View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1468_low_7 (Length: 384)

Name: NF1468_low_7
Description: NF1468
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1468_low_7
NF1468_low_7
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (17-348)||(26479242-26479573)
chr1 (107-332)||(11075603-11075836)
chr1 (104-332)||(2887308-2887544)
chr1 (96-323)||(8266494-8266729)
chr1 (94-332)||(16824241-16824486)
chr1 (97-332)||(39997638-39997881)
chr1 (173-323)||(9427554-9427703)
chr1 (145-317)||(3621033-3621203)
chr1 (183-346)||(18565695-18565858)
chr1 (254-324)||(15258824-15258894)
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (99-369)||(4653429-4653708)
chr2 (145-331)||(8271262-8271449)
chr2 (97-319)||(44440169-44440399)
chr2 (96-332)||(6571166-6571410)
chr2 (251-332)||(45036190-45036271)
chr2 (145-267)||(37192808-37192930)
chr2 (96-141)||(5964437-5964482)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (149-330)||(25828536-25828717)
chr7 (96-332)||(5464697-5464941)
chr7 (199-345)||(10329096-10329242)
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (97-267)||(45260967-45261137)
chr8 (96-332)||(12563026-12563269)
chr8 (149-332)||(28932362-28932545)
chr8 (145-332)||(15243282-15243469)
chr8 (96-234)||(1758841-1758987)
chr8 (94-245)||(23589683-23589842)
chr8 (145-311)||(23810347-23810513)
chr8 (173-332)||(12607770-12607926)
chr8 (289-332)||(1758753-1758796)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (96-332)||(41940684-41940919)
chr4 (145-267)||(50945754-50945876)
chr4 (95-332)||(47924409-47924654)
chr4 (96-380)||(54259117-54259408)
chr4 (96-332)||(40656283-40656527)
chr4 (145-323)||(24015832-24016009)
chr4 (289-345)||(27184896-27184952)
chr4 (153-267)||(25969315-25969429)
[»] scaffold0013 (1 HSPs)
scaffold0013 (145-345)||(54885-55085)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (145-267)||(2442261-2442383)
chr6 (96-267)||(29046994-29047173)
chr6 (238-332)||(10993004-10993098)
chr6 (289-345)||(2443258-2443314)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (173-332)||(12292076-12292236)
chr5 (289-333)||(12291926-12291970)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (145-267)||(7320375-7320497)
chr3 (97-332)||(43445211-43445456)
chr3 (97-234)||(53590287-53590432)
chr3 (290-332)||(50425919-50425961)
chr3 (289-345)||(17508661-17508717)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 272; Significance: 1e-152; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 17 - 348
Target Start/End: Original strand, 26479242 - 26479573
Alignment:
Q  17 atttgttactatcccattggattggatccacactcatcgaatctattagctcattagaccccccatccccacacacacagaaggtaaactcaaacttaat 116  Q
    ||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  26479242 atttgttactatccatttgaattggatccacactcatcgagtctattagctcattagaccccccatccccacacatacacaaggtaaactcaaacttaat 26479341  T
Q  117 attgatggtagctttctagaagattctcggtgttggtggtgttgttcacaaccattatggagatttgatagctggttttttgcactatgaagttggaggt 216  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  26479342 attgatggtagcttgctagaagactctgggtgttggtggtgttgttcacaaccattatggagatttgatagctggtttttcgcactatgaagttggaggt 26479441  T
Q  217 gatgcgctattagctgagctgcgtgctatttatataggtcttgatttttgttgcaagaaatgctataataatattatttgtgagattgattgtttggaag 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||     
T  26479442 gatgcgctattagctgagctgcgtgctatttatatatgtcttgatttttgttgcaagaaatgctatgacaatattatttgtgagagtgattgtttggaat 26479541  T
Q  317 cagttgagctgattatcaatggttgtgattgt 348  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26479542 cagttgagctgattatcaatggttgtgattgt 26479573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 107 - 332
Target Start/End: Original strand, 11075603 - 11075836
Alignment:
Q  107 caaacttaatattgatggtagctttctagaagattctcggtgtt--------ggtggtgttgttcacaaccattatggagatttgatagctggttttttg 198  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| | | ||||        ||||||||||||| ||||||  || |||||| |||| |||||||||      
T  11075603 caaactcaatattgatggtagctttctagaagattttggttgtttaggtgctggtggtgttgttcgcaaccacgatagagattagataactggtttttcc 11075702  T
Q  199 cactatgaagttggaggtgatgcgctattagctgagctgcgtgctatttatataggtcttgatttttgttgcaagaaatgctataataatattatttgtg 298  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||  | |||||||||||||||||| |  | ||| |||||   || ||||||||||    
T  11075703 cactatgaagctggaggtgatgcgttattagctgagttacgtgctatccagataggtcttgatttttgtagttaaaaaggctatgtcaacattatttgtg 11075802  T
Q  299 agattgattgtttggaagcagttgagctgattat 332  Q
    ||| |||||||||||||||||||||  |||||||    
T  11075803 agagtgattgtttggaagcagttgacttgattat 11075836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 104 - 332
Target Start/End: Original strand, 2887308 - 2887544
Alignment:
Q  104 actcaaacttaatattgatggtagctttctagaagattctcggtgtt--------ggtggtgttgttcacaaccattatggagatttgatagctggtttt 195  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| | | ||||        ||||||||||||| ||||||  || ||||||  ||||||||||||    
T  2887308 actcaaactcaatattgatggtagctttttagaagattttggttgtttaggtgctggtggtgttgttcgcaaccacgatagagattgaatagctggtttt 2887407  T
Q  196 ttgcactatgaagttggaggtgatgcgctattagctgagctgcgtgctatttatataggtcttgatttttgttgcaagaaatgctataataatattattt 295  Q
    |  |||||||| | ||||||||||||| ||||||||| | | |||| |||  | |||||||||||||||||| |  | |||  ||||   || |||||||    
T  2887408 tctcactatgatgctggaggtgatgcgttattagctgcgttacgtgatatccaaataggtcttgatttttgtagtgaaaaagactatgtcaacattattt 2887507  T
Q  296 gtgagattgattgtttggaagcagttgagctgattat 332  Q
    | |||| || |||||||||||||||||| ||||||||    
T  2887508 gcgagagtggttgtttggaagcagttgacctgattat 2887544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 96 - 323
Target Start/End: Original strand, 8266494 - 8266729
Alignment:
Q  96 gaaggtaaactcaaacttaatattgatggtagctttctagaagattctcg--------gtgttggtggtgttgttcacaaccattatggagatttgatag 187  Q
    ||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||| | |        ||| |||||||||||| | ||||||  | ||||||| ||||     
T  8266494 gaaggtacacttaaactcaatattgatggtagctttttagaagattttggttatttaggtgctggtggtgttgtgcgcaaccacgacggagattcgataa 8266593  T
Q  188 ctggttttttgcactatgaagttggaggtgatgcgctattagctgagctgcgtgctatttatataggtcttgatttttgttgcaagaaatgctataataa 287  Q
    || ||||||  ||||||||||||||||||| |||  ||||||||||| | ||| ||||  | |||||||||||||||||| |    ||| |||||   ||    
T  8266594 ctagtttttctcactatgaagttggaggtggtgcattattagctgagttacgtactatccagataggtcttgatttttgtagtctaaaaggctatgccaa 8266693  T
Q  288 tattatttgtgagattgattgtttggaagcagttga 323  Q
     ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  8266694 cattatttgtgagaatgattgtttggaagcagttga 8266729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 94 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 16824486 - 16824241
Alignment:
Q  94 cagaaggtaaactcaaacttaatattgatggtagctttctagaagat--------tctcggtgttggtggtgttgttcacaaccattatggagatttgat 185  Q
    ||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||        | | |||| || ||||||||||| ||||||  ||||||||| |||    
T  16824486 cagaaggtacactgaaactcaatattgatggtagctttctagaagatcttggttgtttaggtgctgatggtgttgttcgcaaccacaatggagattggat 16824387  T
Q  186 agctggttttttgcactatgaagttggaggtgatgcgctattagctgagctgcgtgctatttatataggtcttgatttttgttgcaagaaatgctataat 285  Q
    | ||| |||||  ||||||||||  |||||||||||| ||||||||||| | |||| |||    ||| |||||||||||| | | || ||| | |||       
T  16824386 aactgatttttctcactatgaagcgggaggtgatgcgttattagctgagttacgtgttatcctgatatgtcttgatttttatagtaaaaaaggttatgtc 16824287  T
Q  286 aatattatttgtgagattgattgtttggaagcagttgagctgattat 332  Q
    || ||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||    
T  16824286 aacattatttgtgagagtg-ttgtttggaagcagttgacctgattat 16824241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 97 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 39997881 - 39997638
Alignment:
Q  97 aaggtaaactcaaacttaatattgatggtagctttctagaagattctcggtgtt--------ggtggtgttgttcacaaccattatggagatttgatagc 188  Q
    |||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||| | | ||||        ||||||||||||| ||||||  ||| ||||  ||||||    
T  39997881 aaggtatacttaaactcaatattgatggtagctttctacaagattttagttgtttagatgttggtggtgttgttcgcaaccacgatgcagatcggatagc 39997782  T
Q  189 tggttttttgcactatgaagttggaggtgatgcgctattagctgagctgcgtgctatttatataggtcttgatttttgttgcaagaaatgctataataat 288  Q
    ||||||||  |||||  ||||||||||||||| | ||| |||||||   ||||||||  | | |||||||||||||||| | || ||| | |||   ||     
T  39997781 tggtttttctcactacaaagttggaggtgatgtgttatcagctgagtgacgtgctatccagacaggtcttgatttttgtagtaaaaaaggttatgccaac 39997682  T
Q  289 attatttgtgagattgattgtttggaagcagttgagctgattat 332  Q
    ||||||| ||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  39997681 attatttatgagagtgattgtttgaaagcagttgacctgattat 39997638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 173 - 323
Target Start/End: Original strand, 9427554 - 9427703
Alignment:
Q  173 atggagatttgatagctggttttttgcactatgaagttggaggtgatgcgctattagctgagctgcgtgctatttatataggtcttgatttttgttgcaa 272  Q
    |||||||||  ||| ||| |||||  ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| | ||||||||| | |||||||||||||||||| |       
T  9427554 atggagattgaataactgatttttctcactatgaagttg-aggtgatgcgttattagctgagttccgtgctattcagataggtcttgatttttgtagtct 9427652  T
Q  273 gaaatgctataataatattatttgtgagattgattgtttggaagcagttga 323  Q
     |||||||||   || ||||||||||||| ||||||||||||  |||||||    
T  9427653 aaaatgctatgccaacattatttgtgagagtgattgtttggattcagttga 9427703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 145 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 3621203 - 3621033
Alignment:
Q  145 ggtgttggtggtgttgttcacaaccattatggagatttgatagctggttttttgcactatgaagttggaggtgatgcgctattagctgagctgcgtgcta 244  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||  ||||||||| ||||||||||||||    || | |||||| |||||||| | |  | |||||| |||||||||    
T  3621203 ggtgttggtggtggtgttcccaaccacgatggagattggatagctggtttttcttgctttaaagttgaaggtgatgtgtt--tggctgagttgcgtgcta 3621106  T
Q  245 tttatataggtcttgatttttgttgcaagaaatgctataataatattatttgtgagattgattgtttggaagc 317  Q
    || | || | ||||||||||||| |||| ||| ||||||| || ||||||||||||| || ||| ||||||||    
T  3621105 ttcagatggatcttgatttttgtcgcaacaaaggctataacaacattatttgtgagagtggttgcttggaagc 3621033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 183 - 346
Target Start/End: Original strand, 18565695 - 18565858
Alignment:
Q  183 gatagctggttttttgcactatgaagttggaggtgatgcgctattagctgagctgcgtgctatttatataggtcttgatttttgttgcaagaaatgctat 282  Q
    |||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| | ||||||||||| | ||||||||  | ||  |||| ||||||||| |    |||  ||||    
T  18565695 gatagctgatttttttcactatgaagctggaggtgatgtgttattagctgagttacgtgctatccagattagtctcgatttttgtagtccaaaagactat 18565794  T
Q  283 aataatattatttgtgagattgattgtttggaagcagttgagctgattatcaatggttgtgatt 346  Q
       || ||||||||||||| |||||||||| ||| |||||| ||||||||  ||||| ||||||    
T  18565795 ctcaacattatttgtgagagtgattgtttgaaagtagttgacctgattattgatggtcgtgatt 18565858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 254 - 324
Target Start/End: Original strand, 15258824 - 15258894
Alignment:
Q  254 gtcttgatttttgttgcaagaaatgctataataatattatttgtgagattgattgtttggaagcagttgag 324  Q
    ||||||||||||||  ||  ||| | |||||| ||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||    
T  15258824 gtcttgatttttgtcacagtaaagggtataattatattatttgtgatagtgactgtttggaagcagttgag 15258894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 79; Significance: 8e-37; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 99 - 369
Target Start/End: Original strand, 4653429 - 4653708
Alignment:
Q  99 ggtaaactcaaacttaatattgatggtagctttctagaagattctcggtgtt--------ggtggtgttgttcacaaccattatggagatttgatagctg 190  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||| | | ||||        ||||||||||||| ||||||  ||||||||| ||||||||    
T  4653429 ggtacactcaaactcaatattgatggtagctacctagaagattttggttgtttaggtgctggtggtgttgttcgcaaccacgatggagattggatagctg 4653528  T
Q  191 gttttttgcactatgaagttggaggtgatgcgctattagctgagctgcgtgctatttatataggtcttgatttttgttgcaa-gaaatgctataataata 289  Q
     |||||  ||| |||||| ||||||||||||| || ||| |||| | ||||||||  | |||||||||||||||||| | ||  ||| |||||  ||| |    
T  4653529 atttttctcaccatgaagctggaggtgatgcgttactaggtgagttacgtgctatccagataggtcttgatttttgtagtaataaaaggctatgttaaca 4653628  T
Q  290 ttatttgtgagattgattgtttggaagcagttgagctgattatcaatggttgtgattgtaccctatacacttgtgctact 369  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||| |||||  |||| || |||||| |||||||    
T  4653629 ttatttgtgagagtgattgtttggaagcagttgacctgattattgatggtcgtgatcataccttacacacttatgctact 4653708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 145 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 8271449 - 8271262
Alignment:
Q  145 ggtgttggtggtgttgttcacaaccattatggagatttgatagctggttttttgcactatgaagttggaggtgatgcgctattagctgagctgcgtgcta 244  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||  ||||||||| ||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||| ||||||||||| | || | ||    
T  8271449 ggtgctggtggtgttgttcgcaaccacgatggagattggatagctggtttttctcattatgaagttggaggtgatgcgttattagctgagttacgcgtta 8271350  T
Q  245 tttatataggtcttga-tttttgttgcaagaaatgctataataatattatttgtgagattgattgtttggaagcagttgagctgatta 331  Q
    |  | ||||||||||| ||||||| | |  ||| | |||   || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  8271349 tccaaataggtcttgattttttgtagaagaaaaggttatgtcaacattatttgtgagagtgattgtttggaagcagttgacctgatta 8271262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 97 - 319
Target Start/End: Original strand, 44440169 - 44440399
Alignment:
Q  97 aaggtaaactcaaacttaatattgatggtagctttctagaagattctc--------ggtgttggtggtgttgttcacaaccattatggagatttgatagc 188  Q
    |||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |         |||| |||||| ||||||| ||||||  ||||||||| | ||||    
T  44440169 aaggtagactcaaactcgatattgatggtagctttctagaagattttgattgtttaggtgatggtggcgttgttcgcaaccacgatggagattaggtagc 44440268  T
Q  189 tggttttttgcactatgaagttggaggtgatgcgctattagctgagctgcgtgctatttatataggtcttgatttttgttgcaagaaatgctataataat 288  Q
    ||||||||  ||||||||||||| | ||||| || ||||||| ||| |  ||| |||| | ||| |||||||||||||| | || ||| |||||   ||     
T  44440269 tggtttttctcactatgaagttgtatgtgatacgttattagcagagttatgtgttattcagatatgtcttgatttttgtagtaaaaaaggctatgtcaac 44440368  T
Q  289 attatttgtgagattgattgtttggaagcag 319  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  44440369 attatttgtgagagtgattgtttggaagcag 44440399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 96 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 6571410 - 6571166
Alignment:
Q  96 gaaggtaaactcaaacttaatattgatggtagctttctagaagattctcggtgtt--------ggtggtgttgttcacaaccattatggagatttgatag 187  Q
    ||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||| | | |  |||        ||||||||||||| ||||||  ||||||||| | | |    
T  6571410 gaaggtacactcaagctcaatattgatggtagctttctagaagactttggtagtttaggagatggtggtgttgttcgcaaccacgatggagattgggtgg 6571311  T
Q  188 ctggttttttgcactatgaagttggaggtgatgcgctattagctgagctgcgtgctatttatataggtcttgatttttgttgcaagaaatgctataataa 287  Q
    ||| |||||  |||||||||| ||||||||||||| | ||||||||| |  |||||||  | |||||||||||||||| | | |  ||| |||||   ||    
T  6571310 ctgatttttctcactatgaagctggaggtgatgcgttgttagctgagttatgtgctatccaaataggtcttgatttttatagtagaaaaggctatgtcaa 6571211  T
Q  288 tattatttgtgagattgattgtttggaagcagttgagctgattat 332  Q
     ||||||||||||  |||||||| |||| ||||||| ||||||||    
T  6571210 cattatttgtgagggtgattgttcggaaacagttgacctgattat 6571166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 251 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 45036271 - 45036190
Alignment:
Q  251 taggtcttgatttttgttgcaagaaatgctataataatattatttgtgagattgattgtttggaagcagttgagctgattat 332  Q
    ||||||||||||||||| | || ||| | |||   || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  45036271 taggtcttgatttttgtagtaaaaaaggttatgtcaacattatttgtgagagtgattgtttggaagcagttgacctgattat 45036190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 145 - 267
Target Start/End: Original strand, 37192808 - 37192930
Alignment:
Q  145 ggtgttggtggtgttgttcacaaccattatggagatttgatagctggttttttgcactatgaagttggaggtgatgcgctattagctgagctgcgtgcta 244  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||  |||| |||| |||| ||  |||||  ||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||| | |||| ||    
T  37192808 ggtgttggtggtgttgttcgcaaccacgatggtgattggataactaatttttctcactatgaaattggaggtgatacgttattaactgagttacgtgata 37192907  T
Q  245 tttatataggtcttgatttttgt 267  Q
    |  | ||| || |||||||||||    
T  37192908 tccagataagttttgatttttgt 37192930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 96 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 5964482 - 5964437
Alignment:
Q  96 gaaggtaaactcaaacttaatattgatggtagctttctagaagatt 141  Q
    ||||||| ||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||    
T  5964482 gaaggtacactcaaacacaatattaatggtagctttctagaagatt 5964437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 78; Significance: 3e-36; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 149 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 25828717 - 25828536
Alignment:
Q  149 ttggtggtgttgttcacaaccattatggagatttgatagctggttttttgcactatgaagttggaggtgatgcgctattagctgagctgcgtgctattta 248  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||| |||||||||  | ||||||||||||| |||||||| ||||||||||  | ||||||||  |    
T  25828717 ttggtggtgttgttcgcaaccatgatggagattggataactggtttttctcgctatgaagttggaagtgatgcgttattagctgaattacgtgctatcca 25828618  T
Q  249 tataggtcttgatttttgttgcaagaaatgctataataatattatttgtgagattgattgtttggaagcagttgagctgatt 330  Q
    ||||||||||||||||||| | || ||| |||||   || ||||| ||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||    
T  25828617 tataggtcttgatttttgtagtaaaaaaggctatgtcaacattatatgtgagagtgattgtttgaaagcagttgacctgatt 25828536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 96 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 5464941 - 5464697
Alignment:
Q  96 gaaggtaaactcaaacttaatattgatggtagctttctagaagattctcg--------gtgttggtggtgttgttcacaaccattatggagatttgatag 187  Q
    ||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| | |        |||||||||||||||||| ||||||  ||||||||| |||||    
T  5464941 gaaggtacactcaaactcaatagtgatggtagctttctagaagattttggttgtttaggtgttggtggtgttgttcgcaaccacgatggagattggatag 5464842  T
Q  188 ctggttttttgcactatgaagttggaggtgatgcgctattagctgagctgcgtgctatttatataggtcttgatttttgttgcaagaaatgctataataa 287  Q
    | ||||||   |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| | ||| ||||  | |||| ||||||||||||| | || |||   |||   ||    
T  5464841 caggttttgctcactatgaagttggaggtgatgtgttattagctgagttacgtactatccagatagttcttgatttttgtagtaaaaaagattatgtcaa 5464742  T
Q  288 tattatttgtgagattgattgtttggaagcagttgagctgattat 332  Q
     ||||||||| ||| || |||||||||||||||||| || |||||    
T  5464741 cattatttgttagagtggttgtttggaagcagttgaccttattat 5464697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 199 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 10329242 - 10329096
Alignment:
Q  199 cactatgaagttggaggtgatgcgctattagctgagctgcgtgctatttatataggtcttgatttttgttgcaagaaatgctataataatattatttgtg 298  Q
    |||||| || ||||||||||||   ||||| | ||| | |||||||| || ||||||||| |||||| | | || ||| |||||   || ||| ||||||    
T  10329242 cactataaaattggaggtgatgtattattaacggagttacgtgctatgtaaataggtcttaatttttatagtaaaaaaggctatgtcaacattttttgtg 10329143  T
Q  299 agattgattgtttggaagcagttgagctgattatcaatggttgtgat 345  Q
    ||| |||||||| ||||| |||||| ||||||||  ||||| |||||    
T  10329142 agagtgattgttaggaaggagttgacctgattattgatggtcgtgat 10329096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 71; Significance: 5e-32; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 97 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 45261137 - 45260967
Alignment:
Q  97 aaggtaaactcaaacttaatattgatggtagctttctagaagattctcggtgttggtggtgttgttcacaaccattatggagatttgatagctggttttt 196  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||| | ||| | |  |||||||||||||||||| ||||||  ||| ||||| |||| ||| |||||    
T  45261137 aaggtaaactgaaacttaatgttgatggttgctttcttgtagactttgtgtgttggtggtgttgttcgcaaccacgatgaagattggataactgattttt 45261038  T
Q  197 tgcactatgaagttggaggtgatgcgctattagctgagctgcgtgctatttatataggtcttgatttttgt 267  Q
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||| |||||| || || |||||||||||||||    
T  45261037 ctcactatgaagttggaggtgatgcgttattagctgatttgcatgctatctagatgggtcttgatttttgt 45260967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 96 - 332
Target Start/End: Original strand, 12563026 - 12563269
Alignment:
Q  96 gaaggtaaactcaaacttaatattgatggtagctttctagaagattctcggtgtt--------ggtggtgttgttcacaaccattatggagatttgatag 187  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| | | ||||        ||| ||| ||||  ||||||  ||||||||| |||||    
T  12563026 gaaggtacactcaaactcaatattgatggtagatttctagaagatttttgttgtttaggtgatggtagtgctgtttgcaaccacgatggagattggatag 12563125  T
Q  188 ctggttttttgcactatgaagttggaggtgatgcgctattagctgagctgcgtgctatttatataggtcttgatttttgttgcaagaaatgctataataa 287  Q
    |||||||| | |||||||||| ||||||||||||| ||||| || |  | ||||||||  | |||||||||||||||||| | || ||| || |||  ||    
T  12563126 ctggttttct-cactatgaagctggaggtgatgcgttattatctaatttacgtgctatccagataggtcttgatttttgtagtaaaaaaggccatatcaa 12563224  T
Q  288 tattatttgtgagattgattgtttggaagcagttgagctgattat 332  Q
     ||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  12563225 cattatttgtgagagtgattgtttggaagtagttgacctgattat 12563269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 149 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 28932545 - 28932362
Alignment:
Q  149 ttggtggtgttgttcacaaccattatggagatttgatagctggttttttgcactatgaagttggaggtgatgcgctattagctgagctgcgtgctattta 248  Q
    |||||| ||||||||  |||||  ||||||||| ||||| ||||||||  |||||||||| || || ||||||| ||||||||||| | ||||||||  |    
T  28932545 ttggtgttgttgttcgtaaccacgatggagattggatagttggtttttctcactatgaagctgaagctgatgcgttattagctgagttacgtgctatcaa 28932446  T
Q  249 tataggtcttgatttttgttgcaagaaatgctataataatattatttgtgagattgattgtttggaagcagttgagctgattat 332  Q
     |||||||||| ||||||| |  | ||||| |||   || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28932445 gataggtcttggtttttgtagtgaaaaatgttatgtcaacattatttgtgagagtgattgtttggaagcagttgacctgattat 28932362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 145 - 332
Target Start/End: Original strand, 15243282 - 15243469
Alignment:
Q  145 ggtgttggtggtgttgttcacaaccattatggagatttgatagctggttttttgcactatgaagttggaggtgatgcgctattagctgagctgcgtgcta 244  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||  ||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||| | |||||||    
T  15243282 ggtgttggaggtgttgttctcaaccacgatggagattggataactggtttttcgcactatgaagttgaaggtgatgcgttattagccgagttacgtgcta 15243381  T
Q  245 tttatataggtcttgatttttgttgcaagaaatgctataataatattatttgtgagattgattgtttggaagcagttgagctgattat 332  Q
    | |  ||| ||||| |||||||| | |  ||| | |||   || ||||||||| ||| ||||||||| |||| |||||| ||||||||    
T  15243382 tcttgatatgtcttaatttttgtagtagaaaaggttatgtcaacattatttgtaagagtgattgttttgaagtagttgacctgattat 15243469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 96 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 1758987 - 1758841
Alignment:
Q  96 gaaggtaaactcaaacttaatattgatggtagctttctagaagattctcggtgtt--------ggtggtgttgttcacaaccattatggagatttgatag 187  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || | | ||||        | |||| |||||| ||||||  ||||||||| |||||    
T  1758987 gaaggtacactcaaactcaatattgatggtagctttctagaaggttttggttgtttaggtgctgatggtattgttcgcaaccacgatggagattggatag 1758888  T
Q  188 ctggttttttgcactatgaagttggaggtgatgcgctattagctgag 234  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  1758887 ctggtttttctcactatgaagttggaggtgatgcgttattagctgag 1758841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 94 - 245
Target Start/End: Original strand, 23589683 - 23589842
Alignment:
Q  94 cagaaggtaaactcaaacttaatattgatggtagctttctagaagattctcggtgtt--------ggtggtgttgttcacaaccattatggagatttgat 185  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| | | ||||        |||||||||||||  ||| |  || |||||| |||    
T  23589683 cagaaggtacactcaaactcaatattgatggcagctttctagaagattttggttgtttaggtgctggtggtgttgttcgtaactacgatagagattggat 23589782  T
Q  186 agctggttttttgcactatgaagttggaggtgatgcgctattagctgagctgcgtgctat 245  Q
    | |||  ||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||    
T  23589783 aactgagttttcccactatgaagttggaggtgatgcgttattagctgagttacgtgctat 23589842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 145 - 311
Target Start/End: Original strand, 23810347 - 23810513
Alignment:
Q  145 ggtgttggtggtgttgttcacaaccattatggagatttgatagctggttttttgcactatgaagttggaggtgatgcgctattagctgagctgcgtgcta 244  Q
    |||| ||||||||||||||  ||| |  || |||||| |||| |||  ||||  ||||||||||||||||||| |||| | ||||||||| | |||||||    
T  23810347 ggtgctggtggtgttgttcgtaactacgatagagattggataactgagttttcccactatgaagttggaggtggtgcgttgttagctgagttacgtgcta 23810446  T
Q  245 tttatataggtcttgatttttgttgcaagaaatgctataataatattatttgtgagattgattgttt 311  Q
    |  | | |||||||||||||||| | || ||| | |||   || ||||||||||||| |||||||||    
T  23810447 tccagaaaggtcttgatttttgtagtaacaaaggttatgtcaacattatttgtgagagtgattgttt 23810513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 173 - 332
Target Start/End: Original strand, 12607770 - 12607926
Alignment:
Q  173 atggagatttgatagctggttttttgcactatgaagttggaggtgatgcgctattagctgagctgcgtgctatttatataggtcttgatttttgttgcaa 272  Q
    ||||||||| ||||||||||||||  || ||||||||||||  ||||| | ||||| | ||| | ||||||||  | ||| |||||||||||||| | ||    
T  12607770 atggagattggatagctggtttttctcattatgaagttggaaatgatgtgttattaaccgagttacgtgctatgcagatatgtcttgatttttgtagtaa 12607869  T
Q  273 gaaatgctataataatattatttgtgagattgattgtttggaagcagttgagctgattat 332  Q
     ||| | |||   || ||||||||||||  |||||||||||||||||| || ||||||||    
T  12607870 -aaaagttatgtcaacattatttgtgag--tgattgtttggaagcagtagacctgattat 12607926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 289 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 1758796 - 1758753
Alignment:
Q  289 attatttgtgagattgattgtttggaagcagttgagctgattat 332  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  1758796 attatttgtgagagtgattgtttggaagcaattgacctgattat 1758753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 71; Significance: 5e-32; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 96 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 41940919 - 41940684
Alignment:
Q  96 gaaggtaaactcaaacttaatattgatggtagctttctagaagattctcggt-gttggtggtgttgttcacaaccattatggagatttgatagctggttt 194  Q
    ||||||| ||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||||   | | | |||||||| ||||| ||||||  ||||||||| ||||||||||||    
T  41940919 gaaggtacacttaaaatcaatattgatgatagctttctagaagattg--gatagctggtggtggtgttcgcaaccacgatggagattggatagctggttt 41940822  T
Q  195 tttgcactatgaagttggaggtgatgcgctattagctgagctgcgtgctatttatataggtcttgatttttgttgcaagaaatgctataataatattatt 294  Q
    ||  |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||    ||||||||||||||||||      ||| |||||   || ||||||    
T  41940821 ttctcactatgaagctggaggtgatgcgttattagctgagttacgtgctatcagaataggtcttgatttttgtaatttaaaaggctatgtcaacattatt 41940722  T
Q  295 tgtgagattgattgtttggaagcagttgagctgattat 332  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  41940721 tgtgagagtgattgtttgaaagcagttgacctgattat 41940684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 145 - 267
Target Start/End: Original strand, 50945754 - 50945876
Alignment:
Q  145 ggtgttggtggtgttgttcacaaccattatggagatttgatagctggttttttgcactatgaagttggaggtgatgcgctattagctgagctgcgtgcta 244  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||  |||||||||| || |||||||||| ||||||||||| | || ||||    
T  50945754 ggtgttggtggtgttgttcacaaccatgatggagattggatagctgatttttctcactatgaagctgaaggtgatgcgttattagctgagttacgcgcta 50945853  T
Q  245 tttatataggtcttgatttttgt 267  Q
    |  | ||||||||||||||||||    
T  50945854 tccagataggtcttgatttttgt 50945876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 95 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 47924654 - 47924409
Alignment:
Q  95 agaaggtaaactcaaacttaatattgatggtagctttctagaagattctcg--------gtgttggtggtgttgttcacaaccattatggagatttgata 186  Q
    |||||||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||| | |        ||||||| ||||||||||  | | |  ||||||||| |||     
T  47924654 agaaggtacacttaaactcaatattgatggcagctttctagaagattttggttgtttaggtgttggcggtgttgttcgtagcgacaatggagattggatt 47924555  T
Q  187 gctggttttttgcactatgaagttggaggtgatgcgctattagctgagctgcgtgctatttatataggtcttgatttttgttgcaagaaatgctataata 286  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||  ||||||||||  | ||||||||    |||||||||||||||||| | || ||| | ||    |    
T  47924554 gctggtttttcacactatgaagttggaggtgatgcattattagctgaattacgtgctatccggataggtcttgatttttgtagtaaaaaaggttaagtca 47924455  T
Q  287 atattatttgtgagattgattgtttggaagcagttgagctgattat 332  Q
    | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  47924454 acattatttgtgagagtgattgtttggaagcagttgacctgattat 47924409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 96 - 380
Target Start/End: Original strand, 54259117 - 54259408
Alignment:
Q  96 gaaggtaaactcaaacttaatattgatggtagctttctagaagattctcggtgtt--------ggtggtgttgttcacaaccattatggagatttgatag 187  Q
    ||||||| |||||| || ||||||||||||||||||| |||||| ||| | ||||        |||||| |||||| ||||||   |||||| | |||||    
T  54259117 gaaggtacactcaagctcaatattgatggtagctttccagaagactctggttgtttaggtgatggtggtattgttcgcaaccacattggagaatggatag 54259216  T
Q  188 ctggttttttgcactatgaagttggaggtgatgcgctattagctgagctgcgtgctatttatataggtcttgatttttgttgcaagaaatgctataataa 287  Q
    |||||||||  |||||||| | ||||||||||| | | ||||||||| | ||||||||  | ||||||||||||||||   | ||  || |||||   ||    
T  54259217 ctggtttttctcactatga-gctggaggtgatgggttgttagctgagttacgtgctatccagataggtcttgatttttacagtaaataaggctatgtcaa 54259315  T
Q  288 tattatttgtgagattgattgtttggaagcagttgagctgattatcaatggttgtgattgtaccctatacacttgtgctactgatattcttcg 380  Q
     ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||   ||||||||||  || |||| |||||| || ||||||||| |||||    
T  54259316 cattatttgtgagagtgattgtttggaagcagttgacctgtttattgctggttgtgatgataacctacacacttatgttactgatatccttcg 54259408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 96 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 40656527 - 40656283
Alignment:
Q  96 gaaggtaaactcaaacttaatattgatggtagctttctagaagat--------tctcggtgttggtggtgttgttcacaaccattatggagatttgatag 187  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||        | | |||| | |||||||||||| ||||||  || ||||||  |||     
T  40656527 gaaggtacactcaaactcaatattgatggtaactttctagaagattttggttgtttaggtgctcgtggtgttgttcgcaaccacaatagagattgaataa 40656428  T
Q  188 ctggttttttgcactatgaagttggaggtgatgcgctattagctgagctgcgtgctatttatataggtcttgatttttgttgcaagaaatgcta--taat 285  Q
    |||| ||||| |||| ||||||| || |||||||| |||||||||||   |||| |||  ||||| |||||||||||||| | |  ||||| ||  | |     
T  40656427 ctgg-tttttccactgtgaagttagaagtgatgcgttattagctgagtaacgtgttatccatatatgtcttgatttttgtagtagaaaatgttacgtca- 40656330  T
Q  286 aatattatttgtgagattgattgtttggaagcagttgagctgattat 332  Q
    || ||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  40656329 aacattatttgtgagagtgattgtttgaaagcagttgacctgattat 40656283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 145 - 323
Target Start/End: Original strand, 24015832 - 24016009
Alignment:
Q  145 ggtgttggtggtgttgttcacaaccattatggagatttgatagctggttttt-tgcactatgaagttggaggtgatgcgctattagctgagctgcgtgct 243  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||  |||||||||  ||||| |  |||| | || ||||||||||||||||||||  | || | |||| |||||| |    
T  24015832 ggtgttggtggggttgttcgcaaccacgatggagattgaatagccgacttttcttca-tatgaagttggaggtgatgcattgttggttgagttgcgtgtt 24015930  T
Q  244 atttatataggtcttgatttttgttgcaagaaatgctataataatattatttgtgagattgattgtttggaagcagttga 323  Q
    ||| | ||  |||||||||||||||| || | | | ||||| || ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  24015931 attgaaatgtgtcttgatttttgttgtaataga-gttataacaacattatttgtgagagtgattctttggaagcagttga 24016009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 289 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 27184952 - 27184896
Alignment:
Q  289 attatttgtgagattgattgtttggaagcagttgagctgattatcaatggttgtgat 345  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||  ||||| |||||    
T  27184952 attatttgtgagaatgattgtttggaagcagttgacttgattattgatggtcgtgat 27184896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 153 - 267
Target Start/End: Original strand, 25969315 - 25969429
Alignment:
Q  153 tggtgttgttcacaaccattatggagatttgatagctggttttttgcactatgaagttggaggtgatgcgctattagctgagctgcgtgctatttatata 252  Q
    ||||||||||| ||| ||  ||||||||| ||||| ||||||||  |||||||||| | || |  ||| |||||||| |||| | ||| ||||  | |||    
T  25969315 tggtgttgttcgcaatcacgatggagattggatagttggtttttctcactatgaagctcgaagccatgtgctattagttgagttacgtactatccagata 25969414  T
Q  253 ggtcttgatttttgt 267  Q
    |||||||||||||||    
T  25969415 ggtcttgatttttgt 25969429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0013 (Bit Score: 69; Significance: 7e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0013
Description:

Target: scaffold0013; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 145 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 55085 - 54885
Alignment:
Q  145 ggtgttggtggtgttgttcacaaccattatggagatttgatagctggttttttgcactatgaagttggaggtgatgcgctattagctgagctgcgtgcta 244  Q
    ||||||||||||||||||  ||| ||  ||||||||| ||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||  | ||||||||||| | |||| ||    
T  55085 ggtgttggtggtgttgtttgcaatcacgatggagattggatagctggtttttctcactatgaagctggaggtgatttgttattagctgagttacgtgtta 54986  T
Q  245 tttatataggtcttgatttttgttgcaagaaatgctataataatattatttgtgagattgattgtttggaagcagttgagctgattatcaatggttgtga 344  Q
    || | |||||||||||||||||| |   |||| |||||   || ||||||||||||| |||||||||||||| || ||| ||||||||  ||||| ||||    
T  54985 ttcagataggtcttgatttttgtagtctgaaaggctatgtgaacattatttgtgagagtgattgtttggaagtaggtgacctgattattgatggtcgtga 54886  T
Q  345 t 345  Q
    |    
T  54885 t 54885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 59; Significance: 7e-25; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 145 - 267
Target Start/End: Original strand, 2442261 - 2442383
Alignment:
Q  145 ggtgttggtggtgttgttcacaaccattatggagatttgatagctggttttttgcactatgaagttggaggtgatgcgctattagctgagctgcgtgcta 244  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| | ||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||| ||    
T  2442261 ggtgttggtggtgttgtccacaaccacaatggagactggatagctagtttttctcactatgaagttggaggtgatgcgttattagctgagttacgtgtta 2442360  T
Q  245 tttatataggtcttgatttttgt 267  Q
    |  | |||||| |||||||||||    
T  2442361 tccaaataggtgttgatttttgt 2442383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 96 - 267
Target Start/End: Original strand, 29046994 - 29047173
Alignment:
Q  96 gaaggtaaactcaaacttaatattgatggtagctttctagaagattctcggtgtt--------ggtggtgttgttcacaaccattatggagatttgatag 187  Q
    ||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| | | ||||        ||||||||||||  ||||||  |||||||||  ||||    
T  29046994 gaaggtacacttaaactcaatattgatggtagctttctagaagattttggttgtttagatgttggtggtgttgtttgcaaccacgatggagattgaatag 29047093  T
Q  188 ctggttttttgcactatgaagttggaggtgatgcgctattagctgagctgcgtgctatttatataggtcttgatttttgt 267  Q
    || ||||||  |||||||||  ||||||||||||| ||||||||||| | |||||||   | | ||||||||||||||||    
T  29047094 ctagtttttctcactatgaatctggaggtgatgcgttattagctgagttacgtgctaaccagacaggtcttgatttttgt 29047173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 238 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 10993098 - 10993004
Alignment:
Q  238 cgtgctatttatataggtcttgatttttgttgcaagaaatgctataataatattatttgtgagattgattgtttggaagcagttgagctgattat 332  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||| | || ||  | |||   |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  10993098 cgtgctatctagataggtcttgatttttgtagtaaaaatggttatgtcaatattatttgtgagagtgattgtttgaaagcagttgacctgattat 10993004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 289 - 345
Target Start/End: Original strand, 2443258 - 2443314
Alignment:
Q  289 attatttgtgagattgattgtttggaagcagttgagctgattatcaatggttgtgat 345  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||  ||||| |||||    
T  2443258 attatttgtgagaatgattgtttggaagcagttgacttgattattgatggtcgtgat 2443314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 57; Significance: 1e-23; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 173 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 12292236 - 12292076
Alignment:
Q  173 atggagatttgatagctggttttttgcactatgaagttggaggtgatgcgctattagctgagctgcgtgctatttatataggtcttgatttttgttgcaa 272  Q
    ||||||||| ||||  || |||||  ||| ||||| |||||||||||| | ||||| ||||| ||||| ||||  | ||||| ||||||||||||| |||    
T  12292236 atggagattagatatttgatttttctcaccatgaatttggaggtgatgtgttattaactgagttgcgtactatccagatagggcttgatttttgtttcaa 12292137  T
Q  273 gaaatg-ctataataatattatttgtgagattgattgtttggaagcagttgagctgattat 332  Q
     ||| | |||| |||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  12292136 aaaaaggctatgataacattatttgtgagagtgattgcttggaagcagttgagctgattat 12292076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 289 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 12291970 - 12291926
Alignment:
Q  289 attatttgtgagattgattgtttggaagcagttgagctgattatc 333  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  12291970 attatttgtgagagtgattgcttggaagcagttgagctgattatc 12291926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 55; Significance: 2e-22; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 145 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 7320497 - 7320375
Alignment:
Q  145 ggtgttggtggtgttgttcacaaccattatggagatttgatagctggttttttgcactatgaagttggaggtgatgcgctattagctgagctgcgtgcta 244  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||  ||||||| | |||| |||||||||  |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||  | |||||||    
T  7320497 ggtgttggtggtgttgttcgcaaccacgatggagactggataactggtttttctcactatgaagctggaggtgatgcgttattagctgaattacgtgcta 7320398  T
Q  245 tttatataggtcttgatttttgt 267  Q
    |  | | ||||||||||||||||    
T  7320397 tccagacaggtcttgatttttgt 7320375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 97 - 332
Target Start/End: Original strand, 43445211 - 43445456
Alignment:
Q  97 aaggtaaactcaaacttaatattgatggtagctttctagaagattctcg--------gtgttggtggtgttgttcacaaccattatggagatttgatagc 188  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||| | |        ||||||||||||| |||| ||||||  ||||| ||| |||| |    
T  43445211 aaggtacactcaaactcaatattgatggtaagtttctagaagattttggttgtttaggtgttggtggtgtagttcgcaaccacgatggaaattggatatc 43445310  T
Q  189 tggttttttgcactatgaagttggaggtgatgcgctattagctgagctgcgtgctatttatataggtcttgatttttgt--tgcaagaaatgctataata 286  Q
    || |||||  |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | ||| ||||  ||||| |||||||||||| |  |  || |||  ||||   |    
T  43445311 tgttttttatcactatgaagttggaggtgatgcgttattatctgagttacgtactatccatatatgtcttgatttttatagtaaaaaaaaaactatgtca 43445410  T
Q  287 atattatttgtgagattgattgtttggaagcagttgagctgattat 332  Q
    | ||||||||||||| | ||||||||||||||||||| || |||||    
T  43445411 acattatttgtgagagtaattgtttggaagcagttgaccttattat 43445456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 97 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 53590432 - 53590287
Alignment:
Q  97 aaggtaaactcaaacttaatattgatggtagctttctagaagatt--------ctcggtgttggtggtgttgttcacaaccattatggagatttgatagc 188  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||         | |||  |||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||    
T  53590432 aaggtacactcaaactcaatattgatggtagttttctacaagattttggttgcttaggttgtggtggtgttgttcgcaaccacgatggagatttgatagc 53590333  T
Q  189 tggttttttgcactatgaagttggaggtgatgcgctattagctgag 234  Q
    ||||||||  |||||| ||||||||||||||| | ||| |||||||    
T  53590332 tggtttttctcactataaagttggaggtgatgtgttatcagctgag 53590287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 290 - 332
Target Start/End: Original strand, 50425919 - 50425961
Alignment:
Q  290 ttatttgtgagattgattgtttggaagcagttgagctgattat 332  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  50425919 ttatttgtaagagtgattgtttggaagcagttgacctgattat 50425961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 289 - 345
Target Start/End: Original strand, 17508661 - 17508717
Alignment:
Q  289 attatttgtgagattgattgtttggaagcagttgagctgattatcaatggttgtgat 345  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||||  |||||||  ||||| |||||    
T  17508661 attatttgtgagagtgcttgtttggaagcagttgacttgattattgatggtcgtgat 17508717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University