View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF14702_low_4 (Length: 633)
Name: NF14702_low_4
Description: NF14702
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF14702_low_4 |
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Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 591; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 591; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 617
Target Start/End: Original strand, 37903356 - 37903962
Alignment:
| Q |
11 |
agtgagaagaagaggttctattaccttgataaacaaacaactaaattatcattccaaagaagaaatgacagaaaattaaatgtgaacatattgtagcact |
110 |
Q |
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| T |
37903356 |
agtgagaagaagaggttctattaccttgataaacaaacaactaaattatcattccaaagaagaaatgacagaaaattaaatgtgaacatattgtagtact |
37903455 |
T |
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| Q |
111 |
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210 |
Q |
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| T |
37903456 |
gtgctgcaaagagcaaatgaacgtacttgagcgttgaaatgtccatcatgcagtttttgaaaaccaccagccttaattataaccgcaacattgtcctgtc |
37903555 |
T |
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| Q |
211 |
atacaaagcagttatgtcagaggcagcatatcaccaggcatcaatgattaataaagggccacatactatgctgaacgagtaaaaaacaaggaaactaact |
310 |
Q |
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| T |
37903556 |
atacaaagcagttatgtcagaggcagcatatcaccaggcatcaatgattaataaagggccacatactatgctgaacgagtaaaaaacaaggaaactaact |
37903655 |
T |
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| Q |
311 |
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410 |
Q |
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| T |
37903656 |
tcacctcattatcagccagaccatagagagcaaaagctgcgttgtgttgaacggaaccattctttgtgtcaagaagatcaagcagaggctctatacctcc |
37903755 |
T |
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| Q |
411 |
attataagcaataccagcttgattgtgtgagtcctaacatgaattatataaacatttaggattgatttcgataaattaatttccatatacagataaatac |
510 |
Q |
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| T |
37903756 |
attataagcaataccagcttgattgtgtgagtcctaacatgaattatataaacatttaggattgatttcgataaattaattcccatatacagataaatac |
37903855 |
T |
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| Q |
511 |
tggttgcaaatgataatcacctgtgccaacctcccaagtgcaaaagttgacatttccctaagctgtaaatctgaagacttaagcatctcaattaaggggt |
610 |
Q |
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| T |
37903856 |
tggttgcaaatgataatcacctgtgccaacctcccaagtgcaaaagttgacatttccctaagctgtaaatctgaagacttaagcatctcaattaaggggt |
37903955 |
T |
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| Q |
611 |
ttatagc |
617 |
Q |
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| T |
37903956 |
ttatagc |
37903962 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 591; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 617
Target Start/End: Original strand, 37909867 - 37910473
Alignment:
| Q |
11 |
agtgagaagaagaggttctattaccttgataaacaaacaactaaattatcattccaaagaagaaatgacagaaaattaaatgtgaacatattgtagcact |
110 |
Q |
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| T |
37909867 |
agtgagaagaagaggttctattaccttgataaacaaacaactaaattatcattccaaagaagaaatgacagaaaattaaatgtgaacatattgtagtact |
37909966 |
T |
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| Q |
111 |
gtgctacaaagagcaaatgaacgtacttgagcgttgaaatgtccatcatgcagtttttgaaaaccaccagccttaattataaccgcaacattgtcctgtc |
210 |
Q |
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| T |
37909967 |
gtgctgcaaagagcaaatgaacgtacttgagcgttgaaatgtccatcatgcagtttttgaaaaccaccagccttaattataaccgcaacattgtcctgtc |
37910066 |
T |
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| Q |
211 |
atacaaagcagttatgtcagaggcagcatatcaccaggcatcaatgattaataaagggccacatactatgctgaacgagtaaaaaacaaggaaactaact |
310 |
Q |
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| T |
37910067 |
atacaaagcagttatgtcagaggcagcatatcaccaggcatcaatgattaataaagggccacatactatgctgaacgagtaaaaaacaaggaaactaact |
37910166 |
T |
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| Q |
311 |
tcacctcattatcagccagaccatagagagcaaaagctgcgttgtgttgaacagaaccattctttgtgtcaagaagatcaagcagaggctctatacctcc |
410 |
Q |
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| T |
37910167 |
tcacctcattatcagccagaccatagagagcaaaagctgcgttgtgttgaacggaaccattctttgtgtcaagaagatcaagcagaggctctatacctcc |
37910266 |
T |
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| Q |
411 |
attataagcaataccagcttgattgtgtgagtcctaacatgaattatataaacatttaggattgatttcgataaattaatttccatatacagataaatac |
510 |
Q |
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| T |
37910267 |
attataagcaataccagcttgattgtgtgagtcctaacatgaattatataaacatttaggattgatttcgataaattaattcccatatacagataaatac |
37910366 |
T |
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| Q |
511 |
tggttgcaaatgataatcacctgtgccaacctcccaagtgcaaaagttgacatttccctaagctgtaaatctgaagacttaagcatctcaattaaggggt |
610 |
Q |
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| T |
37910367 |
tggttgcaaatgataatcacctgtgccaacctcccaagtgcaaaagttgacatttccctaagctgtaaatctgaagacttaagcatctcaattaaggggt |
37910466 |
T |
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| Q |
611 |
ttatagc |
617 |
Q |
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37910467 |
ttatagc |
37910473 |
T |
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