View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1468_high_4 (Length: 425)

Name: NF1468_high_4
Description: NF1468
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1468_high_4
NF1468_high_4
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (10-270)||(25450628-25450888)
chr8 (10-253)||(25446065-25446308)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (10-260)||(2606833-2607085)
chr7 (261-410)||(31669355-31669504)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (10-260)||(31901369-31901621)
chr6 (13-258)||(31925239-31925485)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (348-405)||(13270301-13270358)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 233; Significance: 1e-128; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 10 - 270
Target Start/End: Original strand, 25450628 - 25450888
Alignment:
Q  10 gacatcatcatcattgttgacttcccttaattcatgcataactattattgtttaggatcaactgtcattagtcagtacaattgacttaccttattcatgt 109  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25450628 gacatcatcatcactgttgacttcccttaattcatgcataactattattgtttaggatcaactgtcattagtcagtacaattgacttaccttattcatgt 25450727  T
Q  110 acaattgttttgctctactgtaattctaattcaatgcatttaattattatgtaaatgcatttgattaccttgtaaaacttggacagctataaagccttgt 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  25450728 acaattgttttgctctactgtaattctaattcaatgcatttaattattatgtaaatgcatttgattaccttgtaaagcttggacagctataaagccttgt 25450827  T
Q  210 acagccgtgtgtaaaatacagcagaaatatattagcctttgttattttataggaatatcac 270  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||  ||| ||||||||    
T  25450828 acagccgtgtgtaaaatatagcagaaatatattagcctttgttaattattagaaatatcac 25450888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 10 - 253
Target Start/End: Original strand, 25446065 - 25446308
Alignment:
Q  10 gacatcatcatcattgttgacttcccttaattcatgcataactattattgtttaggatcaactgtcattagtcagtacaattgacttaccttattcatgt 109  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25446065 gacatcatcatcactgttgacttcccttaattcatgcataactattattgtttaggatcaattgtcattagtcagtacaattgacttaccttattcatgt 25446164  T
Q  110 acaattgttttgctctactgtaattctaattcaatgcatttaattattatgtaaatgcatttgattaccttgtaaaacttggacagctataaagccttgt 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  25446165 acaattgttttgctctactgtaattctaattcaatgcatttaattattatgtaaatgcatttgattaccttgtaaagcttggacagctataaagccttgt 25446264  T
Q  210 acagccgtgtgtaaaatacagcagaaatatattagcctttgtta 253  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  25446265 acaaccgtgtgtaaaatatagcagaaatatattagcctttgtta 25446308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 214; Significance: 1e-117; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 10 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 2607085 - 2606833
Alignment:
Q  10 gacatcatcatcattgttgacttcccttaattcatgcataactattattgtttaggatcaactgtcattagtcagtacaattgacttaccttattcatgt 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2607085 gacatcatcatcattgttgacttcccttaattcatgcataactattattgtttaggatcaattgtcattagttagtacaattgacttaccttattcatgt 2606986  T
Q  110 acaattgttttgctctactgtaattctaattcaatgcatttaattattatgtaaatgcatttgattaccttgtaaaacttggacagctataaagccttgt 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  2606985 acaattgttttgctctactgtaattccaattcaatgcatttaattattatgtaaatgcatttgattaccttgtaaagcttggacatctataaagccttgt 2606886  T
Q  210 acagccgtgtgtaaa--atacagcagaaatatattagcctttgttattttata 260  Q
    |||||| ||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2606885 acagccatgtgtaaaatatatagcagaaatatattagcctttgttattttata 2606833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 261 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 31669504 - 31669355
Alignment:
Q  261 ggaatatcactaaactatgaattgtgggtatatgatgataataataatatgtttataagaattcatttatatgctaaattgtgtcgatcgatgttccaca 360  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31669504 ggaatatcactaaactatgaattgtgggtatatgatgataagaataatatgtttataagaattcatttatatgctaaattgtgtcgatcgatgttccaca 31669405  T
Q  361 tcaggattggacttcgagattccgcattagtattggacaagtattctttc 410  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  31669404 tcagaattggacttcgagattccgcattagtattggataagtattctttc 31669355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 10 - 260
Target Start/End: Original strand, 31901369 - 31901621
Alignment:
Q  10 gacatcatcatcattgttgacttcccttaattcatgcataactattattgtttaggatcaactgtcattagtcagtacaattgacttaccttattcatgt 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  31901369 gacatcatcatcattgttgacttcccttaattcatgcataactattattgtttatgatcaactgtcattagtcagtaaagttgacttaccttattcatgt 31901468  T
Q  110 acaattgttttgctctactgtaattctaattcaatgcatttaattattatgtaaatgcatttgattaccttgtaaaacttggacagctataaagccttgt 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  31901469 acaattgttttgctctactgtaattcccattcaatgcatttaattattatgtaaatgcatttgattaccttgtaaagcttggacagctataaagccttgt 31901568  T
Q  210 acagccgtgtgtaaa--atacagcagaaatatattagcctttgttattttata 260  Q
    |||||||||||||||  ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  31901569 acagccgtgtgtaaaagatatagcataaatatattagcctttgttattttata 31901621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 13 - 258
Target Start/End: Original strand, 31925239 - 31925485
Alignment:
Q  13 atcatcatcattgttgacttcccttaattcatgcataactattattgtttaggatcaactgtcattagtcagtacaattgacttaccttattcatgtaca 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  31925239 atcatcatcattgttgacttcccttaattcatgcataactattattgtttaggatcaactgtcattagtcagtacagttgacttaccttattcatgtaca 31925338  T
Q  113 attgttttgctctactgtaattctaattcaatgcatttaattattatgtaaatgcatttgattaccttgtaaaacttggacagctataaagccttgtaca 212  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  31925339 attgttttgctctactgtaattccaa-tcaataaatttaattattatgtaaatgcatttgattaccttgtaaagcttggacaactataaagccttgtaca 31925437  T
Q  213 gccgtgtgtaaa--atacagcagaaatatattagcctttgttatttta 258  Q
     |||||||||||  ||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  31925438 accgtgtgtaaaagatatagcataaatatattagcctttgttatttta 31925485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 348 - 405
Target Start/End: Original strand, 13270301 - 13270358
Alignment:
Q  348 tcgatgttccacatcaggattggacttcgagattccgcattagtattggacaagtatt 405  Q
    |||| ||||||| |||| ||||| ||||||| ||||||||||||| |||||| |||||    
T  13270301 tcgaagttccacgtcagtattgggcttcgaggttccgcattagtactggacaggtatt 13270358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University