View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14682_low_27 (Length: 285)

Name: NF14682_low_27
Description: NF14682
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14682_low_27
NF14682_low_27
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (1-285)||(4783369-4783653)
chr7 (1-285)||(4815798-4816082)
chr7 (1-285)||(4711606-4711890)
chr7 (1-285)||(4696724-4697008)
chr7 (66-285)||(4643984-4644203)
chr7 (4-285)||(4845549-4845830)
chr7 (1-249)||(4673016-4673264)
chr7 (1-275)||(4637144-4637418)
chr7 (1-249)||(4864235-4864486)
chr7 (16-249)||(4667254-4667484)
chr7 (17-133)||(4653925-4654041)
chr7 (10-285)||(4631204-4631482)
chr7 (197-284)||(4653798-4653885)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (69-285)||(18925344-18925560)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 249; Significance: 1e-138; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 1 - 285
Target Start/End: Original strand, 4783369 - 4783653
Alignment:
Q  1 caaatcaaaccaaacgagaagctaaacataagtttcattcccaacaacacaaaccaattgaatcctagttatgcttacattaacggaatcgaagttgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4783369 caaatcaaaccaaacgagaagctaaacataactttcattcccaacaacacaaaccaattgattcctagttatgctttcattaacggaatcgaagttgtgt 4783468  T
Q  101 ctatgccttcttttctctattacacaaacctcagtgaccaagattatcatgtcaatttacctggttttgacaacacggaataccaagttcttaacgacaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||    
T  4783469 ctatgccttcttttctctattacacaaacctcagtgaccaagattatcttatcaatttacctggttttgacaacacggattatcaagttcttaactacaa 4783568  T
Q  201 agctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagcaaaccaagatacaggcatgtttcgttattgggac 285  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4783569 agctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagcaaaccaagatacaggcatgtttcgtaattgggac 4783653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 1 - 285
Target Start/End: Original strand, 4815798 - 4816082
Alignment:
Q  1 caaatcaaaccaaacgagaagctaaacataagtttcattcccaacaacacaaaccaattgaatcctagttatgcttacattaacggaatcgaagttgtgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4815798 caaatcaaaccaaacgagaagctaaacataactttcattcccaacaacacaaaccaattgagtcctagttatgctttcattaacggaatcgaagttgtgt 4815897  T
Q  101 ctatgccttcttttctctattacacaaacctcagtgaccaagattatcatgtcaatttacctggttttgacaacacggaataccaagttcttaacgacaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4815898 ctatgccttcttttctctattacacaaacctcagtgaccaagattatcgtatcaagttacctggttctgacaacacggaataccaagttcttaacaacaa 4815997  T
Q  201 agctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagcaaaccaagatacaggcatgtttcgttattgggac 285  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4815998 agctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagcaaaccaagatacaggcatgtttcgtaattgggac 4816082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 285
Target Start/End: Original strand, 4711606 - 4711890
Alignment:
Q  1 caaatcaaaccaaacgagaagctaaacataagtttcattcccaacaacacaaaccaattgaatcctagttatgcttacattaacggaatcgaagttgtgt 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||| ||||||| ||| || |  ||||||  |||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  4711606 caaatcaaaccaaatgagaagctaagcataactttcattccaaacaacataaatcattcaaatccttattatgctttcattaacggaatcgaaattgtgt 4711705  T
Q  101 ctatgccttcttttctctattacacaaacctcagtgaccaagattatcatgtcaatttacctggttttgacaacacggaataccaagttcttaacgacaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||| | ||||| | | || | | | || | || ||  ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  4711706 ctatgccttcttttctctattacacggaccttaatgacccaaaataccttttgaaatcacttgactttgacaacacggaataccaaattcataacgacaa 4711805  T
Q  201 agctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagcaaaccaagatacaggcatgtttcgttattgggac 285  Q
    |||||| || | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  4711806 agctttggaaatggtatatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaaaccaagatacaggtatgtttcgtaattgggac 4711890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 129; E-Value: 8e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 285
Target Start/End: Original strand, 4696724 - 4697008
Alignment:
Q  1 caaatcaaaccaaacgagaagctaaacataagtttcattcccaacaacacaaaccaattgaatcctagttatgcttacattaacggaatcgaagttgtgt 100  Q
    |||| ||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||| |  ||||||  |||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  4696724 caaaccaaaccaaatgagaagttaaacataactttcattcccagcaacataaaccagtcaaatccttattatgctttcattaacggaatagaagttgtgt 4696823  T
Q  101 ctatgccttcttttctctattacacaaacctcagtgaccaagattatcatgtcaatttacctggttttgacaacacggaataccaagttcttaacgacaa 200  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||| | |  | || ||  || ||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  4696824 caatgccttcttttctctattacacaaacctcagtgacccaaaatatcatttgatatcacttgacttagacaacagggactaccaagttcttaacgacaa 4696923  T
Q  201 agctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagcaaaccaagatacaggcatgtttcgttattgggac 285  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| || |||   |||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||| | ||||||    
T  4696924 agcgttagagacggtttatagagtcaatgtgggtggcaatcaagttccaccaaaccaagatactggtatgtttcgtaactgggac 4697008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 8e-64
Query Start/End: Original strand, 66 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 4644203 - 4643984
Alignment:
Q  66 tagttatgcttacattaacggaatcgaagttgtgtctatgccttcttttctctattacacaaacctcagtgaccaagattatcatgtcaatttacctggt 165  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||  |||     
T  4644203 tagttatgctttcattaacggaatcgaagttgtgtctatgccttcttttctctattacacaaacctcagtgaccaagattatcgtatcaagttagatggc 4644104  T
Q  166 tttgacaacacggaataccaagttcttaacgacaaagctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagcaaaccaagatacag 265  Q
    | |||  | |    ||||||| ||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||    
T  4644103 tctgaagatataccataccaaattcttaatgacaaagctttggagatggtttatagagtcaacgttggtcgaattcaagttccaccaaaccaagatacag 4644004  T
Q  266 gcatgtttcgttattgggac 285  Q
    | ||||||||| ||||||||    
T  4644003 gtatgtttcgtaattgggac 4643984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 4 - 285
Target Start/End: Original strand, 4845549 - 4845830
Alignment:
Q  4 atcaaaccaaacgagaagctaaacataagtttcattcccaacaacacaaaccaattgaatcctagttatgcttacattaacggaatcgaagttgtgtcta 103  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||| |||| |||| ||||||| |||| |||||||||||  |||||||| | |||||||||||||||||||||| |    
T  4845549 atcaaaccaaatgggaagctaaacataactttctttccgaacaacataaacgaattgaatcctttttatgctttcgttaacggaatcgaagttgtgtcga 4845648  T
Q  104 tgccttcttttctctattacacaaacctcag-tgaccaagattatcatgtcaatttacctggttttgacaacacggaataccaagttcttaacgacaaag 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||  | ||||| || |||| |||  ||| ||||||||||  |||||| || ||| ||| || ||||    
T  4845649 tgccttcttttctctattacacaaacc-cagatgacttaaattattatttcaaattaattggctttgacaacagagaatacgaaattcgtaatgataaag 4845747  T
Q  203 ctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagcaaaccaagatacaggcatgtttcgttattgggac 285  Q
    |||| |||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||| | |||   | |||||||| ||||||||  ||||||||    
T  4845748 ctttggagatggtttatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgatacaggtatgtttcgcaattgggac 4845830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 4673264 - 4673016
Alignment:
Q  1 caaatcaaaccaaacgagaagctaaacataagtttcattcccaacaacacaaaccaattgaatcctagttatgcttacattaacggaatcgaagttgtgt 100  Q
    |||||||| || || |||||||||||||||| ||||||||| | || ||  ||| |||  |||  ||  ||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  4673264 caaatcaagcccaatgagaagctaaacataaatttcattccaagcatcatgaacaaatcaaatgttaaatatgctttcattaacggaatcgaaattgtgt 4673165  T
Q  101 ctatgccttcttttctctattacacaaacctcagtgaccaagattatcatgtcaatttacctggttttgacaacacggaataccaagttcttaacgacaa 200  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| | || | || ||  || |||||||||||||||||| ||| |||||| ||    
T  4673164 caatgccttcttttctctattacacaaacctcagtgacccaaattatcatttgaaatcacttgacttagacaacacggaataccaaattcataacgaaaa 4673065  T
Q  201 agctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttcca 249  Q
    |||||| || | |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  4673064 agctttggaaatggtttatagagtcaacgttggtgaaagtcaagttcca 4673016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 4637418 - 4637144
Alignment:
Q  1 caaatcaaaccaaacgagaagctaaacataagtttcattcccaacaacacaaaccaattgaatcctagttatgcttacattaacggaatcgaagttgtgt 100  Q
    |||||||||||||| || ||| ||||||||| ||||||||| |||| || ||||||||  |||||| |||||||||  |||||||| |||||||||||||    
T  4637418 caaatcaaaccaaatgaaaagttaaacataactttcattcctaacagcataaaccaatcaaatccttgttatgcttttattaacgggatcgaagttgtgt 4637319  T
Q  101 ctatgccttcttttctctattacacaaacctcagtgaccaagattatcatgtcaatttacctggttttgacaacacggaataccaagttcttaacgacaa 200  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||  || | ||   |  ||  |  ||  |||||||||||| | ||| ||| |||||    
T  4637318 caatgccttcttttctctattacacaaacctcaatgacccaaattactatttgaaaccagttgactcagagtacacggaataccgaattcataaagacaa 4637219  T
Q  201 agctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagcaaaccaagatacaggcatgtttcg 275  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   | |||||||| ||||||||    
T  4637218 agctttggagatggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaagtgatgatacaggtatgtttcg 4637144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 4864486 - 4864235
Alignment:
Q  1 caaatcaaaccaaacgagaagctaaacataagtttcattcc---caacaacacaaaccaattgaatcctagttatgcttacattaacggaatcgaagttg 97  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||   ||| || | ||| ||||  ||||||  |||||| | |||||| ||||| ||||| |    
T  4864486 caaatcaaatcaaatgagaagctaaacataactttcattccggccaataatataaatcaatcaaatccttattatgccttcattaatggaatagaagtcg 4864387  T
Q  98 tgtctatgccttcttttctctattacacaaacctcagtgaccaagattatcatgtcaatttacctggttttgacaacacggaataccaagttcttaacga 197  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| | | ||| || | || | || ||  |||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  4864386 tgtctatgccttcttttctatattacacaaacctcaatgacccaaaatattatttgaaatcacttgactttgacaacacgaactaccaagttcttaacga 4864287  T
Q  198 caaagctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttcca 249  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| || ||| ||| ||||||||||    
T  4864286 caaagcgttagagacggtttatagagtcaatgtcggtgaaagtcaagttcca 4864235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 16 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 4667484 - 4667254
Alignment:
Q  16 gagaagctaaacataagtttcattcccaacaacacaaaccaattgaatcctagttatgcttacattaacggaatcgaagttgtgtctatgccttcttttc 115  Q
    ||||| ||| || ||| |||||||||||| |||||||||||||| ||| ||   | ||||| ||| |||||||| ||  ||||||||||||| |||||||    
T  4667484 gagaaactagacgtaactttcattcccaaaaacacaaaccaattaaatgct---tttgctttcatcaacggaattgagattgtgtctatgccgtcttttc 4667388  T
Q  116 tctattacacaaacctcagtgaccaagattatcatgtcaatttacctggttttgacaacacggaataccaagttcttaacgacaaagctttagagacggt 215  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||||| | |  |||| ||  ||||||| ||  ||||||||  ||| |||| |||||||| | ||||||||    
T  4667387 tctattacacaaacctcagtgacccaaattatcatttgacattacttgactttgacagcaatgaataccatattcctaacaacaaagctatggagacggt 4667288  T
Q  216 ttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttcca 249  Q
    ||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||    
T  4667287 ttatagagtcagcgttggtgaaagtcaagttcca 4667254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 17 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 4654041 - 4653925
Alignment:
Q  17 agaagctaaacataagtttcattcccaacaacacaaaccaattgaatcctagttatgcttacattaacggaatcgaagttgtgtctatgccttcttttct 116  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |  ||||||  |||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4654041 agaagctaaacataactttcattcccaacaacacaaaccattcaaatccttattatgctttcattaatggaattgaagttgtgtctatgccttcttttct 4653942  T
Q  117 ctattacacaaacctca 133  Q
    ||||||| |||||||||    
T  4653941 ctattactcaaacctca 4653925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 10 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 4631482 - 4631204
Alignment:
Q  10 ccaaacgagaagctaaacataagtttcattcccaacaa------cacaaaccaattgaatcctagttatgcttacattaacggaatcgaagttgtgtcta 103  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||      |||||||||||| |||    |||  |||| ||| |||||||| ||  |||||||||    
T  4631482 ccaaatgagaagctaaacataactttcattcccaaaaatacaaacacaaaccaattaaatg---gtttagctttcatcaacggaattgagattgtgtcta 4631386  T
Q  104 tgccttcttttctctattacacaaacctcagtgaccaagattatcatgtcaatttacctggttttgacaacacggaataccaagttcttaacgacaaagc 203  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||    | || ||| | ||  ||| || |||||||| |   ||||||||  |||||||| |||||||    
T  4631385 tgccttcttttctctattacactaatctcagtgacacgaactaccatttaaagatacttgattttgacagcggtgaataccagattcttaacaacaaagc 4631286  T
Q  204 tttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagcaaaccaagatacaggcatgtttcgttattgggac 285  Q
    | | || || |||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||  | |||||||| ||||||||  ||||||||    
T  4631285 tatggaaacagtttatagagtcaacgctggtgaaaatcaagttccaccaaattatgatacaggtatgtttcgcaattgggac 4631204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 197 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 4653885 - 4653798
Alignment:
Q  197 acaaagctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagcaaaccaagatacaggcatgtttcgttattggga 284  Q
    |||||||| | ||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||| ||  |||||||| |||||||    
T  4653885 acaaagctctggagacagtttatagtgtcaacgttggtgaaaatcaagttccaccaaacctagatactggtttgtttcgtaattggga 4653798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 49; Significance: 4e-19; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 69 - 285
Target Start/End: Original strand, 18925344 - 18925560
Alignment:
Q  69 ttatgcttacattaacggaatcgaagttgtgtctatgccttcttttctctattacacaaacctcagtgaccaagattatcatgtcaatttacctggtttt 168  Q
    |||||||| ||| |||||||| ||  | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | || ||||| | || |||| |||  ||    
T  18925344 ttatgctttcatcaacggaattgagatcgtgtccatgccttcttttctctattacacaaacctcaatgactcaaatcatcatttaaagttacttggcctt 18925443  T
Q  169 gacaacacggaataccaagttcttaacgacaaagctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagcaaaccaagatacaggca 268  Q
    || |||| | ||||| || |    |  |||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||  ||   | || ||||| |    
T  18925444 gaaaacatgaaatacaaaatcagcagtgacaaagtgttagagacggtttatagagtcagcgttggtgataatcaagttccacgaagtaatgacacaggta 18925543  T
Q  269 tgtttcgttattgggac 285  Q
    |||||||||||||||||    
T  18925544 tgtttcgttattgggac 18925560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University