||||||| ||||| |||| |||||| || ||||||| |||||||||| ||||||| | |||| ||||    
T  10677753 catttttttattgattttcttttgtttcaataaaataaagcccctaaaataattagtctgtataatggagcattaagtatgacttaatcgcgaga-ccca 10677655  T
Q  194 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 293  Q
    ||||||  || || | |||||| ||||||||||||||||||||||| |  ||| || |||| |||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  10677654 ttaaacgaaatgatattattcttaaagtatccgtagtcaagctttagt--gaaatgagataacattaaagtatatagactattatgtgggtagactgatg 10677557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 94 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 10891393 - 10891195
Alignment:
Q  94 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 193  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||| | ||||||| ||||| |||| |||||| || ||||||| |||||||||| ||||||| | |||| ||||    
T  10891393 catttttttattgattttcttttgtttcaataaaataaagcccctaaaataattagtctgtataatggagcattaagtatgacttaatcgcgaga-ccca 10891295  T
Q  194 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 293  Q
    ||||||  || || | |||||| ||||||||||||||||||||||| |  ||| || |||| |||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  10891294 ttaaacgaaatgatattattcttaaagtatccgtagtcaagctttagt--gaaatgagataacattaaagtatatagactattatgtgggtagactgatg 10891197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 90 - 294
Target Start/End: Original strand, 5616215 - 5616421
Alignment:
Q  90 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 189  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||  |||  ||||||||||||| | ||| |||  |||||     
T  5616215 aaggcatttctttattcattttgttttgtttcaaaataataaagttcctaaaataattagtctatttcttggaacattaagtctgactaaatcatgagat 5616314  T
Q  190 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaa--gctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 287  Q
    ||| ||||||   |||| | |||||| ||||||||||| |||||  | ||||||| ||| |||||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||    
T  5616315 cccgttaaactagaggacattattcttaaagtatccgttgtcaaaggttttattatgaattgggatattaataaagcattgagactattatgtatgtaga 5616414  T
Q  288 ctgatga 294  Q
     ||||||    
T  5616415 ttgatga 5616421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 94 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 5668327 - 5668125
Alignment:
Q  94 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 193  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||  ||||||||| |||||||| | | ||||| |||||| ||||    
T  5668327 catttctttgttgattttgttttgtttcaaaataataaagtctctagaataattagtctatttaatggagcattaagtgtgatttaatcgtgaga-ccca 5668229  T
Q  194 ttaaacataaggaaactattctcaaag--tatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactga 291  Q
    |||||   ||||| | |||||| ||||  |||  ||||||||||||||||  |||  | |||| ||||||| ||||||||||||||||| | ||||| ||    
T  5668228 ttaaatgaaaggacattattcttaaagtatatttgtagtcaagctttattgtgaaaagagataacattaaatcatagagactattatgtggatagaccga 5668129  T
Q  292 tgat 295  Q
    ||||    
T  5668128 tgat 5668125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 94 - 295
Target Start/End: Original strand, 35223576 - 35223767
Alignment:
Q  94 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 193  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||| | |||||||          |     
T  35223576 catttctttgttgattttgttttgttttaaaataataaagtccctagaataattagtctgtttaatggagcattaagtgtgacttaat----------cg 35223665  T
Q  194 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 293  Q
    | ||||  ||||| | |||||| ||||||| |||||||||||||||||   ||   ||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||    
T  35223666 taaaacgaaaggacattattcttaaagtattcgtagtcaagctttattgtaaaaaaggataacattaaagcatatagactattatgtgggtagacggatg 35223765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 137 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 39074346 - 39074278
Alignment:
Q  137 ctagaatagttagtccgtttaa-tggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataag 204  Q
    |||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||    
T  39074346 ctagaataattagtccgtttaaattgaacattaagtatgacttaatcatgagaccccattaaacataag 39074278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 114 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 21454319 - 21454137
Alignment:
Q  114 tttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacatt-aagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactat 212  Q
    ||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||  | ||||||||||||| || | | |||||||  ||||||||||||||  |||| || | |||    
T  21454319 tttgtttcaaagtaataaagttcttagaatagttagtttgattaatggaacattaaaatgtgacttaatattgagaccccattaattataatgacattat 21454220  T
Q  213 tctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 295  Q
    | | ||| ||||  ||||||| |||||||  ||| || |||| || ||| ||||| ||| ||||||||  ||||| |||||||    
T  21454219 ttttaaaatatctatagtcaaactttattgtgaaatgagataacaataatgcataaagattattatgtgagtagattgatgat 21454137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 126 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 30040919 - 30040750
Alignment:
Q  126 taataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaa-actattctcaaa-gtat 223  Q
    ||||||||| |||||||||| |||| ||| |||| | | ||||||| | |||||||  |||||   |||||| ||||| ||| |||||||| ||| ||||    
T  30040919 taataaagttcctagaatagatagttcgtgtaatagtatattaagtgtgacttaatcatgagattacattaa-cataaagaacactattcttaaatgtat 30040821  T
Q  224 ccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatga 294  Q
    |  ||||||||| ||| || ||| |||||||  | |||||||| ||||||||||||||  |||||||||||    
T  30040820 ctatagtcaagcgttaatatgaattgggataataataaagcatcgagactattatgtatatagactgatga 30040750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 138 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 11161972 - 11161913
Alignment:
Q  138 tagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaa 197  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||  |||| | ||||||||||||||| |||||||    
T  11161972 tagaatagttaatcagtttaatggaacacaaagtgtgacttaattgtgagactccattaa 11161913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 220 - 294
Target Start/End: Original strand, 11420968 - 11421042
Alignment:
Q  220 gtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatga 294  Q
    |||||||||||||| ||||| || ||| | |||||  | |||||| | |||||||||||||| ||||||||||||    
T  11420968 gtatccgtagtcaaactttaatatgaattaggataataataaagcttcgagactattatgtatgtagactgatga 11421042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 225 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 39074270 - 39074218
Alignment:
Q  225 cgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactatta 277  Q
    ||||||||  |||||||  |||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  39074270 cgtagtcatactttattgtgaagtgagatatcattaaagcatggagactatta 39074218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 16)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 88 - 295
Target Start/End: Original strand, 18252030 - 18252237
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18252030 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 18252129  T
Q  188 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 287  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18252130 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 18252229  T
Q  288 ctgatgat 295  Q
    ||||||||    
T  18252230 ctgatgat 18252237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 88 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 18532721 - 18532514
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18532721 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagttcgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 18532622  T
Q  188 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 287  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  18532621 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtagataga 18532522  T
Q  288 ctgatgat 295  Q
    ||||||||    
T  18532521 ctgatgat 18532514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 88 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 27131616 - 27131409
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27131616 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 27131517  T
Q  188 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 287  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  27131516 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatttgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcataaagactattatgtaggtaga 27131417  T
Q  288 ctgatgat 295  Q
    ||||||||    
T  27131416 ctgatgat 27131409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 90 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 21171438 - 21171233
Alignment:
Q  90 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  21171438 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccttagaatagttagtccgtttcatggaacattaaatataacttaattgtgagac 21171339  T
Q  190 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 289  Q
    ||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  21171338 cccgttgaacataaggaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcataaagactattatgtgggtagact 21171239  T
Q  290 gatgat 295  Q
    ||||||    
T  21171238 gatgat 21171233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 90 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 27310782 - 27310577
Alignment:
Q  90 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27310782 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccttagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 27310683  T
Q  190 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 289  Q
    | | || ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27310682 cacgttgaacataaggaaactattcttaaagtatcagtagtcaagctttattgagaagtggaatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagact 27310583  T
Q  290 gatgat 295  Q
    ||||||    
T  27310582 gatgat 27310577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 166; E-Value: 7e-89
Query Start/End: Original strand, 90 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 16359240 - 16359035
Alignment:
Q  90 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 189  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  16359240 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagaataacttaattgtgagac 16359141  T
Q  190 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 289  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16359140 cccgttaaacataaggaaactattcttaaagtaaccctagtcaagctttattgagaaatggaatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagact 16359041  T
Q  290 gatgat 295  Q
    ||||||    
T  16359040 gatgat 16359035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 146; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 94 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 36816834 - 36816633
Alignment:
Q  94 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 193  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||     
T  36816834 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataatgaagtccctagaatagttcgtctgtttaatggaacattaagtataaattaattgtgagactccg 36816735  T
Q  194 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 293  Q
    ||||||||||||| | |||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  36816734 ttaaacataaggacattattcttaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggataccattaaagcatagagactattatgtggatagactgatg 36816635  T
Q  294 at 295  Q
    ||    
T  36816634 at 36816633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 88 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 3856126 - 3855919
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3856126 acaaggcatttctttgtttattttgttttgtttcaaaataacaaagtccctagaatagttagcccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 3856027  T
Q  188 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 287  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||| ||| |||  |||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||||| |||||||||| || ||||||    
T  3856026 accccattaaacataaggacattattcttaaaatatttgtagtcaaactttattgtgaagtgggatattattaaagcatggagactattacgtgggtaga 3855927  T
Q  288 ctgatgat 295  Q
    ||||||||    
T  3855926 ctgatgat 3855919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 129; E-Value: 9e-67
Query Start/End: Original strand, 88 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 22657429 - 22657221
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgatttt-gttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtga 186  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22657429 acaagacatttctttattgatttttgttttgtttcaaaataataaagttcctagaatagttagtctgtttaatggaacattaaatataacttaattgtga 22657330  T
Q  187 gaccccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtag 286  Q
    |||||| ||||||||||||| || ||||| ||||| ||  |||||||||||||||  ||| || ||||||||||||||||||||||||| |||| | |||    
T  22657329 gacccctttaaacataaggacacaattcttaaagtgtctctagtcaagctttattctgaaatgagatatcattaaagcatagagactatcatgtggatag 22657230  T
Q  287 actgatgat 295  Q
    |||||||||    
T  22657229 actgatgat 22657221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 94 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 27277756 - 27277557
Alignment:
Q  94 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 193  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||| ||| ||||| || | ||||||| | ||||||       
T  27277756 catttctttgttgtttttgttttgtttcaaaataataacgtccctagaataattagtccatttaacggagcatta-gtgtgacttaatcgcgagacctt- 27277659  T
Q  194 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 293  Q
    |||| |  || || | |||||| |||||||||||||||| ||||||||  |||  |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  27277658 ttaaccgaaatgacattattcttaaagtatccgtagtcaggctttattgtgaaaagggataacattaaagcatagagactattatgtgggtagaccgatg 27277559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 122 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 12006712 - 12006539
Alignment:
Q  122 aaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactattctcaaagt 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||| |  |||||| |||||||||||| ||||||||||| | |||| | |||      
T  12006712 aaaataataaagtccctagaatagttagtctatttaatggaatattaagtgtgccttaatcgtgagaccccatgaaacataaggacattattattaaaac 12006613  T
Q  222 atccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 295  Q
    || ||||||||||| ||| |  |||| |||||| ||||||| | |||||| | ||||||   ||||||||||||    
T  12006612 attcgtagtcaagccttagtgtgaagagggataacattaaaacttagagattgttatgtgcatagactgatgat 12006539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 122 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 12014457 - 12014284
Alignment:
Q  122 aaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactattctcaaagt 221  Q
    |||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| || ||| |||||||||||||| ||   |||||| |||      
T  12014457 aaaataataaagtcactagaatacatagtccgtttaatggaatattaagtgtaaattaatcgttagatcccattaaacataatgatgttattcttaaaac 12014358  T
Q  222 atccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 295  Q
    ||||||||| |||||||| |  |||| ||||||  |||||||| || |||| ||||||| |||||| |||||||    
T  12014357 atccgtagttaagctttagtgtgaagagggatacgattaaagcgtaaagaccattatgtgggtagaatgatgat 12014284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 100 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 9918106 - 9917918
Alignment:
Q  100 tttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaac 199  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||       |||||  ||||||| |||||||||||||||||| ||   ||||  ||||||||     
T  9918106 tttattgattttgttttgttacaaaataataaagtcactt------ttagtttgtttaatcgaacattaagtataacttgatcacgaga-tccattaaat 9918014  T
Q  200 ataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 295  Q
    ||||||| | |||||| ||| ||||  |||| ||||||||||   |||||||||| |||| ||||||||||| || ||||| |||||  |||||||    
T  9918013 ataaggacattattcttaaaatatctatagttaagctttattgttaagtgggatagcattgaagcatagagaatactatgtcggtaggttgatgat 9917918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 94 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 30720694 - 30720625
Alignment:
Q  94 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaa 163  Q
    ||||| ||||||| |||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||    
T  30720694 catttttttattggttttattttgttttaaaataataaagttcctggaataattagttcgtttaatggaa 30720625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 118 - 195
Target Start/End: Original strand, 3403248 - 3403325
Alignment:
Q  118 tttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccatt 195  Q
    ||||||| ||||||||||  || ||||||||||| | ||||||||| ||||||| | |||||| ||||||||| ||||    
T  3403248 tttcaaagtaataaagtctataaaatagttagtctgattaatggaatattaagtgtgacttaaatgtgagaccacatt 3403325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 118 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 3443571 - 3443494
Alignment:
Q  118 tttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccatt 195  Q
    ||||||| ||||||||||  || ||||||||||| | ||||||||| ||||||| | |||||| ||||||||| ||||    
T  3443571 tttcaaagtaataaagtctataaaatagttagtctgattaatggaatattaagtgtgacttaaatgtgagaccacatt 3443494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 18)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 88 - 295
Target Start/End: Original strand, 29327784 - 29327991
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29327784 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcagtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 29327883  T
Q  188 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 287  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29327884 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 29327983  T
Q  288 ctgatgat 295  Q
    ||||||||    
T  29327984 ctgatgat 29327991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 88 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 11536269 - 11536062
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  11536269 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtacaacttaattgtgag 11536170  T
Q  188 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 287  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11536169 accccattaaacataaggaacctattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 11536070  T
Q  288 ctgatgat 295  Q
    ||||||||    
T  11536069 ctgatgat 11536062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 88 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 11543187 - 11542980
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  11543187 acaatgcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtcag 11543088  T
Q  188 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 287  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11543087 accccattaaacataaggaacctattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 11542988  T
Q  288 ctgatgat 295  Q
    ||||||||    
T  11542987 ctgatgat 11542980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 90 - 295
Target Start/End: Original strand, 15152445 - 15152650
Alignment:
Q  90 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 189  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15152445 aaggcatttctttattgagtttgttttgtttcaaaataataaagttcctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 15152544  T
Q  190 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 289  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15152545 cccgttaaacatacggaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 15152644  T
Q  290 gatgat 295  Q
    ||||||    
T  15152645 gatgat 15152650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 90 - 295
Target Start/End: Original strand, 15148144 - 15148349
Alignment:
Q  90 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 189  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15148144 aaggcatttctttattgagtttgttttgtttcaaaataataaagttcctagaatagttagtccgtttgattgaacattaagtataacttaattgtgagac 15148243  T
Q  190 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 289  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15148244 cccgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 15148343  T
Q  290 gatgat 295  Q
    ||||||    
T  15148344 gatgat 15148349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 90 - 295
Target Start/End: Original strand, 18561009 - 18561214
Alignment:
Q  90 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 189  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  18561009 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaactgtgagac 18561108  T
Q  190 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 289  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  18561109 cccgttaaacattaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagact 18561208  T
Q  290 gatgat 295  Q
    ||||||    
T  18561209 gatgat 18561214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 166; E-Value: 7e-89
Query Start/End: Original strand, 90 - 295
Target Start/End: Original strand, 12750828 - 12751033
Alignment:
Q  90 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  12750828 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaagtaataaagtccctagaatagttagtccgtttaatgaaacattaagtataacttaattgtgagac 12750927  T
Q  190 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 289  Q
    | | |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  12750928 ctcgttaaacataaagaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagttggatatcattaaagcatagagactattatgtggatagact 12751027  T
Q  290 gatgat 295  Q
    ||||||    
T  12751028 gatgat 12751033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 94 - 291
Target Start/End: Original strand, 12738542 - 12738739
Alignment:
Q  94 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 193  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||       
T  12738542 catttctttattgattttattttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtttgtttaatgaaacattaattataacttaattgtgagaccttg 12738641  T
Q  194 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactga 291  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  12738642 ttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagactga 12738739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 126; E-Value: 5e-65
Query Start/End: Original strand, 90 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 18258047 - 18257842
Alignment:
Q  90 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  18258047 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaataattagtctgtttaatggaacattaagtatgacttaattgtgagac 18257948  T
Q  190 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 289  Q
    ||||||||||| ||||| | |||||| |||||||||||||||||| ||| ||   |||| ||||| || ||| ||||| |||||||||||| | |||| |    
T  18257947 cccattaaacacaaggacattattcttaaagtatccgtagtcaagtttttttgttaagtaggataacaataatgcataaagactattatgtggatagatt 18257848  T
Q  290 gatgat 295  Q
    ||||||    
T  18257847 gatgat 18257842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 94 - 276
Target Start/End: Original strand, 13392157 - 13392338
Alignment:
Q  94 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 193  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||| | |||||||| |||||||| | ||||||| |||||| ||||    
T  13392157 catttctttgttgactttgttttgtttcaaaataataaagttcctagaacaattagtctgcttaatggagcattaagtgtgacttaatcgtgaga-ccca 13392255  T
Q  194 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactatt 276  Q
    |||||   ||||| | |||||| ||||||||  ||||||| |||||||  |||  |||||| ||||||| |||||||||||||    
T  13392256 ttaaatgaaaggacattattcttaaagtatcaatagtcaaactttattgtgaaaagggataacattaaaacatagagactatt 13392338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 110 - 295
Target Start/End: Original strand, 2364917 - 2365101
Alignment:
Q  110 ttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaac 209  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||  | |||||||||||||||| |  |||||| |||||| ||||||||||  || || |     
T  2364917 ttgttatgtttcaaaataataaagtctctagaataattagtctttctaatggaacattaagtgtggcttaatcgtgagaacccattaaactaaatgacat 2365016  T
Q  210 tattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 295  Q
    |||||| ||| ||| ||||||||| | |||||  ||| || |||| ||||||| |||||||||||| |||| ||| ||||||||||    
T  2365017 tattcttaaaatattcgtagtcaa-ccttattgtgaaatgagataacattaaaacatagagactatcatgtgggtcgactgatgat 2365101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 94 - 181
Target Start/End: Original strand, 39111819 - 39111905
Alignment:
Q  94 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaat 181  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  39111819 catttctttattaattttgttttatttcaaaa-aataaagtccctagaatagcgagtccgtttaatgaaacattaagtacgacttaat 39111905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 121 - 280
Target Start/End: Original strand, 7396221 - 7396381
Alignment:
Q  121 caaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaa-tggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactattctcaaa 219  Q
    |||||||| || ||| |||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||| |||||||  |||||||| |||||||||||| ||| |||||| |||    
T  7396221 caaaataaaaatgtcgctagaatagttagttcatttaaatggaacattaagtatgacttaatcttgagaccctattaaacataagaaaattattcttaaa 7396320  T
Q  220 gtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgt 280  Q
      ||  |||||||||| ||| |  ||| |  |||   ||||||||||||||||||||||||    
T  7396321 acatatgtagtcaagccttagtgtgaaatacgatgatattaaagcatagagactattatgt 7396381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 162 - 205
Target Start/End: Original strand, 3132748 - 3132791
Alignment:
Q  162 aacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataagg 205  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3132748 aacattaagtgtaacttaattgtgagaccccattaaacataagg 3132791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 138 - 203
Target Start/End: Original strand, 10234179 - 10234244
Alignment:
Q  138 tagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataa 203  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||  |||||  |||||||||||||    
T  10234179 tagaatagttagtccgtttaatgaaccattaaatataacttaatcatgagattccattaaacataa 10234244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 88 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 2653239 - 2653207
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgttt 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2653239 acaaggcatttctttattgattttgttttgttt 2653207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 220 - 294
Target Start/End: Original strand, 2935983 - 2936057
Alignment:
Q  220 gtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatga 294  Q
    |||||||||||||||||||| || ||| || ||||  | |||||||| |||||| |||| || ||||||||||||    
T  2935983 gtatccgtagtcaagctttaatatgaattgcgataataataaagcatcgagactgttatttatgtagactgatga 2936057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 226 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 47167203 - 47167135
Alignment:
Q  226 gtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatga 294  Q
    |||||||||||||| || ||| | |||||  | |||||| | |||||||||||||| ||||||||||||    
T  47167203 gtagtcaagctttaatatgaattaggataataataaagcgtcgagactattatgtatgtagactgatga 47167135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 29)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 88 - 295
Target Start/End: Original strand, 6110064 - 6110271
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6110064 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 6110163  T
Q  188 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 287  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6110164 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 6110263  T
Q  288 ctgatgat 295  Q
    ||||||||    
T  6110264 ctgatgat 6110271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 88 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 10572799 - 10572592
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10572799 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 10572700  T
Q  188 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 287  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10572699 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 10572600  T
Q  288 ctgatgat 295  Q
    ||||||||    
T  10572599 ctgatgat 10572592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 90 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 16482688 - 16482483
Alignment:
Q  90 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16482688 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 16482589  T
Q  190 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 289  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16482588 cccattaaacataaggaaactactctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 16482489  T
Q  290 gatgat 295  Q
    ||||||    
T  16482488 gatgat 16482483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 94 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 17781319 - 17781118
Alignment:
Q  94 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 193  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17781319 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 17781220  T
Q  194 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 293  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17781219 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 17781120  T
Q  294 at 295  Q
    ||    
T  17781119 at 17781118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 88 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 15601091 - 15600884
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15601091 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 15600992  T
Q  188 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 287  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15600991 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 15600892  T
Q  288 ctgatgat 295  Q
    ||||||||    
T  15600891 ctgatgat 15600884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 88 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 15607636 - 15607429
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15607636 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 15607537  T
Q  188 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 287  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15607536 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 15607437  T
Q  288 ctgatgat 295  Q
    ||||||||    
T  15607436 ctgatgat 15607429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 90 - 295
Target Start/End: Original strand, 18522665 - 18522870
Alignment:
Q  90 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18522665 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 18522764  T
Q  190 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 289  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  18522765 cccattaaacataaggaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcatttaagcatagagactattatgtaggtagact 18522864  T
Q  290 gatgat 295  Q
    ||||||    
T  18522865 gatgat 18522870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 91 - 295
Target Start/End: Original strand, 13211305 - 13211509
Alignment:
Q  91 aggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacc 190  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13211305 aggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacc 13211404  T
Q  191 ccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactg 290  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13211405 ccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgagatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactg 13211504  T
Q  291 atgat 295  Q
    |||||    
T  13211505 atgat 13211509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 88 - 295
Target Start/End: Original strand, 13248607 - 13248814
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13248607 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 13248706  T
Q  188 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 287  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13248707 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtattcgtagtcaagctttgttgagaagtgggataacattaaagcatagagactattatgtaggtaga 13248806  T
Q  288 ctgatgat 295  Q
    ||||||||    
T  13248807 ctgatgat 13248814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 88 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 15357793 - 15357586
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15357793 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagattagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 15357694  T
Q  188 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 287  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15357693 accccattaaacataaggaacctattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtaga 15357594  T
Q  288 ctgatgat 295  Q
    ||||||||    
T  15357593 ctgatgat 15357586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 94 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 10579556 - 10579355
Alignment:
Q  94 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 193  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10579556 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgttaaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 10579457  T
Q  194 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 293  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10579456 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgagatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 10579357  T
Q  294 at 295  Q
    ||    
T  10579356 at 10579355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 90 - 295
Target Start/End: Original strand, 18519980 - 18520182
Alignment:
Q  90 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18519980 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 18520079  T
Q  190 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 289  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18520080 cccgttaaacataaggaaactattcttaa---atccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 18520176  T
Q  290 gatgat 295  Q
    ||||||    
T  18520177 gatgat 18520182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 178; E-Value: 5e-96
Query Start/End: Original strand, 94 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 19089946 - 19089745
Alignment:
Q  94 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 193  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  19089946 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagattagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccct 19089847  T
Q  194 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 293  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19089846 ttaaacataatgaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaatcatagagactattatgtaggtagactgatg 19089747  T
Q  294 at 295  Q
    ||    
T  19089746 at 19089745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 173; E-Value: 5e-93
Query Start/End: Original strand, 88 - 295
Target Start/End: Original strand, 8490488 - 8490702
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8490488 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 8490587  T
Q  188 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagact-------attatgt 280  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||    
T  8490588 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatctgtagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactacagacgattatgt 8490687  T
Q  281 aggtagactgatgat 295  Q
    |||||||||||||||    
T  8490688 aggtagactgatgat 8490702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 90 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 17200389 - 17200184
Alignment:
Q  90 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  17200389 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgatac 17200290  T
Q  190 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 289  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  17200289 ccctttaaacataatgaaactattcttaaagtatccgtagttaagctttattgagatgtgtgatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagact 17200190  T
Q  290 gatgat 295  Q
    ||||||    
T  17200189 gatgat 17200184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 107 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 15342407 - 15342219
Alignment:
Q  107 attttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataagga 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15342407 attttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagtttgttcgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataagga 15342308  T
Q  207 aactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 295  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15342307 acctattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatgat 15342219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 166; E-Value: 7e-89
Query Start/End: Original strand, 90 - 295
Target Start/End: Original strand, 13516813 - 13517018
Alignment:
Q  90 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 189  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13516813 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttcatggaacattaagtataacttaattgtgagac 13516912  T
Q  190 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 289  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  13516913 cccgttaaacataaggaaacgattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaagtaggatatcattaaagcacagagactattatgtgggtagact 13517012  T
Q  290 gatgat 295  Q
    ||||||    
T  13517013 gatgat 13517018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 88 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 18640953 - 18640792
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18640953 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccatttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 18640854  T
Q  188 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtg 249  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  18640853 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtg 18640792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 94 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 32057101 - 32056900
Alignment:
Q  94 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 193  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||     
T  32057101 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacatcaagtataactttattgtaagaccccg 32057002  T
Q  194 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 293  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  32057001 ttaaacataaagaaactattcttaaagtgtccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagactaatg 32056902  T
Q  294 at 295  Q
    ||    
T  32056901 at 32056900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 94 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 1647726 - 1647521
Alignment:
Q  94 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataa----cttaattgtgagac 189  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||    
T  1647726 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataattaacttaattgtgagac 1647627  T
Q  190 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 289  Q
    ||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||| ||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  1647626 cccgttaaacataaggaaactatttttaaagtatccgtaatcaagctttattgagaaaagggatataattaaagcatagagactattatgtggatagact 1647527  T
Q  290 gatgat 295  Q
    ||||||    
T  1647526 gatgat 1647521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 90 - 276
Target Start/End: Original strand, 16200128 - 16200313
Alignment:
Q  90 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 189  Q
    ||||||||||||  ||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  16200128 aaggcatttcttcgttg-ttttattttgtttcaaaataataaagtccttagaatagttagttcgtttaatggaacattatgtataacttaattgtgagac 16200226  T
Q  190 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactatt 276  Q
    ||||||||||||||||| | |||||| ||||||| |||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  16200227 cccattaaacataaggacattattcttaaagtattcgtagtcaagatttattgtgaagtgggatatcattaaagcatggagactatt 16200313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 88 - 280
Target Start/End: Original strand, 29924971 - 29925163
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||    
T  29924971 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagcccctaaaatagttagtccgtttaatggattattaagtataatttaattgtgag 29925070  T
Q  188 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgt 280  Q
    ||||||||||| ||||||| | |||||| ||| |||  ||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  29925071 accccattaaatataaggacattattcttaaaatatatgtagtcaagctttattgtgaagtgagatatcattaaagcatggaggctattatgt 29925163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 88 - 280
Target Start/End: Original strand, 29974124 - 29974316
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||    
T  29974124 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagcccctaaaatagttagtccgtttaatggattattaagtataatttaattgtgag 29974223  T
Q  188 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgt 280  Q
    ||||||||||| ||||||| | |||||| ||| |||  ||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  29974224 accccattaaatataaggacattattcttaaaatatatgtagtcaagctttattgtgaagtgagatatcattaaagcatggaggctattatgt 29974316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 90 - 276
Target Start/End: Original strand, 16200434 - 16200619
Alignment:
Q  90 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 189  Q
    ||||||||||||  ||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  16200434 aaggcatttcttcgttg-ttttattttgtttcaaaataataaagtccttagaatagttagtccgtttaatggaacattatgtataacttaattgtgagac 16200532  T
Q  190 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactatt 276  Q
     ||| |||||||||||| | |||||| ||||||| |||||||||| ||||||  |||||||||| ||||||||||||  ||||||||    
T  16200533 tccaataaacataaggacattattcttaaagtattcgtagtcaagatttattgtgaagtgggatgtcattaaagcatgaagactatt 16200619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 95 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 24253589 - 24253388
Alignment:
Q  95 atttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgaga-cccca 193  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||| | || ||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||    
T  24253589 atttctttattgattttgttttacttcaaaataataaagtccttagaatagctcgttcgtttgatggaacattaagtatgacttaatcgtgagatcccca 24253490  T
Q  194 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 293  Q
    | ||||||||||| |||||||| |||||||  || |||||  ||||||   ||||| | || ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  24253489 tcaaacataaggacactattcttaaagtatatgtggtcaaaatttattgtaaagtgaggtaacattaaagcatagagactattatgtcggtagactaatg 24253390  T
Q  294 at 295  Q
    ||    
T  24253389 at 24253388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 194 - 295
Target Start/End: Original strand, 17136465 - 17136566
Alignment:
Q  194 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 293  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  17136465 ttaaacataaggaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtgggtagactgatg 17136564  T
Q  294 at 295  Q
    ||    
T  17136565 at 17136566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 90 - 152
Target Start/End: Original strand, 18534758 - 18534820
Alignment:
Q  90 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcc 152  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  18534758 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccatagaatagttagtcc 18534820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 90 - 135
Target Start/End: Original strand, 18510924 - 18510969
Alignment:
Q  90 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtc 135  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18510924 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtc 18510969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 220 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 25979078 - 25979006
Alignment:
Q  220 gtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgat 292  Q
    |||||||||||||||||||| || ||| | |||||  | |||||| | |||||||||||||| || |||||||    
T  25979078 gtatccgtagtcaagctttaatatgaattaggataataataaagcgtcgagactattatgtatgttgactgat 25979006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0390 (Bit Score: 196; Significance: 1e-107; HSPs: 2)
Name: scaffold0390
Description:

Target: scaffold0390; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 88 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 7141 - 6934
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7141 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaactgtgag 7042  T
Q  188 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 287  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7041 accctattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 6942  T
Q  288 ctgatgat 295  Q
    ||||||||    
T  6941 ctgatgat 6934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0390; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 88 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 14157 - 13950
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  14157 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctacaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaactgtgag 14058  T
Q  188 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 287  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  14057 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatctgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcataaagactattatgtaggtaga 13958  T
Q  288 ctgatgat 295  Q
    ||||||||    
T  13957 ctgatgat 13950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 196; Significance: 1e-107; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 88 - 295
Target Start/End: Original strand, 21940665 - 21940872
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21940665 acaatgcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagttcctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 21940764  T
Q  188 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 287  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21940765 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 21940864  T
Q  288 ctgatgat 295  Q
    ||||||||    
T  21940865 ctgatgat 21940872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 90 - 295
Target Start/End: Original strand, 22171491 - 22171694
Alignment:
Q  90 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 189  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22171491 aaggcatttccttattgattttgttttatttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 22171590  T
Q  190 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 289  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22171591 cccattaaacata--gaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtggaatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 22171688  T
Q  290 gatgat 295  Q
    ||||||    
T  22171689 gatgat 22171694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 94 - 295
Target Start/End: Original strand, 6094129 - 6094330
Alignment:
Q  94 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 193  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  6094129 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 6094228  T
Q  194 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 293  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||    
T  6094229 ttaaacataaggaaactatttttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatatgggtagagtgatg 6094328  T
Q  294 at 295  Q
    ||    
T  6094329 at 6094330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 90 - 289
Target Start/End: Original strand, 28554885 - 28555084
Alignment:
Q  90 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 189  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28554885 aaggcatttctttattgattttgtttagtttcaaaataataaaatacctaaaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 28554984  T
Q  190 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 289  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28554985 cccattaaacataatgaaactattctaaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 28555084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 166; E-Value: 7e-89
Query Start/End: Original strand, 94 - 295
Target Start/End: Original strand, 24642655 - 24642856
Alignment:
Q  94 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 193  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  24642655 catttctttattgattttgttttgtttcaaaatcataaagtccctagaattgttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 24642754  T
Q  194 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 293  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  24642755 ttaaacataaggaaactattcttaaagtattcgtagtcaagctttattgagaagtgagatatcattaaagtatagagactattatgtgggtagactgatg 24642854  T
Q  294 at 295  Q
    ||    
T  24642855 at 24642856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 94 - 221
Target Start/End: Original strand, 24636860 - 24636987
Alignment:
Q  94 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 193  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  24636860 catttctttcttgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccttttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 24636959  T
Q  194 ttaaacataaggaaactattctcaaagt 221  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||    
T  24636960 ttaaacataaggaaactattcttaaagt 24636987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 100 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 38232570 - 38232380
Alignment:
Q  100 tttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaac 199  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||  |   ||| ||||||||||||  ||| || |||||||||    
T  38232570 tttattgattttgttttatttcaaaataataaa-tctctagaatagttagtctgtttaataaatttttaggtataacttaatcatgacactccattaaac 38232472  T
Q  200 ataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgat 292  Q
     |||  | | |||||| |||||||  |||||||| |||||||   ||||| ||||   |||||||||| | |||||| ||| |||||||||||    
T  38232471 gtaa-aatagtattcttaaagtatttgtagtcaaactttattgtaaagtgagatagtcttaaagcataaaaactattttgtgggtagactgat 38232380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 118 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 32873019 - 32872857
Alignment:
Q  118 tttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgttta-atggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactattctc 216  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||  ||| |||| || ||||||||||||| |||||||||||||| | |||| || | |  || | || | |     
T  32873019 tttcaaaataataaagtccttataatagttcatccatttatatagaacattaagtatgacttaattgtgagatctcattgaaaagagtgacaatactatt 32872920  T
Q  217 aaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatg 279  Q
    ||| |||  ||||| ||| ||||||  ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  32872919 aaaatatttgtagttaagatttattgtgaagtgggataacatcaaagcatagagactattatg 32872857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 109 - 167
Target Start/End: Original strand, 2375027 - 2375085
Alignment:
Q  109 tttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacatt 167  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||  ||||||||||||||    
T  2375027 tttgttttgtttcaaaataataaactccctataataattagtcaatttaatggaacatt 2375085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 126 - 189
Target Start/End: Original strand, 10920234 - 10920297
Alignment:
Q  126 taataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 189  Q
    ||||||| | ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||    
T  10920234 taataaaattcctagaataattagtctgtttaatggaacattaagtatgagttaatcgtgagac 10920297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 196; Significance: 1e-107; HSPs: 19)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 88 - 295
Target Start/End: Original strand, 29308890 - 29309097
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29308890 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccatttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 29308989  T
Q  188 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 287  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29308990 agcccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 29309089  T
Q  288 ctgatgat 295  Q
    ||||||||    
T  29309090 ctgatgat 29309097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 88 - 295
Target Start/End: Original strand, 29315850 - 29316057
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29315850 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccatttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 29315949  T
Q  188 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 287  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29315950 agcccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 29316049  T
Q  288 ctgatgat 295  Q
    ||||||||    
T  29316050 ctgatgat 29316057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 90 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 16566525 - 16566320
Alignment:
Q  90 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16566525 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 16566426  T
Q  190 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 289  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16566425 cccgttaaacataaggaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 16566326  T
Q  290 gatgat 295  Q
    ||||||    
T  16566325 gatgat 16566320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 88 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 27381459 - 27381252
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27381459 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 27381360  T
Q  188 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 287  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27381359 accccattaaacatatggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 27381260  T
Q  288 ctgatgat 295  Q
    ||||||||    
T  27381259 ctgatgat 27381252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 88 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 27471842 - 27471635
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27471842 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 27471743  T
Q  188 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 287  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27471742 accccattaaacatatggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 27471643  T
Q  288 ctgatgat 295  Q
    ||||||||    
T  27471642 ctgatgat 27471635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 90 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 17684674 - 17684469
Alignment:
Q  90 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17684674 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 17684575  T
Q  190 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 289  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17684574 cccgttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgatgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 17684475  T
Q  290 gatgat 295  Q
    ||||||    
T  17684474 gatgat 17684469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 88 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 17691647 - 17691440
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17691647 acaaggcatttctttattgattttgttttctttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 17691548  T
Q  188 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 287  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  17691547 accccattaaacataaggaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttagtgagaagtgggatatcattaaagcataaagactattatgtaggtaga 17691448  T
Q  288 ctgatgat 295  Q
    ||||||||    
T  17691447 ctgatgat 17691440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 178; E-Value: 5e-96
Query Start/End: Original strand, 90 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 189182 - 188977
Alignment:
Q  90 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  189182 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccttagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 189083  T
Q  190 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 289  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  189082 cccattaaacataaggaaactattcttaaagtatttgtagtcaagctttattgagaagtgagatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagact 188983  T
Q  290 gatgat 295  Q
    ||||||    
T  188982 gatgat 188977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 178; E-Value: 5e-96
Query Start/End: Original strand, 90 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 25537364 - 25537159
Alignment:
Q  90 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  25537364 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaataattagtccgtttaatggaacattaagtataactttattgtgagac 25537265  T
Q  190 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 289  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  25537264 cccgttaaacataaggaaactattcttaaagtattcgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcataaagactattatgtaggtagact 25537165  T
Q  290 gatgat 295  Q
    ||||||    
T  25537164 gatgat 25537159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 90 - 295
Target Start/End: Original strand, 11651725 - 11651930
Alignment:
Q  90 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 189  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11651725 aaggcatttctttattgattttgatttgtttcaaaataataaagtccctaaaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 11651824  T
Q  190 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 289  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11651825 cccattaaaaataaggaaactattctaaaagtatcagtagtcaagctttattgagaagtgagatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagact 11651924  T
Q  290 gatgat 295  Q
    ||||||    
T  11651925 gatgat 11651930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 90 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 13359474 - 13359269
Alignment:
Q  90 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 189  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||| |||| ||    
T  13359474 aaggcatttatttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagttcgcttaatggagcattaagtataacttaatcgtgaaac 13359375  T
Q  190 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 289  Q
     |||||||||||||  | | |||| | ||||||||||||||||| |||||||  ||| ||||| | ||||||||| ||||||||||||| | | ||||||    
T  13359374 tccattaaacataaaaacattatttttaaagtatccgtagtcaacctttattgtgaaatgggacaacattaaagcgtagagactattatatggatagact 13359275  T
Q  290 gatgat 295  Q
    ||||||    
T  13359274 gatgat 13359269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 127 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 20553755 - 20553587
Alignment:
Q  127 aataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccg 226  Q
    ||||||||| |||| |||| |||||||||||||| || ||||||||  ||||||| |||||| ||||||||| ||||| | | |||||| |||| |||||    
T  20553755 aataaagtctctaggatagctagtccgtttaatgaaatattaagtacgacttaatcgtgagatcccattaaatataagaatattattcttaaagcatccg 20553656  T
Q  227 tagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 295  Q
    |||| ||  ||||||  |||||| ||||  ||||||||||| ||| | |||||| ||||||||||||||    
T  20553655 tagtgaatttttattgtgaagtgagataaaattaaagcataaagatttttatgttggtagactgatgat 20553587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 107 - 280
Target Start/End: Original strand, 8509941 - 8510115
Alignment:
Q  107 attttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgaga-ccccattaaacataagg 205  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||  ||| ||||||||||| |||  |||||||| ||||| |||||||||| || |||    
T  8509941 attttattttgttttaaaataataaagtctatagaataattagtctatttgatggaacattatgtacgacttaattatgagacccccattaaatatgagg 8510040  T
Q  206 aaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgt 280  Q
    |   |||| | |||||||  ||||| ||||||||||| ||| || |||| ||||||| |||| ||||||||||||    
T  8510041 atgatattattaaagtatatgtagttaagctttattatgaaatgagatagcattaaaacataaagactattatgt 8510115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 111 - 295
Target Start/End: Original strand, 27925772 - 27925961
Alignment:
Q  111 tgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacat---taagtata--acttaattgtgagaccccattaaacataagg 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||  |||||| |||||||   ||||| |   ||||||| ||||||| |||||||||  |||     
T  27925772 tgttttgtttcaaaataataaagtccttagaataactagtatgtttaacggaacataattaagtgtgtgacttaatcgtgagactccattaaactaaaga 27925871  T
Q  206 aaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 295  Q
    ||| |||||| ||||||||  ||||||| |||||||  ||||||| ||| |||| ||||| | |||||||||||| | || |||||||||    
T  27925872 aaattattcttaaagtatctctagtcaaactttatttggaagtggtatagcattgaagcacaaagactattatgtggataaactgatgat 27925961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 126 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 20736773 - 20736604
Alignment:
Q  126 taataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaa-actattctcaaa-gtat 223  Q
    ||||||||| |||||||||| |||| ||| |||||| | ||||||| | |||||||  |||||   |||||| ||||| ||| | |||||| ||| ||||    
T  20736773 taataaagttcctagaatagatagttcgtgtaatggtatattaagtttgacttaatcatgagattacattaa-cataaagaacattattcttaaatgtat 20736675  T
Q  224 ccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatga 294  Q
    | |||||||||||||| |||||| |||||||  | |||||| | |||||||||||||| ||||||||||||    
T  20736674 ctgtagtcaagctttaataagaactgggataataataaagcgtcgagactattatgtatgtagactgatga 20736604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 126 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 17850663 - 17850495
Alignment:
Q  126 taataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactattctcaaagtatcc 225  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||  ||||  |||||||||| |||  |||||||||||| | || |||||| | ||||| |||||||| ||| |||||    
T  17850663 taataaagtccctataatagctagtttgtttgttggaacattatgtaagacttaattgtgatatccaattaaaaacaaggacactattcttaaattatcc 17850564  T
Q  226 gtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 295  Q
     |||||||||||| ||  |||||   ||| |||| ||| ||| |||||||||| | ||||||||||||||    
T  17850563 atagtcaagcttt-ttgtgaagtcaaataacattcaagtatatagactattatatgggtagactgatgat 17850495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 95 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 31258120 - 31258065
Alignment:
Q  95 atttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagt 150  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||    
T  31258120 atttctttattgcttttgttttgtttcaaaataataaagtctctaaaataattagt 31258065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 209 - 294
Target Start/End: Original strand, 19218371 - 19218455
Alignment:
Q  209 ctattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatga 294  Q
    ||||||| |||| ||| |||||||||||||| ||  ||| ||||||  | |||||  |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  19218371 ctattcttaaagcatcagtagtcaagctttaatataaag-gggataataataaagtgtagagactattatgtatgtagactgatga 19218455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 104 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 22259990 - 22259925
Alignment:
Q  104 ttgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaa 169  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||| |||||| ||||  |||||| ||||||  ||||||||    
T  22259990 ttgattttgttatgttgcaaaataataaactccctaaaataactagtccatttaatataacattaa 22259925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 196; Significance: 1e-107; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 88 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 21330455 - 21330248
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21330455 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 21330356  T
Q  188 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 287  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  21330355 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtgga 21330256  T
Q  288 ctgatgat 295  Q
    ||||||||    
T  21330255 ctgatgat 21330248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 88 - 295
Target Start/End: Original strand, 18796506 - 18796713
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    |||||| |||| ||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18796506 acaaggaatttatttgtttattttgttttgtttcaaaataacaaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 18796605  T
Q  188 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 287  Q
    ||| | || |||||||||| | |||||| ||| |||| ||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  18796606 acctcttttaacataaggatattattcttaaattatctgtagtcaagctttattgtgaagtggtatatcattaaagcattgagactattatgtgggtaga 18796705  T
Q  288 ctgatgat 295  Q
    ||||||||    
T  18796706 ctgatgat 18796713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 90 - 295
Target Start/End: Original strand, 18619807 - 18620011
Alignment:
Q  90 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 189  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||| |||||||| | |||||||| |||||     
T  18619807 aaggaatttctttgttgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctataataattagtctgtttaatggagcattaagtgtgacttaattatgaga- 18619905  T
Q  190 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 289  Q
    ||||||||||| ||||| | |||||| |||||||| || ||||| |||||||  |||  ||||||  ||||||||||| |||||||||||| ||||| |     
T  18619906 cccattaaacaaaaggatattattcttaaagtatctgtggtcaaactttattgtgaaaagggataatattaaagcatatagactattatgtgggtaggcc 18620005  T
Q  290 gatgat 295  Q
    ||||||    
T  18620006 gatgat 18620011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 94 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 19692737 - 19692598
Alignment:
Q  94 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 193  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||  | |||||||  ||||| | ||    
T  19692737 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataatgaagtccctagaataattagtctgtttaatggaacattaagcctgacttaatcatgagatctca 19692638  T
Q  194 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaa 233  Q
    ||||||  ||||||| |||||| ||||||||| |||||||    
T  19692637 ttaaactaaaggaaattattcttaaagtatccttagtcaa 19692598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 153 - 280
Target Start/End: Original strand, 20977957 - 20978084
Alignment:
Q  153 gtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtggga 252  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||  ||||| ||||||||| ||||||||| |||||| |||  |||||||||||||||||| |  |||||| ||    
T  20977957 gtttaatggaacattaagaataatttaatcatgagatcccattaaaaataaggaaattattcttaaaacatccgtagtcaagctttaatgtgaagtgaga 20978056  T
Q  253 tatcattaaagcatagagactattatgt 280  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  20978057 tatcactaaagcatagagactattatgt 20978084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 122 - 295
Target Start/End: Original strand, 36270199 - 36270373
Alignment:
Q  122 aaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaa-tggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactattctcaaag 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    |||| || ||  |||||| | ||||||| |||||||  ||||||||| || || |||||||| |||     
T  36270199 aaaataataaagtccctagaatagttagtttacttaaatgaaatgttaagtgtgacttaatcgtgagacatcattaaacacaatgacactattcttaaaa 36270298  T
Q  221 tatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 295  Q
     ||||||| |||||||||| |  |||| |||||| |||||||| ||| |||||||| ||| ||||||||||||||    
T  36270299 catccgtaatcaagctttagtgtgaagagggataacattaaagtataaagactattgtgtgggtagactgatgat 36270373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 122 - 295
Target Start/End: Original strand, 18822115 - 18822290
Alignment:
Q  122 aaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaa-tggaaca-ttaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactattctcaaa 219  Q
    ||||||||||||||  |||||| |||||| ||||||| ||||| | |||||| |  |||||| ||||||| |||||||||| ||||| |||||||| |||    
T  18822115 aaaataataaagtctatagaattgttagttcgtttaaatggaaaaattaagtgtggcttaatcgtgagacaccattaaacacaaggacactattcttaaa 18822214  T
Q  220 gtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 295  Q
      ||  ||| |||||||||| |  |||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||   ||||||||||||    
T  18822215 acatatgtaatcaagctttagtttgaagtgggatatcattaaagcagatagattattatgtcaatagactgatgat 18822290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 208 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 12098705 - 12098618
Alignment:
Q  208 actattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 295  Q
    |||||| | ||||||| |||||||||| |||| || ||| | |||||  | |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  12098705 actatttttaaagtattcgtagtcaagttttaatatgaaattggatagtaataaaacatagagactattatgtatgtagactgatgat 12098618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 130 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 24471792 - 24471643
Alignment:
Q  130 aaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtag 229  Q
    |||||||||| |||| |||||| ||||||| |  ||||| || | |||||||||||||||  ||||  ||||||| | | ||||||  |||||||| ||     
T  24471792 aaagtccctaaaatatttagtcggtttaatagc-cattatgtgtgacttaattgtgagacatcatttgacataagaacattattctttaagtatccatac 24471694  T
Q  230 tcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgt 280  Q
     ||| || ||||   |||||||||| || ||||||||| ||||||||||||    
T  24471693 acaaactctattttaaagtgggataacactaaagcataaagactattatgt 24471643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 124 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 36802820 - 36802664
Alignment:
Q  124 aataataaagtccctagaatagttagtccgtttaa-tggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactattctcaaagta 222  Q
    ||||||||||||| | ||||||||| | ||||||| ||||| ||||| | | |||||||||  |||   ||||||||| || || | |||||| |||  |    
T  36802820 aataataaagtcctttgaatagttaattcgtttaaatggaatattaaatgttacttaattgcaagatatcattaaacacaatgacattattcttaaaaca 36802721  T
Q  223 tccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatg 279  Q
    |||||| ||||| || | |   |||||||||| |||||||||||| ||| |||||||    
T  36802720 tccgtaatcaagattcagtgtaaagtgggataacattaaagcatatagattattatg 36802664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0220 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 1)
Name: scaffold0220
Description:

Target: scaffold0220; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 88 - 295
Target Start/End: Original strand, 18288 - 18495
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  18288 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccatttaattgaacattaagtataacttaattgtgag 18387  T
Q  188 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 287  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18388 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 18487  T
Q  288 ctgatgat 295  Q
    ||||||||    
T  18488 ctgatgat 18495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0433 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 1)
Name: scaffold0433
Description:

Target: scaffold0433; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 88 - 295
Target Start/End: Original strand, 7107 - 7314
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  7107 acaaggtatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatagaacattaagtataacttaattgtgag 7206  T
Q  188 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 287  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7207 accccattaaacataatgaaactattctaaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 7306  T
Q  288 ctgatgat 295  Q
    ||||||||    
T  7307 ctgatgat 7314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 88 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 24695673 - 24695466
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24695673 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 24695574  T
Q  188 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 287  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  24695573 accccattaaacataatgaaactattctaaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgagatatcaataaagcatagagactattatgtaggtaga 24695474  T
Q  288 ctgatgat 295  Q
    ||||||||    
T  24695473 ctgatgat 24695466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 88 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 18570070 - 18569863
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  18570070 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaattgaacattaagtataacttaattgtgag 18569971  T
Q  188 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 287  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  18569970 accccgttaaacataaggaaactactcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtggaatatcattaaagcataaagactattatgttggtaga 18569871  T
Q  288 ctgatgat 295  Q
    ||||||||    
T  18569870 ctgatgat 18569863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 7e-89
Query Start/End: Original strand, 90 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 19714703 - 19714498
Alignment:
Q  90 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19714703 aaggcatttctttattgattttgttttatttcaaagtaataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 19714604  T
Q  190 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 289  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||| ||| |||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  19714603 cccgttaaacataaggaatctattcttaaaatatccgaagtcaagctttattgagaagtaggatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagact 19714504  T
Q  290 gatgat 295  Q
    ||||||    
T  19714503 gatgat 19714498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 94 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 19707419 - 19707218
Alignment:
Q  94 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 193  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  19707419 catttctttattgattttgttttatttcaaagtaataaagtccctagaatagttagtcagtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 19707320  T
Q  194 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 293  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||| |||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  19707319 ttaaacataaggaatctattcttaaaatatccgaagtcaagctttattgagaagtaggatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagactgatg 19707220  T
Q  294 at 295  Q
    ||    
T  19707219 at 19707218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 93 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 27347679 - 27347497
Alignment:
Q  93 gcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccc 192  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| || |||||||||| |||||||| | ||||||| |||||| |||    
T  27347679 gcatttctttgttgattttgttttgattcaaaataataaagtccttagaataattaatctgtttaatggagcattaagtgtgacttaatcgtgaga-ccc 27347581  T
Q  193 attaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactatt 276  Q
    |||||||  ||||| | |||||| |||||||  ||||||||||||||||  |||  |||||| |||||||||||||||||||||    
T  27347580 attaaacgaaaggacattattcttaaagtatatgtagtcaagctttattgtgaaaagggataacattaaagcatagagactatt 27347497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 94 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 22547217 - 22547016
Alignment:
Q  94 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 193  Q
    ||||| |||||| |||||||||| ||| |||||||||||  | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||    
T  22547217 catttatttattcattttgttttattttaaaataataaaaccgctataatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaatcgtgagatctca 22547118  T
Q  194 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 293  Q
    ||||| ||| ||| | |||| | ||||||| || |||||| |||||||  |||||| |||| |||||||  |||||||||||||||| | ||||| ||||    
T  22547117 ttaaatatatggacattatttttaaagtattcgcagtcaaactttattgtgaagtgagataacattaaaatatagagactattatgtggatagaccgatg 22547018  T
Q  294 at 295  Q
    ||    
T  22547017 at 22547016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 88 - 197
Target Start/End: Original strand, 39537962 - 39538071
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||  | |||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39537962 acaagccatttctttaatgattttgttttgtttcaaaatggttaagtccttagaatagttggttcgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 39538061  T
Q  188 accccattaa 197  Q
    ||| ||||||    
T  39538062 acctcattaa 39538071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 92 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 17285935 - 17285754
Alignment:
Q  92 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 191  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||| |||| ||||    
T  17285935 ggcatttatttattgattttgttatgtttcaaaataataatctccagagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtgtgacttaatcgtgaaaccc 17285836  T
Q  192 cattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagact 273  Q
     | |||||  || || | |||||| ||||||| | ||||| | |||||||  ||| |||||||  ||||||||||| |||||    
T  17285835 tagtaaactaaatgacattattcttaaagtattcatagtcgatctttattgtgaattgggatagtattaaagcatatagact 17285754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 94 - 197
Target Start/End: Original strand, 31886537 - 31886640
Alignment:
Q  94 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 193  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||| | |||||| |||||| |||||  ||||||| ||||||| |||    
T  31886537 catttctttagtgattttgttttgtttcaaattaataaagtccttagaataattagttcatttaattgaacatcaagtacgacttaatcgtgagactcca 31886636  T
Q  194 ttaa 197  Q
    ||||    
T  31886637 ttaa 31886640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 154 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 18807175 - 18807034
Alignment:
Q  154 tttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataa-ggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtggga 252  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||| ||||||| |||||||| |||| ||| | |||||| ||||||||  ||||||||| |||||  |||||  ||    
T  18807175 tttaatggaacattaagtgtgacttaatcgtgagacaccattaaa-ataatggacattattcttaaagtatctatagtcaagcgttattgtgaagtaaga 18807077  T
Q  253 tatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 295  Q
    || || |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  18807076 taacaataaagcatagagactattatgcgggtagactgatgat 18807034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 92 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 17299088 - 17298907
Alignment:
Q  92 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 191  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||  |||||||||  |||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||   ||||||| |||| ||||    
T  17299088 ggcatttatttattgattttgttatgtttataaataataatatccagagaatagttagtccgattaatggaacattaagtgcgacttaatcgtgaaaccc 17298989  T
Q  192 cattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagact 273  Q
     | |||||  || || | |||||| ||||||| | ||||| | |||||||   ||||||||||  ||||||||||| |||||    
T  17298988 tagtaaactaaatgacattattcttaaagtattcatagtcgatctttattgttaagtgggatagtattaaagcatatagact 17298907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 201 - 293
Target Start/End: Original strand, 39538701 - 39538793
Alignment:
Q  201 taaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 293  Q
    |||||| |||||||| ||| ||||| |||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||    
T  39538701 taaggacactattcttaaaatatccatagttaagctttattgtgaagtgggatatcattaaagcatgaagactattatgtgggtagactgatg 39538793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 114 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 33477479 - 33477389
Alignment:
Q  114 tttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataag 204  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | | |||||||| |||||||| | |  |||| |||||||| |||||| ||||||    
T  33477479 tttgtttcaaaataataaagtccttacaatagttaggctgattaatggatcattaagtgtgatctaatcgtgagacctcattaatcataag 33477389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 138 - 206
Target Start/End: Original strand, 11479420 - 11479489
Alignment:
Q  138 tagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc-cattaaacataagga 206  Q
    ||||||| |||||  |||||||| || ||||||| | |||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  11479420 tagaataattagtgtgtttaatgaaatattaagtgtgacttgattgtgagaccctcattaaacataagga 11479489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0657 (Bit Score: 184; Significance: 1e-99; HSPs: 1)
Name: scaffold0657
Description:

Target: scaffold0657; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 88 - 295
Target Start/End: Original strand, 993 - 1200
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  993 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctaaaatagttagtccgtttaatgaaacattaagtataacttaattgtgag 1092  T
Q  188 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 287  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1093 accccattaaacataaagaaactattctcaaagtatctgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 1192  T
Q  288 ctgatgat 295  Q
    ||||||||    
T  1193 ctgatgat 1200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0186 (Bit Score: 180; Significance: 3e-97; HSPs: 1)
Name: scaffold0186
Description:

Target: scaffold0186; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 88 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 26197 - 25990
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 187  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26197 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccttagaatagttagtccatttaatggaacattaaatataacttaattgtgag 26098  T
Q  188 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 287  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  26097 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgaaaagtgggatatcattaaagcatagcgactattatgtaggtaga 25998  T
Q  288 ctgatgat 295  Q
    ||||||||    
T  25997 ctgatgat 25990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0063 (Bit Score: 166; Significance: 7e-89; HSPs: 1)
Name: scaffold0063
Description:

Target: scaffold0063; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 7e-89
Query Start/End: Original strand, 90 - 295
Target Start/End: Original strand, 5531 - 5736
Alignment:
Q  90 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 189  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5531 aaggcatttctttattgatttatttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 5630  T
Q  190 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 289  Q
    ||| ||||||||||||||| |||||| |||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  5631 cccgttaaacataaggaaattattcttaaagtatatgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcataaagactattatgtgggtagact 5730  T
Q  290 gatgat 295  Q
    ||||||    
T  5731 gatgat 5736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0008 (Bit Score: 138; Significance: 4e-72; HSPs: 1)
Name: scaffold0008
Description:

Target: scaffold0008; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 90 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 230545 - 230365
Alignment:
Q  90 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  230545 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagttcttataatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 230446  T
Q  190 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattaagaagtgggatatcattaaagcatagaga 271  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||  ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  230445 ccc-ttaaacataaggaaaccattcttaaagtatttgtagtcaagatttattgagaagtgggatatcattaaagcatagaga 230365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0176 (Bit Score: 61; Significance: 3e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0176
Description:

Target: scaffold0176; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 88 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 8510 - 8446
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcc 152  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8510 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcc 8446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0565 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0565
Description:

Target: scaffold0565; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 107 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 10158 - 10127
Alignment:
Q  107 attttgttttgtttcaaaataataaagtccct 138  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10158 attttgttttgtttcaaaataataaagtccct 10127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0326 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0326
Description:

Target: scaffold0326; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 88 - 121
Target Start/End: Original strand, 16615 - 16648
Alignment:
Q  88 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttc 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  16615 acaaggcatttctttattgattttgttttgnttc 16648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0032 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0032
Description:

Target: scaffold0032; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 117 - 189
Target Start/End: Original strand, 92194 - 92267
Alignment:
Q  117 gtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaa-tggaacattaagtataacttaattgtgagac 189  Q
    |||| ||| |||||||||| ||||||||  ||||   ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  92194 gttttaaagtaataaagtctctagaatatctagttattttaaatggaacattaagtataacttaatcgtgagac 92267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University